Αφηρημένο

Πυκνά δεδομένων γονότυπο μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να ανιχνεύσει θραύσματα χρωμόσωμα κληρονομείται από έναν κοινό πρόγονο στο φαινομενικά άσχετα άτομα. Μια μετάλλαξη που προκαλούν ασθένειες που κληρονόμησε από μια κοινή ιδρυτής μπορεί έτσι να ανιχνευθούν από την αναζήτηση για μια κοινή υπογραφή απλότυπος σε ένα δείγμα πληθυσμού των ασθενών. Σας παρουσιάζουμε εδώ FounderTracker, μια υπολογιστική μέθοδος για το γονιδίωμα-ευρεία ανίχνευση μεταλλάξεων ιδρυτής στον καρκίνο χρησιμοποιώντας πυκνό όγκου SNP προφίλ. Η μέθοδος μας βασίζεται σε δύο παραδοχές. Πρώτον, το αλληλόμορφο αγρίου τύπου υποβάλλεται συχνά απώλεια της ετεροζυγωτίας (ΑΕ) στους όγκους του βλαστικής σειράς φορείς μετάλλαξης. Δεύτερον, η επικάλυψη μεταξύ των προγονική θραύσματα χρωμόσωμα κληρονομείται από μια κοινή ιδρυτής θα καθορίσει ένα ελάχιστο απλότυπος που διατηρούνται σε κάθε ασθενή που φέρουν τη μετάλλαξη ιδρυτή. Η προσέγγισή μας βασίζεται έτσι στην ανίχνευση των απλοτύπων με σημαντική ταυτότητα από την κάθοδο (IBD) ανταλλαγή εντός επαναλαμβανόμενες περιοχές της ΑΕ να τονίσει γονιδιωματικής τόπους πιθανόν να φέρουν μετάλλαξη ιδρυτή. Εμείς επικυρωθεί αυτή την προσέγγιση με την ανάλυση δύο σύνολα πραγματικών δεδομένων για τον καρκίνο στην οποία εντοπίσαμε με επιτυχία μεταλλάξεις ιδρυτής καλά χαρακτηρίζεται ογκοκατασταλτικά γονίδια. Στη συνέχεια χρησιμοποιήσαμε δεδομένα προσομοίωσης να αξιολογηθεί η ικανότητα της μεθόδου μας για την ανίχνευση IBD οδούς ως συνάρτηση του μεγέθους και της συχνότητάς τους. Θα δείξουμε ότι FounderTracker μπορεί να ανιχνεύσει απλοτύπων του χαμηλού επιπολασμού με μεγάλη δύναμη και ειδικότητα, ξεπερνώντας σημαντικά τις υπάρχουσες μεθόδους. FounderTracker είναι συνεπώς ένα ισχυρό εργαλείο για την ανακάλυψη άγνωστες μεταλλάξεις ιδρυτή που μπορεί να εξηγήσει μέρος του «λείπει» κληρονομικότητας στον καρκίνο. Αυτή η μέθοδος είναι ελεύθερα διαθέσιμο και μπορεί να χρησιμοποιηθεί σε απευθείας σύνδεση στην ιστοσελίδα FounderTracker

Παράθεση:. Letouzé Ε, Sow Α, Petel F, Rosati R, Figueiredo π.Χ., Burnichon Ν, et al. (2012) Ταυτότητα με Κάθοδος Χαρτογράφηση των μεταλλάξεων Ιδρυτής στον Καρκίνο Χρησιμοποιώντας υψηλής ανάλυσης όγκων SNP δεδομένων. PLoS ONE 7 (5): e35897. doi: 10.1371 /journal.pone.0035897

Επιμέλεια: Θωμάς Mailund, Πανεπιστήμιο Aarhus της Δανίας

Ελήφθη: 22 Φεβ 2012? Αποδεκτές: 23 του Μαρτίου του 2012? Δημοσιεύθηκε: 2, Μάη του 2012

Copyright: © 2012 Letouzé et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο αποτελεί μέρος του προγράμματος CIT από τη γαλλική Ligue Nationale Καρκίνος Contre le (https://cit.ligue-cancer.net/index.php/en). Η εργασία αυτή χρηματοδοτήθηκε από Institut National du Cancer και CNRS (LIA NEOGENEX) να Enzo Lalli? CNPq και ακρωτήρια επιχορηγήσεις προς Bonald Γ Figueiredo. Το ερευνητικό έργο χρηματοδοτήθηκε από το πρόγραμμα νοσοκομειακό de Recherche Clinique COMETE επιχορήγηση 3 (ΑΟΜ 06 179). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Με την έλευση των συστοιχιών SNP και αλληλούχιση επόμενης γενιάς, είναι τώρα δυνατό να γονότυπο εκατομμύρια SNPs σε ένα μόνο πείραμα, με χαμηλό κόστος. Αυτό κατέστησε εφικτή την ανίχνευση περιοχών του DNA κληρονομείται από έναν κοινό πρόγονο σε δύο φαινομενικά άσχετα άτομα. Δύο τμήματα του DNA λόγω ταυτόσημη με την κάθοδο εάν είναι ίδια οφείλονται σε κοινή καταγωγή. Η ανίχνευση της ταυτότητας με την κάθοδο (IBD) σε πληθυσμούς θεωρείται μια πολλά υποσχόμενη προσέγγιση για την χαρτογράφηση σύνδεση των γονιδίων ασθενειών. Πράγματι, οι αναλύσεις σύνδεσης διεξάγονται συνήθως σε μικρές γενεαλογία που περιέχουν άτομα στενά συνδεδεμένα. Κατά συνέπεια, τα τμήματα IBD προσδιορίζονται τείνουν να είναι πολύ μεγάλη για να οριοθετηθούν εστιακό περιοχές ενδιαφέροντος με περιορισμένο αριθμό υποψηφίων γονιδίων. Αντιθέτως, εκτάσεις IBD σε άσχετα άτομα σπάνια εκτείνονται περισσότερο από μερικά centiMorgans (cM). Μελέτες σύνδεσης με βάση τον πληθυσμό είναι συνεπώς πολύ χρήσιμες για το πρόστιμο οριοθέτηση των υποψήφιων τόπων [1]. Αρκετές ισχυρές μεθόδους έχουν περιγραφεί για ανίχνευση εκτάσεις IBD μεταξύ των ζευγών των ατόμων, με βάση την πυκνή σταδιακή [2], [3] ή unphased [4], [5] δεδομένα γονότυπου. Αυτές οι μέθοδοι είναι χρήσιμες για την ανίχνευση ζεύγη IBD, αλλά με βάση τον πληθυσμό χαρτογράφησης σύνδεση απαιτεί την ανίχνευση γονιδιωματικών περιοχών με σημαντική περίσσεια IBD στις περιπτώσεις ασθένειας σε σχέση με τους ελέγχους. Δύο μέθοδοι προτάθηκαν πρόσφατα για την ανίχνευση της IBD μεταξύ πολλών ατόμων: α Markov Chain προσέγγιση Monte Carlo (MCMC) [6], και DASH (DASH Associates Shared απλότυποι) [7], ένας αλγόριθμος γράφημα με βάση το οποίο θα βασίζεται κατά ζεύγη τμήματα IBD να συναγάγει συστάδες IBD άτομα. Ένας σημαντικός περιορισμός του MCMC είναι ότι περιλαμβάνει έντονη υπολογισμού και ως εκ τούτου δεν είναι κατάλληλο για την ανάλυση μεγάλων συνόλων δεδομένων που αποτελείται από τα προφίλ SNP υψηλής πυκνότητας. DASH είναι πολύ πιο γρήγορα, αλλά επιστρέφει μόνο μια λίστα των απλοτύπων που είναι ταυτόσημα με την κάθοδο σε διάφορα δείγματα. Σημαντικό εμπλουτισμό σε περιπτώσεις ασθένειας μπορεί στη συνέχεια να αξιολογηθούν μέσω τεστ στατιστική συσχέτιση. Ωστόσο, αυτή η προσέγγιση λαμβάνει υπόψη μόνο τη συχνότητα των συντηρημένων απλοτύπων, και όχι το μήκος τους. Ωστόσο, ένα μεγάλο απλότυπος, ακόμα και αντιμετώπισε σε μερικές περιπτώσεις, είναι πιθανό να υποδηλώνουν την παρουσία μιας μετάλλαξης ιδρυτή.

Η μέθοδός μας είναι ειδικά αφιερωμένη στην χαρτογράφηση των γονιδίων του καρκίνου. Ένα βασικό χαρακτηριστικό των καρκίνων είναι ότι τα καρκινικά κύτταρα συσσωρεύονται χρωμοσωμικές εκτροπές παρέχοντας ένα πλεονέκτημα ανάπτυξης κατά τη διάρκεια της εξέλιξης του καρκίνου, έτσι ώστε το γονιδίωμα του όγκου γίνεται τελικά μια εξαιρετικά αναδιατάσσεται εκδοχή της συστατικής γονιδιώματος του ασθενούς. Εκτός αυτού, η θέση των σωματικών μεταβολών οφείλεται εν μέρει από την παρουσία αλληλόμορφων κινδύνου στο γονιδίωμα βλαστικής σειράς [8]. Ειδικότερα, οι ασθενείς κληρονομήσει μια βλαστική σειρά μετάλλαξη σε ένα γονίδιο καταστολέα όγκου συχνά χάνουν την κανονική αντίστοιχό του σε καρκινικά κύτταρα, αποκαλύπτοντας το μεταλλαγμένο φαινότυπο, όπως στο μοντέλο δύο-hit Knudson [9]. Έτσι, βλαστική μεταλλάξεις βρίσκονται συχνά σε περιοχές της απώλειας της ετεροζυγωτίας (ΑΕ). Αυτό το χαρακτηριστικό είναι ιδιαίτερα χρήσιμη για την χαρτογράφηση σύνδεση των γονιδίων του καρκίνου. Πρώτον, οι περιφέρειες της ΑΕ μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να δοθεί προτεραιότητα στην έρευνα για επαναλαμβανόμενες IBD. Δεύτερον, όταν μια περιοχή του γονιδιώματος υφίσταται LOH, μόνο ένα από τα δύο γονικών χρωμοσώματα παραμένει στο DNA του όγκου, έτσι ο απλότυπος αυτού χρωμοσώματος δίδεται απευθείας από το προφίλ SNP όγκου, χωρίς την ανάγκη για ένα στάδιο απλότυπο-σταδιακή. Ελάχιστες περιοχές της ΑΕ είναι συνεπώς ένα ιδανικό σημείο εκκίνησης για την ανίχνευση της υποτροπιάζουσας IBD σε ένα δείγμα πληθυσμού των όγκων.

Η μέθοδός μας έχει σχεδιαστεί για την ανίχνευση του καρκίνου που σχετίζονται με μεταλλάξεις κληρονομούνται από μια κοινή ιδρυτής, χρησιμοποιώντας επαναλαμβανόμενες IBD σε ελάχιστο περιοχών ΑΕ (Σχήμα 1). Με βάση τον αλγόριθμο βλαστικής σειράς [3] για ζεύγη ανίχνευση IBD σε σταδιακή απλοτύπων, περιγράφουμε μια προσέγγιση βαθμολόγησης που θα λαμβάνει υπόψη τόσο τη συχνότητα και το μήκος των τμημάτων IBD για τον χαρακτηρισμό των σημαντικά συντηρούνται απλοτύπων σε ένα σύνολο δειγμάτων όγκου. Έχουμε επικυρώσει αυτή την προσέγγιση σε δύο σύνολα δεδομένων σε πραγματικό καρκίνο. Στο πρώτο σύνολο δεδομένων, το οποίο περιλαμβάνει 13 παιδικής ηλικίας του φλοιού των όγκων από τη νότια Βραζιλία, έχουμε σκιαγραφήσει ένα συντηρημένο απλότυπος που εκτείνονται σε 520 kb γύρω από το παρελθόν αναφερθεί p.R337H

TP53

ιδρυτής μετάλλαξη. Στο δεύτερο σύνολο δεδομένων, το οποίο περιλαμβάνει 30 φαιοχρωμοκυττώματα και παραγαγγλιωμάτων, έχουμε εντοπίσει ένα νέο ιδρυτή μετάλλαξη του

SDHD

γονιδίου, που υπάρχει μόνο σε δύο δείγματα. Τέλος, δείχνουμε με προσομοίωση των δεδομένων που FounderTracker εντοπίζει συντηρημένες απλοτύπων του χαμηλού επιπολασμού με μεγάλη δύναμη και ειδικότητα, ξεπερνώντας σημαντικά τις υπάρχουσες μεθόδους.

Αποτελέσματα

Ανίχνευση συντηρημένα απλοτύπων σε επαναλαμβανόμενες περιοχές της ΑΕ

η στρατηγική μας για τον πληθυσμό με βάση τη χαρτογράφηση σύνδεση των μεταλλάξεων στον καρκίνο ιδρυτής απεικονίζεται στο σχήμα 1. μία μετάλλαξη εξαπλώνεται μέσω ενός πληθυσμού μεταδίδεται μέσα σε ένα θραύσμα χρωμοσώματος από το κοινό πρόγονο, το οποίο γίνεται μικρότερο από γενιά σε γενιά λόγω γενετικής ανασυνδυασμού κατά τη μείωση. Όλες οι φορείς μετάλλαξης είναι έτσι όμοια με την κάθοδο σε κοινό πρόγονο τους για την περιοχή του χρωμοσώματος που φέρει τη μετάλλαξη βλαστικής σειράς. Επιπλέον, η άγριου τύπου ομόλογό του μεταλλαγμένου γονιδίου συχνά χάνεται με LOH σε όγκους που συμβαίνουν σε βλαστική σειρά φορείς μετάλλαξης. Η προσέγγισή μας για τη χαρτογράφηση των μεταλλάξεων ιδρυτή χρησιμοποιώντας δεδομένα array SNP έτσι περιλαμβάνει (i) τον εντοπισμό επαναλαμβανόμενων περιοχών ΑΕ, (ii) την ανακατασκευή απλοτύπων όγκου σε αυτές τις περιοχές, και (iii) την αναζήτηση για επαναλαμβανόμενες IBD σε απλότυπους όγκου.

Αυτό το διάγραμμα απεικονίζει τις αρχές που διέπουν τη μέθοδο μας. Μια μετάλλαξη ιδρυτής (κόκκινο αστέρι στο σχηματικό διάγραμμα των χρωμοσωμάτων) εξαπλώνεται μέσω ενός πληθυσμού μέσα σε ένα τμήμα του χρωμοσώματος (με κόκκινο χρώμα) που κληρονόμησε από την προγονική ιδρυτή (Α). Λόγω της διέλευσης-overs (διακεκομμένες γραμμές) μεταξύ ομόλογων χρωμοσωμάτων κατά τη μείωση, αυτό το τμήμα του χρωμοσώματος μειώνεται από γενιά σε γενιά, έτσι ώστε οι μεταφορείς μετάλλαξη (υποδεικνύονται με κόκκινο χρώμα) τελικά φιλοξενούν μόνο ένα μικρό πανομοιότυπο με κάθοδο (IBD) απλότυπος γύρω από το μεταλλαγμένο γονίδιο (Β ). Επιπλέον, η άγριου τύπου ομόλογό του βλαστικής σειράς μεταλλάξεων συχνά χάνεται με LOH σε όγκους, έτσι ώστε η μετάλλαξη ιδρυτής τυπικά κείται εντός ελάχιστη περιοχή ΑΕ (C). Ως αποτέλεσμα, η μετάλλαξη ιδρυτής βρίσκεται εντός ενός απλότυπου συντηρημένη σε κάθε φέρουσα μετάλλαξη (κορυφή IBD score), στην ελάχιστη περιοχή του LOH (D).

Η

Με τη στόχευση ενός καθετήρα κάθε ένα από τα δύο αλληλόμορφα κάθε SNP, συστοιχίες SNP είναι ένα εξαιρετικό εργαλείο για την γονιδίωμα-ευρεία ανίχνευση ΑΕ, και έχουν αρκετές αλγόριθμοι έχουν περιγραφεί για το σκοπό αυτό [10], [11]. Σε αυτή τη μελέτη, χρησιμοποιούμε τη μέθοδο Γονιδιώματος Τροποποίηση Εκτύπωση [12] για την ανίχνευση ΑΕ, που καθορίζει ένα σύνολο επαναλαμβανόμενων περιοχών ΑΕ, με βάση τη συχνότητά τους στο σύνολο των δεδομένων όγκου.

Στη συνέχεια ανακατασκευάσει το απλότυπος του ο συγκρατείται αλληλόμορφο σε κάθε όγκου (Σχήμα 2). Δεδομένου ότι μόνο μία από τις δύο χρωμοσωμάτων παραμένει στον όγκο λόγω LOH, οι γονότυποι που λαμβάνονται για το DNA του όγκου παρέχει άμεσα το απλότυπο του χρωμοσώματος που διατηρούνται σε κύτταρα όγκου. Παρεμπιπτόντως, αν συστατικός DNA είναι επίσης διαθέσιμες, μια σύγκριση των unphased γονότυπων συστατικής DNA με το απλότυπο του όγκου μπορεί να διεξαχθεί για να συναχθεί το απλότυπο του χαμένου χρωμοσώματος. Για την εκτίμηση του ποσοστού σφάλματος που σχετίζεται με αυτή την προσέγγιση, συγκρίναμε τις απλοτύπους ανακατασκευάστηκε για δύο όγκους από τον ίδιο ασθενή κατά την οποία η ίδια χρωμόσωμα χάθηκε από LOH [13], και πήραμε ένα πολύ χαμηλό ποσοστό σφάλματος (& lt? 5 × 10

-5)

γονότυποι μπορεί να συναχθεί από τα στοιχεία array SNP, με τη συχνότητα αλληλόμορφο Β (BAF), η οποία χαρακτηρίζει την αναλογία φθορισμού μεταξύ των αλληλομόρφων Α και Β σε κάθε τόπο:.

BAF = Β /

(

Α + Β

). Σε συστατική DNA, κάθε SNP είναι παρούσα ως δύο αλληλόμορφα. Ο γονότυπος κάθε SNP (ΑΑ, ΑΒ ή ΒΒ) μπορεί έτσι να προσδιορίζεται από το BAF (0, 0,5 ή 1, αντίστοιχα), αλλά όχι τον απλότυπο του κάθε χρωμοσώματος. Αντίθετα, αν ένα από τα δύο αντίγραφα έχει χάνεται από LOH στον όγκο, το προφίλ SNP όγκος αντανακλά άμεσα το απλότυπο του χρωμοσώματος που διατηρείται στον όγκο. Αν ζεύγη δειγμάτων συστατική και του όγκου του DNA είναι διαθέσιμες, ο απλότυπος της χαμένης χρωμοσώματος μπορεί να ανακατασκευαστεί από τη σύγκριση των δύο προφίλ.

Η

Τέλος, ψάχνουμε για σημαντικά επαναλαμβανόμενα IBD στο σύνολο της ανακατασκευασμένης απλοτύπων όγκου. Το αναλυτικό αγωγός για αυτό το βήμα αναπαρίσταται στο Σχήμα 3. Τμήματα του κατά ζεύγη IBD είναι αναγνωρίστηκε για πρώτη φορά με τον αλγόριθμο βλαστικής γραμμής [3]. Μπορούμε στη συνέχεια να εκχωρήσετε μια βαθμολογία σε κάθε τμήμα ζεύγη IBD, λαμβάνοντας υπόψη τόσο τον αριθμό και τις αλληλομόρφων συχνότητες των SNPs σε κάθε τμήμα (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι). Μια IBD σκορ υπολογίζεται στη συνέχεια για κάθε SNP δείκτη, αθροίζοντας τις βαθμολογίες όλων των κατά ζεύγη τμήματα IBD περιέχουν αυτή SNP. Πρέπει επίσης να ληφθεί ανισορροπία σύνδεσης (LD) υπόψη, επειδή περιοχές του γονιδιώματος των ισχυρών LD θα έχουν συστηματικά υψηλή βαθμολογία IBD (Σχήμα S1). Ως εκ τούτου, συγκρίνουν, για κάθε SNP, το IBD σκοράρει λαμβάνονται για όγκους με μηδενική κατανομή της IBD σκορ με τη χρησιμοποίηση ενός συνόλου αναφοράς απλοτύπων από υγιείς μάρτυρες (π.χ. σταδιακή απλοτύπων από τα έργα 1.000 γονιδιώματος).

Η FounderTracker αγωγός για επαναλαμβανόμενες ανίχνευση IBD χωρίζεται σε δύο βήματα. Μια IBD βαθμολογία πρώτο υπολογίζεται για κάθε SNP δείκτη στον όγκο που απλοτύπων. Η βαθμολογία IBD προέρχεται από τα ζεύγη τμημάτων IBD ταυτίζεται με τον αλγόριθμο βλαστικής σειράς. Λαμβάνει υπόψη το μήκος τους και τα αλληλομόρφων συχνότητες των SNPs σε κάθε τμήμα. Η βαθμολογία IBD για όγκους συγκρίνεται στη συνέχεια με μηδενική κατανομή συσταθεί από ένα σύνολο δεδομένων αναφοράς, για τον προσδιορισμό των SNPs με IBD σκορ σημαντικά υψηλότερο από ό, τι αναμένεται από την τύχη.

Η

Εφαρμογή στην περίπτωση της παιδικής ηλικίας του φλοιού των επινεφριδίων όγκων στη νότια Βραζιλία

Ως απόδειξη της έννοιας, που εφαρμόστηκε για πρώτη φορά η μεθοδολογία μας με το παράδειγμα της παιδικής ηλικίας του φλοιού των επινεφριδίων όγκοι (ACT). Αυτές οι σπάνιες μορφές καρκίνου (0,3-0,4 περιπτώσεις ανά έτος και ανά εκατομμύριο παιδιά ηλικίας κάτω των 15 ετών) είναι εξαιρετικά διαδεδομένη στη νότια Βραζιλία (3,4-4,2 περιπτώσεις ανά εκατομμύριο) [14], όπου είναι σχεδόν πάντα συνδέονται με μια συγκεκριμένη μετάλλαξη βλαστικής σειράς της

TP53

(c.1010G & gt? Α, p.R337H) [15], [16], τα οποία προσδιορίζονται ως ιδρυτική μετάλλαξη [17]. Αναλύσαμε 13 Βραζιλίας περιπτώσεις ACT και έξι αντίστοιχα δείγματα αίματος σε συστοιχίες SNP Illumina 370K. Όλες οι όγκοι βρέθηκαν να φέρουν το p.R337H

TP53

μετάλλαξη. Χρησιμοποιήσαμε τη μέθοδο Γονιδιώματος Τροποποίηση Εκτύπωση για να ανιχνεύσει ΑΕ. Η μέθοδος αυτή προσδιορίζονται δύο περιοχές που εμφανίζουν LOH σε όλα τα δείγματα: α 4,4 Mb περιοχή σε 11p15, και ολόκληρο το χρωμόσωμα 17. Στη συνέχεια χρησιμοποιείται για την ανίχνευση FounderTracker σημαντικά επαναλαμβανόμενες IBD στις δύο αυτές περιοχές. Καμία σημαντική περιοχή της IBD ανιχνεύθηκε στο 11p15 περιοχή (Σχήμα S1), αλλά ιδιαίτερα σημαντικές IBD βαθμολογίες ελήφθησαν για την περιοχή 17p13 (q-τιμή & lt? 2,2 × 10

-16). Ειδικότερα, η κορυφή IBD βαθμολογίας ορίζεται μια περιοχή 520 kb γύρω από το

TP53

γονιδίου (Σχήμα 4α). Λεπτομερής ανάλυση απλότυπου αποκάλυψε ότι τα μεταλλαγμένα αντίγραφα διατηρείται στα 13 όγκους που εμφανίζονται πανομοιότυπο απλότυπος για την περιοχή αυτή, ενώ τα αντίγραφα άγριου τύπου ανακατασκευάστηκε για τους έξι ασθενείς με αντίστοιχα δείγματα αίματος που εμφανίζονται διαφορετικές απλοτύπων (Σχήμα 4β). Συνεπώς, η παρούσα επαναλαμβανόμενες τμήμα IBD αντιστοιχεί στο θραύσμα χρωμοσώματος που φέρει το ΤΡ53 p.R337H

μετάλλαξη κληρονόμησε από όλους τους ασθενείς από την κοινή ιδρυτή, η οποία δεν έχει διαταραχθεί από crossover στη γενεαλογία.

Η IBD ​​σκορ υπολογίζεται κατά μήκος του χρωμοσώματος 17 για το σύνολο των 13 παιδική ηλικία του φλοιού των επινεφριδίων όγκοι (ACT) εμφανίζει μια σημαντική κορυφή στο 17ρ13.1 (Α). Οι απότομες αυξήσεις της καμπύλης βαθμολογίας IBD αντιστοιχούν στα όρια των τμημάτων IBD σε κάθε ζεύγος των όγκων. Η κορυφή περιοχή αναπαριστάται λεπτομερώς στον πίνακα Β, με τις απλοτύπων από τα 13 αντίγραφα του χρωμοσώματος που διατηρούνται στους όγκους (που φέρει το μεταλλαγμένο

ΤΡ53

αλληλόμορφο), και οι απλότυποι των αντιγράφων χρωμοσώματος χάνεται με LOH (που φιλοξενεί ένα άγριου τύπου

TP53

αλληλόμορφο) ανακατασκευάστηκε για τους έξι ασθενείς με συμφωνημένα φυσιολογικά δείγματα αίματος. Οι απλότυποι αλληλόμορφων άγριου τύπου είναι όλα διαφορετικά, αποδεικνύοντας την ύπαρξη διαφορετικών απλοτύπων για αυτήν γονιδιωματική περιοχή στον πληθυσμό αναλύθηκε. Αντίθετα, ένας απλότυπος κοινή σε όλες τις μεταλλαγμένα αλληλόμορφα εκτείνεται 470 kb ανάντη και 32 kb καθοδικά από

ΤΡ53

(που αντιπροσωπεύεται από μια παχιά κόκκινη γραμμή). Αυτή η συντηρημένη απλότυπος αντιστοιχεί στο τεμάχιο χρωμοσώματος που φέρει το TP53 R337H

μετάλλαξη που κληρονόμησε από την προγονική ιδρυτή.

Η

Το μέσο μήκος των οδών ζεύγη IBD γύρω από

TP53

ήταν 5,4 cm (που κυμαίνονται από 0,88 cm έως 19 cm, το σχήμα S2). Καθώς τα ζεύγη τμημάτων IBD εκτιμάται ότι θα έχει μήκος

1 /

(

2η

) Morgans μετά

n

γενεών (εξ ου και

2η

μείωση) [ ,,,0],2], το γεγονός αυτό δείχνει ότι η p.R337H

TP53

συνέβη μετάλλαξη περίπου εννέα γενιές πριν.

Εφαρμογή στην περίπτωση του φαιοχρωμοκυττωμάτων και παραγαγγλιωμάτων

φαιοχρωμοκυττώματα και παραγαγγλιωμάτων είναι νευροενδοκρινείς όγκους που προκύπτουν από το μυελό των επινεφριδίων και από συμπαθητικού παρασυμπαθητικού ή ιστούς paraganglia αντίστοιχα. Οι όγκοι αυτοί συμβαίνουν στο πλαίσιο των κληρονομικών συνδρόμων καρκίνου σε ~ 30% των περιπτώσεων [18]. μεταλλάξεις βλαστικής σειράς που σχετίζονται με οικογενή φαιοχρωμοκύττωμα περιλαμβάνουν μεταλλάξεις του

RET

,

NF1

,

VHL

,

TMEM127

,

MAX

, και γονίδια που κωδικοποιούν πρωτεΐνες από την ηλεκτρική αφυδρογονάση συγκρότημα (

SDHA

,

SDHB

,

SDHC

,

SDHD

και

SDHAF2

). Εδώ, θα εφαρμοστεί η μεθοδολογία μας για την ανακάλυψη ιδρυτική μετάλλαξη σε ένα σύνολο 30 φαιοχρωμοκυττωμάτων /παραγαγγλιωμάτων από μη συνδεδεμένους ασθενείς. Τα δείγματα χαρακτηρίστηκαν πλήρως όσον αφορά μεταλλάξεων βλαστικής σειράς, και αναλύθηκαν σε συστοιχίες SNP Illumina 610K. Ανάλυση ΑΕ αποκάλυψε δέκα περιφέρειες με συχνότητα ΑΕ άνω του 20%, 1π, 3ρ, 3q, 6q, 11ρ, 11q, 17p, 17q, 21q, 22q και (Σχήμα 5Α, κορυφή). Για τις περιοχές αυτές, απλοτύπων όγκου ανακατασκευάστηκε από τα προφίλ Συχνότητα Β αλληλόμορφων, και αναλύονται με FounderTracker να ανιχνεύσει συντηρημένα τμήματα των χρωμοσωμάτων. Αυτή η ανάλυση αποκάλυψε μια 2.34 cM περιοχή με σημαντική IBD στο 11q23.1 (Σχήμα 5Α, κάτω). Είναι ενδιαφέρον, αυτό το τμήμα του χρωμοσώματος περιέχει 32 γονίδια συμπεριλαμβανομένων των

SDHD

, και είναι ταυτόσημη με την κάθοδο σε δύο δείγματα (HS_048 και HS_158, Σχήμα 5Β), η οποία είναι ακριβώς τα δύο δείγματα στην ομάδα μας, για την οποία ένα c.64C & gt? T (p.Arg22X) βλαστική

SDHD

μετάλλαξη εντοπίστηκε (Πίνακας S1). Το εύρημα αυτό αποδεικνύει ότι η p.Arg22X

SDHD

μεταλλάξεις σε αυτά τα δύο φαινομενικά άσχετα ασθενείς προέρχονται από ένα μόνο ιδρυτή, και περαιτέρω να επικυρώσει τη σημασία της μεθόδου μας για την ανίχνευση μεταλλάξεων ιδρυτής στον καρκίνο.

( Α) ανάλυση ΑΕ αποκάλυψε 10 όπλα χρωμόσωμα με ΑΕ συχνότητα & gt? 20% στο σύνολο μας 30 φαιοχρωμοκυττωμάτων και παραγαγγλιωμάτων (κορυφή). Οι περιοχές αυτές αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας FounderTracker για την ανίχνευση συντηρημένες απλότυπους, αποκαλύπτοντας μια ενιαία σημαντική περιοχή για 11q βραχίονα χρωμόσωμα (κάτω). (Β) Απεικόνιση της σημαντικής περιοχής εντοπίζονται στο χρωμόσωμα 11 με την Ολοκληρωμένη Genomics Viewer [44]. Η βαθμολογία IBD αναπαρίσταται ως μια μπλε γραμμή πάνω από απλοτύπων όγκου. Οι απλότυποι αντιπροσωπεύονται ως σειρά του μπλε και του κίτρινου κάθετες γραμμές, που αντιστοιχούν σε SNPs με αντίστοιχα «Α» και τον γονότυπο «Β», σύμφωνα με την ονοματολογία Illumina. Η σημαντική περιοχή που ανιχνεύεται από FounderTracker αντιστοιχεί στο μακρύ απλότυπος που είναι πανομοιότυπη σε όγκους HS_048 και HS_158, και οδηγεί σε μια υψηλή βαθμολογία IBD για αυτό το τμήμα. Αυτή η περιοχή περιέχει 32 γονίδια, συμπεριλαμβανομένων των

SDHD

(υποδεικνύονται με κόκκινο χρώμα).

Η

Η αξιολόγηση της δύναμης της μεθόδου με δεδομένα προσομοίωσης

Childhood ACT είναι ένα ιδανικό περιπτωσιολογική μελέτη για τη χαρτογράφηση σύνδεση βασισμένη στον πληθυσμό. Καθώς η ασθένεια αυτή είναι εξαιρετικά σπάνια στην απουσία του p.R337H

TP53

ιδρυτική μετάλλαξη, όλα τα δείγματα που επιλέγονται μέσα από μια τυχαία δειγματοληψία των όγκων φέρουν την εν λόγω μετάλλαξη. Στις περισσότερες καταστάσεις, οι όγκοι που αποδίδεται σε μια δεδομένη λογαριασμό μετάλλαξη ιδρυτής μόνο ένα υποσύνολο των καρκίνων σε έναν πληθυσμό. Έχουμε δείξει με τα δεδομένα φαιοχρωμοκύττωμα /παραγαγγλιώματος που η FounderTracker ήταν σε θέση να ανιχνεύσει μια ιδρυτική μετάλλαξη παρούσα σε μόνο 2 από τα 30 δείγματα (7%). Για την περαιτέρω αξιολόγηση της απόδοσης της μεθόδου μας, δημιουργήσαμε προσομοιωμένων δεδομένων στην οποία θα εισαχθεί τεχνητά συντηρημένη απλοτύπων διαφορετικά μήκη και συχνότητες. Εμείς συγκριτικής αξιολόγησης FounderTracker αναλύοντας τα ίδια δεδομένα προσομοίωσης με τον αλγόριθμο DASH, που αναπτύχθηκε πρόσφατα για την ανίχνευση συστάδες των ατόμων που μοιράζονται την ίδια απλότυπος [7], το οποίο προσαρμόζεται με τους σκοπούς μας (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι). Η προσέγγιση αυτή έδωσε καλά αποτελέσματα με τα δεδομένα της παιδικής ηλικίας ACT που (Σχήμα S3), την επικύρωση σημασία της ως μέθοδος αναφοράς.

Όλα τα απλοτύπων διατηρούνται σε% δείγματα ≥50 ανιχνεύθηκαν επιτυχώς είτε με τη μέθοδο (Πίνακας 1). Τόσο FounderTracker και DASH ήταν σε θέση να ανιχνεύσει απλοτύπων διατηρούνται σε% δείγματα ≥15 με καλή δύναμη (& gt? 0,9), αλλά FounderTracker ξεπέρασε σημαντικά DASH στην περιοχή χαμηλών συχνοτήτων (≤10%) (Πίνακας 1, Σχήμα 6). Οι καμπύλες ROC δείχνουν ότι FounderTracker ανιχνεύει επαναλαμβανόμενες τμήματα IBD με υψηλή ευαισθησία και ειδικότητα κάτω σε μια ελάχιστη συχνότητα που εξαρτάται από το μήκος των τμημάτων IBD. Οι IBD εκτάσεις 5 cm ανιχνεύεται με καλή δύναμη (& gt? 0,9) από την συχνότητα του 5%, ενώ τα σύντομα τμήματα του 1 cm ανιχνεύεται με την ίδια ισχύ μόνο σε συχνότητες ≥15%. Το ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη, που υπολογίζεται σε όλες τις προσομοιώσεις, ήταν αμελητέα και για τις δύο μεθόδους (αντίστοιχα 8,6 × 10

-3 και 5,4 × 10

-4 για FounderTracker, και DASH).

Η

Η απόδοση του FounderTracker αξιολογήθηκε κάτω από διάφορες συνθήκες, σε σύγκριση με τη μέθοδο της DASH. Η ικανότητα της κάθε μεθόδου για την ανίχνευση συντηρημένες απλότυπους καθιερώθηκε ως συνάρτηση του μήκους απλότυπου (1 έως 5 cm) και ο επιπολασμός (2 έως 10% των δειγμάτων). Για κάθε κατάσταση, η μέση καμπύλη ROC ιδρύθηκε με την εφαρμογή κάθε μεθόδου σε 100 προσομοίωση σύνολα δεδομένων.

Η

Τα προσομοιωμένα δεδομένα που παρουσιάζονται εδώ αντιστοιχούν στο περιεχόμενο SNP της beadchip Illumina 1Μ-Duov3 (1.199.187 δείκτες). Για να εκτιμηθεί η επίδραση της πυκνότητας SNP για την απόδοση της μεθόδου, αναλύσαμε τα ίδια δεδομένα προσομοίωσης, περιορίζεται αποκλειστικά για 373.397 SNPs του τσιπ Illumina HumanCNV370-Quad. Παρά το γεγονός ότι υπήρξε μια μικρή υποβάθμιση στην ανίχνευση του μικρού απλοτύπων (0,5 cm) με σειρά Illumina CNV370, λάβαμε ένα συγκρίσιμο επίπεδο απόδοσης με τις δύο πυκνότητες δείκτη (Σχήμα S4). Έχει υπολογιστεί ότι το 85% του ανθρώπινου γονιδιώματος που καλύπτεται από μπλοκ απλότυπος 10 kb ή μεγαλύτερα σε ευρωπαϊκά δείγματα [19], έτσι ώστε η πλειονότητα των κοινών SNPs είναι καλά συλλαμβάνονται από συστοιχίες γονοτυπική ολόκληρου γονιδιώματος που περιέχουν 100.000 σημειωτές ή περισσότερο, είτε απευθείας ή μέσω ανισορροπία σύνδεσης [20]. Τα αποτελέσματά μας είναι συνεπή με αυτό το σχήμα και παρέχουν σημαντικές πληροφορίες σχετικά με το εύρος της εφαρμογής της μεθόδου μας, γεγονός που υποδηλώνει ότι η δύναμη μπορεί να επιτευχθεί με τη σημερινή γενιά των συστοιχιών είναι κοντά στη μέγιστη ισχύ της IBD χαρτογράφησης.

Ο χρόνος τρέχει του FounderTracker γραμμικά σχετίζεται με τον αριθμό των δειγμάτων και των δεικτών SNP αναλύθηκαν. Για παράδειγμα, η επεξεργασία του συνόλου των δεδομένων της παιδικής ηλικίας ACT (13 δείγματα, 9762 SNPs) πήρε 4 λεπτά 07 δευτερόλεπτα, και το μεγαλύτερο κίνηση προσομοιώσεις μας, για ένα σύνολο δεδομένων 100 χρωμοσώματος 1 απλοτύπων (80158 SNPs), πήρε 2 ώρες 48 λεπτά ένα ενιαίο πυρήνα επεξεργαστή Intel Xeon X5470 Quad-core τρέχει σε 3,33 GHz. Ωστόσο, όπως προαναφέρθηκε, μικρή αύξηση της ισχύος θα αναμενόταν από την ανάλυση των δεδομένων πυκνότερο SNP, έτσι ώστε η ποσότητα των δεδομένων που αναλύθηκαν μπορεί να περιοριστεί, όσον αφορά τους δείκτες, στο τρέχον περιεχόμενο SNP συστοιχιών υψηλής ευκρίνειας.

Συζήτηση

οι περισσότερες από τις ανεπιθύμητες ιδρυτή ανιχνευθεί μέχρι σήμερα αποκαλύφθηκαν από στοχευμένες μελέτες των πολυμορφικών δεικτών γύρω από πολύ γνωστό του καρκίνου που σχετίζονται με μεταλλάξεις. Έχουμε εισαγάγει εδώ την πρώτη συστηματική προσέγγιση για την ανίχνευση μεταλλάξεων ιδρυτή με βάση γονιδίωμα-ευρεία, από πυκνή SNP προφίλ των δειγμάτων όγκου

Οι SNP συστοιχίες χρησιμοποιούνται ευρέως στην έρευνα για τον καρκίνο για δύο κυρίως λόγους:. Η ανακάλυψη του κινδύνου βλαστική παραλλαγές σε μελέτες σύνδεσης ή της ένωσης, και η αναγνώριση των επαναλαμβανόμενων αναδιατάξεις χρωμοσωμάτων. Οι ερευνητές συνήθως μελετήσει αποκλειστικά το γονιδίωμα βλαστική για μελέτες σύνδεσης, ή το γονιδίωμα του όγκου για την ανάλυση των αναδιατάξεων των χρωμοσωμάτων, αλλά μια συνδυασμένη ανάλυση των αλληλομόρφων κινδύνου και χρωμοσωμικές ανωμαλίες έχει αποδειχθεί ότι είναι γόνιμη [21]. Σε αυτή τη μελέτη, χρησιμοποιήσαμε ΑΕ να δώσουν προτεραιότητα σε περιοχές που παρουσιάζουν ενδιαφέρον για IBD χαρτογράφησης. Ένας από τους περιορισμούς αυτής της προσέγγισης είναι ότι άλλοι μηχανισμοί, όπως η μετάλλαξη ή προαγωγός υπερμεθυλίωση, μπορεί να αδρανοποιήσει τον άγριου τύπου ομόλογό ενός μεταλλαγμένου γονιδίου απουσία του LOH. Ωστόσο, προηγούμενες μελέτες έχουν δείξει ΑΕ να είναι ένα κοινό «δεύτερο χτύπημα» στην βλαστική φορείς μετάλλαξης [22], [23]. Η προσέγγισή μας είναι επομένως πιθανό να είναι σχετικές σε ένα μεγάλο ποσοστό των περιπτώσεων. Επιπλέον, απλοτύπων υψηλής εμπιστοσύνης μπορεί να συναχθεί από το προφίλ SNP όγκου σε περιοχές της ΑΕ. ανίχνευση IBD μπορεί έτσι να πραγματοποιηθεί με αυστηρές παραμέτρους, καθιστώντας τη μέθοδο ιδιαίτερα εξειδικευμένες. Τέλος, ΑΕ σε έναν τόπο γονιδίου του καρκίνου είναι πιθανό να είναι πιο συχνή σε φορείς μετάλλαξης σε σχέση με τους μη φορείς, όπως έχει ήδη αποδειχθεί για την

BRCA

γονίδια [24]. Με την εξέταση μόνο δείγματα με ΑΕ για κάθε υποψήφια περιοχή, μπορεί έτσι να είναι σε θέση να ανιχνεύσει συντηρημένες απλοτύπων χαμηλής συχνότητας που δεν θα έχουν εντοπιστεί ως σημαντική λαμβάνοντας υπόψη το σύνολο του όγκου που.

Όχι υφιστάμενη προσέγγιση ήταν ακριβώς σχεδιασμένο για τη συστηματική ανίχνευση μεταλλάξεων ιδρυτής στον καρκίνο, αλλά η μέθοδος για την ανίχνευση DASH συστάδες απλοτύπων που μοιράζονται ταυτότητα κατά την κάθοδο θα μπορούσε εύκολα να προσαρμοστεί σε σκοπούς μας. Η διαφορά μεταξύ FounderTracker και DASH έγκειται στο χαρακτηρισμό σημαντικά επαναλαμβανόμενα IBD από ζεύγη ταιριάζει IBD. DASH προσδιορίζει συστάδες των απλοτύπων διατηρούνται σε αρκετά δείγματα. Κάποιος μπορεί τότε δοκιμαστεί εάν ένα από αυτά τα απλοτύπων σημαντικά υπερεκπροσωπείται σε όγκους, σε σύγκριση με φυσιολογικούς μάρτυρες. Ένας περιορισμός αυτής της προσέγγισης είναι ότι, από τη στιγμή που εντοπίζονται συστάδες, η δοκιμή ένωση δεν λαμβάνει υπόψη το μήκος των διατηρημένων απλοτύπων. Αντίθετα, η προσέγγιση FounderTracker αξιολογεί μια βαθμολογία IBD που λαμβάνει υπόψη τόσο τη συχνότητα και τη διάρκεια των διατηρημένων απλοτύπων. Ως αποτέλεσμα, FounderTracker ξεπέρασε σημαντικά DASH για την ανίχνευση απλοτύπων διατηρούνται σε% δείγματα ≤10. Αυτό κάνει μια σημαντική διαφορά όσον αφορά τις εφαρμογές, δεδομένου ότι οι μεταλλάξεις ιδρυτής είναι πιθανό να είναι σχετικά σπάνια στις περισσότερες περιπτώσεις. Για παράδειγμα, μια μετάλλαξη ιδρυτής του παρόντος μόνο το 5% των όγκων, που βρίσκεται μέσα σε ένα συντηρημένο απλότυπος του μέσου μήκους 5 cm, (όπως το ΤΡ53 p.R337H

μετάλλαξη στη βραζιλιάνικη ACT) θα πρέπει να ανιχνεύεται με ισχύ 0,92 με FounderTracker έναντι 0 με DASH (Πίνακας 1). Εκτός αυτού, ο απλότυπος γύρω από

SDHD

, συντηρημένα σε δύο παραγαγγλιωμάτων, δεν ανιχνεύεται από DASH (Σχήμα S5). Μια άλλη υπάρχουσα μέθοδο για την ανίχνευση IBD σε πολλαπλά άτομα είναι η προσέγγιση Markov Chain Monte Carlo (MCMC) [6]. Ωστόσο, αυτή η μέθοδος είναι ιδιαίτερα εντατική υπολογισμούς, και οι συγγραφείς περιέγραψαν την εφαρμογή της σε μικρό σύνολα δεδομένων μόνο (κατ ‘ανώτατο όριο των 15 δειγμάτων και 1278 SNPs). Όταν προσπαθήσαμε να εφαρμόζουν την προσέγγιση αυτή σε σειρά μας των δεδομένων για την παιδική ηλικία του φλοιού των επινεφριδίων όγκους, η μέθοδος απέτυχε να συγκλίνει μετά από αρκετές ημέρες. Αντίθετα, FounderTracker ήταν σε θέση να επεξεργάζονται το ίδιο σύνολο δεδομένων μέσα σε λίγα λεπτά. Καταλήγουμε στο συμπέρασμα ότι MCMC δεν είναι πολύ κατάλληλη για την ανάλυση των δεδομένων συστοιχίας SNP υψηλής ευκρίνειας.

Δείχνουμε, με προσομοίωση των δεδομένων, ότι η μέθοδος μας μπορεί να ανιχνεύσει διατηρημένη απλοτύπων τουλάχιστον 0,5 cm σε μήκος (Εικόνα S4) . Chapman

et al.

Έδειξαν ότι, μετά από 100 γενιές τυχαίο ζευγάρωμα σε ένα αυξανόμενο πληθυσμό, IBD εκτάσεις θα έχουν μέσο μήκος 0,6 cM [25]. Η μέθοδός μας είναι επομένως κατάλληλη για την ανίχνευση του καρκίνου που σχετίζονται με μεταλλάξεις που εμφανίστηκαν λιγότερο από 100 γενιές πριν. Από FounderTracker βασίζεται στην μηδενική κατανομή της IBD βαθμολογίες για τον εντοπισμό σημαντικά διατηρημένη απλοτύπων, εμείς ενθαρρύνουμε τους χρήστες FounderTracker να χρησιμοποιηθούν τα δείγματα αναφοράς της ίδιας καταγωγής, όπως τα δείγματα όγκων για τον υπολογισμό null διανομές. Εν τη απουσία ενός συνόλου δεδομένων αναφοράς της Βραζιλίας, χρησιμοποιήσαμε τα δεδομένα CEU του έργου 1.000 γονιδιώματος ως σημείο αναφοράς για την ανάλυση του φλοιού των επινεφριδίων όγκων, επειδή ο πληθυσμός της πολιτείας Parana είναι κυρίως ευρωπαϊκής προέλευσης [26].

όσον αφορά τη συχνότητα, FounderTracker μπορεί να ανιχνεύσει, με υψηλή ισχύ, οι απλότυποι που διατηρούνται σε περισσότερο από 5% των δειγμάτων, ανάλογα με το μήκος των τμημάτων IBD. Το ποσοστό των όγκων που φέρουν μια μετάλλαξη ιδρυτή σε ένα τυχαίο δείγμα του πληθυσμού εξαρτάται κυρίως από την γενετική ποικιλότητα του πληθυσμού και την επικράτηση της ασθένειας. Σπάνιες μορφές καρκίνου, όπως η παιδική ACT, με υψηλότερο επιπολασμό σε μια συγκεκριμένη γεωγραφική περιοχή είναι ιδανική για IBD χαρτογράφηση, επειδή σχεδόν όλες οι περιπτώσεις οφείλονται στην ιδρυτική μετάλλαξη. Σε κοινές ασθένειες, όπως ο καρκίνος του μαστού, οι μεταλλάξεις ιδρυτής υψηλής συχνότητας αρχικά περιγράφεται σε γεωγραφικά ή πολιτιστικά απομονωμένους πληθυσμούς. Για παράδειγμα, το

BRCA1

και

BRCA2

μεταλλάξεις ιδρυτή αρχικά ανακαλύφθηκε στο Ασκενάζι Εβραίων [27], [28] και στη Φινλανδία [29], αντίστοιχα. Ωστόσο, η εκτεταμένη ανάλυση των δύο αυτών γονιδίων σε πολλές γεωγραφικές περιοχές έκτοτε αποκάλυψε την ύπαρξη περισσότερων από 20 διαφορετικές μεταλλάξεις ιδρυτή σε διάφορες περιοχές [30]. Τα ευρήματα αυτά υποδηλώνουν ότι οι μεταλλάξεις ιδρυτής μπορεί να είναι πιο συχνές από ό, τι σήμερα πίστευαν. FounderTracker μπορεί να χρησιμοποιηθεί σε απευθείας σύνδεση μέσω ενός web εφαρμογή, και ο πηγαίος κώδικας μπορεί να κατεβάσει από την ιστοσελίδα μας (https://cit2.ligue-cancer.net/FounderTracker).

Υλικά και Μέθοδοι

ασθενείς και ηθική δήλωση

Δεκατρείς ασθενείς ACT από μια βραζιλιάνικη ομάδα [31] συμπεριλήφθηκαν στην παρούσα μελέτη. Δεοντολογική έγκριση για τη μελέτη λήφθηκε από την Πρίνσιπε Επιτροπής Pequeno Νοσοκομείο Δεοντολογίας (Curitiba, Βραζιλία) και CONEP (Ομοσπονδιακής Επιτροπής Δεοντολογίας στην Μπραζίλια, Βραζιλία) το 2009. Σε όλες τις περιπτώσεις, ένας από τους γονείς ή τους νόμιμους αντιπροσώπους υπογράψει ένα έντυπο συγκατάθεσης που εγκρίθηκε από την τοπική επιτροπή δεοντολογίας. DNA εκχυλίστηκε από τον όγκο και το περιφερικό αίμα όπως περιγράφηκε προηγουμένως [31].

TP53

μετάλλαξη ανάλυση πραγματοποιήθηκε όπως περιγράφηκε προηγουμένως [32].

δείγματα όγκων από τριάντα ασθενείς με φαιοχρωμοκύττωμα ή παραγαγγλιώματος από το γαλλικό δίκτυο COMETE, που συλλέγονται από την Georges Pompidou Ευρωπαϊκό Νοσοκομείο, συμπεριλήφθηκαν στην αυτή η μελέτη. Δεοντολογική έγκριση για τη μελέτη λήφθηκε από την επιτροπή δεοντολογίας (CPP Παρίσι-Cochin, Ιανουάριος 2007). Όλοι οι ασθενείς παρέχεται γραπτή συγκατάθεση για τη συλλογή των δειγμάτων και τις επόμενες αναλύσεις. Tumor DNA εκχυλίστηκε όπως περιγράφηκε προηγουμένως [33]. Κλινική

NF1

διάγνωση και γενετικές εξετάσεις για το

RET

,

SDHA

,

SDHB

,

SDHC

,

SDHD

και

VHL

διεξήχθη όπως περιγράφηκε προηγουμένως [33].

SNP υβριδισμού συστοιχία και την προεπεξεργασία

Τα δείγματα 13 του φλοιού των επινεφριδίων όγκου αναλύθηκαν με Illumina HumanCNV370-Duo v1. 0 τσιπ, που περιέχει 370.404 ανιχνευτές, και οι έξι συμφωνημένα φυσιολογικά δείγματα αναλύθηκαν με Illumina HumanCNV370-Quad v3.0 τσιπ, που περιέχει 373.397 ανιχνευτές. Τα 30 φαιοχρωμοκυττωμάτων /παραγαγγλιωμάτων αναλύθηκαν με Illumina Human610-Quad v1.0 τσιπ, που περιέχει 620.901 ανιχνευτές. Ο υβριδισμός διεξήχθη με IntegraGen (Evry, Γαλλία), σύμφωνα με τις οδηγίες που παρέχονται από τον κατασκευαστή συστοιχία. Πρώτες σήματα φθορισμού εισήχθησαν Illumina λογισμικό BeadStudio και κανονικοποιούνται, όπως περιγράφηκε προηγουμένως [34], για να ληφθεί η αναλογία log R (LRR) και Β συχνότητα αλληλόμορφου (BAF) για κάθε SNP. page:

https://mathgen.stats.ox.ac.uk/impute/impute_v2.html#download_reference_data.

Assessing