Αφηρημένο

Το κεφάλι και το λαιμό πλακώδες καρκίνωμα (HNSCC) μεταγραφικό έχει δημιουργηθεί προφίλ εκτενώς, παρ ‘όλα αυτά, τον προσδιορισμό βιοδεικτών που είναι κλινικά σημαντική και ως εκ τούτου με την μεταφραστική όφελος, ήταν μια μεγάλη πρόκληση. Ο στόχος αυτής της μελέτης ήταν να χρησιμοποιήσει μια προσέγγιση που βασίζεται μετα-ανάλυση στον κατάλογο υποψήφιων βιοδεικτών με υψηλό δυναμικό για κλινική εφαρμογή σε HNSCC. Τα δεδομένα από δημόσια διαθέσιμες σειρές των μικροσυστοιχιών (Ν = 20) προφίλ χρησιμοποιώντας Agilent (4X44K G4112F) και Affymetrix (HGU133A, U133A_2, U133Plus 2) πλατφόρμες έγινε λήψη και αναλύθηκε σε μια πλατφόρμα /chip-ειδικό τρόπο (GeneSpring v12.5 λογισμικού, Agilent, ΗΠΑ). Ανάλυση Κύριων Συνιστωσών (PCA) και η ομαδοποίηση ανάλυση πραγματοποιήθηκε επαναληπτικά για το διαχωρισμό των ακραίων τιμών? 140 φυσιολογικά και 277 καρκινικά δείγματα από 15 σειρές συμπεριλήφθηκαν στην τελική ανάλυση. Οι αναλύσεις εντοπίστηκαν 181 που εκφράζονται διαφορικά, συγκλίνουσα και στατιστικά σημαντική γονίδια? ανάλυση STRING αποκάλυψε αλληλεπιδράσεις μεταξύ 122 από αυτούς, με δύο μεγάλες συστάδες γονιδίων που συνδέονται με πολλαπλούς κόμβους (MYC, FOS και HSPA4). Επικύρωση στην HNSCC-ειδική βάση δεδομένων (Ν = 528) στο The Cancer Genome Atlas (TCGA) προσδιόρισε έναν πίνακα (

ECT2

,

ANO1

,

TP63

,

FADD

,

EXT1

,

NCBP2

) που μεταβλήθηκε σε 30% των δειγμάτων. Επικύρωση σε θεραπεία αφελείς (Ομάδα Ι? Ν = 12) και μετά την θεραπεία (Ομάδα II? Ν = 12) ασθενείς που προσδιορίζονται 8 γονίδια σημαντικά σχετίζεται με την ασθένεια (περιοχή κάτω από την καμπύλη & gt? 0,6). Συσχέτιση με υποτροπή /εκ νέου στην επανάληψη έδειξε

ANO1

είχαν υψηλότερη αποτελεσματικότητα (ευαισθησία: 0,8, ειδικότητα: 0.6) για να προβλέψει την αποτυχία της ομάδας Ι

UBE2V2

,

PLAC8

,

FADD

και

TTK

έδειξαν υψηλή ευαισθησία (1,00) στην ομάδα Ι, ενώ

UBE2V2

και

CRYM

ήταν ιδιαίτερα ευαίσθητο (& gt? 0,8) στην πρόβλεψη εκ νέου υποτροπή στην ομάδα ΙΙ. Επιπλέον, η ανάλυση έδειξε ότι TCGA

ANO1

και

FADD

, που βρίσκεται στο 11q13, ήταν συν-εκφράζεται στο επίπεδο της μεταγραφής και σχετίζεται σημαντικά με τη συνολική και την ελεύθερη νόσου επιβίωση (

p

& lt? 0,05). Η προσέγγιση μετα-ανάλυση που εγκρίθηκε σε αυτή τη μελέτη εντόπισε υποψήφιος δείκτες συσχετίζονται με την έκβαση της νόσου σε HNSCC? περαιτέρω επικύρωση σε μια μεγαλύτερη ομάδα ασθενών θα δημιουργήσει κλινική σημασία τους

Παράθεση:. Reddy RB, Bhat AR, James BL, Govindan SV, Mathew R, DR R, et al. (2016) Μετα-αναλύσεις των μικροσυστοιχιών Σύνολα Αναγνωρίζει

ANO1

και

FADD

ως προγνωστικοί δείκτες του καρκίνου κεφαλής και τραχήλου. PLoS ONE 11 (1): e0147409. doi: 10.1371 /journal.pone.0147409

Επιμέλεια: Muy-Teck Teh, Queen Mary University of London, Ηνωμένο Βασίλειο

Ελήφθη: 8 Οκτ 2015? Αποδεκτές: 4 του Ιανουαρίου, 2016? Δημοσιεύθηκε: 25 του Ιανουαρίου, 2016

Copyright: © 2016 Reddy et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα:. Όλη η δεδομένα είναι μέσα στο χαρτί και υποστήριξη αρχείων πληροφοριών του

Χρηματοδότηση:. το έργο χρηματοδοτήθηκε από την ινδική Συμβούλιο Ιατρικής Έρευνας, Ινδία (No: 5/8 /10-18 (Oto) /ΚΑΠ /11-NCD -1). (https://www.icmr.nic.in/). AS έλαβε τη χρηματοδότηση. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Δύο από τους συγγραφείς είναι συνδεδεμένες με την εμπορική εταιρεία Strand Επιστημών Ζωής. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων να PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

Μοριακή χαρακτηριστικών των όγκων, συμπεριλαμβανομένων Κεφαλής και Τραχήλου πλακωδών κυττάρων Καρκίνωμα (HNSCC), έχει χρησιμοποιηθεί να κατανοήσουν τους μηχανισμούς της καρκινογένεσης, καθώς και τις βασικές αιτίες για την αντίσταση της θεραπείας. Η αυξανόμενη παγκόσμια επίπτωση της HNSCC μαζί με την έλλειψη σημαντική βελτίωση στη συνολική επιβίωση κατά τη διάρκεια των τελευταίων τεσσάρων δεκαετιών, απαιτούν νεότερες προσεγγίσεις για την κατανόηση των μοριακών μηχανισμών της νόσου και για τον εντοπισμό πιθανών δεικτών για την έγκαιρη διάγνωση, την πρόγνωση και ως στόχοι για θεραπεία. Μοριακή ανάλυση σε συνδυασμό με την επικύρωση του ασθενούς σε καρκίνους του προστάτη, των ωοθηκών και του μαστού έχει οδηγήσει σε κλινική εφαρμογή πάνελ ενδεικτών όπως Mamma εκτύπωσης και Oncotype Dx. [1, 2]. Παρόμοιες προσπάθειες για τη δημιουργία διαγνωστική ή προγνωστική μοριακών δεικτών σε HNSCC για κλινική εφαρμογή έχουν παραμείνει άπιαστο.

Υψηλή απόδοση μοριακών χαρακτηριστικών με τη χρήση τεχνικών που κατάλογο των διαφορών σε ολόκληρο το γονιδίωμα, μεταγραφικό [3] [4] [5] και proteome [6] τα επίπεδα έχουν πραγματοποιηθεί σε HNSCC. Αυτές οι μελέτες έχουν καταλογογραφηθεί δείκτες της εξέλιξης [7] [8] και την ανταπόκριση στη θεραπεία [9]. Παρ ‘όλα αυτά, η μετάφραση αυτών των δεικτών για κλινικό όφελος δεν έχει επιτευχθεί λόγω των προκλήσεων που σχετίζονται με τεχνικές υψηλής απόδοσης από την άποψη της επιλογής δείκτη και την ανάγκη για την επικύρωση των ασθενών μεγάλης κλίμακας. Οι προκλήσεις αυτές περιπλέκονται περαιτέρω λόγω θέματα, όπως σημαντική ασυμφωνία μεταξύ διαφορετικών μελετών υψηλής απόδοσης, που αποδίδονται σε διαφορές στην επεξεργασία του δείγματος, το είδος της πλατφόρμες που χρησιμοποιούνται και των αναλυτικών αλγορίθμων που εφαρμόζονται [10] [11]. Αυτό το πρόβλημα αυξάνεται περαιτέρω σε transcriptomic μελέτες, κυρίως λόγω αλλαγών επίπεδο μεταγραφής μπορεί να διαφέρουν ανάλογα με το στάδιο, ιστο-ειδικά και χωρικές διακυμάνσεις στην έκφραση διαφόρων γονιδίων.

Αναλυτική στρατηγικές που μπορούν να χρησιμοποιήσουν τις υπάρχουσες βάσεις δεδομένων και να εντοπίσει δείκτες συμφωνούν σε όλες τις μελέτες μπορεί να είναι μια επωφελή προσέγγιση για να περιορίσετε σε δείκτες της αύξησης της εμπιστοσύνης και της κλινικής εφαρμογής. Μετα-ανάλυση, αναφερόμενος στην ανάλυση των διαθέσιμων στο κοινό σύνολα δεδομένων, θα μπορούσε, ως εκ τούτου, ενδεχομένως να επιτρέπει την αναγνώριση των κλινικά σχετικές πισίνα των δεικτών? πολλές τέτοιες μελέτες έχουν αναφερθεί σε καρκίνους διαφόρων τόπων. Μετα-ανάλυση με βάση τις προσεγγίσεις στον καρκίνο του παγκρέατος έχουν οδηγήσει στην ταυτοποίηση νέων στόχων και των υποψηφίων βιοδεικτών [12]. Σε καρκίνους του προστάτη, δείκτες αιτιότητας με την καρκινογόνο διαδικασία ταυτοποιήθηκαν χρησιμοποιώντας μια παρόμοια προσέγγιση [13]. Επιπλέον, οι δείκτες σχετίζεται σε μεγάλο βαθμό με την πρόγνωση και τη θεραπεία πρόβλεψη αποτελέσματος στον καρκίνο του μαστού [14] [15] Εντοπίστηκαν επίσης από παρόμοιες προσεγγίσεις που βασίζονται μετα-ανάλυση. Ο πρωταρχικός στόχος αυτής της μελέτης ήταν να πραγματοποιήσει μια cross-platform, cross-μελέτη μετα-ανάλυση των διαθέσιμων στο κοινό συνόλων δεδομένων μικροσυστοιχιών σε καρκίνο κεφαλής και τραχήλου, τον προσδιορισμό των δεικτών των βιολογικών ενδιαφέρον μέσω ενός κοινού αναλυτικού αγωγού και στη συνέχεια να επικυρώσει τους σε κλινικά δείγματα.

Υλικά και Μέθοδοι

Κριτήρια αναζήτησης και Data Mining

από την ανάλυση των διαθέσιμων στο κοινό σύνολα δεδομένων μικροσυστοιχιών διεξήχθη σύμφωνα με τις κατευθυντήριες γραμμές PRISMA [16]. Οι δημόσιες βάσεις δεδομένων, Gene Expression Omnibus (GEO) (NCBI-http: //www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) και Array Express (EBI) [https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress ] αναζητήθηκαν για την παρουσία των πρώτων δεδομένων από πειράματα μικροσυστοιχιών διεξάγεται σε καρκίνο κεφαλής και τραχήλου. Η σειρά που επιλέγεται για την ανάλυση περιελάμβανε δεδομένα από i) μελέτες που έχουν διεξαχθεί σε ασθενείς με καρκίνωμα κεφαλής και τραχήλου πλακωδών ii) μελέτες, συμπεριλαμβανομένων αφελείς ασθενείς θεραπεία και iii) μελέτες για τη διεξαγωγή της παγκόσμιας προφίλ της transcriptomics χρησιμοποιώντας συστοιχίες υψηλής πυκνότητας. Μελέτες /δείγματα, συμπεριλαμβανομένων του θυρεοειδούς, του στοματοφάρυγγα και του ρινοφάρυγγα αποκλείστηκαν από τη μελέτη λόγω της ποικίλες αιτιολογίες τους. Οι δύο πλατφόρμες που περιλαμβάνονται στις αναλύσεις ήταν Affymetrix [Affymetrix Inc., California, USA] και Agilent [Agilent Technologies, California, USA]. Η σειρά των πρώτων στοιχείων προφίλ και από τις δύο πλατφόρμες ομαδοποιήθηκαν με βάση την ατομική τεχνολογία και κάθε τεχνολογία (είτε του πλατφόρμα) συμπεριελήφθη στην ανάλυση εάν τουλάχιστον 2 σειρές ήταν διαθέσιμα στη βάση δεδομένων. Η γενική ροή εργασίας ακολούθησε το πρωτόκολλο σταδιακή προτείνεται από Ramasamy

κ.ά.

για τη διενέργεια μετα-ανάλυση [17]. Ο βασικός αλγόριθμος εργασίες που περιγράφονται στο Σχήμα 1.

είχαν κατεβάσει τα δημόσια διαθέσιμα στοιχεία των πρώτων μικροσυστοιχιών της Κεφαλής και Τραχήλου πλακωδών κυττάρων Καρκίνωμα σειρά (HNSCC) και ομαδοποιούνται και αναλύονται στο Genespring στατιστικό λογισμικό. Η κανονικοποίηση διεξήχθη επί των δειγμάτων, τα οποία στη συνέχεια ομαδοποιήθηκαν σε όγκο και φυσιολογικό πριν από την εκτέλεση του πειράματος επίπεδο γονιδίου. Ανάλυση Κύριων Συνιστωσών (PCA) διεξήχθη για να αφαιρέσετε τα ασύμφωνα δείγματα. Διπλώστε την αλλαγή και

σ

αξία υπολογίστηκαν για τη λήψη των σημαντικών γονιδίων οντότητες. Αυτά τα στατιστικά σημαντικές οντότητες χρησιμοποιήθηκαν για περαιτέρω ανάλυση? σχολιασμοί βάση δεδομένων (Gene Ontology, STRING και miRWALK) και την επικύρωση των ασθενών (Πειραματική επικύρωση από ποσοτική πραγματικού χρόνου PCR (qPCR) και το The Cancer Genome Atlas (TCGA)).

Η

Ανάλυση Δεδομένων Χρήση Gene Άνοιξη

Οι πρώτες αρχεία δεδομένων που χρησιμοποιούνται για τις αναλύσεις που περιλαμβάνονται .CEL (πλατφόρμα Affymetrix) και .TXT (Agilent) αρχεία. Μετα-ανάλυση πραγματοποιήθηκε με τη χρήση του λογισμικού της άνοιξης Gene (https://genespring-support.com) [v12.5, Agilent, California, USA]. Τα ανεπεξέργαστα δεδομένα που αφορούν κάθε τσιπ ανέβηκε πάνω στο λογισμικό όπου τα δείγματα μετατράπηκαν βασική γραμμή και κανονικοποιούνται από Στιβαρή Multi-array Ανάλυση (RMA) σε Affymetrix ή 75

ο εκατοστημόριο σε πλατφόρμες Agilent (ενιαίο χρώμα). Τα μεμονωμένα αρχεία δείγμα στη συνέχεια κατατάσσονται σε «κανονική» και «όγκου» και την εκ νέου αναλύεται ως ένα μόνο πείραμα. επίπεδο Gene πειραματικά δεδομένα (αριθμητικός μέσος όρος του συνόλου των ιχνηλατών χαρτογράφησης με την ίδια ID ανιχνευτής) παρήχθη και έλεγχος ποιότητας διεξήχθη χρησιμοποιώντας Ανάλυση Κύριων Συνιστωσών (PCA) σε GeneSpring. Τα δείγματα που ήταν ακραίες τιμές στα οικόπεδα PCA αφαιρέθηκαν και ομαδοποίηση που πραγματοποιήθηκαν μεταγενέστερα για να εξασφαλιστεί μια σαφή διαστρωμάτωση μεταξύ των δύο κατηγοριών των δειγμάτων (φυσιολογικών και καρκινικών). Η διαδικασία διεξήχθη με πολλαπλές επαναλήψεις για να ληφθεί ένα εκλεπτυσμένο διαχωρισμό. Διπλώστε την ανάλυση των αλλαγών στη συνέχεια εκτελέστηκαν επί των δειγμάτων ύστερα από την οποία αταίριαστο

t-test

(άνιση διακύμανση) πραγματοποιήθηκε για τη λήψη σημαντικών γονιδίων οντότητες. Η

σ

-τιμή υπολογισμού (ασυμπτωτική) και πολλαπλές διόρθωση δοκιμών (Benjamini Hochberg FDR) περαιτέρω πραγματοποιήθηκαν για την απόκτηση του γονιδίου οντότητες με

σ

-τιμή & lt? 0.05 και διπλώστε την αλλαγή (FC) της & gt? 2.0. Ενσωματωμένος ανάλυση μονοπάτι διεξήχθη με τη χρήση του συγκεκριμένου καταλόγου γονίδιο. Η σημαντική λίστα των γονιδίων και πορείες σε όλες τις διαφορετικές τεχνολογίες της Affymetrix συγκρίθηκαν με τα ονόματα σύμβολο του γονιδίου /μονοπατιού ως αναγνωριστικό. Το άτομο κατάλογος γονίδιο οντότητα από κάθε τεχνολογία εξήχθησαν από το λογισμικό Genespring και εξάγονται σε αρχεία Excel. Οι συγκλίνουσες γονίδιο οντότητες, καθώς και κοινές πορείες εντοπίστηκαν σε όλες τις τεχνολογίες, χρησιμοποιώντας το Microsoft Access (Microsoft Inc. WA, USA). Παρόμοια προσέγγιση υιοθετήθηκε για να εντοπίσει όλα τα κοινά γονίδια και τα μονοπάτια κατά μήκος των δύο πλατφόρμες της Affymetrix και Agilent (Σχήμα 1).

Λειτουργική Σχολιασμός Χρησιμοποιώντας Πολλαπλές Πηγές Web

Η σύμφωνη κατάλογος γονιδίων στα διάφορα πλατφόρμες αναλύθηκε στις διάφορες πηγές στο διαδίκτυο για την αξιολόγηση λειτουργικές κατηγορίες, τις αλληλεπιδράσεις μεταξύ πρωτεϊνών και miRNAs στοχεύουν τα γονίδια. Γονιδιακή Οντολογία ανάλυση πραγματοποιήθηκε με τη χρήση PANTHER (Protein Σχολιασμός μέσω εξελικτική σχέση) σύστημα ταξινόμησης (https://www.pantherdb.org/) [18] για να αξιολογήσει τις λειτουργικές κατηγορίες των γονιδίων. Η βάση δεδομένων STRING (STRING v9.1) (http: //string-db.orgnewstring_cgi) [19] χρησιμοποιήθηκε για να προβλέψει και να ταξινομήσει τις αλληλεπιδράσεις πρωτεΐνης-πρωτεΐνης μεταξύ των συγκλίνουσες γονιδίων. Τα miRNAs που στοχεύουν αυτά τα γονίδια διερευνήθηκαν χρησιμοποιώντας τη βάση δεδομένων miRWalk2.0 (https://www.umm.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/index.html) [20].

Ασθενών με βάση Επικύρωση

Ο κατάλογος σύμφωνη γονίδιο επίσης σταυρό σε σύγκριση με τη βάση δεδομένων TCGA (https://www.cbioportal.org) [21] για την μετάλλαξη τους, αντίγραφο παραλλαγή αριθμό (CNV) και την κατάσταση έκφρασης του mRNA. Η σημαντική πάνελ γονίδιο που προσδιορίζονται αξιολογήθηκε επίσης για τα δεδομένα συν-έκφρασή τους, τη συνολική και την ελεύθερη νόσου επιβίωση σε σχέση με πρότυπα έκφρασης τους στις μελέτες του καρκίνου TCGA (Head και το καρκίνωμα Neck πλακωδών κυττάρων, Προσωρινή? Ν = 528 δείγματα)

Η επικύρωση των επιλεγμένων γονιδίων πραγματοποιήθηκε επίσης σε ασθενείς HNSCC χρησιμοποιώντας ποσοτική PCR πραγματικού χρόνου. Η μελέτη εγκρίθηκε από Narayana Hrudayalaya Νοσοκομεία επιτροπή δεοντολογίας [ΝΗ /IRB-CL-2012-058]. Χειρουργικά δείγματα των ασθενών επιλέχθηκαν από την βιο αποθετήριο της Κεφαλής και Τραχήλου Ογκολογίας, Mazumdar Shaw Ιατρικό Κέντρο, Bangalore. Όλα τα δείγματα συλλέχθηκαν μετά από έγγραφη συγκατάθεση. Προηγουμένως ασθενείς χωρίς θεραπεία και επαναλαμβανόμενες διαγνωστεί με HNSCC από όλους τους χώρους (με εξαίρεση του θυρεοειδούς, του στοματοφάρυγγα και του ρινοφάρυγγα) και τα στάδια την περίοδο Μαρτίου 2010 – 2014, με τα στοιχεία της παρακολούθησης, συμπεριλήφθηκαν στη μελέτη. Τα δείγματα φυσιολογικού ιστού συλλέχθηκαν από υγιείς εθελοντές κατά τη διάρκεια της οδοντικής εκχύλιση μετά από έγγραφη ενημερωμένη συγκατάθεση. Τα δημογραφικά, κλινικά και παθολογικά στοιχεία των ασθενών που ελήφθησαν από τα ηλεκτρονικά ιατρικά αρχεία και οι ασθενείς παρακολουθήθηκαν για μια περίοδο 2 ετών.

Οι ασθενείς κατηγοριοποιήθηκαν με βάση τα Ανθρώπινα θηλωμάτων τους (HPV) καθεστώς προσδιορίζονται με ανοσοϊστοχημεία p16 χρησιμοποιώντας καθιερωμένα πρωτόκολλα. Φορμαλίνη σταθερό ενσωματωμένα σε παραφίνη τομές από τους ασθενείς συλλέχθηκαν από το Τμήμα Παθολογίας στο κέντρο. Εν συντομία, τα τμήματα του όγκου (5 μικρά) έχουν απο-paraffinised και υποβλήθηκε σε επεξεργασία με υπεροξείδιο του υδρογόνου 3% για να σταματήσει η ενδογενής δράση υπεροξειδάσης. Οι τομές επωάστηκαν με το πρωτογενές αντίσωμα (αντι-ρ16, BioGenex, Fremont, CA, USA) και την επακόλουθη ανίχνευση διεξήχθη με τη χρήση του συστήματος υπεροξειδάση της ραπανίδος (HRP) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή (Dako REAL

™ EnVision

™ Detection System, Δανία). Τμήματα επεξεργασία ομοίως αλλά χωρίς το πρωτογενές αντίσωμα ελήφθησαν ως αρνητικοί μάρτυρες. Η βαθμολόγηση των χρωματισμένων διαφάνειες ήταν ως ανά εγκατεστημένος μελέτες [22]. Τα πλακίδια αξιολογήθηκαν χρησιμοποιώντας οπτικό μικροσκόπιο και σκόραρε σε 0-3 κλίμακα λαμβάνοντας υπόψη το ποσοστό υπόψη θετικότητα και την ένταση της χρώσης? 0 (πλήρης απουσία χρώσης όγκου), 1 (ασθενής χρώση των καρκινικών κυττάρων), 2 (& lt? 50% των όγκων των κυττάρων χρωματίστηκαν με μέτρια ένταση) και 3 (& gt? 50% χρώση του όγκου με μέτρια /έντονη χρώση)

.

δείκτης Profiling για την επικύρωση από την Quantitative Real Time PCR (qPCR)

το RNA που εξάγεται από τα δείγματα, αρχειοθετούνται σε RNA Αργότερα (Ambion, Thermo Fisher Scientific, Massachusetts, USA), χρησιμοποιώντας αντιδραστήριο ΤΡΙΖΟΙ (Sigma Aldrich , ΜΟ, USA) και υποβλήθηκε σε επεξεργασία με ϋΝάση (Fermentas, Thermo Fisher Scientific, Massachusetts, USA) και αξιολογούνται για μόλυνση από αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (PCR). Η ακεραιότητα και η ποιότητα του RNA επιβεβαιώθηκε με ηλεκτροφόρηση πηκτής και η αναλογία 260/280. 1 μg του RNA (260/280: 1,8-2,0) μετατράπηκε σε συμπληρωματικό DNA από το High Capacity κιτ cDNA μετατροπής (Applied Biosystems, CA, USA) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Τα επιλεγμένα δείκτες είχαν σκιαγραφείται χρησιμοποιώντας ειδικούς εκκινητές που παρατίθενται στο S1 πίνακα και όλα τα εναύσματα αξιολογήθηκαν για ειδικότητα χρησιμοποιώντας Basic Local Alignment Search Εργαλείο (BLAST) ανάλυση (National Center for Biological Information, NLM, ΗΠΑ). Η αποτελεσματικότητα qPCR αξιολογήθηκε χρησιμοποιώντας την κλίση του γραμμικού μοντέλου παλινδρόμησης, σύμφωνα με τυποποιημένα πρωτόκολλα. Το Cp μετρήθηκε σε πολλαπλές σειριακές αραιώσεις εκάστου cDNA για να ληφθεί η πρότυπη καμπύλη και την αντίστοιχη κλίση. Η απόδοση υπολογίζεται χρησιμοποιώντας τον τύπο, απόδοση = 10

(- 1 /κλίση). Όλες πραγματικό χρόνο αντιδράσεις PCR πραγματοποιήθηκαν εις τριπλούν χρησιμοποιώντας το 480 σε πραγματικό χρόνο του συστήματος Roche Light Cycler PCR (Roche Diagnostics, Germany) ή το ΑΒΙ Βήμα πρώτο Real Time Machine (Applied Biosystems, CA, USA) χρησιμοποιώντας το Κάπα SYBR Green PCR Master Mix ( Kapa Biosystems, ΜΑ, USA). Οι συνθήκες θερμικής κυκλοποίησης ήταν 50 ° C για 2 λεπτά ακολουθούμενο από ένα αρχικό στάδιο αποδιάταξης στους 95 ° C για 10 λεπτά, 45 κύκλους στους 95 ° C για 30s, 60 ° C για 30s και 72 ° C για 30s. Τα πειράματα διεξήχθησαν εις τριπλούν για κάθε σημείο δεδομένων. Το σημείο διέλευσης (Cp) και η επακόλουθη ανάλυση πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας τη δεύτερη μέθοδο παράγωγο max στο λογισμικό (Roche Diagnostics, Basel, Ελβετία). Όλες οι αντιδράσεις επιβεβαιώθηκαν ως προς την εξειδίκευση τους με ανάλυση καμπύλης τήξης του δείγματος και τον έλεγχο δεν αποτελούν στόχο (NTC). Ένα σετ (Ν = 4) των γονιδίων αναφοράς [(αφυδρογονάση 3-φωσφορικής γλυκόζης (

GAPDH

), 60S όξινη ριβοσωμική πρωτεΐνη P0 (

RPLP0

), 18S ριβοσωμικό ριβονουκλεϊκό οξύ (

18SRNA

) και β-γλυκουρονιδάση (

GUS

)] αξιολογήθηκαν χρησιμοποιώντας την RefFinder [23] σε ένα υποσύνολο της κοόρτης του ασθενούς (Ν = 26) και δύο από τα καλύτερα Genes αναφοράς (RGs) επιλέχθηκαν για περαιτέρω ανάλυση. Η σχετική μεταβολή στην έκφραση αξιολογήθηκε με τη χρήση του γεωμετρικού μέσου των επιλεγμένων γονιδίων αναφοράς [24]. Η έκφραση σε κανονικά δείγματα χρησίμευσε ως βαθμονομητή.

Στατιστικές Μέθοδοι

η στατιστική ανάλυση πραγματοποιήθηκε με τη χρήση STATA11.1 (College Station, ΤΧ, USA). δέκτης Λειτουργικό ανάλυση χαρακτηριστικό (ROC) καμπύλη χρησιμοποιήθηκε για να αξιολογηθεί η προβλεπτική ικανότητα καθενός από τα βιοδεικτών, το βέλτιστο σημείο κόψιμο που έδωσε την μέγιστη ευαισθησία και η ειδικότητα προσδιορίζεται για κάθε βιοδείκτη. καμπύλες ROC στη συνέχεια χαράσσεται με βάση το σύνολο των βέλτιστων τιμών ευαισθησίας και εξειδίκευσης. Περιοχή κάτω από την καμπύλη (AUC) υπολογίστηκε μέσω αριθμητικής ολοκλήρωσης της ROC καμπύλες. Η βιοδεικτών που έχει τη μεγαλύτερη περιοχή κάτω από την καμπύλη ROC ήταν χαρακτηριστεί ως έχοντες την ισχυρότερη συσχέτιση με την παρουσία του κεφαλιού και του λαιμού του όγκου. Η ευαισθησία και η ειδικότητα της σύνδεσης των δεικτών με υποτροπή /re-επανάληψης αναλύθηκε χρησιμοποιώντας Κλινική αριθμομηχανή (https://vassarstats.net/clin1.html).

Αποτελέσματα

Data Mining

με βάση τα κριτήρια αναζήτησης, εξόρυξης δεδομένων των διαφόρων βάσεων δεδομένων εντόπισε συνολικά 42 σειρές [πλατφόρμα Affymetrix: Ν = 32, Agilent: Ν = 10]. Μετά περαιτέρω διήθηση των δεδομένων με βάση τα κριτήρια ένταξης και αποκλεισμού, 18 σειρές από Affymetrix και δύο από Agilent συμπεριλήφθηκαν στη μελέτη (Πίνακας 1). Η τεχνολογία και τα τσιπ που ήταν ασυμβίβαστες με την αναλυτική αγωγού και όπου μόνο μία σειρά ήταν διαθέσιμο αποκλείστηκαν από τη μελέτη. Ο συνολικός αριθμός των δειγμάτων που αναλύθηκαν ήταν 667 όγκους και 271 φυσιολογικά. Η πλατφόρμα Affymetrix περιελάμβανε συνολικά 246 κανονικό και 629 όγκους (U133 συν 2.0: Ν = 207, Τ = 419? Τσιπ U133A: Ν = 19, Τ = 147? U133A_2: Ν = 20, Τ = 63), ενώ η πλατφόρμα Agilent (4X44K G4112F) περιλαμβάνονται 25 Normal (Ν) και 38 του όγκου (Τ). Τα επιμέρους θέσεις ερευνήθηκαν στην επιλεγμένη σειρά ήταν στοματικό βλεννογόνο, της γλώσσας, του λάρυγγα, του φάρυγγα, και φατνίου και ρετρό-μοριακή trigone. Τα φυσιολογικά δείγματα ήταν από gingivobuccal θέση σε όλες τις σειρές. Η σειρά από κάθε τσιπ σε κάθε πλατφόρμα αναλύθηκαν ξεχωριστά με τη χρήση του λογισμικού Gene ανάλυσης άνοιξη και σύμφωνα με την αναλυτική αγωγού για τον εντοπισμό των σύμφωνη λίστες γονίδιο οντότητες.

Η

Ανάλυση σε μια ενιαία πλατφόρμα.

στην πλατφόρμα Affymetrix, 18 σειρές αναλύθηκαν, η οποία περιελάμβανε μελέτες που διενεργούνται σε U133 συν 2 (Ν = 13), U133 a_2 (Ν = 2) και U133A (Ν = 4) μάρκες? σε μία από τις σειρές, τα δεδομένα αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας δύο διαφορετικά τσιπ (Πίνακας 1). Πέντε σειρά U133 συν 2 εξαιρέθηκαν επειδή τα δείγματα ήταν ακραίες τιμές κατά τη διάρκεια της PCA και ομαδοποίησης? συνολικά 373 δείγματα που περιλαμβάνονται στην τελική ανάλυση (Ν = 122, Τ = 251). Η στατιστικά σημαντική λίστα γονίδιο με την ομάδα FC & gt? 2,0 και

σ

-τιμή του & lt? 0,05 χρησιμοποιήθηκε για περαιτέρω ανάλυση. Συνολικά 12.079 γονίδια εντοπίστηκαν μετά τις αναλύσεις των U133 συν 2,0, ενώ 4134 εντοπίστηκαν από U133A και 3438 γονίδια γονίδιο από U133A_2. Ανάλυση της Microsoft Access σε αυτές τις λίστες γονιδίων αποκάλυψε μια λίστα των 965 γονιδίων οντότητες των οποίων 64,46% (Ν = 622) οντότητες συμφωνούν σε όλες τις 3 μάρκες (585 έως οργανωμένη και 37 κάτω ρυθμιζόμενη) (S1 Α File) και 35,54% (Ν = 343 ) των γονιδίων έδειξε ακατάλληλα τάσεις της ρύθμισης. Ομοίως, η εκτίμηση της αντιστοιχίας και ασυμφωνία στη ρύθμιση διενεργείται σε όλες τις τεχνολογίες που παρουσίασαν διαφορετικές τάσεις (U133 Plus 2 Vs U133A Συμφωνία = 76,53%? U133 Plus 2 Vs U133A_2 Συμφωνία = 58.27%? U133A Vs U133A_2 Συμφωνία = 86,11%).

Οι κοινές πορείες σε όλες τις τεχνολογίες αυτές προσδιορίζονται από τη σύγκριση των μεμονωμένων καταλόγων μονοπάτι τους. Ο κατάλογος (Ν = 54) στη συνέχεια ταξινομούνται με βάση το ποσοστό των αντιστοιχισμένων οντοτήτων σε σχέση με το συνολικό αριθμό οντοτήτων οδού. Είκοσι μία οδοί αναγνωρίσθηκαν με 30% ή περισσότερο ταιριάζουν φορείς σε όλες τις 3 τεχνολογίες, μεταξύ των οποίων η πλειοψηφία από αυτούς είναι που σχετίζονται με τον κυτταρικό κύκλο μονοπάτια (S1B File).

Στο Agilent πλατφόρμα (4x44k G4112F), 2 σειρά, από το οποίο συνολικά 44 δείγματα (Ν = 18, Τ = 26) συμπεριλήφθηκαν στην τελική ανάλυση ένα σύνολο των 8493 γονιδίων (πάνω και κάτω ρυθμιζόμενη) ταυτοποιήθηκαν από την ανάλυση (FC & gt? 2.0?

p

& lt? 0,05)? 338 εκ των οποίων είναι ιδιαίτερα σημαντική (

σ

& lt? 0.001) με διαφορές αλλαγή υψηλή φορές (FC & gt? 25 φορές). Εφαρμόζοντας μία αποκοπή 50% της αντιστοιχισμένης οντοτήτων από τον συνολικό αριθμό των φορέων, ταυτοποιήθηκαν 43 μονοπάτια. Οι πιο σημαντικές οδοί (& gt? 65% των προσαρμοσμένων οντοτήτων) που εντοπίστηκαν ήταν φλεγμονώδη αντίδραση και την οργάνωση εξωκυττάριας ουσίας (ECM) (S1c και S1D αρχείου) Ανάλυση

Cross-πλατφόρμα

Ο κατάλογος.. των γονιδίων που συνήθως εντοπίζονται ανάμεσα στις δύο πλατφόρμες αποκάλυψε συνολικά 402 γονίδια (

σ

& lt? 0.05 και FC & gt? 2,0) εκ των οποίων 181 (45,03%? 13 κάτω ρυθμίζονται και 168 έως ρυθμιζόμενη) ήταν συγκλίνουσες και 221 (54.97%) ασύμφωνα στην τάση ρύθμισης. Η σύμφωνη λίστα των 181 γονιδίων που παρέχεται στο S2A αρχείου. ανάλυση οντολογία γονίδιο που διενεργήθηκε για αυτή τη λίστα γονιδίων στη βάση δεδομένων PANTHER για την ταξινόμηση των γονιδίων, ανέφερε ότι στις μοριακές λειτουργίες, η κατηγορία δεσμευτική (GO: 0005488) έδειξε μέγιστη εκπροσώπηση (28,5%? Ν = 49) με πρωτεΐνες και νουκλεϊνικά οξέος μόρια είναι τα κύρια συστατικά σύνδεσης. Ομοίως σε βιολογικές διαδικασίες, το κυτταρικό (GO: 0009987? 20.10%? Ν = 75) και μεταβολική διαδικασία (GO: 0008152? 18,8%? Ν = 70) ήταν η πλειοψηφία. 24,40% των κυτταρικών συστατικών ήταν μέρη κυττάρων (GO: 0043226) και εξωκυττάριο περιοχές (GO: 0005576). Η πλειοψηφία των κατηγοριών πρωτεΐνης που προσδιορίστηκαν ήταν οι μεταφορείς (PC00227) (9.30%? Ν = 21) και οι υποδοχείς (PC00197) (8,40%? Ν = 8) (S1 Α Σχήμα)

Οι κοινές πορείες (Ν. = 16) εντοπίστηκαν στις δύο πλατφόρμες με πρόσβαση στο MS. Οι πιο σημαντικές οδούς που εντοπίστηκαν ήταν εκείνοι που σχετίζονται με κυτταροσκελετού συμπεριφορά, βιοσύνθεση της χοληστερόλης και των μεταφορών IGF (& gt? 70% συνδυάζεται φορείς σε όλες τις πλατφόρμες). Ογκοστατίνη Μ σηματοδότησης και Focal πρόσφυση ήταν οι άλλες σημαντικές οδοί που απορυθμίζεται (& gt? 25% συνδυάζεται φορείς σε όλες τις πλατφόρμες). (S2B αρχείου)

βάση δεδομένων STRING αναλύσεις που εντόπισε το δίκτυο των αλληλεπιδράσεων μεταξύ 122 γονίδια από συγκλίνουσες λίστα . Το μεγαλύτερο δίκτυο αλληλεπίδραση αποτελούνταν από δύο μεγάλες διασυνδεδεμένες ομάδες με FBJ Ποντικού οστεοσάρκωμα ογκογονίδιο ιού ομόλογο (FOS), Φιμπρονεκτίνης 1 (FN1), κυκλίνη εξαρτώμενη από κινάση 1 (CDK1), θερμικού σοκ 70 kDa πρωτεΐνη 4 (HSPA4) και V-Myc Γρίπη μυελοκυτομάτωσης (MYC) είναι οι κόμβοι της σύνδεσης (Σχήμα 2). Η σύμφωνη λίστας όταν αναλυθεί περαιτέρω να εντοπίσει τα πειραματικά επικυρωμένη στόχους γονίδιο για την έκφραση των miRNAs από τη βάση δεδομένων miRWalk2.0, δύο μεγάλες οικογένειες miRNA [

ας

(Ν = 17) και

mir

( Ν = 47)] ταυτοποιήθηκαν, οι οποίες στοχεύουν περισσότερο από 5 γονίδια από τη λίστα (S3 File).

Ανάλυση για πρωτεΐνη-πρωτεΐνη αλληλεπίδρασης με το δίκτυο STRING εντοπίστηκαν δύο μεγάλες διασύνδεση ομάδων με τις αλληλεπιδράσεις υψηλό βαθμό μεταξύ των γονιδίων ( Ν = 122). Αυτά τα 2 μεγάλα συμπλέγματα είχαν μεταξύ τους με τους κόμβους MYC, FN1, FOS και HSPA4. Ο αριθμός των γραμμών αντιπροσωπεύουν τα επίπεδα των αποδεικτικών στοιχείων, όπως αναφέρεται στο χρώμα μύθο. Τα διαφορετικά μεγέθη του κόμβου με βάση την έκταση της πρωτεΐνης δομικές πληροφορίες που είναι διαθέσιμες για κάθε γονίδιο, ενώ τα χρώματα του κόμβου είναι ένα οπτικό βοήθημα που χρησιμοποιείται για καλύτερη εκπροσώπηση. Οι δείκτες από την ανάλυση αυτή έχουν επιλεγεί για επικύρωση ασθενή περικυκλωμένη.

Η

TCGA βάσης δεδομένων και πειραματική επιβεβαίωση από τα γονίδια στο HNSCC ασθενείς

Ο κατάλογος 181 γονίδιο ήταν σταυρό σε σύγκριση με τη βάση δεδομένων TCGA ( https://www.cbioportal.org) για την αξιολόγηση της μετάλλαξης, αντίγραφο κατάστασης έκφρασης αριθμός και mRNA στην κοόρτη καρκίνο κεφαλής και τραχήλου (Ν = 300). Ένα σύνολο των 59 γονιδίων μεταβάλλεται σε τουλάχιστον 10% των ασθενών, ενώ ένα υποσύνολο των 6 γονιδίων [(επιθηλιακό γονίδιο κυττάρων Μεταμορφώνοντας 2 (

ECT2)

, Anoctamin 1

(ANO1)

, του όγκου πρωτεΐνη p63

(TP63)

, Fas -Associated Via Θάνατος τομέα

(FADD)

, Exostosin-1

(EXT1)

και Πυρηνικής Cap Δεσμευτική πρωτεϊνική υπομονάδα 2

(NCBP2

)] τροποποιήθηκαν σε τουλάχιστον 30% των δειγμάτων στα επίπεδα μετάλλαξης /CNV και mRNA (S3 αρχείων και S1B σχήμα). Οι 20 κορυφή γονίδια με βάση τις ποσοστιαίες μεταβολές στη TCGA απαριθμούνται στο Πίνακας 2.

η

Πειραματική επικύρωση χρησιμοποιώντας ποσοτική πραγματικού χρόνου PCR (qPCR) πραγματοποιήθηκε σε συνολικά 34 δείγματα πρωτογενή ανεπεξέργαστα όγκων (Ομάδα Ι? Ν = 12), επαναλαμβανόμενα δείγματα (Ομάδα II? . Ν = 12) και υγιείς φυσιολογικούς μάρτυρες (Ν = 10) πλειοψηφία των δειγμάτων στην κοόρτη ασθενών (n = 24) ήταν άνδρες (75%? Ν = 18) και από τον χώρο στοματική κοιλότητα (83,3%? Ν = 20) με προχωρημένους καρκίνους σταδίου IV (62,5%?. Ν = 15) πλειοψηφία των ασθενών ήταν ηλικίας άνω των 40 ετών (95,8%? N = 23) και το 79,2% ήταν είτε καπνιστές, chewers ή καταναλωτές αλκοόλ (Ν = 19). Οι ασθενείς στην πρωτογενή ομάδα είτε υποβλήθηκε σε ακτινοβολία μετά τη χειρουργική επέμβαση ή δεν είχαν καμία επικουρική θεραπεία. Πέντε από αυτούς τους ασθενείς ανέπτυξαν υποτροπή κατά τη διάρκεια της παρακολούθησης, ενώ τρεις ήταν ελεύθεροι νόσου (τέσσερις ασθενείς χάθηκαν στην συνέχεια) (S2 Πίνακας). Σε επαναλαμβανόμενες ομάδα, οι ασθενείς υποβλήθηκαν σε χημειοθεραπεία και η ακτινοβολία πριν από την χειρουργική θεραπεία

επιλέχθηκαν Τα γονίδια για την επικύρωση από τη λίστα 181 γονίδιο με βάση πολλαπλά κριτήρια.? προς τα κάτω ρύθμιση πάνω από 5 φορές σε 2 τεχνολογίες [πλακούντα-Ειδική 8 (

PLAC8

) και κρυστάλλινη, Mu (

CRYM

)], οι κόμβοι εντός της βάσης δεδομένων String (

ΦΩΣ

,

TTK

, ουμπικιτίνη ένζυμο σύζευξης Ε2 παραλλαγή 2 (

UBE2V2)

και Centrosomal πρωτεΐνη 55kDa (

CEP55

)] και υποσύνολο των γονιδίων με μεταβολές σε τουλάχιστον 30% των ασθενών (μετάλλαξη, CNV και έκφραση) (

ECT2

,

ANO1

,

FADD

) σε TCGA βάση δεδομένων. Όλα τα εναύσματα, όταν επικυρωθεί έδειξε μια απόδοση που κυμαίνεται από 1,9 σε 2,1 με το ποσοστό απόδοσης είναι 93% έως 110% (S2 σχήμα). Ανάλυση με RefFinder έδειξε ότι μεταξύ των γονιδίων αναφοράς αξιολογούνται,

RPLP0

και

18SRNA

αξιολογήθηκαν ως το πιο σταθερό ( γεωμετρική μέση της κατάταξης τιμές:

RPLP0

: 1.19,

18SRNA

: 1.41,

GAPDH

: 3,0 και

GUS

: 4,00) μετά από ανάλυση με πολλαπλές λογισμικό (Delta CT, geNORM, Normfinder και Bestkeeper) (S3 Εικ). qPCR επικύρωση των επιλεγμένων γονιδίων (Ν = 9) στη συνέχεια διεξάγεται με τη χρήση της μεθόδου σε σχέση με τη χρήση της ποσοτικοποίησης γεωμετρικός μέσος όρος των δύο γονιδίων αναφοράς.

Οι δείκτες έδειξαν ρυθμιστικές τάσεις και στις δύο ομάδες παρόμοιες με εκείνες που λαμβάνονται από την μετα-ανάλυση (Σχήμα 3Α-3D). Έξι από τα γονίδια έδειξαν% επικύρωση περισσότερο από 70 στα δείγματα αξιολογούνται?

PLAC8

(91.67),

UBE2V2

(87,5%),

ECT2

(72,2%),

FADD

(69,5%),

CEP55

(69,5%) και

TTK

(76,2%). Αξιολόγηση της κατάστασης επικύρωσης σε δύο ομάδες έδειξαν ότι ενώ όλα τα γονίδια που επικυρώθηκαν πάνω από το 60% στην ομάδα Ι, μόνο 4 γονίδια που έδειξαν παρόμοια επικύρωση στην ομάδα ΙΙ (

PLAC8

,

CRYM

,

ECT2

και

UBE2V2

). ROC ανάλυση των δεικτών στο Cohort 1 έδειξε ότι

PLAC8

(AUC: 0,89),

ΦΩΣ

(AUC 0,82),

ANO1

(AUC: 0,81) και

UBE2V2

(AUC: 0,82) είχε την υψηλότερη συσχέτιση με τη νόσο (Εικ 3Ε-3Η)

Ποσοτική προφίλ γονιδιακής έκφρασης των επιλεγμένων δεικτών διεξήχθη στην Ομάδα Ι (πρωτογενής? Α). και η Ομάδα ΙΙ (επαναλαμβανόμενα? Β) ομάδα.

PLAC8

και

UBE2V2

επικυρώθηκαν σε όλα τα δείγματα (100%) της Ομάδας Ι σε σχέση με τις τάσεις του κανονισμού, ενώ άλλα γονίδια παρουσίασε παρόμοια τάση σε & gt? 60% των δειγμάτων. Στην Ομάδα II, & gt? 60% των ασθενών παρουσίασαν συγκλίνουσες τάσεις ρύθμιση για τέσσερα γονίδια. Με βάση την παρακολούθηση των ασθενών, η Ομάδα μου ήταν υπο-κατηγοριοποιούνται σε μη επαναλαμβανόμενα (C) και υποτροπιάζουσες (D) και η έκφραση περαιτέρω αξιολόγηση. ROC ανάλυση καμπύλης στους ασθενείς της Ομάδας Ι έδειξε ότι

PLAC8

(Ε),

ΦΩΣ

(F),

ANO1

(G) και

UBE2V2

(H) είχε υψηλότερη συσχέτιση με τη νόσο (AUC & gt? 0,8). Bar αντιπροσωπεύει τη μέση μεταβολή πτυχή του Normals.

Η

Η αξιολόγηση της κατάστασης HPV, χρησιμοποιώντας p16 ως υποκατάστατος δείκτης, ανέφερε ότι μεταξύ της κλάσης ασθενή με διαθέσιμα δείγματα (Ν = 20), 12 ασθενείς είχαν αδύναμα ή καμία χρώση, ενώ οι υπόλοιποι είχαν μέτρια /έντονη χρώση του p16 (Ν = 8) (S4A-S4D σχήμα). Συσχέτιση των γονιδίων με την κατάσταση του HPV (HPV με σκορ 2-3 ληφθεί ως θετική), έδειξε ότι το συνολικό πρότυπο έκφρασης των δεικτών δεν δείχνουν καμία σχέση με την κατάσταση του HPV. Ατομικές αναλύσεις δείχνουν ότι μεταξύ των δεικτών, μόνο

FADD

έδειξε συσχέτιση με HPV θετικότητας? αυξημένο ποσοστό των ασθενών (83%) με ασθενή ή καθόλου χρώση του HPV έδειξαν υψηλή έκφραση του

FADD

σε σύγκριση με ασθενείς θετικοί για τον HPV. (57%? p = 0,03) (Εικ S4E)

Συσχέτιση του Marker προφίλ με αποτέλεσμα θεραπεία

Οι δείκτες συσχετίστηκαν με την έκβαση της θεραπείας (υποτροπή στην ομάδα Ι και την εκ νέου υποτροπή στην Ομάδα II).

ANO1

έδειξε την καλύτερη αποτελεσματικότητα (ευαισθησία: 0.83, η ειδικότητα: 0,67) για την ανίχνευση των ασθενών που αποτυγχάνουν μεταχείριση στην ομάδα 1.

ANO1

επίσης έδειξε μια 3-πλάσια αύξηση στην μέση φορές την έκφραση στο επαναλαμβανόμενες ομάδα (4/5) της Ομάδας Ι, σε σύγκριση με μη-επαναλαμβανόμενες ομάδα.

ECT2

(0,83),

FADD

και

UBE2V2

(1) έδειξε επίσης υψηλή ευαισθησία στην Ομάδα Ι Στην Ομάδα ΙΙ 7/9 (

UBE2V2

,

CRYM

,

FADD

,

CEP55

,

PLAC8

,

TTK

και

FOS)

έδειξαν υψηλή ευαισθησία (0,67 προς 1) στην ανίχνευση αποτυχία της θεραπείας. Οι άλλοι δείκτες έδειξαν χαμηλή ευαισθησία και ειδικότητα (S3 πίνακας) και στις δύο ομάδες.

HPV θετικότητας ήταν ένας καλός μάντης στη συνολική ομάδα με 37% (3/8) δείχνει την αποτυχία της θεραπείας σε σύγκριση με το 63% ( 7/11) σε αρνητικούς ασθενείς. Ωστόσο, σε συνδυασμό με ΡΑϋϋ, το μόνο δείκτη που έδειξε σημαντική συσχέτιση με την κατάσταση του HPV, FADD

υψηλή /HPV- ασθενείς εμφάνισαν ένα υψηλό ποσοστό αποτυχίας της θεραπείας (60%, 6/10) σε σύγκριση με ΡΑϋϋ

χαμηλής /ασθενείς HPV + (33%, 1/3).

Μεταξύ αυτών των γονιδίων, μόνο

ANO1

και

FADD

έδειξε σημαντική συσχέτιση με τη συνολική επιβίωση (OS) και απαλλαγμένα από ασθένειες