Αφηρημένο

Η βάση δεδομένων για τα Ανθρώπινα γαστρικών καρκίνων (DBGC) είναι μια ολοκληρωμένη βάση δεδομένων που ενσωματώνει τις διάφορες ανθρώπινες γαστρικού καρκίνου που σχετίζονται με τους πόρους δεδομένων. Ανθρώπινο γαστρικό έργα σχετίζονται με τον καρκίνο transcriptomics, πρωτεομική έργα, μεταλλάξεις, βιοδείκτες και τα ναρκωτικά ευαίσθητα γονίδια από διάφορες πηγές συλλέχθηκαν και ενοποιούνται σε αυτή τη βάση δεδομένων. Επιπλέον, επιδημιολογικές στατιστικές των ασθενών με γαστρικό καρκίνο στην Κίνα και κλινικοπαθολογοανατομικές πληροφορίες σχολιασμένο με γαστρικό περιπτώσεων καρκίνου είχαν επίσης ενσωματωθεί στο DBGC. Πιστεύουμε ότι αυτή η βάση δεδομένων θα διευκολύνει σημαντικά την έρευνα σχετικά με τα ανθρώπινα γαστρικού καρκίνου σε πολλούς τομείς. DBGC είναι ελεύθερα διαθέσιμο σε https://bminfor.tongji.edu.cn/dbgc/index.do

Παράθεση: Wang C, Zhang J, Cai Μ, Zhu Ζ, Gu W, Yu Υ, κ.ά. . (2015) DBGC: Μια βάση δεδομένων του Ανθρώπινου γαστρικού καρκίνου. PLoS ONE 10 (11): e0142591. doi: 10.1371 /journal.pone.0142591

Επιμέλεια: Arun Sreekumar, Baylor College of Medicine, Ηνωμένες Πολιτείες |

Ελήφθη: 18 Φεβ 2015? Αποδεκτές: 24 Οκτ, 2015? Δημοσιεύθηκε: 13 του Νοέμβρη 2015

Copyright: © 2015 Wang et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα: Τα δεδομένα να είναι διαθέσιμες μέσω Datadryad (https://datadryad.org). Ο μοναδικός αριθμός πρόσβασης είναι: doi:. 10.5061 /dryad.271dk

Χρηματοδότηση: Το έργο αυτό χρηματοδοτήθηκε εν μέρει από τις επιχορηγήσεις από το Εθνικό Ίδρυμα Φυσικών Επιστημών της Κίνας (81172329, 31571363, 81372644, 81372645 και 8157111077), Κινέζικα εθνικό High Tech Πρόγραμμα (2012AA02A504 και 2012AA02A203), η Διεθνής Συνεταιριστική έργου από τη Σαγκάη Επιστήμης και Τεχνολογίας της Επιτροπής (12.410.706.400), Ίδρυμα Καινοτομίας της Translational Medicine της Σαγκάης Jiao Tong University School of Medicine (15ZH1002 και 15ZH3001), Fong Shu Fook Ίδρυμα Tong και του γαστρεντερικού Καρκίνωμα βιοτράπεζα έργου της Σαγκάης Jiao Tong University School of Medicine. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Ως ένας από τους πιο κοινούς καρκίνους, γαστρικό καρκίνο έχει την τρίτη υψηλότερη θνησιμότητα και νοσηρότητα τέταρτο υψηλότερο όλων των καρκίνων σε όλο τον κόσμο [1]. Σύμφωνα με τα στατιστικά στοιχεία GloboCan το 2012, νέα γαστρικό περιπτώσεις καρκίνου αριθμούσε σχεδόν ένα εκατομμύριο (952.000), και περισσότεροι από 700.000 θάνατοι προκλήθηκαν από καρκίνο του στομάχου? σχεδόν οι μισοί από αυτούς τους ασθενείς προέρχονταν από την Κίνα (405.000 νέα κρούσματα και 325.000 θάνατοι) [1, 2]. Παρά το γεγονός ότι τόσο η θνησιμότητα και νοσηρότητα του καρκίνου του στομάχου έχουν μειωθεί τα τελευταία χρόνια, το ποσοστό επιβίωσης 5-ετών παραμένει αρκετά χαμηλό [3]. Ως εκ τούτου, γαστρικό καρκίνο θα παραμείνει μία από τις πιο δύσκολες προκλήσεις για τους ερευνητές και τους γιατρούς για μεγάλο χρονικό διάστημα [4].

Οι ερευνητές σε όλο τον κόσμο έχουν ολοκληρώσει πολλές γονιδιωματική, transcriptomics, πρωτεομική και επιδημιολογικές έρευνες και κλινικές δοκιμές σχετικά με την παθογένεση και θεραπείες του καρκίνου του στομάχου [5-10]. Οι έρευνες αυτές έχουν προκαλέσει τεράστιες ποσότητες δεδομένων που σχετίζονται με καρκίνο του στομάχου, και η ταχύτητα των ερευνών αυτών επιταχύνεται με την ταχεία ανάπτυξη της γνώσης του καρκίνου, μείωση του κόστους της ανίχνευσης και υπολογισμού, και την εξάπλωση του Διαδικτύου [11]. Τα δεδομένα αυτά περιέχουν σημαντικές πληροφορίες για την έρευνα και τη θεραπεία του καρκίνου του στομάχου. Ωστόσο, λόγω του περιορισμένου φόντο γνώση των κλινικών ιατρών και των θεμελιωδών ερευνητών, το δυναμικό αυτών των δεδομένων δεν μπορεί να αναπτυχθεί πλήρως. Νέες τεχνολογίες και μεθόδους έρευνας εξακολουθούν να απαιτούν την ανάπτυξη? Ωστόσο, χαμηλή απόδοση στη διαχείριση δεδομένων είναι ένα πρωταρχικό περιορισμός αυτής της ανάπτυξης [12]. Λόγω της μακροχρόνιας συσσώρευσης της αποκεντρωμένης έρευνας, τα στοιχεία αυτά και τις μορφές τους ικανοποιεί μόνο τις ατομικές ανάγκες, χωρίς την ολοκλήρωση και την τυποποίηση και με αποτέλεσμα τη διαφοροποίηση, ισομερισμού, και ανατομή των δεδομένων για τον καρκίνο [13, 14].

Προς το παρόν, είναι άφθονα κλινικών και θεμελιώδεις μελέτες σχετικά με γαστρικό καρκίνο προγραμματιστεί ή σε εξέλιξη. Οι διάφοροι τύποι των δεδομένων που είναι αποθηκευμένα σε διαφορετικά συστήματα βάσεων δεδομένων [13], χωρίς κοινή χρήση ή την επικοινωνία. Έτσι, συσχετίζεται έντονα πληροφορίες παραμένουν απομονωμένα, σε ό, τι ονομάζονται «νησίδες πληροφοριών». Από τη μία πλευρά, ανατομή των δεδομένων αυξάνει τη δυσκολία της εξόρυξης δεδομένων, ενώ από την άλλη πλευρά, εμποδίζει τους κλινικούς γιατρούς να κάνουν πλήρη χρήση των αποτελεσμάτων της βασικής έρευνας για την ανάπτυξη κλινικών δοκιμών και εφαρμογών και κρατά τα θεμελιώδη ερευνητές από την εκτέλεση αποτελεσματική διερευνητικές μελέτες που αναφέρονται σε κλινικά σχετικές πληροφορίες [15].

σε αυτήν την κατάσταση, την ανάκτηση εκτενείς πληροφορίες για καρκίνο του στομάχου δεν είναι ένα εύκολο έργο, καθώς και τμήματα αυτών των δεδομένων μπορεί να εξαφανιστούν στον ωκεανό του Διαδικτύου, η οποία θα είναι πολύ ατυχές.

η έρευνα πήρε πλεονέκτημα των πόρων από το Internet και δημοσιεύσεις από το κινεζικό Κέντρο Ελέγχου και Πρόληψης Νοσημάτων (CDC) και το γαστρικό Κέντρο Καρκίνου για Διάγνωση και Θεραπεία, Βασικά Εργαστήριο του γαστρικού Νεοπλάσματα στη Σαγκάη. Αυτή η μελέτη συλλέγονται συστηματικά διάφορους τύπους των γαστρικών δεδομένων σχετίζονται με τον καρκίνο, την ολοκληρωμένη αυτούς τους πόρους δεδομένων μετά τη διήθηση και την τυποποίηση, και τελικά σχηματίζεται η πρώτη ολοκληρωμένη βάση γνώσεων για την ανάλυση του καρκίνου του στομάχου.

Υλικά και Μέθοδοι

πηγές δεδομένων

Η βάση δεδομένων για τα Ανθρώπινα γαστρικός καρκίνος (DBGC) έχει ενσωματώσει τα ακόλουθα γαστρικού καρκίνου που σχετίζονται με τους πόρους:

τα επιδημιολογικά στατιστικά στοιχεία των ασθενών με καρκίνο του στομάχου στην Κίνα από τις δημοσιεύσεις CDC

κλινικοπαθολογοανατομικές πληροφορίες σχετικά με γαστρικό ιστό καρκίνου μετά τη χειρουργική εκτομή από ασθενείς διαγνώστηκαν στη Σαγκάη Ruijin Νοσοκομείο

Μοριακής βιολογικών δεδομένων για καρκίνο του στομάχου από δημόσιους πόρους στο διαδίκτυο (συμπεριλαμβανομένων και καρκίνο του στομάχου που σχετίζονται με μεταλλάξεις, βιοδείκτες, γονίδια τα ναρκωτικά ευαίσθητοι, έργα transcriptomics και αντίστοιχο διαφορικά εκφραζόμενων γονιδίων και πρωτεϊνωματική έργα και τις αντίστοιχες διαφορικά εκφρασμένων πρωτεϊνών)

Πρώτες ερευνητικά δεδομένα από τη Σαγκάη Ινστιτούτο Πεπτικού Χειρουργικής και Εργαστήριο Σαγκάη Κλειδί του γαστρικού Νεοπλάσματα

η

Συλλογή δεδομένων

1) Οι επιδημιολογικές στατιστικές των ασθενών με γαστρικό καρκίνο στην Κίνα.

Το CDC έχει καθιερώσει σύστημα αναφοράς καρκίνο για πολλά χρόνια και έχει συσσωρεύσει πλούσια επιδημιολογικές πληροφορίες για ασθενείς με καρκίνο στην Κίνα. Τα επιδημιολογικά στατιστικά στοιχεία του γαστρικού καρκίνου, συμπεριλαμβανομένου του αριθμού περίπτωση, τον αριθμό του θανάτου, το ποσοστό εμφάνισης (αργού ρυθμού, προσαρμοσμένη στην ηλικία και το αθροιστικό ποσοστό), το ποσοστό θνησιμότητας (αργού ρυθμού, προσαρμοσμένη στην ηλικία και το αθροιστικό ποσοστό), και η συχνότητα (ή θνησιμότητα) κατανομή ανά ηλικιακή ομάδα εξήχθησαν με το χέρι από δημοσιεύσεις CDC. DBGC 1.0 καλύπτει όλες τις επιδημιολογικές στατιστικές για όλες τις τυπικές περιοχές της Κίνας από τα έτη 2004 έως 2009, καθώς και οι πρόσθετες στατιστικές θα περιλαμβάνονται στην αναβαθμισμένη έκδοση.

2) κλινικοπαθολογοανατομικές πληροφορίες σχετικά με γαστρικό καρκινικό ιστό.

κλινικοπαθολογοανατομικές πληροφορίες που παρέχονται από τη Σαγκάη Ruijin Νοσοκομείο. Οι μέθοδοι ταξινόμησης και στάσης που συνήθως χρησιμοποιείται για γαστρικό τη διάγνωση του καρκίνου σχολιάστηκαν χρησιμοποιώντας γαστρικό περιπτώσεων καρκίνου διαγιγνώσκονται σε Ruijin Νοσοκομείο. Τυπικά γαστρικό καρκίνο ιστούς διαφορετικά στάδια και οι τύποι επιλέχθηκαν από μια γαστρική βιοτράπεζα καρκίνου που έχουμε διατηρήσει για χρόνια. Όλες οι πληροφορίες των ασθενών ήταν ανώνυμες και de-εντοπίστηκαν πριν από την ανάλυση μας.

3) Μοριακή βιολογικά δεδομένα για τον καρκίνο του στομάχου από δημόσιους πόρους στο διαδίκτυο.

Μοριακής βιολογικά δεδομένα εξήχθησαν και επιμέλεια από online πηγές. δεδομένα Transcriptomics συλλέχθηκαν από τη βάση δεδομένων GEO (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) και η βάση δεδομένων ΕΒΙ (https://www.ebi.ac.uk/). δεδομένα πρωτεομική εξήχθησαν από τη δημοσιευμένη βιβλιογραφία με χειροκίνητη ανάγνωση και την τυποποίηση [16, 17]. δεδομένα μετάλλαξης συλλέχθηκαν από τη βάση δεδομένων dbVar (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbvar/), βάση δεδομένων ΟΜΙΜ (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim/), βάση δεδομένων HGMD (https://www.hgmd.org/), και δημοσιευμένη βιβλιογραφία [18, 19]. Όλα τα δεδομένα βιοδείκτη εκχυλίστηκαν από τη δημοσιευμένη βιβλιογραφία [20, 21]. γονίδια που σχετίζονται με τα ναρκωτικά εξήχθησαν από τη βάση δεδομένων PharmGKB (https://www.pharmgkb.org/), βάση δεδομένων CancerDR (https://crdd.osdd.net/raghava/cancerdr/) και δημοσιευμένη βιβλιογραφία [22, 23]. Σχεδιάσαμε λεπτομερή πρότυπα για εξαγωγή, για κάθε τύπο των μοριακών πόρων βιολογικών δεδομένων, καθώς και κάθε διαδικασία συλλογής δεδομένων έπρεπε να ακολουθήσουν αυτά τα πρότυπα για τη διασφάλιση της συνοχής των δεδομένων. Η λεπτομερής διαδικασία συλλογής παρέχεται παρακάτω:

δεδομένων

Transcriptomics:

Αναζήτηση στη βάση δεδομένων του GEO χρησιμοποιώντας τις ακόλουθες λέξεις-κλειδιά 🙁 «νεοπλάσματα του στομάχου» [Όροι MeSH] Ή «τον καρκίνο του στομάχου» [Όλα τα πεδία] ) κΑΙ «Homo sapiens» [porgn].

Φιλτράρετε τα αποτελέσματα με το χέρι, και να επιλέξετε τις δημοσιεύσεις που σχετίζονται με την ανθρώπινη γαστρικού καρκίνου για τα επόμενα εξαγωγή πληροφοριών.

Ταξινομήστε τα προγράμματα από το μέγεθος του δείγματος και το είδος του δείγματος .

πληροφορίες για τη δημοσίευση Απόσπασμα (τίτλος, χρόνος έκδοσης, τον τύπο πειράματος, τύπο ιστού, την ποσότητα του δείγματος, την περιγραφή του δείγματος, το δείγμα του πειράματος, δείγμα του ελέγχου, πλατφόρμα, GSE ταυτότητας, GSM ταυτότητες, download links, και τη λογοτεχνία παραπομπή ) με το χέρι, αναφερόμενος στην MIAME (Ελάχιστες πληροφορίες Περίπου ένα πείραμα μικροσυστοιχιών).

ανεπεξέργαστα δεδομένα προ-επεξεργασίας (αρχεία μήτρα σειρά στη βάση δεδομένων GEO) χρησιμοποιώντας Perl να εξαλειφθούν οι διαφορές από διαφορετικές πλατφόρμες.

Απόσπασμα διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων χρησιμοποιώντας R γλώσσα

Η

δεδομένα πρωτεομική:

Αναζήτηση ανεπεξέργαστα δεδομένα στο PubMed χρησιμοποιώντας τις ακόλουθες λέξεις-κλειδιά: ( «πρωτεϊνωματική» [Όροι MeSH] Ή «πρωτεϊνωματική» [ ,,,0],όλα τα πεδία]) ΚΑΙ ( «νεοπλάσματα του στομάχου» [Όροι MeSH] Ή ( «στομάχι» [όλα τα πεδία] ΚΑΙ «νεοπλάσματα» [όλα τα πεδία]) ή «νεοπλάσματα του στομάχου» [όλα τα πεδία] Ή ( «γαστρική» [όλα τα πεδία] κΑΙ «καρκίνος» [Όλα τα πεδία]) ή «γαστρικό καρκίνο» [Όλα τα πεδία]).

Φιλτράρετε τα αποτελέσματα με το χέρι, και επιλέξτε την πρωτεομική δημοσιεύσεις που σχετίζονται με την ανθρώπινη γαστρικού καρκίνου για τα επόμενα εξαγωγή πληροφοριών.

Χρησιμοποιήστε αυτά τα έγγραφα, όπως τη λογοτεχνία σπόρων και φιλτράρετε ξανά τις αναφορές.

Ταξινομήστε τις δημοσιεύσεις από το μέγεθος του δείγματος και το είδος του δείγματος.

διαβάστε Χειροκίνητη έγγραφα και εξάγει πληροφορίες δημοσίευση (τίτλος, χρόνος έκδοσης, δείγμα ποσότητα, το πείραμα του δείγματος, τον έλεγχο του δείγματος, την περιγραφή του δείγματος, η μέθοδος της τεχνολογίας που χρησιμοποιείται, διπλώστε την αλλαγή, μέχρι ρυθμιζόμενη ποσότητα πρωτεΐνης, κάτω-ρυθμιζόμενη ποσότητα πρωτεΐνης, και αναφορά) και τα αντίστοιχα up-ρυθμιζόμενες πρωτεΐνες και τα κάτω-ρυθμιζόμενες πρωτεΐνες (με βάση τα συμπεράσματα της συγγραφείς)

Η

δεδομένα μετάλλαξη:.

Αναζήτηση στις βάσεις δεδομένων ΟΜΙΜ, HGMD και dbVar χρησιμοποιώντας τις λέξεις-κλειδιά «γαστρικού καρκίνου» και εξάγει πληροφορίες μετάλλαξη (γονίδιο, είδος μετάλλαξης, την περιγραφή των cDNA , την περιγραφή της πλήρους ΑΑ, την περιγραφή της ΑΑ, και αναφορά)

Αναζήτηση στο PubMed χρησιμοποιώντας τις ακόλουθες λέξεις-κλειδιά:. ( «μετάλλαξη» [Όροι MeSH] Ή «μετάλλαξη» [Όλα τα πεδία]) κΑΙ ( «νεοπλάσματα του στομάχου «[Όροι MeSH] Ή (» στομάχι «[Όλα τα πεδία] ΚΑΙ» νεοπλάσματα «[Όλα τα πεδία]) ή» νεοπλάσματα του στομάχου «[Όλα τα πεδία] Ή (» γαστρική «[Όλα τα πεδία] ΚΑΙ» καρκίνος «[Όλα τα πεδία]) Ή «γαστρικό καρκίνο» [Όλα τα πεδία]).

Φιλτράρετε τα αποτελέσματα με το χέρι, και επιλέξτε τις εργασίες που σχετίζονται με την ανθρώπινη γαστρικού καρκίνου για τα επόμενα εξαγωγή πληροφοριών.

Πάρτε αυτά τα έγγραφα, όπως τη λογοτεχνία σπόρων και το φίλτρο οι αναφορές και πάλι.

Διαβάστε αυτά τα έγγραφα και εξάγει πληροφορίες μετάλλαξη χειροκίνητα (γονίδιο, είδος μετάλλαξης, την περιγραφή των cDNA, την περιγραφή της πλήρους ΑΑ, την περιγραφή της ΑΑ, και αναφορά).

Κατάργηση διπλότυπων δεδομένων από τις τέσσερις πηγές

Η

στοιχεία βιοδεικτών:.

Αναζήτηση στο PubMed χρησιμοποιώντας τις ακόλουθες λέξεις-κλειδιά:

( «βιολογικών δεικτών» [Όροι MeSH] Ή ( «βιολογικό» [All πεδία] ΚΑΙ «δείκτες» [Όλα τα πεδία]) ή «βιολογικών δεικτών» [Όλα τα πεδία] Ή «βιοδεικτών» [Όλα τα πεδία]) ΚΑΙ ( «νεοπλάσματα του στομάχου» [Όροι MeSH] Ή ( «στομάχι» [Όλα τα πεδία] ΚΑΙ » νεοπλάσματα «[Όλα τα πεδία]) ή» νεοπλάσματα του στομάχου «[Όλα τα πεδία] Ή (» γαστρική «[Όλα τα πεδία] ΚΑΙ» καρκίνος «[Όλα τα πεδία]) ή« γαστρικό καρκίνο »[Όλα τα πεδία]).

φιλτράρετε τα αποτελέσματα με το χέρι, και επιλέξτε τις εργασίες που σχετίζονται με την ανθρώπινη γαστρικού καρκίνου για τα επόμενα εξαγωγή πληροφοριών.

Πάρτε αυτά τα έγγραφα, όπως τη λογοτεχνία σπόρων και φιλτράρετε ξανά τις αναφορές.

Διαβάστε αυτά τα έγγραφα και να εξαγάγετε μετάλλαξη πληροφορίες με το χέρι (όνομα βιοδεικτών, το πλήρες όνομα, τον τύπο, το στάδιο, την περιγραφή, τον μηχανισμό, την ευαισθησία, την ειδικότητα, και αναφορά).

Ταξινόμηση των βιολογικών δεικτών με βάση το είδος των βιοδεικτών, το στάδιο, ειδικότητα και ευαισθησία.

η

Drug-ευαίσθητα δεδομένα:.

Αναζήτηση σε PharmGKB χρησιμοποιώντας τις λέξεις-κλειδιά «του γαστρικού καρκίνου» και να εξαγάγετε με μη αυτόματο τρόπο πληροφόρησης για τα ναρκωτικά ευαίσθητα (όνομα φαρμάκου, το όνομα του γονιδίου, ο τύπος του γονιδίου, μηχανισμός, και αναφορά)

Αναζήτηση στο PubMed χρησιμοποιώντας τις ακόλουθες λέξεις-κλειδιά: «αντίσταση» [Όλα τα πεδία] ΚΑΙ ( «νεοπλάσματα του στομάχου» [Όροι MeSH] Ή ( «στομάχι» [Όλα τα πεδία] ΚΑΙ «νεοπλάσματα» [Όλα τα πεδία]) ή «νεοπλάσματα του στομάχου «[Όλα τα πεδία] Ή (» γαστρική «[Όλα τα πεδία] κΑΙ» καρκίνος «[Όλα τα πεδία]) ή« γαστρικό καρκίνο »[Όλα τα πεδία])

Φιλτράρετε τα αποτελέσματα με το χέρι, και επιλέξτε τα έγγραφα που σχετίζονται με την ανθρώπινο γαστρικό αντίσταση του καρκίνου του φαρμάκου για μετέπειτα εξαγωγή πληροφοριών.

Πάρτε αυτά τα έγγραφα, όπως τη λογοτεχνία σπόρων και φιλτράρετε ξανά τις αναφορές.

Συνοψίζοντας τα 19 φάρμακα που συνήθως χρησιμοποιείται για την κλινική θεραπεία του γαστρικού καρκίνου (5- φθοροουριδίνη, καμπτοθεκίνη, καρβοπλατίνη, σισπλατίνη, docetaxel, doxorubicin, υδροχλωρική δοξορουβικίνη, επιρουβικίνη, ετοποσίδη, φθοριοουρακίλη, ιρινοτεκάνη, λευκοβορίνη, μιτομυκίνη c, οξαλιπλατίνη, πακλιταξέλη, ταμοξιφαίνη, trastuzumab, βινβλαστίνη, βινκριστίνη και).

Λαμβάνοντας «σισπλατίνη» όπως ένα παράδειγμα, η αναζήτηση σε PubMed χρησιμοποιώντας λέξεις-κλειδιά:

( «σισπλατίνη» [Όροι MeSH] Ή «σισπλατίνη» [Όλα τα πεδία]) ΚΑΙ «αντίσταση» [Όλα τα πεδία] ΚΑΙ ( «νεοπλάσματα του στομάχου» [Όροι MeSH] Ή ( » στομάχι »[Όλα τα πεδία] ΚΑΙ» νεοπλάσματα «[Όλα τα πεδία]) ή» νεοπλάσματα του στομάχου «[Όλα τα πεδία] Ή (» γαστρική «[Όλα τα πεδία] ΚΑΙ» καρκίνος «[Όλα τα πεδία]) ή« γαστρικό καρκίνο «[Όλες οι πεδία ]).

φιλτράρετε τα αποτελέσματα με το χέρι, και επιλέξτε τις εργασίες που σχετίζονται με την ανθρώπινη γαστρική αντίσταση του καρκίνου του φαρμάκου για μετέπειτα εξαγωγή πληροφοριών.

Πάρτε αυτά τα έγγραφα, όπως τη λογοτεχνία σπόρων και φιλτράρετε ξανά τις αναφορές.

Διαβάστε αυτά τα έγγραφα και να εξαγάγετε τα ναρκωτικά ευαίσθητες πληροφορίες χειροκίνητα (όνομα φαρμάκου, το όνομα του γονιδίου, ο τύπος του γονιδίου, μηχανισμός, και αναφορά).

Η

σχολιασμένη όλα τα γονίδια και τα ναρκωτικά σε αυτή τη βάση δεδομένων για να βοηθήσει χρήστες να κατανοήσουν καλύτερα και να χρησιμοποιήσουν αυτούς τους πόρους δεδομένων. Τα γονίδια σχολιασμένο σύμφωνα με το NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov), HGNC (https://www.genenames.org/), Ensembl (https://feb2014.archive.ensembl.org /) και Gene κάρτες (https://www.genecards.org/). Τα φάρμακα σχολιασμένο σύμφωνα με DrugBank (https://www.drugbank.ca/).

Επιπλέον, μεταλλάξεις που ανιχνεύονται στο έργο TCGA περιελήφθησαν επίσης να σχολιάσετε γονίδια στο DBGC. Οι χρήστες μπορούν να βρουν όλες οι μεταλλάξεις ενός ορισμένου γονιδίου ανιχνεύθηκε στο έργο TCGA. Αυτές οι μεταλλάξεις υποβλήθηκαν σε επεξεργασία με ICGC (https://dcc.icgc.org) με βάση τα δεδομένα TCGA και αναφέρονται από κάθε μετάλλαξη στον DBGC.

Επιπλέον, αρκετές γαστρικό θεμελιώδη ερευνητικά προγράμματα που σχετίζονται με τον καρκίνο έχουν διεξαχθεί από την έρευνα μας ομάδα. Οι περιγραφές του έργου και τα πρωτογενή δεδομένα που παρέχονται στο DBGC για λήψη και περαιτέρω ανάλυση.

Βάση δεδομένων Κατασκευή

Το DBGC είναι μια σχεσιακή βάση δεδομένων με ένα στρώμα δεδομένων MySQL. Μια φιλική προς το χρήστη διεπαφή έχει σχεδιαστεί για να οργανώσετε και τους πόρους δεδομένων της οθόνης χρησιμοποιώντας HTML και JavaScript. Η αλληλεπίδραση μεταξύ του στρώματος των δεδομένων και του web interface ολοκληρώθηκε με τη χρήση της Java EE πλατφόρμα.

Αποτελέσματα και Συζήτηση

Βάση δεδομένων Περιγραφή

Αυτή η βάση δεδομένων αποτελείται κυρίως από τρία συστήματα διαχρονικών δεδομένων , επιδημιολογικές, κλινικοπαθολογοανατομικών και μοριακών βιολογικών δεδομένων (Σχήμα 1). Τα μοριακά βιολογικά δεδομένα αποτελούνται από γαστρικού καρκίνου που σχετίζονται με transcriptomics, πρωτεομική, μετάλλαξη, βιοδεικτών και δεδομένων γονιδιακής ναρκωτικά ευαίσθητα. Τα συνολικά στατιστικά στοιχεία των εν λόγω δεδομένων που παρατίθενται στον Πίνακα 1. Μαζί με τα επιδημιολογικά στατιστικά στοιχεία των ασθενών με γαστρικό καρκίνο στην Κίνα και την κλινικοπαθολογοανατομικές πληροφορίες σχολιασμένο με γαστρικό καρκίνο περιπτώσεις, όλα αυτά τα στοιχεία προέρχονται από δημόσιες βάσεις δεδομένων, εκδόσεις και βιβλιογραφία.

Η

Interfaces Database

1) Γρήγορη Αναζήτηση (Σχήμα 2). Η γρήγορη μονάδα λειτουργία αναζήτησης καθιστά την αναγνώριση του ρόλου ενός γονιδίου ή πρωτεΐνης στο γαστρικό καρκίνο δυνατό, μέσω της εισαγωγής λέξεις-κλειδιά στο πλαίσιο αναζήτησης που βρίσκεται στην μπάρα πλοήγησης. Το αποτέλεσμα της αναζήτησης θα σας πει αν το γονίδιο ή πρωτεΐνη εκφράζεται διαφορικά σε οποιαδήποτε σχέδια ή πρωτεομική έργα transcriptomics και αν έχει ταυτοποιηθεί ως βιοδείκτη για καρκίνο του στομάχου ή ένα γονίδιο ναρκωτικά ευαίσθητα. Επιπλέον, εάν το γονίδιο έχει οποιαδήποτε μετάλλαξη που σχετίζεται με γαστρικό καρκίνο, ένας λεπτομερής κατάλογος θα εμφανίζεται στη σελίδα αποτελεσμάτων. Για παράδειγμα, χρησιμοποιώντας «EGFR» ως λέξη-κλειδί, μπορούμε να συμπεράνουμε ότι αναγνωρίστηκε ως ένα up-ρύθμιση του γονιδίου σε GSE51936 και GSE27342 και ως ένα γονίδιο κάτω-ρυθμίζονται σε GSE29630. Η αντίστοιχη πρωτεΐνη του γονιδίου EGFR ταυτοποιήθηκε ως ένα up-ρυθμιζόμενη πρωτεΐνη σε 3 έργα πρωτεομική (PubMed ταυτότητες: 23161554, 24263233 και 24722433). EGFR έχει αναφερθεί ως παράγοντας πρόγνωση του καρκίνου του στομάχου και σχετίζεται με την αντοχή φαρμάκου σε ιρινοτεκάνη, η οποία είναι ένα ευρέως χρησιμοποιούμενο φάρμακο για τη θεραπεία του καρκίνου του στομάχου. Τέσσερις μεταλλάξεις του EGFR που σχετίζονται με καρκίνο του στομάχου έχουν αναφερθεί (c.2361G & gt? Α, c.2402A & gt? G, c.2573T & gt? G, c.2588G & gt? Α).

Η

2) Περιηγηθείτε και Αναζήτηση (Σχήμα 3). Χρησιμοποιώντας την πλοήγηση, οι χρήστες μπορούν να κάνουν κλικ αντίστοιχα στοιχεία για να περιηγηθείτε τους πόρους δεδομένα που παρέχονται στο DBGC. Λεπτομερείς πληροφορίες θα αναφέρονται παρακάτω. Έχουμε αναπτύξει επίσης διάφορα κριτήρια για κάθε τύπο των πόρων των δεδομένων, μέσω των οποίων θα εμφανιστούν όλα τα στοιχεία δεδομένων που πληρούν τις προϋποθέσεις.

Η

3) Η βάση δεδομένων μας διαφέρει από τις άλλες σε απευθείας σύνδεση πόρους, λόγω της ένταξης της επιδημιολογικής στατιστικές ασθενείς με γαστρικό καρκίνο στην Κίνα. Οι χρήστες μπορούν να συγκρίνουν τα στατιστικά στοιχεία κατά φύλο (άνδρες και γυναίκες), περιοχή (αστικές και αγροτικές), και την ηλικία κατά τη διάγνωση ή θανάτου. τους αριθμούς υποθέσεων, αριθμός ο θάνατος, εμφάνιση ρυθμό, και το ποσοστό θνησιμότητας σε μια επιλεγμένη σειρά έτος μπορεί να εμφανιστεί και στα δύο γράφημα και τον πίνακα μορφή (Σχήμα 4).

Η

Συζήτηση

καρκίνο του στομάχου είναι ένας κορυφαίος καρκίνου σε όλο τον κόσμο τόσο θνησιμότητας και νοσηρότητας. Υψηλότερη επίπτωση και τη θνησιμότητα του καρκίνου του στομάχου παρατηρούνται στις ασιατικές περιοχές, ιδιαίτερα στην Κίνα. Τα επιδημιολογικά στατιστικά στοιχεία του γαστρικού καρκίνου σε αυτή τη βάση δεδομένων ελήφθησαν κυρίως από δημοσιεύματα του CDC, η οποία έχει εμπλακεί σε κακοήθη μελέτες όγκου για αρκετές δεκαετίες και έχει δημιουργήσει περιεκτική αρχεία των ασθενών κακοήθους όγκου στην Κίνα. Τα δεδομένα αυτά έχουν παίξει σημαντικό ρόλο στην προώθηση της πρόληψης του καρκίνου και τη χάραξη πολιτικής υγείας στην Κίνα [24-26]. Μέσα από την ανάκτηση των γαστρικών δεδομένων Cancer Epidemiology σε αυτή τη βάση δεδομένων, οι ερευνητές και οι κλινικοί γιατροί μπορεί να καθορίσει γρήγορα τις επιδημιολογικές τάσεις του γαστρικού καρκίνου στην Κίνα.

Καρκίνος στομάχου που σχετίζονται με μεταλλάξεις, βιοδείκτες, γονίδια τα ναρκωτικά ευαίσθητοι, έργα transcriptomics και τα αντίστοιχα διαφορικά εκφραζόμενα γονίδια, και τα πειράματα πρωτεομική και τα αντίστοιχα διαφορικά εκφρασμένων πρωτεϊνών με το χέρι συλλέγονται από τις ηλεκτρονικές βάσεις δεδομένων και βιβλιογραφία. Η γρήγορη λειτουργία αναζήτησης που παρέχονται από το DBGC επιτρέπει στους ερευνητές να προσδιορίσουν το ρόλο ενός γονιδίου ή πρωτεΐνης στο γαστρικό καρκίνο. Αυτά τα διαφορικά εκφρασμένα γονίδια και πρωτεΐνες περιέχουν άφθονη σημαντικές πληροφορίες για καρκίνο του στομάχου, και πολλές αναλυτικές μελέτες θα μπορούσε να διεξαχθεί με τη χρήση τους.

Η ερευνητική μας ομάδα έχει αποδυθεί σε γαστρικό έρευνα για τον καρκίνο για πολλά χρόνια και έχει συσσωρεύσει σημαντική εμπειρία σε όγκο επιδημιολογική έρευνα, γαστρικό καρκίνο clinicopathology και την έρευνα των βιοδεικτών, κτίριο βιοτράπεζας, μοριακή έρευνα βιολογικό μηχανισμό, η ανάλυση της βιοπληροφορικής και μεγάλης κλίμακας κατασκευή βάσεων δεδομένων [27-30]. Να παρέχει έρευνα και ανάλυση εργαλεία που είναι πιο βολικό και πρακτικό για γαστρικό καρκίνο ερευνητές, κατασκευάσαμε αυτή τη βάση δεδομένων. Η τρέχουσα έκδοση είναι η 1.0. Επειδή οι μεγάλες ποσότητες δεδομένων που παράγονται από διαφορετικές πειραματικές πλατφόρμες σε διαφορετικά πεδία είναι πολύ διασκορπισμένη και ετερογενείς, μερικές χρήσιμες πληροφορίες μπορεί να έχουν χαθεί στη διαδικασία μας συλλογής δεδομένων. Θα συνεχίσουμε την ανάκτηση αυτών των δεδομένων και την ενημέρωση των πιο πρόσφατων δεδομένων για μεγάλο χρονικό διάστημα για να εξασφαλίσει την επικαιρότητα και την πληρότητα των δεδομένων. Στην επόμενη έκδοση, σκοπεύουμε να καλύψει τα νεότερα ανθρώπινη γαστρικού καρκίνου που σχετίζονται με μεταλλάξεις, βιοδείκτες και τα γονίδια τα ναρκωτικά ευαίσθητα. δεδομένων Transcriptomics θα είναι η έμφαση της επόμενης έκδοσης, στο οποίο όλα τα έργα transcriptomics θα είναι εκ νέου αναλύονται για να εξαγάγετε διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων σε διαφορετικές τιμές αλλαγή φορές. Έτσι, οι χρήστες θα μπορούσαν ερώτημα κατά πόσον ένα συγκεκριμένο γονίδιο διαφορικά εκφράζεται μέσα από τη διαμόρφωση του τύπου του δείγματος και διπλώστε τιμή μεταβολής.

Συμπέρασμα

Η βάση δεδομένων που περιγράφεται σε αυτό το άρθρο, το DBGC, είναι μια ολοκληρωμένη και web εύκολα προσβάσιμες βάση δεδομένων του ανθρώπινου γαστρικού καρκίνου. Αυτή η βάση δεδομένων έχει ενσωματώσει μια ποικιλία πηγών δεδομένων που σχετίζονται με τον καρκίνο του στομάχου και του παρέχονται αρκετές εύκολο στη χρήση web-based λειτουργικές ενότητες. Πιστεύουμε ότι η DBGC θα αποτελέσει σημαντικό εργαλείο για την γαστρική κλινικούς γιατρούς του καρκίνου, όγκου βασική έρευνα επιστημόνων, ερευνητών του γονιδιώματος του καρκίνου, κυβέρνηση για τη χάραξη πολιτικής για την υγεία, καθώς και ασθενείς με γαστρικό καρκίνο.