Οι

Abstract

διαδοχικές επαναλήψεις βρίσκονται σε τόσο κωδικοποίησης και μη-κωδικοποίησης αλληλουχίες των ανώτερων οργανισμών. Αυτές οι αλληλουχίες μπορούν να χρησιμοποιηθούν σε γενετική και τη διάγνωση του καρκίνου για να διαλευκάνουν τη γενετική βάση του σχηματισμού και εξέλιξης του όγκου. Σε αυτή τη μελέτη, μια πιθανή σχέση μεταξύ διανομών SSR και του καρκίνου του πνεύμονα μελετήθηκε με συγκριτική ανάλυση των EST-SSRs σε φυσιολογικά και καρκινικούς ιστούς πνεύμονα. Ενώ η διανομή EST-ΜΤΑ ήταν παρόμοια μεταξύ ογκογόνους ιστούς, αυτή η κατανομή ήταν διαφορετική μεταξύ φυσιολογικούς και ογκογόνους ιστούς. Τρινουκλεοτίδια διαδοχικές επαναλήψεις ήταν πολύ διαφορετικά? ο αριθμός των τρινουκλεοτιδίων σε ESTs καρκίνου του πνεύμονα ήταν 3 φορές υψηλότερη από το φυσιολογικό ιστό. Σημαντική αρνητική συσχέτιση μεταξύ φυσιολογικού και καρκινικού ιστού έδειξε ότι καρκινικό ιστό παράγει διαφορετικούς τύπους τρινουκλεοτιδίων. GGC CGC και ήταν οι πιο συχνές εκφράζονται τρινουκλεοτιδίων σε καρκινικό ιστό, αλλά αυτές οι SSRs δεν εκφράζεται σε φυσιολογικό ιστό. Παρόμοια με το επίπεδο EST, το πρότυπο έκφρασης του EST-SSRs προερχόμενο αμινοξέα ήταν σημαντικά διαφορετική μεταξύ των φυσιολογικών και καρκινικών ιστών. Arg, Pro, Ser, Gly, και Lys ήταν τα πιο άφθονα αμινοξέα σε καρκινικούς ιστούς, και Leu, Cys, Phe, και ήταν σημαντικά πιο His άφθονη σε φυσιολογικούς ιστούς σε σχέση με καρκινικούς ιστούς. Στη συνέχεια, οι υποθετικές λειτουργίες τριπλέτας SSR που περιέχουν γονίδια αναλύθηκαν. Σε καρκινικό ιστό, EST-SSRs παράγουν διαφορετικούς τύπους πρωτεϊνών. πρωτεΐνες δέσμευσης Chromodomain ελικάση DNA ήταν ένα από τα κύρια προϊόντα πρωτεΐνης EST-SSRs στον καρκινικό βιβλιοθήκη, ενώ αυτές οι πρωτεΐνες δεν παρήχθησαν από EST-SSRs σε φυσιολογικό ιστό. Για πρώτη φορά, τα ευρήματα αυτής της μελέτης επιβεβαίωσαν ότι EST-SSRs σε φυσιολογικούς ιστούς των πνευμόνων είναι διαφορετικά από ό, τι σε ανθυγιεινές ιστούς, και ετικέτα ESTs με SSRs προκαλούν αξιοσημείωτες διαφορές στα πρότυπα αμινοξέων και την πρωτεϊνική έκφραση σε καρκινικό ιστό. Προτείνουμε EST-SSRs και EST-SSRs εκφράζονται διαφορικά σε καρκινικό ιστό μπορεί να είναι κατάλληλος υποψήφιος δείκτες για τη διάγνωση του καρκίνου του πνεύμονα και πρόβλεψη

Παράθεση:. Bakhtiarizadeh MR, Ebrahimi Μ, Ebrahimie Ε (2011) Ανακάλυψη Est- SSRs στον καρκίνο του πνεύμονα: Tagged ESTs με SSRs Μόλυβδος στις Διαφορικές αμινοξέων και Έκφραση πρωτεΐνης Μοτίβα σε καρκινικούς ιστούς. PLoS ONE 6 (11): e27118. doi: 10.1371 /journal.pone.0027118

Επιμέλεια: Deodutta Roy, Διεθνές Πανεπιστήμιο της Φλόριντα, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 8 Ιουλ του 2011? Αποδεκτές: 11 Οκτ 2011? Δημοσιεύθηκε: 4 του Νοέμβρη του 2011

Copyright: © 2011 Bakhtiarizadeh et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η μελέτη έχει υποστηριχθεί από το Πανεπιστήμιο Shiraz χορήγηση Esmaeil Ebrahimie και Βιοπληροφορικής Ερευνητική Ομάδα του Πανεπιστημίου Qom. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν ανταγωνιστικά συμφέροντα υπάρχουν

Εισαγωγή

ταχεία δημιουργία της γονιδιωματικής και τα δεδομένα της λειτουργικής γονιδιωματικής έδωσε νέα, γρήγορη και ανέξοδη εργαλεία λειτουργικής ανατομίας των ζωτικών φαινομένων όπως η αναγνώριση και η πρόβλεψη του καρκίνου. Οι εκφρασμένων ετικετών αλληλουχίας (ESTs) αλληλουχία από τμήματα των κωδικοποιητικών περιοχών του γονιδιώματος κάτω από ορισμένες συνθήκες βιολογικής [1]. ESTs μπορεί να αναπτυχθεί από βιβλιοθήκες cDNA για τη λήψη πληροφοριών έκφραση σε αντίθεση περιβαλλοντικές συνθήκες ή σε ολόκληρη αναπτυξιακά στάδια να παρέχει μια φθηνή πηγή ιχνηθετών DNA γονιδίου που βασίζεται [2]. Οι συλλογές του ESTs έχουν δημιουργηθεί σε διαφορετικούς ανθρώπινους ιστούς, η οποία παρέχει μια μοναδική ευκαιρία για την αναζήτηση SSR μοτίβα και την ανάπτυξη των αντίστοιχων δεικτών μικροδορυφορικού [3]. Τα τελευταία χρόνια, η αύξηση του αριθμού των κατατεθειμένων ESTs σε τράπεζες δεδομένων έχει επιταχυνθεί η έρευνα στον τομέα αυτό. Ένα τεράστιο ποσό των κατατεθεί αλληλουχιών EST στο Πανεπιστήμιο του Χάρβαρντ (το έργο δείκτης Gene, https://compbio.dfci.harvard.edu/tgi/tgipage.html) και NCBI) https://www.ncbi.nlm.nih.gov /blast) παρέχει τη δυνατότητα ακριβούς εξέτασης των διαφορετικών βιολογικών γεγονότων με ανάλυση EST-ΜΤΑ όχι μόνο σε επίπεδο DNA, αλλά και σε αμινοξύ και λειτουργικό επίπεδο της πρωτεΐνης.

το μήκος του μικροδορυφόρων ή SSRs ποικίλλει από ένα έως έξι (ή περισσότερα) μονάδες διαδοχικού επαναλαμβανόμενες αλληλουχίες. Αυτές οι αλληλουχίες είναι παντού κατανεμημένο σε προκαρυωτικά και ευκαρυωτικά γονιδιώματα και μπορεί να βρεθεί τόσο στην κωδικοποίηση και μη-κωδικοποιητικές αλληλουχίες των ανώτερων οργανισμών [4], [5], [6], [7]. Σε σύγκριση με άλλους μοριακούς δείκτες, SSRs είναι μοναδικά χαρακτηρίζονται από απλότητα, την αφθονία, πανταχού παρουσία, την τροποποίηση, συν-κυριαρχία τους, και πολυ-αλληλόμορφα φύσης μεταξύ των γονιδιωμάτων [8]. Λόγω του δυναμικού των άφθονων πολυμορφισμών, SSRs έχουν γίνει μια πολύτιμη πηγή γενετικών δεικτών και έχουν γίνει ευρέως εφαρμοστεί σε διάφορους τομείς της γενετικής έρευνας, συμπεριλαμβανομένης της μεταβολής του γονιδιώματος, τη δημιουργία γενετικών χαρτών, ενσωμάτωση των φυσικών και γενετικών χαρτών, τον προσδιορισμό των εξελικτικών σχέσεων, και αναλύει τη συγκριτική γονιδιώματος [8], [9], [10]

EST-SSRs, τα οποία είναι ένας συνδυασμός των EST και SSRs, προσφέρουν αρκετά πλεονεκτήματα έναντι των άλλων γονιδιωματικό δείκτες με βάση το DNA.? Αυτά τα πλεονεκτήματα περιλαμβάνουν τη δυνατότητα να ανιχνεύει την μεταβολή στην εκφρασμένη τμήμα του γονιδιώματος και έχουν ένα υψηλότερο επίπεδο μεταφοράς προς συγγενικών ειδών από ό, τι γενωμική SSR δείκτες [11], [12]. Υπάρχουν κάποιες ενδείξεις χαμηλότερης διακύμανσης EST-SSR σε σύγκριση με τα εσώνια ή διαγονιδιακές περιοχές, αλλά ακόμη και οι χαμηλότερες εκτιμήσεις δείχνουν ότι τουλάχιστον το 25% των EST-SSRs είναι πολυμορφικές [12]. Όσον αφορά την ύπαρξη EST-SSRs σε μεταγραφεί περιοχές του γονιδιώματος, αυτές οι αλληλουχίες μπορεί να οδηγήσει στην ανάπτυξη των χαρτών γονίδιο που βασίζονται για την ταυτοποίηση λειτουργικών υποψήφιων γονιδίων και την αύξηση της αποτελεσματικότητας της επιλογής δεικτών.

Σε αντίθεση με πρωταρχική παραδοχή η οποία υποδηλώνει SSRs δεν είναι λειτουργικά στοιχεία, νέες μελέτες έχουν δείξει ότι η γονιδιωματική κατανομή των SSRs είναι μη τυχαίο, προφανώς λόγω των επιπτώσεών τους στην οργάνωση της χρωματίνης, τη ρύθμιση της δραστηριότητας των γονιδίων, ανασυνδυασμός, αντιγραφή του DNA, του κυτταρικού κύκλου, και επισκευή ασυμφωνία) [ ,,,0],13]. Υποσύνολα SSRs, δηλαδή, τρινουκλεοτίδιο επαναλήψεις, παρουσιάζουν μεγάλο ενδιαφέρον εξαιτίας του ρόλου τους σε πολλές ανθρώπινες νευροεκφυλιστικές διαταραχές και καρκίνους [14], [15]. Στην πραγματικότητα, η επέκταση των επαναλήψεων τριπλέτα είναι υπεύθυνη για τις προαναφερθείσες γενετικές ασθένειες στις οποίες ο ρυθμός μετάλλαξης και, κατά συνέπεια, η επαγωγή της νόσου εξαρτάται από τον αριθμό των μονάδων tandem εντός της επανάληψης [14], [15]. Για παράδειγμα, ο ρόλος του (CAG)

n επανάληψη επεκτάσεις σε σπονδυλοβολβοειδής μυϊκή ατροφία και (CTG)

n επανάληψη επεκτάσεις σε μυοτονική δυστροφία είναι καλά τεκμηριωμένα [16]. Αρχικά, επεκτάσεις περιορίζονταν σε τρινουκλεοτιδίου επαναλήψεις, αλλά τώρα είναι σαφές ότι τετραμερή, πενταμερή και ακόμη και δωδεκαμερή επαναλήψεις μπορούν επίσης να επεκτείνουν και να οδηγήσει σε ανθρώπινη ασθένεια [17]. Αστάθεια μικροδορυφόρου αντικατοπτρίζει σφάλματα αντιγραφής προκαλούνται από ελαττωματική λειτουργία αναντιστοιχίας γονιδίων επιδιόρθωσης, με αποτέλεσμα την εμφάνιση νέων, μη κληρονόμησε αλληλόμορφα σε κύτταρα όγκου. Ως αποτέλεσμα, συν-εκφράζεται με SSRs ESTs μπορεί να συσχετιστεί με κλινικοπαθολογικά χαρακτηριστικά του καρκίνου, τον σχηματισμό του, και την ανάπτυξη του όγκου. SSRs έχουν χρησιμοποιηθεί στη γενετική του καρκίνου και έμμεση διάγνωση του καρκίνου για να βοηθήσει ξετυλίξουν της γενετικής βάσης σχηματισμού όγκου και της εξέλιξης του καρκίνου. Αστάθεια μικροδορυφόρου έχει αναφερθεί σε καρκίνο του παχέος εντέρου [18], του καρκίνου του μαστού [3], [19], τον καρκίνο των ωοθηκών και άλλους καρκίνους [20], [21], [22], [23], [24], [25 ], [26]. Ωστόσο, μέχρι σήμερα, δεν έχει υπάρξει καμία έκθεση σχετικά με την εφαρμογή των EST-SSRs στον καρκίνο του πνεύμονα.

Ο καρκίνος του πνεύμονα είναι η κύρια αιτία των θανάτων από καρκίνο που σχετίζονται με τις δύο γυναίκες [27] και ανδρών [28] σε ολόκληρη την ο κόσμος; έχει ξεπεράσει τον καρκίνο του μαστού ως κύρια αιτία των θανάτων από καρκίνο στις γυναίκες [27]. Για πρώτη φορά, αναφέρουμε διαφορική συμπεριφορά του EST-SSRs μεταξύ φυσιολογικών και καρκινικών ιστών του πνεύμονα σε DNA, αμινοξύ, και τα επίπεδα σχολιασμένη-πρωτεΐνης. Κατά την πρώτη, τη συχνότητα διανομής και τον τύπο του EST-SSRs συγκρίθηκαν σε φυσιολογικούς και καρκινικούς ιστούς των πνευμόνων. Στη συνέχεια, EST που προέρχεται συχνότητες αμινοξέων συγκρίθηκαν μεταξύ φυσιολογικών και καρκινικών ιστών. Τέλος, οι υποθετικές λειτουργίες του SSR που περιέχουν γονίδια αναλύθηκαν σε φυσιολογικούς και καρκινικούς ιστούς. Το αποτέλεσμα αυτής της μελέτης μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την ανάπτυξη εργαλείο ανίχνευση ESS-SSR-based για καρκίνο του πνεύμονα σε μελλοντικές μελέτες και ανοίγει ένα νέο δρόμο στη διερεύνηση διαφορική έκφραση του EST-SSRs ως μία από τις πιθανές αιτίες του καρκίνου του πνεύμονα.

Μέθοδοι

Ανάκτηση των EST βιβλιοθηκών

EST βιβλιοθήκες του πνεύμονα (1 από την κανονική και 2 από καρκινικούς ιστούς) είχαν κατεβάσει από τη συλλογή EST (το Έργο Gene Index) του Πανεπιστημίου του Χάρβαρντ (http : //compbio.dfci.harvard.edu/tgi/tgipage.html). Η βιβλιοθήκη EST από φυσιολογικό πνευμονικό ιστό (Cat Νο LB36) περιέχει 11652 ESTs. Δύο EST βιβλιοθηκών από κακοήθεις όγκους του πνεύμονα χρησιμοποιήθηκαν:. Ένα αδιαφοροποίητο καρκίνωμα βιβλιοθήκη μεγάλων κυττάρων που περιέχουν 6556 ESTs (Cat Νο # 5F8) και μια κακώς διαφοροποιημένο καρκίνωμα πλακωδών κυττάρων που περιέχουν 6662 ESTs (Cat Νο LF43)

μεγάλες καρκινώματα κυττάρων είναι μια ομάδα των καρκίνων με μεγάλες, μη φυσιολογική εμφάνιση κυττάρων. Οι όγκοι αυτοί συνήθως ξεκινούν κατά μήκος των εξωτερικών άκρων των πνευμόνων. Πλακώδες καρκίνωμα, που ονομάζεται επίσης επιδερμοειδές καρκίνωμα, είναι ο πιο κοινός τύπος καρκίνου του πνεύμονα στους άνδρες. Συχνά ξεκινά στους βρόγχους, και συνήθως δεν εξαπλωθεί τόσο γρήγορα όσο άλλοι τύποι καρκίνου του πνεύμονα (https://www.umm.edu/respiratory/lungcan.htm).

Σύγκριση EST-SSRs μεταξύ τις κανονικές και καρκινικών βιβλιοθηκών

EST-SSRs εντοπίστηκαν από το λογισμικό SSR Locator όπως περιγράφηκε προηγουμένως [29]. SSR Locator είναι ένα εργαλείο για την ανίχνευση και χαρακτηρισμό μικρο-και μίνι-δορυφόρους σε ακολουθίες DNA. Πέρα από την εύρεση των επαναλαμβανόμενων αλληλουχιών, το πρόγραμμα μπορεί επίσης να σχεδιάσει εναύσματα, προσομοίωση PCR αντιδράσεις, και να κάνει την παγκόσμια ευθυγραμμίσεις μεταξύ ομολόγων περιοχών που λαμβάνεται από την προσομοίωση της PCR.

Για την αξιολόγηση της πρότυπο κατανομής EST-SSR μεταξύ των φυσιολογικών και καρκινικών ιστών, οι αλληλουχίες EST δύο καρκινικές βιβλιοθήκες πρώτα συνενώθηκαν. Στη συνέχεια, οι αλληλουχίες EST του φυσιολογικού και καρκινικού βιβλιοθήκες σαρώθηκαν για ΜΤΑ μοτίβα που κυμαίνονται σε μήκος από 2 έως 6 νουκλεοτίδια με αριθμούς δινουκλεοτίδιο επανάληψη ≥7, αριθμούς τρινουκλεοτίδιο επανάληψη ≥6, αριθμούς τετρανουκλεοτιδική επανάληψη ≥5, αριθμούς πεντανουκλεοτίδιο επανάληψη ≥5, και εξανουκλεοτίδιο επαναλάβετε αριθμούς ≥5.

Σύγκριση EST-SSRs μεταξύ καρκινικών βιβλιοθηκών

Δύο EST βιβλιοθήκες από καρκινικούς ιστούς (Cat Νο # 5F8 και Cat Νο LF43) χρησιμοποιήθηκαν για να ελέγξετε αν το EST -SSR διανομή είναι παρόμοια μεταξύ καρκινικούς ιστούς. Οι αλληλουχίες EST από τα καρκινικά βιβλιοθήκες αναζητήθηκαν με ΜΤΑ Locator για SSRs μοτίβα που κυμαίνονται από 2 έως 6 νουκλεοτίδια σε μήκος. Οι παράμετροι αριθμός επανάληψης είχαν ως εξής: ≥7 για δινουκλεοτίδια, ≥6 για τρινουκλεοτίδια, ≥5 για τετρανουκλεοτίδια, ≥5 για πεντανουκλεοτίδια, και ≥5 για εξανουκλεοτίδια

Αστάρι σχεδιασμό για EST-SSRs

Για κάθε μικροδορυφορικού περιέχουν EST, εκκινητές σχεδιάστηκαν χρησιμοποιώντας Primer3 (https://frodo.wi.mit.edu/primer3/) εκτελώντας το λογισμικό σε έναν τρόπο παρτίδα με τη βοήθεια της μονάδας διασύνδεσης εντοπιστή SSR. Η λειτουργία εκκινητής σχέδιο χρησιμοποιήθηκε για να προσδιοριστεί εάν οι αλληλουχίες είχαν επαρκή πλευρικές ακολουθίες για σχεδιασμό εκκινητών. Οι κύριες παράμετροι για το σχεδιασμό εκκινητή ήταν ως ακολούθως: PCR μέγεθος του προϊόντος 100-300 bp, μήκος εκκινητή 18-25 bp με 20 bp ως το βέλτιστο, βέλτιστη θερμοκρασία ανόπτησης 58-63 ° C με 60 ° C ως το βέλτιστο, και ένα ελάχιστο GC περιεκτικότητα 30%, με το 50% να είναι η βέλτιστη.

κατανομές αμινοξέων ESTs με επαναλήψεις τρινουκλεοτιδίου

ο τύπος των αμινοξέων και κατανομές τους σε φυσιολογικούς και καρκινικούς ιστούς είχαν προβλεφθεί για ESTs με επαναλήψεις τρινουκλεοτιδίου χρησιμοποιώντας το λογισμικό SSR Locator. Μεταφράζοντας τα EST-SSRs στο αντίστοιχο αμινοξέα τους παρέχει κάποιες ενδείξεις σχετικά με τις διαφορές και τις ομοιότητες μεταξύ των φυσιολογικών και καρκινικών ιστών στο επίπεδο της πρωτεΐνης.

Η στατιστική ανάλυση

Για να κατανοήσουμε τις ομοιότητες και τις διαφορές μεταξύ των καρκινικών και των φυσιολογικών ιστών του πνεύμονα σε γενιά EST-SSRs, το paired t-test χρησιμοποιήθηκε για να συγκρίνει τον αριθμό των εκφράζονται SSRs σε κάθε κατηγορία EST-SSRs (δινουκλεοτίδια, τρινουκλεοτίδια, τετρανουκλεοτίδια, πεντανουκλεοτίδια, και εξανουκλεοτίδια) μεταξύ των φυσιολογικών και καρκινικών βιβλιοθηκών . Διαφορετικές αλληλουχίες των διαδοχικές επαναλήψεις σε κάθε τάξη χρησιμοποιήθηκαν ως συστάδες αντιστοίχιση.

Επιπλέον, για να αξιολογηθεί η συν-γραμμικότητα των καρκινικών και φυσιολογικών ιστών σε γεννούν διαφορετικές EST-SSRs, Pearson συσχετίσεις υπολογίστηκαν χρησιμοποιώντας λογισμικό MINITAB14 (www .minitab.com).

Μετά την πρόβλεψη της σύνθεση αμινοξέων ESTs που περιέχουν διαδοχικές επαναλήψεις τρινουκλεοτιδίου, ο αριθμός των loci αμινοξέος και τον αριθμό των επαναλήψεων αμινοξέων συγκρίθηκαν μεταξύ των πνευμόνων καρκινικούς και φυσιολογικούς ιστούς από paired t-test . Διαφορετικοί τύποι αμινοξέων υποτεθεί ως συστάδες αντιστοίχιση.

Επιπλέον, οι εκφρασμένες SSRs σε κάθε κατηγορία EST-SSRs συγκρίθηκαν με το paired t-test μεταξύ καρκινικές βιβλιοθηκών για να εξετάσει την κατανομή τους σε καρκινικούς ιστούς.

Σχολιασμός της SSR που περιέχουν ακολουθίες

για να ρίξει φως στις υποθετικές λειτουργίες του SSR που περιέχουν γονίδια σε καρκινικούς και φυσιολογικούς ιστούς, Fasta αρχεία όλων των ταυτοποιημένων EST-SSRs σε καρκινικούς και φυσιολογικούς ιστούς των πνευμόνων ήταν υποβληθεί σε Blast2GO λογισμικού (https://www.blast2go.org/) και έτρεξαν κατά της μη απολύονται (nR) της βάσης δεδομένων πρωτεϊνών του NCBI) https://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast)? τα λαμβανόμενα χτυπήματα συντάχθηκαν [30]. EST-SSRs με ένα καλύτερο e-αξίας 10

-6 ή χαμηλότερη είχαν ανατεθεί μια υποτιθέμενη ταυτότητα.

Αποτελέσματα

Συχνότητα και κατανομή των EST-SSRs σε κανονικές και καρκινικούς ιστούς

Συνολικά, 24870 ESTs αναλύθηκαν από SSR εντοπισμού? 13218 ESTs ανήκαν σε πνευμονικό καρκινικό ιστό, και 11,652 ESTs ανήκαν σε φυσιολογικό ιστό (Πίνακας 1). Αναλύοντας έναν μεγάλο αριθμό ESTs στις δύο καρκινικούς και φυσιολογικούς ιστούς έδωσε την ευκαιρία να παρακολουθεί με ακρίβεια την συμπεριφορά των εκφρασμένων SSRs στον καρκίνο του πνεύμονα. Οι μέσες μήκη των ακολουθιών EST σε καρκινικούς και φυσιολογικούς ιστούς ήταν 478 και 288 bp, αντίστοιχα. Αυτή η διαφορά μήκους δείχνει σαφώς ότι όταν ένα πνευμονικό ιστό αρχίζει να παράγει έναν όγκο, μια μετατόπιση σε εναλλακτικό μάτισμα συμβαίνει σε ολόκληρο το γονιδίωμα, παράγοντας έτσι πλέον ESTs και πρωτεΐνες. Περαιτέρω μελέτες σχετικά με εναλλακτικό μάτισμα χρησιμοποιώντας τις προαναφερόμενες βιβλιοθήκες EST μπορεί να ξετυλίξουν τη διαμόρφωση μάτισμα σε όλο το γονιδίωμα στον καρκίνο του πνεύμονα. Όπως παρουσιάζεται στον Πίνακα 1, στον καρκινικό ιστό, 238 SSRs βρέθηκαν σε 227 ESTs αλληλουχίες. Σε αντίθεση, 208 SSR εντοπίστηκαν σε 184 ESTs βρέθηκαν σε φυσιολογικό ιστό (Πίνακας 1).

Η

φυσιολογικό ιστό, τα ποσοστά των δινουκλεοτιδίων, τρινουκλεοτιδίων, τετρανουκλεοτίδια, πεντανουκλεοτίδια, και εξανουκλεοτίδια ήταν 58,65%, 11,05%, 22,59%, 7,21% και 0,48%, αντίστοιχα (Σχήμα 1). Σε αντίθεση, σε καρκινικούς ιστούς, 56,72%, 30,25%, 7,98%, 2,10% και 2,94% των συνολικών SSRs αποδόθηκαν σε δινουκλεοτίδια, τρινουκλεοτίδια, τετρανουκλεοτίδια, πεντανουκλεοτίδια, και εξανουκλεοτίδια, αντίστοιχα (Εικόνα 1).

Τα ποσοστά των δινουκλεοτιδίων, τρινουκλεοτιδίων, τετρανουκλεοτίδια, πεντανουκλεοτίδια, και εξανουκλεοτίδια συγκρίθηκαν μεταξύ καρκινικών και φυσιολογικών ιστών. Τρινουκλεοτιδίου SSR επαναλήψεις είναι άφθονα στα ESTs του πνεύμονα καρκινικού ιστού.

Η

Με βάση το Σχήμα 1, η μεγαλύτερη διαφορά μεταξύ των φυσιολογικών και καρκινικών ιστών ανήκει τρινουκλεοτιδίων. Με άλλα λόγια, τα τρινουκλεοτίδια είναι πιο άφθονα στο καρκινικό βιβλιοθήκη από την κανονική βιβλιοθήκη (30,25% έναντι 11,05%, αντίστοιχα). Αυτό το εύρημα επιβεβαιώνει τα προηγούμενα αποτελέσματα για νευροεκφυλιστικές διαταραχές και άλλων καρκίνων στις οποίες επαναλήψεις τριπλέτας επεκτάθηκε σε ιστό όγκου [14], [15]. Σύμφωνα με Bacolla et al. (2008), υπάρχει μια θετική συσχέτιση μεταξύ του ποσοστού των ελαττωματικών μεταλλάξεων και επαγωγή της ασθένειας με την επέκταση των επαναλήψεων τριπλέτα. Ένα άλλο ερώτημα παραμένει: είναι οποιαδήποτε διαφορά μεταξύ των τύπων που εκφράζονται SSRs σε κάθε κατηγορία από επαναλαμβανόμενες μονάδες υπάρχει

Συγκριτική ανάλυση των τύπων EST-SSR μεταξύ φυσιολογικών και καρκινικών ιστών του πνεύμονα

Για να ρίξει φως επί των εκφρασμένων διαμορφώσεις αλληλουχία SSR σε κάθε κατηγορία επαναλαμβανόμενες μονάδες κατά την διάρκεια του καρκίνου του πνεύμονα, οι συχνότητες των αλληλουχιών σε κάθε κατηγορία επαναλαμβανόμενη μονάδα (δινουκλεοτίδια, τρινουκλεοτίδια, τετρανουκλεοτίδια, πεντανουκλεοτίδια, ή εξανουκλεοτίδια) συγκρίθηκαν μεταξύ φυσιολογικών και καρκινικών ιστών (σχήματα 2, 3, 4, Υποστήριξη Πληροφορίες S1).

AT /TA ήταν πιο συχνή σε καρκινικούς ιστούς απ’ότι στους φυσιολογικούς ιστούς. Επιπλέον, GC /GC ανιχνεύθηκε μόνο σε καρκινικό ιστό.

Η

Μια αλλαγή στην τρινουκλεοτιδίου EST-SSRs συμβαίνει όταν ο ιστός γίνεται ογκογόνο, με μειώσεις που παρατηρήθηκαν στη θέση ACC, CAC και TTG τριπλέτα διαδοχικές επαναλήψεις και αυξήσεις στα GGC, CGC, και AGA αντ ‘αυτού.

η

τετρανουκλεοτίδια, όπως AAAC, ATCA, TTGT, Γκαάγκ και ΤΑΑΑ, εκφράστηκαν διαφορικά μεταξύ των φυσιολογικών και καρκινικών ιστών.

η

Σχήμα 5 αναδεικνύει το υψηλό ποσοστό των Arg, Pro, και Ser αμινοξέα σε καρκινικό ιστό των πνευμόνων.

η

Οι τύποι δινουκλεοτιδίου αλληλουχιών σε καρκινικό και φυσιολογικό ιστό που παρουσιάζονται στο Σχήμα 2. Πέντε δινουκλεοτίδια , AC /GT, AG /CT, AT /τΑ, CA /TG, και GA /TC, εντοπίστηκαν και στις δύο βιβλιοθήκες, ενώ GC /GC ήταν αποκλειστικά ανιχνεύθηκε σε καρκινικούς ιστούς (Εικόνες 2, Υποστήριξη Πληροφορίες S1). Είναι ενδιαφέρον ότι, η κατανομή του δινουκλεοτιδίου αλληλουχιών δεν ήταν παρόμοια μεταξύ των ιστών. Περισσότερο από το 40% των δινουκλεοτιδίων στους καρκινικούς ιστούς των πνευμόνων ήταν AT /TA-τύπου. Αντίθετα, αυτή η αναλογία μειώθηκε στο 14,75% σε φυσιολογικό ιστό (Σχήματα 2, στηρίζοντας Πληροφορίες S1). Έτσι, προτείνουμε ότι η AT /TA και συχνότητες GC /GC μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την ανίχνευση του καρκίνου του πνεύμονα.

Για τρινουκλεοτίδια, 28 είδη των επαναλήψεων τριπλέτας βρέθηκαν σε καρκινικό ιστό, ενώ μόνο το 19 ακολουθία-τύπους ανιχνεύθηκαν σε φυσιολογικό ιστό (Υποστήριξη Πληροφορίες S1). Μία διαφορική κατανομή των τρινουκλεοτιδίων σε φυσιολογικά και καρκινικά βιβλιοθήκες ήταν ιδιαίτερα αισθητή. Ενώ στο φυσιολογικό ιστό, επαναλήψεις τριάδα διανεμήθηκαν με σχεδόν ίση συχνότητα, η κατανομή των επαναλήψεων τριπλέτας ήταν εντελώς μη ομοιόμορφη σε καρκινικό ιστό. GGC CGC και ήταν οι πιο συχνές εκφράζονται επαναλήψεις τρινουκλεοτιδίου σε καρκινικό ιστό (9,72% και 6,94%, αντίστοιχα), ενώ οι εν λόγω SSRs δεν εκφράστηκαν στο φυσιολογικό ιστό. Σε αντίθεση, ACC, CAC, και TTG, τα οποία ήταν οι κυρίαρχοι τριάδα διαδοχικές επαναλήψεις σε φυσιολογικό ιστό, αντιπροσώπευαν το 26% όλων των εκφράζονται τρινουκλεοτιδίων σε φυσιολογικό ιστό, εξαφανίζονται γρήγορα όταν ο πνευμονικός ιστός γίνεται ογκογόνα (Σχήμα 3). Έτσι, η παρακολούθηση της πρότυπο έκφρασης των επαναλήψεων τριπλέτας μπορεί να θεωρηθεί ως κατάλληλος τρόπος για την πρόβλεψη και την ανίχνευση του καρκίνου του πνεύμονα.

Σχήμα 4 παρουσιάζει τα τετρανουκλεοτιδική EST-SSR διαφορές μεταξύ φυσιολογικών και καρκινικών ιστών. AAAC ήταν ιδιαίτερα διαδεδομένη στην κανονική βιβλιοθήκη, ενώ ATCA ήταν ιδιαίτερα διαδεδομένη σε καρκινικούς ιστούς. Ωστόσο, οι διαφορές στην έκφραση τετρανουκλεοτιδικές SSR μεταξύ του καρκίνου και φυσιολογικά δεν ήταν τόσο σαφής όσο τρινουκλεοτιδίου EST-SSRs.

πεντανουκλεοτίδια και εξανουκλεοτίδια EST-SSRs φαίνονται στον Υποστήριξη Πληροφορίες S1. Όλες οι πέντε πεντανουκλεοτίδια σε καρκινικούς ιστούς είχαν παρόμοιες συχνότητες, ενώ ATTCC έδειξε την υψηλότερη συχνότητα σε φυσιολογικούς ιστούς των πνευμόνων (Υποστήριξη Πληροφορίες S1). Τρεις εξανουκλεοτίδια βρέθηκαν στα ESTs του καρκίνου του πνεύμονα, συμπεριλαμβανομένων GCCCCA, CCTTGG και CAACAG, ενώ μόνο ένα εξανουκλεοτιδική (ATTTTT) ανιχνεύθηκε σε κανονικό ESTs (Υποστήριξη Πληροφορίες S1).

Ο αριθμός των EST-SSRs στην κάθε τάξη από επαναλαμβανόμενες μονάδες έχει συγκριθεί μεταξύ καρκινικά και φυσιολογικούς ιστούς και παρουσιάζεται στον πίνακα 2. πνεύμονα καρκινικό ιστό στατιστικώς έχει ένα μεγαλύτερο αριθμό επαναλήψεων τρινουκλεοτιδίου tandem (Ρ = 0,01). Αυτό το εύρημα επιβεβαιώνει την πιθανή ρόλος του τρινουκλεοτιδίου EST-SSRs σε επαγωγή καρκίνου, η οποία έχει αναφερθεί προηγουμένως σε άλλους καρκίνους [14], [15]. Όπως παρουσιάζεται στον Πίνακα 2, η μικρότερη δίδυμες επαναλήψεις (δινουκλεοτίδια και τρινουκλεοτίδια) ήταν πιο άφθονο σε καρκινικό ιστό σε σύγκριση με φυσιολογικό ιστό. Σε αντίθεση, οι συχνότητες των τετρανουκλεοτίδια και πεντανουκλεοτίδια (tandem μεγαλύτερο μέγεθος επαναλήψεις) είναι υψηλότερες σε φυσιολογικό ιστό.

Η

Συσχέτιση εκφράζονται SSRs μεταξύ πνεύμονα καρκινικούς και φυσιολογικούς ιστούς

Ο συσχετισμός που εκφράζεται SSR αλληλουχίες μεταξύ φυσιολογικών και καρκινικών ιστών σε κάθε κατηγορία διαδοχικές επαναλήψεις (δινουκλεοτίδια, τρινουκλεοτίδια, τετρανουκλεοτίδια, ή πεντανουκλεοτίδια) παρουσιάζεται στον πίνακα 3. είναι ενδιαφέρον ότι, μια αρνητική συσχέτιση μεταξύ εκφράσεων του τρινουκλεοτιδίου τύπων μεταξύ cancerous- και φυσιολογικό ιστό-βιβλιοθήκες (Πίνακας 3), ενώ οι συσχετίσεις των δινουκλεοτιδίων ή τετρανουκλεοτίδια μεταξύ φυσιολογικών και καρκινικών βιβλιοθηκών ήταν θετικά (Πίνακας 3). Στην πραγματικότητα, σύμφωνα με την μεταβολή του φυσιολογικού ιστού σε όγκο, το προφίλ έκφρασης του τρινουκλεοτιδίου EST-SSRs φαίνεται να αλλάζει. Εξέφρασε τρινουκλεοτιδίου διαδοχικές επαναλήψεις μπορεί να είναι ο καλύτερος υποψήφιος για την ανίχνευση και την πρόβλεψη καρκινικό ιστό πνεύμονα σε μελλοντικές μελέτες.

Η

Virtual PCR

Στη συγκεντρωτική καρκινικά βιβλιοθήκη, 156 EST-SSRs είχε κατάλληλα υποστηρικτικά περιφέρειες για το σχεδιασμό αστάρι. Ως εκ τούτου, 156 εκκινητές (69% των EST-SSRs) είχαν σχεδιαστεί για 227 EST-SSRs σε καρκινικούς ιστούς (Υποστήριξη Πληροφορίες S2). Όταν η εικονική PCR εκτελέστηκε με το λογισμικό SSR Locator, 81 από τους εκκινητές (52%) που παράγεται κατάλληλα τμήματα.

Με βάση την ορθή παράπλευρη περιοχή, 113 εκκινητές προσδιορίστηκαν για 184 EST-SSRs (61% του Est- SSRs) στην κανονική βιβλιοθήκη (Υποστηρικτικά Πληροφορίες S3), και 93 από αυτούς τους εκκινητές (82% των εκκινητών) που παράγεται κατά την διάρκεια θραύσματα SSR εικονικό PCR (Υποστηρικτικά Πληροφορίες S3). Οι αλληλουχίες εκκινητών που παρουσιάζονται σε Στήριξη Πληροφορίες S2 και S3 και είναι χρήσιμα στην περαιτέρω εργαστηριακές μελέτες σε πνεύμονα EST-SSRs.

Λειτουργική σχολιασμό των EST-SSRs

Για να εξερευνήσετε τις λειτουργίες των αλληλουχιών EST που περιέχουν SSRs τόσο φυσιολογικών και καρκινικών ιστών, BLASTX χρησιμοποιήθηκε για να ψάξετε EST-SSRs στην τράπεζα δεδομένων μη απολυμένους πρωτεΐνη (nR) της NCBI. Συνολικά 117 από 227 EST-SSRs σε καρκινικό ιστό των πνευμόνων και 55 από 187 (30%) αλληλουχιών σε φυσιολογικούς ιστούς των πνευμόνων είχε σημαντικές επιτυχίες (Υποστήριξη Πληροφορίες S4 και δικαιολογητικά στοιχεία S5).

Μια συγκριτική λειτουργική σχολιασμό των EST-SSRs μεταξύ φυσιολογικών και καρκινικών ιστών του πνεύμονα παρουσιάζεται για τη Στήριξη Πληροφορίες S6. Επιπλέον, σχολιασμένο πρωτεϊνών για trinucletotide EST-SSRs συγκρίθηκαν μεταξύ φυσιολογικών και καρκινικών ιστών του πνεύμονα σε Στήριξη Πληροφορίες S7.

Πολλά από τα σχολιασμένα EST-SSRs σε καρκινικό ιστό συνδέονταν με chromodomain πρωτεΐνες δέσμευσης ελικάση DNA, formin που δεσμεύουν τις πρωτεΐνες, και τα ομόλογα της πρωτεΐνης Chromobox, και τα γονίδια αυτά δεν εκφράζουν με SSRs στην κανονική βιβλιοθήκη (Υποστήριξη Πληροφορίες S6). πρωτεΐνες δέσμευσης Chromodomain ελικάση DNA παράγουν αποκλειστικά από trinucletotide EST-SSRs σε καρκινικούς ιστούς (Υποστήριξη Πληροφορίες S7). Με άλλα λόγια, SSRs σε καρκινικό ιστό προτιμούν να ενταχθούν και να στοχεύουν τις πρωτεΐνες πυρήνα που εμπλέκονται στην ετεροχρωματίνη σχηματισμό, μεταγραφική ενεργοποίηση, τη ρύθμιση της δέσμευσης, και τη συντήρηση των ετεροχρωματίνης ακεραιότητας.

Ειδικότερα, η παρέμβαση της SSRs με chromodomain DNA ελικάση δεσμευτικές πρωτεΐνες μπορεί να οδηγήσει στην παραγωγή ελαττωματικών γονιδίων στον καρκίνο του πνεύμονα. Αυτό το εύρημα είναι σε συμφωνία με τα αποτελέσματα των Li et al. (2004) σχετικά με τις επιπτώσεις της κατανομής της ΜΤΑ για την οργάνωση της χρωματίνης και ρύθμιση της γονιδιακής δραστηριότητας [13]

CCAAT /πρωτεΐνη ενισχυτή δεσμευτική α ήταν μια άλλη ενδιαφέρουσα στόχο που επηρεάστηκε από SSRs μόνο σε καρκινικό ιστό.? Αυτή η πρωτεΐνη έχει ένα καλά τεκμηριωμένο ρόλο στον πολλαπλασιασμό των κυττάρων. CCAAT-ενισχυτή-δεσμευτικές πρωτεΐνες (ή C /EBPs) είναι μία οικογένεια παραγόντων μεταγραφής που αλληλεπιδρούν με το CCAAT (κυτιδίνης-κυτιδίνης-αδενοσίνη-αδενοσίνη-θυμιδίνης) μοτίβο κουτί, το οποίο είναι παρόν σε αρκετούς προαγωγούς γονιδίου. Οι C /EBPs χαρακτηρίζεται από έναν τομέα εξαιρετικά διατηρημένη βασικός-φερμουάρ λευκίνης (bZIP) στο Ο-άκρο. Αυτή η περιοχή εμπλέκεται σε διμερισμό και DNA δέσμευσης, όπως και άλλα παράγοντες μεταγραφής φερμουάρ λευκίνης. Οι C /EBPs πρωτεΐνες που εμπλέκονται σε διάφορες κυτταρικές αποκρίσεις, όπως ο έλεγχος του κυτταρικού πολλαπλασιασμού, ανάπτυξης και διαφοροποίησης, τον μεταβολισμό, και ανοσολογίας [31], [32].

Τα ανωτέρω ευρήματα ανοίξει ένα νέο δρόμο στον πνεύμονα μελέτες για τον καρκίνο και δείχνουν ότι οι SSRs μπορεί να είναι τόσο ένας δείκτης για και επίσης μια αιτία πρόκλησης καρκίνου. Οι περισσότερες μελέτες στο μέλλον απαιτείται σε αυτόν τον τομέα.

κατανομή των αμινοξέων των ESTs που περιέχουν συνδυασμό τρινουκλεοτιδίου επαναλαμβάνει

Όσον αφορά τα προαναφερθέντα αποτελέσματα σχετικά με τη σημασία της τριπλέτας επαναλαμβάνει με την εμφάνιση καρκίνου του πνεύμονα, το τύποι προβλεπόμενα αμινοξέα και οι κατανομές τους για ESTs με επαναλήψεις τρινουκλεοτιδίου αναλύθηκαν σε φυσιολογικά και καρκινικά βιβλιοθήκες. Σύμφωνα με το επίπεδο EST (mRNA), το πρότυπο έκφρασης του EST-SSRs στο επίπεδο αμινοξέων ήταν αρκετά διαφορετική.

Ο αριθμός των επαναλήψεων αμινοξέων ήταν περίπου 3 φορές υψηλότερη σε καρκινικό ιστό σε σύγκριση με φυσιολογικό ιστό (582 έναντι 178 επαναλήψεις, αντίστοιχα, ρ = 0,01, πίνακας 4). Επιπλέον, ο τύπος του εξέφρασε αμινοξέα ήταν σημαντικά διαφορετικά μεταξύ καρκινικούς και φυσιολογικούς ιστούς (Πίνακας 4, Εικόνα 5). Arg (14,60%), Pro (12,71%), Ser (12,19%), Leu (10,19%), και Ala (8,03%) ήταν τα πιο άφθονα αμινοξέα σε ιστούς καρκίνου του πνεύμονα. Σε αντίθεση, Leu (18,53%), Ala (16,23%), Thr (8,42%), Gln (8,42%) ήταν οι κυρίαρχες αμινοξέα σε φυσιολογικό ιστό. Δεν Thr ή του βρέθηκε στα EST-SSRs των καρκινικών δειγμάτων. Από την άλλη πλευρά, Lys, Met, και να προσπαθήσουμε δεν βρέθηκαν σε φυσιολογικούς ιστούς. Το αποτέλεσμα της μελέτης αμινοξέων EST-SSRs δείχνει σαφώς ότι η προκαλούμενη από αστάθεια του SSRs σε καρκινικό ιστό επηρεάζουν όχι μόνο το mRNA της παραγωγής, αλλά έχει επίσης μια ισχυρή άμεση επίδραση στην παραγόμενη πρωτεΐνη.

Η

EST -SSR κατανομές εντός καρκινικούς ιστούς

το Σχήμα 6 παρουσιάζει την κατανομή των διαφόρων κατηγοριών των SSRs (δινουκλεοτιδίων, τρινουκλεοτίδια, τετρανουκλεοτίδια, πεντανουκλεοτίδια, και εξανουκλεοτίδια) επί ESTs ανάμεσα σε 2 διαφορετικές καρκινικούς ιστούς. Επιπλέον, οι διάφοροι τύποι SSRs σε κάθε τάξη συγκρίθηκαν με paired t-test (Υποστηρικτικά Πληροφορίες S7). Όπως φαίνεται στο Σχήμα 6 και δικαιολογητικά στοιχεία S8, δεν υπάρχει σημαντική διαφορά μεταξύ των διαφόρων κατηγοριών των 2 καρκινικές βιβλιοθήκες, και EST-SSRs έχουν παρόμοια σχήματα έκφρασης μεταξύ καρκινικών ιστών.

Τα ποσοστά των δινουκλεοτιδίων, τρινουκλεοτιδίων, έχουν τετρανουκλεοτίδια, πεντανουκλεοτίδια, και εξανουκλεοτίδια συγκρίθηκαν μεταξύ καρκινικών και φυσιολογικών ιστών. παρουσιάζουν παρόμοια σχήματα κατανομής EST-SSRs μεταξύ καρκινικούς ιστούς.

Η

Συζήτηση

καρκίνου

πνεύμονα είναι η κύρια αιτία των θανάτων από καρκίνο στις δύο γυναίκες [27] και ανδρών [28] σε όλο τον κόσμο . Οι περισσότεροι όγκοι του πνεύμονα είναι κακοήθεις, και μόνο περίπου 2% από αυτούς που διαγνώστηκαν με μεταστατικό καρκίνο του πνεύμονα είναι εν ζωή 5 χρόνια μετά τη διάγνωση. [28] Διάγνωση του καρκίνου του πνεύμονα σε πρώιμο στάδιο αυξάνει κατακόρυφα τα ποσοστά επιβίωσης έως 49% για πέντε χρόνια ή και περισσότερο.

Ένα από τα πιο γνωστά εφαρμογές μοριακών δεικτών είναι η ανίχνευση ασθενειών σε αρχικά στάδια. Ωστόσο, καμία αξιόπιστη κατασκευάστρια έχει εισαχθεί για την πρόβλεψη του καρκίνου του πνεύμονα. Μικροδορυφόροι είναι η τρέχουσα μέθοδος επιλογής επειδή SSRs μπορούν να ανιχνευθούν είτε σε πρωτεΐνη-κωδικοποίησης ή μη κωδικεύουσες περιοχές [33] με την υψηλή μεταβλητότητα και μπορεί να παίζει έναν σημαντικό ρόλο στην εξέλιξη του γονιδιώματος [17]. EST-SSRs ακολουθώντας τη συμπεριφορά του SSRs στο τμήμα κωδικοποίησης του γονιδιώματος, χρησιμεύουν για την παρακολούθηση της διαμόρφωσης των μικροδορυφόρων και επίσης παρέχουν πολύτιμες πληροφορίες σχετικά με τις επιδράσεις του SSRs στην επαγωγή της νόσου και λειτουργική αλλοίωση των γονιδίων κατά τη διάρκεια της νόσου.

σε αυτή τη μελέτη, διερευνήσαμε τη διανομή SSR σε ογκογόνο και φυσιολογικούς ιστούς των πνευμόνων για να αναζητήσετε νέα στοιχεία σε μοριακό επίπεδο αυτού του καρκίνου. Για την επίτευξη αυτού του σκοπού, οι βιβλιοθήκες όγκου από καρκίνο του πνεύμονα, συγκρίθηκαν με φυσιολογικό ιστό πνεύμονα σε τρία βήματα: EST-SSR διαμόρφωση, σύνθεση αμινοξέος των μεταφρασμένων EST-SSRs, και λειτουργικά σχολιασμό των παραγόμενων EST-SSRs. Αναλύοντας έναν μεγάλο αριθμό ESTs στον πνεύμονα καρκινικούς και φυσιολογικούς ιστούς (24870) έδωσαν μια χρήσιμη εκτίμηση της διαμόρφωσης του γονιδιώματος και τις μεταβολές στον καρκίνο του πνεύμονα.

Στο επίπεδο δινουκλεοτίδιο, GC /GC ήταν αποκλειστικά ανιχνεύθηκε σε καρκινικό ιστό. GGC CGC και ήταν οι πιο συχνά εκφράζονται επαναλήψεις τρινουκλεοτιδίου σε καρκινικό ιστό, ενώ οι εν λόγω SSRs δεν εκφράζεται σε φυσιολογικό ιστό. Στην πραγματικότητα, ογκογόνο ESTs πνεύμονα ήταν πλούσια σε GC περιεκτικότητα σε σύγκριση με την κανονική ESTs. Αυτή η παρατήρηση είναι σε συμφωνία με προηγούμενες αναφορές άλλων καρκίνων σε ανθρώπινο [2], τα ζώα [34], και ακόμη και σε φυτά [35]. Οι πιθανοί ρόλοι του περιεχομένου GC και επαναλάβετε επέκταση σε ορισμένες ανθρώπινες ασθένειες έχουν προηγουμένως επισημανθεί [36].

Η μεγαλύτερη διαφορά μεταξύ των φυσιολογικών και καρκινικών ιστών παρατηρήθηκε στην έκφραση του tandem τρινουκλεοτιδίων επαναλήψεις μέσα σε όλους μελετήθηκαν επαναλήψεις. Ο αριθμός των τρινουκλεοτιδίων σε πνεύμονα ESTs καρκίνος ήταν 3 φορές μεγαλύτερη από ό, τι στην κανονική ESTs (Ρ = 0,05). Επιπλέον, η δοκιμή συσχετισμού Pearson έδειξαν ότι καρκινικούς ιστούς παράγουν διαφορετικούς τύπους τρινουκλεοτιδίων επειδή αρνητικών και σημαντικές συσχετίσεις (Ρ = 0,05, πίνακας 3) βρέθηκαν μεταξύ του καρκίνου και των φυσιολογικών ιστών από την άποψη της έκφρασης των τύπων τρινουκλεοτιδίου. Μία διαφορική κατανομή των τρινουκλεοτιδίων σε φυσιολογικά και καρκινικά βιβλιοθήκες ήταν ιδιαίτερα αισθητή? ενώ επαναλήψεις τριπλέτα διανεμήθηκαν με σχεδόν ίση συχνότητα σε φυσιολογικό ιστό, η κατανομή των επαναλήψεων τριπλέτας ήταν μη ομοιόμορφη σε καρκινικό ιστό.

Σύμφωνα με τα αποτελέσματα της παρούσας μελέτης, αστάθεια μικροδορυφόρου έχει επίσης βρεθεί σε καρκινικά δείγματα της τουρκικής ασθενείς με καρκίνο του μαστού [37]. Αστάθεια μικροδορυφόρου μπορεί να αντανακλούν σφάλματα αντιγραφής που επάγονται από ελαττωματικά γονίδια επιδιόρθωσης αταίριαστων βάσεων, με αποτέλεσμα την εμφάνιση νέων, μη κληρονόμησε αλληλόμορφα σε κύτταρα όγκου, και αντιπροσωπεύει μια συγκεκριμένη οδό της ανάπτυξης του όγκου. Είναι ενδιαφέρον, αυτό αναπτυξιακό μονοπάτι συσχετίζεται με τις κλινικοπαθολογοανατομικών χαρακτηριστικά του καρκίνου του μαστού [3].

Οι πιθανές δομές του SSRs, ιδιαίτερα τριπλέτα επαναλήψεις, τα οποία εμπλέκονται σε ανθρώπινες ασθένειες έχουν μελετηθεί εκτενώς [38], [39 ], [40], [41], [42], [43]. Διάφορες επαναλήψεις έχουν δείξει σημαντικές δυνατότητες για να σχηματίσουν εναλλακτικές δομές, όπως (CTG)

n, (CAG)

n, (CCG)

n, (CGG)

n, (GAA)

n, (TTC)

n, (ΑΓΓ)

n, (ΚΔ)

n, (ΤΟΟ)

n και (CCA)

s [44].