Αφηρημένο

γαστρικού καρκινώματος είναι μια από τις σημαντικότερες αιτίες θνησιμότητας σχετίζονται με τον καρκίνο σε όλο τον κόσμο. Η έγκαιρη ανίχνευση και θεραπεία οδηγεί σε μια εξαιρετική πρόγνωση σε ασθενείς με πρώιμο καρκίνο του στομάχου (EGC), ενώ η πρόγνωση των ασθενών με προχωρημένο καρκίνο του στομάχου (AGC) παραμένει φτωχή. Δεν είναι σαφές αν egcs και οι AGC είναι διακριτές οντότητες ή αν egcs είναι τα αρχικά στάδια της οι AGC. Πραγματοποιήσαμε ολόκληρη αλληλουχίας exome από τέσσερα δείγματα από ασθενείς με EGC και συνέκριναν τα αποτελέσματα με εκείνα από οι AGC. Σε αμφότερες τις egcs και οι AGC, συνολικά 268 γονίδια συνήθως μεταλλαχθεί και ανεξάρτητες μεταλλάξεις επιπροσθέτως βρέθηκαν σε egcs (516 γονίδια) και οι AGC (3104 γονίδια). Μια υψηλότερη συχνότητα του C & gt? G μεταβάσεις παρατηρήθηκε στην εντερική τύπου σε σύγκριση με διάχυτη τύπου καρκινώματα (

P

= 0,010). Η

DYRK3, GPR116, MCM10, PCDH17, PCDHB1, RDH5

και

UNC5C

γονίδια περιοδικώς μεταλλάσσεται σε egcs και μπορεί να συμμετέχει στις αρχές του καρκινογένεση

Παράθεση:. Kang G , Hwang WC, Do IG, Wang Κ, Kang SY, Lee J, et al. (2013) exome αλληλουχίας Αναγνωρίζει Πρόωρη γαστρικού καρκινώματος ως ένα πρώιμο στάδιο του προχωρημένου καρκίνου του στομάχου. PLoS ONE 8 (12): e82770. doi: 10.1371 /journal.pone.0082770

Επιμέλεια: Patrick Tan, Duke-Εθνικό Πανεπιστήμιο της Σιγκαπούρης Πτυχιούχος Ιατρικής Σχολής, Σιγκαπούρη

Ελήφθη: 17 Ιούλη του 2013? Αποδεκτές: 27 του Οκτώβρη 2013? Δημοσιεύθηκε: 23 Δεκεμβρίου του 2013

Copyright: © 2013 Kang et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η μελέτη υποστηρίχθηκε από μια επιχορήγηση από το Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών της Κορέας (2012-P4KR 003) και επιχορήγηση Samsung Ινστιτούτο Βιοϊατρικών Ερευνών (# SBRI-SP1B20111). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. KW απασχολείται από την Pfizer Inc. Ωστόσο, αυτό δεν αλλάζει την τήρηση του συγγραφέα να όλες οι PLoS One πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν άλλα ανταγωνιστικά συμφέροντα.

Εισαγωγή

γαστρικό καρκίνωμα (GC) είναι μια ετερογενής νόσος με πολλές περιβαλλοντικές αιτίες, εναλλακτικά μονοπάτια της καρκινογένεσης και κανένα ογκογόνο διαταραχή γνωστή υψηλής συχνότητας [1], [2], [3]. Η ταξινόμηση Lauren έχει αποδειχθεί χρήσιμη στην αξιολόγηση της φυσικής ιστορίας του GC, ιδιαίτερα σε σχέση με τις τάσεις επίπτωση, κλινικοπαθολογική συσχετίσεις και αιτιολογικός πρόδρομες ουσίες [4]. Lauren ταξινομούνται αδενοκαρκινώματος στομάχου σε εντερικό και διάχυτη σύμφωνα με μορφολογικά χαρακτηριστικά του όγκου [4], [5], [6]. Τα καρκινώματα Εντερική τύπου πιστεύεται ότι προκύπτουν δευτερογενώς προς χρόνια ατροφική γαστρίτιδα σχετίζονται με

H. pylori

και εντερική μεταπλασία [7]. Διάχυτη τύπου GCs δεν συνδέονται με εντερική μεταπλασία και μπορεί να προκύψουν από μονοκύτταρους μεταλλάξεις εντός των φυσιολογικών γαστρικού αδένες [4], [8], [9].

GC είναι μία από τις κύριες αιτίες καρκινογόνες που σχετίζονται με τη θνησιμότητα σε όλο τον κόσμο. ανίχνευση και θεραπεία αποτελέσματα Πρώιμη σε μια εξαιρετική πρόγνωση για τους ασθενείς με πρώιμο καρκίνο του στομάχου (EGC), ενώ η πρόγνωση των ασθενών με προχωρημένο καρκίνο του στομάχου (AGC) παραμένει φτωχή. Ωστόσο, δεν είναι σαφές αν egcs και οι AGC είναι διακριτές οντότητες ή είναι το ίδιο όγκο προχωρούν από νωρίς για προχωρημένα στάδια [10]. Τα μοριακά υπογραφές διακρίνουν EGC από AGC είναι σημαντικά για να βοηθήσουν ταυτοποίηση νέων δεικτών πρόγνωσης και δυνητικών θεραπευτικών στόχων.

Πρόσφατα, αλληλούχιση exome σε 22 [11] και 15 [12] δείγματα AGC έδειξαν συχνές μεταλλάξεις απενεργοποιήσεως στην κυτταρική πρόσφυση και χρωματίνης-αναδιαμόρφωση γονίδια, και οι γενετικές αλλαγές διέφεραν μεταξύ των υποομάδων στρωματοποιημένη από τον ιό Epstein-Barr (EBV) ή

H. pylori

λοίμωξης και την κατάσταση μικροδορυφορικού αστάθεια (MSI). Για να διερευνήσουν περαιτέρω τις γενετικές αλλαγές υποκείμενες GCs, πραγματοποιήσαμε ολόκληρη αλληλουχίας exome σε τέσσερα ζεύγη των EGC και φυσιολογικού ιστού, και συνέκριναν τα αποτελέσματα με εκείνα από οι AGC.

Υλικά και Μέθοδοι

Η προετοιμασία των δειγμάτων

όγκου και μη νεοπλαστικά γαστρικού ιστοί συλλέχθηκαν από δείγματα γαστρεκτομή. Η παρούσα μελέτη πραγματοποιήθηκε μετά την έγκριση από το Διοικητικό Συμβούλιο Θεσμικό Αναθεώρηση της Samsung Medical Center, και όλοι οι ασθενείς έδωσαν γραπτή συγκατάθεση πριν από τη χειρουργική επέμβαση. Για δείγματα όγκων, οι μάζες ήταν & gt? 4 εκατοστά επί των ακαθάριστων ελέγχου, και η επιφάνεια του βλεννογόνου από κάθε όγκου που προμηθεύονται. Μετά την ενσωμάτωση σε μέσα ΥΧΕ, ο ιστός κόβεται και Η &? Ε χρωματίζονται. Δείγματα & gt? 90% περιεκτικότητα όγκου επελέγησαν για την εκχύλιση του DNA με ένα Mini Kit (Qiagen, Valencia, CA, USA) και υποβλήθηκε σε επεξεργασία με RNase Α για να απομακρυνθεί υπόλοιπο RNA. DNA εκχυλίστηκε επίσης από ζεύγη ανεπηρέαστες γαστρικό ιστό, το οποίο ελήφθη απόσταση από το σημείο του όγκου και επιβεβαιώθηκε ότι είναι χωρίς όγκο. MSI αναλύθηκε με πέντε δείκτες NCI όπως περιγράφηκε προηγουμένως [13]. Η παρουσία του EBV ανιχνεύθηκε με EBV-κωδικοποιημένα RNA

in situ υβριδισμού

όπως περιγράφηκε προηγουμένως, και μόνο περιπτώσεις με ισχυρό σήμα εντός σχεδόν όλων των πυρήνων των κυττάρων του όγκου θεωρήθηκαν θετικά [14]. Οι πρόσθετες λεπτομέρειες για τα δείγματα EGC που παρέχονται στον Πίνακα 1.

Η

exome εμπλουτισμό και αλληλούχιση

exome εμπλουτισμού (SureSelect Ανθρωπίνων Όλα εξόνιο Kit, Agilent Technologies) και βιβλιοθήκες αλληλουχίας Illumina παρασκευάσθηκαν σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. Εν συντομία, 3 μα γονιδιωματικού ΟΝΑ διάτμηση με το σύστημα Covaris S2? τα θραύσματα DNA επισκευάστηκε στο άκρο, επεκτείνεται με «Α» βάση πάνω στο 3 ‘άκρο, συνδέθηκε με συζευγμένες-άκρο προσαρμογείς και ενισχύθηκε (τέσσερις κύκλοι). Exome περιέχουν βιβλιοθήκες προσαρμογέα συνδέθηκαν υβριδοποιήθηκαν για 24 ώρες με βιοτινυλιωμένο δολώματα ολιγο-RNA και εμπλουτισμένο με συζευγμένα με στρεπταβιδίνη μαγνητικά σφαιρίδια. Οι τελικές βιβλιοθήκες ενισχύθηκαν περαιτέρω μέσω 11 κύκλων PCR και να υποβληθεί σε προσδιορισμό αλληλουχίας Illumina σε μία λωρίδα του sequencer HiSeq 2000 με μια στοχευμένη μέγεθος ενθέτου ~ 180 bp. Το σύνολο της αλληλούχισης διεξήχθη με ζευγαρωμένα-άκρο 65-bp διαβάζει και εκτελέστηκε σύμφωνα με το τυπικό πρωτόκολλο Ilumina του. Κατά μέσο όρο, ~136.3 εκατομμύρια καθαρότητα με διήθηση διαβάζει δημιουργήθηκαν για κάθε δείγμα. Το μέσο ποσοστό των διπλών διαβάζει λόγω PCR και οπτικά αντικείμενα ήταν 0% σε σύνολο δεδομένων μας, και ~123.7 εκατομμύρια μοναδικά χαρτογραφηθεί διαβάζει λήφθηκαν για κάθε δείγμα. Κατά μέσο όρο, 69,1% των διαβάζει σε κάθε δείγμα είχε τουλάχιστον 50% αλληλοεπικάλυψη με οποιοδήποτε στοχευμένη περιοχή ± 100 bp σε SureSelect ολόκληρη βιβλιοθήκη exome δόλωμα. Οι στοχευμένες περιοχές σε κάθε δείγμα αλληλουχία σε ένα μέσο βάθος των 113,7 ×, με ~98.8% των στοχευμένων περιοχών που καλύπτονται ≥1 ×, ~94.3% ≥10 ×, ~82.4% ≥30 ×, ~70.8% ≥50 ×, ~66.4% ≥60 ×, ~62.2% ≥70 ×, ~58.2% ≥80 ×, ~54.4% ≥90 × και ~50.8% ≥100 ×. Οι λεπτομερείς περιλήψεις των πρώτων ποιότητα των στοιχείων που περιγράφονται στον Πίνακα S1. Για σύγκριση, ο ίδιος αλγόριθμος (SMART), που χρησιμοποιήθηκε στο προηγούμενο σύνολο δεδομένων των δειγμάτων AGC [11], εφαρμόστηκε σε αυτά τα δεδομένα για τον εντοπισμό των σωματικών παραλλαγές μονής νουκλεοτιδίων και ενθέσεις /απαλοιφές (indels) αλλοιώσεις από δεδομένα αλληλούχισης σύντομο ανάγνωσης. Το σύνολο δεδομένων έχει κατατεθεί στην Ευρωπαϊκή Αρχείο νουκλεοτιδίου και μπορεί να έχει πρόσβαση σε https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB 4850.

Οι μεταλλάξεις ανιχνεύονται με προσδιορισμό της αλληλουχίας exome ήταν περαιτέρω επικυρωμένες με PCR και αλληλούχιση Sanger. Εν συντομία, οι εκκινητές σχεδιάστηκαν χρησιμοποιώντας λογισμικό Primer3 (https://frodo.wi.mit.edu), και οι αλληλουχίες που παρατίθενται στον Πίνακα S3. Οι ενισχυμένες με PCR προϊόντα στη συνέχεια αλληλουχήθηκαν χρησιμοποιώντας ένα BigDye Terminator Cycle Sequencing Kit v3.1 και ΑΒΙ 3700 αυτοματοποιημένο αλληλουχητή (Applied Biosystems, Foster City, CA, USA).

Αποτελέσματα

Σωματικά μεταβολές στην egcs

Συνολικά, 2.389 σωματικές μεταλλάξεις εντοπίστηκαν στα τέσσερα δείγματα EGC, εκ των οποίων 1.117 συνέβη σε περιοχές κωδικοποίησης ή αιθέρια θέσεις ματίσματος (627 εσφαλμένου νοήματος, 32 ανοησίες, 10 ουσιαστική θέση ματίσματος, 169 indels και 279 συνώνυμος) (Σχήμα 1, και πίνακες 2 και S2). Ένα GC με MSI-υψηλής είχε 727 μη σιωπηλές μεταλλάξεις συμπεριλαμβανομένων των γονιδίων επιδιόρθωσης αναντιστοιχία (

MSH6

και

MSH3

), ενώ τα τρία μικροδορυφορικού σταθερό (MSS) δείγματα είχαν κατά μέσο όρο 37, ένα διαφορά περίπου 20-φορές. Οι nonsynonymous-to-συνώνυμος αναλογίες στα καρκίνους MSS έτεινε να είναι υψηλότερη από εκείνη του MSI-υψηλής καρκίνου, αλλά η διαφορά δεν ήταν στατιστικά σημαντική. C & gt? T και G & gt? A μεταβάσεις ήταν η πιο κοινή μετάλλαξη (61%) στην egcs, και δεν υπήρχε σημαντική διαφορά στην αλλαγή μόνο ζεύγος βάσεων ανάμεσα MSI-υψηλό και καρκίνους MSS (Σχήμα 2Α και S4). Από 784 γονίδια που φιλοξενούν μη σιωπηλές μεταλλάξεις, 13 μεταλλάχθηκαν σε δύο ή περισσότερα δείγματα. Αυτά περιλαμβάνονται τα γονίδια που είναι γνωστό ότι εμπλέκονται σε γαστρική καρκινογένεση (

TP53

) και αναφέρονται στον κατάλογο των σωματικών μεταλλάξεων στον Καρκίνο (COSMIC) να μεταλλαχθεί σε GCs (

DYRK3, MCM10, PCDH17

και

UNC5C

) (Πίνακας 3). Των γονιδίων που έχουν επιλεγεί για επικύρωση,

PCDH17

μετάλλαξη πιθανότατα δεν έχουν επικυρωθεί από τη μέθοδο Sanger, λόγω των χαμηλών συχνοτήτων του μεταλλαγμένου αλληλόμορφου (Πίνακας S3). Είναι ενδιαφέρον, σε μια διάχυτη τύπου EGC με MSI-υψηλή, ένας

EGFR

(c.2224G & gt? Α, p.V742I). Μετάλλαξη εντοπίστηκε

Το αστέρι (*) δείχνει τα αποτελέσματα που παράγονται στην ίδια πλατφόρμα.

Η

το αστέρι (*) υποδεικνύει σημαντική διαφορά μεταξύ intestinal- και διάχυτη τύπου σε όλες τις μικροδορυφορικού σταθερή καρκίνους (

P

= 0,010).

Η

σύγκριση μεταξύ EGC και AGC

για τη σύγκριση των αποτελεσμάτων μας σε EGC με εκείνες του οι AGC, χρησιμοποιήθηκαν δύο πρόσφατα δημοσιευμένα στοιχεία αλληλουχίας ολόκληρη exome [11], [12] . Wang

et al

. εντοπιστεί 164 μη σιωπηλή και 48 συνώνυμες μεταλλάξεις κατά μέσο όρο σε 22 δείγματα AGC με 116 × μέσο βάθος κάλυψη [11]. Zang

et al

. ανιχνεύεται κατά μέσο όρο 50 μη σιωπηλή και 16 συνώνυμες σωματικές μεταλλάξεις σε 15 δείγματα AGC με 96 × μέσο βάθος κάλυψη [12]. Σε άμεση σύγκριση μεταξύ των τεσσάρων egcs και 37 οι AGC, δεν υπήρχε σημαντική διαφορά στον αριθμό των τύπου μετάλλαξης (Σχήμα 1). Οι αλλαγές μονού ζεύγους βάσεων σε egcs ήταν παρόμοια με προηγούμενη έκθεση του Wang

et al

. [11], που δείχνει ένα σαφώς μεγαλύτερο αριθμό C & gt? T και G & gt? A μεταπτώσεις τόσο MSS και MSI-υψηλής όγκους (Σχήμα 2Α και στον Πίνακα S4). Είναι ενδιαφέρον, C & gt? G μεταβάσεις ήταν πιο συχνές σε εντερική τύπου σε σχέση με GCs διάχυτη τύπου σε όλα τα δείγματα MSS, η οποία περιελάμβανε τρεις egcs και 18 οι AGC (Wilcoxon τεστ κατάταξης ποσό,

P

= 0,010) (Εικόνα 2Β και Πίνακας S4).

στο 37 AGC και 4 δείγματα EGC, μη σιωπηλές μεταλλάξεις (εσφαλμένου νοήματος, ανοησίες, ουσιαστική θέση ματίσματος και indels) ανιχνεύθηκαν σε 3372 και 784 γονίδια, αντίστοιχα. Και στις δύο egcs και οι AGC, 268 γονίδια είχαν κοινά μεταλλαγμένα? η

BCORL1, LRP2, LRP12, MACF1, PRKCI

και

TP53

γονίδια μεταλλαχθεί σε τουλάχιστον δύο δείγματα EGC, και το

ACVR2A, CCNL1, CTNNB1, FMN2, PTEN, RPL22

και

ΤΤΝ

γονίδια, καθώς και άλλοι, συνδέονταν σημαντικά με οι AGC με ένα ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη & lt? 0.2 [11], [12] (Εικόνα 3). Λειτουργική ανάλυση σχολιασμού χρησιμοποιώντας DAVID (https://david.abcc.ncifcrf.gov) για να εξετάσουν τα γονίδια που βρέθηκαν επικάλυψη μεταξύ των δύο σύνολα δειγμάτων αποκάλυψε ότι τα σημαντικά εμπλουτισμένη όρους που περιλαμβάνονται δεσμευτική προβολής κυττάρου διασταύρωση μεταξύ κυττάρων ακτίνης, κυτταροσκελετού, και (Πίνακας . S5)

υπογραμμισμένο και έντονη γραμματοσειρά υποδεικνύει τα γονίδια με μεταλλάξεις της πρωτεΐνης-αλλαγή σε δύο τουλάχιστον από νωρίς δείγματα του καρκίνου και των επιλεγμένων γονιδίων με υψηλότερα από τα αναμενόμενα ποσοστά μετάλλαξης σε προχωρημένο γαστρικό καρκίνους (ποσοστό εσφαλμένης ανακάλυψη & lt? 0.2 ), αντίστοιχα.

η

Συζήτηση

Αν και αλληλουχίας ολόκληρη exome έχει αναφερθεί για 37 δείγματα AGC [11], [12], δεν υπήρξε καμία τέτοια μελέτη για την αξιολόγηση νωρίς καρκινογένεσης σε το γενετικό επίπεδο. Για να εξερευνήσετε το πλήρες ρεπερτόριο των σωματικών μεταλλάξεων στο egcs, πραγματοποιήσαμε ολόκληρη αλληλουχίας exome από τέσσερα ζεύγη δειγμάτων EGC, και βρήκε διακριτή και κοινές γενετικές υπογραφές μεταξύ egcs και οι AGC που μπορεί να εντοπίσει γονίδια που εμπλέκονται στις αρχές καρκινογένεση και η επακόλουθη πρόοδος.

Τα επιθηλιακά καρκίνοι έχουν συχνά μεταβλητό φάσματα μετάλλαξης που δείχνει προς συγκεκριμένη μεταλλαξιογόνα ερεθίσματα [15], [16]. Για παράδειγμα, τα υψηλά ποσοστά της A & gt? C και C & gt? T μεταβάσεις παρατηρήθηκαν σε οισοφάγου αδενοκαρκινώματα και εκτεθειμένο στον ήλιο μελανώματα, αντίστοιχα, γεγονός που υποδηλώνει ότι αυτές οι μεταλλάξεις οφείλονται σε γαστροοισοφαγική παλινδρόμηση και την υπεριώδη έκθεση [15], [17]. Μια προηγούμενη μελέτη γονιδιώματος σε επίπεδο σε δύο γαστρικά αδενοκαρκινώματα έδειξαν συχνή C & gt? Α και Τ & gt? Ένα μεταβολές σε σύγκριση με την κανονική γονιδιώματα [18]. Εδώ, βρήκαμε συχνές C & gt? G μεταβάσεις σε καρκινώματα του εντέρου τύπου σε σύγκριση με διάχυτη τύπου GCs μετά τον αποκλεισμό της MSI-υψηλής GCs. Η μοναδική εντάλματα παρατήρηση μας μελλοντικές μελέτες για να καθορίσουν συγκεκριμένη αιτιολογία που πιθανώς συμβάλλει στην κατανόηση των πολύπλοκων και ελάχιστα κατανοητή μοριακών μονοπατιών των GCs εντερικού τύπου.

Μέσα από τη συγκριτική ανάλυση, εντοπίστηκαν 268 γονίδια που ήταν κοινά με μη-σιωπηλές μεταλλάξεις κοινόχρηστο και από τις δύο egcs και οι AGC (Σχήμα 3). Περίπου το ένα τρίτο των μη σιωπηλές μεταλλάξεις σε egcs μοιράζονται με οι AGC και 8% των μη σιωπηλές μεταλλάξεις βρέθηκαν σε οι AGC μοιράζονται με egcs. Μια προηγούμενη μελέτη με ανάλυση γονιδιακής έκφρασης έδειξε ότι η πλειοψηφία των αλλοιώσεων που σχετίζονται με egcs διατηρούνται σε οι AGC και περαιτέρω αλλαγές έκφραση σηματοδοτούν τη μετάβαση από EGC να AGC [10]. Συνολικά, αυτά τα αποτελέσματα υποδεικνύουν ότι EGC αντιπροσωπεύει ένα πρώιμο στάδιο μοριακό του AGC, και οι συνήθως μεταλλαγμένα γονίδια παίζουν σημαντικό ρόλο στην εξέλιξη από EGC προς AGC. Εμείς επιβεβαίωσε ότι

TP53

είναι η πιο συχνά μεταλλαγμένο γονίδιο σε GCs, με

TP53

μεταλλάξεις που βρέθηκαν στο μισό της EGC και τα δύο τρίτα των δειγμάτων AGC. Μεταξύ των επικαλυπτόμενων γονιδίων,

AKAP9, CAMTA1, COL1A1, CTNNB1, KDM5A

και

RPL22

σχολιάστηκαν ως ογκογονίδια, ενώ

ATM, FBXW7, MSH6, NF1, PTEN, SETD2

και

TP53

ήταν ογκοκατασταλτικά γονίδια από τον Sanger Gene Απογραφή (https://cancer.sanger.ac.uk/cancergenome/projects/census). Από τα γονίδια του καρκίνου Απογραφή, εντοπίσαμε για πρώτη φορά ένα

EGFR

μετάλλαξη (c.2224G & gt? Α, p.V742I) σε μια διάχυτη τύπου EGC με MSI-υψηλή. Σε μια πρόσφατη μελέτη σε 63 MSI-high GCs,

EGFR

μετάλλαξη δεν ανιχνεύθηκε με άμεση αλληλούχιση της περιοχής κινάσης (εξόνια 18, 19, 20 και 21) [19]. Η ίδια μετάλλαξη V742I έχει αναφερθεί σε έναν ασθενή με καρκίνο του ενδομητρίου και σε ένα κυτταρική σειρά γλοιώματος [20], [21]. Η κλινική σημασία αυτής της σπάνιας μετάλλαξης θα πρέπει να επικυρωθεί στο εγγύς μέλλον.

Αν και ο επιπολασμός της υποτροπιάζουσας μεταλλάξεις σε egcs ήταν σχετικά χαμηλό, 13 γονίδια που μεταλλάχθηκαν σε τουλάχιστον δύο δείγματα, και είχε πολύ λίγες συνώνυμα, ιντρονική ή /και αμετάφραστες μεταλλάξεις. Μεταξύ αυτών των 13 γονιδίων,

DYRK3, GPR116, MCM10, PCDH17, PCDHB1, RDH5

και

UNC5C

μπορεί να είναι ειδικός για την πρώιμη GC στάδιο, γεγονός που υποδηλώνει μια πιθανή ρόλο στην πρώιμη καρκινογένεση. Στη σειρά μας,

PCDH17

μεταλλάξεις εμφανίστηκαν σε GCs εντερικού τύπου με MSS, συμπεριλαμβανομένου ενός EBV-θετικό δείγμα. Προηγούμενη παγκόσμια γονιδιωματική αναλύσεις του παχέος και του παγκρέατος αποκάλυψαν επίσης νοηματικές μεταλλάξεις σε ορισμένα μέλη του

PCDH

(πρωτοκαδερίνη) υποοικογένειες [22], [23]. Ωστόσο, οι μεταλλάξεις ανιχνεύονται σε egcs μας με αλληλούχιση Illumina δεν επιβεβαιώθηκαν με αλληλούχιση Sanger, πιθανώς επειδή το μεταλλαγμένο αλλήλιο συχνότητες ήταν πολύ χαμηλή.

UNC5C

ανήκει στην οικογένεια υποδοχέων λειτουργική εξάρτηση, μέλη της οποίας μοιράζονται την ικανότητα να επάγει απόπτωση στην απουσία τους συνδέτες τους [24], [25]. Η ανώμαλη μεθυλίωση του γονιδίου αυτού έχει αναφερθεί κατά τη διάρκεια της γαστρικής καρκινογένεσης, και αυτό μεθυλίωση εξαφανίστηκε σε ιδιαίτερα προηγμένο GCs [26]. Για τα υπόλοιπα γονίδια, λειτουργική συνάφεια τους σε GC παραμένει ασαφής.

απώλεια της λειτουργίας μορίων κυτταρικής προσκόλλησης αυξάνει την ικανότητα των καρκινικών κυττάρων να εισβάλλουν περιβάλλοντα ιστό, και δυσλειτουργία σε πολύπλοκα χρωματίνη-αναδιαμόρφωση προωθεί χρωμοσωμική αστάθεια που οδηγεί ογκογένεση [27]. Κανένα από τα δείγματα μας EGC είχαν μεταλλάξεις σε πρωτεΐνες αλλαγή των γονιδίων χρωματίνης-αναδιαμόρφωση βρέθηκαν σε οι AGC, όπως

ARID1A, MLL3, PBRM1

και

MBD2

[11], [12], γεγονός που υποδηλώνει χρωματίνης τροποποίηση επιτυγχάνεται αργά στην εξέλιξη της GC.

Συνολικά, η μελέτη μας δείχνει ότι EGC και AGC μοιράζονται κοινές σωματικές μεταλλάξεις, και AGC συνδέεται με επιπλέον αθροιστική γενετικές αλλαγές σε κυτταρική προσκόλληση και γονιδίων χρωματίνη αναδιαμόρφωση. Οι μοριακές υπογραφές διάκριση EGC από AGC είναι σημαντικό να βοηθήσει στον εντοπισμό νέων προγνωστικούς δείκτες και πιθανούς θεραπευτικούς στόχους. Οι μεγαλύτερες μελέτες για να προσδιοριστεί η βιολογική σημασία των περιοδικώς μεταλλαγμένα γονίδια σε egcs.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Πίνακα S1.

Περίληψη των στατιστικών αλληλουχίας ολόκληρη exome για τέσσερα ζευγάρια των γαστρικών δείγματα

doi:. 10.1371 /journal.pone.0082770.s001

(PDF)

Πίνακας S2.

Κατάλογος όλων των σωματικών μεταλλάξεων στις αρχές γαστρικών καρκίνων που προσδιορίζονται από αλληλούχιση exome

doi:. 10.1371 /journal.pone.0082770.s002

(XLS)

Πίνακα S3.

Αστάρια για αλληλουχίας Sanger, τη συχνότητα αλληλόμορφου και τα αποτελέσματα της επικύρωσης

doi:. 10.1371 /journal.pone.0082770.s003

(PDF)

Πίνακας S4.

Σύγκριση των σωματικών φάσματα σημειακή μετάλλαξη στο γαστρικών καρκίνων από το κράτος του όγκου και ιστολογικός τύπος

doi:. 10.1371 /journal.pone.0082770.s004

(PDF)

Πίνακας S5. ανάλυση μονοπάτι

DAVID των 268 επικαλυπτόμενων γονιδίων μεταξύ πρώιμη και προχωρημένη γαστρικών καρκίνων

doi:. 10.1371 /journal.pone.0082770.s005

(XLS)