Αφηρημένο

Ιστορικό

Μη κληρονομικό καρκίνο του παχέος εντέρου (CRC) είναι μια σύνθετη διαταραχή που προκύπτει από το συνδυασμό γενετικών και μη γενετικούς παράγοντες. μελέτες συσχέτισης γονιδιώματος-ευρεία (GWAS) είναι χρήσιμα για την ταυτοποίηση αυτών των παραγόντων γενετική προδιάθεση. Ωστόσο, η ενιαία τόποι μέχρι στιγμής που σχετίζεται με CRC αντιπροσωπεύουν μόνο ένα κλάσμα του γενετικού κινδύνου για την ανάπτυξη CRC στο γενικό πληθυσμό. Ως εκ τούτου, πολλές άλλες παραλλαγές γενετικό κίνδυνο μόνο και σε συνδυασμό πρέπει να παραμένουν να ανακαλυφθεί. Ο σκοπός της εργασίας αυτής ήταν να ψάξετε για γενετικούς παράγοντες κινδύνου για CRC, εκτελώντας μονής τόπου και δύο-locus GWAS στο ισπανικό πληθυσμό.

Αποτελέσματα

Ένα σύνολο από 801 έλεγχοι και 500 περιπτώσεις CRC συμπεριλήφθηκαν στην ανακάλυψη GWAS σύνολο δεδομένων. 77 πολυμορφισμούς μονών νουκλεοτιδίων (SNP) s από ενιαίο τόπο και 243 SNPs από τη σύνδεση δύο-locus αναλύσεις επελέγησαν για αντιγραφή σε 423 επιπλέον CRC περιπτώσεις και 1382 ελέγχους. Στη μετα-ανάλυση, ένα SNP, rs3987 στο 4q26, έφτασε GWAS σημαντική p-value (p = 4,02 × 10

-8), και ένα SNP ζευγάρι, rs1100508 CG και rs8111948 ΑΑ, έδειξε μια τάση για δύο-θέση συσχέτιση (p = 4,35 × 10

-11). Επιπλέον, GWAS μας επιβεβαίωσε την προηγουμένως αναφερθεί συσχέτιση με CRC πέντε SNPs που βρίσκεται στο 3q36.2 (rs10936599), 8q24 (rs10505477), 8q24.21 (rs6983267), 11q13.4 (rs3824999) και 14q22.2 (rs4444235).

Συμπεράσματα

μας GWAS για CRC ασθενείς από την Ισπανία επιβεβαίωσε μερικά έχουν αναφερθεί στο παρελθόν ενώσεις για CRC και έδωσε μια νέα SNP υποψήφιο κινδύνου, που βρίσκεται στο 4q26. Επίστασης αναλύσεις και απέδωσε αρκετά ζεύγη ευαισθησία μυθιστόρημα υποψήφιος που θα πρέπει να επικυρωθεί σε ανεξάρτητες αναλύσεις

Παράθεση:. Ρεάλ LM, Ruiz Α, Gayan J, González-Pérez Α, Sáez ME, Ramírez-Λόρκα R, et al . (2014) Μια καρκίνο του παχέος εντέρου Ευαισθησία νέα παραλλαγή στο 4q26 στην ισπανική πληθυσμών αναγνωρίζονται από Genome-Wide Ανάλυση σύνδεσης. PLoS ONE 9 (6): e101178. doi: 10.1371 /journal.pone.0101178

Επιμέλεια: Zongli Xu, Εθνικό Ινστιτούτο Περιβαλλοντικών Επιστημών Υγείας, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 11 Απρίλη του 2014? Αποδεκτές: 3 Ιούνη 2014? Δημοσιεύθηκε: 30 του Ιουνίου του 2014

Copyright: © 2014 Ρεάλ et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα:. Η συγγραφείς επιβεβαιώνουν ότι όλα τα δεδομένα που διέπουν τα ευρήματα είναι πλήρως διαθέσιμα χωρίς περιορισμούς. Όλα τα στοιχεία που περιλαμβάνονται στο έγγραφο

Χρηματοδότηση:. Η εργασία αυτή χρηματοδοτήθηκε εν μέρει από το πρόγραμμα CENIT από το Centro Τεχνολογικό Βιομηχανικό (CEN-20091016), επιχορηγήσεις από το Ισπανικό Ινστιτούτο Υγείας Carlos III (ADE10 /00026, PI09 /02444, PI12 /00511, Acción Εγκάρσια de Καρκίνο) επιχορηγήσεις από το Fondo de Investigacion Sanitaria /ΕΤΠΑ (08/1276, 08/0024, PS09 /02368, 11/00219, 11/00681), και από το γραφείο του κόστους μέσω ΚΟΣΤΟΣ δράση BM1206. SCB υποστηρίζεται από συμβάσεις από το Fondo de Investigación Sanitaria (CP 03-0070). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. LMR, AR, AGP, MES, RRL, FJM, JV, RMF, JMC , CMR, EV είναι πρώην υπάλληλοι της Neocodex. JG είναι ο ιδρυτής της Bioinfosol. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων να PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

Καρκίνος του παχέος εντέρου (CRC) αντιπροσωπεύει σε παγκόσμιο επίπεδο, όσον αφορά τη συχνότητα, την τρίτη κύρια αιτία του καρκίνου -σχετικών θνησιμότητα, και η δεύτερη πιο συχνή κακοήθης νόσος στην Ευρώπη [1]. Μια μειοψηφία των ασθενών έχουν οικογενειακό ιστορικό CRC, γεγονός που υποδηλώνει κάποια κληρονομική συμβολή. Οι μεταλλάξεις βλαστικής σειράς έχουν ταυτοποιηθεί ως η αιτία των κληρονομικών κίνδυνο καρκίνου σε ορισμένες από αυτές τις CRC-επιρρεπείς οικογένειες. Συνολικά, τα υψηλά μεταλλάξεις διεισδυτικότητα εκτιμάται ότι αντιπροσωπεύουν λιγότερο από το 5% των περιπτώσεων CRC [2]. Από την άλλη πλευρά, η συντριπτική πλειοψηφία των ασθενών με CRC δεν έχουν σαφή αποδεικτικά στοιχεία ότι έχουν κληρονομήσει τη διαταραχή και συνεπώς ταξινομούνται ως «σποραδική» καρκίνος.

Σποραδικές CRC θεωρείται μια σύνθετη διαταραχή που προκύπτει από το συνδυασμό των γενετικών και παράγοντες μη γενετικού κινδύνου σε συνεννόηση με σωματικές γενετικές και επιγενετικές αλλοιώσεις. Τα μη Μέντελ γενετικούς παράγοντες κινδύνου είναι κοινοί παραλλαγές χαμηλού κινδύνου κατανέμονται σε όλο το γονιδίωμα. Η προσέγγιση μελέτες συσχέτισης γονιδιώματος-ευρεία (GWAS) είναι ένα χρήσιμο εργαλείο για τον εντοπισμό αυτών των παραλλαγών [3]. Χρησιμοποιώντας την προσέγγιση για γενετικές παραλλαγές 30 κινδύνου που σχετίζονται με την ευαισθησία CRC αυτό έχουν αναφερθεί τα τελευταία χρόνια [4] – [15]. Παρά το γεγονός αυτό, το συνδυασμένο αποτέλεσμα αυτών των παραλλαγών αντιπροσωπεύει συνολικά μόνο ένα μικρό ποσοστό του γενετικού κινδύνου για την ανάπτυξη CRC στο γενικό πληθυσμό [16]. Αυτό υποδηλώνει ότι πολλές γενετικές παραλλαγές άλλος κίνδυνος είναι ακόμη να ανακαλυφθούν.

Σε γενικές γραμμές, GWAS έχουν ανεπαρκή για να αποκαλύψει όλα τα γονίδια που εμπλέκονται σε πολύπλοκες ασθένειες και, το σημαντικότερο, δεν έχουν πολύ χρήσιμο στην απομόνωση συγκεκριμένων μοριακών μονοπάτια που σχετίζονται με τις διαταραχές του υπό μελέτη [17]. Ένας από τους λόγους θα μπορούσε να είναι ότι η προσέγγιση μονής τόπου είναι συνήθως η μόνη μέθοδος που εφαρμόζεται για να GWAS σύνολα δεδομένων, και αυτό δεν λαμβάνει υπόψη την πολυγονιδιακή φύση που κρύβεται πίσω από την αιτιολογία πολύπλοκων ασθενειών. Έτσι, νέων μεθόδων ανάλυσης που θα βοηθήσει να ανιχνεύσει πιο ισχυρό γενετικό ενώσεις με βάση συνδυασμό των δεικτών έχουν προταθεί από εμάς και άλλους [18] – [20]. Πρόσφατα, η πρώτη μελέτη σύνδεσης δύο τόπο σε CRC έχει αναφερθεί [21]. Πρόσθετες μελέτες είναι σαφώς απαραίτητο για μια πιο ολοκληρωμένη κατανόηση της γενετικής πολυπλοκότητας της CRC ευαισθησία στις διάφορες ανθρώπινους πληθυσμούς.

Ο σκοπός της εργασίας αυτής ήταν να ψάξετε για γενετικούς παράγοντες κινδύνου για CRC στο ισπανικό πληθυσμό, που εκτελεί μια νέα GWAS που χρησιμοποιούν απλούς-θέση και δύο-locus αναλύσεις γενετικής σύνδεσης.

Αποτελέσματα

Φάση Ι CRC-GWAS ανάλυση

Για την αναγνώριση των SNPs κινδύνων που σχετίζονται με CRC, σχεδιάσαμε ένα GWAS (NXC-GWAS) που περιλαμβάνει 801 έλεγχοι και 500 περιπτώσεις από την ελάχιστα μελετηθεί ισπανικού πληθυσμού (δείγμα NXC-GWAS).

Όλα τα SNPs γονότυπος χρησιμοποιώντας το τσιπ Affymetrix NSP εγώ 250K. Μετά τον έλεγχο της ποιότητας, 20 περιπτώσεις απορρίφθηκαν (4 ασύμφωνα σεξ, 8 διαφορετικές εθνικότητα και 8 χαμηλό ποσοστό κλήση του δείγματος). Τέλος, επελέγησαν 480 περιπτώσεις και 801 μάρτυρες για ανάλυση σύνδεσης. ανάλυση Κύρια συνιστώσα πραγματοποιείται μεταξύ αυτού του δείγματος δεν έδειξε ανάμιξη του πληθυσμού (Σχήμα S1). Ηλικία κατά την πρόσληψη ήταν 58,0 ± 9,1 χρόνια στις περιπτώσεις και 51,9 ± 8,8 χρόνια σε ελέγχους (μέση τιμή ± τυπική απόκλιση). Ο αντίστοιχος αριθμός (ποσοστό) των γυναικών δείγματα ήταν 278 (57,9%), και 368 (45,9%), αντίστοιχα. Μεταξύ των 262.264 SNPs που μπορεί να θανατωθούν με αυτό το τσιπ, 83334 δεν περάσει τους ελέγχους ποιότητας (52964 SNPs απορρίφθηκαν λόγω χαμηλής ελάσσονα συχνότητα αλληλόμορφο (MAF), 2307 SNPs απέτυχε HWE και 28.333 είχαν σημαντικά διαφορετικό ρυθμό missingness μεταξύ υπόθεσης και ομάδες ελέγχου). Συνολικά 178.930 δείκτες επελέγησαν τελικά για αναλύσεις μετέπειτα ένωση. Δεν υπήρχε συνολικό πληθωρισμό του στατιστικού αποτελέσματος της δοκιμής (γονιδιωματική συντελεστή πληθωρισμού = 1,10) (βλέπε Εικόνα S2), παρέχοντας τη διαβεβαίωση ότι η συστηματική συγχυτικούς παράγοντες ήταν απίθανο.

Χρησιμοποιώντας Ρσυνδετήρ πραγματοποιήσαμε μια ανάλυση με έναν μόνο τόπο γενετική συσχέτιση [22 ]. Ένας γενετικός δείκτης, rs10446758 στο χρωμόσωμα 4q31.23, έφτασε στο GWAS-σημαντική τιμή p (p = 1,73 × 10

-8), και άλλα δύο δείκτες, rs4887855 στο χρωμόσωμα 16q23.1 και rs7171889 στο χρωμόσωμα 15q26.2, έδειξε μια τάση για συσχέτιση (p = 8,27 × 10

-8 και p = 8,53 × 10

-8, αντίστοιχα) (εικόνα 1) (Πίνακας S1).

Μπλε και κόκκινο οριζόντιες γραμμές αντιστοιχούν σ τιμές των 6,97 × 10

-4 και 5 × 10

-8 αντίστοιχα.

η

Πραγματοποιήσαμε επίσης ανάλυση δύο-τόπο χρησιμοποιώντας το λογισμικό HFCC (βλ ασθενείς και Μέθοδοι τμήμα), αποκλειστικά στην SNPs που πέρασαν τους ελέγχους ποιότητας. Συνολικά 1,60 × 10

10 συνδυασμοί των δύο τόπο τελικά επιτευχθεί. Μετά την εφαρμογή κατεύθυνση τον έλεγχο και την παρακολούθηση των φίλτρων, το λογισμικό αυτό απέδωσε 5×10

5 δύο τόπο στρώματα. Παρά το γεγονός ότι κανένας από αυτούς δεν έφτασε το κόψει σ αξία που καθορίστηκε στο 3,12 × 10

-12 μερικά ζεύγη έφθασε τιμές κοντά σε αυτό το όριο (Πίνακας S2).

Φάση II. Επικύρωση και μετα-ανάλυση

Για να δοκιμάσετε τις καλύτερες γενετικές συσχετίσεις που παρατηρήθηκαν στη φάση Ι, πρώτη, επελέγησαν εκείνες οι SNPs που περιλαμβάνονται σε οποιαδήποτε από τις καλύτερες 157 σήματα δύο τόπου (Πίνακας S2). Αυτά τα ζεύγη αντιπροσώπευαν 276 μόνο SNPs γιατί 38 SNPs ήταν παρόντες σε περισσότερα από ένα ζευγάρι. Δεύτερον, 79 SNPs από τις αναλύσεις μονής τόπου επιλέχθηκαν σύμφωνα με την τιμή p ένωση που λήφθηκε στο στάδιο I (p & lt? 6.9 × 10

-4) ή η πιθανότητα θα πρέπει να θανατωθούν με επιτυχία με την τεχνολογία Veracode. Έτσι, συνολικά 355 SNPs είχαν αρχικά επιλεγεί για την προετοιμασία των custom-made συστοιχίες. Ωστόσο, ήταν δυνατή μόνο για το σχεδιασμό ολιγονουκλεοτιδίων πισίνες για 340 SNPs (79 ενιαίο SNPs τόπο και 261 δύο-locus SNPs).

Αυτές οι γενετικοί δείκτες γονότυπος σε 423 διαφορετικές περιπτώσεις και 1448 διαφορετικούς ελέγχους (δείγμα NXC-VAL ). Ηλικία κατά την πρόσληψη ήταν 58,7 ± 7,3 χρόνια στις περιπτώσεις και 51,1 ± 12,9 σε ελέγχους (μέση τιμή ± τυπική απόκλιση). Ο αντίστοιχος αριθμός (ποσοστό) των γυναικών δειγμάτων ήταν 262 (61,8%), και 920 (63,5%), αντίστοιχα. Είκοσι SNPs δεν πέρασε τον έλεγχο ποιότητας (14 SNPs δεν γονότυπος σε περισσότερες από 80% των δειγμάτων, και 6 SNPs έδειξε μια τιμή p & lt HWE? 0.001 στους ελέγχους). Όσον αφορά τα δείγματα, 66 μάρτυρες αποκλείστηκαν (31 άτομα δεν επιτευχθεί ένα συντελεστή προσδιορισμού γονοτύπου & gt? 80%, και 35 άτομα έδειξαν κάποιο βαθμό σχετικότητας προς το άλλο σύμφωνα με τα δεδομένα που ελήφθησαν με το λογισμικό ΕΕΑ). Τέλος 423 περιπτώσεις CRC και 1382 μάρτυρες ο γονότυπος με 320 δείκτες (77 single-θέση και 243 δύο-locus επιλεγμένα SNPs) (Πίνακας S3). Ο πίνακας 1 δείχνει αυτές τις επιλεγμένες SNPs που είχαν αναπαραχθεί στο δείγμα NXC-VAL (p & lt? 0.05 και ίδια κατεύθυνση ισχύ). Μόνο ένα SNP, rs3987 στο 4q26, κατέληξε σε σημαντική τιμή p GWAS στη μετα-ανάλυση (Πίνακας 2). Είναι ενδιαφέρον, τέσσερις περισσότερες SNPs στην ίδια γενωμική περιοχή έδειξαν μια τάση για συσχέτιση σε GWAS-σημαντική p-value (Πίνακας 2).

Η

Όσον αφορά δύο ανάλυσης τόπο, μόνο πέντε ζευγάρια είχαν επικυρωθεί φάση ΙΙ (p & lt? 0.05 και ίδια κατεύθυνση ισχύ). Παρά το γεγονός ότι κανένας από αυτούς δεν έφτασε GWAS σημαντική τιμή p (p & lt? 3,12 × 10

-12) στη μετα-ανάλυση (Πίνακας 3), ένα ζευγάρι SNP, rs1100508 CG και rs8111948 AA, ήταν οριακά για την ένωση (4,35 × 10

-11).

η

επικύρωση των αποτελεσμάτων με τη χρήση πρόσθετων σύνολα δεδομένων

Για να ελέγξετε αν τα αποτελέσματα θα μπορούσαν να αναπαραχθούν σε ένα άλλο ισπανικό σύνολο δεδομένων, χρησιμοποιήσαμε δεδομένα από το πρόγραμμα Epicolon [23] . Ωστόσο, κανένας από τους SNPs που θεωρήθηκαν σημαντικές ή οι υποψήφιοι κατά τη φάση ΙΙ της παρούσας μελέτης αναπαραχθεί σε αυτό το δείγμα Epicolon.

Τα αποτελέσματα που ελήφθησαν σε GWAS μας (φάση Ι και ΙΙ), καθώς και εκείνα που λαμβάνονται από την ομάδα Epicolon , συνδυάστηκαν σε μια προσπάθεια να δούμε μια παγκόσμια επίδραση όλων αυτών των SNPs ελέγχονται στη φάση ΙΙ. Κανένα από τα SNPs έφθασε τη σημαντική p-value GWAS στη συνδυασμένη μελέτη (Πίνακας S4). Ο Πίνακας 4 δείχνει τα καλύτερα αποτελέσματα που λαμβάνονται σε αυτή τη μελέτη (που επιλέγονται από τις εν λόγω SNPs που δείχνει μια επίδραση στην ίδια κατεύθυνση σε όλες τις τρεις αναλύθηκαν σειρές. Βλέπε λεπτομέρειες από αυτά τα επιλεγμένα SNPs στον Πίνακα S5).

Η

Όσον αφορά δύο -Locus HFCC ανάλυση, δεν SNP-ζεύγος έδειξε μία σημαντική και συνεπή επίδραση (στην ίδια κατεύθυνση) όταν τα 3 δείγματα (NXC-GWAS, NXC-Val και Epicolon) αναλύθηκαν μαζί.

ανάλυση SNPs προηγουμένως που συνδέονται με CRC

Μόνο ένα από τα παλαιότερα που συνδέονται SNPs με CRC κινδύνου γονότυπος επιτυχία σε GWAS μας. Για να καλύψει ένα μεγαλύτερο αριθμό αυτών των SNPs που καταλόγισε γονότυπους χρησιμοποιώντας CEU HapMap βάσης δεδομένων και του λογισμικού Ρσυνδετήρ. Μετά την τεκμαρτή εκτίμηση, λάβαμε συνολικά 1.371.009 SNPs για περαιτέρω ανάλυση. Ένα σύνολο 16 προηγουμένως αναφερθεί ως CRC συνδεδεμένων SNPs ήταν διαθέσιμα κατά το χρόνο της ανάλυσης (Πίνακας 5). Από αυτούς, πέντε SNPs που βρίσκεται στο 3q36.2 (rs10936599), 8q24 (rs10505477), 8q24.21 (rs6983267), 11q13.4 (rs3824999) και 14q22.2 (rs4444235), έδειξε την ονομαστική συνεργασία με CRC σε GWAS μας, και με επιπτώσεις στην ίδια κατεύθυνση από αυτές που έχουν αναφερθεί στο παρελθόν (Πίνακας 5). Δύο ακόμη SNPs που βρίσκεται στο 8q23.3 (rs16892766) και 12q13.13 (rs7136702) έδειξε μία τάση προς την ονομαστική σύνδεση με CRC στη μελέτη μας, και πάλι με την επίδραση στην ίδια κατεύθυνση από ό, τι προηγουμένως αναφερθεί (Πίνακας 5).

Εμείς δεν θα μπορούσε να δοκιμάσει τις υποψήφιες SNPs που αναφέρθηκαν από Fernandez-Rozadilla

et al

. [23] στο τους CRC-GWAS που εκτελούνται στον ισπανικό πληθυσμό (Epicolon δείγμα), διότι οι υποψήφιοι δεν καλύπτονται ή με επιτυχία ο γονότυπος /καταλόγισε στη μελέτη μας.

Δοκιμάσαμε επίσης δύο-locus αλληλεπιδράσεις μεταξύ rs1571218 (20p12 .3) και rs10879357 (12q21.1) προηγουμένως συνδέονται με CRC [21]. Την εφαρμογή των γενικών γραμμικό μοντέλα δεν παρατηρήσαμε κανένα αποδεικτικό στοιχείο της αλληλεπίδρασης μεταξύ τους στο σύνολο δεδομένων μας (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

Συζήτηση

Σας παρουσιάζουμε ένα νέο δύο φάσεων CRC-GWAS διεξάγεται η ισπανικό πληθυσμό για την ενιαία θέση, αλλά και για την ένωση των δύο τόπο χρησιμοποιώντας το λογισμικό HFCC μας [18]. Ένας δείκτης, rs3987 στο 4q26, έφτασε συνεργασία με ευαισθησία CRC σε GWAS σημαντική p-value. Επιπλέον, ένα ζευγάρι SNP, rs1100508 CG rs8111948 ΑΑ (που βρίσκεται στο 7q31.33 και 19q12, αντίστοιχα), έδειξε επίσης μια τάση για επιστατικές ένωση

Παρά τους περιορισμούς της GWAS μας -. Χαμηλής πυκνότητας γονιδιωματικής κάλυψη των το DNA-chip, και ένα μέτριο μέγεθος του δείγματος – μπορούμε να αναπαραχθεί 5 από τους 16 SNPs στο παρελθόν που σχετίζονται με CRC. Επιπλέον, η πλειοψηφία αυτών των 16 SNPs στη μελέτη μας GWAS ήταν στην ίδια κατεύθυνση σε σχέση με τις δημοσιευμένες εκθέσεις (Πίνακας 5). Επιπλέον, η ανάλυση παλινδρόμησης έδειξε καλή συμφωνία των λόγων πιθανοτήτων (Σχήμα S3). Αυτά τα δεδομένα μαζί υποδεικνύουν ότι η μελέτη μας είναι σύμφωνη με τις αναλύσεις προηγουμένως δημοσιευθεί CRC GWAS.

Σε δύο φάσεων μας CRC-GWAS, ένα δείκτη, δηλαδή rs3987 στο 4q26, παρουσίασαν συσχέτιση με την ευαισθησία CRC σε GWAS σημαντική ρ- αξία. Αυτό το SNP βρίσκεται σε μια διαγονιδιακή περιοχή 4q26 μεταξύ

TRAM1L1

και

γονίδια NDST3

(-500 kb και ~ 180 kb, αντίστοιχα). Αρκετές μελέτες έχουν ήδη προτείνει την παρουσία γονιδίων καρκίνου σε περιοχή 4ιζ [24], [25], και αυτό έχει επίσης αναφερθεί ότι εξαλείψεις στο σωματικό 4q26 είναι συχνές στους CRC [26], [27]. Είναι ενδιαφέρον, το

NDST4

γονίδιο, που βρίσκεται επίσης στο 4q26, και ανήκουν στην ίδια οικογένεια από το

NDST3

, έχει χαρακτηριστεί ως μια πιθανή ογκοκατασταλτικό γονίδιο στο CRC [27].

Η ανάλυση δύο-τόπου αποκάλυψε ότι ένα από τα ζεύγη SNPs, rs1100508 CG και rs8111948 ΑΑ (που βρίσκεται στο 7q31.33 και 19q12, αντίστοιχα), έδειξε μια τάση για συσχέτιση. Αυτοί οι SNPs βρίσκονται σε διαγονιδιακές περιοχές που βρίσκονται σε 7q31.33 και 19q12. Το πιο κοντινό γονίδιο να rs1100508 είναι

GPR37

, ένα μέλος της οικογένειας υποδοχέα συζευγμένου με πρωτεΐνη που είναι γνωστό ότι αλληλεπιδρά με Parkin, αν και η λειτουργία του παραμένει να χαρακτηρίζεται πλήρως. Από την άλλη πλευρά, rs8111948 βρίσκεται ανάμεσα

LINC00662

και

LINC00906

(-500 kb και περίπου 600 kb, αντίστοιχα), δύο τόποι που ανήκουν στο μακρύ μη κωδικοποιητικού RNA της οικογένειας (lncRNA) . Εάν η σύνδεση αυτού του SNP ζεύγους επιβεβαιωθεί, η φύση αυτής της αλληλεπίδρασης θα πρέπει να χαρακτηρίζονται περαιτέρω.

Μελετήσαμε επίσης τους δείκτες που σχετίζονται με CRC από δύο-φάσεων GWAS μας σε μια ανεξάρτητη ισπανικά σύνολο δεδομένων GWAS (Epicolon ), αλλά καμία από αυτές τις ενώσεις αναπαραχθεί. Ωστόσο, δεδομένου ότι GWAS μας θα μπορούσε να επικυρώσει περισσότερα από τα καλά συστάθηκε ενώσεις CRC από το Epicolon GWAS [23], θεωρούμε ότι οι υποψήφιοι που προέρχονται από τη μελέτη μας αξίζει να επικυρωθεί σε περαιτέρω μετα-ανάλυση συμπεριλαμβανομένων άλλων μελετών GWAS και επικύρωσης που εκτελούνται στο ισπανικού πληθυσμού, ή σε ένα πιο γενικό Καυκάσιο πληθυσμό

Σύμφωνα με τον κατάλογο GWAS από ΝΙΗ (https://www.genome.gov/26525384), και τα προηγούμενα έργα σε αυτό το θέμα [5] -. [15 ], ούτε οι παραλλαγές που σχετίζονται με CRC αναφέρονται στον πίνακα 1 ή 2, ούτε παραλλαγές που περιλαμβάνονται στον ζεύγη SNP αναφέρονται στον πίνακα 3 (ή σε ανισορροπία σύνδεσης με αυτούς) έχουν προηγουμένως συνδέονται με CRC. Δεδομένου ότι η πλειοψηφία αυτών των προηγούμενων μελετών δεν ήταν ιδιαίτερα πραγματοποιήθηκαν στο Νότιο Καυκάσιο πληθυσμό, τα αποτελέσματα μας θα μπορούσε να είναι ειδικό για το εν λόγω πληθυσμό. Μια εναλλακτική εξήγηση θα ήταν ότι είναι ψευδώς θετικά. Η ομαδοποίηση των διαφόρων SNPs στο ίδιο 4q26, και η αντιγραφή του έχουν αναφερθεί στο παρελθόν ενώσεων συνηγορεί υπέρ αυτής της δυνατότητας.

Παρά το γεγονός ότι τα αποτελέσματά μας δεν θα μπορούσε να αντιγραφεί στον ανεξάρτητο δείγμα Epicolon, πραγματοποιήσαμε μια μετα-ανάλυση, λαμβάνοντας αντιπροσωπεύουν τα τρία δείγματα που αναλύθηκαν εδώ (NXC-GWAS, NXC-VAL, και Epicolon). Κανένα από τα SNPs, ή συνδυασμούς αυτών, επαναλήφθηκαν στα τρία δείγματα, αλλά οι καλύτερες σήματα περιλαμβάνουν διάφορα SNPs σε ανισορροπία σύνδεσης στο 9q31.1, εντός ή κοντά σε

LINC00587

τόπο (Πίνακας 4). Αυτό το γονίδιο ανήκει επίσης στην οικογένεια lncRNA που εμπλέκονται στην κυτταρική διαφοροποίηση και πολλαπλασιασμό, όπως μετα-μεταγραφική ρυθμιστές του ματίσματος ή ως μοριακά δολώματα για miRNA [28], [29]. Η έκφραση του lncRNAs απορυθμίζεται σε πολλές διαφορετικές μορφές καρκίνου, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου του παχέος εντέρου [30], και μερικές μελέτες δείχνουν ένα ρόλο στην έναρξη του καρκίνου, η πρόοδος και η μετάσταση [31]. Η ένωση αναφερθεί σε προηγούμενη GWAS μεταξύ CRC ευαισθησία και SNPs που βρίσκεται στο 8q24 θα μπορούσε να οφείλεται στην

PRNCR1

τόπο, μέλος lncRNA [32].

Είναι ενδιαφέρον, ένα υψηλό ποσοστό των SNPs βρέθηκαν να να συνδέεται με CRC σε φάση ανακάλυψη μελέτη μας (πίνακες 1, 2 και 4), επελέγησαν από την ανάλυση δύο-τόπο. Αυτό υποδηλώνει ότι εκτός από τον εντοπισμό επιστατικές αλληλεπιδράσεων, μέθοδος μας δύο locus ανάλυση (λογισμικό HFCC) μπορεί επίσης να βελτιώσει τη σύλληψη του ενιαίου σημάτων στο γονιδίωμα που σχετίζονται με την ευαισθησία CRC ειδικότερα και έτσι σε πολυγονιδιακή νόσος γενικά. Αυτή είναι μια δελεαστική υπόθεση που θα μπορούσε να επιβεβαιωθεί εάν ορισμένα από αυτά τα SNPs επικυρώνονται σε μελλοντικές μελέτες. Από την άλλη πλευρά, τα αποτελέσματα των δύο τόπου αναλύσεις μας δείχνουν ότι τα σήματα αλληλεπίδρασης Δεν έχουν πιο ισχυρή προγνωστική αξία από μόνο τόποι για CRC ευαισθησία λόγω της αποτυχίας να ανιχνεύσει SNP ζευγάρια που συνδέονται με CRC σε GWAS σημαντική p-value. Αυτή η παρατήρηση, μαζί με την απουσία στατιστικώς σημαντικών αποτελεσμάτων σε πλανητική μας μετα-ανάλυση, καθώς επίσης και η έλλειψη της αντιγραφής του μόνο αλληλεπίδραση ζεύγος SNP προηγουμένως αναφερθεί όπως αυτές σχετίζονται με CRC [21] προτείνει ότι ο ρόλος των γενετικών παραγόντων στην ευαισθησία CRC μπορεί να είναι πιο περίπλοκη ότι εθεωρείτο μέχρι σήμερα.

Εν κατακλείδι, έχουμε πραγματοποιήσει ένα CRC-GWAS στην ισπανική πληθυσμού που είναι σύμφωνη με μερικά αναφερθεί προηγουμένως ενώσεις και απέδωσε ένα νέο υποψήφιο SNP για την ευαισθησία CRC στο 4q26 ότι πρέπει να επικυρωθεί σε μελλοντικές μελέτες. μελέτη δύο τόπο μας παρέχει επίσης στοιχεία για το υψηλό επίπεδο πολυπλοκότητας σε κίνδυνο τη γενετική του καρκίνου.

Υλικά και Μέθοδοι

Ασθενείς

Θέματα στη φάση Ι ήταν 801 έλεγχοι από το Ισπανικά γενικό πληθυσμό (που περιγράφηκε προηγουμένως [33]) και 500 περιπτώσεις διαγιγνώσκονται του CRC με παθολογική επιβεβαίωση (NXC-GWAS δείγμα). Στη φάση ΙΙ 1448 ελέγχους και 423 περιπτώσεις CRC χρησιμοποιήθηκαν (δείγμα NXC-VAL). δείγματα CRC συλλέχθηκαν σε δύο διαφορετικά ισπανικά νοσοκομεία (Νοσοκομείο Universitario Virgen del Rocío στη Σεβίλλη και το Νοσοκομείο Universitario 12 de Octubre στη Μαδρίτη) από το Νοέμβριο του 2002 έως τον Απρίλιο του 2008. Ο έλεγχος δειγμάτων που περιλαμβάνονται στη φάση ΙΙ συλλέχθηκαν κατά την ίδια χρονική περίοδο σε διάφορες πρωτογενείς κέντρα φροντίδας υγείας από όλη την Ισπανία. Αυτά τα δείγματα έχουν χρησιμοποιηθεί προηγουμένως ως μάρτυρες σε άλλες μελέτες σύνδεσης εκτελείται για διαφορετικές ασθένειες στην ισπανική πληθυσμού [34]. Ως εκ τούτου, συνολικά 923 περιπτώσεις CRC και 2249 ελέγχους από το ισπανικό γενικό πληθυσμό συμπεριλήφθηκαν στην παρούσα μελέτη. Όλα τα άτομα που συμμετείχαν ήταν Καυκάσιοι με συστημένη ισπανική προγόνους (δύο γενιές), όπως καταγράφεται από την κλινική τους ερευνητές.

Ηθική Δήλωση

Οι επιτροπές δεοντολογίας από το Νοσοκομείο Universitario Virgen del Rocío, Σεβίλλη, και το Νοσοκομείο Universitario de 12 Octubre, Μαδρίτη, καθώς και Neocodex ενέκρινε το πρωτόκολλο της έρευνας, η οποία ήταν σε συμμόρφωση με την εθνική νομοθεσία και εκτελούνται σύμφωνα με τις ηθικές οδηγίες της Διακήρυξης του Ελσίνκι [35]. Γραπτή συγκατάθεση λήφθηκε από όλα τα άτομα που περιλαμβάνονται σε αυτό το έργο.

Εξωτερικές γονοτυπική σύνολο δεδομένων

δεδομένα γονοτυπικός επιλεγμένων SNPs από άλλες GWAS που εκτελούνται στο ισπανικό πληθυσμό (Epicolon ομάδα) χρησιμοποιήθηκαν [23] ως αναφορά για τα αποτελέσματα που λαμβάνονται στο παρόν. Συγκεκριμένα, αυτή η ομάδα αποτελούνταν σε 882 περιπτώσεις και 473 έλεγχοι εξακριβωθεί μέσω του προγράμματος Epicolon ΙΙ και 194 επιπλέον ελέγχους από την τράπεζα Ισπανικό Εθνικό DNA.

χρησιμοποιήθηκαν Γονοτυπικές

περιφερικού αίματος από όλες τις περιπτώσεις και τους ελέγχους για την απομόνωση DNA βλαστικής σειράς από λευκοκύτταρα. εκχύλιση του DNA πραγματοποιήθηκε αυτόματα σύμφωνα με τυποποιημένες διαδικασίες χρησιμοποιώντας το σύστημα απομόνωσης Magnapure DNA (Roche Diagnostics, Mannheim, Germany).

Για γονιδιώματος σε επίπεδο γονοτύπησης χρησιμοποιήσαμε το τσιπ Afymetrix NspI όπως περιγράφηκε προηγουμένως [33]. Για προσδιορισμό του γονότυπου των επιλεγμένων SNPs στο NXC-VAL δείγμα που απασχολούνται προσαρμοσμένα πρωτόκολλα Golden Gate και ποσοτικός προσδιορισμός του γονότυπου Veracode (Illumina, Σαν Ντιέγκο, Καλιφόρνια, ΗΠΑ) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή.

Δεδομένα διαθεσιμότητα

τα αποτελέσματα ένωση για γονότυπος και τεκμαρτές SNPs παρέχονται ως συμπιεσμένα αρχεία Ρσυνδετήρ (Σύνολο δεδομένων S1 και S2 συνόλου δεδομένων). Περίπτωση από τα στοιχεία της υπόθεσης γονότυπο είναι διαθέσιμη κατόπιν αιτήματος στην επιτροπή δεοντολογίας του IMPPC (Instituto de Medicina Predictiva y Personalizada del καρκίνο), σύμφωνα με τους όρους που καθορίζονται στον ισπανικό νόμο για Βιοϊατρικής Έρευνας (Ley 14/2007, de 3 de Julio).

Ποιοτικός έλεγχος αναλύει

Για τα δείγματα γονότυπου χρησιμοποιώντας την πλατφόρμα Affymetrix, πραγματοποιήσαμε ένα εκτεταμένο έλεγχο ποιότητας χρησιμοποιώντας Affymetrix Γονοτυπικές Console λογισμικού (https://www.affymetrix.com) και Ρσυνδετήρ [22] . Μόνο τα άτομα με ποσοστό κλήση δείγμα πάνω από 93% αργότερα εκ νέου ονομάζεται με την Bayesian Ανθεκτική Γραμμικό Μοντέλο με αλγόριθμο απόσταση Malalanobis (BRLMM), έτρεξε με τις προεπιλεγμένες παραμέτρους. BRLLM βελτίωσε τα ποσοστά κλήσεων στα περισσότερα δείγματα. Αυτο-αναφερόμενη σεξ σε σχέση με το φύλο ανατεθεί από γονότυπους χρωμόσωμα Χ, και οι διαφορές επιλύθηκαν ή τα δείγματα απομακρύνονται. Το πρόγραμμα γραφική αναπαράσταση των σχέσεων (ΕΕΑ) [36] χρησιμοποιήθηκε για να ελέγξετε το δείγμα συγγένειας και να διορθώσει το δυναμικό του δείγματος ακατάλληλη επισήμανση, επαναλήψεις, ή μολύνσεις. Επελέγησαν SNPs να έχουν ένα συντελεστή πάνω από το 95% (σε κάθε περίπτωση, τον έλεγχο, και σε συνδυασμό ομάδα), και ένα μικρό συχνότητα αλληλόμορφο άνω του 1% (και πάλι, σε κάθε περίπτωση, τον έλεγχο, και σε συνδυασμό ομάδα). SNPs που παρεκκλίνει κατάφωρα από Hardy-Weinberg ισορροπία (HWE) (P-value & lt? 10

-4) στον έλεγχο αφαιρέθηκαν επίσης δείγματα. Έχουμε απομακρυνθεί επίσης SNPs με σημαντικά διαφορετικό ρυθμό missingness (P-value & lt? 5 × 10

-4). Μεταξύ των δειγμάτων περίπτωση και ελέγχου

Επίσης, SNPs γονότυπου στη φάση II υποβλήθηκαν σε ποιότητα φίλτρα ελέγχου. Έτσι, τα SNPs που δεν γονότυπος επιτυχώς σε τουλάχιστον 80% των ατόμων, και εκείνα με τιμή p για Hardy-Weinberg ισορροπία (HWE) είναι χαμηλότερο από 0.001 απορρίφθηκαν. Επιπλέον, τα άτομα με περισσότερο από το 10% των ελλειπόντων στοιχείων γονότυπο ή ότι έδειξε συγγένειας με κάθε άλλο εξαιρούνται επίσης.

Κύρια συστατικά ανάλυση

ανάλυση κύριων συνιστωσών διεξήχθη με EIGENSOFT [37] , [38] για την αξιολόγηση πρόσμιξη πληθυσμού εντός του πληθυσμού μας, και για τον εντοπισμό των ατόμων ως ακραίες τιμές. Τρέξαμε το πρόγραμμα SMARTPCA με τις προεπιλεγμένες παραμέτρους, με εξαίρεση τους δείκτες του χρωμοσώματος Χ και χρήση ανεξάρτητων SNPs (ζεύγη r

2 & lt? 0,1). Για να ελαχιστοποιηθεί η επίδραση της ανισορροπίας σύνδεσης στην ανάλυση, μεγάλης εμβέλειας περιοχές ανισορροπία σύνδεσης έχουν αναφερθεί στο παρελθόν [39] ή ανιχνεύεται σε πληθυσμό μας, επίσης αποκλείεται. Τα άτομα που προσδιορίζονται ως ακραίες τιμές (έξι τυπικές αποκλίσεις ή περισσότερο κατά μήκος ενός από τα κορυφαία δέκα κύριες συνιστώσες) απομακρύνθηκαν από όλες τις επόμενες αναλύσεις. ανάλυση κύριο συστατικό είχε τρέξει μαζί με άλλους HapMap ευρωπαϊκό και παγκόσμιο πληθυσμοί για τον εντοπισμό ατόμων διαφορετικών εθνοτήτων.

Ενιαία σύνδεση τόπου ανάλυση

Χωρίς προσαρμογή μονής τόπο αλληλομόρφων (1 βαθμός ελευθερίας, df) ένωση αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση Ρσυνδετήρ λογισμικού [22], ανεξάρτητα σε κάθε ομάδα ατόμων από τη φάση Ι και φάσης ΙΙ. εργαλείο μετα-ανάλυση σε Ρσυνδετήρ χρησιμοποιήθηκε για την ανάλυση συνδυασμένων δεδομένων από διάφορες τράπεζες δεδομένων. Σε αυτές τις μελέτες, σταθερά αποτελέσματα μοντέλα χρησιμοποιούνται όταν βρέθηκε καμία απόδειξη της ετερογένειας. Διαφορετικά τυχαία μοντέλα αποτελέσματα χρησιμοποιήθηκαν. Μια σημαντική p-value GWAS ιδρύθηκε στις 5 × 10

-8 [40]. Plink χρησιμοποιήθηκε επίσης για την εκτίμηση της γονιδιωματικής συντελεστή πληθωρισμού. Haploview λογισμικού [41] χρησιμοποιήθηκε για την γραφική αναπαράσταση των αποτελεσμάτων της ανάλυσης ενιαία θέση GWAS (οικόπεδο Manhattan). Η συμφωνία του ανιχνεύονται αποτέλεσμα και η αναφερόμενη επίπτωση για εκείνους τους SNPs στο παρελθόν βρέθηκε να σχετίζεται με το CRC αναλύθηκε με γραμμική παλινδρόμηση μετά από λογαριθμική μετατροπή των λόγων πιθανοτήτων.

Δύο τόπου ανάλυση σύνδεσης

με στόχο τον εντοπισμό πιθανών επιστατικές

τόπους

, διερευνήσαμε ολόκληρο το σύμπαν των αλληλεπιδράσεων δύο τόπου (όλα τα SNP x αλληλεπιδράσεις SNP) χρησιμοποιώντας το δωρεάν Κλινική Κλωνοποίηση (HFCC) λογισμικό Υπόθεση όπως περιγράφηκε προηγουμένως [18]. Εν συντομία, σε φάση δημιουργήθηκαν I τρεις διαφορετικές ομάδες αντιγραφή του 160 περιπτώσεις και 267 μάρτυρες. Για να θεωρηθεί ένα προκαταρκτικό θετικό αποτέλεσμα, η τιμή αποκοπής chi-square test (1 df) ορίστηκε στο 6,64 (p & lt? 0,01) και την κατεύθυνση της επίδρασης έπρεπε να είναι η ίδια για κάθε ομάδα αντιγραφή (η οποία προσεγγίζει με p & lt? 1 × 10

-6 πάνω από όλα τρεις ομάδες αντιγραφή)

για να εξερευνήσουν τη φύση και τη δύναμη των αλληλεπιδράσεων σε επιλεγμένες δύο-locus μοτίβα, έχουμε περαιτέρω αξιολόγηση επίστασης μεταξύ των επιλεγμένων δεικτών, χρησιμοποιώντας Alambique λογισμικού [. ,,,0],18]. Συγκεκριμένα, Alambique προγραμματίστηκε για να μετρήσει την αναχώρηση από τα μοντέλα πρόσθετο από τον υπολογισμό του δείκτη Synergy, AP ή RERI στατιστικά στοιχεία, ενώ αναχώρηση από την πολλαπλότητα μετρήθηκε υπολογίζοντας στρώματα συγκεκριμένες αναλογίες πιθανοτήτων και δοκιμή αλληλεπίδρασης περίπτωση μόνο. Οι αλγόριθμοι που περιλαμβάνονται στο λογισμικό Alambique έχουν περιγραφεί προηγουμένως αλλού [42], [43].

Κατά τη διάρκεια της διαδικασίας επικύρωσης, οι εν λόγω SNPs που επιλέγονται από HFCC που επιτυχώς γονότυπου στο δείγμα NXC-VAL αναλύθηκαν για αντιγραφή . Στην περίπτωση αυτή, δημιουργήθηκαν δύο ομάδες της αντιγραφής: το δείγμα NXC-GWAS και το δείγμα NXC-VAL. Όταν τα επιλεγμένα ζεύγη μελετήθηκαν επίσης στην ομάδα Epicolon, δημιουργήθηκαν τρεις ομάδες της αντιγραφής:. NXC-GWAS, NXC-VAL και το δείγμα Epicolon

διόρθωση πολλαπλών δοκιμών εφαρμόστηκε σε αυτές τις μελέτες, λαμβάνοντας υπόψη την αριθμός διαφορετικών SNP-ζεύγη που δημιουργούνται. Έτσι, το όριο p-αξία καθορίστηκε σε (p = 3,12 × 10

-12 (0.05 /συνολικός αριθμός των SNP-ζεύγη που δημιουργούνται κατά τη φάση Ι PO).

Για να ελέγξετε το δύο-τόπο αλληλεπίδραση που είχε προηγουμένως συνδέονται με CRC ευαισθησία [21], δηλαδή rs1571218 (20p12.3) και rs10879357 (12q21.1), που διαμόρφωσε την αλληλεπίδραση με τη χρήση γραμμικής παλινδρόμησης με το λογισμικό SPSS 19.0 (IBM Corporation, Somers, NY, USA).

Καταλογισμός

τεκμαρτό γονότυπους χρησιμοποιώντας HapMap φάση 2 CEU ιδρυτές (n = 60) ως πίνακας αναφοράς με Ρσυνδετήρ [22] γονότυπου κλήσεις με τα αποτελέσματα υψηλής ποιότητας (πληροφορίες & gt? 0,8). χρησιμοποιήθηκαν σε αναλύσεις μετέπειτα ένωση.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Σχήμα S1.

Scatterplot από τα δύο κύρια ιδιοδιανύσματα προκύπτουν από την ανάλυση κύριο συστατικό πραγματοποιήθηκε σε 801 ελέγχους (πράσινοι κύκλοι) και 480 περιπτώσεις (μπλε κύκλοι) που έχουν επιλεγεί για η μελέτη σύνδεσης φάσης-Ι

doi:. 10.1371 /journal.pone.0101178.s001

(PDF)

Εικόνα S2

ποσοστημόριο-ποσοστημόριο (QQ) οικόπεδο των παρατηρούμενων και αναμενόμενων χ2 τιμές. που προέρχονται από τη μελέτη της σχέσης μεταξύ SNP γονότυπου και του παχέος τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου

doi:. 10.1371 /journal.pone.0101178.s002

(PDF)

Εικόνα S3.

Συσχέτιση μεταξύ των αποτελεσμάτων (OR) που βρέθηκαν στο NXC-GWAS και τις ανεπιθύμητες για τους 16 SNPs που βρέθηκαν προηγουμένως να συνδέσει με CRC κίνδυνο. Η μπλε γραμμή αντιπροσωπεύει τέλεια συσχέτιση. Η πράσινη γραμμή δείχνει τη συσχέτιση με εξαίρεση την rs16969681 outlayer (κόκκινος κύκλος). Αυτό το SNP είχε αρχικά αναφερθεί στην UK2 GWAS με ένα OR των 1.247, που έφτασε GWAS σημαντική μετά από μετα-ανάλυση με άλλες Βόρεια Ευρώπη GWAS αλλά δεν επαναλήφθηκε στην Epicolon GWAS της Νότιας Ευρώπης. Ο συντελεστής προσδιορισμού (R2) και p-value (P κατά Pearson) της συσχέτισης υποδεικνύονται. Χωρίς να αποκλείεται η rs16969681, ο συντελεστής προσδιορισμού και p-value ήταν 0,28 και 0,035, αντίστοιχα

doi:. 10.1371 /journal.pone.0101178.s003

(PDF)

Πίνακα S1.

Best φάσης αποτελέσματα που λαμβάνονται με Ρσυνδετήρ

doi:. 10.1371 /journal.pone.0101178.s004

(DOC)

Πίνακας S2.

Best SNP × αλληλεπιδράσεις SNP που λαμβάνονται από το λογισμικό HFCC

doi:. 10.1371 /journal.pone.0101178.s005

(DOC)

Πίνακα S3.

SNPs που περιλαμβάνονται στη φάση ΙΙ και μετα-ανάλυση αποτελεσμάτων

doi:. 10.1371 /journal.pone.0101178.s006

(DOC)

Πίνακας S4.

SNPs που περιλαμβάνονται στα αποτελέσματα της μετα-ανάλυσης σταδίου ΙΙ και παγκόσμια

doi:. 10.1371 /journal.pone.0101178.s007

(DOC)

Πίνακας S5.

Λεπτομέρειες των αποτελεσμάτων που λαμβάνονται σε κάθε δείγμα από αυτά τα SNPs που έδειξε τα καλύτερα αποτελέσματα στην παγκόσμια μετα-ανάλυση

doi:. 10.1371 /journal.pone.0101178.s008

(DOC)

συνόλου δεδομένων S1. αρχείο

Plink ένωση γονότυπου SNPs

doi:. 10.1371 /journal.pone.0101178.s009

(Τ.Κ.)

συνόλου δεδομένων S2. Αρχείο Συλλόγου

Ρσυνδετήρ των τεκμαρτών SNPs

doi:. 10.1371 /journal.pone.0101178.s010

(Τ.Κ.)

Ευχαριστίες

Ο καθηγητής Manuel Serrano Rios, κύριος ερευνητής της «Proyecto Segovia», αναγνωρίζεται για την πρόσληψη ατόμων εκπρόσωπος του ισπανικού πληθυσμού για την ομάδα ελέγχου.