Αφηρημένο

Παρά τη βελτίωση των αποτελεσμάτων κατά τα τελευταία 30 χρόνια, λιγότερο από το ήμισυ του συνόλου των γυναικών που διαγιγνώσκονται με επιθηλιακό καρκίνο των ωοθηκών ζωντανό πέντε χρόνια μετά τη διάγνωση τους . Αν και συνήθως αντιμετωπίζονται ως μια ενιαία ασθένεια, επιθηλιακό καρκίνο των ωοθηκών περιλαμβάνει πολλές διαφορετικές ιστολογικές υποτύπους, όπως θηλώδη ορώδες και ενδομητριοειδές καρκινώματα. Για την αντιμετώπιση εάν οι μορφολογικές διαφορές παρατηρήθηκαν σε αυτά τα καρκινώματα αντιπροσωπεύουν διακριτά χαρακτηριστικά σε μοριακό επίπεδο αναλύσαμε μοτίβα μεθυλίωσης του DNA σε 11 θηλώδη ορώδες όγκους, 9 ενδομητριοειδές όγκους των ωοθηκών, 4 φυσιολογικά δείγματα σάλπιγγα και 6 φυσιολογική ενδομήτρια ιστούς, συν 8 κανονική σάλπιγγα και 4 ορώδες δείγματα από TCGA. Για σύγκριση, κατά την υποτύπου ενδομητριοειδές προσθέσαμε 6 πρωτογενή μήτρας όγκους ενδομητριοειδές και 5 ενδομητριοειδές μεταστάσεις από τη μήτρα σε ωοθήκη. Τα δεδομένα ελήφθησαν από 27.578 δινουκλεοτίδια CpG που συμβαίνουν εντός ή πλησίον περιοχών προαγωγού του 14.495 γονίδια. Εντοπίσαμε 36 θέσεις με σημαντικές αυξήσεις ή μειώσεις στη μεθυλίωση στις συγκρίσεις των ορώδες όγκων και φυσιολογικά δείγματα σάλπιγγα. Επιπλέον, χωρίς επίβλεψη τεχνικές ομαδοποίησης που εφαρμόζονται σε όλα τα δείγματα έδειξαν τρεις μεγάλες προφίλ περιλαμβάνει ως επί το πλείστον φυσιολογικά δείγματα, ορώδες όγκοι, και όγκοι ενδομητριοειδές συμπεριλαμβανομένων των ωοθηκών, της μήτρας και του μεταστατικού προέλευση. Η ανάλυση ομαδοποίησης εντοπίστηκαν 60 διαφορετικά μετουσιωμένο περιοχές μεταξύ ορώδες ομάδας και την κανονική ομάδα. Ένα άσχετο σύνολο των 25 ορώδες όγκων επικυρωθεί η επαναληψιμότητα των προτύπων μεθυλίωσης. Σε αντίθεση, & gt? 1.000 γονίδια διαφορικά μεθυλιώθηκε μεταξύ ενδομητριοειδές όγκων και φυσιολογικά δείγματα. Το εύρημα αυτό είναι σύμφωνο με μια γενικευμένη ρυθμιστικές διαταραχή που προκαλείται από ένα φαινότυπο methylator. Μέσω DNA μεθυλίωση αναλύσεις έχουμε εντοπίσει γονίδια με γνωστή ρόλους στην αιτιολογία καρκίνωμα ωοθηκών, ενώ μονοπάτι αναλύσεις που προβλέπονται βιολογική διορατικότητα στο ρόλο των νέων γονιδίων. Η ανακάλυψη μας των διαφορών μεταξύ ορώδες και ενδομητριοειδές όγκους των ωοθηκών δείχνει μπορούσαν να αναπτυχθούν ότι οι στρατηγικές παρέμβασης για την αντιμετώπιση ειδικά υποτύπους του επιθηλιακού καρκίνου των ωοθηκών

Παράθεση:. Kolbe DL, DeLoia JA, Porter-Gill P, Strange Μ, Petrykowska HM , Guirguis A, et al. (2012) Διαφορική Ανάλυση των ωοθηκών και του ενδομητρίου Χαρακτηρίζει μια Methylator φαινότυπο. PLoS ONE 7 (3): e32941. doi: 10.1371 /journal.pone.0032941

Συντάκτης: Joseph Califano, John Hopkins Medical School, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 29η Σεπτεμβρίου 2011? Αποδεκτές: 2 Φεβ 2012? Δημοσιεύθηκε: 5 Μάρτη του 2012

Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης, χωρίς όλα τα πνευματικά δικαιώματα, και δεν μπορεί να αναπαραχθεί ελεύθερα, διανεμηθεί, να μεταδοθεί, τροποποιηθεί, χτισμένο πάνω, ή ειδάλλως να χρησιμοποιηθεί από οποιονδήποτε για οποιονδήποτε νόμιμο λόγο. Το έργο γίνεται διαθέσιμα υπό την Creative Commons CC0 αφοσίωση δημόσιο τομέα

Χρηματοδότηση:. Η χρηματοδότηση παρέχεται από το εσωτερικό ερευνητικό πρόγραμμα του Εθνικού Ινστιτούτου Ανθρώπινου Γονιδιώματος Ερευνών, Εθνικό Ινστιτούτο Υγείας (LE και LB), του Υπουργείου Άμυνας της Οργανωτικής Επιτροπής # 04-124 και Magee γυναικών Ινστιτούτο Ερευνών /Scaife Grant (TCK). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Ο καρκίνος των ωοθηκών έχει επίπτωση των 21.500 περιπτώσεις ετησίως στις Ηνωμένες Πολιτείες και 204.000 σε όλο τον κόσμο, με εκτιμώμενη ετήσια θνησιμότητα των 125.000 γυναικών. Η κατάσταση κατατάσσεται ως η 5

ου κύρια αιτία των θανάτων που σχετίζονται με τον καρκίνο στις γυναίκες στις Ηνωμένες Πολιτείες? το υψηλό ποσοστό θνησιμότητας είναι μια συνέπεια της ασυμπτωματικής φύσης των πρώιμο στάδιο της νόσου και την απουσία ενός αξιόπιστου τεστ διαλογής. Η πλειοψηφία των περιπτώσεων (75%) διαγιγνώσκονται σε προχωρημένο στάδιο (III ή IV), όπου το ποσοστό επιβίωσης 5 ετών είναι λιγότερο από το 30% [1].

Από τις τέσσερις μεγάλες ιστοπαθολογικές υποτύπους, ορώδες είναι η πιο κοινή, ακολουθούμενη από ενδομητριοειδές, βλεννώδες και σαφής τύπους κυττάρων. Αυτοί οι υπότυποι έχουν διακριτά προφίλ γονιδιακής έκφρασης [2], και κατατάσσονται βάσει των μορφολογικών ομοιότητα τους σε φυσιολογικά σάλπιγγα, ενδομήτριο, ενδοτράχηλου και του ενδομητρίου σαφή κύτταρα, αντίστοιχα [3]. Η ομοιότητα μεταξύ των υποτύπων του όγκου και μακρινό ιστών είναι συνεπής με τα μοντέλα που προτείνουν μετανάστευση των προδρόμων τραυματισμών από διαφορετικές προελεύσεις, όπως σάλπιγγας [4] ή του μεσοθηλιακών κάλυψη της περιτοναϊκής κοιλότητας [5]. Για το λόγο αυτό, ορώδες όγκοι των ωοθηκών (που μοιάζουν με Mullerian επιθήλια) μπορεί να νομίμως σε σύγκριση με φυσιολογικά σάλπιγγα (το οποίο προέρχεται από Mullerian επιθήλια). Παρ ‘όλα αυτά, η επιφάνεια των ωοθηκών επιθηλιακής (ΟΣΕ) στρώμα [6] μοιράζεται την καταγωγή του με επιθήλια του ενδομητρίου (γνωστή ως εξω-εμβρυϊκό επιθήλιο [7]) και παραμένει μια πειστική εναλλακτική εξήγηση για «de novo» ογκογένεση.

Όπως ορώδεις όγκους, η προέλευση του ενδομητριοειδές όγκων είναι αμφιλεγόμενη [8], και έχουν τα προγονικά κύτταρα έχουν προταθεί ότι προέρχονται από μη-ωοθηκική πηγές, όπως η ενδομητρίωση [9]. Οι όγκοι με ενδομητριοειδές ιστοπαθολογία διαγνωσθεί τόσο στην μήτρα και ωοθήκη. Συχνά συν-συμβαίνουν, ως σύγχρονος πρωτογενών όγκων ή μεταστάσεων από τη μήτρα για καρκίνο των ωοθηκών [10]. Ενώ έχουν μοριακές διαφορές έχουν αναφερθεί για τη διπλή πρωτογενείς όγκους, μεταστατικοί όγκοι είναι κλωνική ταυτόσημα [11].

μελέτες έκφρασης γονιδίων των όγκων των ωοθηκών που προορίζονται για την ανίχνευση του καρκίνου ειδικά προφίλ έχουν αποδώσει μέτρια επιτυχία και περιορισμένη αναπαραγωγιμότητα [12], [13], [14], [15]. Ωστόσο, μελέτες μετάλλαξης προφίλ έχουν αποφέρει πιο σταθερά αποτελέσματα, που δείχνουν ότι και οι δύο ορώδες και ενδομητριοειδές όγκοι έχουν επιθετική, υψηλής ποιότητας υποτύπους [16], [17], [18] με μεταλλάξεις στο

TP53

γονίδιο [19 ], [20], [21] παρά την προφανή ιστολογικές διαφορές τους [16], [17], [18]. Χαμηλής ποιότητας υποτύπους είναι πιο συχνή σε ενδομητριοειδές όγκους με μεταλλάξεις κυρίως εμφανίζονται σε ποσοστό

WNT

και

PIK3CA

οδών [2].

Σε συνεννόηση με την έκφραση γονιδίων και μεταλλάξεων προφίλ, οριοθετούν την επιγονιδιώματος των καρκινικών κυττάρων θα πρέπει να αποκαλύψει τις σχέσεις μεταξύ των δειγμάτων που αντικατοπτρίζουν την κοινή εμβρυολογικές καταγωγή, παρόμοια ιστοπαθολογικές αποτελέσματα, ή κοινόχρηστο μεταλλάξεων γεγονότα. Σε όγκους των ωοθηκών, μεθυλίωση του DNA σίγαση έκφραση των κρίσιμων γονιδίων [22], [23], και δημιουργεί γενετική απλοανεπάρκεια [24], ενώ υπομεθυλίωση σε άλλες θέσεις επιτρέπει την έκφραση του κανονικά σιγήσει γονιδίων. Ως απόδειξη της αρχής, site-specific πρότυπα της μεθυλίωσης του DNA χρησιμοποιήθηκαν πρόσφατα να διακρίνει τέσσερις υποτύπους των επιθηλιακών καρκίνων των ωοθηκών, χρησιμοποιώντας συνολικά 1.505 στόχο CpG τόπους [25], [26].

Υποθέσαμε ότι το DNA προτύπων μεθυλίωσης σε όγκους των ωοθηκών, θα μοιάζουν με κύτταρα από υποθετική ιστό προέλευσής τους, με ένα μικρό αριθμό αλλαγών που αντιπροσωπεύουν συμβάντα που σχετίζονται με κακοήθεια, ότι μοναδικά αντιπροσωπεύουν κάθε υπότυπο του όγκου. Επιπλέον, υποθέσαμε ότι μήτρας και των ωοθηκών ενδομητριοειδές όγκοι που σχετίζονται με παθογόνους μηχανισμούς, οι οποίοι θα πρέπει να τηρούνται σε μοτίβα μεθυλίωσης του DNA. Για την αντιμετώπιση αυτών των ιδεών, εξετάσαμε τα προφίλ μεθυλίωση 27578 στόχου CpG θέσεων που αντιπροσωπεύουν 14.495 γονίδια στο ανθρώπινο γονιδίωμα, με τη χρήση DNA που προέρχεται από ορώδεις και ενδομητριοειδές όγκοι των ωοθηκών, η κανονική σάλπιγγα και φυσιολογικό ενδομήτριο, και πρωτογενείς και μεταστατικούς ενδομητριοειδές ενδομητρίου όγκων. Αυτό το μεγάλο σύνολο δεδομένων αναλύθηκε χρησιμοποιώντας μια επιβλεπόμενη ανάλυσης που ακολουθείται από

de novo

της κατάταξης σύμφωνα με ανεξέλεγκτους υπολογιστική ομαδοποίησης. Για τη βελτίωση της αντοχής των επιγενετικών τεχνική profiling, θα περιλαμβάνονται τα ανεπεξέργαστα δεδομένα της μεθυλίωσης ορώδες όγκους και φυσιολογική σάλπιγγα που δημιουργούνται μέσω των Cancer Genome Atlas (TCGA). Αυτά τα δείγματα αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας την ίδια πλατφόρμα μεθυλίωση, και εκτελούνται από ανεξάρτητους ερευνητικά εργαστήρια, χρησιμοποιώντας ανεξάρτητη δείγματα όγκων.

Αποτελέσματα

Πειραματική ανάλυση και το σχεδιασμό

Έχουμε αναλύσει την κατάσταση μεθυλίωσης του DNA της γονιδιωματικής δείγματα, χρησιμοποιώντας την πλατφόρμα Illumina Infinium. DNA υποβλήθηκε σε επεξεργασία με όξινο θειώδες για να μετατρέψει μη μεθυλιωμένη κυτοσίνες σε ουρακίλη, αφήνοντας μεθυλιωμένες κυτοσίνες αμετάβλητη. Η αντίδραση υβριδισμού για την HumanMethylation27 Illumina BeadChip παρέχεται ειδικό σήμα στις μεθυλιωμένων και μη μεθυλιωμένων καταστάσεις, χρησιμοποιώντας το πρωτόκολλο δοκιμασίας ενιαίο επέκταση βάσης Illumina [27]. Η διαφορική υβριδοποίηση ανιχνευτών σε μετουσιωμένο και μη-μεθυλιωμένων θέσεις στόχους συνοψίστηκε ως το κλάσμα του συνολικού σήματος που αντιστοιχεί στην μεθυλιωμένη κατάσταση. Το αρχικό σετ δείγμα αντιπροσώπευε διάφορους τύπους ιστών και όγκων, συμπεριλαμβανομένων των κανονικών σάλπιγγα, η κανονική ενδομητρίου, των ωοθηκών θηλώδες ορώδες καρκίνωμα, καρκίνωμα των ωοθηκών ενδομητριοειδές, και πρωτογενή και μεταστατικό καρκίνωμα του ενδομητρίου ενδομητριοειδές από 42 ασθενείς (Πίνακας 1). Τεχνική επαναλήψεις υποδεικνύεται εξαιρετικά αναπαραγώγιμα αποτελέσματα για την δοκιμασία (Σχήμα S1). Επιπλέον, συμπεριλάβαμε τα δεδομένα από την ίδια πλατφόρμα μεθυλίωση Illumina για 12 επιπλέον δείγματα από τη δημόσια βάση δεδομένων του έργου του καρκίνου Γονιδιώματος Atlas (TCGA). Αυτό το σετ αποτελείται 8 δείγματα ελέγχου (κανονική σάλπιγγα) και 4 δείγματα όγκων (ωοθηκών ορώδες), συνέβαλαν σε μια ενιαία παρτίδα δειγμάτων που εξετάζονται στο πλαίσιο συνεπής πειραματικές συνθήκες από έναν πάροχο δεδομένων.

Η

Μαζική μεθυλίωση

Για την εκτίμηση σοβαρές αλλαγές στο βαθμό μεθυλίωσης, εξετάσαμε συνολικά επίπεδα μεθυλίωσης όλων των δειγμάτων. Οι τιμές προσδιορισμού αναφέρονται ως το ποσοστό του φθορισμού που προκύπτουν από τον ανιχνευτή για το μετουσιωμένο κατάσταση, από 0 (όλες DNA μη μεθυλιωμένα) έως 1 (όλα DNA μεθυλιωμένο). Συγκρίνοντας όλων των δειγμάτων, η συντριπτική πλειοψηφία έδειξε σταθερή προφίλ μεθυλίωσης. Απέναντι του γονιδιώματος, οι περισσότερες τοποθεσίες δοκιμάστηκαν είχαν επίπεδα μεθυλίωσης μεταξύ 0 και 0,2, μικροί αριθμοί των τόπων είχαν επίπεδα μεταξύ 0,2 και 0,8, και ένα ελαφρώς μεγαλύτερο αριθμό είχαν επίπεδα 0,8 έως 1 (Σχήμα 1).

Συχνότητα μεθυλίωση σε όλες τις θέσεις για ένα δεδομένο επίπεδο της μεθυλίωσης (εύρος 0-1). Κάθε βιολογικό δείγμα αναπαρίσταται ως μια ενιαία γραμμή? Όλες οι μη μεταστατικό δείγματα απεικονίζονται. Αντίστοιχα, πάνελ από αριστερά προς τα δεξιά περιέχει όλες τις θέσεις (Ν = 27.561), το Χ χρωμόσωμα μόνο (Ν = 1038), ή χρωμοσώματος 10 (Ν = 1044).

Η

Αντίθετα, λαμβάνοντας υπόψη μόνο το Χ-χρωμόσωμα, μονού αντιγράφου σίγηση μέσω τυχαίας Χ-αδρανοποίηση αναμενόταν να παράγει ένα επίπεδο μεθυλίωσης του 0,5. Η παρατηρούμενη έδειξε μία ευρεία κορυφή επικεντρωμένη στα 0,5 για τα περισσότερα δείγματα, αν και τα δείγματα όγκων είχαν πιο εκτεταμένη ετερογένεια. Πέντε ορώδες δείγματα όγκων έδειξαν ένα ξεχωριστό προφίλ, με πολλές θέσεις είναι μη μεθυλιωμένα (δηλαδή, το επίπεδο μεθυλίωσης & lt? 0.2), αναφέροντας είτε μια αποτυχία να διατηρήσει Χ-αδρανοποίηση ή να αντιγράψετε τον αριθμό αλλαγών με σχετική περίσσεια του ενεργού Χ [28]. Για να εκτιμηθεί κατά πόσον αυτό που παρατηρήθηκε μεταβολή ήταν απλά λόγω του μικρού αριθμού των τόπων επί του Χ-χρωμοσώματος, έχουμε επίσης θεωρούνται επίπεδα μεθυλίωσης στο χρωμόσωμα 10, το οποίο είχε ένα παρόμοιο αριθμό ανιχνευτών. Το σχέδιο για το χρωμόσωμα 10 έμοιαζε με το μοτίβο σε όλα τα αυτοσωματικό τόπους, με υψηλά επίπεδα ομοιότητας από δείγμα σε δείγμα.

Εποπτευόμενοι ανάλυση

Πρέπει πρώτα εξέτασε κατά πόσον οι υπότυποι του όγκου (που ορίζεται από ιστοπαθολογική) αντιστοιχεί σε συγκεκριμένα προφίλ μεθυλίωσης. Με την ένταξη των δειγμάτων TCGA, 12 δείγματα φυσιολογικού σάλπιγγα και 16 ορώδες όγκους των ωοθηκών απέδωσε επαρκή στατιστική ισχύ για μια άμεση σύγκριση. Ανιχνευτές με κακό έλεγχο της ποιότητας, υψηλή μεταβλητότητα στους μάρτυρες, ή βρίσκονται σε Χ ή Υ-χρωμοσωμάτων δεν θεωρήθηκαν (βλέπε Μέθοδοι). Χρησιμοποιώντας μια δοκιμή συνόψισε-rank Wilcoxon να εντοπίσει τις περιοχές που συνδέονται με συνέπεια με την προηγούμενη κατάταξη, 36 ήταν σημαντικές σε ρ & lt? 0,05 μετά τη διόρθωση πολλαπλών δοκιμών (14 σ & lt? 0,01? Πίνακας 2). Τρία γονίδια ταυτοποιήθηκαν ως μέλη της κανονικής οδού για τον καρκίνο των ωοθηκών σε μια ανάλυση Ingenuity Pathway (ΙΡΑ) (Πίνακας 2? [29] [30] [31] [32]). Εποπτευόμενοι ανάλυση των ωοθηκών ενδομητριοειδές όγκους κατά των σάλπιγγα ή ενδομητρίου έλεγχοι δεν πραγματοποιήθηκε λόγω του μικρού αριθμού των δειγμάτων.

Η

Μη επιβλεπόμενη ομαδοποίηση

Για την αντιμετώπιση αν άλλα τμήματα του δείγματος με κοινόχρηστο μοριακή υπήρχε φαινότυποι και να αποκτήσουν μια ευρύτερη εικόνα των σχέσεων μεταξύ των τύπων δειγμάτων, κινηθήκαμε για να μη επιβλεπόμενη ομαδοποίηση. Αξιοποιώντας το πλήρες σύνολο των 31 στοιχειώδη δείγματα όγκου και 18 φυσιολογικούς ιστούς (και εκτός των 5 μεταστατικό δείγματα που χρησιμοποιήθηκαν για τη δευτερογενή ανάλυση), που περιόρισε την ανάλυση αυτή σε ανιχνευτές που ήταν στην κορυφή 500 όταν ανάλογα με τη διακύμανση, όπως αναφέρθηκε από Houseman et al. [33] να μειωθεί η διάσταση των δεδομένων. Τα αποτελέσματα των πολλαπλών αλγορίθμων ομαδοποίησης συνέκλιναν στην ίδια ερμηνεία των διακριτών φαινοτυπική ομάδες (Εικόνα S2). K-means clustering και στεγανοποίηση χρησιμοποιώντας ένα μοντέλο β-μίγμα σχεδιαστεί για τα δεδομένα από αυτήν την πλατφόρμα [33] και υποστήριξε σθεναρά την ύπαρξη των 3 βασικές ομάδες, περίπου αντιστοιχούν σε έλεγχο τύπου δείγματα, δείγματα όγκων τύπου ορώδες και ενδομητριοειδές δείγματα. Πρόσθετες ανάλυση με ιεραρχική ομαδοποίηση (σε πολλαπλές μετρήσεις την απόσταση και τις μεθόδους σύνδεσης) υποστήριξε σθεναρά τις ελέγχου τύπου και του ενδομητρίου τύπου συμπλέγματα, και αναφέρονται οι ορώδες δείγματα όγκων τύπου ήταν μια εξω από τα δείγματα ελέγχου, αλλά ήταν ασυνεπής ως προς το αν τα δείγματα αυτά σχηματίζονται μια διακριτή υποομάδα (Εικόνα S2).

Οι συναίνεση ομάδες, όπως φαίνεται στο Σχήμα 2, επισημαίνονται με μια έγχρωμη γραμμή για να δείξει την κανονική τύπου, ορώδες τύπου ή ενδομητριοειδές τύπου. Αξίζει να σημειωθεί ότι, η ομάδα ελέγχου που περιέχονται φυσιολογικά σάλπιγγας και φυσιολογικό ενδομήτριο, υποδεικνύοντας μια συνεπή φαινότυπο στις δύο ιστούς μέσα στο σύνολο χαρακτήρισε ανιχνευτές. Τα δείγματα TCGA σύμπλεγμα με προσδιορίζονται τύπους δειγμάτων τους, επιβεβαιώνοντας την επαναληψιμότητα και την ευρωστία των αποτελεσμάτων, όπως αυτά των όγκων ελήφθησαν και έχουν ταξινομηθεί σε διάφορα ιδρύματα. Αποκλεισμός των δειγμάτων TCGA από την ανάλυση είχαν σχετικά μικρή επίπτωση στα αποτελέσματα, στην οποία επισημαίνονται διαίρεση παρέμεινε μεταξύ του ενδομητριοειδές και ορώδες ή έλεγχο δειγμάτων? Ωστόσο, μόνο αδύναμη υποστήριξη παρέμεινε για μια υποδιαίρεση των όγκων ορώδες τύπου από τα δείγματα ελέγχου

Heatmap επίπεδα μεθυλίωσης.? μπλε = 0,0, μαύρο = 0,5, κίτρινο = 1,0. Στα αριστερά, ένα αντιπροσωπευτικό δείγμα της ιεραρχικής ομαδοποίησης, και το χρώμα μπλοκ δίνοντας τους συναίνεση ομάδες. Έξι στήλες στα δεξιά δώσει τα χαρακτηριστικά του δείγματος: αριθμός? όγκου (Τ) ή κανονικό (Ν)? τοποθεσία σε ωοθήκη (O), σάλπιγγα (F), ή ενδομήτριο (Ε)? ιστολογία ορώδους (S) ή ενδομητριοειδές (O)? Βαθμός (1-3? όπου τα σύμβολα που χρησιμοποιούνται είναι «-» για φυσιολογικά και «ΝΑ ‘για πληροφορίες δεν είναι διαθέσιμες.) και σε ακροδεξιά, τελείες για τα δημόσια δεδομένα TCGA. Πέντε δείγματα στο κάτω μέρος είναι ωοθηκών μεταστάσεις από ενδομητρίου ενδομητριοειδές όγκους, εξαιρούνται από την αρχική ανάλυση και ομαδοποίηση.

Η

Το σύμπλεγμα των ενδομητριοειδές δείγματα, συμπεριλαμβανομένων των όγκων και από τις δύο περιοχές των ωοθηκών και της μήτρας, εμφανίζει μια εξαιρετικά αλλαγμένο προφίλ, με μεθυλίωση σε πολλά sites που συνήθως είναι μη μεθυλιωμένα CpG νησίδες, και την απώλεια της μεθυλίωσης σε περιοχές που κανονικά μεθυλιώνονται. Η έκταση και η επαναληψιμότητα των αλλαγών αυτών θυμίζει έντονα τα φαινοτύπων methylator σημειωθεί σε άλλους καρκίνους [34] [35]. Ένας φαινότυπος methylator έχει προηγουμένως προταθεί για ενδομήτριο καρκίνωμα ενδομητριοειδές, με βάση την μεθυλίωση υποκινητών των λίγων γονιδίων στόχων [36], αλλά δεν έχει τις γνώσεις μας έχουν περιγραφεί σε μια έρευνα γονιδίωμα επιπέδου ή στον καρκίνο των ωοθηκών.

Τα στοιχεία αυτά επιβεβαιώνουν την υπόθεση ότι ενδομητριοειδές όγκους του τύπου, είτε σε ωοθηκών ή της μήτρας sites, το μερίδιο ομοιότητες στο μοριακό επίπεδο. Για την περαιτέρω αντιμετώπιση αυτή τη διαπίστωση, αναλύσαμε πέντε ωοθηκών μεταστάσεις προέρχονται από πρωτογενή ενδομητρίου όγκων χρησιμοποιώντας μια δοκιμή ένθετη log-πιθανότητα-δείκτη. Η δοκιμή αυτή απευθύνεται συνοχή της ομαδοποίησης με τις πρωτογενείς ενδομητριοειδές δείγματα σε σχέση με τις συνδυασμένες ορώδες όγκους και τους ελέγχους, και δευτερευόντως να ενεργοποιήσετε την ταξινόμηση εντός των ορώδες ή τον έλεγχο ομάδες όταν είναι απαραίτητο. Τέσσερα από τα πέντε δείγματα έντονα προσδιορίζονται ως ενδομητριοειδές τύπου, ενώ ο πέμπτος ήταν περισσότερο παρόμοια με τα δείγματα ελέγχου (δείγμα 54? Σχήμα 2). Το πέμπτο δείγμα δεν φαίνεται χονδροειδώς αλλαγμένη από την μεθυλίωση της κανονικής ενδομήτριου ιστού, υποδεικνύοντας ότι ο φαινότυπος πλειοψηφία όγκος δεν είναι καθολική. Αυτή η ακραία τιμή μπορεί να αντιπροσωπεύει μια ασυνήθιστη υποδιαίρεση της ενδομητριοειδές όγκων, που προκύπτουν από διαφορετικές υποκείμενη παθολογία, ωστόσο δεν αντιπροσωπεύει έναν όγκο χαμηλού βαθμού (Σχήμα 2).

Η αξιολόγηση των πρωτοπαθών όγκων όλων των histopathologies εντοπίστηκαν επίσης σπάνιες ακραίες τιμές. Παραδείγματα περιλαμβάνονται ενδομητρίου ενδομητριοειδές δείγματα 47 και 49, οι οποίες σε σύμπλεγμα με φυσιολογικούς ιστούς και συνέβαλαν με το 15% των δειγμάτων που έδειξαν ασύμφωνα τοποθέτηση σε σχέση με προορισμό ιστοπαθολογία τους (βαθμού 1 και βαθμού μη διαθέσιμο, αντίστοιχα? Σχήμα 2). Τέσσερις υδαρής όγκοι των ωοθηκών σε σύμπλεγμα επίσης με φυσιολογικούς ιστούς, που δείχνει πολύ περιορισμένες αλλαγές στη μεθυλίωση σχέση με τους μάρτυρες (βαθμοί 2 και 3). Δεδομένης της φαινοτυπική ομοιότητα αυτών των δειγμάτων με φυσιολογικούς ελέγχους, η βιολογική υποστήριξη αυτού του υποσυνόλου του όγκου απαιτεί περαιτέρω διερεύνηση. Επιπλέον, ένα δείγμα ενδομητριοειδές ωοθηκών ομαδοποιούνται με τις ορώδες όγκους (δείγμα 36, βαθμός 2), γεγονός που υποδηλώνει είτε ένα σπάνιο ενδομητριοειδές υπότυπο με μια πιο επιθετική, ορώδες-όπως προφίλ, ή δίνει τον ένα ελάχιστα διαφοροποιημένο δείγμα.

Διαφορικό ανάλυση των συστάδων

Επειδή τα τρία βασικά ομάδες που παρέχονται από την ανάλυση χωρίς επιτήρηση ομαδοποίηση, θελήσαμε να εντοπίσει μεθυλίωση τόπους πιο προγνωστική της ιδιότητας του μέλους σε μια συγκεκριμένη κατηγορία. Επαναλάβαμε το τεστ συνόψισε-rank Wilcoxon χρησιμοποιείται στην εποπτευόμενη ανάλυση, μετά την αφαίρεση από την εξέταση των 500 ανιχνευτές που χρησιμοποιούνται στην ομαδοποίηση. Συγκρίνοντας το σύμπλεγμα ορώδες τύπου με το σύμπλεγμα ελέγχου τύπου, 35 ανιχνευτές παρέμεινε σημαντικό σε p & lt? 0,01 μετά από αυστηρές διόρθωση Bonferroni για πολλαπλές δοκιμές και 60 παρέμειναν σ & lt? 0,05 (Πίνακας 3). Τα αποτελέσματα έδειξαν ένα μίγμα υπερ- και υπομεθυλίωσης σχέση με τους μάρτυρες (Εικόνα S3). Μια ανάλυση του ΜΠΒ προσδιορίζονται γνωστό βιοδείκτες για τον καρκίνο των ωοθηκών μεταξύ αυτής της λίστας (Εικόνες S4 και S5). Δύο γονίδια με ηχογραφημένη ενδιαφέρον να μεθυλίωσης του DNA εντοπίστηκαν, συμπεριλαμβανομένων των

Dnmt3a

, ένα γονίδιο μεθυλτρανσφεράση DNA και

RB1 ​​

.

APC

(από την οδό βήτα-κατενίνης),

RBAK1

(μια

RB1 ​​

συνεργάτη αλληλεπίδρασης),

MAPK15

και

MAP2K2

κινάσες, και αποακετυλάσης της ιστόνης

HDAC1

ήταν επίσης στον κατάλογο (Πίνακας 3). Αν και οι επίβλεψη και χωρίς επίβλεψη αναλύσεις χρησιμοποιούνται διαφορετικά σύνολα σύγκρισης, οι κατάλογοι γονίδιο περιείχε 10 επικαλυπτόμενες συμμετοχές (Πίνακας 3).

Η

Λαμβάνοντας υπόψη την ενδομητριοειδές-cluster έναντι του συμπλέγματος έλεγχο, διαπιστώσαμε ότι ο αριθμός και ο βαθμός διαφορικά μετουσιωμένο περιοχές αυξήθηκαν κατά περισσότερο από μία τάξη μεγέθους. Για παράδειγμα, 954 ανιχνευτές ήταν σημαντικές σε ρ & lt? 0,01. Ο τεράστιος αριθμός των υπερμεθυλιωμένων sites υποδηλώνει μια υποκείμενη βλάβη στα μονοπάτια της μεθυλίωσης του DNA, και περιορίζει τη χρησιμότητα της εξέτασης μεταβάλλεται μεθυλίωσης των μεμονωμένων γονιδίων.

Επικύρωση της διαφορικής μεθυλίωσης

Για να διερευνήσουν κατά πόσον σειρά μας των 60 διαφορικά μετουσιωμένο sites στο ορώδες όγκους ήταν να αναπαραχθεί, αξιολογήσαμε τη μεθυλίωση των 25 επιπλέον δείγματα που ήταν ανεξάρτητο από το αρχικό σύνολο ανάλυση. Όλα είχαν τυποποιηθεί ως ωοθηκών ορώδες καρκίνωμα και αναλύονται ανεξάρτητα (ανεξάρτητα σε διαπίστωση και σε χρόνο της ανάλυσης) από τα πρωτότυπα. Για κάθε χώρο και για κάθε δείγμα επικύρωσης, θα αξιολογηθεί κατά πόσον η μεθυλίωση έμοιαζε περισσότερο με την κανονική συμπλέγματος δείγμα ή το σύμπλεγμα ορώδες δείγμα όγκου. Από τα δείγματα 25 του όγκου, 4 έμοιαζε στενά το πρότυπο μεθυλίωσης των κανονικών δειγμάτων, επτά άλλαξαν σε 21 ή περισσότερες από τις 60 θέσεις, και 14 δείγματα έδειξαν την μεταβληθεί πρότυπο σε 40 ή περισσότερα από τα 60 loci (Σχήμα 3).

μεθυλίωσης σε 60 loci χρησιμοποιήθηκε για να αξιολογήσει ένα ανεξάρτητο σύνολο ορώδους όγκων. Κάθε γραμμή αντιπροσωπεύει ένα μεμονωμένο δείγμα? κάθε στήλη αντιστοιχεί σε ένα από τα προηγουμένως εντοπιστεί διαφορικά μεθυλιωμένα sites. Ένα άδειο κουτί δείχνει μεθυλίωση πιο παρόμοιο με το σύμπλεγμα ελέγχου (όχι απαραίτητα μη μεθυλιωμένα)? ένα γεμάτο μαύρο κουτί δηλώνει μεθυλίωση πιο παρόμοιο με το σύμπλεγμα των ορώδες όγκους των ωοθηκών. Τα δείγματα παραγγείλει από τον αριθμό των θέσεων που έχουν μεθυλίωσης που μοιάζει με το ορώδες ομάδα του όγκου.

Η

Η αξιολόγηση των δημοσιευμένων γεγονότα μεθυλίωσης

Η ανάλυσή μας της διαφορικής μεθυλίωσης επικεντρώθηκε σε αλλαγές που ορίζονται χαρακτηριστικά της κάθε ομάδας και μοιράστηκαν μεταξύ όλων ή σχεδόν όλων των δειγμάτων. Πολλές σημαντικές αλλαγές στην κατάσταση μεθυλίωσης, έχουν αναφερθεί στο παρελθόν στη βιβλιογραφία, έχουν χαμηλότερο επιπολασμό και δεν προσδιορίζονται άμεσα από την προσέγγισή μας. Όταν αξιολογούνται τα δείγματα μας για μοτίβα γνωστών μεθυλίωσης, τα δεδομένα μας ήταν σύμφωνα με δημοσιευμένα αποτελέσματα. Για παράδειγμα,

BRCA1

ήταν υπερμεθυλίωση σε 2 από τους 16 (12,5%) των ωοθηκών ορώδες δείγματα. Το ογκοκατασταλτικό

RASSF1A

έδειξε απόδειξη της πλήρους μεθυλίωσης σε 11 όγκους, και μεθυλίωση μονό αντίγραφο σε 4 περισσότερο (31% των ορώδες, και το 60% των ενδομητριοειδές). Αυτές οι αλλαγές, και άλλοι, είναι πιθανό να είναι σημαντικά μετασχηματιστική γεγονότα, αλλά περιορίζονται σε μικρότερα υποσύνολα των δειγμάτων

Gene οντολογία & amp.? μονοπάτι αναλύει

Για να δέσουν αυτά τα αποτελέσματα στη βιβλιογραφία για τον καρκίνο των ωοθηκών, πραγματοποιήσαμε μια ανάλυση γονιδιακής οντολογίας (GO) και μια ανάλυση του ΜΠΒ των διαφορικά μεθυλιωμένα γονίδια από το σύμπλεγμα που βασίζεται σε σύγκριση των ορώδες όγκων σε σχέση με τους ελέγχους. Τα γονίδια που αντιστοιχούν στο μεθυλιωμένο τόπους στη λίστα μας έδειξε στατιστικά σημαντική εμπλουτισμού για τους όρους που αφορούν GO ρύθμιση του κυτταρικού κύκλου (Πίνακας 4). Τα δύο κορυφαία δίκτυα προσδιορίζονται από ΙΡΑ περιλαμβάνονται «Κύκλος των κυττάρων και κυττάρων Μορφολογία» και «Φλεγμονώδης Απόκριση» με τα αποτελέσματα του δικτύου των 24 και 23, αντίστοιχα. Η βαθμολογία του δικτύου βασίζεται σε μια εκθετική κατανομή και υπολογίζεται με την ακριβή Test δεξιά ουρά του Fisher, υπονοώντας ότι υπάρχει 1 στις 10

23 ή 10

24 πιθανότητα είτε του δικτύου που προκύπτουν από μια τυχαία λίστα γονιδίων (Πίνακας 4, Εικόνα S4, S5). Αξίζει να σημειωθεί ότι, διαφορικά μεθυλιωμένα γονίδια είχε μια μεγάλη παρουσία σε αυτά τα δίκτυα, τα οποία αλληλεπιδρούν με σημαντικά γονίδια για την ανάπτυξη των όγκων των ωοθηκών συμπεριλαμβανομένων των

ΑΚΤ

,

PI3K

,

VEGF

, και του υποδοχέα οιστρογόνων.

Η

Συζήτηση

το έργο αυτό αποτελεί μια από τις μεγαλύτερες μελέτες της μεθυλίωσης χρησιμοποιώντας διάφορα φυσιολογικά και καρκινικά υποτύπους των γυναικολογικών καρκίνων. Εξετάσαμε αρχικά της κατάστασης μεθυλίωσης 27.578 θέσεις για 49 δείγματα, συμπεριλαμβανομένων των κανονικών σάλπιγγας και του ενδομητρίου, ορώδες καρκίνο των ωοθηκών, καρκίνο των ωοθηκών ενδομητριοειδές, πρωταρχικός ενδομητριοειδές καρκίνο του ενδομητρίου, των ωοθηκών και της μετάστασης του καρκίνου του ενδομητρίου. Ανεξάρτητα από όγκο ή κανονική κατάσταση, όλα τα δείγματα έδειξαν παρόμοια προφίλ στη συνολική κατανομή του μεθυλιωμένου sites. Αν και δεν βρήκαμε παγκόσμια μετατοπίζεται προς υπερ- ή υπομεθυλίωση μήκος των δοκιμάστηκαν δείγματα, ένα υποσύνολο των δειγμάτων έδειξε δραστικά μεταβληθεί μεθυλίωσης για το χρωμόσωμα Χ, συνεπής με την απώλεια του ανενεργού Χ χρωμοσώματος, η ενίσχυση των υπολοίπων δραστικών Χ, ή και τα δύο [28 ]. Παραδείγματα ανευπλοειδίας, συμπεριλαμβανομένων των αυτοσωμικά, είναι κοινές σε υψηλής ποιότητας ορώδες καρκίνο των ωοθηκών και δεν διαπιστώνονται άμεσα από αυτή την ανάλυση, αλλά επηρεάζουν τα αναλογικά επίπεδα μεθυλίωσης σε κάθε γενετικό τόπο. Ως εκ τούτου, έχουμε αφαιρέσει όλα τα ανιχνευτές στο Χ-χρωμόσωμα από το σύνολο δεδομένων μας.

Τα στοιχεία μας επιβεβαιώνουν ότι οι διαφορετικές ιστολογικές υπότυποι έχουν διακριτά μοτίβα μεθυλίωσης. Επιπλέον, ωοθηκών ορώδες όγκοι είναι πιο παρόμοιο με φυσιολογικούς ιστούς των ωοθηκών και του ενδομητρίου, παρά να ωοθηκών ή ενδομητρίου ενδομητριοειδές όγκων, οι οποίες είναι πολύ παρόμοιες μεταξύ τους και εμφανίζουν δραστικές και σταθερές αλλαγές στη μεθυλίωση τους. Το αποτέλεσμα αυτό είναι συνεπές με φαινότυπο methylator και σε συμφωνία με το μοντέλο της ενδομητριοειδές όγκους των ωοθηκών που προκύπτουν από την ενδομητρίωση, όπου τα κύτταρα τελικά προέρχονται από μια γενεαλογία της μήτρας. Ενδομητριοειδές όγκους από το μερίδιο ωοθήκη και μήτρα αρκετές κοινές σωματικές μεταλλάξεις [6], και αυτά τα δεδομένα υποστηρίζουν μια παρόμοια παθογόνο μηχανισμό. Οι σημαντικές διαφορές στα προφίλ μεθυλίωσης μεταξύ ιστολογικών υποτύπων υπογραμμίζουν τη σημασία του χαρακτηρισμού όγκων σε μοριακό επίπεδο, προκειμένου να αναπτυχθεί προσαρμοσμένες στρατηγικές θεραπείας.

Για την ταυτοποίηση των διαφορικά μετουσιωμένο τόπους, χρησιμοποιήσαμε γνωστές ετικέτες και τυφλώθηκε (δεδομένων σκηνοθεσία) υποομάδες. Γνωστές ετικέτες προσδιορίζονται μερικές δεκάδες γονίδια, μερικά με χαρακτηρισμένο ρόλους στον καρκίνο των ωοθηκών. Ωστόσο, με δεδομένη την αυστηρή γραμμή για την στατιστική σημαντικότητα σε έλεγχο πολύ μεγάλων αριθμών χώρων, βρήκαμε ότι μερικές ακραίες τιμές μέσα σε μια ομάδα θα μπορούσε να αποκρύψει σημαντικές μοτίβα. Με την ομαδοποίηση των δεδομένων σε μια αμερόληπτη προσέγγιση, βρήκαμε παρόμοια μοτίβα μεθυλίωσης μεταξύ κανονικών δειγμάτων και ορισμένες ακραίες τιμές όγκου, υποδεικνύοντας ότι η τρέχουσα ιστολογική στρατηγικές υποκατηγοριών μπορεί να χάσετε σημαντικό μοριακό διακρίσεις μεταξύ των όγκων. Το σημείο αυτό υποστηρίχθηκε περαιτέρω σε μεταστατικούς όγκους ενδομητριοειδές, η οποία περιείχε επίσης ένα παράρτημα που έμοιαζε με ένα κανονικό δείγμα σε μοτίβα μεθυλίωσης του. προσέγγιση ομαδοποίησης μας προσδιορίζονται με σαφήνεια ένα σύνολο 500 γονιδίων που θα μπορούσε να διαχωρίσει την πλειοψηφία των ορώδες δείγματα από ενδομητριοειδές δείγματα και φυσιολογικούς μάρτυρες. Παρά το γεγονός ότι η ομαδοποίηση ήταν χαρακτηριστική για τις τρεις κύριες κατηγορίες των δειγμάτων, η χρήση του αποκλείεται μια στατιστική αξιολόγηση της σημασίας των γονιδίων μέσα στο σύνολο. Παρ ‘όλα αυτά, η αύξηση της δύναμης της ομαδοποίησης 49 δείγματα εντοπίστηκαν επιπλέον 60 θέσεις που ήταν ανεξάρτητο από το σύνολο ομαδοποίησης και διαχωρίζονται τα δείγματα σε κανονικό ή ορώδες υποτύπους με στατιστική σημαντικότητα. Αρκετά από αυτά τα γονίδια αντιστοιχούν σε δίκτυα που εμπλέκονται στην ανάπτυξη του καρκίνου των ωοθηκών (Σχήματα S4 και S5). Ερευνήσαμε την επικάλυψη μεταξύ των καταλόγων γονίδιο στατιστικά σημαντική γονίδια που εντοπίστηκαν στις επίβλεψη και χωρίς επίβλεψη προσεγγίσεις και βρήκε 10 γονίδια. Αξίζει να σημειωθεί ότι, η κινάση

PDPK1

είναι στο μονοπάτι σηματοδότησης της ΡΙ3Κ εμπλέκονται στην ορώδες καρκίνο των ωοθηκών [37].

PDPK1

και

PLEKHF1

μοιράζονται μια περιοχή ομολογίας πλεκστρίνης, ικανό να δεσμεύει πολυφωσφορικά ινοσιτόλης.

PARP3

εμπλέκεται στην επιδιόρθωση του DNA και τη σταθερότητα του γονιδιώματος. Δεδομένης της να αναπαραχθεί σήμα από αυτά τα γονίδια, ανεξάρτητα από τη μέθοδο, καταλήγουμε στο συμπέρασμα ότι η μη χαρακτηρισμένα γονίδια σε αυτή τη λίστα είναι έντονα εμπλέκονται στην ανάπτυξη των όγκων των ωοθηκών και χρειάζονται επιπλέον χαρακτηρισμό.

Ένας περιορισμός της ανάλυσής μας είναι ότι δεν είχαμε οθόνη του όγκου DNA για γονιδιακές μεταλλάξεις ή τα επίπεδα έκφρασης των γονιδίων εξακριβώσει? Παρ ‘όλα αυτά, βρήκαμε ότι

RB1 ​​

και

RBAK

είναι διαφορικά μετουσιωμένο μεταξύ των θηλώδες ορώδες και φυσιολογικά δείγματα σάλπιγγα.

RB1 ​​

πρόσφατα αναφέρθηκε από TCGA να συμμετέχουν σε ορώδες αιτιολογία του όγκου, μέσω μετάλλαξης ή διαγραφή στο 67% των όγκων [38]. Η συμμετοχή του

RB1 ​​

οδός είναι συνεπής με ταυτόχρονη Rb1 και μετάλλαξης TP53 σε ποντίκια, το οποίο προσομοιώνει τα χαρακτηριστικά της επιθετικής ορώδες καρκίνων των ωοθηκών, συμπεριλαμβανομένων σχηματισμός ασκίτη και τη μετάσταση [39]. Παρά το γεγονός ότι δεν βρήκαμε σημαντική επικάλυψη με τον κατάλογο των μεθυλιωμένο γονιδίων στο ορώδες όγκων που δημοσιεύθηκε από TCGA, αυτή η ασυμφωνία μπορεί να οφείλεται σε μεθοδολογικά ζητήματα. Για παράδειγμα, δεν περιορίζουν τη λίστα γονίδιο σε υποψηφίους που γίνονται υπερμεθυλιωμένων και βρήκε πολλούς που χάνουν μεθυλίωσης. Επιπλέον, απαιτείται η βαθμολόγηση να είναι συνεπείς μεταξύ όλων των όγκων. όρια TCGA σκοράροντας στο 10% των όγκων. Επιπλέον, δεν περιορίζουν τα αποτελέσματα για τα γονίδια που γίνονται αθόρυβη, όπως μεθυλίωση έχει αποδειχθεί ότι προκαλεί τόσο θετικές όσο και αρνητικές ρυθμιστικές αποτελέσματα [40].

Η ανάλυσή μας του προφίλ μεθυλίωσης σε όγκους των ωοθηκών και του ενδομητρίου δείχνει την αξία για το χαρακτηρισμό όγκων σε μοριακό επίπεδο. Ο φαινότυπος methylator υποδεικνύει μια εκτροπή στην μοριακή λειτουργία των ενζύμων που ρυθμίζουν τα επίπεδα μεθυλίωσης του DNA και προτείνει ότι ένα μόριο που ενεργεί ανοδικά των υποψήφια γονίδια είναι υπεύθυνη για τον καταρράκτη γεγονότων που οδηγούν στην ανάπτυξη των όγκων. Μελέτες σε ηπατοκυτταρικό καρκίνωμα έχουν εντοπίσει μεταλλάξεις στο γονίδιο της β-κατενίνης σε συνδυασμό με ένα φαινότυπο methylator. Μεταλλάξεις σε βήτα-κατενίνης είναι επίσης κοινά στην ενδομητρίου όγκων [1], και προτείνουν τα πειράματα παρακολούθησης για να αξιολογηθεί μια άμεση σχέση με το DNA μεθυλίωση σε ενδομητριοειδές όγκους. Επιπλέον, θεραπευτικές στρατηγικές που αποσκοπούν στην πρόληψη εκτεταμένη μεθυλίωση (όπως η 5-αζα-2′-δεοξυκυτιδίνης) θα πρέπει να αξιολογηθεί στο πλαίσιο των όγκων με ένα φαινότυπο methylator.

Η συνοχή των προφίλ μεθυλίωσης, παρά ανεξάρτητο δείγμα παρασκευή και η συλλογή δεδομένων για τα δείγματα TCGA, χρησιμοποιήθηκε για την επικύρωση και την επέκταση αποτελέσματα μας. Αυτά τα δεδομένα δείχνουν ότι το δείγμα αποτελέσματα παρτίδα είναι ελάχιστες και δεν διαταράσσουν τη συνοχή των δεδομένων. Τα στοιχεία μας παρέχουν τη βάση για τη μελλοντική γονιδιωματική και γενετικές αναλύσεις του ενδομητρίου και ορώδες όγκους για διαγνωστικές και θεραπευτικές εφαρμογές. Αξίζει να σημειωθεί ότι, τα αποτελέσματά μας δείχνουν ότι τα επίπεδα μεθυλίωσης στο ορώδες όγκοι είναι λιγότερο συνεπής από ενδομητριοειδές όγκους, αλλά αυξάνει και να μειώνει σε ένα στόχο-εξαρτώμενο τρόπο. Σε αντίθεση με τους όγκους ενδομητριοειδές δείχνουν εκτεταμένες αλλαγές που πιθανόν συνδέονται με μια κοινή ανάντη μηχανισμό πάει στραβά.

Υλικά και Μέθοδοι

Η συλλογή των δειγμάτων

ωοθηκών, του ενδομητρίου και σάλπιγγα ιστούς σωλήνα ήταν έλαβε από το Magee-Womens Hospital Πρόγραμμα ιστών Προμηθειών (Pittsburgh, PA). Οι ιστοί καταψύχθηκαν μετά το χειρουργείο και αποθηκεύτηκαν στους -80 ° C. Γονιδιωματικό DNA απομονώθηκε χρησιμοποιώντας το Puregene αίμα Kit (Qiagen) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. ποιότητα του DNA εκτιμήθηκε χρησιμοποιώντας φασματοφωτόμετρο SmartSpec Plus (BioRad, Hercules, CA).

ενδομητρίου φυσιολογικά δείγματα

Τα δείγματα ιστού που παρέχεται από τη Συνεργατική Ανθρώπινο Δίκτυο ιστών, το οποίο χρηματοδοτείται από το National Cancer Ινστιτούτο. Τα δείγματα είναι από μετα-εμμηνοπαυσιακές άτομα με ατροφικού ενδομητρίου και ελήφθησαν από συνήθεις υστερεκτομή ή πυελική εκτομή για μη ενδομητριακών καρκίνων. DNA απομονώθηκε σύμφωνα με το πρωτόκολλο αντιδραστηρίου ΤπζοΙ (Invitrogen).

Η χρήση του ανθρώπινου υποκειμένου υλικού εγκρίθηκε από το Πανεπιστήμιο του Πίτσμπουργκ και το Γραφείο για τα Ανθρώπινα Θέματα Έρευνας στο ΝΙΗ.

TCGA

δεδομένων

δεδομένα TCGA είχαν κατεβάσει κατά το χρόνο της ανάλυσης αυτής από την πύλη δεδομένων (https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/dataAccessMatrix.htm). Δεδομένα από την ίδια παρτίδα περιείχε απαράμιλλη ορώδες όγκων και φυσιολογικά δείγματα σάλπιγγα. Φυσιολογικά: TCGA-01-0639-11A-01D-0383-05, TCGA-01-0631-11A-01D-0383-05, TCGA-01-0642-11A-02D-0383-05, TCGA-01-0628- 11Α-01D-0383-05, TCGA-01-0637-11A-01D-0383-05, TCGA-01-0633-11A-01D-0383-05, TCGA-01-0630-11A-01D-0383-05, TCGA-01-0636-11A-01D-0383-05.