Αφηρημένο

Αν και η έκφραση των πρωτεϊνών του κυττάρου σηματοδότησης χρησιμοποιείται ως προγνωστικός και πρόβλεψης των βιοδεικτών, η μεταβλητότητα των επιπέδων της πρωτεΐνης εντός των όγκων είναι δεν είναι καλά μελετηθεί. Εκτιμήσαμε ενδοογκική ετερογένεια της έκφρασης πρωτεΐνης εντός πρωτογενούς καρκίνου των ωοθηκών. πλήρους μήκους πρωτεΐνες εκχυλίστηκαν από 88 μονιμοποιηθεί με φορμαλίνη και έχει εμπεδωθεί με παραφίνη δείγματα ιστού από 13 πρωτογενείς υψηλής ποιότητας ορώδες καρκίνωμα των ωοθηκών με 5-9 δείγματα το καθένα. Επιπλέον, 14 δείγματα φυσιολογικού επιθηλίου φαλλοπιανού σωλήνα χρησίμευσε ως αναφορά. Ποσοτική συστοιχίες πρωτεΐνη αντίστροφης φάσης χρησιμοποιήθηκαν για να αναλυθεί η έκφραση των πρωτεϊνών σηματοδότησης 36 κυττάρων, συμπεριλαμβανομένων του HER2, EGFR, ΡΙ3Κ /Akt, και αγγειογόνων μονοπάτια καθώς και 15 ενεργοποιούνται (φωσφορυλιωμένη) πρωτεΐνες. Βρήκαμε σημαντική ενδοογκική ετερογένεια στην έκφραση των πρωτεϊνών με ένα μέσο συντελεστή μεταβολής 25% (εύρος 17-53%). Η έκταση της ενδοογκική ετερογένεια διέφερε μεταξύ πρωτεϊνών (ρ & lt? 0.005). Είναι ενδιαφέρον, δεν υπήρχαν σημαντικές διαφορές στην έκταση της ετερογένειας μεταξύ φωσφορυλιωμένης και μη-φωσφορυλιωμένες πρωτεΐνες. Σε σύγκριση, αξιολογήσαμε τη μεταβολή των επιπέδων της πρωτεΐνης ανάμεσα σε όγκους από διαφορετικούς ασθενείς, η οποία αποκάλυψε μια παρόμοια μέση συντελεστής διακύμανσης 21% (εύρος 12-48%). Με βάση την ιεραρχική συσταδοποίηση, τα δείγματα από τον ίδιο ασθενή σε σύμπλεγμα στενότερα σε σύγκριση με δείγματα από διαφορετικούς ασθενείς. Ωστόσο, ο σαφής διαχωρισμός των όγκων σε σχέση με τον φυσιολογικό ιστό από την ομαδοποίηση αυτή επιτυγχάνεται μόνο όταν οι μέσες τιμές έκφραση όλων των μεμονωμένων δειγμάτων ανά όγκου αναλύθηκαν. Ενώ η διαφορική έκφραση ορισμένων πρωτεϊνών ανιχνεύθηκε ανεξάρτητα από τη μέθοδο δειγματοληψίας που χρησιμοποιείται, η πλειοψηφία των πρωτεϊνών αποδεικνύεται μόνο όταν η διαφορική έκφραση αναλύθηκαν μέσες τιμές έκφραση πολλαπλών δειγμάτων ανά όγκο. Τα στοιχεία μας δείχνουν ότι η αξιολόγηση των καθιερωμένων και νέων κυττάρων σηματοδότησης πρωτεΐνες ως διαγνωστικοί ή προγνωστικοί δείκτες μπορεί να απαιτήσει δειγματοληψία ορώδες καρκίνων των ωοθηκών σε πολλές διαφορετικές τοποθεσίες για να αποφευχθεί η μεροληψία δειγματοληψίας

Παράθεση:. Mittermeyer G, Malinowsky Κ, Beese C, Höfler Η, Schmalfeldt Β, Becker KF, et al. (2013) Διακύμανση του Cell Signaling έκφρασης της πρωτεΐνης μπορεί να εισάγει δειγματοληψία Μεροληψία στην Πρωτοβάθμια επιθηλιακό καρκίνο των ωοθηκών. PLoS ONE 8 (10): e77825. doi: 10.1371 /journal.pone.0077825

Επιμέλεια: Ruby John Άντο, Rajiv Gandhi Κέντρο Βιοτεχνολογίας, Ινδία

Ελήφθη: 4 Ιούλ, 2013? Αποδεκτές: 5 Σεπτεμβρίου του 2013? Δημοσιεύθηκε: 28 Οκτωβρίου 2013

Copyright: © 2013 Mittermeyer et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η μελέτη χρηματοδοτήθηκε από την εσωτερική επιχορηγήσεις από το Τμήμα Παθολογίας και του Τμήματος Μαιευτικής και Γυναικολογίας. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

ο καρκίνος των ωοθηκών είναι η δεύτερη πιο συχνή γυναικολογική κακοήθεια και η μία με την υψηλότερη θνησιμότητα στο δυτικό κόσμο [1]. Κατά τα πρώτα στάδια της νόσου είναι κυρίως ασυμπτωματική και συνεπώς οι περισσότεροι ασθενείς που διαγιγνώσκονται σε προχωρημένα στάδια με αποτέλεσμα ένα φτωχό συνολικό ποσοστό πενταετούς επιβίωσης μικρότερο από 40% [2]. Τυπική θεραπεία για ασθενείς με καρκίνο των ωοθηκών είναι η χειρουργική επέμβαση που ακολουθείται από πλατίνα και ταξάνης με βάση συνδυασμένη χημειοθεραπεία. Αν και οι περισσότεροι ασθενείς παρουσιάζουν αρχική ανταπόκριση στη χημειοθεραπεία, η πλειοψηφία αναπτύσσει στη συνέχεια την αντίσταση και το 50-75% των ασθενών που υποτροπιάζουν εντός πέντε [3] χρόνια. Η εκτίμηση της κυτταρικής σηματοδότησης των πρωτεϊνών προσφέρει την ευκαιρία για τον εντοπισμό πιθανών νέων φαρμακευτικών στόχων, καθώς και να προβλέψουν την ανταπόκριση στη θεραπεία και βοήθεια στην εξατομικευμένη θεραπεία αποφάσεις [4]. Προκειμένου να χρησιμεύσει ως βιοδείκτη για μια βελτιστοποιημένη στοχευμένη θεραπεία προσεγγίσει τον εντοπισμό και την ποσοτική ανάλυση των δομών στόχων ή /και των αντίστοιχων προς τα κάτω καταρράκτες σηματοδότησης είναι υψηλής σημασίας. Ωστόσο, το δυναμικό ενδοογκική ετερογένεια της κυτταρικής σηματοδότησης έκφρασης πρωτεΐνης μπορεί να εισαγάγει προκατάληψη δειγματοληψία και δεν έχουν αξιολογηθεί συνολικά σε καρκίνο των ωοθηκών.

Ένας αριθμός κυτταρικών σηματοδότησης πρωτεΐνες έχουν προηγουμένως ταυτοποιηθεί ως πιθανές θεραπευτικές στόχους ή ως εν δυνάμει προγνωστικές ή πρόβλεψης βιοδείκτες. Αυτές περιλαμβάνουν VEGF, VEGFR, PDGFR, EGFR ή HER2, PI3K, Akt, mTOR και άλλοι [5], [6], [7], [8]. Ομοίως σημαντική είναι η ενεργοποίηση των κυτταρικών μονοπατιών σηματοδότησης που αντανακλάται από τις φωσφορυλιωμένες μορφές των πρωτεϊνών στόχων ή των συστατικών των αντίστοιχων κατάντη οδών σηματοδότησης τους [9], [10], [11].

Ο γενικός στόχος της παρούσας μελέτης ήταν να αξιολογήσει το επίπεδο της ετερογένειας της πρωτεϊνικής έκφρασης κυτταρική σηματοδότηση στο ορώδες καρκίνο των ωοθηκών. Αναλύσαμε 36 κυτταρικής σηματοδότησης πρωτεΐνες, συμπεριλαμβανομένων 15 φωσφορυλιωμένες πρωτεΐνες που αντιπροσωπεύουν τον πολλαπλασιασμό και τις οδούς που σχετίζονται με την αγγειογένεση. Εμείς επιπλέον διερευνηθεί ο πιθανός αντίκτυπος της ετερογένειας στην ανίχνευση της διαφορικής έκφρασης πρωτεϊνών μεταξύ όγκου και φυσιολογικού ιστού ή μεταξύ των υποομάδων του όγκου.

Σε σύγκριση, αξιολογήσαμε τη φυσιολογική διακύμανση της έκφρασης της πρωτεΐνης σε φυσιολογικό ορώδες επιθηλιακό ιστό μεταξύ των διαφόρων ασθενών. Fallopian επιθήλιο σωλήνας από υγιή άτομα και από μη εμπλεκόμενο αντίπλευρη σωλήνες των ασθενών με καρκίνο χρησιμοποιήθηκε ως ιστός αναφοράς, δεδομένου ότι προηγούμενες μελέτες έχουν δείξει ότι ορώδες καρκίνοι είναι μοριακά πιο στενή σχέση με σαλπίγγων επιθήλιο. Οι σάλπιγγα επιθηλιακά κύτταρα έχουν προταθεί ως τα κύτταρα προέλευσης, τουλάχιστον για ορισμένα υψηλού βαθμού ορώδες καρκίνωμα [12], [13].

Για την ανάλυση των μεγάλων αριθμών δειγμάτων και πρωτεΐνες-στόχους, όπως εφαρμόζεται σε αυτό μελέτη, η συμβατική μέθοδος ανοσοαποτύπωσης δεν είναι κατάλληλο ως ένα θα χρειαστεί περισσότερο από 3500 λωρίδες κηλίδας Western για να διεξάγει μια ενιαία ανάλυση όλων των δειγμάτων και των αντισωμάτων. Η συστοιχία πρωτεΐνη αντίστροφης φάσης (RPPA) επιτρέπει την ταυτόχρονη ανάλυση πολλαπλών δειγμάτων για την έκφραση αρκετών πρωτεϊνών κάτω από τις ίδιες πειραματικές συνθήκες [14], [15]. Ανάλυση των πρωτεϊνών εις διπλούν και σειριακές αραιώσεις επιτρέπει αναπαραγώγιμη ποσοτική ανίχνευση της έκφρασης πρωτεϊνών. RPPA απέδειξε ευρέως σκοπιμότητας για την ανάλυση των κλινικών δειγμάτων κρυο-διατηρημένα [16], [17], [18]. Πιο πρόσφατα, η ομάδα μας και άλλοι αποδειχθεί ότι η τεχνολογία RPPA επιτρέπει επίσης αξιόπιστα την ανάλυση του μονιμοποιηθεί με φορμαλίνη και έχει εμπεδωθεί με παραφίνη δείγματα ιστού (FFPE) [19], [20], [21], [22] και αποτελεί κατάλληλο εργαλείο για την πρωτεΐνη διεύθυνση ετερογένεια εντός των εν λόγω δειγμάτων [23].

Υλικά και Μέθοδοι

Τα δείγματα ιστών

Ένα σύνολο των 88 δειγμάτων FFPE από 13 ασθενείς με πρωτοπαθή υψηλής ποιότητας ορώδες καρκίνο των ωοθηκών μελετήθηκαν. 14 δείγματα φυσιολογικού επιθηλίου φαλλοπιανού σωλήνα, συμπεριλαμβανομένων 10 υγιή άτομα και 4 αμέτοχος ετερόπλευρο σωλήνες από ασθενείς με καρκίνο χρησιμοποιήθηκαν ως αναφορά. Μία σχηματική της σειράς ασθενών και την επιλογή των δειγμάτων ασθενών απεικονίζεται στο Σχήμα 1.

Η

Για όλες τις 13 περιπτώσεις, 5-9 δείγματα ιστού ήταν διαθέσιμα. Σε δέκα ασθενείς με αμφοτερόπλευρη όγκους, δείγματα λήφθηκαν από δύο ωοθήκες

Η &?. Ε τομές όλων εγκλεισμένων σε παραφίνη δείγματα εξετάστηκαν από έναν έμπειρο παθολόγο (SA) για να χαρακτηρίσει την ιστολογική υπότυπο, ποσοστό των βιώσιμων επεμβατική όγκου κύτταρα, ίνωση ή νέκρωση, ποσοστό που διηθούν φλεγμονωδών κυττάρων, και η συχνότητα των μιτώσεων.

Protein Extraction

Όλα τα δείγματα ιστού από τον ίδιο ασθενή υποβλήθηκαν σε επεξεργασία ταυτόχρονα. εκχύλιση πρωτεΐνης εκτελέστηκε όπως περιγράφηκε προηγουμένως [24]. Εν συντομία, τομές ιστών FFPE αποπαραφινοποιήθηκαν, και οι πρωτεΐνες εκχυλίστηκαν χρησιμοποιώντας ρυθμιστικό EXB Plus και θερμική επεξεργασία (Qiagen, Hilden, Germany). 2-7 τμήματα πάχους 10 μm υποβλήθηκαν σε επεξεργασία σε 100-170 μΐ ρυθμιστικού εκχύλισης. Η δοκιμασία πρωτεΐνης Bradford (BioRad, Hercules, US) χρησιμοποιήθηκε σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή για να καθοριστούν οι συγκεντρώσεις πρωτεΐνης. Οι συγκεντρώσεις πρωτεΐνης ρυθμίστηκε σε 2 mg /ml με EXB Plus ρυθμιστικό. Μια κηλίδα Western σχολαστικά για β-ακτίνη διεξήχθη από τυχαίως επιλεγμένα προϊόντα λύσης (n = 11) για να αποδειχθεί επιτυχής εκχύλιση πρωτεΐνης και την καταλληλότητα για ανάλυση συστοιχίας πρωτεΐνη αντίστροφης φάσης. Όλα τα προϊόντα λύσης πρωτεΐνης που παράγεται ένα διαυγές β-ακτίνης μπάντα στο στύπωμα Western.

Ανάλυση της πρωτεϊνικής έκφρασης από δέσμες πρωτεΐνης αντεστραμμένης φάσης (RPPA)

Τα επίπεδα έκφρασης 36 πρωτεΐνες, συμπεριλαμβανομένων 15 φωσφορυλιωμένων πρωτεϊνών ήταν καθορίζεται από RPPA. Τα αντισώματα και πειραματικές συνθήκες συνοψίζονται στον πίνακα S1. RPPAs παρήχθησαν χρησιμοποιώντας την SpotBot® Extreme Microarray Spotter σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή (Arrayit, Sunnyvale, CA 94089, USA). Για κάθε προϊόν λύσης και την αραίωση (ρυθμισμένο (2 mg /ml), 1:02, 1:04, 1:08, 1:16, ρυθμιστικό εκχύλισης), 2 επαναλήψεις εφαρμόστηκαν επί ενός νιτροκυτταρίνης επικαλυμμένο γυάλινο πλακίδιο (Grace Bio-Labs, Bend, US), η οποία παρήγαγε 12 σημεία δεδομένων ανά δείγμα.

Ανοσοανίχνευση πραγματοποιήθηκε όμοια με την ανάλυση κηλίδος Western και όπως περιγράφηκε προηγουμένως [25]. Για την εκτίμηση της συνολικής ποσότητες πρωτεΐνης, συστοιχίες χρωματίστηκαν παράλληλα με SYPRO Ruby Protein Blot Stain (Molecular Probes, Eugene, USA) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Περαιτέρω λεπτομέρειες της μεθοδολογίας RPPA, την επικύρωση και την τεχνική δυνατότητα αναπαραγωγής έχουν περιγραφεί προηγουμένως [23], [25]. Όλα τα αντισώματα που χρησιμοποιούνται σε αυτή τη μελέτη επικυρώθηκαν για ειδικότητα με ανάλυση κηλίδος Western.

Στατιστική Ανάλυση

Η ενδονεοπλασματική ανομοιογένεια καθώς και το εύρος των πρωτεϊνών έκφρασης μεταξύ διαφορετικών ασθενών (παραλλαγή μεταξύ των ασθενών), και η μεταβλητότητα της έκφρασης πρωτεΐνης μεταξύ φαλλοπειά επιθηλίου από υγιή άτομα αξιολογήθηκαν χρησιμοποιώντας το

συντελεστής διακύμανσης

(CV). Το CV, που ορίζεται ως ο λόγος της τυπικής απόκλισης με τη μέση τιμή πολλαπλασιάζεται με το 100, παρέχει ένα σχετικό μέτρο για παραλλαγή ανεξάρτητες από τις απόλυτες τιμές, και ως εκ τούτου επιτρέπει τη σύγκριση της μεταβολής των πρωτεϊνών με διαφορετικά απόλυτα επίπεδα έκφρασης.

η ενδονεοπλασματική ετερογένεια αξιολογήθηκε χωριστά για κάθε πρωτεΐνη με υπολογισμό της CV όλων των δειγμάτων πρωτογενούς όγκου από τον ίδιο ασθενή. Όπως συνοπτικά στατιστικά στοιχεία, η ρίζα-μέση τετραγωνική (RMS) μέσος όρος των βιογραφικών [26] υπολογίσθηκε να συμπεριλάβει όλες τις 13 ασθενείς για την αξιολόγηση της συνολικής εντός του όγκου ετερογένεια για μια δεδομένη πρωτεΐνη.

Η διαφορά ανάμεσα σε όγκους από διαφορετικούς ασθενείς εκτιμήθηκε για κάθε πρωτεΐνη με τον υπολογισμό του CV των μέσων τιμών έκφρασης μεταξύ των διαφόρων ασθενών. Τα αποτελέσματα εμφανίζονται γραφικά με τη χρήση box-οικόπεδα που δείχνει τη μέση τιμή της έκφρασης, 25

ου και 75

ου τεταρτημόρια, και μουστάκια (1,5 φορές το διατεταρτημοριακό εύρος) για κάθε ασθενή.

Ο Friedman δοκιμή ήταν χρησιμοποιηθεί για να συγκρίνει τους CV διαφορετικές πρωτεΐνες και η δοκιμή Mann Whitney χρησιμοποιήθηκε για να συγκριθούν έκφραση πρωτεΐνης μεταξύ μη συνδεδεμένων ομάδων δείγμα σε ένα επίπεδο δύο όψεων 5% σημαντικότητα. Όλες οι στατιστικές αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση του IBM Statistics (IBM Corporation, έκδοση 19.0).

Για να συγκρίνετε πρωτεϊνική έκφραση μεταξύ φυσιολογικών και καρκινικών ιστών και για να απεικονίσει διακύμανση μεταξύ των δειγμάτων από μεμονωμένους ασθενείς, μη εποπτεύεται ιεραρχική ομαδοποίηση έγινε με τη χρήση Cluster και TreeView λογισμικού [27]. Μετά από λογαριθμική μετατροπή και κεντράρισμα σε μέσες τιμές, κατά μέσο όρο ιεραρχική ομαδοποίηση έγινε για τον υπολογισμό του Spearman rank συσχέτισης.

Αποτελέσματα

μορφολογική εκτίμηση των δειγμάτων ιστού

Όλα τα δείγματα έδειξαν μια κυτταροβρίθεια του όγκου των & gt? 70% και & lt? 10% φλεγμονώδη κύτταρα. Δεν υπήρχαν σημαντικές διαφορές στα επιθηλιακά περιεχόμενο κυττάρου όγκου και στρώματος του όγκου ή φλεγμονώδεις διηθήσεις κύτταρο μεταξύ των δειγμάτων από τον ίδιο ασθενή. Επιπλέον, δεν περιφερειακές διαφορές εντοπίστηκαν στην μιτωτική δραστηριότητα μεταξύ των δειγμάτων από τον ίδιο ασθενή.

Η ενδονεοπλασματική Ετερογένεια των επιπέδων της πρωτεΐνης

Όλα 36 πρωτεΐνες αναλύονται στην παρούσα μελέτη έδειξε σημαντική εντός του όγκου ετερογένεια με μέση CV 25% (εύρος 17-53%) (Πίνακας 1 και Πίνακας S2). Η έκταση της εντός του όγκου ετερογένεια διέφερε μεταξύ των 36 πρωτεϊνών που αναλύθηκαν (p = 0,005), με p4EBP1, pp44 /42 ΜΑΡΚ και VEGF δείχνει υψηλότερη μεταβλητότητα, και EGFR, JNK /SAPK και p38MPK δείχνει τουλάχιστον η μεταβλητότητα εντός των επιμέρους όγκων. Δεν υπήρχε σημαντική διαφορά στην έκταση του εντός του όγκου ετερογένεια μεταξύ φωσφορυλιωμένης (μέση CV 28%) και μη-φωσφορυλιωμένη (μέση CV 23%) πρωτεΐνες (p = 0.252). Η εντός του όγκου ετερογένεια όλων των πρωτεϊνών συνοψίζεται στον Πίνακα S2. Το Σχήμα 2 παρουσιάζει εντός του όγκου ετερογένεια για τις παραδειγματικές πρωτεΐνες VEGF, VEGFR p1068EGFR και EGFR.

οικόπεδα ασφαλείας δείχνουν την μέση (γραμμή μέσα στο κουτί), είναι 25η και 75η εκατοστιαία, και μουστάκια που δείχνει 1.5 φορές το διατεταρτημοριακό εύρος.

Η

μεταβολή των επιπέδων της πρωτεΐνης μεταξύ των ασθενών

Η διακύμανση της πρωτεϊνικής έκφρασης μεταξύ διαφορετικών ασθενών ήταν παρόμοια με την έκταση του εντός του όγκου ετερογένειας με μέση CV 21% (εύρος 12- 48%). Η μεταβλητότητα μεταξύ των ασθενών διέφεραν σημαντικά μεταξύ των πρωτεϊνών αναλύθηκαν. Ενώ Hif1α, PDGF και PI3K έδειξε χαμηλή διακύμανση μεταξύ όλων των ασθενών που αναλύθηκαν, p4EBP1, pp44 /42 ΜΑΡΚ και p1068EGFR έδειξε μια πολύ μεγάλη διακύμανση μεταξύ των ασθενών. Διακύμανση μεταξύ διαφορετικών ασθενών δεν ήταν σημαντικά διαφορετική για φωσφορυλιωμένη (μέση τιμή CV 25%) και μη-φωσφορυλιωμένη (μέση CV 18%) πρωτεΐνες (p = 0.072). Πίνακας S2 συνοψίζει την παραλλαγή μεταξύ διαφορετικών ασθενών για όλες τις πρωτεΐνες. Το Σχήμα 2 απεικονίζει την μεταβολή μεταξύ των ασθενών για τις παραδειγματικές πρωτεΐνες VEGF, VEGFR, EGFR και p1068EGFR.

παραλλαγή της έκφρασης πρωτεΐνης Inter-ασθενής αξιολογήθηκε επίσης για την κανονική ορώδης επιθήλιο του σαλπίγγων από υγιή άτομα και για μορφολογικά φυσιολογικό ετερόπλευρο σωλήνες των ασθενών με καρκίνο. Η μεταβλητότητα των σαλπίγγων επιθηλίου από υγιή άτομα μεταξύ των ασθενών (μέση CV 27%, εύρος 14-47%) ήταν παρόμοια με διακύμανση μεταξύ των ασθενών του αντίπλευρου σωλήνων από ασθενείς με καρκίνο (μέση CV 31%, εύρος 3-78%). Συνολικά, η διακύμανση της κανονικής ορώδες επιθηλίου μεταξύ διαφορετικών ατόμων ήταν σε παρόμοιο εύρος σε σύγκριση με διακύμανση μεταξύ όγκους από διαφορετικούς ασθενείς (21%). Μεταβλητότητα δεν ήταν διαφορετική μεταξύ φωσφορυλιωμένων και μη φωσφορυλιωμένων πρωτεϊνών σε κάθε τύπο ιστού αναφοράς. Τα αποτελέσματα συνοψίζονται στον Πίνακα 1.

απόκλισης μεταξύ των δείγματα όγκων οποία αξιολογείται από Ιεραρχική Ομαδοποίηση

Για την εκτίμηση απόκλισης μεταξύ των δειγμάτων όγκου πραγματοποιήσαμε μη-εποπτευόμενη ιεραρχική ομαδοποίηση όλων των 88 ξεχωριστά λαμβάνονται δείγματα όγκων από 13 ασθενείς με βάση την έκφραση όλων των 36 πρωτεϊνών που αναλύθηκαν (Σχήμα 3). Δείγματα από τον ίδιο ασθενή σε σύμπλεγμα στενότερα σε σύγκριση με τα δείγματα από διαφορετικούς ασθενείς. Παρ ‘όλα αυτά, τα δείγματα από τους τέσσερις ασθενείς (ασθενείς 3, 4, 6, 11) ήταν διάσπαρτα σε όλες τις ομάδες, και για τους υπόλοιπους ασθενείς δύο ή περισσότερα δείγματα ανά ασθενή δεν σύμπλεγμα με τα υπόλοιπα. Δεν υπήρχε ασθενή για τον οποίο όλα τα δείγματα συγκεντρωμένα (Σχήμα 3).

Διαφορετικοί ασθενείς έχουν χρωματική κωδικοποίηση, όπως αναφέρεται στο μύθο σχήμα. Υψηλή σχετική έκφραση των πρωτεϊνών εμφανίζεται με κόκκινο χρώμα και χαμηλή έκφραση σε πράσινο χρώμα. Γκρι χώροι δείχνουν λείπουν σημείων δεδομένων.

Η

Συνάφεια Ετερογένειας για Διάκριση μεταξύ όγκου έναντι Κανονική ιστών

Ομαδοποίηση των όγκων έναντι των φυσιολογικών ιστών.

Είμαστε αξιολόγησε την επίδραση της ετερογένεια στην μοριακή ταξινόμηση των διακριτών δειγμάτων ιστού, όπως τα καρκινικά ή φυσιολογικά με βάση την ιεραρχική ομαδοποίηση. Δεν υπήρχε σαφής διαχωρισμός των δειγμάτων του όγκου έναντι των φυσιολογικών ορώδες επιθήλιο κατά τη χρήση όλων των μεμονωμένων δειγμάτων όγκων ανά περίπτωση (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Σε αντίθεση, η ανάλυση των μέσων τιμών έκφρασης για κάθε όγκου κατέληξε σε πολύ καλό διαχωρισμό των φυσιολογικών και καρκινικών ιστών (Σχήμα S1).

έκφραση πρωτεΐνης διαφορικού στον όγκο έναντι των φυσιολογικών ιστών.

επόμενο αξιολογείται διαφορές στην έκφραση της πρωτεΐνης μεταξύ του καρκίνου των ωοθηκών και της κανονικής ορώδες επιθήλιο είτε λαμβάνοντας επιλεγεί τυχαία μόνο δείγματα ανά περίπτωση ή μέσες τιμές έκφραση της πρωτεΐνης. Η ανάλυση επαναλήφθηκε τρεις φορές με τρία διαφορετικά τυχαία επιλεγμένων μεμονωμένων δειγμάτων ανά περίπτωση και τα αποτελέσματα συγκρίθηκαν με εκείνα που λαμβάνονται με τη χρήση των μέσων τιμών έκφραση ανά περίπτωση ως πρότυπο αναφοράς.

Δεκαέξι πρωτεΐνες ταυτοποιήθηκε ως διαφορικά εκφραζόμενα χρησιμοποιώντας μέσες τιμές έκφραση του όλα τα δείγματα ανά όγκο (ΑΚΤ, ρΑΚΤ, Αγγειοποιητίνης 2, Β-Raf, p1068EGFR, p1