Αφηρημένο

Ιστορικό

Ο καρκίνος των ωοθηκών παραμένει ένα σημαντικό βάρος για τη δημόσια υγεία, με το υψηλότερο ποσοστό θνησιμότητας από όλους τους γυναικολογικούς καρκίνους. Αυτό οφείλεται στην καθυστερημένη στάδιο στο οποίο έχουν διαγνωστεί η πλειονότητα των καρκίνων των ωοθηκών, σε συνδυασμό με τη χαμηλή και μεταβλητή απόκρισης των προχωρημένων όγκων σε πρότυπο χημειοθεραπείες. Μέχρι σήμερα, κλινικά χρήσιμη πρόβλεψης της ανταπόκρισης στη θεραπεία παραμένουν λείπει. Ο εντοπισμός των γενετικών καθοριστικών παραγόντων της επιβίωσης με καρκίνο των ωοθηκών και της ανταπόκρισης στη θεραπεία είναι ζωτικής σημασίας για την ανάπτυξη των προγνωστικών βιοδεικτών και εξατομικευμένες θεραπείες που μπορεί να βελτιώσει τα αποτελέσματα για τους ασθενείς τελικού σταδίου οι οποίοι αποτελούν την πλειοψηφία των περιπτώσεων.

Μέθοδοι

για τον προσδιορισμό των συνταγματικών γενετικές παραλλαγές που συμβάλλουν στην θνησιμότητα από καρκίνο των ωοθηκών, μελετήσαμε συστηματικά συσχετίσεις μεταξύ πολυμορφισμών βλαστικής σειράς και την επιβίωση του καρκίνου των ωοθηκών, χρησιμοποιώντας δεδομένα από τον καρκίνο Γονιδιώματος Atlas Έργου (TCGA). Χρησιμοποιώντας το στάδιο-στρωματοποιημένη αναλογικών κινδύνων κατά Cox παλινδρόμησης, εξετάσαμε 650.000 SNP τόπους για τη σύνδεση με την επιβίωση. Εμείς επιπλέον εξέτασε κατά πόσον η σύνδεση των σημαντικών SNPs με την επιβίωση τροποποιήθηκε από σωματικών αλλαγών.

Αποτελέσματα

βλαστικής σειράς πολυμορφισμών στο rs4934282 (AGAP11 /C10orf116) και rs1857623 (DNAH14) σχετίστηκαν με το στάδιο προσαρμοσμένο επιβίωση (= 1.12e-07 και 1.80e-07, FDR = 1.2e-04 και 2.4e-04, αντίστοιχα). Ένα τρίτο SNP, rs4869 (C10orf116), είχε επιπλέον αναγνωριστεί ως σημαντική στα δεδομένα αλληλουχίας exome? είναι σε σχεδόν τέλεια LD με rs4934282. Οι ενώσεις με την επιβίωση παρέμεινε σημαντική όταν σωματικές αλλαγές.

Συμπεράσματα

ανάλυση Ανακάλυψη των δεδομένων TCGA αποκαλύπτει βλαστική γενετικές παραλλαγές που μπορεί να διαδραματίσει έναν ρόλο στην επιβίωση του καρκίνου των ωοθηκών, ακόμη και μεταξύ περιπτώσεις προχωρημένου σταδίου. Οι σημαντικές θέσεις που βρίσκονται κοντά σε γονίδια που έχουν αναφερθεί στο παρελθόν ότι έχει μια δυνατή σχέση με πλατίνα και ταξόλη απάντηση. Επειδή τα παραλλαγή αλληλόμορφα σε σημαντικές θέσεις είναι κοινά (συχνότητες για rs4934282 A /C αλληλόμορφα = 0,54 /0,46, αντίστοιχα? Rs1857623 /G αλληλόμορφα Α = 0,55 /0,45, αντίστοιχα) και οι παραλλαγές βλαστικής γραμμής μπορεί να προσδιοριστεί μη επεμβατικά, τα ευρήματά μας παρέχουν πιθανούς στόχους για περαιτέρω διερεύνηση ως προγνωστικούς βιοδείκτες και εξατομικευμένες θεραπείες

Παράθεση:. Braun R, Finney R, Γιαν C, Chen QR, Χου Υ, Edmonson M, et al. (2013) Ανακάλυψη Ανάλυση TCGA στοιχεία αποκαλύπτουν σύνδεσης μεταξύ βλαστικής σειράς γονότυπου και επιβίωσης σε καρκίνο των ωοθηκών ασθενείς. PLoS ONE 8 (3): e55037. doi: 10.1371 /journal.pone.0055037

Συντάκτης: Amanda Ewart Toland, Πολιτειακό Πανεπιστήμιο του Οχάιο Medical Center, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 9 του Νοέμβρη, 2011? Αποδεκτές: 21 Δεκεμβρίου 2012? Δημοσιεύθηκε: 21 Μαρτίου του 2013

Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης, χωρίς όλα τα πνευματικά δικαιώματα, και δεν μπορεί να αναπαραχθεί ελεύθερα, διανεμηθεί, να μεταδοθεί, τροποποιηθεί, χτισμένο πάνω, ή ειδάλλως να χρησιμοποιηθεί από οποιονδήποτε για οποιονδήποτε νόμιμο λόγο. Το έργο γίνεται διαθέσιμα υπό την Creative Commons CC0 αφοσίωση δημόσιο τομέα

Χρηματοδότηση:. Οι συγγραφείς υποστηρίζονται από το εσωτερικό ερευνητικό πρόγραμμα του Εθνικού Ινστιτούτου για τον Καρκίνο, Ηνωμένες Πολιτείες National Institutes of Health, Bethesda, MD. Δεν υπήρχαν εξωτερικές πηγές χρηματοδότησης για τη μελέτη αυτή. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

ο καρκίνος των ωοθηκών λογαριασμούς για περίπου τρία τοις εκατό όλων των καρκίνων στις γυναίκες και είναι η πέμπτη κύρια αιτία του καρκίνου που σχετίζονται θανάτου μεταξύ των γυναικών στις Ηνωμένες Πολιτείες, με την ηλικία προσαρμοσμένο ποσοστό εμφάνισης 12,8 ανά 100.000 γυναίκες ετησίως και ο ρυθμός θανάτου των 8,6 ανά 100.000 γυναίκες ετησίως (2003-2007) [1]. Των γυναικολογικών καρκίνων, καρκίνο των ωοθηκών έχει την υψηλότερη θνησιμότητα, με συνολικό ποσοστό πενταετούς επιβίωσης 43,7% για τις λευκές γυναίκες και 34,9% για τις μαύρες γυναίκες [1]. Οι φτωχοί στατιστικές επιβίωσης οφείλονται στο προχωρημένο στάδιο στο οποίο έχουν διαγνωστεί καρκίνοι των ωοθηκών που οφείλεται σε ασυμπτωματικά τη φύση τους: ενώ οι όγκοι σταδίου έχω ένα σχετικό ποσοστό επιβίωσης 92,4%, που αντιπροσωπεύουν μόνο το 15% των διαγνώσεων καρκίνου των ωοθηκών? Αντίθετα, το στάδιο III και IV καρκίνους έχουν ποσοστά επιβίωσης του 34% και 18%, αντίστοιχα, και μαζί αντιπροσωπεύουν το 65,4% των διαγνώσεων [1]. Ανταπόκριση στη συνήθη χημειοθεραπεία (Platinum Plus ταξάνη) είναι εξαιρετικά μεταβλητή [2], [3], και τείνει να είναι κακή για προχωρημένους [2] περιπτώσεις. Η κατανόηση των γενετικών καθοριστικών παραγόντων της επιβίωσης με καρκίνο των ωοθηκών και την ανταπόκριση στη θεραπεία μπορεί να βελτιώσει αυτά τα στατιστικά στοιχεία, ιδιαίτερα για το στάδιο ΙΙΙ και IV ασθενείς, οι οποίοι αποτελούν την πλειοψηφία των περιπτώσεων. Ειδικότερα, τον εντοπισμό παραλλαγές που προβλέψουν την ανταπόκριση στην χημειοθεραπεία επιτρέπει τη δυνατότητα χορήγησης εναλλακτικών θεραπειών που μπορεί βελτίωση των αποτελεσμάτων.

Προηγούμενες μελέτες έχουν εξετάσει το ρόλο της γενετικής ποικιλότητας στην ευαισθησία των ωοθηκών καρκίνο, την πρόοδο, ανταπόκριση στη θεραπεία και την επιβίωση . Έχει δειχθεί ότι οι μεταλλάξεις BRCA1 /2 βλαστικής σειράς συμβάλλουν σε 10-15% των περιπτώσεων [4], και η ανάλυση των δεδομένων από το Atlas Έργου Cancer Genome (TCGA [5]) έχει επίσης δείξει ότι η μετάλλαξη BRCA1 /2 βλαστικής σειράς, σωματικών μεταλλάξεις και υποστηρικτής μεθυλίωσης αποτέλεσμα επιβίωσης του καρκίνου των ωοθηκών [5]. Επιπλέον, οι μελέτες υποψήφιο γονίδιο έχουν δείξει ότι πολυμορφισμοί στο MDM2, μαζί με την κατάσταση ΤΡ53 και SULF1, συνδέονται με την επιβίωση του καρκίνου των ωοθηκών [6] – [8]. Πρόσφατα, Huang και συνεργάτες ανέφεραν μία γενετική παραλλαγή συνδέεται με καρβοπλατίνη κυτταροτοξικότητα in vitro και in vivo [3], ένα εύρημα που μπορεί να εξηγήσει διαφορική απόκριση στο πρότυπο θεραπεία με βάση την πλατίνα καρκίνο των ωοθηκών. Οι ίδιοι συγγραφείς αργότερα έδειξε ότι η εντοπίστηκαν τόπος ρυθμίζει miRNAs που συμβάλλουν στην ευαισθησία πλατίνα, γεγονός που υποδηλώνει έναν μηχανισμό δράσης [9].

Μέχρι σήμερα, ωστόσο, μια κλινικά χρήσιμη γονιδιωματική δείκτη επιβίωσης του καρκίνου των ωοθηκών παραμένει άπιαστο. Η πλατίνα σχετιζόμενη SNP ερευνήθηκε από Huang δεν βρέθηκε να σχετίζεται με την επιβίωση σε μια ομάδα επικύρωσης [3]. Ομοίως, Μπόλτον και τους συναδέλφους που προσδιορίζονται με επιτυχία αρκετές τόπους που συνδέονται με την ευαισθησία στον καρκίνο των ωοθηκών, αλλά εκείνοι που αρχικά βρέθηκε να σχετίζεται με την επιβίωση απέτυχε να φθάσει σημασία στο σύνολο επικύρωσης [10], αν και υπάρχει η ελπίδα ότι οι μελλοντικές μελέτες αυτής της σειράς θα έχει ως αποτέλεσμα τη δημιουργία ενώσεων με την κλινική έκβαση [10]. Ενώ η έκφραση του γονιδίου του όγκου υπογραφές προβλεπτική της ανταπόκρισης στη θεραπεία και την υποτροπή έχουν αναφερθεί (π.χ., [11], [12]), η κλινική χρησιμότητα τους περιορίζεται από το κόστος, διεισδυτικότητα, και μεταβλητότητα είναι συνυφασμένες με την αξιολόγηση της έκφρασης του γονιδίου του όγκου. Ομοίως, σωματικών αριθμό αντιγράφων αλλαγές σε ορισμένα γονίδια έχουν αναφερθεί πρόσφατα για να επηρεάσει την επιβίωση [13], αλλά η χρησιμότητα της μέτρησης της CNV ως προγνωστικός δοκιμή είναι επίσης περιορισμένο.

Το Έργο Atlas Cancer Genome (TCGA [5] ) παρέχει μια συλλογή από γονιδιωματικής και κλινικών δεδομένων στην οποία συσχετίσεις μεταξύ της γενετικής και της επιβίωσης μπορούν να διερευνηθούν σε βάθος. Εδώ, θα προβεί σε ανάλυση του γονιδιώματος-ευρεία ώστε να διερευνήσει συστηματικά τις ενώσεις μεταξύ των

βλαστική

γενετική ποικιλότητα και τη συνολική επιβίωση σε ασθενείς TCGA διαγνωστεί με καρκίνο των ωοθηκών (ορώδες κυσταδενοκαρκινώματος) [14]. Οι ασθενείς είχαν ηλικία και το στάδιο της διανομής τυπικό του καρκίνου των ωοθηκών, όπως φαίνεται στον Πίνακα 1. Χρησιμοποιώντας τα κλινικά και Affymetrix SNP6.0 ( «SNP6») δεδομένα γονότυπο, ταυτοποιήσαμε δύο πολυμορφισμού ενός νουκλεοτιδίου (SNP) loci κατά την οποία η βλαστική γραμμή γονότυπος είναι προβλεπτική της συνολικής επιβίωσης σε ασθενείς με καρκίνο των ωοθηκών. Οι ενώσεις παραμένουν σημαντικά μετά την προσαρμογή για το στάδιο, και σχετίζονται με την επιβίωση ακόμη και μεταξύ των ασθενών σταδίου III. Αυτό υποδηλώνει ότι η συνταγματική γενετική παραλλαγή μπορεί να διαδραματίσει έναν ρόλο στην ανταπόκριση στη θεραπεία και παρέχει ένα δυναμικό λεωφόρο για μια μη επεμβατική προγνωστικό τεστ βιοδείκτη.

Η

Αποτελέσματα

Εδώ, αναφέρουμε τη σύνδεση μεταξύ βλαστικής σειράς SNPs και της επιβίωσης ασθενών χρησιμοποιώντας TCGA δεδομένα καρκίνο των ωοθηκών. Τα φιλτραρισμένα δεδομένα αποτελούνται συνολικά 662.521 SNPs προσδιορίστηκαν σε 489 κλινικά δείγματα σχολιασμένα καρκίνο των ωοθηκών, με διανομές στάδιο και την ηλικία, όπως δίνεται στον Πίνακα 1. Καθένας από τους 662.521 SNPs που πληρούν τα κριτήρια φιλτραρίσματος δοκιμάστηκαν για συσχέτιση με την επιβίωση με χρήση αναλογικών κινδύνων κατά Cox παλινδρόμησης προσαρμόστηκε για το στάδιο χρησιμοποιώντας μια μη-προσθετικό μοντέλο. Δύο SNPs, rs4934282 (A /C) στην AGAP11 γονίδιο (στο παρελθόν σχετίζεται με C10orf116) και rs1857623 (A /G) ανάντη της DNAH14, έδειξε μια στατιστικά σημαντική συσχέτιση με μονοπαραγοντική συνολική επιβίωση του καρκίνου των ωοθηκών, όπως συνοψίζεται στον Πίνακα 2. Ένα οικόπεδο των-τιμές που λαμβάνονται δίνεται στο Σχήμα 1. Εμείς επιπλέον υπολογίζονται οι αναλογίες ανά αλληλόμορφο κινδύνου για αυτά τα SNPs χρησιμοποιώντας ένα μοντέλο πρόσθετης, αποκτώντας HR = 0,599 (= 1.28e-08) για το αλληλόμορφο στο rs4934282 και HR = 1,425 (= 1.70e-05) για το αλληλόμορφο στο rs1857623. Θα πρέπει να σημειωθεί ότι λόγω του μικρού μεγέθους του δείγματος, η δύναμη για να ανιχνεύσει ένα SNP με MAF = 0.45 (καθώς αυτά είναι) με = 1e-06 είναι 32% για HR = 0,6 και 3,5% για HR = 1.4? είναι επομένως πιθανό ότι οι άλλες SNPs με παρόμοια μεγέθη επίδραση μπορεί να έχουν χαθεί κατά τύχη σε αυτή την ανάλυση.

ποσοστημόριο-quantile οικόπεδο για παρατηρούμενες τιμές για τις δοκιμές αναλογία πιθανότητας από τα μοντέλα Cox στάδιο προσαρμοσμένο σε σχέση με την αναμενόμενη κατανομή αξιών βάσει ανεξάρτητων υποθέσεις null. Σημεία πάνω από τη γραμμή δείχνουν τιμές που είναι πιο σημαντικό από ό, τι αναμενόταν? μια μεγάλη συστηματική απόκλιση από αυτή τη γραμμή θα είναι ενδεικτική του πληθυσμού υποδομής οδήγηση των αποτελεσμάτων. Οι δύο SNPs χαρακτηρίζεται ως σημαντική, rs4934282 και rs1857623, βρίσκεται πολύ πάνω από τη γραμμή και έξω από το μικρό συστηματική απόκλιση.

Η

Για να φανεί η επίδραση του rs4934282 (AGAP11 /C10orf116) και rs1857623 (DNAH14 ) βλαστική γονότυπο στην επιβίωση μεταξύ των ασθενών με παρόμοιο στάδιο του όγκου, κατά Kaplan-Meier για το 372 το στάδιο είναι ΙΙΙ ασθενείς δίνεται στα σχήματα 2 και 3. Ειδικότερα, η CC γονότυπο στο rs4934282 στο AGAP11 /C10orf116 παρέχει μια προστατευτική επίδραση, διπλασιάζοντας σχεδόν το διάμεσο χρόνος επιβίωσης πάνω από την ομάδα ΑΑ γονότυπο. Επιπλέον, οι ασθενείς με ομόζυγο CC στο rs4934282 έχουν ποσοστό πενταετούς επιβίωσης 45%, έναντι 34% συνολικά για τη φάση ΙΙΙ των ασθενών [1].

οικόπεδα επιβίωσης Kaplan-Meier για τους ασθενείς σταδίου ΙΙΙ, στρωματοποιημένη από βλαστική γονότυπο στο rs4934282 (AGAP11): AA, μαύρο? AC, μπλε? CC, κόκκινο. Τα διαστήματα εμπιστοσύνης φαίνεται ως μια σκιασμένη περιοχή γύρω από κάθε καμπύλη Kaplan-Meier. λογοκρίνονται παρατηρήσεις υποδηλώνονται με κάθετες τσιμπούρια. Οι διακεκομμένες οριζόντιες και κάθετες γραμμές σηματοδοτούν το 50% επιβίωση και πέντε ετών (1.825 ημέρες), αντίστοιχα

Η

Kaplan-Meier για την επιβίωση για τους ασθενείς σταδίου ΙΙΙ, στρωματοποιημένη κατά βλαστική γονότυπο στο rs1857623 (DNAH14):. AA, μαύρος; AG, μπλε? GG, κόκκινο. Τα διαστήματα εμπιστοσύνης φαίνεται ως μια σκιασμένη περιοχή γύρω από κάθε καμπύλη Kaplan-Meier. λογοκρίνονται παρατηρήσεις υποδηλώνονται με κάθετες τσιμπούρια. Οι διακεκομμένες οριζόντιες και κάθετες γραμμές σηματοδοτούν το 50% επιβίωση και πέντε ετών (1.825 ημέρες), αντίστοιχα.

Η

Για να διερευνήσουν περαιτέρω διαφοροποίηση στις περιοχές του γονιδιώματος που περιβάλλουν αυτά τα SNPs, εξετάσαμε τα δεδομένα αλληλουχίας exome /σύλληψη (για 375 ασθενείς με διαθέσιμα δεδομένα βλαστική) σε 100 Κορ παράθυρα στο κέντρο περίπου δύο SNPs χαρακτηρίζεται ως σημαντική στα δεδομένα SNP6, ειδικά chr10: 88672456 έως 88.772.455 και CHR1: 223.081.228 έως 223.181.227. Για δέκα δείγματα με τα διαθέσιμα δεδομένα ολόκληρου του γονιδιώματος, ήμασταν σε θέση να συγκρίνουν την εσονικές rs4934282 και rs1857623 Affymetrix SNP6.0 κλήσεις σε όσους από την αλληλούχιση ολόκληρου του γονιδιώματος, επιβεβαιώνοντας τις κλήσεις κύρος SNP6. Των SNPs 29 exome /σύλληψη δοκιμαστεί (βλέπε Πίνακα 3) στα 375 δείγματα, μόνο rs4869 σε C10orf116 παρέμεινε σημαντική μετά την προσαρμογή για τις πολλαπλές υποθέσεις (FDR = 9.89e-03). rs4869 βρίσκεται Σ.Ζ. ανάντη του rs4934282 και είναι σχεδόν τέλεια ανισορροπία σύνδεσης με rs4934282 (A /C σε rs4934282 συσχέτιση με C /Τ στο rs4869, αντίστοιχα). rs4869 κωδικοποιεί μια συνώνυμη μετάλλαξη στο C10orf116 (Ile68Ile). Πρέπει επίσης να διερευνηθεί αν τα παραλλαγή αλληλόμορφα σε οποιαδήποτε από αυτές τις 29 θέσεις οδήγησε σε επιβλαβή nonsynonymous πρωτεΐνη αλλαγές? μόνο πέντε SNPs είχαν λανθασμένη αίσθηση αλληλόμορφες παραλλαγές, κανένα από τα οποία προβλέπεται να είναι επιβλαβής (Πίνακας 4).

Η

Τέλος, χρησιμοποιήσαμε δεδομένα που προέρχονται από τα δείγματα φυσιολογικού σε συνδυασμό όγκου να εκτιμήσει κατά πόσον η ισχυρή επίδραση της βλαστικής σειράς γονότυπου στην επιβίωση ήταν σημαντικά τη μεσολάβηση ή εποπτεύονται από το κέρδος της γονιδιακής έκφρασης του όγκου ή απώλεια αριθμού αντιγράφων στον όγκο, ή από την απώλεια της ετεροζυγωτίας (βλ S1 File) για να ελεγχθεί η υπόθεση ότι η επίδραση της βλαστικής σειράς γονότυπου για τον καρκίνο των ωοθηκών επιβίωση μπορεί να επηρεάζεται από σωματικές εκδηλώσεις. Εμείς δεν βρήκε καμία σημαντική συσχέτιση της έκφρασης των γονιδίων του όγκου, να αντιγράψετε παραλλαγή αριθμό, ή απώλεια της ετεροζυγωτίας σε αυτές τις περιοχές με την επιβίωση (βλέπε S1 αρχείου). Αντίθετα, η μεγάλη επίδραση της βλαστικής σειράς γονότυπο στους τόπους στην επιβίωση των ασθενών είναι ανεξάρτητη από αυτές τις σωματικές αλλαγές, και φαίνεται να δείχνουν ότι η συνταγματική γενετική παραλλαγή σε αυτές τις περιοχές παίζει ρόλο στην ανταπόκριση στη θεραπεία.

Συζήτηση

Πρόσφατες μελέτες έχουν δείξει ότι οι κοινές γενετικές παραλλαγές που σχετίζονται με τον κίνδυνο καρκίνου των ωοθηκών [15], [16]. Ωστόσο, παραμένει δύσκολο να προβλεφθεί ανεξάρτητη ωοθηκών επιβίωσης του καρκίνου του σταδίου? τρέχουσα κλινικά ευρήματα δείχνουν ότι η ανταπόκριση του όγκου και ακραία αντοχή στα φάρμακα in vitro δεν είναι καλοί προάγγελοι της επιβίωσης με καρκίνο των ωοθηκών [17], [18]. Στη μελέτη μας, είμαστε πλήρως δοκιμαστεί τα SNPs προσδιορίστηκαν στα δεδομένα TCGA SNP6.0 σύνδεσης με την επιβίωση, και επιπλέον αναλύονται σε ολόκληρο το γονιδίωμα και SNPs exome /σύλληψη στις περιοχές του γονιδιώματος που περιβάλλουν τις σημαντικές SNPs SNP6.0. Έχουμε εντοπίσει τρεις SNPs σε δύο περιοχές του γονιδιώματος που είχαν στατιστικώς σημαντική συσχέτιση με την επιβίωση. Όπως φαίνεται στον Πίνακα 2, οι αναλογίες κινδύνου για την ομόζυγη ανήλικος αλληλόμορφα πλησίασαν ή ξεπέρασαν δύο φορές σε Cox μοντέλα αναλογικών κινδύνων κατά το στάδιο-στρωματοποιημένη, και τα μεγέθη ανά αλληλόμορφο ισχύ για αυτά τα SNPs χρησιμοποιώντας ένα στάδιο-στρωματοποιημένο μοντέλο πρόσθετης γονότυπο ήταν HR = 0,599 και HR = 1.425 για rs4934282 και rs1857623, αντίστοιχα. Είναι ενδιαφέρον ότι, κανένα από τα σωματικά παραλλαγές εξετάσαμε (έκφραση του γονιδίου του όγκου, αντίγραφο παραλλαγή αριθμός, και η απώλεια της ετεροζυγωτίας) συσχετίστηκαν είτε με τη βλαστική γραμμή γονότυπο σε αυτούς τους τόπους ή με την επιβίωση, παρά την εύλογη υπόθεση ότι σωματικές αλλαγές στον όγκο θα μπορούσε να έχει μια επίδραση στη συσχέτιση γονοτύπου-επιβίωσης. Μάλλον, αυτά τα SNPs είναι έντονα πρόβλεψης της επιβίωσης ανεξάρτητα από σωματικών αλλαγών που είχαν ήδη συμβεί στον όγκο (βλ S1 File).

Δύο από τους SNPs επιβίωσης που σχετίζονται βρίσκονται σε μια περιοχή 2200 bp στο χρωμόσωμα 10 ( rs4934282 στο chr10: 88732476 και rs4869 σε chr10: 88730312) και είναι σχεδόν τέλεια LD σε αυτά τα δεδομένα. Αυτή η γονιδιωματική περιοχή συνδέεται με C10orf116 (chr10: 88.727.949 έως 88.730.672) και AGAP11 (chr10: 88730498 έως 88769960), που επικαλύπτονται? Η βιολογική σημασία της μεταβολής ανιχνεύθηκαν με rs4934282 και rs4869 μπορεί να σχετίζεται είτε με. AGAP11 είναι μέλος της επανάληψης ανκυρίνης και ΘΤΡάσης τομέα ΑΠΦ ΟΤΡάσης της οικογένειας γονιδίων πρωτεΐνης ενεργοποίησης [19]. C10orf116 (που αναφέρεται επίσης ως ΑΡΜ2) είναι μια πρωτεΐνη άγνωστης λειτουργίας που είναι ομόλογη με την αλυσίδα μέσο συμπλόκου πρωτεΐνης κλαθρίνη συνδέονται θηλαστικών και εμπλέκεται σε φυσαλιδώδη μεταφορά σε ζυμομύκητες. Η γονιδιωματική περιοχή που περιέχει rs4934282 και rs4869 φαίνεται στο Σχήμα 4.

Λεπτομερής περιγραφή της γονιδιωματικής περιοχής του χρωμοσώματος 10 που περιέχει rs4934282 (δεύτερος SNP από τα δεξιά) και rs4869 (εμφανίζεται με πράσινο χρώμα). Σημειώστε την επικάλυψη μεταξύ AGAP11 και C10orf116.

Η

Αν και υπάρχει λίγο πριν από στοιχεία που συνδέουν AGAP11 με την ευαισθησία του καρκίνου, την επιβίωση ή ανταπόκριση στη θεραπεία, υπάρχουν κάποιες ενδείξεις για το ρόλο της C10orf116. έκφραση C10orf116 /ΑΡΜ2 έχει ενοχοποιηθεί σε άλλους γυναικολογικούς καρκίνους? για παράδειγμα, έχει δειχθεί ότι διαφοροποιούνται σημαντικά μεταξύ των συνδεδεμένων BRCA1 υποτάξεις όγκου μαστού ESR1-θετικών και αρνητικών ESR1-[20] και έχει βρεθεί να ρυθμίζεται προς τα κάτω στον καρκίνο utering σε μια σειρά από μελέτες [21]. Πιο πρόσφατα, C10orf116 έχει αποδειχθεί ότι εμφανίζουν διαφορική έκφραση σε διαφορετικές παθολογικές ποιότητες καρκινώματος ωοθηκών [22] και στην απόκριση του καρκίνου του μαστού στη χημειοθεραπεία [23], [24].

Το πιο σημαντικό, υπάρχει από κυτταρικές γραμμές που δείχνουν προς C10orf116 ως μεσολαβητής της αντίστασης σισπλατίνη. Ο καρκίνος των ωοθηκών έχει υποστεί επεξεργασία με ενώσεις πλατίνας για πολλά χρόνια [25], [26], με σισπλατίνη και καρβοπλατίνη (η οποία έχει μια πιο Αποδεκτές προφίλ τοξικότητας) ως πρότυπη θεραπεία για νεοδιαγνωσμένο σταδίου III ωοθηκών [26], [27 ]. Ωστόσο, ενώ πολλοί ασθενείς ανταποκρίνονται στην αρχική θεραπεία, τα ποσοστά πενταετούς επιβίωσης παραμένουν φτωχοί (34% συνολικά για το στάδιο ΙΙΙ [1]). ΑΡΜ2 (C10orf1116) έχει δειχθεί ότι προάγει αντοχή σισπλατίνη όταν υπερεκφράζεται σε HCT116 κυτταρικές σειρές που ήταν ευαίσθητα στην χημειοθεραπεία και η ακτινοβολία [28], υποδηλώνοντας έναν πιθανό μηχανισμό με τον οποίο rs4869 και rs4934282 επηρεάσει την επιβίωση. Αποσιώπηση του ΑΡΜ2 με shRNA δείχθηκε να ενισχύσει τα κυτταροτοξικά αποτελέσματα της σισπλατίνης επί ξενομοσχευμάτων όγκου που αναπτύσσονται σε CD-1 γυμνούς ποντικούς. Επιπλέον, ΑΡΜ2 βρέθηκε να υπερεκφράζεται σε σισπλατίνη ανθεκτικά γαστρικά καρκινικά κύτταρα, αλλά όχι σε γαστρικό καρκίνο κύτταρα ανθεκτικά σε 5-FU ή η δοξορουβικίνη [29]. Πιο πρόσφατα, βρέθηκε ότι rs1649942, ένα SNP που βρίσκεται 5 Mb ανάντη του rs4934282 /rs4869, είχε μια μέτρια συσχέτιση με καρβοπλατίνη επαγόμενη κυτταροτοξικότητα και την επιβίωση των ασθενών με καρκίνο των ωοθηκών εξής καρβοπλατίνη χημειοθεραπεία με βάση [3]. Αν και αυτό το SNP απέτυχε να φθάσει σημασία στην ανάλυσή τους φάση 2 επικύρωσης (και επίσης δεν είναι σημαντική στη μελέτη μας), προσθέτει στο σώμα της αποδείξεις για τη σχέση αυτή γονιδιωματική περιοχή στην ευαισθησία της πλατίνας.

Η τρίτη σημαντική SNP, rs1857623 , βρίσκεται σε μια διαγονιδιακή περιοχή στο χρωμόσωμα 1, 53 Kb ανοδικά DNAH14 και 136 Kb προς τα κάτω από CNIH3. DNAH14 ανήκει στην οικογένεια βαριά αλυσίδα δυνεΐνης, μια πρωτεΐνη με κινητήρα που αποδίδει σε μικροσωληνίσκους και περιπάτους κατά μήκος του κυτταροσκελετού μικροσωληνίσκων [30]. Ο μηχανισμός με τον οποίο διακύμανση DNAH14 μπορεί να επηρεάσει την επιβίωση είναι λιγότερο σαφής. Μια πιθανή οδός για μελλοντικές μελέτες είναι εν δυνάμει ρόλο της στο πλαίσιο της θεραπείας ταξόλης: DNAH14 περιέχει το μικροσωληνίσκους δέσμευσης στέλεχος του κινητήρα δυνεΐνης (pfam12777 κατά Τοποθεσία: 2.910 έως 3.244 από NP_001364.1 πρωτεΐνης αναφοράς), και έχει αποδειχθεί ότι η ταξόλη δεσμεύει μικροσωληνίσκους [28]. DNAH14 έχει επίσης βρεθεί να ρυθμίζονται διαφορικά σε απόκριση σε θεραπεία με ταξάνη σε γαστρικών καρκίνων [31] και της θεραπείας doxorubicin σε κύτταρα του ενδομητρίου [32].

Τα ευρήματα αυτά υποδηλώνουν ότι Συνταγματικού γενετικές παραλλαγές σε αυτές τις περιοχές μπορεί να παίζουν ένα ρόλο στην επιβίωση των ωοθηκών καρκίνο, ακόμη και μεταξύ περιπτώσεις προχωρημένου σταδίου. Ωστόσο, θα πρέπει να σημειωθεί ότι τα αποτελέσματα που παρουσιάζονται εδώ αποτελούν ανάλυση ανακάλυψη που βασίζεται δεν περιελάμβανε μια κοόρτη επικύρωσης. Ως εκ τούτου, τα ευρήματα μπορεί να είναι ψευδή ψευδώς θετικά, και απαιτούν επιβεβαίωση σε μελέτες παρακολούθησης. Εάν επικυρωθεί, αυτά τα SNPs μπορεί να έχει σημαντικές κλινικές δυνατότητες ως προγνωστικούς βιοδείκτες αφού βλαστική γονότυπο μπορεί να προσδιοριστεί αναίμακτα και επειδή οι παραλλαγή αλληλόμορφα σε σημαντικές θέσεις είναι κοινές (συχνότητες για rs4934282 A /C αλληλόμορφα = 0,54 /0,46 αντίστοιχα? /G αλληλόμορφα Α rs1857623 = 0.55 /0.45, respectvely? τόσο συγκρίσιμη με αλληλόμορφο συχνότητες για τον πληθυσμό του Καυκάσου CEPH σε HapMap [33]). Οι σημαντικές θέσεις που βρίσκονται στα γονίδια προηγουμένως χαρακτηριστεί ως έχοντες μια πιθανή σχέση με χημειοθεραπευτικά απάντηση, γεγονός που υποδηλώνει ότι η ένωσή τους με την επιβίωση μπορεί να οφείλεται σε επιρροή τους στην ανταπόκριση στη θεραπεία. Η μελέτη μας δείχνει πιθανοί στόχοι για prognositic δοκιμές και εξατομικευμένων θεραπειών, και παρέχει μια βάση για την έρευνα παρακολούθησης.

Υλικά και Μέθοδοι

Δεδομένα

Τα στοιχεία συλλέχθηκαν από το TCGA έργου, όπως περιγράφεται αλλού [14]. Παρακολούθηση φορές, ζωτικής σημασίας για το καθεστώς, το στάδιο του όγκου, και βλαστικής σειράς δεδομένων γονότυπο ελήφθησαν από το έργο TCGA [14] μέσω της δικτυακής πύλης δεδομένων σε 06/03/2011.

SNP6 γονότυπους.

γονότυπο προσκλήσεις για τις 906.600 ανιχνευτές SNP προσδιορίστηκαν με τη χρήση της πλατφόρμας Affymetrix GenomeWide SNP6.0 και επεξεργασία χρησιμοποιώντας Σπόροι για κατοικίδια πτηνά ελήφθησαν από TCGA. Τα δείγματα που δεν πέρασε τον έλεγχο της ποιότητας TCGA (ανά τον αριθμό αντιγράφων δείγμα αρχείου δεδομένων Σχέσεις Format TCGA) αφαιρέθηκαν. Ένα σύνολο 496 ασθενών ωοθηκών ορώδες κυσταδενοκαρκίνωμα είχαν χρόνο επιβίωσης και τα δεδομένα γονότυπο βλαστικής σειράς (κανονικές είτε αίμα ή ογκο-γειτονικά). κλήσεις γονότυπο είχαν κωδικοποιηθεί ως 0, 1 ή 2 ανάλογα με τον αριθμό των παραλλαγή αλληλομόρφων και φιλτράρεται σύμφωνα με ένα όριο εμπιστοσύνης Σπόροι για κατοικίδια πτηνά 0,05.

Τα δεδομένα γονότυπου υπόκεινται σε επιπλέον κριτήρια φιλτραρίσματος ποιοτικού ελέγχου ως εξής. SNPs με ποσοστά κλήσης ή δευτερεύουσες συχνότητες αλληλόμορφο αποκλείστηκαν, καθώς ήταν SNPs από Hardy Weinberg ισορροπία με. Όλα τα δείγματα με συντελεστή κάτω του 80% εξαιρέθηκαν. Ταυτότητα από το κράτος υπολογίστηκε χρησιμοποιώντας το πακέτο R GenABEL, και αφαιρέθηκαν συνδέονται στενά με τα δείγματα με σύνδρομο ευερέθιστου εντέρου. Το SNP και το δείγμα κριτήρια φιλτραρίσματος εφαρμόστηκαν επαναληπτικά έως ότου όλα τα δείγματα και SNPs πληρούσαν τα όρια που έχουν καθοριστεί. Συνολικά, 489 δείγματα και 662.521 SNPs πέρασε κρατήθηκαν στην ανάλυση.

το στάδιο του όγκου.

υποκατηγορίες Stage είχαν ενωθεί για τους σκοπούς της παρούσας ανάλυσης σε περίληψη κατηγορίες στάδιο αποδίδοντας τέσσερις ταξινομήσεις στάδιο (δηλαδή , Στάδιο ΙΑ, ΙΒ, IC αντιμετωπίστηκαν ως σταδίου Ι, κλπ). Ο αριθμός των δειγμάτων σε κάθε κατηγορία στάδιο δίνεται στον Πίνακα 1.

δεδομένα exome /σύλληψη.

exome επόμενης γενιάς /δεδομένα αλληλουχίας σύλληψη επίσης ανακτηθούν για 375 ασθενείς με διαθέσιμα βλαστικής σειράς δεδομένων. Η ανάλυση περιορίστηκε σε 100 Κορ παράθυρα στο κέντρο περίπου δύο SNPs χαρακτηρίζεται ως σημαντική στα δεδομένα SNP6, ειδικά chr10: 88.672.456 έως 88.772.455 και CHR1: 223.081.228 με 223.181.227. Παρέχονται γραφικές περιγραφές αυτών των γονιδιωματικών περιοχών παρέχονται στα Σχήματα 5 και 6.

Εικόνα από cgwb.nci.nih.gov των επιλεγμένων κομματιών για γονιδιώματος χτίσει NCBI36 (hg18) για την περιοχή που περιβάλλει δύο βλαστικής σειράς παραλλαγές που συνδέονται με την επιβίωση σε καρκίνο των ωοθηκών στην περιοχή C10orf116 /AGAP11 στο χρωμόσωμα 10. τα κομμάτια είναι ένα έθιμο κομμάτι που δείχνει τις rs4869 SNPs και rs4934282, το γονίδιο REFSEQ, mRNA, συγκολλημένα ESTs και mapability.

η

Εικόνα από cgwb.nci.nih .gov των επιλεγμένων κομματιών για το γονιδίωμα χτίσει NCBI36 (hg18) για την περιοχή που περιβάλλει μια παραλλαγή βλαστικής σειράς που σχετίζονται με την επιβίωση στον καρκίνο των ωοθηκών πριν από DNAH14 στο χρωμόσωμα 1. τα κομμάτια είναι ένα έθιμο κομμάτι που δείχνει τις rs1857623 SNP, REFSEQ γονίδιο, mRNA, συγκολλημένα ESTs και mapability.

η

Binary Sequence Alignment /Χάρτης (BAM) αρχεία είχαν κατεβάσει από dbGAP, χρησιμοποιώντας για κάθε δείγμα, η μεγαλύτερη διαθέσιμη κανονικό αρχείο BAM. Το «mpileup» και «bcftools» χαρακτηριστικά του SAMtools [34] χρησιμοποιήθηκαν για την παραγωγή των πληροφοριών παραλλαγή κλήση, με κλήση κριτήρια ως εξής: αν η κάλυψη σε ένα δεδομένο δείγμα για ένα δεδομένο τόπο ήταν μικρότερη από το κατώτατο όριο κάλυψης (βλέπε ακόλουθη παράγραφος ), δεν υπάρχει καμία κλήση έγινε? Αλλιώς, εάν η μη αναφορά συχνότητας αλληλόμορφο ήταν λιγότερο από 10%, η κλήση ήταν «ομόζυγο αναφοράς?» αν η συχνότητα μη αναφοράς ήταν μεγαλύτερη από 90%, η κλήση ήταν «ομόζυγο nonreference?» αν ήταν μεταξύ 10% και 90 %, η κλήση ήταν «ετερόζυγο».

για να ρυθμίσετε το όριο κάλυψης για τα δεδομένα exome /σύλληψη, συγκρίναμε τις κλήσεις exome /σύλληψη των SNP6 βλαστικής σειράς γονότυπο προσκλήσεις για 41 SNPs ετικέτα που βρίσκονται σε αυτές τις περιοχές. Θεραπεία του SNP6 καλεί ως ο χρυσός κανόνας για την ακρίβεια, ορίζουμε το «ποσοστό αναντιστοιχίας» να είναι ο αριθμός των κλήσεων για exome /σύλληψη και τα δεδομένα SNP6 διαφέρουν, διαιρούμενο με το συνολικό αριθμό των κλήσεων exome /σύλληψη γίνει σε αυτό το βάθος κάλυψη. Ως κατώτατο όριο κάλυψης αυξάνεται και τα δεδομένα exome /σύλληψη γίνεται πιο αξιόπιστα, οι μειώσεις ποσοστό αναντιστοιχίας, αλλά λιγότερες κλήσεις exome /σύλληψη μπορεί να γίνει. Εμείς μεταβάλλεται το όριο κάλυψης από 5 έως 30, επιλέγοντας τη χαμηλότερη κάλυψη που έδωσε ένα ποσοστό αναντιστοιχίας μικρότερο από 0,05. Η βέλτιστη κάλυψη ήταν 9 (με ποσοστό αναντιστοιχία 0,045)

Είμαστε θεωρείται ένας τόπος να είναι κατατοπιστική (δηλαδή, έχουν επαρκή διακύμανση) εάν τουλάχιστον 20 δείγματα βλαστική είχε ένα ετερόζυγο κλήση σε αυτό το όριο κάλυψης.? Τα κριτήρια αυτά αποδώσει 29 στο σύνολο ενημερωτικό SNPs στα 100 Κορ περιοχές γύρω rs4934282 και rs1857623, παρουσιάζονται στον Πίνακα 3, το οποίο θεωρείται στην ανάλυση.

Επιβίωση ανάλυση

Η ανάλυση επιβίωσης διεξήχθη στην Ε [35] χρησιμοποιώντας την «επιβίωση» πακέτο [36]. Για κάθε SNP που αντιπροσωπεύονται στα δεδομένα, αναλογικών κινδύνων κατά Cox παλινδρόμησης χρησιμοποιήθηκε για το μοντέλο επιβίωσης ως συνάρτηση του γονότυπου. Λόγω της σημαντικής σύνδεσης του σταδίου με την επιβίωση, όλα τα μοντέλα στρωματοποιημένη ανά στάδιο. κλήσεις Γονότυπος αντιμετωπίστηκαν ως κατηγορηματικές μεταβλητές με 0 ως την ομάδα αναφερόμενο να αποφεύγεται η επιβολή γραμμικότητα του αριθμού των παραλλαγή αλληλίων. Κάθε μοντέλο απέδωσε δύο δείκτες επικινδυνότητας ανά SNP (ένα για γονότυπο = 1 σε σχέση με γονότυπο = 0 και ένα άλλο για τον γονότυπο = 2 w.r.t με γονότυπο = 0). Η σημασία της σύνδεσης αξιολογήθηκε χρησιμοποιώντας το τεστ logrank (Score) [37]. Μια δοκιμή του Schoenfeld υπολειμμάτων χρησιμοποιήθηκε για να ελέγξει κατά πόσον η υπόθεση αναλογικών κινδύνων συναντήθηκε? μόνο τα μοντέλα με θεωρήθηκαν έγκυρες. 639.510 SNPs δοκιμαστεί συνάντησε την ανάλογη υπόθεση κινδύνους.

Επειδή ο μεγάλος αριθμός των SNPs συνεπάγεται ένα τεράστιο αριθμό των υποθέσεων που δοκιμάζεται, πολλαπλές προσαρμογές δοκιμές έγιναν με τις τιμές. Αυτό έγινε κατά δύο τρόπους. Αναφέρουμε τόσο το ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη [38] () για τις τιμές που λαμβάνονται για τις παραμετρικές δοκιμασίες που περιγράφονται παραπάνω. Επιπλέον, αναφέρουμε τιμές μετάθεσης που λαμβάνονται χρησιμοποιώντας 600.000 ανεξάρτητοι resamplings των δεδομένων. δοκιμές μετάθεση, ενώ υπολογιστικά εντατικές, θεωρείται το ισχυρότερο και το πιο κατάλληλο έλεγχο των ποσοστών σφάλματος τύπου Ι σε μελέτες γονιδιώματος σε επίπεδο [39] – [41]

Για να διερευνηθεί η ύπαρξη και η επίδραση της κάθε διαστρωμάτωση του πληθυσμού. , ο GenABEL πακέτο R [42] χρησιμοποιήθηκε για να εξετάσει υποδομή πληθυσμό. Η γενωμική συντελεστή πληθωρισμού εκτιμάται ότι είναι, υποδεικνύοντας ότι ο πληθυσμός της υποδομή, αν υπάρχει, δεν πρέπει να έχει αισθητές επιπτώσεις στα αποτελέσματα. Χρησιμοποιώντας ένα τυχαία επιλεγμένο σύνολο 12.000 ανεξάρτητων (ζεύγη LD) SNPs με MAF, υποδομή πληθυσμού εξετάστηκε χρησιμοποιώντας ανάλυση κύριων συνιστωσών. Τα ζεύγη οικόπεδα από τα πρώτα τέσσερα συστατικά που παρέχονται στο S2 αρχείου. Εμείς προσαρμόζονται τα μοντέλα με δύο τρόπους: χρησιμοποιώντας τα τέσσερα πρώτα PCs, και χρησιμοποιώντας τις αναθέσεις σύμπλεγμα που προσδιορίζονται από το PCA χρησιμοποιώντας το πακέτο R mclust [43]. Όπως αναμενόταν με βάση, παρατηρήσαμε κανένα αισθητό μεταβολές στα μοντέλο Cox αποτελέσματα (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Τα αποτελέσματα που παρουσιάζονται εδώ είναι, ως εκ τούτου, δεν προσαρμόζονται για την υποδομή του πληθυσμού

ανάλυση δεδομένων αλληλουχίας

Συγκρίναμε τα γονότυπους SNP6 στο σημαντικό τόπους. (Chr10: 88722456 και CHR1: 223131228) με εκείνα από χον δεδομένων γονιδιώματος για 10 διαθέσιμα δείγματα? όλα τα 10 ταιριάζουν η SNP6 καλεί τις σημαντικές SNPs, υποστηρίζοντας τις κλήσεις SNP6 γονότυπο.

Για τους δύο SNPs που δείχνουν σημαντική συσχέτιση με την επιβίωση στα δεδομένα SNP6, ερευνήσαμε περαιτέρω τις γύρω περιοχές του γονιδιώματος χρησιμοποιώντας συνδυασμό ολόκληρου γονιδιώματος και exome /συλλογή δεδομένων αλληλουχίας. Ερευνήσαμε 29 SNPs στις τις γονιδιωματικές περιοχές που περιβάλλουν rs4934282 και rs1857623 φαίνεται στον Πίνακα 3 και επιλέγεται όπως περιγράφεται παραπάνω. Στάδιο-στρωματοποιημένη αναλογικών κινδύνων κατά Cox μοντέλα συνέχεια κατασκευάστηκαν για τους βλαστικής σειράς γονότυπους όπως περιγράφεται παραπάνω. Θα πρέπει να σημειωθεί ούτε rs4934282 ούτε rs1857623 είχαν συμπεριληφθεί λόγω ανεπαρκών στοιχείων exome /σύλληψη (rs4934282 είναι σε μια ιντρονική περιοχή και ως εκ τούτου δεν προσδιορίστηκαν στα δεδομένα exome /σύλληψη? Rs1857623 είχε κανένα κλήσεις στην πλειοψηφία των δειγμάτων)

θα πρέπει να σημειωθεί ότι δεν είναι όλες οι περιοχές του γονιδιώματος που συμβάλλουν σε αυτά τα δεδομένα έχουν μοναδικές αλληλουχίες. Για την εκτίμηση αυτή, χρησιμοποιήσαμε τα κριτήρια «mapability» όπως εφαρμόζεται σε CGWB [44]: για κάθε τόπο υπό εξέταση, θεωρούμε ένα συρόμενο παράθυρο 75 ζευγών βάσεων που περιέχουν αυτή την θέση και την προσπάθεια για να ταιριάζουν σε άλλες περιοχές στο γονιδίωμα? ο τόπος επισημαίνεται ως μοναδικός εάν, για κάθε θέση του ολισθαίνοντος παραθύρου, η αλληλουχία χαρτογραφεί μόνο στη θέση του παραθύρου και κανένα άλλο γονιδιωματική περιοχή. Τόποι για τους οποίους μερικοί (ή όλα) θέσεις του συρόμενου παραθύρου περιέχει αλληλουχίες που αντιστοιχούν σε πολλαπλές περιοχές του γονιδιώματος έχουν επισημανθεί με ένα στιλέτο στον Πίνακα 3, που δηλώνει ότι το διαβάζει συμβάλλουν στις κλήσεις σε αυτό τον τόπο μπορεί να είναι μη ειδικά.

Πρόβλεψη υποκαταστάσεις αμινοξέων

Εξετάσαμε την SNPs στον πίνακα 3 για αντικαταστάσεις λανθασμένη αίσθηση χρησιμοποιώντας το πρόγραμμα ANNOVAR [45] και προέβλεψε λειτουργικές επιπτώσεις τους στις ακολουθίες πρωτεϊνών με logRE και να κοσκινίσει. LogRE είναι ο της αναλογίας HMMER-τιμές για την προσαρμογή σε μια περιοχή PFAM μοτίβο των δύο αλληλουχιών αμινοξέων που διαφέρουν από μια υποκατάσταση αμινοξέος. Μια βαθμολογία logRE οποίου η απόλυτη τιμή είναι μεγαλύτερη ή ίση με 1 υποδεικνύει ότι η αλλοίωση αμινοξέως είναι πιθανόν να επηρεάσει πρωτεΐνη [46]. SIFT είναι ένα εργαλείο ομολογία που βασίζεται σε ακολουθία που Ταξινομεί Δυσανεκτικοί Από αντικαταστάσεις ανεκτική αμινοξέων και προβλέπει αντικαταστάσεις επιβλαβή αμινοξέων. Οι SIFT τιμές αναμένεται να είναι επιβλαβής [47]. Των SNPs θεωρούνται παραπάνω από πέντε SNPs λανθασμένη αίσθηση εντοπίστηκαν: τρεις στη MMRN2 (rs3750823, rs4934281, rs34587013), ένα στην SNCG (rs9864), και ένα στο AGAP11 (rs2641563). Ωστόσο, δεν υπάρχει καμία απόδειξη ότι αυτές οι αλλαγές αμινοξέων έχουν λειτουργική επίδραση στις πρωτεΐνες (Πίνακας 4).

Ανάλυση των σωματικών μεταβολών

Για να ελεγχθεί η υπόθεση ότι οι σωματικές αλλαγές μπορεί να έχουν ένα πρόσθετο ή μετριάσουν τη σχέση μεταξύ βλαστικής σειράς γονότυπο και την επιβίωση του καρκίνου των ωοθηκών, χρησιμοποιήσαμε δεδομένα TCGA προέρχεται από ζεύγη δειγμάτων όγκων να εκτιμήσει κατά πόσον η έκφραση του γονιδίου του όγκου, κέρδος ή ζημία του αριθμού αντιγράφων στον όγκο, ή απώλεια της ετεροζυγωτίας σχετίζονταν σημαντικά με την επιβίωση. Μια πλήρης περιγραφή των μεθόδων και των αποτελεσμάτων για την ανάλυση αυτή δίνεται στο S1 αρχείου. Καμία από αυτές τις πρόσθετες συμεταβλητές ήταν σημαντική.

Υποστήριξη Πληροφορίες

αρχείου S1.

μέθοδοι και τα αποτελέσματα της ανάλυσης των σωματικών μεταβολών.

doi: 10.1371 /journal.pone.0055037.s001

(PDF)

αρχείου S2.

μέθοδοι και τα αποτελέσματα της ανάλυσης του πληθυσμού υποδομής.

doi: 10.1371 /journal.pone.0055037.s002

(PDF)