Αφηρημένο

Σκοπός

Νέα αντικαρκινικών παραγόντων που στοχεύουν σε ένα και μόνο υποδοχέα κυτταρικής επιφάνειας, up-ρύθμιση ή ενισχυμένο γονίδιο προϊόν, ή μεταλλαγμένο γονίδιο, έχουν συναντηθεί με κάποια επιτυχία στη θεραπεία προχωρημένους καρκίνους. Ωστόσο, οι όγκοι των ασθενών ακόμα τελικά πρόοδος σε αυτές τις θεραπείες. Αν ήταν δυνατό να προσδιοριστεί ένα μεγαλύτερο αριθμό δυνατότητα στόχευσης τα τρωτά σημεία του όγκου ενός ατόμου, πολλαπλούς στόχους θα μπορούσαν να αξιοποιηθούν με τη χρήση ειδικών θεραπευτικών παραγόντων, πιθανώς δίνοντας έτσι τα ασθενή βιώσιμες εναλλακτικές θεραπευτικές επιλογές.

Πειραματικός Σχεδιασμός

με αυτή τη διερευνητική μελέτη, χρησιμοποιήσαμε τεχνολογίες αλληλουχίας επόμενης γενιάς (NGS) συμπεριλαμβανομένων αλληλουχίας ολόκληρο το γονιδίωμα (ΠΓΣ), και όπου είναι εφικτό, ολόκληρη αλληλουχίας μεταγραφικό (ΣΜΑ) για τον εντοπισμό γονιδιωματική γεγονότα και τις συναφείς αλλαγές της έκφρασης σε ασθενείς με προχωρημένο καρκίνο.

Αποτελέσματα

WGS σε ζεύγη όγκων και φυσιολογικά δείγματα από εννέα ασθενείς με προχωρημένο καρκίνο και ΣΜΑ σε έξι όγκων αυτών των ασθενών είχε ολοκληρωθεί. θεραπείας Ένας ασθενής βασίστηκε σε στόχους και οδούς που εντοπίστηκαν από NGS και ο ασθενής είχε μια βραχύβια αντίδραση PET /CT με σημαντική μείωση του πόνου των όγκων που σχετίζονται του. Να σχεδιάσουν προγράμματα θεραπείας βάσει των πληροφοριών που συγκέντρωσε από NGS, αρκετές προκλήσεις ανέκυψαν: NGS αναφορά καθυστερήσεις, η ανακοίνωση των αποτελεσμάτων στους συμμετέχοντες out-of-κράτος και τη θεραπεία ογκολόγους τους, και αλυσίδα φύλαξης χειρισμού για τα νωπά δείγματα βιοψίας για Κλινικών Εργαστηρίων Βελτίωση Τροποποιήσεις ( CLIA) επικύρωση στόχου.

Συμπέρασμα

Αν και η αρχική προσπάθεια ήταν μια πιο αργή διαδικασία από ό, τι αναμενόταν, λόγω της ποικιλίας των θεμάτων, που αποδεικνύουν τη σκοπιμότητα της χρήσης NGS σε ασθενείς με προχωρημένο καρκίνο, έτσι ώστε θεραπείες για ασθενείς με προχωρούν όγκοι μπορεί να βελτιωθεί

Παράθεση:. Weiss GJ, Liang WS, Demeure MJ, Kiefer JA, Hostetter G, Izatt T, et al. (2013) Μια πιλοτική μελέτη με Next-Generation Sequencing σε προχωρημένους καρκίνους: σκοπιμότητας και προκλήσεις. PLoS ONE 8 (10): e76438. doi: 10.1371 /journal.pone.0076438

Επιμέλεια: Patrick Tan, Duke-Εθνικό Πανεπιστήμιο της Σιγκαπούρης Πτυχιούχος Ιατρικής Σχολής, Σιγκαπούρη

Ελήφθη: 24 Απριλίου του 2013? Αποδεκτές: 23 Αύγ. 2013? Δημοσιεύθηκε: 30 του Οκτώβρη 2013

Copyright: © 2013 Weiss et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Χρηματοδότηση ήταν που παρέχονται από το Εθνικό Ίδρυμα Έρευνας για τον Καρκίνο (www.nfcr.org) και του Lee T. Ταμείο Hanley για καρκίνο του παγκρέατος Ερευνών (https://www.tgenfoundation.org/netcommunity/page.aspx?pid=1196). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Οι ασθενείς με προχωρημένο καρκίνο του επιλογές συχνά καυσαερίων θεραπείας. Μπορούν να συμμετάσχουν στη Φάση Ι ή Φάση ΙΙ δοκιμές νέων αντικαρκινικών παραγόντων, εφόσον πληρούν κατά κανόνα αυστηρά κριτήρια επιλεξιμότητας και να έχουν πρόσβαση σε κέντρα που μπορούν να διαχειριστούν δοκιμαζόμενων παραγόντων. Όταν οι ασθενείς συμμετέχουν σε αυτές τις δοκιμές, νέοι παράγοντες, κατά μέσο όρο, να δώσει τα ποσοστά ανταπόκρισης μεταξύ 5% και 10% σε μια Φάσης Ι ρύθμιση και το 12% σε μια ρύθμιση Φάση II [1] – [3]. Οι ασθενείς έχουν επίσης μια επιλογή για την καλύτερη υποστηρικτική φροντίδα, σε μια προσπάθεια να αντιμετωπίσουν τα συμπτώματά τους.

Πρόσφατα, υπήρξε μια έκρηξη ενδιαφέροντος για την ανάπτυξη νέων αντικαρκινικών παραγόντων που είναι πιο στοχευμένες, συνήθως έναντι ενός υποδοχέα της κυτταρικής επιφάνειας ή up-ρύθμιση ή ενισχυμένο γονίδιο προϊόν ή μεταλλαγμένο γονίδιο. Η προσέγγιση αυτή συνάντηση με κάποια επιτυχία (π.χ. τραστουζουμάμπη κατά HER2 /

neu

σε κύτταρα καρκίνου του μαστού, erlotinib έναντι EGFR-μεταλλαγμένη μη μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα, κλπ). Ωστόσο, οι όγκοι των ασθενών ακόμα τελικά πρόοδος σε αυτές τις θεραπείες, διότι περιέχουν πολλαπλές γονιδιωματικής ανωμαλίες, και στοχεύει σε μια ενιαία ανωμαλία δεν είναι επαρκής για να αποτρέψει την εξέλιξη. Εάν ήταν δυνατόν να προσδιοριστεί μια μεγαλύτερο αριθμό στόχων στον όγκο ενός ατόμου όπου υπάρχουν παράγοντες που θα μπορούσαν δυνητικά να στοχεύσει, πολλαπλούς στόχους θα μπορούσε να αντιμετωπιστεί με τη χρήση ειδικών θεραπευτικών παραγόντων, και ίσως να μειώσει την πιθανότητα της εξέλιξης. Τελικά, οι περισσότεροι ερευνητές οραματίζονται χρησιμοποιώντας διάφορα μέσα για να χτυπήσει πολλαπλούς στόχους παρόν στον όγκο του ασθενούς. Ωστόσο, ο προσδιορισμός και η εφαρμογή των κατάλληλων θεραπευτικών παραμένει μια πρόκληση.

Έχουμε ήδη διεξαχθεί μια προοπτική πολυκεντρική μελέτη χρησιμοποιώντας μοριακά προφίλ των όγκων με ανοσοϊστοχημεία (IHC), φθορίζοντα in situ υβριδισμού (FISH), και το DNA μικροσυστοιχιών για να βρείτε δυνητικοί στόχοι φαρμάκου και επιλέγεται αναλόγως θεραπείες [4]. Εξήντα έξι από 84 ασθενείς υποβλήθηκαν σε θεραπεία με βάση το μοριακό προφίλ του όγκου τους. Για 18 από αυτούς τους 66 ασθενείς, η θεραπεία που προέρχεται από το μοριακό προφίλ, οδήγησε σε μια αναλογία επιβίωσης ≥1.3 χωρίς εξέλιξη, προτείνοντας έτσι ένα θεραπευτικό όφελος. Μοριακή προφίλ υποστήριξε την ένδειξη μιας νέας θεραπείας που δεν είχε προβλέψει αρχικά από τον ερευνητή, σε έναν πληθυσμό ασθενών που ήταν σε μεγάλο βαθμό προεπεξεργασία και πυρίμαχα με τις προηγούμενες θεραπείες.

Για να αξιοποιηθεί αυτό το αρχικό βήμα για την εξατομικευμένη θεραπεία, χρησιμοποιήσαμε διπλανής τεχνολογίες αλληλουχίας γενιάς (NGS) συμπεριλαμβανομένων αλληλουχίας ολόκληρο το γονιδίωμα (ΠΓΣ), και όπου είναι εφικτό, ολόκληρη αλληλουχίας μεταγραφικό (ΣΜΑ) για τον εντοπισμό γονιδιωματική γεγονότα και τις συναφείς αλλαγές της έκφρασης σε ασθενείς με προχωρημένο καρκίνο. Χρησιμοποιήσαμε WGS σε ακολουθία όγκου βιοψία DNA και συμφωνημένα βλαστικής σειράς DNA από εννέα ασθενείς με προχωρημένο καρκίνο τον προσδιορισμό των βασικών σωματικών αλλαγών. Η βλαστικής σειράς DNA ελήφθη δείγμα από λευκά αιμοσφαίρια και το DNA του όγκου του δείγματος από τα κύτταρα του όγκου. Για έξι από αυτούς τους ασθενείς, χρησιμοποιήσαμε επίσης WTS προσδιορισμό της αλληλουχίας ολικό RNA που απομονώθηκε από τον όγκο, μαζί με μη ασθενή σύνολο ελέγχων RNA. Επειδή τα προφίλ γονιδιακής έκφρασης διαφέρουν μεταξύ των διαφόρων τύπων ιστού, και υγιής ιστός δεν θα μπορούσε να βιοψία από τον ασθενή για λόγους σύγκρισης, εμπορικώς αγοράστηκαν φυσιολογικό RNA για την αντίστοιχη ιστό συγκρίθηκε με RNA που απομονώθηκε από τον όγκο. Στη συνέχεια αξιολογούνται transcriptomic αλλαγές και πραγματοποιείται ολοκληρωμένη γονιδιωματική αναλύσεις [5] με τα δεδομένα WGS για τον εντοπισμό δυνητικών druggable στόχους. Εδώ, έχουμε αποδείξει τη σκοπιμότητα και να τονίσει τις προκλήσεις της χρήσης τεχνολογιών NGS σε μια προοπτική τρόπο σε ασθενείς με προχωρημένο καρκίνο.

Μέθοδοι

Δήλωση Ηθικής

Η μελέτη διεξήχθη σύμφωνα με τη Διακήρυξη του Ελσίνκι και εγκρίθηκε από το Διοικητικό συμβούλιο Δυτικής Institutional Review (WIRB® πρωτόκολλο # 20101288) (NCT01443390). Γραπτή συγκατάθεση λήφθηκε από ασθενείς, συμπεριλαμβανομένων γραπτή συγκατάθεση για τη δημοσίευση των κλινικών λεπτομέρειες και εικόνες.

Στόχοι Μελέτη

Ο πρωταρχικός στόχος αυτής της μελέτης ήταν να προσδιορίσει όσες γονιδιωματική αλλαγές όσο το δυνατόν σε προχωρημένοι καρκίνοι, έτσι ώστε να επεκτείνει το φάσμα των πιθανών αγώγιμων στόχων με θεραπείες που ήταν διαθέσιμα στο εμπόριο ή κλινικές δοκιμές. Ο δευτερεύων στόχος ήταν να αναπτυχθεί μια διαδικασία ροής εργασιών από βιοψία του όγκου στη θεραπεία? Πράγματι, η διαδικασία αυτή πρέπει να γίνει σε αρκετά σύντομο χρονικό διάστημα, προκειμένου οι ασθενείς να επωφεληθούν από αυτή την πρόσθετη πληροφόρηση για την ανάπτυξη ενός σχεδίου θεραπείας. Αυτό περιλαμβάνεται μέτρηση του χρόνου από βιοψία στην ολοκλήρωση και τελική ανάλυση του NGS σε δείγματα όγκων ασθενών και μη-όγκου, την εξέταση της συχνότητας με την οποία αποκτάται χρησιμοποιήσιμα δεδομένα αλληλουχίας ως συνάρτηση της συμμετοχής τοις εκατό του όγκου στο βιοψία, και αξιολόγηση της αντιστοιχίας μεταξύ των αντι -tumor δραστηριότητα των θεραπειών που προσδιορίζονται από NGS.

μελέτη

Το σκεπτικό για αυτή τη μελέτη είναι ότι NGS θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν για την αναγνώριση όχι μόνο ένα αλλά πολλά γονιδιωματικής ανωμαλίες που θα μπορούσαν να έχουν ως στόχο τη χρήση δυνητικά διαθέσιμο θεραπειών σε ασθενείς με προχωρημένο καρκίνο. Αυτό το ενιαίο κέντρο, προοπτική, ενός σκέλους πιλοτική μελέτη διεξήχθη σε ασθενείς με προχωρημένο καρκίνο που προχώρησε στην τυπική συστηματική θεραπεία ή αν του ή τον τύπο του όγκου της δεν έχουν ένα πρότυπο συστηματική θεραπεία. Αυτή η μελέτη ήταν διερευνητική στη φύση. Για να συμμετάσχετε, οι ασθενείς πρέπει να έχουν ηλικία ≥18 και πρόθυμοι να υποβληθούν σε βιοψία ή χειρουργική διαδικασία για την απόκτηση των ιστών, εκτός αν κατεψυγμένα όγκου συλλέγονται λιγότερο από 8 εβδομάδες πριν ήταν διαθέσιμα. Οι ενδιαφερόμενοι συμμετέχοντες γνωρίζουν ότι η λήψη ενός νέου βιοψία δεν μπορεί να είναι ένα μέρος της ρουτίνας τη φροντίδα του ασθενούς για κακοήθεια τους. Άλλα κριτήρια επιλεξιμότητας περιλαμβάνονται: βασική εργαστηριακά δεδομένα δείχνουν αποδεκτό αποθεματικό του μυελού των οστών, ήπατος και νεφρική λειτουργία, Karnofsky κατάσταση απόδοσης ≥80%, και το προσδόκιμο ζωής & gt? 3 μήνες. Συμμετοχή σε άλλη κλινική δοκιμή στην οποία συμμετείχαν θεραπεία πριν ή κατά τη συμμετοχή σε αυτή τη μελέτη ήταν επιτρέπονται. Βασικά κριτήρια αποκλεισμού ήταν συμπτωματική ή χωρίς θεραπεία του κεντρικού νευρικού συστήματος (ΚΝΣ) μεταστάσεις, γνωστή ενεργές λοιμώξεις που απαιτούν ενδοφλέβια αντιμικροβιακή θεραπεία, εγκύους ή θηλάζουσες γυναίκες, ή του όγκου που ήταν απρόσιτες για μια βιοψία. Τα άτομα με γνωστή HBV, HCV, ή λοίμωξη (-εις) του HCV που απαιτούν αντι-ιική θεραπεία αποκλείσθηκαν επίσης ως ο πληθυσμός αυτός συχνά αποκλείονται από την πρώτη-in-ανθρώπινο ογκολογία κλινικές δοκιμές? περιορίζοντας έτσι το πεδίο για πιθανές θεραπευτικές επιλογές για αυτή την ομάδα. Όλες οι επιλέξιμες οι ασθενείς είχαν ολικού αίματος και ένα φρέσκο ​​κατεψυγμένο δείγμα όγκου συλλέγονται και αποστέλλονται για αναλύσεις. Αυτές οι μέθοδοι και οι πληροφορίες σχετικά με τα δεδομένα των πρώτων αλληλούχισης περιγράφονται περαιτέρω στο συμπληρωματικό τμήμα. Αρχικά αναμενόταν περίπου 100 ημέρες από την φρέσκια βιοψία του όγκου για την ολοκλήρωση της NGS. Μετά έγινε ανάλυση NGS, οι κύριοι ερευνητές εξέτασαν τα αποτελέσματα, και όταν ενδείκνυται κλινικά, επέλεξε τους στόχους για την επικύρωση από CLIA-πιστοποιημένο (Clinical Laboratory Βελτίωση Τροποποιήσεις) εργαστήριο. Για πέντε δείγματα ασθενών με χαμηλό ποσοστό του όγκου, αλληλουχίας exome προστέθηκε στον εντοπισμό δυνητικών προσφυγής στόχους. Μετά την επικύρωση στόχο, μια έκθεση που προβλέπεται στην αντιμετώπιση ογκολόγος με τους πιθανούς συστάσεις θεραπείας, η οποία μπορεί να χρησιμοποιηθεί κατά την κρίση του /της.

Αποτελέσματα

Χαρακτηριστικά Ασθενών

Όλοι οι ασθενείς παρατηρήθηκαν και αξιολογήθηκαν για να συμπεριληφθούν σε αυτή τη μελέτη από τον Οκτώβριο του 2010 και Φεβρουαρίου 2012 ένα ενιαίο κέντρο. Για να αποφευχθούν οι καθυστερήσεις ροή των εργασιών σχετικά με τις διαθέσιμες μηχανές NGS, ο έλεγχος για τους ασθενείς είχε απόσταση για να επιτρέψει όχι περισσότερα από δύο πιθανούς υποψηφίους από ένα μήνα. Καθώς το κέντρο τη διεξαγωγή της μελέτης δέχεται παραπομπές από όλη τη χώρα για 1 μελέτες φάσης, ορισμένα άτομα ήρθαν από έξω από την κατάσταση για μια προγραμματισμένη εξέταση και τη συναίνεση της αξιολόγησης, και μετά την επιβεβαίωση της επιλεξιμότητας, προχώρησε σε μια νέα βιοψία όγκου μέσα σε 24 ώρες. Αυτό έγινε για την ευκολία του ασθενούς για να επιτρέψει για ταξίδια πίσω στο σπίτι λίγο μετά την αρχική εκτίμηση. Το έκανε δημιουργήσει υλικοτεχνικές προκλήσεις με την παρακολούθηση και τη μεταφορά αποτελέσματα πίσω στον θεράποντα ιατρό. Για τους ασθενείς που ζουν σε απόσταση οδήγησης, η διαδικασία εγγραφής ήταν παρόμοια, αν και η βιοψία δεν ήταν πάντα προγραμματιστεί για την επόμενη μέρα.

Ο Πίνακας 1 παραθέτει τα χαρακτηριστικά των 11 ασθενών που συναίνεσε για τη μελέτη αυτή. Η πλειοψηφία των ασθενών ήταν άνδρες, με μέση ηλικία 59 έτη (εύρος, 20 έως 69 ετών). Αξίζει να σημειωθεί ότι, κατά τη στιγμή της συναίνεσης, όλα εκτός από ένα ασθενή (ασθενής 9) είχε προχωρήσει σε τουλάχιστον μία προηγούμενη συστηματική θεραπεία για προχωρημένη νόσο (3, εύρος 0-8). Ασθενής 9, που είχαν διαγνωστεί με προχωρημένο αδενοχοληδωτό καρκίνωμα του παγκρέατος, υποβλήθηκε σε συστηματική θεραπεία και στη συνέχεια προχώρησε μετά έγινε διαθέσιμη αποτελέσματα NGS.

Η

Σχήμα 1 στοιχεία τα ενοποιημένα πρότυπα των εκθέσεων δοκιμών (CONSORT) διάγραμμα καταδεικνύει τη ροή της οι 11 ασθενείς που συναινέσει και αξιολογήθηκαν για τη μελέτη. Δύο ασθενείς (ασθενείς 1 και 5) υποβλήθηκαν σε βιοψία του όγκου και είχαν ανεπαρκή DNA διαθέσιμη για ανάλυση NGS, λόγω της έλλειψης επαρκούς κυτταροβρίθειας όγκου παρατηρήθηκε στα δείγματα που συλλέγονται (Πίνακας 1 και Πίνακας S1). Για τις υπόλοιπες εννέα ασθενείς με προχωρημένο καρκίνο, εκτελέσαμε WGS τόσο DNA του όγκου, καθώς και βλαστικής σειράς DNA που απομονώθηκε από ολικό αίμα, προκειμένου να προσδιοριστούν και τα δύο σωματικών αλλαγών? αντίστοιχα. Οι WGS μετρήσεις και συνοπτικά στατιστικά στοιχεία για κάθε μία από τις εννέα ασθενείς παρουσιάζονται στον Πίνακα S1. Έξι ασθενείς είχαν διαθέσιμη RNA όγκου που είχαν επιτυχία αναλύθηκαν από WTS. Για τα τελευταία τρία ασθενείς (ασθενείς 9, 10, και 11), συμμετείχαν σε αυτή τη μελέτη, αναλάβαμε μια πιο περίπλοκη βιολογική ανάλυση των συναρμολογημένων γονιδιωματικής δεδομένων να διακρίνει αξιοσημείωτες βιολογικές οδούς που μπορεί να επηρεάζονται στον καρκίνο του ασθενούς για τον εντοπισμό πιθανών θεραπευτικών στόχων.

* – ανάλυση των προοπτικών εμπλουτισμός έγινε πριν από την συζήτηση των αποτελεσμάτων με τον ασθενή και τη θεραπεία ογκολόγος για τα τελευταία τρία ασθενείς που συμμετείχαν

η

Από τους 9 ασθενείς με WGS ή /και exome. αλληλούχηση ή /και ανάλυση WTS διαθέσιμο, εντοπίσαμε δυνητικοί στόχοι και τα μονοπάτια για όλους, αλλά ασθενή 2 (88,9%) (Πίνακας 1). Για δευτερεύοντες στόχους μας, ο διάμεσος χρόνος από τη βιοψία για να ολοκληρωθεί και η τελική ανάλυση NGS σε δείγματα όγκων των ασθενών και των μη-όγκου ήταν 91 ημέρες (εύρος 46-243 ημέρες). Οι κύριοι λόγοι για τις ακραίες τιμές ήταν είτε προβλήματα μέσο αλληλουχίας ή ένα αποτέλεσμα του χαμηλού ποσοστού όγκου στο δείγμα που απαιτούν αλληλουχίας exome για τον εντοπισμό δυνητικών προσφυγής στόχους. Για το πρωτόκολλο που χρησιμοποιείται, αλληλούχιση exome απαιτούνται περισσότερα στοιχεία DNA (3 ug) από WGS (1 ug) και παρέχονται πληροφορίες σχετικά με τις περιοχές κωδικοποίησης και όμορες αμετάφραστες περιοχές του γονιδιώματος. Για επτά από τις περιπτώσεις, οι αρχικές δείγματα όγκου υποβλήθηκαν άμεσα με το θεσμικό μας όργανο για την αξιολόγηση της παθολογίας, έτσι ώστε το ποσοστό του όγκου θα μπορούσε να εξακριβωθεί. Η ελάχιστη περιεκτικότητα σε κυτταρικότητα του όγκου για την επιτυχή NGS ήταν 30% (Πίνακας 1).

ολόκληρο το γονιδίωμα αλληλούχιση

Για την πλήρη πιλοτική μελέτη, ο προσδιορισμός αλληλουχίας διεξήχθη με την τεχνολογία σύνθεσης και 100 bp αντιστοιχισμένο-άκρο χημεία . Εμείς δημιουργούνται πάνω από 19 δισ συνολικό διαβάζει από WGS για το μέσο όρο χαρτογραφηθεί καλύψεις που κυμαίνονται από 17 × 71 ×. SNP (μόνο νουκλεοτιδίου πολυμορφισμός) καλώντας πραγματοποιήθηκε με τη χρήση δύο ξεχωριστών καλούντες να μειώσει το ποσοστό ψευδώς αρνητικών. Για την αξιολόγηση της συνολικής ποιότητας των δεδομένων παραλλαγή, βλαστική SNPs κλήθηκαν και η μετάβαση σε μεταστροφή και dbSNP (πολυμορφισμού ενός νουκλεοτιδίου Database) [6] υπολογίστηκαν 129 αναλογίες συμφωνία. Για όλους τους ασθενείς, οι αναλογίες μετάβαση /μεταστροφής ήταν στην περιοχή των 2,01 να 2,24, και το ποσοστό αντιστοιχίας dbSNP 129 κυμαίνονταν από 86,0 να 89,4 (Πίνακας S1). Από αυτές τις αναλύσεις δεν προκαταλήψεις ανιχνεύθηκαν σε σχέση με υποκαταστάσεις νουκλεοτιδίων, οι SNPs που προσδιορίζονται συσχετίζονται έντονα με κοινές γενετικές παραλλαγές, και παραλλαγή υψηλής ποιότητας κλήση έγινε. Για όλους τους ασθενείς υπήρχαν συνολικά 5.778 κωδικοποίησης γονιδιωματικά γεγονότα προσδιορίζονται (διάμεσος = 15,5). Ο ασθενής 2, ένας θηλυκός ποτέ καπνιστής με μεταστατικό αδενοκαρκίνωμα πνεύμονα, φιλοξενούσε την πλειοψηφία αυτών των κωδικοποιούμενων γονιδιωματικών γεγονότων (n = 4137) που περιλαμβάνει μία μετάλλαξη nonsynonymous ΤΡ53 (G226V) με 100% μεταλλαγμένο αλληλόμορφο ειδική έκφραση, και μια διάμεση 8q CNV (αριθμός αντιγράφων παραλλαγή) να αποκτήσουν περιλαμβάνει MYC. Ο ασθενής 11, ένα θηλυκό με μεταστατικό βρογχικό καρκινοειδή, είχε τα λιγότερα κωδικοποίησης γονιδιωματικά γεγονότα (n = 4). αλληλούχιση exome πραγματοποιήθηκε σε δείγματα όγκων από ασθενείς 6, 7, 8, 10, και 11 με τις μετρήσεις που παρέχονται στον Πίνακα S1. Τα αποτελέσματα CNV παρέχονται στον Πίνακα S2.

Σύνολο αλληλούχιση μεταγραφικό

WTS διεξήχθη σε έξι ασθενείς (Πίνακας 1 και Πίνακας S1) και τα αντίστοιχα μη ασθενή φυσιολογικό RNA ιστός με βάση την προέλευση του πρωτοπαθούς όγκου του . Επειδή φυσιολογικό γειτονικό ιστό δεν συλλέχθηκε από ασθενείς κατά τη διάρκεια της βιοψίας, ολικό RNA για το σχετικό ιστός εμπορικώς αγοράζονται. βιβλιοθήκες RNA παρασκευάστηκαν για αυτά τα δείγματα και προσδιορίστηκε η αλληλουχία με τις αντίστοιχες βιβλιοθήκες RNA όγκου. Όγκου δεδομένων WTS συγκρίθηκαν με αντίστοιχα δεδομένα WTS φυσιολογικό ιστό να προσδιοριστούν οι αλλαγές έκφραση στα βιοψίες όγκων. Κάθε ένα από τα αναλύονται οι όγκοι είχαν γονιδίων με σημαντικές αλλαγές έκφρασης με q & lt?. 0.05, διορθωμένη για πολλαπλές δοκιμές (διάμεσος αριθμός των γονιδίων που εκφράζονται διαφορικά 1731, σειρά 495-2,323) (Πίνακας S3)

Αντιγραφή Αριθμός Παραλλαγή

οι πολλαπλασιασμοί και διαγραφές ανιχνεύθηκαν προσδιορίζοντας περιοχές όπου υπήρχε ένα δέλτα (+/-) σε log2FC (όπως περιγράφεται παραπάνω) μεγαλύτερη από 2 τυπικές αποκλίσεις η διάμεση log2FC κατά μήκος του βραχίονα του χρωμοσώματος να ανακρίνεται. Delta υπολογίστηκε αφαιρώντας τα τελικά σημεία του περίπου 1 MB συρόμενο παράθυρο. Επιπλέον, οι ανιχνεύονται περιοχές έπρεπε να είναι λιγότερο από 14 MB σε μήκος πρέπει να επισημανθεί ως ένα κομβικό γεγονός. Πίνακας S2 περιέχει όλα τα εστιακά γεγονότα τα οποία περιέχουν COSMIC γονίδια για ασθενείς 2, 3, 4, 7 και 8. Ασθενείς 9 και 11 δεν έχουν κανένα εστιακό γεγονότα που περιέχονται COSMIC γονίδια. Ασθενείς 6 και 10, δεν έχει κανένα εστιακό εκδηλώσεις (βλέπε Πίνακα S3 και σχήμα S7)

Υποψήφιοι Εμπλουτισμός Ανάλυση

Για εγγραφεί τις τελευταίες τρεις ασθενείς, πραγματοποιήθηκε εμπλουτισμός ανάλυση WGS ή /και exome αλληλουχίας και WTS. Λεπτομέρειες για κάθε ασθενή ξεχωριστά έχουν ως εξής:

Ασθενής 9 αδενοχοληδωτό καρκίνωμα του παγκρέατος

Από τους εννέα ασθενείς που είχαν όγκους αναλύθηκαν με NGS, ασθενής 9 (αδενοχοληδωτό καρκίνος του παγκρέατος) είναι η μόνη ατομική επεξεργασία των οποίων έγινε με βάση τους στόχους και τα μονοπάτια που προσδιορίζονται από NGS. Μόνο δύο τύπους δεδομένων ήταν διαθέσιμα για ανάλυση σε ιστούς αυτού του ασθενούς, και μόνο παραλλαγές νουκλεοτιδίων (SNV) και WTS. Δεν υπάρχουν σημαντικές περιοχές της αλλοίωσης παρατηρήθηκαν στα δεδομένα αριθμό αντιγράφων.

Οι 20 κορυφαίες κανονική χάρτες εμπλουτισμένο σε δεδομένα ΣΜΑ που εμφανίζονται στο σχήμα S1. Κοινή βιολογικούς μηχανισμούς που σχετίζονται με αυτές τις κορυφαίες 20 εμπλουτισμένο χάρτες περιλαμβάνουν πρόσφυση, κυτταροσκελετού αναδιαμόρφωση και το ανοσοποιητικό /διαδικασίες χημειοταξία. Τέτοια εμπλουτισμοί συνεπάγονται γενικευμένη ενεργοποίηση εξωκυτταρικής αναδιαμόρφωση μήτρας που μπορεί να σχετίζονται με φαινότυπο για αυτό το σπάνιο τύπο όγκου. Δύο χάρτες της σημείωσης στην κορυφή είκοσι εμπλουτισμοί οδού χάρτη είναι ειδικά καρκίνο του παγκρέατος χάρτες που χτίστηκε ειδικά για διεργασίες δέσμευσης μεταβάλλεται σε καρκίνο του παγκρέατος. Οι χάρτες με τίτλο, «αλληλεπιδράσεις όγκου-στρώματος σε καρκίνο του παγκρέατος» και «Ο ρόλος των αστεροειδών κυττάρων στην εξέλιξη του καρκίνου του παγκρέατος», τονίζουν περαιτέρω πιθανές αλληλεπιδράσεις στρωματικά /ECM στο πλαίσιο αυτού του όγκου. Η «Ο ρόλος των αστεροειδών κυττάρων σε εξέλιξη του καρκίνου του παγκρέατος» χάρτης παρουσιάζεται στο σχήμα S2.

Μια επιπλέον παρατήρηση από την επιθεώρηση των επικαλυπτόμενων δεδομένων WTS επάνω σε χάρτες σηματοδότησης είναι η πιθανή εμπλοκή του ΤΟΡ-β με τη μεσολάβηση επιθηλιακά μεσεγχυματικά να μετάβαση σε αυτό τον όγκο. Ο «κανονισμός ανάπτυξη των επιθηλιακών σε μεσεγχυματικά μετάβασης (EMT)« χάρτη (Σχήμα S3), αναδεικνύει τα δεδομένα ΣΜΑ επικαλύπτονται, όπως αντιπροσωπεύονται από τα θερμόμετρα δίπλα στους κόμβους στο διάγραμμα. Ένα κόκκινο θερμόμετρο σημαίνει ότι το γονίδιο υπερεκφράζεται και μπλε σημαίνει ότι το γονίδιο υποεκφράζεται.

Δύο συνδετήρες, ΤΟΡ-βήτα 1 και ΤΟΡ-β 2 είναι και οι δύο απορυθμίζεται μαζί με συγγενή υποδοχέα τους, ΤΟΡ-βήτα υποδοχέα τύπου II. Η συνδυασμένη ρύθμιση προς τα άνω των αυξητικών παραγόντων /ζεύγη υποδοχέα σημεία για πιθανή σημασία αυτού του ζεύγους σηματοδότησης του να είναι «ενεργό» σε αυτόν τον όγκο. Πρόσθετες αποδείξεις που συνδέουν TGF beta σηματοδότησης σε EMT τονίζεται από την ρύθμιση προς τα άνω του Λεφ-1, TCF8 και παράγοντες μεταγραφής Ε2Α. Αυτοί οι παράγοντες μεταγραφής λειτουργήσει κατάντη του ΤΟΡ βήτα για να επισημάνει για EMT. Περαιτέρω απόδειξη της ενεργοποίησης τους είναι η ρύθμιση προς τα κάτω της Ε-καδερίνης το οποίο είναι ένα σήμα κατατεθέν του φαινοτύπου EMT. Η παρουσία του φαινοτύπου ΕΜΤ θα προμηνύει σχετική αντίσταση σε πολλούς θεραπευτικούς παράγοντες και υποδηλώσει ένα μεταστατικού όγκου.

Περαιτέρω επιθεώρηση των δεδομένων WTS αποκαλύπτει την υπερέκφραση των πιθανών στόχων για την παρέμβαση. Όπως αναφέρθηκε παραπάνω, η ρύθμιση ζεύγος συνδέτη /υποδοχέα υποδηλώνει ενεργοποίηση και προς τα πάνω ρύθμιση νευροπιλίνη 1 και VEGF-A. Αυτό μπορεί να αντιπροσωπεύει τα τρωτά σημεία σε αντι-αγγειογενετική θεραπεία. Πρόσθετους στόχους που ρυθμίζεται προς τα πάνω είναι ESR1, ABL1, GART, VDR και ErbB2.

όγκου του ασθενούς 9 είχε αξιοσημείωτη μεταλλάξεις στο γονίδιο KRAS (G12R) και PIK3CA (R93W). Και οι δύο από αυτές τις μεταλλάξεις ενεργοποιούν σηματοδότηση για την ανάπτυξη και τον πολλαπλασιασμό. Αυτές οι μεταλλάξεις συνυπάρχουσα υποδηλώνουν ότι συνδυασμένη στόχευση του MEK /ERK και PI3K /AKT για θεραπεία αυτού του όγκου θα είναι πιο αποτελεσματική από τη στόχευση μόνο μία από τις δύο μεταλλάξεις. Ενώ η μετάλλαξη KRAS είχε επικυρωθεί από τις δοκιμές CLIA, η περιοχή που περιέχει τη μετάλλαξη PIK3CA δεν ήταν μέρος μιας εμπορικής δοκιμής και έτσι ανεπιβεβαίωτες υπό συνθήκες CLIA. Ένα άλλο σημαντικό SNV είναι στο γονίδιο RAD50 (Q737R), το οποίο κωδικοποιεί για μια πρωτεΐνη που εμπλέκεται στην DNA διπλό σκέλος επισκευή διάλειμμα. Ελαττωματική λειτουργία του RAD50 έχει συνδεθεί με την ευαισθητοποίηση σε σισπλατίνη και αυξημένη ευαισθησία σε αναστολείς PARP [7].

Ο ασθενής αρχικά υποβάλλεται σε επεξεργασία με σισπλατίνη και γεμσιταβίνη και στη συνέχεια προχώρησε. Εκείνη την εποχή τα αποτελέσματα WGS /ΣΜΑ έγινε διαθέσιμο και ο ασθενής να είναι εγγεγραμμένοι σε μια φάσης Ι PI3K αναστολέα και ΜΕΚ αναστολέα συνδυασμός μελέτης. Ο ασθενής είχε μια βραχύβια PET /CT απάντηση σε αυτή τη μελέτη (Σχήμα 2) και αυτό συνοδεύεται επίσης από μια δραματική μείωση στον πόνο του, από μέτρια σε κανέναν (4/10 έως 0/10 στην κλίμακα οπτικής πόνο).

18-φθοριοδεοξυγλυκόζη τομογραφία εκπομπής ποζιτρονίων /αξονική τομογραφία (PET /CT) εικόνες που απεικονίζουν (Α) αξονική φέτα κατά την έναρξη και (Β) αξονική φέτα μετά από 30 ημέρες θεραπείας. Το κίτρινο βέλος δείχνει σε δύο υπερμεταβολική λεμφαδένες στη Β και C. Στην Β, η κατ ‘αποκοπή αξία πρόσληψης (SUV) του αριστερού λεμφαδένα είναι 9.8 και η λεμφαδένων στα δεξιά είναι 7,5, ενώ το SUV της αριστερής λεμφαδένων είναι 3.1 και η λεμφαδένων στα δεξιά είναι 3.5 C.

η

ασθενής 10 μεταστατικό

θηλώδες καρκίνωμα νεφρικών κυττάρων

τα δεδομένα για ανάλυση για αυτόν τον ασθενή αποτελούνταν μόνο από SNVs και WTS καθώς δεν εντοπίστηκαν αριθμό αντιγράφων εκτροπές. Οι top 20 κανονικά χάρτες αποκαλύπτουν κοινά θέματα γύρω από τον κυτταρικό κύκλο, χρωμόσωμα /λειτουργία της ατράκτου, κυτταρική προσκόλληση και τη μετάβαση EMT. Ένα μονοπάτι της σημείωσης είναι το «κυτταρικού κύκλου συναρμολόγηση ατράκτου και το διαχωρισμό των χρωμοσωμάτων« χάρτη (Σχήμα S4). Ένας αριθμός γονιδίων που εμπλέκονται με αυτό το χάρτη είναι ρυθμισμένη προς τα πάνω σε αυτόν τον όγκο, συμπεριλαμβανομένης της druggable AURKB στόχου (log2ratio = 6.3). Spindle συναρμολόγηση και ο διαχωρισμός χρωμοσωμάτων είναι ζωτικής σημασίας για την κυτταρική διαίρεση με έναν αριθμό ογκολογίας φαρμακευτικών στόχων που σχετίζονται με αυτή τη διαδικασία. Δύο SNVs είναι επίσης παρούσα σε γονίδια (STAG1 (F802Y) και NUMA1 (L1400P)) σε αυτό το μονοπάτι και να προτείνει τη σημασία αυτών των αλλαγών σε αυτόν τον όγκο.

Άλλες οδοί με στατιστική σημαντικότητα που περιέχουν σημαντικές παρατηρήσεις σχετικά με την βιολογία αυτού του όγκου και της ενδεχόμενης θεραπευτικές επιλογές σημειώνονται. Η «EGF και HGF-εξαρτώμενη διέγερση της μετάστασης σε γαστρικό καρκίνο« χάρτης αποκάλυψε ρύθμιση προς τα άνω του HGF και του υποδοχέα της ΚΟΑ. Ο χάρτης κατασκευάστηκε από καρκίνο του στομάχου συγκεκριμένες πληροφορίες, αν και πολλοί καρκίνοι μοιράζονται παρόμοιες πορείες σηματοδότησης και μόρια. Έχοντας τόσο υποδοχέα και συνδέτη αυξητικά προτείνει μια αυτοκρινή μηχανισμό σηματοδότησης. Όπως φαίνεται στο Σχήμα S5, οι άλφα-6 /βήτα-4 ιντεγκρίνης συστατικά απορυθμίζεται και λειτουργία σε συνεννόηση με το ΚΟΑ να ενεργοποιήσει κατάντη μεταγωγής σήματος. Η πιθανή συμμετοχή της ΚΟΑ είναι μια σημαντική παρατήρηση, όπως είναι σήμερα ένας ελκυστικός στόχος ογκολογικά φάρμακα.

Πρόσθετα επιθεώρηση των δεδομένων αποκάλυψε την παρουσία των αλλαγών στο επίπεδο του RNA των πιθανών στόχων φαρμάκων. Η αγγειογενετική συνδέτη σηματοδότηση είναι VEGFA, TOP2A, και τις Εθνικές Λέσχες mRNAs ρυθμισμένη προς τα πάνω. Αυτά τα τρία γονίδια είναι στόχοι των σημερινών παραγόντων ογκολογίας. Επιπλέον, MGMT mRNA, το οποίο είναι ένα γονίδιο επιδιόρθωσης DNA που μεταφέρει αντίσταση στην τεμοζολομίδη, ρυθμίζεται προς τα κάτω, γεγονός που υποδηλώνει temozolomide ως θεραπευτική επιλογή. Τέλος, αυτός ο όγκος έχει ένα SNV στο γονίδιο που κωδικοποιεί APTX για μια πρωτεΐνη που εμπλέκεται στην επιδιόρθωση του DNA που θα μπορούσαν να μεταφέρουν την ευαισθησία στην ιρινοτεκάνη [8].

Ασθενής 11 μεταστατικό καρκίνο του βρογχικού νευροενδοκρινείς

Τρεις τύποι της γονιδιωματικής διαθέσιμων πληροφοριών για ανάλυση από τους ιστούς του ασθενούς αυτού περιλαμβάνονται WTS, CNV (Πίνακας S2), και τα δεδομένα SNV. Μόνο τέσσερις SNVs σε δύο γονίδια, KRT4 και GOLGA6L10, ταυτοποιήθηκαν, με αποτέλεσμα τα δεδομένα WTS και CNV οδήγηση του βιολογικού αφήγηση σε αυτό όγκο. Σχήμα S6 εμφανίζει τα κορυφαία 20 κανονικά χάρτες πορείας από τον εμπλουτισμό ανάλυση των δεδομένων του ασθενούς 11 του. Τα θέματα που αντιπροσωπεύεται από τους τίτλους αυτών των χαρτών δεν είναι τόσο περιεκτική όπως και σε ασθενή 10, αλλά και πάλι, παρατηρούμε κυτταροσκελετού και κόλλα χάρτες κυριαρχούν. Αξίζει να σημειωθεί, δεν κυτταρικού κύκλου ή χρωμόσωμα centric χάρτες εμπλουτίζονται ενδεχομένως υποδηλώνει μια ελάχιστα μιτωτική όγκου. Από την άποψη των στόχων του γονιδίου, υπήρξαν αρκετές συγκεκριμένες υπερεκφράζεται γονίδια συμπεριλαμβανομένων KIT, PDGFRB, EGFR, FGFR1 και SPARC. Θα πρέπει να σημειωθεί ότι κανένα αντίγραφο παραλλαγές αριθμού παρατηρήθηκαν σε αυτά τα γονίδια.

Συζήτηση

Με αυτή τη διερευνητική πιλοτική μελέτη, χτίσαμε μετά από προηγούμενη εμπειρία μας με τους υποψήφιους μοριακό προφίλ. Δεδομένου ότι αυτό είναι μια αναδυόμενη τεχνολογία, εκεί ήταν αναμενόμενα και απρόβλεπτες προκλήσεις που προέκυψαν κατά τη διάρκεια της διεξαγωγής της μελέτης. Ο πληθυσμός των ασθενών που αξιολογήθηκαν σε αυτό το πιλοτικό είχαν προχωρημένους καρκίνους με την εξέλιξη της νόσου και, δυστυχώς, για δύο άτομα, τα αποτελέσματα έγιναν διαθέσιμα μετά από σημαντικές κλινική επιδείνωση ή θανάτου (ασθενείς 2 και 3). Ενώ η μελέτη ήταν σε εξέλιξη, το κόστος της αλληλουχίας συνέχισε να μειώνεται, και βελτιωμένα εργαλεία για ΣΜΑ και την ενσωμάτωση των WGS με WTS προέκυψαν. Έτσι, WTS προστέθηκε μεταγενέστερα από την ασθενή 7 και μετά. Για τον ασθενή 2, WTS ήταν εφικτό καθώς δεν υπήρχε διαθέσιμο όγκο για την εξαγωγή RNA. Οι συμπληρωματικές πληροφορίες από ΣΙΞ για τον ασθενή 2 στη συνέχεια αναμεταδίδονται με τον θεράποντα ογκολόγο. Εκτός από ανεπαρκή DNA του όγκου (ασθενείς 1 και 5), η τεχνολογία και η ροή της επεξεργασίας του δείγματος βελτίωσε όπου ήμασταν σε θέση να ενσωματώσει αλληλουχίας exome (ασθενείς 6, 7, 8, 10, και 11), όταν το ποσοστό του περιεχομένου του όγκου ήταν ανεπαρκής από τη βιοψία δείγματος . Αυτό προστίθεται στο συνολικό χρόνο αλληλουχίας και ανάλυσης για αυτούς τους ασθενείς (Πίνακας 1) [9] – [12]. Σημειώστε ότι WGS ήταν ο προτιμώμενος τρόπος κατά τη διεξαγωγή αυτής της μελέτης. WGS παρέχει καλύτερη ανάλυση αριθμού αντιγράφων και την ικανότητα να εντοπίζουν ανακατατάξεις όπως αναστροφές που καλύπτουν ένα μόνο εξόνιο ενός ογκοκατασταλτικό γονίδιο. Με αυτόν τον τύπο αναστροφής, δεν υπάρχει μετατόπιση πλαισίου και το ογκοκατασταλτικό γονίδιο εκφράζεται σε κανονικά επίπεδα. Χωρίς ισομορφή ή ανάλυση ματίσματος, η αλλαγή αυτή θα πρέπει να χαθεί από την IHC επειδή είναι ακόμα εκφράζεται στο επίπεδο πρωτεΐνης, ακόμη και αν η πρωτεΐνη είναι αδρανής λόγω της λείπουν τα αμινοξέα [5]. Αναγνωρίζουμε ότι αλληλουχίας exome παρέχει βαθύτερη κάλυψη για τον εντοπισμό κωδικοποίησης μεταλλάξεις. Νεότερες στρατηγικές μπορεί να συλλάβει το καλύτερο και των δύο WGS και αλληλούχιση exome από μακρές εισάγετε ρηχά ολόκληρων γονιδιωμάτων και βαθιά αλληλουχίας exome να συλλάβει συγκρότημα ανακατατάξεις και να επιτύχει μια υψηλότερη ευαισθησία για τη σύλληψη κωδικοποίηση μεταλλάξεις.

Μια άλλη πρόκληση συνειδητοποίησα μετά την μελέτη ήταν συνεχής ήταν η αλυσίδα της επιμέλειας χειρισμού για τα νωπά δείγματα βιοψίας. Επειδή οι αρχικές όγκοι που αναλύθηκαν δεν έχουν υποστεί επεξεργασία /RNA DNA σε ένα εργαστήριο CLIA, η επόμενη προγραμματισμένη επικύρωση των στόχων από το ίδιο φρέσκο ​​δείγμα δεν μπορούσαν να επαληθευθούν με δοκιμή CLIA-πιστοποιηθεί. Επιπλέον, η κατά προσέγγιση 2 εβδομάδες καθυστέρηση για την επικύρωση CLIA σε συνδυασμό με ένα διάμεσο χρόνο των 91 ημερών για την NGS έχει ως αποτέλεσμα να είναι διαθέσιμα ήταν προβληματική. Για όγκου του ασθενούς 9, το KRAS (G12R) μετάλλαξη ελέγχθηκε χρησιμοποιώντας ένα τεστ CLIA-πιστοποιηθεί. Για όλα εκτός από ένα ασθενή (ασθενής 2), μία δυνητικά druggable στόχου με ταυτοποιήθηκε είτε διατίθενται στο εμπόριο είτε δοκιμαζόμενα θεραπεία. Για τον ασθενή 11, WGS δεν αποδώσουν ένα στόχο, και μόνο WTS βοήθησε να προσδιορίσει druggable στόχους. Η ολοκλήρωση της ανάλυσης epigenomics θα μπορούσε επίσης παράγοντα ως ένα άλλο στρώμα προς διευκόλυνση της αναγνώρισης των druggable στόχους με τις υπάρχουσες θεραπείες.

Ακόμα και αν δεν υπάρχουν τεχνικά ή λογικές καθυστερήσεις στην NGS, η ερμηνεία και η εφαρμογή των εν λόγω πληροφοριών στην κλινική πρακτική είναι γεμάτη αβεβαιότητα. Δεν είναι όλα SNVs προσδιορίζονται από WGS θα έχουν επιβλαβή επίδραση στη λειτουργία της πρωτεΐνης. Έτσι, η απλή αναγνώριση των SNVs, ακόμα και όταν επικυρωθεί σε μια δοκιμή CLIA-πιστοποιηθεί, δεν εγγυάται ότι η στόχευση θα οδηγήσει σε σταθεροποίηση ή μείωση της επιβάρυνσης του όγκου. Πρέπει επίσης να αναγνωρίσουμε ότι η εντός του όγκου ετερογένεια και κλωνική εξέλιξη μπορεί να περιπλέξει επινοήσει στρατηγικές θεραπείας μας για τους ασθενείς με βάση τα αποτελέσματα από βιοψία μόνο όγκου [13], [14].

Κατά τη διεξαγωγή αυτής της μελέτης, συνειδητοποιήσαμε ότι με διάμεση χρονικό πλαίσιο 91 ημερών να υποβάλει έκθεση των αποτελεσμάτων NGS, οι ασθενείς με άριστη κατάσταση απόδοσης και χαμηλό φορτίο όγκου είναι πιο πιθανό να έχουν στόχους που προσδιορίζονται που μπορούν να ενεργοποιηθούν. Με βελτιωμένη αποδοτικότητα που μειώνουν το χρόνο για να πάρει τα αποτελέσματα NGS και λογικό κόστος, μπορούμε να οραματιζόμαστε NGS μπορεί να εφαρμοστεί περισσότερο σε παγκόσμιο επίπεδο για ασθενείς με προχωρημένο καρκίνο. Ακόμη και κατά τη διάρκεια της σχετικά σύντομο χρονικό διάστημα ότι η μελέτη αυτή εγγραφή, παρατηρήσαμε σημαντικές βελτιώσεις στην αλληλούχιση αναλύσεις και μείωσε το κόστος των αντιδραστηρίων. Άλλοι ανέφεραν πρόσφατα αρκετά εντυπωσιακά αποτελέσματα με ποσοστό ανταπόκρισης 27% σε διαθέσιμα στοχευμένες θεραπείες που χρησιμοποιούν πιο πεπερασμένη τεχνολογία αλληλουχίας για τον εντοπισμό druggable στόχους [15]. Σε γενικές γραμμές, μπορούμε να αποδείξει τη σκοπιμότητα της εκτέλεσης τεχνολογιών NGS σε μια προοπτική τρόπο σε ασθενείς με προχωρημένο καρκίνο. Προβλέπουμε ότι στο όχι μακρινό μέλλον τεχνολογίες NGS θα γίνει πιο άμεσα διαθέσιμη για ενσωμάτωση σε καθημερινή φροντίδα των προηγμένων ογκολογικούς ασθενείς.

Συμπέρασμα

Αν και η αρχική προσπάθεια ήταν βραδύτερη από ό, τι αναμενόταν διαδικασία λόγω σε μια ποικιλία θεμάτων, έχουμε αποδείξει ότι NGS μπορεί να χρησιμοποιηθεί σε κλινικές καταστάσεις, αν η προσέγγιση αυτή θα οδηγήσει σε πραγματική και συνεπής όφελος για τον ασθενή είναι ακόμη να αποδειχθεί.

Υποστήριξη Πληροφορίες

αρχείου S1.

Συμπληρωματικές πληροφορίες

doi:. 10.1371 /journal.pone.0076438.s001

(DOCX)

Εικόνα S1.

Ασθενής 9 στοιχεία WTS κανονική χάρτες. Ο αριθμός αυτός παρουσιάζει τις κορυφαίες 20 κανονικών χάρτες εμπλουτισμένο σε δεδομένα ΣΜΑ για τον ασθενή 9.

doi: 10.1371 /journal.pone.0076438.s002

(TIFF)

Εικόνα S2.

ρόλος των αστεροειδών κυττάρων σε εξέλιξη του καρκίνου του παγκρέατος. Αυτό το σχήμα δείχνει το ρόλο των αστεροειδών κυττάρων σε παγκρεατικά εξέλιξης του καρκίνου

doi:. 10.1371 /journal.pone.0076438.s003

(TIFF)

Εικόνα S3.

κανονισμού ανάπτυξη των επιθηλιακών σε μεσεγχυματικά μετάβασης. Αυτό το σχήμα δείχνει την πιθανή εμπλοκή του TGF-β μεσολάβηση επιθηλιακά σε μεσεγχυματικά μετάβαση

doi:. 10.1371 /journal.pone.0076438.s004

(TIFF)

Εικόνα S4.

Επιλεγμένα κανονικό χάρτη για Ασθενής 10: συναρμολόγηση ατράκτου κυτταρικού κύκλου και διαχωρισμό των χρωμοσωμάτων. Αυτό το σχήμα δείχνει τη συναρμολόγηση ατράκτου του κυτταρικού κύκλου και το διαχωρισμό των χρωμοσωμάτων, συμπεριλαμβανομένου του ρυθμίζεται προς τα πάνω και druggable στόχο, aurora-Β (AURKB)

doi:. 10.1371 /journal.pone.0076438.s005

(TIFF)

Εικόνα S5 .