Αφηρημένο

Για να αναπτύξουν μια συνολική επισκόπηση του αριθμού αντιγράφων εκτροπών (προσαρμογείς CNA) στο στάδιο-ΙΙ /III ορθοκολικό καρκίνο (CRC), χαρακτηρίσαμε 302 όγκους από την κλινική δοκιμή PETACC-3. Μικροδορυφορικού-σταθερό (MSS) δείγματα (n = 269) είχε 66 ελάχιστη κοινή περιοχές ΚΥΠΕ, με συχνές κέρδη στις 20 q (72,5%), 7 (41,8%), 8 q (33,1%) και 13 q (51,0%) και απώλειες σε 18 (58,6%), 4 q (26%) και 21 q (21,6%). MSS όγκοι έχουν σημαντικά περισσότερες CNAs από μικροδορυφόρων-ασταθής (MSI) όγκοι: εντός του MSI όγκους μια νέα διαγραφή του ογκοκατασταλτικό WWOX σε 16 q23.1 ταυτοποιήθηκε (ρ & lt? 0,01). Εστιακή εκτροπές που προσδιορίζονται από τη μέθοδο GISTIC επιβεβαίωσε επιμηκύνσεις των ογκογονιδίων, συμπεριλαμβανομένων EGFR, erbB2, CCND1, ΜΕΤ, και MYC, και διαγραφές καταστολείς όγκων, συμπεριλαμβανομένων ΤΡ53, APC, και Smad4, και γονιδιακή έκφραση ήταν ιδιαίτερα σύμφωνη με αριθμό αντιγράφων εκτροπή για αυτά τα γονίδια. Μυθιστόρημα αμπλικόνια περιλαμβάνονται υποθετικό ογκογονίδια όπως WNK1 και HNF4A, η οποία έδειξε επίσης υψηλή αντιστοιχία μεταξύ αριθμού αντιγράφων και της έκφρασης. Η ανάλυση επιβίωσης που συνδέεται ένα συγκεκριμένο τμήμα ασθενής χαρακτηρίστηκε από το χρωμόσωμα 20 q κέρδη σε μια βελτιωμένη συνολική επιβίωση, η οποία μπορεί να οφείλεται στην υψηλότερη έκφραση των γονιδίων όπως EEF1B2 και PTK6. Η ομαδοποίηση CNA ομαδοποιούνται και οι όγκοι χαρακτηρίζονται από κακή πρόγνωση BRAF-μεταλλαγμένη-όπως η υπογραφή προέρχεται από δεδομένα mRNA από αυτή την ομάδα. Εμείς αποκάλυψε περαιτέρω μη-τυχαία συσχέτιση μεταξύ προσαρμογείς CNA μεταξύ ασύνδετες θέσεις, συμπεριλαμβανομένων θετική συσχέτιση μεταξύ 20 κέρδος q και 8 κέρδος q, και 20 κέρδος q και χρωμοσώματος 18 απώλειες, σύμφωνα με τον συν-επιλογή αυτών των CNAs. Τα αποτελέσματα αυτά ενισχύουν τη μη τυχαία φύση των σωματικών CNAs στο στάδιο-ΙΙ /ΙΙΙ CRC και τονίζουν τόπους και γονίδια που μπορούν να διαδραματίσουν σημαντικό ρόλο στην προώθηση της ανάπτυξης και της έκβασης της νόσου αυτής

Παράθεση:. Xie Τ, d ‘Ario G, αρνί JR, Martin E, Wang Κ, Tejpar S, et al. (2012) Μια ολοκληρωμένη Χαρακτηρισμός Genome-Wide Copy Number Παρεκκλίσεις στον Καρκίνο του παχέος Αποκαλύπτει Μυθιστόρημα ογκογονίδια και τα μοτίβα των αλλαγών. PLoS ONE 7 (7): e42001. doi: 10.1371 /journal.pone.0042001

Επιμέλεια: Alejandro H. Corvalan, Pontificia Universidad Catolica de Chile, Χιλή

Ελήφθη: 25 Απριλίου 2012? Αποδεκτές: 28 Ιουν, 2012? Δημοσιεύθηκε: 31 Ιούλη 2012

Copyright: © Xie et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε εν μέρει από μια επιχορήγηση από το Εθνικό Ίδρυμα Επιστημών της Ελβετίας (SNF 320030_135421) και του Ιδρύματος Medic και επιχορήγηση του Krebsforschung Schweiz (KFS 02697-08-2010) με AR και MD. ST είναι ανώτερος κλινική ερευνητής του Ταμείου Επιστημονικής Έρευνας Φλάνδρα και έχει λάβει επιχορηγήσεις για την έρευνα από τη Βελγική Ομοσπονδία κατά του Καρκίνου και από το βελγικό Εθνικό Σχέδιο Καρκίνου. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. TX, JL, KW, ΜΜ, ΝΔ, PR και JGH είναι ή απασχολήθηκαν από την Pfizer Inc. Ωστόσο, αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές σχετικά με την κοινοχρησία δεδομένων και υλικών. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν άλλα ανταγωνιστικά συμφέροντα.

Εισαγωγή

Καρκίνος του παχέος εντέρου (CRC) βρίσκεται στη δεύτερη θέση με τον καρκίνο του πνεύμονα σε δύο επίπτωσης και θνησιμότητας στις ανεπτυγμένες χώρες [1]. Χαρακτηρίζεται από εξαιρετικά πολύπλοκα σχήματα σωματικών γενετικές μεταβολές των ογκογονιδίων και καταστολείς όγκων που οδηγούν έναρξη και την πρόοδο [2], [3], [4]. Η κατανόηση των κυτταρικών και μοριακών μηχανισμών με τους οποίους αυτές οι γενετικές αλλαγές διευκολύνουν το σχηματισμό καρκίνου του παχέος εντέρου είναι κρίσιμης σημασίας για την ανάπτυξη των στοχευμένων θεραπευτικών στρατηγικών που στοχεύουν στον έλεγχο της εξέλιξης της νόσου ενώ ελαχιστοποιεί τις τοξικές παρενέργειες.

Ένα καθιερωμένη γενετική μηχανισμός με τον οποίο τα καρκινικά κύτταρα μεταβάλλουν την δραστικότητα των ογκογονιδίων και καταστολείς όγκου είναι μέσω αλλαγών στην γονιδιακή δοσολογία. Λεπτομερής χαρακτηρισμός αριθμού αντιγράφων του DNA εκτροπές (προσαρμογείς CNA) έχουν βοηθήσει εντοπίσει σημαντικές ογκογονίδια συμπεριλαμβανομένων ErbB2 και EGFR, καθώς και ως καταστολείς των όγκων, όπως TP53 [5]. Πολυάριθμες μελέτες έχουν τεκμηριώσει γονιδιώματος σε επίπεδο σωματικών προσαρμογείς CNA στην CRC [6], [7], [8], [9], [10], [11], [12], [13], [14], [15] [16], [17], [18], μερικές από τις οποίες έχουν συνδεθεί με την κλινική έκβαση ή μεταστατική εξέλιξη [19], [20], [21], [22], [23], [24]. Ωστόσο, πολλές από αυτές τις μελέτες έχουν περιοριστεί από μικρό μέγεθος του δείγματος, προσδιορισμούς χαμηλής ανάλυσης, ή την έλλειψη των σχετικών κλινικών σχολιασμό, ιδιαίτερα για πρώιμου σταδίου (ΙΙ /ΙΙΙ) τον καρκίνο του παχέος εντέρου. Κατά συνέπεια, μια ολοκληρωμένη επισκόπηση των CNA και την ένωσή τους με αποτέλεσμα στο στάδιο II /III καρκίνο του παχέος εντέρου δεν έχει αναπτυχθεί.

Εμείς που ρωτήθηκαν σωματικά προσαρμογείς CNA σε μια συλλογή από 302 σταδίου ΙΙ /ΙΙΙ καρκίνων του παχέος εντέρου προέρχεται από την Πανευρω- Ευρωπαϊκή Δοκιμές σε Adjuvant καρκίνο παχέος εντέρου (PETACC) -3 δοκιμή, μια εκτίμηση μεγάλη τυχαιοποιημένη φάσης III του ρόλου της ιρινοτεκάνης προστίθενται σε φθοριοουρακίλη (FU) /λευκοβορίνη (FA) ως επικουρική θεραπεία για τον καρκίνο του παχέος εντέρου [25]. Τα αποτελέσματα που παρουσιάζονται στο παρόν διερευνήσει τη σχέση μεταξύ ΚΥΠΕ, mRNA [26] και το αποτέλεσμα, και να συμβάλει σε μια συνολική μοριακή επισκόπηση του σταδίου ΙΙ /ΙΙΙ του καρκίνου του παχέος εντέρου, η οποία είναι υψίστης σημασίας για την κατάταξη της διύλισης του ασθενούς και αποτελεσματική θεραπεία.

υλικά και Μέθοδοι

κλινικές και mRNA δεδομένων για PETACC-3 ασθενείς

Όλα στάδιο II /III ασθενείς με καρκίνο του παχέος εντέρου που περιλαμβάνονται σε αυτή τη μελέτη προήλθαν από την κλινική δοκιμή PETACC-3 [25], με τουλάχιστον 5 χρόνια κλινικής παρακολούθησης για κάθε ασθενή. Η ηλικία, το φύλο, το στάδιο, MSI (μικροδορυφόρων-ασταθές), καθώς και BRAF και KRAS κατάσταση μετάλλαξης του πληθυσμού των ασθενών παρατίθενται στον Πίνακα S1. στοιχεία έκφρασης mRNA δημιουργήθηκε πάνω στην πλατφόρμα Almac καρκίνου του παχέος εντέρου DSA (Craigavon, Βόρεια Ιρλανδία), όπως έχει ήδη αναφερθεί [26]. έγκριση ασθενή και την ηθική για αυτή τη μελέτη λήφθηκε από το Κόμμα PETACC-3 Translational Research Εργασίας (PTRW).

Μοριακής Αντιστροφή Probe Δεδομένων Generation

εκχυλίσεις DNA πραγματοποιήθηκαν σε macrodissected φορμόλη-σταθερό, παραφίνη -embedded ιστού (FFPE) όγκος που προέρχεται από ένα μόνο 5 υΜ διαφάνεια από 835 δείγματα ασθενών. Του όγκου των ιστών σε κάθε τμήμα ταυτοποιήθηκε και να επισημαίνονται με ειδική παθολόγο (F. Bosman). Για φυσιολογικούς ελέγχους, το DNA εκχυλίζεται από δείγματα με επαρκείς ποσότητες ιστοπαθολογικά φυσιολογικό γειτονικό ιστό μακριά από τα περιθώρια του όγκου. DNA ποσοτικοποιήθηκε χρησιμοποιώντας τον προσδιορισμό PicoGreen. Για τα δείγματα που απέδωσαν λιγότερα από το ποσό που συνιστάται DNA εισόδου (75 ng), όλα DNA μεταφέρθηκε στα Μοριακής Αντιστροφή Probe (ΠΕΠ) ενίσχυση, την επισήμανση, και τα πρωτόκολλα υβριδισμού, χρησιμοποιώντας τις υπηρεσίες OncoScan V1.0 FFPE Express Affymetrix του (Affymetrix, CA) . Τα δείγματα τα οποία απέτυχαν ενίσχυση PCR ή την εμφάνιση μιας Διαφορά Μέσος Μέσος κατά ζεύγη (MAPD) ​​& gt? 0.6 Μετά την υβριδοποίηση απομακρύνθηκαν από την τελική ανάλυση, με αποτέλεσμα 302 δείγματα όγκων μαζί με 44 παρακείμενα φυσιολογικά δείγματα ως η κανονική γραμμή βάσης σύγκρισης. Τυπικά δείγματα κάτω από 20 ng της εισόδου DNA απέτυχε η αποκοπή ενίσχυσης ΕΤΕ και δεν μεταφέρθηκαν στο υβριδισμού πίνακα. Τα δείγματα με τουλάχιστον 75 ng του DNA εισόδου καθολικά απέδωσε την υψηλή ποιότητα των δεδομένων αριθμό αντιγράφων (MAPD & lt? 0,6). Τα αποτελέσματα ποικίλλουν για το DNA των εισροών ποσά των 20-75 ng, όπου το MAPD & gt?. 0.6 φίλτρου υπηρέτησε για την εξάλειψη των υπερβολικά θορυβώδη δείγματα

Copy Number Ανάλυση Δεδομένων

Αντιγραφή δεδομένων αριθμό αναλύθηκε με το Nexus Αντιγραφή αριθμός 6.0 του λογισμικού (Biodiscovery, Inc., CA, USA). Τα δεδομένα αριθμό πρώτων αντίγραφο για κάθε ανιχνευτή που παρέχεται από Affymetrix ήταν εξομαλύνεται από μια τετραγωνική διόρθωση που παρέχεται από NEXUS και με επίκεντρο τη χρήση διπλοειδή περιοχές. CNA συγκρίσεις συχνότητα μεταξύ των ομάδων του δείγματος (π.χ. MSS έναντι MSI? Στάδιο-ΙΙ σε σχέση με το στάδιο-ΙΙΙ) πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας τις προεπιλεγμένες NEXUS όρια της & gt? 15% διαφορά και η σημασία σ & lt? 0,01 (ακριβής δοκιμασία του Fisher). Για να δημιουργήσετε αριθμό αντιγράφων τμημάτων και ελάχιστη κοινή περιοχές (MCRs), εφαρμόσαμε μια τροποποιημένη έκδοση της εγκυκλίου αλγορίθμου Binary Τμηματοποίηση (CBS) [27] που ονομάζεται «Κατάταξη Τμηματοποίηση» στην NEXUS. Η οριακή τιμή p για CBS ήταν 1.0e-6, και τα τμήματα χωρίστηκαν σε 1 από 5 κάδων: ενισχυμένο (& gt? 3,8 αντίγραφα), που αποκτήθηκε (02.03 – 03.08 αντίτυπα), αμετάβλητο (01.07 – 02.03 αντίτυπα), διαγράφεται (0,5 σε 1,7 αντίγραφα) ή ομόζυγο διαγραφεί (& lt? 0,5 ​​αντίγραφα). Για MCR δοκιμές σημασία συχνότητα, χρησιμοποιήσαμε μια οριακή τιμή p & lt? 0.01 από τη στατιστική δοκιμή σημασία για τη μέθοδο (STAC) αριθμός παρεκκλίνουσα Copy [28]. Ιεραρχική ομαδοποίηση των ΚΥΠΕ πραγματοποιήθηκε σε NEXUS πολύ (πλήρης σύνδεση, φυλετικά χρωμοσώματα αγνοείται). Για την ανίχνευση εστίασης ενισχύσεις, εφαρμόσαμε GISTIC (Γονιδιωματική προσδιορισμό των σημαντικών Στόχοι στον Καρκίνο) έκδοση 2.0 [29] χρησιμοποιώντας ένα Q-τιμή αποκοπής & lt? 0,25. Γονίδια που αναφέρθηκαν σε κορυφές ενίσχυση GISTIC2 εξετάστηκαν περαιτέρω εάν είναι εμπλουτισμένο με τις βιολογικές πορείες. Χρησιμοποιήσαμε κανονική βάση δεδομένων μονοπάτι που παρέχονται από MSigDB [30]. Μονοπάτι σύνολα γονιδίων με λιγότερα από 10 μέλη ή μεγαλύτερη από 500 μέλη αποκλείστηκαν. ακριβής δοκιμασία του Fisher χρησιμοποιήθηκε για την πρόσβαση εάν αυτά τα γονίδια υπερ-εκπροσωπούνται. FDR υπολογίσθηκε επί τη βάσει 100 παραλλαγές όπου ελέγχθηκαν τυχαία σύνολα γονιδίων του ίδιου μεγέθους. Χρησιμοποιήσαμε επίσης το ακριβές τεστ του Fisher για να δούμε αν οι συχνότητες ορισμένων CNAs διαφέρουν μεταξύ των ομάδων ασθενών (στάδιο ΙΙ έναντι III, MSI εναντίον MSS κλπ). Ανάλυση επιβίωσης πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας τη μέθοδο Kaplan-Meier με μια τιμή ρ (log-rank test) αποκοπής & lt? 0,01. Για την ανάλυση του CNA /CNA συσχετισμούς, η συσχέτιση Pearson υπολογίστηκε στο επίπεδο του γονιδίου για όλα τα ζεύγη των γονιδίων όπως περιγράφηκε προηγουμένως [31]. Να αντλήσει περιλήψεις γονιδιακό επίπεδο από τα στοιχεία αριθμού αντιγράφων, βάλαμε τις τιμές αριθμό αντιγράφων από το τμήμα (α) επικάλυψη κάθε γονίδιο: όταν υπήρχαν πολλά τμήματα στο γονίδιο όριο, έχουμε κατά μέσο όρο τους αριθμούς αντιγραφής από αυτούς τους τομείς. Όλα τα δεδομένα γονιδίωμα που βασίζεται αναφέρονται στην παρούσα χειρόγραφο με βάση NCBI build 36 (hg18) του ανθρώπινου γονιδιώματος.

δεδομένα Έκφρασης Ανάλυση Δεδομένων

έκφραση γονιδίου από το PETACC-3 ασθενείς αναφέρθηκε προηγουμένως [26]. Εμείς αυτό συνδυάζεται με το επίπεδο του γονιδίου δεδομένων αριθμό αντιγράφων από ENTREZ ID. δεδομένων αριθμό αντιγράφων και την έκφραση του γονιδίου ήταν ταυτόχρονα διαθέσιμα για 213 από τους 269 ασθενείς MSS με τα διαθέσιμα στοιχεία ΚΥΠΕ. Για να ελέγξετε cis-συσχέτιση μεταξύ του αριθμού αντιγράφων ενός γονιδίου και το επίπεδο έκφρασης δική του mRNA της σε όγκους, θα κατηγοριοποιούνται οι ασθενείς ανάλογα με την κατάστασή τους εκτροπή (ενίσχυση, κέρδος, καμία αλλαγή, απώλεια ή ομόζυγη διαγραφή) που συνδέονται με τις τιμές έκφραση του καθετήρα θέτει χαρτογράφησης στο ίδιο γονίδιο

Αποτελέσματα

Αντιγραφή αριθμού παρεκκλίσεων και αστάθεια μικροδορυφόρου

33 από τα 302 δείγματα στην ανάλυσή μας ήταν μικροδορυφορικού ασταθή (MSI):. συνάδει με προηγούμενες μελέτες [ ,,,0],19], [32], ο μέσος αριθμός των CNAs σε όγκους MSI (10,2 ± 6,5) ήταν σημαντικά μικρότερος (ρ & lt? 0,01, δύο δείγμα t-test) από το μέσο αριθμό των CNAs στο μικροδορυφορικών σταθερές (MSS) όγκους (33,2 ± 17.6). Παρ ‘όλα αυτά, δύο εστιακά περιοχές διαγράφηκαν σημαντικά συχνότερα σε δείγματα MSI: chr16q23.1 (chr16:77,231,391-77,261,567 bp) στο 24,2% των δειγμάτων MSI έναντι 7,1% των δειγμάτων MSS (p & lt? 0.01), και chr20q11.1 (chr20 :28,118,678-28,244,164) στο 24,4% των δειγμάτων MSI έναντι 8,9% στα δείγματα MSS (p & lt? 0,01). Είναι ενδιαφέρον ότι το μόνο γονίδιο που περιέχεται εντός του τόπου 16 q23.1 είναι ο καταστολέας όγκων WWOX, ένας αναστολέας του μονοπατιού WNT /βήτα-κατενίνης [33], η οποία είναι συχνά ενεργοποιείται σε καρκίνο του παχέος εντέρου.

Περιοδική CNAs, μυθιστόρημα ογκογονίδια και επηρέασε Μονοπάτια

Λόγω του σχετικά χαμηλού επιπολασμού CNA σε όγκους MSI, εστιάσαμε τις αναλύσεις μας για τις 269 όγκους MSS. Όπως έχει αναφερθεί προηγουμένως [7], [8], [9], [10], [11], [12], [13], [14], [15], [16], [17], η συχνότητες του αντιγράφου κερδών και ζημιών σε όλη την γονιδίωμα αριθμός δεν κατανεμήθηκαν τυχαία (Εικόνα 1Α), με CNAs που κυμαίνονται από ενιαίο κέρδη και οι ζημίες της ευρείας χρωμοσωμικές περιοχές αντίγραφο, εστιακής ομόζυγο διαγραφές και ενισχύσεις υψηλού επιπέδου (Σχήμα 2). Οι πιο συχνές περιοχές της απολαβής περικλείονται χρωμοσωμικών περιοχών 7 ρ, q 8, 13 q, και 20 q, και τα πιο συχνές περιοχές της απώλειας περικλείονται 8 ρ, 17 ρ, και q 18 (Σχήμα 1Α).

(Α) Οι συχνότητες των κέρδος αριθμού αντιγράφων (πάνω άξονας, μπλε) και απώλεια αριθμού αντιγράφων (κάτω άξονας, κόκκινο) κατά μήκος του ανθρώπινου γονιδιώματος. (Β) Σημασία της εστίασης ενισχύσεις ανιχνεύεται από GISTIC 2.0. θέσεις χρωμοσωμάτων υποδείχθηκαν κατά μήκος του άξονα γ με τις θέσεις κεντρομεριδίου υποδεικνύονται με διακεκομμένες γραμμές. Οι δέκα πιο σημαντικές κορυφές GISTIC εμφανίζονται με κόκκινα γράμματα. Πρόσθετες κορυφές GISTIC κωδικοποιεί ιδρύθηκε ογκογονίδια είναι σε μαύρο κείμενο. Λεπτομέρειες για όλα GISTIC κορυφές παρέχονται στον Πίνακα S3.

Η

(Α-Η) Αντιγραφή αριθμού οικόπεδα για ολόκληρο το γονιδίωμα διατεταγμένα σε χρωμοσωμική σειρά από το βραχύ σκέλος του χρωμοσώματος 1 (1pter) προς το μακρύ βραχίονα του χρωμοσώματος Χ (Xqter) επί 8 ανεξάρτητα δείγματα όγκων. Τα αμπλικόνια ιδιαίτερου ενδιαφέροντος επισημαίνονται με βέλη, μαζί με τα καθιερωμένα ογκογονίδια. Λεπτομέρειες σχετικά με όλες τις αναδιπλασιασμού και κορυφές GISTIC είναι στον Πίνακα S3.

Η

Για να αποκτήσουν περαιτέρω διορατικότητα, μπορούμε συνοπτικά επαναλαμβανόμενες χρωμοσωμική κέρδη και ζημίες σε ελάχιστο κοινό Περιφερειών (MCRs) χρησιμοποιώντας Σημαντικές Δοκιμές Aberrant Αριθμός Copy (STAC) [28], και GISTIC [29] για να επισημάνετε την επιλογή υποψηφίου ογκογονίδια στο MCRs με βάση την focality και το εύρος της αλλαγής του αριθμού αντιγράφων. Συνολικά 66 MCRs εντοπίστηκαν σε συχνότητες πάνω από 10% (Πίνακας S2): υπήρχαν 25 MCRs του κέρδους που κυμαίνονται από 251 Kb έως 104 Mb, και 41 MCRs της απώλειας που κυμαίνονται από 286 kb έως 138 Mb. GISTIC βοήθησε για να βελτιώσετε την MCRs σε τόπους και τα γονίδια που έχουν ιδιαίτερη σημασία (Πίνακας S3). Πολλές από τις σημαντικές κορυφές που προσδιορίζονται από GISTIC περιείχε εγκατεστημένος ογκογονίδια συμπεριλαμβανομένων CCND1, CDX2, EGFR, erbB2, ΜΕΤ, και MYC (Σχήμα 1Β), μαζί με καταστολείς όγκου όπως APC, Smad4 και ΤΡ53. Αρκετές από τις ογκογόνους κορυφών οδηγήθηκαν από υψηλής έντασης εστιακό γεγονότα σε μία υποομάδα των όγκων (Σχήμα 2), και αυτά τα εστιακά ενισχύσεις οδήγησαν σε σημαντική αύξηση στην έκφραση του mRNA για αρκετά από αυτά τα γονίδια. Ιδιαίτερα σημαντικές κορυφές GISTIC που δεν συνδέονται με καθιερωμένες ογκογονίδια ή καταστολείς όγκων περιλαμβάνουν 12 p13.33 (Σχήμα 2Ε, F) και 20 q13.12 (Σχήμα 2G, Η), το οποίο είχε υποτροπιάζοντα υψηλού μεγέθους εστιακή ενισχύσεις, καθώς και 14 q32.31 η οποία, αν και δεν είναι ιδιαίτερα ενισχυμένο, είχε κέρδη επαρκούς υποτροπής και focality ώστε να καθιστούν μια εξαιρετικά σημαντική GISTIC Q-value (Εικόνα 1Β, Πίνακας S3). Με τα δεδομένα GISTIC αμπλικόνιο, συνοψίζουμε 114 οδηγοί υποψήφιος καρκίνο στον Πίνακα S4, η οποία περιλαμβάνει δώδεκα (10%) που ιδρύθηκε ογκογονίδια όπως myc, KRAS, και ΚΟΑ. Υποθετικές ογκογονίδια συμπεριλαμβανομένων WNK1 (Σχήμα 3Α) και HNF4A (Σχήμα 3Β) έχουν Q-score, ενισχυμένων συχνότητα, και cis-δράσης επιδράσεις σε mRNA που είναι συγκρίσιμες με τις καθιερωμένες ογκογονίδια (Εικόνα S1). Η ανάλυσή μας έχει μειωθεί πάνω από 6.000 γονίδια από τις περιοχές MCR του γονιδιώματος σε ένα διαχειρίσιμο αριθμό των περίπου 100 για περαιτέρω πειραματική επαλήθευση.

δείγματα όγκων σε κατηγορίες ανάλογα με την κατάστασή τους CNA (διαγραφή, απώλεια, κανονική, το κέρδος, η ενίσχυση ) για την υποδεικνυόμενη γονίδιο. Τα πάνελ δείχνουν το επίπεδο έκφρασης με την κατηγορία για κάθε probeset από την πλατφόρμα Almac (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι) που αντιπροσωπεύει το συγκεκριμένο γονίδιο. Οι τιμές στο κέντρο για κάθε probeset? Οι κατηγορίες απεικονίζονται αν υπήρχε τουλάχιστον ένα δείγμα σε αυτό.

Η

Για να αναζητήσετε περαιτέρω για τα πρότυπα των προσβεβλημένων αλλαγές πορείας, θα χαρτογραφηθεί η λίστα των γονιδίων που ενισχύονται στο CRC (Πίνακας S4) σε μονοπάτια κανονική μοριακής σηματοδότησης και κυτταρικές διεργασίες. Ο Πίνακας 1 δείχνει κορυφή κανονικών μονοπατιών επηρεάζεται πιθανώς από τα ενισχυμένα γονίδια. κυτταρικού κύκλου είναι ένα από τα πιο εμπλουτισμένα οδούς που επηρεάζονται από σωματικά περιλαμβάνουν γονίδια CNA όπως CCND1, MYC, TFDP1 και YWHAZ. KEGG «Μονοπάτια στον Καρκίνο» κρύβεται πίσω από την ευρεία επίδραση φάσμα σωματικών CNAs στην στόχευση πολλαπλών βασικών οδών σε καρκίνο ταυτόχρονα. Πιο συγκεκριμένα, εντοπίσαμε επίσης ατομικές πορείες σχετίζονται με τον καρκίνο που είναι σημαντικά υπερεκπροσωπούνται μεταξύ των γονιδίων cis-δράσης οδηγείται από σωματικά προσαρμογείς CNA, συμπεριλαμβανομένων ERBB μονοπάτι σηματοδότησης και ΜΑΡΚ κινάσης σηματοδότησης. Στο σύνολό τους, αυτά τα αποτελέσματα δείχνουν ότι αυτά τα σωματικά προσαρμογείς CNA κωδικοποιούν μυθιστόρημα ογκογόνων γονιδίων του οδηγού και των πιθανών θεραπευτικών στόχων στον καρκίνο του παχέος εντέρου.

Η

CNA Clustering και μη-τυχαία ΚΥΠΕ συσχετίσεις CRC

Πραγματοποιήσαμε χωρίς επίβλεψη ιεραρχική ομαδοποίηση των παγκόσμιων δεδομένων CNA και εντοπίστηκαν τρεις μεγάλες ομάδες. Αν και δεν βρήκαμε σημαντικές συσχετίσεις με την ηλικία, το φύλο, το στάδιο ή την κατάσταση μετάλλαξης του KRAS, παρατηρήσαμε ότι BRAF όγκοι άγριου τύπου ήταν σημαντικά εμπλουτισμένη με το μεγαλύτερο σύμπλεγμα και μεταλλάξεις BRAF σε μια από τις μικρότερες συστάδες (p & lt? 0,01). Προηγουμένως [26] ανέπτυξε μια υπογραφή έκφραση του γονιδίου BRAF-μεταλλαγμένο από την PETACC-3 ομάδα και σπούδασε προγνωστική επιπτώσεις της. Μεταξύ 213 ασθενείς MSS με στοιχεία έκφρασης mRNA διαθέσιμα, η υπογραφή εντοπίστηκαν 37 «BRAFm-όπως» δείγματα (συμπεριλαμβανομένων 8 μεταλλάξεις BRAF), καθώς και 176 «μη BRAFm-σαν» δείγματα. Είμαστε εκ νέου έτρεξε clustering ανάλυση σε αυτές τις 213 δείγματα (Εικόνα 4Α), και διαπιστώθηκε ότι είναι πολύ σημαντικό εμπλουτισμό της «μη-BRAFm-όπως το» δείγματα (p & lt? 0,01) στη μεγαλύτερη συστάδα (cluster 2) και «BRAFm-όπως το» δείγματα σε συστάδα 1 (P & lt? 0.01, Πίνακας 2). Σε σύγκριση με σύμπλεγμα 2, σύμπλεγμα 1 δείχνει πολύ χαμηλότερες συχνότητες των γεγονότων ενίσχυσης /διαγραφής, ειδικά σε CHR13 q, 14 q, 18 q και 20 q (Σχήμα 4Β). Μια πιο προσεκτική ματιά αποκαλύπτει ότι cluster 1 εξαντληθεί πλήρως από τους προσαρμογείς CNA σε chr20 ενώ το 95% του συμπλέγματος 2 δείγματα είχαν ενισχύεται chr20. Αυτά τα αποτελέσματα επιβεβαιώνουν με την παρατήρηση της σχετικής χαμηλότερη έκφραση του chr20 γονιδίων σε BRAFm-όπως σε σχέση με το υπόλοιπο των δειγμάτων BRAFwt [26].

(Α) Τρεις μεγάλες συστάδες. Ο σχολιασμός δεξί χέρι δείχνει, κατά σειρά, η BRAFm (σε κίτρινο, BRAF μεταλλάξεων? Σε μπλε, BRAF άγριου είδη), KRASm (μεταλλάξεις σε πράσινο), και BRAFm-όπως (σε πράσινο, BRAFm-όπως? Σε κόκκινο, μη-BRAFm-όπως). Μωβ χρώμα δείχνει τις τιμές που λείπουν. (Β) Γονιδίωμα-ευρύ οικόπεδο συχνότητα της αύξησης του αριθμού αντιγράφων (πάνω από τον άξονα, μπλε) και η απώλεια αντίγραφο αριθμό (κάτω από τον άξονα, κόκκινο) σε τρεις μεγάλες ομάδες.

Η

Έχουμε αναφερθεί στο παρελθόν ότι το κυτταρικές γραμμές CNAs στο μη συνδεδεμένες θέσεις είχαν συχνά συσχετίζονται μεταξύ τους και ότι τα εν λόγω συσχετίσεις ήταν πιθανόν το αποτέλεσμα της επιλογής [31]. Για να εκτιμηθεί αν ένα παρόμοιο φαινόμενο ήταν εμφανές σε κλινικό στάδιο II /III MSS καρκίνο του παχέος εντέρου, πραγματοποιήσαμε κατά ζεύγη συσχετισμούς των αριθμό των αντιγράφων για όλα τα γονίδια (-22 ια) κατά μήκος του γονιδιώματος. Όπως ήταν αναμενόμενο, τα παρακείμενα γονίδια (συνδέεται) έχουν υψηλή συσχέτιση (Σχήμα 5Α, κοντά στην διαγώνιο). Σε υψηλότερο επίπεδο κάποια όπλα χρωμόσωμα έγινε ασύνδετες (π.χ. chr1p έναντι 1 q, 10p έναντι 10 q) ή αντι-συσχέτιση (π.χ. CHR8 p έναντι 8 q). Επιπλέον, υπήρχαν πολλές συσχετίσεις μεταξύ μη συνδεδεμένων γενετικών τόπων (Σχήμα 5Α, off-διαγώνια), γεγονός που υποδηλώνει συν-επιλογή αυτών των γονιδιωματικών περιοχών. Για παράδειγμα, το χρωμόσωμα 8 σ απώλειες συσχετίστηκαν με τις απώλειες των χρωμοσωμάτων 17 p και 18, σε συνδυασμό με την αύξηση του χρωμοσώματος 20 q. Χρωμοσώματος 13 κέρδη συσχετίστηκαν με το χρωμόσωμα 14 απώλειες. Η κατανομή των ενώσεων γονίδιο-γονίδιο ήταν σημαντικά διαφορετική από το ένα τυχαιοποίηση των δεδομένων CNV (Σχήμα 5Β). Παρόμοια με αυτό που βρέθηκε σε άλλες ρυθμίσεις του καρκίνου [31], [34] υπήρξε μια κλίμακα χωρίς δομή όπου μερικά γονίδια που συνδέονται άμεσα με πολλά άλλα γονίδια, ενώ τα περισσότερα γονίδια συσχετίζεται με λίγα μόνο γονίδια. Αυτό υποδηλώνει ότι ένας μικρός αριθμός των DNA τόπων λειτουργούν ως κόμβοι σε ένα εξαιρετικά μη τυχαίο ιεραρχική δομή.

(Α) ανά ζεύγη συσχετισμοί υπολογίζονται από τον αριθμό αντιγράφων του γονιδίου εντολή των χρωμοσωμικών θέσεων μέσω του γονιδιώματος στο Χ και Υ άξονες, με το κόκκινο δείχνει μια θετική συσχέτιση και το μπλε δείχνει μια αρνητική συσχέτιση. Το κόκκινο διαγώνιος αντιπροσωπεύει τη συσχέτιση ενός γονιδίου με τον εαυτό της. Κάτω δεξιά και πάνω αριστερά τμήματα του γραφήματος αντιπροσωπεύουν κατοπτρικές εικόνες μεταξύ τους που δείχνει τον αριθμό των αντιγράφων συσχετίσεις των μη συνδεδεμένων γενετικών τόπων. (Β) οικόπεδα Σύνδεση /καταγραφής για σημαντική γονιδίου /γονιδίου συσχετίσεις (| R | ≥0.3)

Η

Σχέση του ΚΥΠΕ στο στάδιο και Αποτέλεσμα

Για την αναγνώριση μεμονωμένων προσαρμογείς CNA που συνδέουν με. το στάδιο του όγκου, συγκρίναμε CNA συχνότητες μεταξύ σταδίου ΙΙ (n = 30) και ΙΙΙ δείγματα MSS (n = 239) το στάδιο. Ενώ και οι δύο ομάδες είχαν παρόμοια πρότυπα του ΚΥΠΕ, μια διαγραφή στο χρωμόσωμα 3p14.2 είχαν σημαντικά (ρ & lt? 0,01) μεγαλύτερη συχνότητα στο στάδιο ΙΙΙ όγκους (24,3%) σε σύγκριση με όγκους σταδίου ΙΙ (3,3%). Αυτό locus κωδικοποιεί FHIT, ένα καταστολέα υποψήφιο όγκο και αποπτωτικών ρυθμιστή σε καρκίνο του παχέος εντέρου [35], και την υψηλότερη συχνότητα της διαγραφής κατά το τρίτο στάδιο όγκους υποδεικνύει ότι η απώλεια της λειτουργίας FHIT μπορεί να συμβάλει στην εξέλιξη του καρκίνου του παχέος εντέρου από ένα χαμηλότερο σε υψηλότερο στάδιο της νόσου .

Το μεγάλο σύνολο του σταδίου ΙΙ /ΙΙΙ MSS δείγματα καρκίνου του παχέος εντέρου με τη σχετική time-to-υποτροπής, χωρίς υποτροπή-επιβίωσης (RFS) και τη συνολική επιβίωση (OS) έδωσε μια μοναδική ευκαιρία για τον εντοπισμό προσαρμογείς CNA συνδέονται με αποτέλεσμα. Χρησιμοποιώντας την ανάλυση Kaplan-Meier, η πρώτη μας διερευνηθεί κατά πόσον η ενίσχυση ch20q αποκαλύπτεται από ομαδοποίηση του δείγματος που περιγράφηκε προηγουμένως οδηγήσει σε στατιστικά σημαντικές διαφορές στην πιθανότητα επιβίωσης. Μια κέρδισε MCR στο χρωμόσωμα 20 q11.21-q13.33 (chr20:29,297,270-62,435,964 bp) ήταν σημαντικά σχετίζεται με βελτιωμένη OS στο στάδιο ΙΙΙ όγκους (ρ & lt? 0,01). GISTIC εντοπιστεί ένα προϊόν ενίσχυσης σε αυτό το MCR σε 20q13.33 (chr20:61,440,621-61,778,204 bp), η οποία επίσης συνδέεται σημαντικά με βελτιωμένη OS. Αυτή η περιοχή περίπου 300 kb περιέχει ένα ενδιαφέροντα γονίδια όπως EEF1A2 και PTK6. Anand et al. αναφερθεί [36] υπερέκφραση EEF1A2 σε περίπου 30% των όγκων των ωοθηκών και μερικές εγκατεστημένος καρκινικά κύτταρα των ωοθηκών. Ωστόσο, η έκφραση πρωτεϊνών υψηλής EEF1A2 συσχετίστηκε με σημαντικά αυξημένη πιθανότητα επιβίωσης 20 χρόνια σε γυναίκες με ορώδες όγκους των ωοθηκών [37], ή σε πρωτογενείς όγκους του μαστού, και αυτό το προστατευτικό αποτέλεσμα πιστεύεται ότι οφείλεται στην υψηλή έκφραση EEF1A2 στη μείωση της επιθετικότητας [ ,,,0],38]. PTK6 επίσης αναφερθεί [39] ως θετική συνδέονται με μεταστάσεις επιβίωση χωρίς καρκίνο του μαστού? και δείχνει ισχυρή cis συσχέτιση /mRNA ΣΟ στην ανάλυσή μας (Πίνακας S4). Εδώ τα δεδομένα ΚΥΠΕ δείχνουν ότι η ενίσχυση της θέσης 20 q13.33 θα μπορούσε να είναι ένας σημαντικός προγνωστικός δείκτης του καρκίνου του CRC.

Εκτός από την ενίσχυση chr20q, εφαρμόσαμε ανάλυση Kaplan-Meier για την αξιολόγηση της σχέσης όλων των άλλων MCRs και GISTIC κορυφές με RFS και OS. Δεν υπήρχαν σημαντικές συσχετίσεις μεταξύ MCRs ή GISTIC αιχμές εναντίον OS ή την RFS για τη φάση όγκους ΙΙ, πιθανόν αντανακλώντας τον περιορισμένο αριθμό των δειγμάτων σε αυτή την ομάδα (n = 30). Ωστόσο, μια διαγραφή στο χρωμόσωμα 10 ρ (Chr10:0-10,743,764 bp) ήταν σημαντικά σχετίζονται με την κακή RFS σε στάδιο III όγκους μόνο (ρ & lt? 0,01) ή το στάδιο όγκους ΙΙ /ΙΙΙ σε συνδυασμό (ρ & lt? 0,01), καθώς και η κακή OS στο στάδιο ΙΙ όγκους /III σε συνδυασμό (p & lt? 0,01). Ομοίως, μια διαγράφονται MCR στις 19 p13.12 (chr19:14,425,490-15,580,441 bp) συσχετίστηκε σημαντικά με το OS (p & lt? 0,01) στο στάδιο ΙΙ όγκους /III σε συνδυασμό (Εικόνα S2)

Συζήτηση

.

Οι κύριοι στόχοι αυτής της μελέτης ήταν να αναπτύξει μια συνολική επισκόπηση των αριθμού αντιγράφων εκτροπών (προσαρμογείς CNA) και των συναφών γονιδίων τους στο ΙΙ /ΙΙΙ καρκίνο του παχέος εντέρου σταδίου, για να αποσαφηνιστεί η υποκείμενη βιολογία, και να συνδέσει CNAs με την έκβαση. Περιοχές των επαναλαμβανόμενων και εστιακή CNA προσδιορίζονται σε αυτούς τους όγκους τονίζουν περιοχές του γονιδιώματος που είναι πιθανότερο να κωδικοποιήσει ογκογονίδια και καταστολείς όγκων. Ιδρύθηκε ογκογονίδια που προσδιορίζονται στην παρούσα μελέτη, που αντιπροσωπεύουν θετικοί έλεγχοι περιλαμβάνουν MYC, CDX2, EGFR, ΚΟΑ, erbB2, και CCND1.

Οι πιο σημαντικές νέες αμπλικόνια που προσδιορίζονται στην παρούσα μελέτη περιλαμβάνει 12 p13.33 και πολλαπλές θέσεις για 20 q (20 q11.21, 20 q13.12, 20 q13.31). Το 12 p13.33 αμπλικόνιο κωδικοποιεί την ενδιαφέρουσα υποψήφιο WNK1, ένα μέλος της οικογένειας WNK της σερίνης /θρεονίνης που επηρεάζουν ΜΑΡΚ σηματοδότησης και μια ποικιλία από σφραγίδες καρκίνου, συμπεριλαμβανομένου εξέλιξη του κυτταρικού κύκλου, φοροδιαφυγή απόπτωσης, εισβολή και τη μετάσταση, και μεταβολική προσαρμογή [ ,,,0],40]. Το πολύπλοκο πρότυπο των κερδών και ενίσχυση στο χρωμόσωμα 20 q υποδεικνύουν πολλαπλούς ογκογόνους οδηγούς σε αυτό το βραχίονα του χρωμοσώματος, σε συνέπεια με τις παρατηρήσεις σε όγκους του μαστού [41] και άλλους τύπους καρκίνου. Το amplicon 20 q13.12, η ​​οποία παρατηρήθηκε σε πολλαπλούς όγκους (Σχήμα 2G, 2Η) και είναι η πιο σημαντική κορυφή GISTIC στις 20 q, κωδικοποιεί 11 γονίδια, κανένα από τα οποία έχουν περιγραφεί ως κατηγορηματικά ογκογόνο οδηγούς σε καρκίνο του παχέος εντέρου. Παρ ‘όλα αυτά, οι αναφερόμενες λειτουργίες μερικών από αυτά τα γονίδια υποδεικνύουν ότι περαιτέρω έρευνα είναι δικαιολογημένη. Για παράδειγμα, ο παράγοντας μεταγραφής HNF4A ελέγχει επιθηλιακών κυττάρων πολικότητα και προάγει εντέρου νεοπλασίας σε ποντικούς [42]. WISP2 (πρωτεΐνη WNT1 επαγώγιμοι μονοπάτι σηματοδότησης 2 /CCN5) ρυθμίζει τη δραστηριότητα του ενός αυξητικού παράγοντα μετασχηματισμού (TGFa) οδό και την έκφραση των γονιδίων που σχετίζονται με την επιθηλιακή-προς-μεσεγχυματικά μετάβαση [43] σηματοδότησης. Η κορυφή στα 20 q13.31 κωδικοποιεί BMP7, ένα μέλος της υπεροικογένειας TGFa των πρωτεϊνών των οποίων η υπερέκφραση σε καρκίνο του παχέος εντέρου συσχετίζεται σημαντικά με δείκτες παθολογικών επιθετικότητα όπως μετάσταση στο ήπαρ και είναι ένας ανεξάρτητος προγνωστικός παράγοντας της συνολικής επιβίωσης [44]. Λειτουργικό χαρακτηρισμό αυτών και άλλων υποψήφιων ογκογονίδια σε καλλιέργεια κυττάρων καρκίνου του παχέος εντέρου, ξενομοσχεύματα που λαμβάνονται από ασθενή, ή γενετικά μοντέλα ποντικών θα βοηθήσει διαλεύκανση δυναμικό λειτουργικές επιπλοκές. ανάλυση Pathway παρουσιάστηκε προηγουμένως παρέχει όχι μόνο μια καλύτερη κατανόηση της πιθανής βιολογικής πλαίσιο των υποψηφίων οδηγών CNA αλλά επίσης να βοηθήσει να συναχθεί άλλων γονιδίων στην τροποποιημένη οδό για τις οποίες μπορεί να είναι διαθέσιμες θεραπευτικές επιλογές. Από την άλλη πλευρά, η ανάλυση επιβίωσης παρουσιάζει βελτιωμένη συνολική επιβίωση για το τμήμα του δείγματος με ενίσχυση chr20 q13.33. Η ένωση αυτή έρχεται σε αντίθεση με τα ευρήματα μιας άλλης ομάδας που ανέφεραν ενίσχυση 20 Ε13 υποδεικνύει χειρότερη συνολική επιβίωση σε σποραδικά του παχέος εντέρου [45]. Η ακριβής βάση γι ‘αυτή την διαφορά σε σχέση με τα ευρήματά μας για να μην είναι σαφής, αν και οι αναλύσεις των Aust et al. ήταν σε μια σημαντικά μικρότερη ομάδα (120 δείγματα).

Οι αναλύσεις μας των συσχετίσεων μεταξύ ΚΥΠΕ και το αποτέλεσμα σε αυτό το σύνολο της φάσης ΙΙ /ΙΙΙ καρκίνων του παχέος εντέρου αποκάλυψε τρεις τόποι που σχετίζονταν σημαντικά με τη συνολική επιβίωση (OS) ή στην επανάληψη επιβίωση χωρίς (RFS). Διαγραφή του περιφερικού άκρου του χρωμοσώματος 10 ρ (10 p15.3-P14) συσχετίστηκε με κακή OS και RFS, ενώ μια διάμεση απάλειψη του χρωμοσώματος 19 ρ (19 p13.12) συσχετίστηκε με κακή OS, και το κέρδος των 20 q συσχετίστηκε με σημαντικά καλύτερη OS σε όγκους σταδίου ΙΙΙ. Ενώ 10 ρ διαγραφές, 19 ρ διαγραφές, και 20 κέρδη q έχουν προηγουμένως αναφερθεί σε στάδιο ΙΙ /ΙΙΙ καρκίνων του παχέος εντέρου [16], κανένας από αυτούς τους τόπους έχουν προηγουμένως συνδεθεί με αποτέλεσμα σε αυτούς τους όγκους. Αντίθετα, εμείς δεν παρατηρούμε σημαντικές συσχετίσεις της έκβασης έχουν αναφερθεί στο παρελθόν CNAs, όπως διαγραφή του 16 p13.2 στο στάδιο II /III καρκίνο του παχέος εντέρου [46], ή τη διαγραφή των 5 q34 και το κέρδος των 13 q22.1 στο στάδιο όγκους II [ ,,,0],17]. Μια πιθανή εξήγηση για αυτές τις προφανείς διαφορές μπορεί να σχετίζονται με την περιορισμένη ισχύ των αντίστοιχων μελετών. Για τη φάση III όγκους MSS, τα αποτελέσματά μας αντιπροσωπεύουν αναλύσεις σημαντικά μεγαλύτερο αριθμό δειγμάτων (n = 239) σε σύγκριση με το δημοσιευμένο έργο (για όγκους π.χ. 31 στάδιο ΙΙΙ [46]). Για τη φάση ΙΙ όγκους MSS, σετ δείγμα μας είναι underpowered, που αντιπροσωπεύουν 30 δείγματα σε σύγκριση με το 41 [46] και 39 [17] όγκων σε προηγούμενες μελέτες. Τα αποτελέσματα αυτά υπογραμμίζουν την ανάγκη για συνολικές αναλύσεις των μεγάλων συλλογών κλινικά σχολιασμένη δείγματα όγκων, όπως το MSS σύνολο του όγκου σταδίου ΙΙΙ που περιγράφονται σε αυτό το έργο.

Επίσης, αναφέρονται εδώ μια σημαντική μη τυχαία συσχέτιση των μη συνδεδεμένων loci DNA με μια κλίμακα χωρίς δομή στο στάδιο ΙΙ /ΙΙΙ του καρκίνου του παχέος εντέρου. Αυτές οι εξαιρετικά συνδεδεμένος δομές υποδηλώνουν έναν κύκλο τυχαίες αλλαγές στον αριθμό αντιγράφων που ακολουθείται από επιλογή ενός υποσυνόλου των αλλαγών οι οποίες προσδίδουν επιλεκτικό πλεονέκτημα στην έναρξη και την εξέλιξη του όγκου. Ενώ αυτό είναι μια μακροχρόνια ιδέα στον καρκίνο, συσχέτιση μεταξύ μη συνδεδεμένων γενετικών τόπων δείχνει ότι υψηλά διατεταγμένες δομές μπορεί να αναδυθεί, δυνητικά επικεντρώνεται γύρω βιολογικές λειτουργίες του σημασία στον όγκο. Μελλοντικές αναλύσεις θα μπορούσε να εκτιμηθεί η επίδραση του αριθμού μη συνδεδεμένων αντιγράφων συσχετίσεις επί της έκφρασης γονιδίου, συμπεριλαμβανομένων εμπλουτισμό των οδών και των δικτύων, και προσδιορισμό του εάν το mRNA που ελέγχεται από ένα ζεύγος συσχετισμένης επικάλυψη τόπους, όπου μια ανεξάρτητη επίδραση κάθε loci ήταν παρατηρήσιμη. Αυτό θα προσδιορίσει μονοπάτια που επιλεκτικά μεταβληθεί κατά τη διάρκεια της ογκογένεσης και η οποία, επομένως, μπορεί να αντιπροσωπεύουν νέα δυνατότητα στόχευσης λειτουργίες.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Εικόνα S1.

Boxplots για την έκφραση του mRNA EGFR, erbB2 και MYC που ομαδοποιούνται με βάση την κατάσταση ΚΥΠΕ.

doi: 10.1371 /journal.pone.0042001.s001

(PPT)

Εικόνα S2. καμπύλες

Kaplan-Meier αποδείξει προσαρμογείς CNA δείχνει σημαντική συσχέτιση με τη συνολική επιβίωση.

doi: 10.1371 /journal.pone.0042001.s002

(PPT)

Πίνακα S1.

Χαρακτηριστικά των ασθενών που συμπεριλήφθηκαν στη μελέτη.

doi: 10.1371 /journal.pone.0042001.s003

(XLS)

Πίνακας S2.

Minimal κοινή περιφέρειες που προσδιορίζονται στο 269 MSS στάδιο-ΙΙ /ΙΙΙ δείγματα καρκίνου του παχέος εντέρου.

doi: 10.1371 /journal.pone.0042001.s004

(XLS)

Πίνακα S3.

GISTIC κορυφές που προσδιορίζονται στο 269 MSS στάδιο-ΙΙ /ΙΙΙ δείγματα καρκίνου του παχέος εντέρου.

doi: 10.1371 /journal.pone.0042001.s005

(XLS)

Πίνακας S4.

επηρεάζουν τα γονίδια σε επιλεγμένες αμπλικόνια GISTIC.

doi: 10.1371 /journal.pone.0042001.s006

(XLS)