Αφηρημένο

Για να προσδιορίσει τις μεταγραφικές ρυθμιστικές αλλαγές που είναι πιο διαδεδομένη σε συμπαγείς όγκους, πραγματοποιήσαμε μια ανάλυση παν-καρκίνου με τη βοήθεια πάνω από 600 ζευγάρια των όγκων και των παρακείμενων φυσιολογικών ιστών προφίλ στο The Cancer Genome Atlas (TCGA) . Συχνότητα ρύθμιση προς τα άνω υπολογίστηκε σε όλα τα επίπεδα έκφρασης του mRNA, τα επίπεδα έκφρασης microRNA και θέσεις μεθυλίωσης CpG και παρέχεται εδώ ως πόρο. Συχνή που σχετίζονται με όγκους αλλοιώσεις ταυτοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας μια απλή στατιστική προσέγγιση. Πολλές από τις διαπιστωμένες μεταβολές ήταν συνεπή με τον αυξημένο ρυθμό της κυτταρικής διαίρεσης στον καρκίνο, όπως η υπερέκφραση των γονιδίων του κυτταρικού κύκλου και υπερμεθυλίωση των θέσεων σύνδεσης PRC2. Ωστόσο, εντοπίσαμε επίσης τον πολλαπλασιασμό των ανεξάρτητων αλλοιώσεις, οι οποίες αναδεικνύουν νέα μονοπάτια απαραίτητη για το σχηματισμό όγκων. Σχεδόν όλα τα υποδοχέων GABA συχνά ρυθμίζεται προς τα κάτω, με το γονίδιο που κωδικοποιεί την υπομονάδα δέλτα (GABRD) έντονα προς τα πάνω ρυθμισμένη σαν την αξιοσημείωτη εξαίρεση. Μεταβολικές γονίδια επίσης συχνά ρυθμίζεται προς τα κάτω, ιδιαίτερα αφυδρογονασών αλκοόλης και άλλοι συνεπής με την μειωμένη ρόλο της οξειδωτικής φωσφορυλίωσης στα καρκινικά κύτταρα. Μεταβολές στη σύνθεση των υποδοχέων GABA και του μεταβολισμού μπορεί να παίξει καθοριστικό ρόλο στη διαφοροποίηση των καρκινικών κυττάρων, ανεξάρτητα από τον πολλαπλασιασμό

Παράθεση:. Gross AM, Kreisberg JF, Ideker T (2015) Ανάλυση των Συμφωνήθηκε όγκου και φυσιολογικών προφίλ αποκαλύπτει κοινή μεταγραφής και Επιγενετική Σήματα Κοινό σε όλους τους τύπους του καρκίνου. PLoS ONE 10 (11): e0142618. doi: 10.1371 /journal.pone.0142618

Επιμέλεια: Jindan Yu, του Πανεπιστημίου Northwestern, Ηνωμένες Πολιτείες