Αφηρημένο

Ιστορικό

Με το ένα εκατομμύριο νέες περιπτώσεις καρκίνου του παχέος εντέρου (CRC) διαγιγνώσκονται κάθε χρόνο στον κόσμο, CRC είναι η τρίτη συνηθέστερα διαγνωστεί καρκίνο στο δυτικό κόσμο. Οι ασθενείς με σταδίου I-III CRC μπορεί να θεραπευτεί με χειρουργική επέμβαση, αλλά διατρέχουν τον κίνδυνο για υποτροπή. καρκίνος του παχέος εντέρου χαρακτηρίζεται από την παρουσία χρωμοσωμικών διαγραφές και κέρδη. Μεγάλες μελέτες έχουν γονιδιακό προφίλ, ωστόσο, δεν έχουν διεξαχθεί σε αυτή την ασθένεια. Ο αριθμός μιας συγκεκριμένης γενετικής ανωμαλίας σε ένα δείγμα όγκου μπορεί να συσχετιστεί με ελεύθερη υποτροπής επιβίωση ή τη συνολική επιβίωση, ενδέχεται να οδηγήσει στη χρήση του ως βιοδείκτη για θεραπευτικές αποφάσεις. Σε αυτό το σημείο δεν υπάρχουν επαρκείς δείκτες για πρόβλεψη υποτροπής της νόσου σε καρκίνο του παχέος εντέρου, η οποία μπορεί να χρησιμοποιηθεί στην κλινική για να διακρίνουν μεταξύ των ασθενών σταδίου II οι οποίοι θα επωφεληθούν από επικουρική χημειοθεραπεία. Για παράδειγμα, το όφελος από επικουρική χημειοθεραπεία έχει πλέον σαφώς κατά το τρίτο στάδιο της νόσου, με περίπου το 30 τοις εκατό σχετική μείωση του κινδύνου της υποτροπής της νόσου. Τα οφέλη από την επικουρική χημειοθεραπεία στο στάδιο της νόσου ΙΙ είναι λιγότερο βέβαιη, ο κίνδυνος υποτροπής είναι πολύ μικρότερη στο σύνολο της ομάδας και οι ειδικές τους ασθενείς σε κίνδυνο είναι δύσκολο να εντοπιστούν.

Υλικά και Μέθοδοι

σε αυτή τη μελέτη, την ανάλυση γονιδιωματικής υβριδοποίησης array-συγκριτική (array-CGH) εφαρμόστηκε για να μελετήσει υψηλής ανάλυσης αριθμού αντιγράφων του DNA μεταβολές στα δείγματα καρκινώματος του παχέος εντέρου 93. Αυτά τα γονιδιακά δεδομένα συνδυάστηκαν με παραμέτρους όπως

KRAS

κατάσταση μετάλλαξης, την κατάσταση μικροδορυφόρων και κλινικοπαθολογικών χαρακτηριστικά.

Αποτελέσματα

Και οι δύο μικρές και μεγάλες χρωμοσωμικές ζημίες και τα κέρδη εντοπίστηκαν στο δείγμα μας σώμα στρατού. Περιοδική κέρδη αποτελέσματα για χρωμόσωμα 1q, 7, 8q, 13 και 20 και τις απώλειες βρέθηκαν κυρίως για 1ρ, 4, 8p, 14, 15, 17ρ, 18, 21 και 22. Η ανάλυση των δεδομένων έδειξε ότι η απώλεια του χρωμοσώματος 4 συνδέεται με μια χειρότερη πρόγνωση σε σειρά ασθενών μας. Εκτός από αυτές τις μετατροπές, δύο ενδιαφέρουσες μικρές περιοχές αλληλοκάλυψης ταυτοποιήθηκαν, η οποία θα μπορούσε να συσχετιστεί με υποτροπή της νόσου. Κέρδος του τόπου 16p13.3 (συμπεριλαμβανομένου και του RNA

δεσμευτική πρωτεΐνη

,

fox-1 ομόλογο

γονίδιο,

RBFOX1

) συνδέθηκε με χειρότερη επιβίωση χωρίς υποτροπή σε ομάδα των ασθενών μας. Από την άλλη πλευρά, η απώλεια της

RBFOX1

βρέθηκε μόνο σε ασθενείς χωρίς υποτροπή της νόσου. Το πιο ενδιαφέρον, παραπάνω χαρακτηριστικά βρέθηκαν επίσης σε ασθενείς σταδίου ΙΙ, για τους οποίους υπάρχει μεγάλη ιατρική ανάγκη για την ταυτοποίηση νέων προγνωστικών βιοδεικτών.

Συμπεράσματα

Εν κατακλείδι, ο αριθμός αντιτύπων παραλλαγή ο τόπος 16p13.3 φαίνεται να είναι μια σημαντική παράμετρος για την πρόβλεψη της επανεμφάνισης της νόσου στον καρκίνο του παχέος εντέρου

Παράθεση:. Mampaey Ε, Fieuw Α, Van Laethem Τ, Ferdinande L, Claes K, Ceelen W, et al. (2015) Έμφαση στην 16p13.3 Locus στον Καρκίνο του παχέος εντέρου. PLoS ONE 10 (7): e0131421. doi: 10.1371 /journal.pone.0131421

Επιμέλεια: Jörg Δ Hoheisel, Deutsches Krebsforschungszentrum, Γερμανία

Ελήφθη: 25 Φλεβάρη 2015? Δεκτές: 2, Ιουνίου του 2015? Δημοσιεύθηκε: 29 Ιουλ 2015

Copyright: © 2015 Mampaey et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα: Όλα τα σχετικά δεδομένα είναι εντός του Υποστηρίζοντας αρχεία πληροφοριών του χαρτιού και

Χρηματοδότηση: Αυτή η έρευνα χρηματοδοτήθηκε από τη βελγική κυβέρνηση: FPS Υγείας, Ασφάλειας τροφική αλυσίδα και Περιβάλλοντος και η ΓΔ Υγείας – καρκίνο του σχεδίου (Εθνικό σχέδιο Καρκίνου. – δράση 29). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

με το ένα εκατομμύριο νέες περιπτώσεις καρκίνου του παχέος εντέρου (CRC) διαγιγνώσκονται κάθε χρόνο στον κόσμο, CRC είναι η τρίτη πιο συχνά διαγιγνώσκεται ο καρκίνος στο δυτικό κόσμο και η δεύτερη κύρια αιτία των θανάτων από καρκίνο που σχετίζονται με τα δύο αρσενικά και θηλυκά (9% όλων των καρκίνων) [1]. Μία από τις προκλήσεις στην CRC είναι να επιτευχθεί μια μείωση στο ποσοστό θανάτου από την εφαρμογή των προγραμμάτων προσυμπτωματικού ελέγχου που οδηγούν στην έγκαιρη διάγνωση και θεραπεία των προ-καρκινικές βλάβες [2]. Οι θεραπευτικές αποφάσεις που βασίζονται σε ένα σύστημα σταδιοποίησης περιγράφει όγκου βαθμό, η παρουσία ή η απουσία της συμμετοχής των λεμφαδένων και μακρινή μετάσταση (ταξινόμηση ΤΝΜ) [3]. CRC πρώιμο στάδιο μπορεί να θεραπευτεί μόνο από την χειρουργική επέμβαση. Το όφελος από την επικουρική χημειοθεραπεία έχει πλέον σαφώς στο στάδιο ΙΙΙ, ενώ όφελος στάδιο της νόσου II παραμένει αμφιλεγόμενη [3-5]. Σήμερα οι ασθενείς σταδίου ΙΙΙ είναι πιθανόν να υπερκατεργαστεί: όλοι οι ασθενείς λαμβάνουν χημειοθεραπεία, ενώ περίπου οι μισοί από τους ασθενείς δεν εμφάνισαν υποτροπή πριν από την εισαγωγή της επικουρικής θεραπείας [6]. Από την άλλη πλευρά, οι ασθενείς σταδίου II είναι πιθανόν υποθεραπεύονται, δεδομένου ότι ένας σημαντικός αριθμός από αυτούς θα αναπτύξουν υποτροπιάζουσα νόσο. Ταυτοποίηση των ασθενών υψηλού κινδύνου σταδίου II που θα επωφεληθούν από την επικουρική χημειοθεραπεία είναι άκρως απαραίτητη, αλλά έχει μέχρι στιγμής αποδειχθεί δύσκολο να αποδειχθεί σε κλινικές δοκιμές. Η χρήση των επικουρική θεραπεία σε ασθενείς σταδίου II βασίζεται σε μια αξιολόγηση αξιολόγηση του κινδύνου Α.Ο. μικροδορυφόρων (MS) κατάσταση, lymphovascular και περινευρικό εισβολή, τη διαφοροποίηση του όγκου και τον αριθμό των εξεταζόμενων λεμφαδένων [6].

Υπάρχει ανάγκη για την ταυτοποίηση επιπλέον (βιο) δείκτες για την πρόβλεψη της υποτροπής σε αυτήν την υποομάδα των ασθενών. Αυτό ελπίζουμε ότι θα οδηγήσει στον εντοπισμό των ασθενών που θα μπορούσαν να επωφεληθούν από την επικουρική χημειοθεραπεία [3].

Πρόσφατα, μεγάλη πρόοδος έχει γίνει στην κατανόηση της βιολογίας του παχέος όγκου. Η ιστολογική αλληλουχία του παχέος καρκινογένεσης χαρακτηρίζεται από πολλές διαφορετικές γενετικές και επιγενετικές μεταβολές [7,8], όπως αδρανοποίηση

APC

μεταλλάξεις στην οικογενή αδενωματώδη πολυποδίαση (FAP) ή την απώλεια της λειτουργίας των γονιδίων επιδιόρθωσης αταίριαστων βάσεων σε κληρονομικά μη πολυποδίαση ορθοκολικό καρκίνο (HNPCC) [9,10]. Το 1990, Fearon

et al

. πρότεινε έναν καταρράκτη μεταλλάξεων σε διαφορετικά γονίδια που θεωρείται ως η οδός κλασική ή χρωμοσωμική αστάθεια (CIN) [7]. Η πρώτη εκδήλωση στα πρώτα στάδια ενός παχέος όγκου είναι

APC

αδρανοποίηση, ακολούθησε την πάροδο του χρόνου από πρόσθετες μεταλλάξεις του

KRAS

και

TP53

γονίδια, καθώς και διαγραφές του χρωμοσώματος 18q [7,11]. Οι περισσότερες από τις σποραδικές CRCs χαρακτηρίζονται από αυτές τις μετατροπές και εντοπίζονται στην αριστερή πλευρά του παχέος εντέρου. Εκτός από αυτό, έχουν δύο άλλες οδούς, που εμπλέκονται στην αιτιολογία του CRC έχουν ταυτοποιηθεί. Δεκαπέντε τοις εκατό των σποραδικών CRCs και το 95% των συνδρόμων HNPCC δείχθηκε να φέρει μεταβολές στην αστάθεια μικροδορυφόρου (MSI) μονοπατιού [10]. Τέλος, το 20-30% των CRC έχουν αλλοιώσεις της οδοντωτή οδού, συχνά παρουσιάζοντας με CpG-νησί μετουσιωμένο φαινότυπο (CIMP) και /ή μεθυλίωση του

MGMT

γονίδιο [12,13]. Αυτά τα (epi) γενετικές μεταβολές μπορούν να επηρεάσουν την πορεία της νόσου και ως εκ τούτου το αποτέλεσμα των ασθενών.

Μια άλλη μορφή γενετικών αλλοιώσεων παρούσης σε όγκους παχέος εντέρου είναι DNA μεταβολές αριθμό αντιγράφων (CNAs), οι οποίες έχουν ήδη μελετηθεί στον καρκίνο του παχέος εντέρου, παρ ‘όλα αυτά χωρίς καμία συναίνεση [14-17]. Λόγω της γενωμική αστάθεια των όγκων, οι CNAs είναι συχνά παρόντες σε όγκους και αντιπροσωπεύουν πιθανές νέες βιοδείκτες για την πρόβλεψη υποτροπής της νόσου.

Σε αυτή τη μελέτη, CNAs αναλύθηκαν σε ένα μεγάλο πάνελ των ασθενών με καρκίνο του παχέος εντέρου σε διαφορετικές στάδια της νόσου, με σκοπό να αξιολογήσει κατά πόσον συγκεκριμένες προσαρμογείς CNA αφορούν έκβαση των ασθενών.

Υλικά και Μέθοδοι

ασθενείς και κλινικά δεδομένα

Μια σειρά από 159 πρωτοβάθμια παχέος εντέρου εκτομές αδενοκαρκίνωμα ήταν εξετάστηκαν, προοπτικά συλλέχθηκαν μεταξύ 2004 και 2012 από το τμήμα του γαστρεντερικού Χειρουργικής του Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου της Γάνδης στο Βέλγιο. Οι ασθενείς παρακολουθήθηκαν μέχρι την ημερομηνία του θανάτου ή μέχρι κλινικά δεδομένα cut-off (Μάρτιος 2014). Η τοποθεσία του όγκου του παχέος εντέρου ορίστηκε ως δικαίωμα για όγκους που βρίσκονται στο τυφλό έντερο, το άνω παχύ έντερο και το εγγύς ήμισυ του εγκάρσιου κόλου. Η τοποθεσία ορίστηκε ως αριστερά όταν ο όγκος που βρίσκεται στο απομακρυσμένο ήμισυ του εγκάρσιου κόλου, κατιόν κόλον και σιγμοειδούς. Οι αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν σε κάθε στάδιο του όγκου, αρχής γενομένης από την ημερομηνία της διάγνωσης για υποτροπή ή την ημερομηνία της τελευταίας παρακολούθησης για υποτροπή της νόσου (κάθε στάδιο χωρίς στάδιο IV) και το θάνατο ή την τελευταία παρακολούθηση για τη συνολική επιβίωση (όλα τα στάδια μαζί). Κάθε φορά που ένας συσχετισμός μεταξύ της επιβίωσης και ενός ορισμένου δείκτη ερευνήθηκε πάνω από όλα τα στάδια του όγκου μαζί, τα υποτροπή ασθενείς μετρήθηκαν ως στάδιο IV τους ασθενείς και για αυτούς τους ασθενείς επιβίωση σε αυτό το συγκεκριμένο ανάλυση μετρήθηκε από την ημερομηνία της διάγνωσης της υποτροπής.

οι ασθενείς που υποβλήθηκαν σε θεραπεία με επικουρική χημειοθεραπεία είτε έλαβαν 5FU σύμφωνα με την τροποποιημένη de Gramont (III ασθενείς σταδίου) (ειδικά ασθενείς II στάδιο) ή τροποποιημένο FOLFOX 6 κατά τη διάρκεια 6 μηνών. Τέσσερις ασθενείς υποβλήθηκαν σε θεραπεία σε μια κλινική δοκιμή και μπορεί να έχουν λάβει επιπλέον βιολογικούς παράγοντες. Στάδιο IV ασθενείς υποβλήθηκαν σε θεραπεία με μια ποικιλία των διαδοχικών παρηγορητική σχήματα.

Η γραπτή συγκατάθεση για τη συμμετοχή λήφθηκε από κάθε ασθενή. Η μελέτη εγκρίθηκε από την επιτροπή για την ιατρική δεοντολογία του Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου της Γάνδης (αριθμός βελγικής εγγραφής: B67020096625). Κλινικά δεδομένα ανακτήθηκαν από τα ιατρικά αρχεία.

δείγματα ιστών

Ένας παθολόγος, πριν από τη μονιμοποίηση φορμαλίνης, τόσο πρωτογενούς όγκου δείγματος και μακροσκοπική φυσιολογικούς ιστούς από δείγματα εκτομής. Κανονικοί ιστοί ελήφθησαν τόσο μακριά όσο το δυνατόν περισσότερο από τον όγκο στα ίδια δείγμα εκτομή. Όλα τα δείγματα ήταν κατεψυγμένα εντός το πολύ 30 λεπτά μετά την χειρουργική εκτομή και αποθηκεύτηκε στους -80 ° C. Ένας παθολόγος σκόραρε όλα τα δείγματα όγκων για το περιεχόμενο των καρκινικών κυττάρων σε αιματοξυλίνη /ηωσίνη χρωματισμένο κρυοτομές. Τέλος, 93 159 δείγματα όγκων που περιέχουν τουλάχιστον 50% καρκινικά κύτταρα διατηρήθηκαν.

KRAS μετάλλαξη και φαινότυπο MSI

Όλα τα δείγματα όγκου 159 έχουν προφίλ για την παρουσία των επτά σωματικών

KRAS

μεταλλάξεις στο κωδικόνιο 12 και 13 (12ALA, ανάλυση 12ASP, 12VAL, 12CYS, 12SER, 12ARG και 13ASP) χρησιμοποιώντας το TheraScreen KRAS RGQ PCR kit (Qiagen) σε (FFPE) καρκινικού ιστού σε παραφίνη ενσωματωμένο φορμόλη-σταθερό (ανάλυση στο πλαίσιο του ISO15189 διαπίστευση). Άλλες

RAS

μεταλλάξεις δεν διερευνήθηκαν. Η κατάσταση MS όλων των δειγμάτων όγκου 159 αναλύθηκε με ανάλυση θραύσμα από το γενετικό αναλυτή ABI3130xl (Applied Biosystems) χρησιμοποιώντας το λογισμικό GeneMapper 4 (Applied Biosystems). BAT25, BAT26, D2S123, D17S250, NR21, D18S55, NR24 και NR27 είναι οι οκτώ δείκτες διερευνηθεί επανάληψης. Οι όγκοι είχαν ταξινομηθεί ως MSI όταν παρατηρήθηκε αστάθεια του 25% των δεικτών. Οι ασθενείς MSI θα μπορούσαν να διαιρεθούν σε δύο ομάδες, MSI-υψηλή και MSI-χαμηλή, ανάλογα με τον αριθμό των μη-φυσιολογικών δεικτών. Ωστόσο, οι αριθμοί ήταν πολύ χαμηλά για την κατάλληλη στατιστική ανάλυση. Σε περιπτώσεις όπου έγινε η διάκριση, αποκαλύπτεται στο κείμενο.

DNA εκχυλίζεται με τη χρήση της DNeasy αιμοποιητικού και κιτ Tissue (Qiagen) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Η ποιότητα και η ποσότητα των δειγμάτων DNA μετρήθηκαν με NanoDrop ND-1000 μέσου (Thermo Scientific).

Array συγκριτικής γονιδιωματικής υβριδοποίησης

Αντιγραφή αριθμού τροποποιήσεων μελετήθηκαν με ολιγο-based array-CGH πάνω στα δείγματα όγκου με κύτταρα όγκου τουλάχιστον 50%. Δείγματα με λιγότερα καρκινικά κύτταρα θα μπορούσε να στρεβλώσει τα αποτελέσματα. Τα δείγματα προφίλ σε μια προσαρμοσμένη SurePrint G3 Ανθρωπίνων CGH μικροσυστοιχιών, 4x180K (G4125A, Agilent Technologies). Το DNA από τα δείγματα όγκου κόλου σημάνθηκε με τη φθορίζουσα χρωστική Cy3 (Perkin Elmer) και το ίδιο ποσό των διαθέσιμων στο εμπόριο αρσενικών και θηλυκών αναφοράς γονιδιωματικού DNA (Kreatech) σημάνθηκε με Cy5 (Perkin Elmer). Περαιτέρω επεξεργασία διεξήχθη σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή (Agilent Technologies). εντάσεις φθορισμού μετρήθηκαν χρησιμοποιώντας ένα σαρωτή Agilent (G2505C, Agilent Technologies). Τα δεδομένα εξήχθησαν χρησιμοποιώντας το πρόγραμμα λογισμικού v10.1.1.1 Feature Extraction (Agilent Technologies) και περαιτέρω επεξεργασία με arrayCGHbase [18]. Οι τιμές cut-off για αποκτήθηκε και έχασε τμήματα ήταν 0,33 και -0,33 αντίστοιχα. Εκτροπές που ήταν παρούσα σε περισσότερες από 10 περιπτώσεις σε ξεχωριστά προβληθεί κλινική γενετική ομάδα των 1000 δειγμάτων θεωρούνται ως πιθανές παραλλαγές αριθμού αντιγράφων συνταγματική (κανονικό αριθμό αντιγράφων αλλοιώσεις) και αποκλείστηκαν από την περαιτέρω ανάλυση. Όλες οι αναφερόμενες αποτελέσματα χειροκίνητα επικυρωθεί.

Στατιστικά

Η στατιστική περιβάλλον R (έκδοση 2.12.1) χρησιμοποιήθηκε για να εκτελέσει ιεραρχική συμπλέγματος και ανάλυση heatmap και να κατασκευάσει το γράφημα δείχνει το γονιδίωμα ευρύ συχνότητες όλες οι ενισχύσεις, κέρδη και ζημίες σε όλα τα δείγματα. Όλες οι άλλες στατιστικές αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν στο SPSS Statistics (έκδοση 21). (*) Η P & lt? 0,05, (**) ρ & lt? 0,01 και (***) ρ & lt? 0.001 θεωρήθηκαν ως στατιστικά σημαντικές σε αμφίπλευρη δοκιμές. Δεδομένου ότι όλα τα δεδομένα κανονικά κατανεμημένα, ANOVA για να συγκριθούν οι πληθυσμοί και η συσχέτιση Pearson χρησιμοποιήθηκε για τη σύνδεση μεταξύ των μεταβλητών. αναλύσεις επιβίωσης έγιναν με τη μέθοδο Kaplan-Meier και τη δοκιμασία log rank. ανάλυση παλινδρόμησης Cox χρησιμοποιήθηκε για τον υπολογισμό δεικτών κινδύνου.

Αποτελέσματα

Κλινικά χαρακτηριστικά

Τα κλινικά δεδομένα συνοψίζονται στον Πίνακα S1. Όλες οι όγκοι σε αυτή τη μελέτη ήταν πρωτογενή αδενοκαρκινώματα του παχέος εντέρου, τα οποία ήταν χωρίς θεραπεία κατά τον χρόνο της εκτομής. Οι ασθενείς ήταν κυρίως από Καυκάσια εθνικότητα.

Όσον αφορά την ένωση των δύο φύλων, την ταξινόμηση της νόσου, το site του πρωτοπαθούς όγκου, το στάδιο, διαφοροποίηση, περινευρικό και lymphovascular εισβολή, αυτό το σύνολο των 159 όγκων μοιάζει πολύ με τις περισσότερες άλλες αναφερθεί ομάδες ασθενών σποραδικών CRC (S1 πίνακα).

Οι όγκοι κατανέμεται εξίσου μεταξύ ανδρών και γυναικών (57,9% έναντι 42,1%). Το βλεννώδες παραλλαγή του αδενοκαρκινώματος διαγνώστηκε σε 20,1% των όγκων. Όλοι οι ασθενείς είχαν ανεβεί με τις κατευθυντήριες οδηγίες AJCC-7 [19]. Οι ασθενείς ήταν εξίσου κατανεμημένα σε τέσσερα στάδια, με ελαφρώς πιο ασθενείς στο στάδιο ΙΙ (36,5%). Οι μισοί από τους ασθενείς (49,7%) έλαβαν ανοσοενισχυτικό (31,2%) ή παρηγορητική (18,5%) χημειοθεραπεία. Στο τέλος της παρακολούθησης, 105 ασθενείς (66%) ήταν ακόμη ζωντανοί (S1 πίνακα). Μεταξύ των 159 ασθενών που συμπεριελήφθησαν στη μελέτη αυτή, 68 (52,7%) είχαν αυξημένο επίπεδο καρκινοεμβρυϊκό αντιγόνο (CEA) κατά τη στιγμή της διάγνωσης. Είχαν μια χειρότερη πρόγνωση από εκείνους με ένα επίπεδο κάτω από 3,4 ng /μl. Τόσο μεταστατικό ή τοπικής υποτροπής και 2-ετή συνολική επιβίωση (OS) ήταν σημαντικά καλύτερη για ασθενείς με χαμηλά επίπεδα CEA κατά τη διάγνωση (R = 0,260, ** P = 0,003 για την ελεύθερη υποτροπής επιβίωση (RFS)? R = 0.271 * * P = 0,002 για 2-ετή OS) (S1 αρχείου).

κατάσταση KRAS μετάλλαξη και την κατάσταση των κρατών μελών και οι συσχετισμοί τους με τις κλινικοπαθολογοανατομικές δεδομένων

Όπως φαίνεται στον πίνακα S1,

KRAS

Μεταλλαγές ανιχνεύθηκαν σε 51 ασθενείς (33,1%). Οκτώ από αυτές τις μεταλλάξεις βρίσκονταν στο κωδικόνιο 13 (pGly13Asp), όλοι οι άλλοι που βρίσκονται στο κωδικόνιο 12 του

KRAS

γονίδιο. Μεταξύ των 159 ασθενών που εξετάστηκαν για MSI, 87,9% των καρκίνων του παχέος εντέρου έδειξε μικροδορυφορικών σταθερότητα (MSS), δύο ασθενείς (1,3%) ήταν MSI-χαμηλή και 16 ασθενείς (10,7%) ήταν MSI-υψηλή (S1 πίνακα).

Σε πληθυσμό ασθενών μας, παρατηρήσαμε μια σημαντική συσχέτιση μεταξύ του

KRAS

μετάλλαξη και την κατάσταση MS (R = -0,198, * P = 0,017).

KRAS

συχνότητα μετάλλαξης ήταν υψηλότερη σε ασθενείς MSS από ό, τι σε ασθενείς MSI (S2 Πίνακας).

Βρήκαμε μια σημαντική συσχέτιση μεταξύ της κατάστασης MS με lymphovascular εισβολή (R = -0,181, * P = 0.038) και η θέση του πρωτογενούς όγκου (R = -0,291, *** Ρ & lt? 0.001). Βρήκαμε MSI τουλάχιστον σε έναν ασθενή σε κάθε φάση, αλλά κυρίως κατά τα πρώτα στάδια (δύο ασθενείς MSI στο στάδιο Ι, επτά στο στάδιο ΙΙ και ένας ασθενής MSI τόσο στο στάδιο ΙΙΙ και IV) (Πίνακας 1). Μια σημαντική συσχέτιση βρέθηκε μεταξύ της κατάστασης των κρατών μελών και την ταξινόμηση των όγκων (R = 0,173, * P = 0,034) (S2 Πίνακας). Αυτό σημαίνει ότι οι ασθενείς με MSI έχουν συνήθως ένα μικρό όγκο που βρίσκεται στο δεξιό κόλον, σε αυτήν την ομάδα συχνότερα στάδιο II βλεννώδες αδενοκαρκίνωμα χωρίς lymphovascular εισβολή. Οι όγκους παχέος εντέρου με MSI ως επί το πλείστον είναι

KRAS

άγριου τύπου (S2 αρχείου).

Ένα εκτεταμένο πίνακα των χαρακτηριστικών του ασθενούς μπορεί να βρεθεί στο S1 και S2 πίνακες.

Η

τον αριθμό αντιγράφων του DNA αλλαγές

Μετά την βαθμολόγηση όλων των δειγμάτων όγκου, 93 δείγματα με τουλάχιστον το 50% των καρκινικών κυττάρων κρατήθηκαν για ανάλυση array-CGH. Ενενήντα από αυτές τις 93 καρκινωμάτων του παχέος εντέρου έδειξε γενωμική αλλοιώσεις (Σχήμα 1). Οι ασθενείς με αυξημένο επίπεδο CEA είχε περισσότερο CNAs σχέση με τους ασθενείς με φυσιολογικά επίπεδα CEA κατά τη διάγνωση (* Ρ = 0,023) (Σχήμα Α σε S3 File). Προσαρμογείς CNA στην ομάδα μας ασθενή ήταν λιγότερο άφθονη σε ασθενείς MSI από ό, τι σε ασθενείς MSS, όπως αξιολογήθηκε από 180K array-CGH (* P = 0,016) (Εικόνα Β S3 αρχείου). Όλοι οι ασθενείς είχαν MSI λιγότερο από δέκα αλλαγές, ενώ ο μέσος αριθμός των αλλαγών για τη συνολική κοόρτη ασθενών είναι 12.98 (± 0.982). Όταν εξετάσαμε τις μεταβολές στα διάφορα στάδια του όγκου, βρήκαμε ένα μεγαλύτερο αριθμό αλλαγών για τον ασθενή MSI μόνο σε στάδιο IV, ενώ στα άλλα στάδια του όγκου, οι ασθενείς είχαν μικρότερο MSI CNAs σε σύγκριση με ασθενείς MSS (** Ρ = 0,003) (Σχήμα C σε S3 αρχείου). ανάλυση ομαδοποίησης εντοπίστηκε καμία στατιστικά σημαντική σχέση μεταξύ των ομάδων διασποράς (με βάση μία ή περισσότερες ειδικές αλλοίωση), καθώς και κάθε κλινική παράμετρο στη βάση δεδομένων μας (S1 Σχήμα).

Τα κέρδη εκπροσωπούνται σε μπλε, απώλειες σε κόκκινο.

Ο αριθμός των CNAs διαιρέθηκε σε τρεις ομάδες μετά την εκτέλεση μιας ROC καμπύλη (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). ιδρύθηκαν δύο σημεία cut-off? Η πρώτη στις 12 το CNA και η δεύτερη στις 20 CNAs. Με αυτόν τον τρόπο, έχουμε χωριστεί τα καρκινώματα του παχέος εντέρου σε τρεις ομάδες: τους όγκους με λιγότερο από 12 αλλοιώσεις, τους όγκους με πάνω από 20 μετατροπές και μια ενδιάμεση ομάδα των όγκων με 12 μέχρι 20 αλλαγές

ανάλυση

Η επιβίωση, η οποία υπολογίζεται σύμφωνα με το. ο αριθμός των αλλαγών, αποκάλυψαν μια συντομότερη 2-χρόνια OS για τους ασθενείς με περισσότερες από 20 μεταβολές σε όλα τα στάδια του όγκου μαζί (** Ρ = 0,004) (Σχήμα 2Α). Σε ασθενείς με σταδίου IV όγκου, η διαφορά ήταν αξιοσημείωτα μεγαλύτερη (Σχήμα 2Β): η μέση επιβίωση των ασθενών με περισσότερες από 20 αλλοιώσεις ήταν το μισό από αυτό των ασθενών με λιγότερα από 20 αλλοιώσεις (* P = 0,015). Απροσδόκητα, σε στάδια όγκου Ι και ΙΙ, φτωχότερη πρόγνωση βρέθηκε στην ομάδα των ασθενών με λιγότερο από 12 αλλοιώσεις (* P = 0,019) (Εικόνα 2Γ και 2Δ).

(Α) Για όλα τα στάδια, ** P = 0,004? (Β) για τη φάση IV, * Ρ = 0,015? (C) για τη φάση Ι, * P = 0,019 και (Δ) για τη φάση ΙΙ, * P = 0,019. Στην καμπύλη επιβίωσης τρεις ομάδες μπορούν να διακριθούν? η ομάδα με λιγότερο από δώδεκα αλλοιώσεις (μπλε), την ομάδα με δώδεκα μέχρι τις είκοσι αλλοιώσεις (πράσινο) και την ομάδα με περισσότερα από είκοσι αλλοιώσεις (κόκκινο).

Η

Υπάρχει επίσης μια συσχέτιση μεταξύ της διαφοροποίησης βαθμός του όγκου και ο αριθμός των αλλαγών. Οι ασθενείς, οι οποίοι έχουν καλά διαφοροποιημένο όγκους, είχε λιγότερο από 12 προσαρμογείς CNA, συνολικά και για κάθε στάδιο ξεχωριστά. Οι ασθενείς με φτωχά διαφοροποιημένοι όγκοι και με όγκους που μεταφέρουν περισσότερους από 20 προσαρμογείς CNA, είχε μια χειρότερη 2 ετών OS και ειδικά όταν συγκρίνουμε μόνο τη φάση IV ασθενείς (** P = 0.006 και ** Ρ = 0,010, αντίστοιχα) (S2 σχήμα).

array συγκριτικής γονιδιωματικής υβριδοποίησης (array-CGH) ανάλυση έδειξε ότι η πιο συχνή προσαρμογείς CNA σε καρκινώματα του παχέος εντέρου ήταν τα κέρδη των χρωμοσωμάτων 1q, 7, 8q, 13, 20 και 20q και απώλειες χρωμοσώματα 1p, 4, 8ρ, 14 , 15, 17ρ, 18, 21 και 22 (Σχήμα 1). Βρήκαμε επίσης την παρουσία πολλαπλών ισοχρωμοσώματα σε δείγματα μας για τα χρωμοσώματα 1, 5 και 8 (αντίστοιχα σε 5,4%, 5,4% και 7,5% των ασθενών μας). Απώλεια χρωμόσωμα 4 ήταν σημαντικά συνδεδεμένη σε βραχύτερη RFS (μέση RFS είναι 241,7 εβδομάδες για τους ασθενείς με απώλεια του χρωμοσώματος 4 και 433,96 εβδομάδες για τους ασθενείς χωρίς χρωμόσωμα 4 απώλεια, *** Ρ & lt? 0.001) (Σχήμα 3Α). Απώλεια του χρωμοσώματος 1, 3, 4 και 9 συνδέθηκαν με μια μικρότερη 2-χρόνια OS (αντίστοιχα Ρ = 0.053, ** Ρ = 0.005, ** Ρ = 0,002 και Ρ = 0,069) (σχήμα 3Β και τα Σχήματα AC σε S4 αρχείου ). Κέρδος του χρωμοσώματος 7 και 20 δείχθηκε να συνδέεται σημαντικά με την καλύτερη 2-χρόνια OS (αντίστοιχα * Ρ = 0,048 και Ρ * = 0,035) (Σχήματα DE σε S4 File).

απώλεια του χρωμοσώματος 4 είναι συνδέεται με μικρότερο RFS, *** P & lt? 0,001 (α) και ένα μικρότερο 2 ετών OS, ** P = 0,002 (Β). Οι ασθενείς χωρίς αλλοίωση του χρωμοσώματος 4 παρουσιάζονται στο πράσινο, τα άτομα με απώλεια του χρωμοσώματος 4 σε μπλε χρώμα.

Η

χρωμοσωμάτων 16p13.3 αλλοίωση

Locus 16p13.3 βρέθηκε να είναι ένα επαναλαμβανόμενες αλλοίωση, καθώς αυτό είναι παρόν στο 35% των ασθενών μας κοόρτης του 93 ασθενείς. Οκτώ ασθενείς εμφάνισαν αύξηση του περιφερικού τμήματος αυτού του τόπου και 24 ασθενείς εμφάνισαν μια απώλεια με την πιο επαναλαμβανόμενο μικρότερη περιοχή επικάλυψης (SRO) από 6,5 μέχρι 7 Mb. Οκτώ ασθενείς παρουσιάζονται με μια ομόζυγη εξάλειψη. Η SRO περιλαμβάνει εξόνιο 3 και 4 του

RBFOX1

γονίδιο (6-7Mb). Αντιγραφή αριθμού παραλλαγή προφίλ του φυσιολογικού ιστού από τις οκτώ ομόζυγη περιπτώσεις αξιολογήθηκαν για να αποκλείσει μια συνταγματική παραλλαγή αριθμό αντιγράφων. Αυτά τα αποτελέσματα έδειξαν ότι η ομόζυγη διαγραφές δεν ήταν συνταγματική αντίγραφο παραλλαγές αριθμό, αλλά ήταν σωματικώς αποκτήθηκαν αλλοιώσεις (S3 Εικ). Περισσότερα από 70 γονίδια, όπως

CREBBP

,

MIR1225

,

RAB40C

και

RAB26

, βρίσκονται στο άπω τμήμα του 16p13.3 τόπος. Τα τελευταία δύο γονίδια είναι μέλη της

RAS

ογκογονίδιο οικογένεια, η οποία παίζει σημαντικό ρόλο στην καρκινογένεση του παχέος εντέρου.

Σε γενικές γραμμές, οι ασθενείς χωρίς 16p13.3 αλλοιώσεις εμφανίζουν λιγότερο προσαρμογείς CNA (R = -0,430 , *** P & lt? 0.001). Αυτό ισχύει για όλα τα στάδια του όγκου (Σχήμα 4Α), καθώς και για κάθε στάδιο του όγκου ξεχωριστά (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

(Α) Η σχέση του η αλλοίωση της θέσεως 16p13.3 και ο αριθμός των CNA στο αντίστοιχο ασθενή για όλα τα στάδια του όγκου, R = -0.430 και *** P & lt? 0,001. (Β) καμπύλη επιβίωσης Kaplan Meier που δείχνει μια χειρότερη πρόγνωση για τους ασθενείς με ένα κέρδος της θέσεως 16p13.3 πάνω όλα τα στάδια του όγκου, ** Ρ = 0.010. Τα κέρδη που εκπροσωπούνται στο πράσινο, οι απώλειες σε μπλε και ασθενείς χωρίς μεταβολή που εκπροσωπούνται στο κόκκινο.

Η

Στο στάδιο IV όγκους, μια σημαντική συσχέτιση βρέθηκε μεταξύ της παρουσίας της μεταβολής 16p13.3 (κέρδος ή ζημία) και ο όγκος στο δεξιό κόλον (R = -0,384, * P = 0,036). Σε όλες τις άλλες φάσεις του όγκου, η διαπίστωση αυτή δεν μπορεί να επιβεβαιωθεί, ακόμα και όταν δεν σε όλα τα στάδια θεωρήθηκαν από κοινού.

Δεν συσχέτιση θα μπορούσε να βρεθεί μεταξύ των 2 ετών OS και την παρουσία ενός αλλοίωση 16p13.3 (Εικόνες μ.Χ. στην S5 αρχείου). Ωστόσο, στην μεταστατική ομάδα, μια τάση ήταν παρούσα (Σχήμα Ε σε S5 File). Οι ασθενείς που εμφάνισαν

RBFOX1

απώλεια, έδειξαν χειρότερο 2 ετών OS σχέση με τους ασθενείς χωρίς αυτό διαγραφή (P = 0,393).

Τέλος, μια σημαντική συσχέτιση εμφανίζεται σε όλα τα στάδια του όγκου μεταξύ της παρουσίας μιας αλλοίωσης 16p13.3 και τα RFS (Σχήμα 4Β και εικόνα Α S6 File). Όταν κέρδος της 16p13.3 ήταν παρούσα, η πρόγνωση των ασθενών αυτών πάνω από όλα τα στάδια του όγκου ήταν χειρότερη από την πρόγνωση για τους ασθενείς χωρίς μεταβολή 16p13.3 ή με απώλεια του

RBFOX1

γονίδιο (HR = 5,018 , ** Ρ = 0,020). Όταν η ίδια ανάλυση έγινε για κάθε στάδιο του όγκου ξεχωριστά, μια διαχωριστική γραμμή σημαντική συσχέτιση μεταξύ της μεταβολής 16p13.3 και την υποτροπή της νόσου παρατηρήθηκε μόνο στο στάδιο όγκους II (* P = 0,022) (Σχήματα Β-Α S6 αρχείου). Κανένας από τους ασθενείς που είχαν μια απώλεια του

RBFOX1

γονιδίου, υπέφερε από έναν τοπικό ή μεταστατικό υποτροπή. Αντίθετα, οι ασθενείς χωρίς αλλοίωση ή με κέρδος σε 16p13.3 είχαν υψηλότερο κίνδυνο υποτροπής. Η δοκιμασία log-rank για υποτροπή στο στάδιο όγκους II έδειξε μια ισχυρότερη σημαντική συσχέτιση για την αύξηση των 16p13.3 και την ώρα της υποτροπής (** P = 0,008), με μέσο χρόνο μέχρι την υποτροπή από 166 εβδομάδες για τους ασθενείς με κέρδος 16p13 0.3 και 443 εβδομάδες για τους ασθενείς χωρίς 16p13.3 αλλοίωση (Εικόνα Ε στο S6 αρχείου).

Συζήτηση

Τα χαρακτηριστικά των ασθενών σε αυτή τη μελέτη αντιστοιχούν σε μεγάλο βαθμό με αυτά που αναφέρονται στη βιβλιογραφία. Μερικά έχουν αναφερθεί στο παρελθόν ευρήματα δεν θα μπορούσε ωστόσο να επικυρωθεί στην παρούσα μελέτη, όπως και μια καλύτερη πρόγνωση για τους ασθενείς με MSI-high όγκων όπως περιγράφεται από Gryfe και τους συνεργάτες του [20]. όγκων του παχέος εντέρου με ένα

KRAS

μετάλλαξη είναι λιγότερο πιθανό να παρουσιάσουν αστάθεια μικροδορυφόρου. Η συσχέτιση μεταξύ

KRAS

μετάλλαξη και την κατάσταση της MS έχει ήδη αποδειχθεί σε προηγούμενες μελέτες και περιπλέκει τη χρήση αυτού του δείκτη σε σχέση με την πρόγνωση [21-23].

Αυτό μπορεί να οφείλεται εν μέρει στην το γεγονός ότι δεν μπορούσε να γίνει μια πραγματική διάκριση των όγκων MSI σε MSI-υψηλής και MSI-χαμηλή. Η σύνδεση των όγκων MSI με την ιστολογία του βλεννωδών αδενοκαρκινώματα, το οποίο περιγράφηκε προηγουμένως, επιβεβαιώθηκε σε πληθυσμό ασθενών μας [24].

Η μελέτη μας το ερώτημα κατά πόσον αριθμού αντιγράφων μεταβολές θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν ως προγνωστικός δείκτης για την πρόβλεψη της υποτροπή του καρκίνου του παχέος εντέρου, ειδικά στους όγκους στάδιο II. Χρησιμοποιώντας την ανάλυση array-CGH, ​​έχουμε εντοπίσει επαναλαμβανόμενες CNAs μεταξύ των ασθενών με καρκίνωμα του παχέος εντέρου με διάφορα στάδια και κλινικά χαρακτηριστικά. Τα πλεονεκτήματα της μελέτης μας είναι ο μεγάλος αριθμός των ασθενών και η ένταξη των κλινικοπαθολογοανατομικές χαρακτηριστικά. Μια άλλη δύναμη είναι ότι περιορίζεται η μελέτη για τον καρκίνο του παχέος εντέρου, επειδή έχει προταθεί πριν ότι η μεγάλη διαφορά σε δημοσιευμένες μελέτες οφείλεται στο γεγονός ότι η άνω και κάτω τελεία και ορθού όγκους μελετήθηκαν μαζί [25]. Στη μελέτη μας, το 97% των δειγμάτων όγκου κόλου κατέχουν γονιδιωματική αλλοιώσεις. Το γεγονός ότι ο αριθμός των CNAs είναι υψηλότερη στο στάδιο II MSS όγκους σε σύγκριση με όγκους MSI έχει προταθεί πριν και επικυρώθηκε από Brosens et al. [14]. Nakao και συνεργάτες είχε επίσης βρεθεί υψηλότερη συχνότητα αριθμού αντιγράφων μεταβολών σε ασθενείς με MSS προς MSI-H (20% και 5% αντίστοιχα). Αυτό ήταν, επίσης, ισχύει και για τα κέρδη, τις ζημίες, ενισχύσεις και τις διαγραφές διαχωρισμό [26]. Επίσης, η ομάδα του Xie βρήκε ένα χαμηλότερο επιπολασμό CNA σε όγκους παχέος MSI σε σχέση με το MSS όγκους [27]. Ο μικρότερος αριθμός των CNAs σε όγκους MSI θα μπορούσε να είναι μια εξήγηση για την καλύτερη έκβαση των ασθενών με όγκους MSI [20]. Τα αποτελέσματα μας επιβεβαιώνουν ότι οι ασθενείς με όγκους σταδίου ΙΙ, και πιο συγκεκριμένα με pT3N0 όγκους που εμφανίζουν υψηλής συχνότητας MSI, έχουν καλύτερη πρόγνωση. πρόγνωση τους φαίνεται να είναι χειρότερα όταν έλαβαν θεραπεία με επικουρική χημειοθεραπεία με βάση 5-FU [28].

ευαισθησία του χρωμοσώματος 13 και 20 και την απώλεια του χρωμοσώματος 18 είναι τα πιο κοινά γονιδιωματικά μεταβολές στον καρκίνο του παχέος εντέρου και οι διαπιστώσεις αυτές επιβεβαιώθηκε στη μελέτη μας [29]. Επιπλέον, άλλα επαναλαμβανόμενα κέρδη και τις ζημίες της σε ολόκληρο χρωμοσωμάτων βρέθηκαν. Κέρδη από 1 q, 7, 8q, 13, 20 και 20q και οι ζημίες από 1π, 4, 8ρ, 14, 15, 17ρ, 18, 21 και 22 ήταν ως επί το πλείστον βρέθηκαν. Οι εμφανίσεις του αυτές CNAs είναι σε συμφωνία με τα υποβληθέντα στοιχεία, αλλά ποτέ δεν αναφέρθηκαν όλα μαζί σε μία μελέτη [15-17,25,30,31]. Απώλεια του χρωμοσώματος 1ρ και κέρδος του χρωμοσώματος 1q είναι πιθανότατα οδηγώντας στο σχηματισμό ενός isochromosome, η οποία είναι παρούσα σε 5% του πληθυσμού μας ασθενών. Στη βιβλιογραφία, υπάρχουν πολύ λίγες πληροφορίες σχετικά με το σχηματισμό της ισοχρωμοσώματα σε κυτταρικές σειρές CRC και ακόμη λιγότερο σε δείγματα ασθενών [15,32]. Περισσότερες πληροφορίες σχετικά με τη λειτουργικότητα αυτής της isochromosome σχηματισμός θα μπορούσε να βρεθεί με την επέκταση της κοόρτης ασθενών.

Η στατιστική ανάλυση έδειξε ότι η απώλεια χρωμοσωμάτων 1, 3, 4 και 9 συνδεόταν με μικρότερη επιβίωση. Από την άλλη πλευρά, αύξηση των χρωμοσωμάτων 7 και 20 συνδέεται με ένα καλύτερο 2-χρόνια OS. Επιπλέον, βρήκαμε ένα ισχυρό σημαντική συσχέτιση για την απώλεια του χρωμοσώματος 4 και της ασθένειας υποτροπή. Προηγούμενες μελέτες έχουν δείξει, τόσο με καρυότυπο και με μετα-ανάλυση των μελετών CGH, ότι η απώλεια του χρωμοσώματος 4 συνδέεται με κακή κλινική έκβαση [15,33]. Πιο συγκεκριμένα, στο στάδιο II ασθενείς με καρκίνο του παχέος εντέρου, απώλεια του χρωμοσώματος 4Q έχει ήδη συσχετιστεί με υποτροπή της νόσου [14]. Απώλεια του χρωμοσώματος 4 φαίνεται συνεπώς να είναι ένα σημαντικό γεγονός στην αιτιολογία του καρκίνου του παχέος εντέρου και θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί ως προγνωστικός δείκτης για υποτροπή σε αυτή την ασθένεια.

όγκου γονιδιώματα συχνά πολλά subchromosomal και εστιακή μεταβολές δίπλα στις μεταβολές πλήρων χρωμοσωμάτων και τα χέρια του χρωμοσώματος [34,35]. Τα δεδομένα array-CGH σε αυτή τη μελέτη αποκάλυψε ένα επαναλαμβανόμενο αλλαγμένη θέση, 16p13.3, το οποίο περιέχει το

RBFOX1 (RNA δεσμευτική πρωτεΐνη

,

fox-1 ομόλογο)

γονίδιο. Αυτή η θέση δεν έχει αναφερθεί ως επαναλαμβανόμενες μεταβολές με σαφή ρόλο στην έκβαση και σε άλλες μελέτες array-CGH με ένα αποδεκτό ποσό των ασθενών με CRC [14-17,25,32,33]. Μόλις λίγες μελέτες έχουν αναφερθεί γενετικών αλλοιώσεων σε 16p13.3 στο CRC [27,30,31]. Τα αποτελέσματά μας επιβεβαιώνουν τις τελευταίες μελέτες. Στη μελέτη μας, δύο SROs σε αυτό τον τόπο συνδέονται με σημαντικές κλινικές παραμέτρους. Κέρδος του περιφερικού 5Mb μέρος του τόπου βρέθηκε στο 9% των ασθενών σε αυτή τη μελέτη. Απώλεια του εξονίου 3 και 4 του

RBFOX1

γονίδιο ήταν παρούσα στο 26% των ασθενών μας, με την παρουσία ενός ομόζυγη διαγραφή του

RBFOX1

στο ένα τρίτο από αυτούς. Για να αποκλειστεί η πιθανότητα μιας συνταγματικής παραλλαγή αριθμό αντιγράφων, τον φυσιολογικό ιστό ελέγχθηκε και βρέθηκε να είναι φυσιολογική. Ως εκ τούτου, η αλλοίωση 16p13.3 μπορεί να χαρακτηριστεί ως μια σωματική παραλλαγή, που υπάρχει μόνο στα καρκινικά κύτταρα.

Οι ασθενείς με μεταβολή 16p13.3 βρέθηκαν να παρουσιάζουν περισσότερες CNAs από τους ασθενείς χωρίς αλλοίωση της 16p13.3 τόπος. Αυτό ισχύει για όλα τα στάδια του όγκου μαζί, καθώς και για κάθε στάδιο του όγκου ξεχωριστά. Ένα κέρδος στον τόπο 16p13.3 σχετίστηκε με χειρότερη RFS για όλες τις φάσεις μαζί, καθώς και για τη φάση όγκους II ξεχωριστά, το οποίο είναι ένα πολύ ενδιαφέρον εύρημα λόγω της υψηλής κλινική ανάγκη νέων δεικτών πρόγνωσης στο στάδιο II καρκίνο του παχέος εντέρου. Σε διαφορετικούς τύπους στερεού όγκου, όπως του μαστού, του πνεύμονα, του ηπατοκυτταρικού και του παγκρέατος κέρδος καρκίνος του 16p13.3 συνδέθηκε με ασθένεια προχωρημένο στάδιο, χειρότερη επιβίωση και την κακή διαφοροποίηση και μιας ασθένειας όψιμου σταδίου [36-39]. Διαφορετικά γονίδια που βρίσκεται στην θέση 16p13.3 ήταν υποτίθεται ότι πρέπει να εμπλέκονται στην κακή πρόγνωση: στον καρκίνο του πνεύμονα

TSC2

επισπεύσθηκε, στον καρκίνο του παγκρέατος

PDPK1

[37,39]. Ο τόπος 16p13.3 φέρει συνολικά 167 γνωστά γονίδια που κωδικοποιούν πρωτεΐνες από τις οποίες

AXIN1

,

RAB40C

και

RAB26

είναι σημαντικά γονίδια στο CRC. Είχε ήδη φανεί ότι το

AXIN1

μεταλλάχθηκε σε παχέος εντέρου και άγριου τύπου μπορεί να επάγει απόπτωση στα κύτταρα καρκίνου του παχέος εντέρου [40]. Η

RBFOX1

γονίδιο βρίσκεται επίσης σε αυτή την περιοχή. Μόνο μερικές προηγούμενες δημοσιεύσεις σχετικά με αυτό το γονίδιο σε CRC βρέθηκαν. Ένα παραθέτει συγκεκριμένα υψηλό επιπολασμό σε Μπαγκλαντές πληθυσμού με την έγκαιρη CRC στάδιο [41]. Συσχέτιση με την έκβαση δεν διερευνήθηκε σε αυτή τη μικρή ομάδα ασθενών.