Αφηρημένο

Η ακριβής πρόβλεψη των κλινικών μαθημάτων καρκίνου του προστάτη παραμένει άπιαστο. Σε αυτή τη μελέτη, εκτελέσαμε ανάλυση αριθμός ολόκληρο αντίγραφο του γονιδιώματος σε λευκοκύτταρα 273 ασθενείς με καρκίνο του προστάτη χρησιμοποιώντας Affymetrix SNP6.0 τσιπ. παραλλαγές αριθμός αντιγραφής (CNV) βρέθηκαν σε όλα τα χρωμοσώματα του ανθρώπινου γονιδιώματος. Ένας μέσος όρος 152 CNV θραύσματα ανά γονιδίωμα πιστοποιήθηκε στα λευκοκύτταρα από ασθενείς με καρκίνο του προστάτη. Οι κατανομές μεγέθους των CNV στο γονιδίωμα των λευκοκυττάρων ήταν ιδιαίτερα συσχετίζεται με επιθετικότητα του καρκίνου του προστάτη. Ένα μοντέλο πρόβλεψης αποτέλεσμα του καρκίνου του προστάτη, αναπτύχθηκε με βάση την αναλογία μεγάλο μέγεθος του CNV από τα γονιδιώματα των λευκοκυττάρων. Αυτό το μοντέλο πρόβλεψης παράγεται ένα μέσο ποσοστό πρόβλεψης των 75,2%, με ευαισθησία 77,3% και ειδικότητα 69,0% για υποτροπή του καρκίνου του προστάτη. Όταν συνδυάζεται με νομογράφημα και το καθεστώς των μεταγραφών σύντηξη, το μέσο ποσοστό πρόβλεψης βελτιώθηκε σε 82,5%, με ευαισθησία 84,8% και ειδικότητα 78,2%. Επιπλέον, το μοντέλο πρόβλεψης λευκοκυττάρων ήταν 62,6% ακριβής στην πρόβλεψη σύντομο ειδικό προστατικό αντιγόνο χρόνο διπλασιασμού. Όταν συνδυάζεται με το βαθμό, νομογράφημα και το καθεστώς των μεταγραφών συγχωνεύσεως Gleason, το μοντέλο πρόβλεψης που δημιουργείται ένα σωστό ποσοστό πρόβλεψης του 77,5% με 73,7% ευαισθησία και 80,1% ειδικότητα. Για τις γνώσεις μας, αυτή είναι η πρώτη μελέτη που δείχνει ότι CNVs στην λευκοκυττάρων γονιδιώματα είναι προγνωστικά της κλινικά αποτελέσματα μιας ανθρώπινης κακοήθειας

Παράθεση:. Yu YP, Liu S, Χούο Ζ, Martin A, Νέλσον JB, Tseng GC , et al. (2015) Παραλλαγές Γονιδιωματική Αντιγραφή αριθμού στα γονιδιώματα των λευκοκύτταρα Προβλέψτε τον καρκίνο του προστάτη κλινικά αποτελέσματα. PLoS ONE 10 (8): e0135982. doi: 10.1371 /journal.pone.0135982

Επιμέλεια: Zoran Culig, Innsbruck Medical University, ΑΥΣΤΡΙΑ

Ελήφθη: 24 Απριλίου 2015? Αποδεκτές: 28, Ιούλη του 2015? Δημοσιεύθηκε: 21 του Αυγούστου, 2015

Copyright: © 2015 Yu et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα: Όλα τα σχετικά δεδομένα είναι εντός του Υποστηρίζοντας αρχεία πληροφοριών του χαρτιού και. Πρώτες πληροφορίες για τα δεδομένα της SNP6.0 από αυτά τα δείγματα είχαν κατατεθεί στη γονιδιακή έκφραση Omnibus (GEO, αριθμός ένταξης GSE70650)

Χρηματοδότηση:. Η μελέτη αυτή υποστηρίζεται από μια επιχορήγηση από το Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου στην JHL (RO1 CA098249) και μια επιχορήγηση από το Πανεπιστήμιο του Πίτσμπουργκ Ινστιτούτου για τον Καρκίνο. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Ο καρκίνος του προστάτη είναι μία από τις κύριες αιτίες θανάτου για τους άνδρες στις Ηνωμένες Πολιτείες. Έχει μεγάλη ετερογένεια στην βιολογική επιθετικότητα και κλινική πρόγνωση [1-3]. Από την εφαρμογή της διαλογής PSA ορού, το ποσοστό κλινικής ανίχνευσης του καρκίνου του προστάτη έχει αυξηθεί σημαντικά κυρίως λόγω της αναγνώρισης των μικρών, χαμηλής καρκίνους βαθμού που πιθανότατα δεν θα προχωρήσει [1]. Ωστόσο, κοντά στο 30.000 ασθενείς πεθαίνουν από καρκίνο του προστάτη ετησίως [4]. Η ακριβής πρόβλεψη της επιθετικής συμπεριφοράς του καρκίνου του προστάτη παραμένει άπιαστο.

Επί του παρόντος, υπάρχουν αρκετές επιλογές θεραπείας είναι διαθέσιμες για ασθενείς με καρκίνο του προστάτη, συμπεριλαμβανομένων άγρυπνο αναμονής, την ακτινοβολία, την ορμονική /χημειο-θεραπεία και ριζική προστατεκτομή. Gleason ταξινόμησης μόνη ή σε συνδυασμό με άλλες κλινικές δείκτες, όπως τα επίπεδα ειδικό προστατικό αντιγόνο του ορού και παθολογικών ή κλινικών σταδιοποίηση αποτελεί την κατευθυντήρια εργαλείο για την επιλογή αυτών των επιλογών θεραπείας. Ένας σημαντικός αριθμός ασθενών με καρκίνο του προστάτη, ωστόσο, παρουσίασαν υποτροπή μετά από χειρουργική εκτομή του αδένα του προστάτη. Είναι σαφές ότι υπάρχει ανάγκη για καλύτερη πρόβλεψη της πρόγνωσης του καρκίνου του προστάτη. Previous κυτταρογενετική και άλλες μελέτες γονιδιώματος πρότεινε μια σαφής σύνδεση μεταξύ ανωμαλίες γονιδιώματος και του καρκίνου του προστάτη [5-21]. Πρόσφατες αναλύσεις αριθμού αντιγράφων του γονιδιώματος του καρκίνου του προστάτη, καλοήθους ιστούς παρακείμενα σε καρκίνο και δείγματα αίματος από ασθενείς με καρκίνο του προστάτη πρότεινε ότι η διαγραφή του γονιδιώματος και ενίσχυση ορισμένων περιοχών σε δείγματα καρκίνου του προστάτη που σχετίζεται με κακή κλινική έκβαση [14? 22]. Ολόκληρο γονιδιώματος και αλληλούχιση μεταγραφικό αποκάλυψε μεταγραφές σύντηξης σε καρκίνο του προστάτη προβλεπτική της υποτροπής του καρκίνου του προστάτη [23]. Σε αυτή τη μελέτη, εκτελέσαμε αριθμός ολόκληρο αντίγραφο του γονιδιώματος αναλύσεις επί λευκοκυττάρων από ασθενείς με καρκίνο του προστάτη. Σημαντικές παραλλαγές αριθμού αντιγράφων (CNV) ταυτοποιήθηκαν στο γονιδίωμα των λευκοκυττάρων των ασθενών με καρκίνο του προστάτη. Βρήκαμε ότι τα μεγέθη του CNVs σε λευκοκύτταρα των δειγμάτων καρκίνου του προστάτη ήταν εξαιρετικά συνακόλουθη να υποτροπής του καρκίνου του προστάτη. μοντέλα πρόβλεψης χτίστηκαν για να προβλέψει τα αποτελέσματα του καρκίνου του προστάτη με βάση το μέγεθος των CNVs των λευκοκυττάρων.

Υλικά και Μέθοδοι

Το πρωτόκολλο της μελέτης εγκρίθηκε από το Πανεπιστήμιο του Πίτσμπουργκ Διοικητικού κριτική Θεσμική.

επεξεργασία ιστών, εκχύλιση του DNA, την παραγωγή αμπλικόνιο, σήμανση, υβριδισμός, πλύσιμο και σάρωση των SNP 6,0 μάρκες

δείγματα καρκίνου του προστάτη ελήφθησαν από το Πανεπιστήμιο του Πίτσμπουργκ Medical Center Tissue Bank. Αυτά τα δείγματα συλλέχθηκαν από 1998-2012. Διακόσια εβδομήντα τρεις φλεγμονώδη δείγματα παλτό από ασθενείς με καρκίνο του προστάτη αναλύθηκαν. Μεταξύ αυτών των δειγμάτων, 143 δείγματα ακολουθείται από τουλάχιστον 90 μήνες, 35 ασθενείς ήταν μη-επαναλαμβανόμενα για 90 μήνες ή περισσότερο, 55 ασθενείς που παρουσιάζουν υποτροπή με μικρή PSADT (PSA χρόνο & lt διπλασιασμού? 4 μήνες), και 53 ασθενείς που παρουσιάζουν υποτροπή με μακριά PSADT (PSA χρόνος & gt διπλασιασμό? 15 μήνες) μετά από ριζική προστατεκτομή (S1 πίνακα). η βαθμολογία του Gleason του όλων των δειγμάτων καρκίνου του προστάτη επανεκτιμήθηκαν από UPMC παθολόγους πριν από τη μελέτη. Κλινική παρακολούθηση διεξήχθη με ρεκόρ εξέταση γραφείο, έρευνα PSA στο αίμα και ακτινολογική παρακολούθηση. Αυτές οι παρακολουθήσεις πραγματοποιήθηκαν για περίοδο έως και 15 χρόνια μετά ο ασθενής είχε μια ριζική προστατεκτομή. Το πρωτόκολλο εγκρίθηκε από το «Πανεπιστήμιο του Πίτσμπουργκ Θεσμικών Συμβούλιο Εξέτασης». Πεντακόσια νανογραμμάρια γονιδιωματικού DNA υπέστησαν πέψη με Sty1 και NSP1 για 2 ώρες στους 37 ° C. Το χωνεμένο DNA καθαρίστηκε και συνδέθηκε με αστάρι /προσαρμογείς στους 16 ° C για 12-16 ώρες. Αμπλικόνια που προκύπτουν από την εκτέλεση PCR χρησιμοποιώντας εκκινητές που παρέχονται από τον κατασκευαστή (Affymetrix, CA) για τα προϊόντα σύνδεσης χρησιμοποιώντας το ακόλουθο πρόγραμμα: 94 ° C για 3 λεπτά, κατόπιν 35 κύκλοι των 94 ° C 30 δευτερόλεπτο, 60 ° C για 45 δευτερόλεπτα και 65 ° C για 1 λεπτό. Αυτό ακολουθήθηκε από επέκταση στους 68 ° C για 7 λεπτά. Τα προϊόντα PCR στη συνέχεια καθαρίζεται και πέπτεται με DNAseI για 35 λεπτά στους 37 ° C για να κατακερματίζουν το ενισχυμένο DNA. Το κατακερματισμένο DNA στη συνέχεια επισημάνθηκε με βιοτινυλιωμένα νουκλεοτίδια μέσω τερματική τρανσφεράση δεσοξυνουκλεοτιδίων για 4 ώρες στους 37 ° C. Διακόσια πενήντα μικρογραμμάρια κατακερματισμένου DNA υβριδοποιήθηκαν με ένα προ-εξισορροπημένη Affymetrix τσιπ SNP 6,0 στους 50 ° C για 18 ώρες. Διαδικασίες της πλύσης και σάρωση των SNP 6.0 chips ακολούθησε τις οδηγίες που παρέχονται από Affymetrix, Inc. Πρώτες πληροφορίες για τα δεδομένα της SNP6.0 από αυτά τα δείγματα είχε κατατεθεί στο «Έκφραση γονιδίων Omnibus» (GEO, αριθμός ένταξης GSE70650).

Η στατιστική ανάλυση

ανάλυση αντιγραφής παραλλαγή αριθμό.

τα αρχεία CEL αναλύθηκαν με Γονοτυπικές Console για την ανάλυση του ποιοτικού ελέγχου. Δείγματα με κλήση QC πάνω από 80% και αναλογία αντίθεσης, QC παραπάνω 0,4 εισήχθησαν στην ανάλυση. Να αναλύσει CNV, αρχεία CEL εισήχθησαν Partek GenomeSuite 6.6 για τη δημιουργία αριθμού αντιγράφων από τις πρώτες ένταση. Για να σχεδιάσετε το ιστογράμματα, τη διαγραφή ή την ενίσχυση των γονιδιωμάτων, αναλύθηκαν από τον πρώτο περιορισμό στις περιοχές με τιμή p μικρότερη από 0.001. Οι επιλεγμένες περιοχές στη συνέχεια φιλτράρεται από τον περιορισμό στις περιοχές με τουλάχιστον 10 δείκτες και 2 kb σε μέγεθος. Οι περιοχές στη συνέχεια αντιστοιχίζονται με γνωστά γονίδια. Οι συχνότητες του πολλαπλασιασμού και διαγραφές απεικονίσθηκαν στο γονιδίωμα που αντιστοιχούν στις θέσεις του γονιδίου (Σχήμα 1Α). Για κάθε γονίδιο, το ακριβές τεστ του Fisher εφαρμόστηκε για να δοκιμαστεί η σχέση μεταξύ της συμμετοχής CNV και δείγμα κατάσταση επανάληψης. Στη συνέχεια, οι ρ-τιμές μείον log χαράχθηκαν στο οικόπεδο Manhattan με αντίστοιχες θέσεις γονίδιο του χρωμοσώματος τους να δημιουργούν Σχήμα 1Β. Benjamini-Hochberg μέθοδο (BH) εφαρμόστηκε για να διορθώσει τα p-τιμές. Τα εμπλουτισμένα οδοί CNV-γονίδιο επιλέχθηκαν με δοκιμή Kolmogorov-Smirnov για τις ρ-τιμές γονίδιο ρυθμίζεται. p-τιμές οδού διορθώθηκαν επίσης με τη μέθοδο BH.

(Α) Ιστόγραμμα συχνότητας της ενίσχυσης (κόκκινο) ή διαγραφή (μπλε) των αλληλουχιών γονιδιώματος των λευκοκυττάρων (άνω πίνακα, n = 273) από ασθενείς με καρκίνο του προστάτη . (Β) του Μανχάταν οικόπεδα της p-τιμές σε σχέση με τον καρκίνο του προστάτη επανάληψη του κάθε γονιδίου CNV από λευκοκύτταρα.

Η

μεθόδων μηχανικής μάθησης για την πρόβλεψη επαναλαμβανόμενες και γρήγορη-υποτροπιάζουσα κατάσταση.

κατασκευάζονται τα μοντέλα πρόβλεψης για δύο τύπους κλινικών συγκρίσεις: (1) μη επαναλαμβανόμενες έναντι επαναλαμβανόμενες? (2) μη-γρήγορα επαναλαμβανόμενες (δηλαδή μη επαναλαμβανόμενες ή επαναλαμβανόμενες, αλλά έχει ειδικό προστατικό αντιγόνο διπλασιασμό του χρόνου [PSADT] ≥15 μήνες) έναντι γρήγορα επαναλαμβανόμενες (υποτροπιάζουσες PSADT≤ 4 μήνες). Για κάθε σύγκριση, τα μοντέλα κατασκευάστηκαν χρησιμοποιώντας σκορ Gleason (G), το σκορ νομογράφημα (Ν), το καθεστώς μεταγραφή σύντηξης (F) ή πληροφορίες CNV αίματος (L) ξεχωριστά. Για σκορ Gleason διακρίσεις, χρησιμοποιήσαμε δυαδικό πρόβλεψη (0 έννοια Gleason score ≤ 7 και 1 έννοια Gleason σκορ & gt? 7). Για νομογράφημα βαθμολογία, η πιθανότητα επιβίωσης 7 χρόνια που λαμβάνονται από https://www.mskcc.org/nomograms/prostate χρησιμοποιήθηκε [24]. Για την κατάσταση της σύντηξης, εφαρμόσαμε οκτώ μεταγραφές σύντηξης (TRMT11-GRIK2, SLC45A2-AMACR, mTOR-TP53BP1, LRRC59-FLJ60017, TMEM135-CCDC67, KDM4-AC011523.2, MAN2A1-FER και CCNH-C5orf30) προσδιορίζονται προηγουμένως και επικυρωθεί ένα πολυκεντρική μελέτη [23]. Ένα δυαδικό βαθμολογία σύντηξη χρησιμοποιήθηκε (0 κανένας από τους οκτώ συγχωνεύσεις ανιχνεύεται σημαίνει? 1 που σημαίνει ότι μία ή περισσότερες μεταγραφές σύντηξης ανιχνεύεται). Για την πρόβλεψη χρησιμοποιώντας γονιδιακή CNV των λευκοκυττάρων, βρήκαμε λίγο προβλεπτική ισχύ από το γονίδιο που βασίζεται ένωση (Σχήμα 1Β). Ως αποτέλεσμα, έχουμε αναπτύξει ένα μοντέλο μεγάλο λόγο μεγέθους (LSR) με βάση την υπόθεση ότι άστοχα εκτροπές CNV στο αίμα έπαιξαν σημαντικό ρόλο στην προδιαθέτουν όγκους του προστάτη σε επιθετικότητα. Όπως φαίνεται στο σχήμα 2Α, LSR ορίστηκε ως η αναλογία του μεγάλου μεγέθους CNV που προσδιορίζονται στο γονιδίωμα αίμα του ένα δεδομένο ασθενή, όπου μεγάλο μέγεθος ορίστηκε με κατώφλι δ. Σε κάθε δύο φορές διασταυρωμένης επικύρωσης, τα δείγματα τυχαία και εξίσου χωρίζεται σε δύο σύνολα δεδομένων. Στο πρώτο σύνολο δεδομένων αντιμετωπίζονται ως δεδομένα εκπαίδευσης, το καλύτερο παράμετρος δ στο μοντέλο LSR και τα καλύτερα αποκοπές του νομογράμματος και LSR βαθμολογίες επιλέχθηκαν μεγιστοποιώντας την υψηλότερη AUC (περιοχή κάτω από την καμπύλη) και το δείκτη Youden (δηλαδή την ευαισθησία + ειδικότητα-1). Τα μοντέλα στη συνέχεια εφαρμόστηκαν στο δεύτερο σύνολο δεδομένων, όπως δεδομένα δοκιμών. Η ενδοπιστοποίηση επαναλήφθηκε στη συνέχεια χρησιμοποιώντας το δεύτερο σύνολο δεδομένων ως δεδομένα εκπαίδευσης και το πρώτο σύνολο δεδομένων, όπως τα δεδομένα δοκιμής. καμπύλες ROC χαράχθηκαν μεταβάλλοντας τις αποκοπές τόσο στην εκπαίδευση και σύνολα δεδομένων δοκιμών. Η αντίστοιχη συνολική ακρίβεια, η ευαισθησία, η ειδικότητα, ο δείκτης Youden και AUC υπολογίστηκαν για την αξιολόγηση της απόδοσης. Η επικύρωση της ίσης διάσπαση επαναλήφθηκε για 14 φορές και πάνω 2 και κάτω 2 διαχωρισμού με το υψηλότερο και το χαμηλότερο άθροισμα των AUC αφαιρέθηκαν για να αποφευχθεί η κατά λάθος υπερβολική ανάθεση κατάρτισης /δοκιμών. Τα υπόλοιπα 10 αποτελέσματα διασταυρωμένης επικύρωσης τελικά κατά μέσο όρο (Πίνακας 1 και Πίνακας 2). ROC και Kaplan-Meier καμπύλες επιβίωσης στα σχήματα 3-6 είναι τα αντιπροσωπευτικά αποτελέσματα από τα 10 προβλέψεις πλησιέστερα στους μέσες τιμές.

(Α) Σχηματικό διάγραμμα του LSR μοντέλου λευκοκυττάρων CNV. Τα (Β) LSRs από λευκοκύτταρα που συνδέεται με την επιθετική συμπεριφορά του προστάτη επανεμφάνισης του καρκίνου. Άνω πίνακα: Συσχέτιση των LSRs από γονιδιώματα των λευκοκυττάρων με καρκίνους του προστάτη που ήταν επαναλαμβανόμενες? Κάτω πίνακας: Συσχέτιση των LSRs από γονιδιώματα των λευκοκυττάρων με καρκίνους του προστάτη που ήταν μη-επαναλαμβανόμενες 90 μήνες μετά από ριζική προστατεκτομή. (γ) LSRs από λευκοκύτταρα που συνδέονται με την σύντομη PSADT. Άνω πίνακα: Συσχέτιση των LSRs από γονιδιώματα των λευκοκυττάρων με καρκίνους του προστάτη που είχαν επαναλαμβανόμενες ορού του ειδικού προστατικού αντιγόνου χρόνος διπλασιασμού (PSADT) 4 μηνών ή λιγότερο? Κάτω πίνακας: Συσχέτιση των LSRs από γονιδιώματα των λευκοκυττάρων με καρκίνους του προστάτη που δεν είχαν υποτροπιάζοντα ή επαναλαμβανόμενες, αλλά έχουν PSADT 15 μήνες ή περισσότερο

Η

(Α) LSR που προέρχονται από το γονιδίωμα των λευκοκυττάρων CNV προβλέπει υποτροπής του καρκίνου του προστάτη.. καμπύλη λειτουργίας δέκτη (ROC) αναλύει τη χρήση LSRs προέρχεται από λευκοκυττάρων CNVs ως παράμετρος πρόβλεψης (κόκκινο) για την πρόβλεψη υποτροπής του καρκίνου του προστάτη, σε σχέση με νομογράφημα (μπλε), με βαθμό Gleason του (πράσινο) και η κατάσταση των 8 μεταγραφές σύντηξης [14] (κίτρινο). Τα δείγματα ήταν εξίσου χωριστεί τυχαία σε εκπαίδευση και δοκιμή θέτει 10 φορές. Η ανάλυση ROC αντιπροσωπεύει τα αποτελέσματα από τα πιο αντιπροσωπευτικά διάσπαση. (Β) Συνδυασμός LSR (L), το βαθμό Gleason του (G), νομογράφημα (Ν) και το καθεστώς των μεταγραφών σύντηξης (F) για την πρόβλεψη υποτροπής του καρκίνου του προστάτη. ROC ανάλυση ενός μοντέλου που συνδυάζει LSR, μεταγραφές σύντηξης, νομογράφημα και το βαθμό Gleason χρησιμοποιώντας LDA υποδεικνύεται από το μαύρο. ROC ανάλυση ενός μοντέλου που συνδυάζει μεταγραφές σύντηξης, νομογράφημα και το βαθμό Gleason χρησιμοποιώντας LDA υποδεικνύεται από το κόκκινο. ROC ανάλυση ενός μοντέλου που συνδυάζει LSR, μεταγραφές σύντηξης και το βαθμό Gleason χρησιμοποιώντας LDA υποδεικνύεται από το μπλε. ROC ανάλυση ενός μοντέλου που συνδυάζει LSR, μεταγραφές σύντηξης και νομογράφημα χρησιμοποιώντας LDA υποδεικνύεται από πράσινο. ROC ανάλυση ενός μοντέλου που συνδυάζει LSR, νομογράφημα και Gleason του βαθμού υποδεικνύεται από κίτρινο. Παρόμοια τυχαία διασπάσεις των συνόλων δεδομένων εκπαίδευσης και δοκιμές πραγματοποιήθηκαν από (Α).

Η

Η ανάλυση Kaplan-Meier σε ασθενείς που προβλέπεται από LSR βασίζεται σε CNV των λευκοκυττάρων των ασθενών ως πιθανό επαναλαμβανόμενες έναντι πιθανό μη επαναλαμβανόμενα (πάνω αριστερά). Παρόμοια επιβίωση αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν επίσης σε περίπτωση διαχωρισμούς με βάση βαθμούς Gleason του (ανώτερη μεσαία), η πιθανότητα νομογράφημα (επάνω δεξιά), η κατάσταση των 8 μεταγραφές σύντηξης (κάτω αριστερά), ή ένα μοντέλο με το συνδυασμό LSR, νομογράφημα και την κατάσταση μεταγραφή σύντηξη χρησιμοποιώντας LDA (χαμηλότερη μέση), ή ένα μοντέλο με το συνδυασμό LSR, νομογράφημα, Gleason βαθμό και την κατάσταση μεταγραφή σύντηξης χρησιμοποιώντας LDA (κάτω δεξιά). Αριθμός δειγμάτων που αναλύθηκαν και σ τιμές υποδεικνύονται.

Η

LSR που προέρχονται από το γονιδίωμα των λευκοκυττάρων CNV προβλέπει PSADT 4 μηνών ή και λιγότερο. ROC ανάλυση χρησιμοποιώντας LSRs προέρχεται από λευκοκυττάρων CNVs ως παράμετρος πρόβλεψης (κόκκινο) για την πρόβλεψη PSADT 4 μηνών ή και λιγότερο, έναντι νομογράφημα (μπλε), με βαθμό Gleason του (πράσινο) και η κατάσταση των 8 μεταγραφές σύντηξης [14] (κίτρινο). Τα δείγματα αναλύθηκαν με την ίδια διαδικασία όπως Εικ 3. (Β) Συνδυασμός LSR (L), βαθμός του Gleason (G), νομόγραμμα (Ν) και το καθεστώς των μεταγράφων σύντηξης (F) για την πρόβλεψη του καρκίνου του προστάτη επαναλαμβανόμενες PSADT 4 μήνες ή λιγότερο . ROC ανάλυση ενός μοντέλου που συνδυάζει LSR, μεταγραφές σύντηξης, νομογράφημα και το βαθμό Gleason χρησιμοποιώντας LDA υποδεικνύεται από το μαύρο. ROC ανάλυση ενός μοντέλου που συνδυάζει μεταγραφές σύντηξης, νομογράφημα και το βαθμό Gleason χρησιμοποιώντας LDA υποδεικνύεται από το κόκκινο. ROC ανάλυση ενός μοντέλου που συνδυάζει LSR, μεταγραφές σύντηξης και το βαθμό Gleason χρησιμοποιώντας LDA υποδεικνύεται από το μπλε. ROC ανάλυση ενός μοντέλου που συνδυάζει LSR, μεταγραφές σύντηξης και νομογράφημα χρησιμοποιώντας LDA υποδεικνύεται από πράσινο. ROC ανάλυση ενός μοντέλου που συνδυάζει LSR, νομογράφημα και βαθμό Gleason του υποδεικνύεται από το κίτρινο.

Η

Η ανάλυση Kaplan-Meier σε ασθενείς που προβλέπεται από LSR βασίζεται σε CNV των λευκοκυττάρων των ασθενών ως πιθανό επαναλαμβανόμενες και έχουν PSADT 4 μήνες ή λιγότερο σε σχέση με πιθανή μη επαναλαμβανόμενες ή επαναλαμβανόμενες, αλλά έχουν PSADT 15 μήνες ή περισσότερο (επάνω αριστερά). Παρόμοια επιβίωση αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν επίσης σε περίπτωση διαχωρισμούς με βάση βαθμούς Gleason του (ανώτερη μεσαία), η πιθανότητα νομογράφημα (επάνω δεξιά), η κατάσταση των 8 μεταγραφές σύντηξης (κάτω αριστερά), ή ένα μοντέλο με το συνδυασμό LSR, νομογράφημα και την κατάσταση μεταγραφή σύντηξη χρησιμοποιώντας LDA (χαμηλότερη μέση), ή ένα μοντέλο με το συνδυασμό LSR, νομογράφημα, Gleason βαθμό και την κατάσταση μεταγραφή σύντηξης χρησιμοποιώντας LDA (κάτω δεξιά). Αριθμός δειγμάτων που αναλύθηκαν και σ τιμές που υποδεικνύονται.

Η

Η

Για να ελέγξετε αν το συνδυασμό πολλαπλών πληροφοριών δεδομένων βελτιώνει το αποτέλεσμα πρόβλεψη, θα εφαρμόζεται γραμμική διακριτική ανάλυση (LDA) για να συνδυάζουν δύο ή περισσότερα προγνωστικοί παράγοντες. Όλα έγιναν δυνατοί συνδυασμοί. Μοντέλα χρησιμοποιώντας (1) L + N + F (2) L + N + G (3) N + F + G (4) L + F + G (5) L + N + F + G δείχνονται στα Σχήματα 3 και 5.

ανάλυση καμπύλης Kaplan-Meier

για την αξιολόγηση της επιβίωσης (Σχήματα 4 και 6), συνδυάσαμε το δύο φορές την επικύρωση σταυρό του έργου «Κατάρτιση = & gt? Testing». αποτέλεσμα να συγκρίνετε η απόδοση των διαφορετικών μεθόδων, εκτός από το σκορ Gleason που χρησιμοποιήθηκε (≤7 VS & gt? 7 ως cut-off για το σύνολο των δειγμάτων). Καμπύλες Kaplan-Meier είχαν περικοπεί κατά 90 μήνες παρακολούθησης. δοκιμασία log-rank έγινε για τον υπολογισμό του p-value μεταξύ των καμπυλών επιβίωσης των δύο προβλεπόμενων αποτελεσμάτων. Για να αξιολογηθεί κατά πόσον η διαφορά επιβίωσης για ένα μοντέλο ήταν σημαντικά καλύτερη από την άλλη, ορίζουμε μια δοκιμή στατιστικά στοιχεία U ως η απόλυτη διαφορά των στατιστικών δοκιμασία log-rank από τα δύο μοντέλα. Θεωρητικά κάτω από την μηδενική υπόθεση (δύο μοντέλα ήταν μη-διακριτική), τα στατιστικά στοιχεία της δοκιμής U ακολούθησε διανομή απόλυτη διαφορά των δύο ανεξάρτητων chi-τετράγωνο (βαθμός ελευθερίας = 1) διανομές. Ως αποτέλεσμα, έχουμε δείγμα 10.000.000 φορές από την απόλυτη διαφορά των δύο ανεξάρτητες κατανομές chi-τετράγωνο για να σχηματίσουν null διανομή και την αξιολόγηση των π-αξιών.

Αποτελέσματα

Γονιδιώματος αντιγράψετε ανωμαλίες είναι μερικά από τα σφραγίδες για καρκίνο του προστάτη. Ωστόσο, λίγα είναι γνωστά για τις ανωμαλίες αντίγραφο του γονιδιώματος σε μη καρκινικούς ιστούς από ασθενείς με καρκίνο του προστάτη. Για την ανάλυση των περιοχών της ενίσχυσης και διαγραφής στο γονιδίωμα των λευκοκυττάρων από ασθενείς με καρκίνο του προστάτη, 273 φλεγμονώδεις πλακούντες από ασθενείς με καρκίνο του προστάτη αναλύθηκαν για CNV σε ολόκληρο το γονιδίωμα χρησιμοποιώντας Affymetrix SNP6.0. Χρησιμοποιώντας τα κριτήρια αποκοπής του μεγέθους ≥2 Kb, αριθμός δείκτη ≥ 10 και p & lt? 0.001, εντοπίστηκαν συνολικά 41.589 τεμάχια CNV, συμπεριλαμβανομένων 24.213 τμήματα της διαγραφής και 17376 της ενίσχυσης, με τη συμμετοχή 17.865 γονίδια με βάση το γονίδιο σχολιασμό Partek (Σχήμα 1Α ). Αυτό μεταφράζεται σε ένα μέσο όρο περίπου 152 CNVs ανά δείγμα. Το μέσο μέγεθος των CNV στο γονιδίωμα των λευκοκυττάρων είναι περίπου 147 Kb. Κατά μέσο όρο, 256 γονίδια βρέθηκαν να έχουν είτε κέρδος αριθμού αντιγράφων ή ζημία ανά γονιδίωμα. Ανάμεσα στα δείγματα αίματος 273, 143 δείγματα αίματος έχουν περισσότερο από 90 μήνες κλινικής παρακολούθησης-ups από την άποψη της υποτροπής του καρκίνου του προστάτη. Είναι ενδιαφέρον ότι, όταν κατηγοριοποίηση των δειγμάτων αίματος με βάση την κατάσταση της υποτροπής του καρκίνου του προστάτη, CNV των λευκοκυττάρων από ασθενείς οι οποίοι παρουσίασαν υποτροπή μετά από ριζική προστατεκτομή είχαν κατά μέσο όρο & gt? 3,2 φορές μεγαλύτερο μέγεθος του CNV έναντι CNV από ασθενείς οι οποίοι δεν είχαν υποτροπή για τουλάχιστον 90 μήνες. Δύο όψεων t τεστ έδειξε μία ισχυρή συσχέτιση μεταξύ του μεγέθους του CNV σε λευκοκύτταρα και υποτροπής του καρκίνου του προστάτη (ρ = 2,2 χ 10

-16), υποδηλώνοντας ότι το μέγεθος του βλαστικής CNV μπορεί να παίζει ένα σημαντικό ρόλο στην προδιαθέσεως καρκίνου του προστάτη σε επιθετική κλινικά μαθήματα. Ωστόσο, κανένα συγκεκριμένο (FDR = 0.05) γονίδιο που εμπλέκεται στη CNV του θραύσματος του γονιδιώματος φθάνει το κατώτατο όριο που διαφοροποιεί τον καρκίνο του προστάτη επαναλαμβανόμενες έναντι εκείνων των μη-επαναλαμβανόμενες (Σχήμα 1Β). Μαζί, τα αποτελέσματα δείχνουν ότι το γονίδιο που βασίζεται σε μοντέλο πρόβλεψης είναι απίθανο να πετύχει στο λευκοκυττάρων ανάλυση CNV, αλλά η κατανομή μεγέθους των CNVs μπορεί να είναι έξυπνη.

Για να εξεταστεί αν βλαστικής CNV είναι προγνωστική της υποτροπής του καρκίνου του προστάτη, αναπτύχθηκε ένας αλγόριθμος που χρησιμοποιεί αναλογίες του αριθμού των μεγάλων θραυσμάτων μεγέθους. Όπως απεικονίζεται στο σχήμα 2Α, για κάθε δείγμα, μεγάλο λόγο μεγέθους (LSR) ορίζεται ως ο λόγος της CNV θραύσματα των οποίων τα μεγέθη είναι μεγαλύτερα από ένα αποκοπής μεγέθους (δ) επί του συνολικού αριθμού των θραυσμάτων CNV. Για παράδειγμα, 3 της 7 ανιχνεύθηκε CNVs στο Σχ 2Α βρίσκονται «μεγάλα θραύσματα μεγέθους» (μέγεθος ≥ δ) και το LSR αυτού του ασθενούς υπολογίζεται ως 3/7 = 0,43. Στο Σχήμα 2Β, η κατανομή των LSR από ασθενείς που εμφάνισαν υποτροπή του καρκίνου του προστάτη έδειξε σημαντικά υψηλότερες τιμές από ό, τι εκείνοι που δεν εμφάνισαν υποτροπή. Ομοίως, η κατανομή των LSR από ασθενείς με γρήγορη υποτροπή (PSADT≤ 4 μήνες) ήταν σημαντικά υψηλότερη από ό, τι εκείνων που προέρχονται από επαναλαμβανόμενες ασθενείς μη-γρήγορη (μη επαναλαμβανόμενες ή επαναλαμβανόμενες, αλλά έχουν PSADT≥ 15 μήνες, Σχήμα 2C). Στο μοντέλο LSR, η δ όριο το μέγεθος καθορίζεται από τη μεγιστοποίηση της AUC. Όταν δ τιμές είχαν βελτιστοποιηθεί (S1 σχήμα, δ = 10

4,5 = 31.622 bp για επαναλαμβανόμενες μοντέλο πρόβλεψης και 1Β επιλεγμένα δ = 10

5,7 = 501 187 bp για γρήγορες επαναλαμβανόμενες πρόβλεψη), που προβλέπει προστάτη υποτροπής του καρκίνου με ακρίβεια 77,6%, με ευαισθησία 80,4% και ειδικότητα 68,6%, ενώ η γρήγορη επανεμφάνιση με ακρίβεια 62,4%, με ευαισθησία 72,9% και ειδικότητα 54,1%.

Για την επικύρωση αυτού του μοντέλου, 143 δείγματα αίματος (S1 Πίνακας) από ασθενείς με καρκίνο του προστάτη ήταν τυχαία χωρίζεται σε ένα σύνολο εκπαίδευσης (72 δείγματα) και ένα σύνολο δοκιμών (71 δείγματα). Η βελτιστοποιημένη μεγάλου μεγέθους αποκοπής δ και LSR-αποκοπής λήφθηκαν από την ανάλυση εκπαίδευση μεγιστοποιώντας το δείκτη Youden. Οι παράμετροι στη συνέχεια εφαρμόστηκε στα δεδομένα δοκιμών που να αξιολογεί την ακρίβεια πρόβλεψης. Η επικύρωση στη συνέχεια επαναλήφθηκε 14 φορές και το καλύτερο 2 και το χειρότερο 2 αφαιρέθηκαν για να αποφευχθούν οι ακραίες τυχαιοποίηση. Τα υπόλοιπα 10 αποτελέσματα από αυτές τις αναλύσεις εκπαίδευση και δοκιμή ήταν κατά μέσο όρο (Πίνακας 1). Όπως φαίνεται στο σχήμα 3Α (αναλύσεις αντιπροσωπευτικές σε S2 Πίνακα) και τον Πίνακα 1, η ακρίβεια της κατάρτισης του μοντέλου LSR στην πρόβλεψη υποτροπής του καρκίνου του προστάτη φθάνει το 76,5%, με 77,8% ευαισθησία και 72,4% ειδικότητα. Όταν οι παράμετροι εφαρμόζονται στο σύνολο δοκιμών, η ακρίβεια πρόβλεψης φθάνει 73,9%, με 76,8% ευαισθησία και 65,6% ειδικότητα. Αυτά τα ποσοστά πρόβλεψης είναι καλύτερες από εκείνες των νομογράφημα (66,0% ακρίβεια για την εκπαίδευση και 61,3% για τις δοκιμές, Πίνακας 1), και είναι σημαντικά υψηλότερες από εκείνες του Gleason ποιότητας με ενιαία αποκοπής (40,3% για την εκπαίδευση και 39,4% για τις δοκιμές? P = 8.6×10

-3 για την κατάρτιση και p = 5.8×10

-3 για τη δοκιμή σε σύγκριση ROC, βλέπε πίνακα 1 και S3 πίνακα).

για να εξεταστεί κατά πόσον ο συνδυασμός των διαφορετικών τρόπων θα βελτιώσει την πρόβλεψη μοντέλο, LSR αίματος, νομογράφημα, βαθμό Gleason και το καθεστώς των 8 μεταγραφές σύντηξης (TRMT11-GRIK2, SLC45A2-AMACR, mTOR-TP53BP1, LRRC59-FLJ60017, TMEM135 -CCDC67, KDM4-AC011523.2, MAN2A1-FER και CCNH-C5orf30 ) [23] στα δείγματα καρκίνου του προστάτη σε συνδυασμό με γραμμική διακριτική ανάλυση (LDA) για να εκπαιδεύσει το μοντέλο πρόβλεψης στο σύνολο εκπαίδευσης. Τέτοια μοντέλο δημιουργείται μια ακρίβεια πρόβλεψης του 87,9%, με 88,8% ευαισθησία και 85,4% ειδικότητα για υποτροπή του καρκίνου του προστάτη στο σύνολο εκπαίδευσης, και η ακρίβεια του 75,7%, με 81,7% ευαισθησία και 64,0% ειδικότητα στο σύνολο δοκιμών (σχήμα 3Β και Πίνακας 1). Είναι ενδιαφέρον ότι, ο συνδυασμός των LSR, νομογράφημα και το καθεστώς των μεταγραφών σύντηξης φαίνεται να παράγει τα καλύτερα αποτελέσματα πρόβλεψης: ακρίβεια 86,4% στο σύνολο εκπαίδευσης και το 78,6% ακρίβεια στο σύνολο δοκιμών. Τα ποσοστά αυτά πρόβλεψη εμφανίζονται σημαντικά καλύτερες από αυτές που δημιουργούνται από οποιοδήποτε μεμονωμένο τροπικότητα (Πίνακας 1). Για να αξιολογηθεί η συνεισφορά καθεμιάς από αυτές τις λεπτομέρειες με το μοντέλο συνδυασμού, αφαίρεση ενός από κάθε τροπικότητα σε μια στιγμή έγινε με μοντέλο για την αξιολόγηση των επιπτώσεων τους αντίστοιχα. Όπως φαίνεται στο Σχήμα 3Β και στον Πίνακα 1, η αφαίρεση των LSR τροπικότητα φαίνεται να έχουν την πιο σημαντική επίδραση στην πρόβλεψη υποτροπής του καρκίνου του προστάτη: Τα ποσοστά ακρίβειας πρόβλεψης μειωθεί από 87,9% σε 75,1% (ROC p = 0,044, δείτε S3 Πίνακα) στην σύνολα κατάρτιση και από 75,7% σε 64,0% (ROC p = 0,037) στα σύνολα δοκιμών. Αυτό ακολουθήθηκε από γονίδια σύντηξης (ρ-τιμή μεταξύ των δύο καμπυλών ROC ήταν 0.109 για την εκπαίδευση και 0,159 για τη δοκιμή). Από την άλλη πλευρά, η αφαίρεση των νομογράφημα ή Gleason τάξη δεν είχε καμία αισθητή επίδραση στην απόδοση πρόβλεψη του μοντέλου (Πίνακας 1, Σχήμα 3 και S3 πίνακα).

Για να εξεταστεί η απόδοση πρόβλεψη της βαθμολογίας LSR για PSA- ελεύθερη επιβίωση των ασθενών με καρκίνο του προστάτη, Kaplan-Meier αναλύσεις διεξήχθησαν σε 143 ασθενείς που είχαν οριστικά κλινικές πληροφορίες (S1 πίνακα). Επανεμφάνιση καθεστώς για την εξέταση δειγμάτων είχαν προβλεφθεί από το μοντέλο εκπαιδευτεί από το σύνολο εκπαίδευσης, και το μοντέλο πρόβλεψης των δειγμάτων εκπαίδευσης είχε εκπαιδευτεί από την ομάδα ελέγχου. Οι συγχωνευμένες δύο φορές τα αποτελέσματα πρόβλεψης διασταυρωμένης επικύρωσης χρησιμοποιήθηκαν για να διαιρέσει τις 143 ασθενείς σε προέβλεψε επαναλαμβανόμενες ομάδας και της μη-επαναλαμβανόμενες ομάδα. Όπως φαίνεται στο σχήμα 4, όταν οι ασθενείς είχαν προβλεφθεί από LSR ως υψηλού κινδύνου για υποτροπή του καρκίνου του προστάτη, μόνο 12,1% των ασθενών επιβίωσαν για 90 μήνες χωρίς υποτροπή, ενώ πάνω από το 52,3% των ασθενών με μοντέλο LSR προβλέπεται να είναι πιθανό μη επαναλαμβανόμενες επιβίωσαν 90 μήνες χωρίς κανένα σημάδι υποτροπιάζοντα καρκίνο του προστάτη (κατά μέσο όρο p = 9,9 x 10

-5 από δοκιμασία log-rank, Σχήμα 4 και S4 πίνακα). Σε αντίθεση, το σκορ Gleason απέτυχε να παράγει στατιστικά σημαντικά διαφορετικά αποτελέσματα για επαναλαμβανόμενες και μη επαναλαμβανόμενες ομάδες (p = 0,113 από δοκιμασία log-rank). Νομογράφημα, όμως, δημιουργούνται στατιστικά σημαντική βελτίωση των κλινικών αποτελεσμάτων (33,9% έναντι 18,4% το ποσοστό επιβίωσης και p = 0.0038 για δοκιμασία log-rank), όταν οι ασθενείς διαχωρίζονται με βάση την προβλεπόμενη επαναλαμβανόμενες έναντι μη-επαναλαμβανόμενες από νομογράφημα. Όταν συνενώθηκαν μεταγραφών συγχωνεύσεως γονιδίωμα λευκοκυττάρων LSR και νομογράμματος, βελτίωσε τα αποτελέσματα της πρόβλεψης του καρκίνου του προστάτη σε 58,1% PSA επιβίωση χωρίς αν είχαν προβλεφθεί να είναι μη επαναλαμβανόμενο από το μοντέλο έναντι 16,9%, εάν είχαν προβλεφθεί ως πιθανό επαναλαμβανόμενες από το συνδυασμένο μοντέλο (p = 2.9×10

-6 για τους δύο καμπύλες επιβίωσης). Το μοντέλο αυτό συνδυάζεται-τροπικότητα υπερτερεί σημαντικά οποιοδήποτε μοντέλο πρόβλεψης μόνο τροπικότητα (p = 6.6×10

-3 έναντι LSR, p = 1.8×10

-5 έναντι Gleason, p = 3.5Χ10

-4 έναντι νομογράφημα, σ = 0,017 έναντι μεταγραφές σύντηξης, δείτε S5 πίνακα). Όταν ταξινόμησης Gleason προστέθηκε στο μοντέλο, αυτό δεν βελτίωσε την ακρίβεια της πρόβλεψης, αλλά βελτίωσε τις καμπύλες επιβίωσης.

Θάνατο

προστάτη που σχετίζονται με τον καρκίνο συνδέεται στενά με την αύξηση της ταχύτητας των επαναλαμβανόμενων Seral PSA. Σύντομη PSADT (& lt? 4 μήνες) είχε χρησιμοποιηθεί ως υποκατάστατο για το θάνατο σχετίζονται με τον καρκίνο του προστάτη για τα τελευταία 15 χρόνια [25? 26]. Για να εξεταστεί αν LSR στο γονιδίωμα των λευκοκυττάρων είναι επίσης προγνωστική βραχείας PSADT, δείγματα αίματος (S1 Πίνακα) χωρίστηκαν τυχαία χωρίζονται σε εκπαίδευση (65 δείγματα) και δοκιμών (64 δείγματα) σετ. Παρόμοιες διαδικασίες πραγματοποιήθηκαν σε αυτά τα δείγματα, όπως περιγράφεται στο επανάληψη πρόβλεψη. Όπως φαίνεται στον Πίνακα 2, το μοντέλο LSR στα σύνολα δεδομένων κατάρτισης και δοκιμή έδωσε ένα ακρίβεια της πρόβλεψης του PSADT = & lt? 4 μηνών ως 67,7% και 57,5%, αντίστοιχα. Η καμπύλη ROC μοντέλου LSR έναντι της διαγώνιας γραμμής (τυχαία εικασία) έχει τιμή p = 0,016 για το σύνολο εκπαίδευσης και 0.017 για το σύνολο δοκιμών (Σχήμα 5, Πίνακας 2 και S6 πίνακα). Η πρόβλεψη βασίζεται σε Gleason σκορ απέδωσε 42,3% ακρίβεια για το σύνολο εκπαίδευσης και το 44,5% για το σύνολο δεδομένων δοκιμών. Από την άλλη πλευρά, νομόγραμμα δημιουργείται μια ακρίβεια πρόβλεψης του 67,8% και ROC τιμή ρ 0,0082 στο σύνολο εκπαίδευσης και το 64,5% ακρίβεια και 0.0014 ρ-τιμή ROC στο σύνολο δοκιμών. Το καθεστώς των μεταγραφών σύντηξης στα δείγματα καρκίνου του προστάτη που παράγεται ακρίβεια 68,8% και 68,4% στον τομέα της κατάρτισης και τα δεδομένα δοκιμών σύνολα, αντίστοιχα. Αυτά τα 4 μέθοδοι δεν φάνηκε να είναι σημαντικά καλύτερη από μία άλλη όταν διεξήχθησαν κατά ζεύγη δοκιμές αναλογία. Ωστόσο, όταν ενώθηκαν τα 4 μεθόδους, απέδωσε την ακρίβεια 83,0% (ROC p = 5.3 x 10

-9) για την κατάρτιση, οι οποίες και 72,0% (ROC p = 1.3×10

-4) για το σετ δοκιμών. Αυτά τα αποτελέσματα ήταν καλύτερα από οποιαδήποτε ενιαία πρόβλεψη τροπικότητα όσον αφορά την ακρίβεια, οι τιμές AUC και Youden Index (Πίνακας 2). Για να διερευνηθεί η επίδραση της κάθε μία από αυτές τις λεπτομέρειες σχετικά με το μοντέλο πρόβλεψης, κάθε τροπικότητα ήταν μεμονωμένα αφαιρείται από το συνδυασμένο μοντέλο πρόβλεψης. Τα αποτελέσματα πρόβλεψης έδειξαν μια σειρά από 72,8 έως 82,5% ακρίβεια στο σύνολο δεδομένων εκπαίδευσης και 65,0 έως 73,6% ακρίβεια στο σύνολο δεδομένων δοκιμής, όταν ένα τροπικότητα αφαιρέθηκε. Είναι ενδιαφέρον ότι, όταν είτε LSR αίματος ή την κατάσταση μεταγραφή σύντηξης καρκίνο αφαιρέθηκε, τα συνδυασμένα μοντέλα δεν έδωσαν σημαντικά καλύτερες προβλέψεις από οποιαδήποτε πρόβλεψη ενιαίου τροπικότητα εκτός (S7 Πίνακας) Gleason του, γεγονός που υποδηλώνει ότι LSR αίματος και απομαγνητοφώνηση σύντηξης κατάστασης ήταν οι πιο σημαντικές συνεισφέροντες στη συνδυασμένη μοντέλο πρόβλεψης.

για να αναλύσει τον αντίκτυπο της μικρής πρόβλεψη PSADT για τον καρκίνο του προστάτη PSA-free επιβιώσεις, Kaplan-Meier αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν σε δείγματα διαχωρίζονται με βάση την πρόβλεψη PSADT από το γονιδίωμα των λευκοκυττάρων LSR. Όπως φαίνεται στο σχήμα 6 και S8 Πίνακα, όταν τα δείγματα προβλεφθεί από LSR αίμα να έχουν PSADT≤4 μηνών, το ποσοστό επιβίωσης PSA ελεύθερο ήταν 17,1% στο 90ο μήνα μετά από ριζική προστατεκτομή, ενώ το ποσοστό επιβίωσης βελτιώθηκε σε 41,5% για εκείνα προβλεπόμενη να έχουν μήνες PSADT≥15 ή μη-επαναλαμβανόμενες (δοκιμασία log-rank p = 0,0039, βλέπε σχήμα 6 και S8 πίνακα). Σε αντίθεση, οι καμπύλες επιβίωσης προβλέπεται από βαθμολογίας Gleason καταλήξαμε με παρόμοιο ποσοστό επιβίωσης στις 90 μηνών, και η p-τιμή μεταξύ των δύο καμπυλών ήταν 0,0816 με δοκιμασία log-rank. Νομογράφημα είχε το ποσοστό επιβίωσης PSA-free του 21,4% όταν οι ασθενείς είχαν προβλέψει να έχουν PSADT≤4 μήνες. Αυτό το ποσοστό επιβίωσης ήταν 31,5% όταν οι ασθενείς αναμένεται να είναι μη επαναλαμβανόμενα (p = 0,0021 με τη δοκιμασία log-rank). Ωστόσο, όταν το μοντέλο συνδυασμού Gleason, νομογράμματος, μεταγραφές σύντηξης και LSR αίμα εφαρμόστηκε, το ποσοστό επιβίωσης PSA-free ήταν μόνο 7,9% όταν οι ασθενείς προβλέπεται να έχει PSADT≤4 μήνες, ενώ το ποσοστό επιβίωσης ήταν 52,1% όταν οι ασθενείς ήταν προβλέπεται να έχει PSADT & gt? 4 μήνες ή μη-επαναλαμβανόμενες (p = 1.6×10

-7). Το μοντέλο που συνδυάζει 4 τρόποι ξεπέρασε σημαντικά τις μοντέλα πρόβλεψης με βάση Gleason Βαθμός (p = 1.5×10

-6) ή νομογράφημα (p = 3.0×10

-5) ή LSR (p = 1.9×10

-5 ) ή μεταγραφές σύντηξης (p = 0,0018) μόνο (S9 πίνακα). Αυτές οι αναλύσεις δείχνουν σαφώς ότι τα μεγέθη των αντιγράφων παραλλαγή αριθμού ανθρώπινων λευκοκυττάρων είναι συσχετίζεται με την κλινική συμπεριφορά του καρκίνου του προστάτη. Ο συνδυασμός του γονιδιώματος CNV των λευκοκυττάρων με κλινικές πληροφορίες των ασθενών με καρκίνο του προστάτη θα απέδιδε πολύ βελτιωμένη μοντέλα πρόβλεψης για τη συμπεριφορά του καρκίνου του προστάτη.

Συζήτηση

εκτεταμένη παρουσία του CNV είναι ένα από τα σημαντικά χαρακτηριστικά του ανθρώπινες κακοήθειες. CNV σε φυσιολογικούς ιστούς υγιών ατόμων ήταν επίσης καλά τεκμηριωμένες [14? 27? 28]. Από ανάλυση CNV είναι σε μεγάλο βαθμό επηρεάζεται από μικρές μόλυνση, μπορεί να απαιτήσει τη μόλυνση περισσότερο από 25% για να ανιχνεύσει μια μεταβολή του αριθμού αντιγράφων στο γονιδίωμα. Μικρές μόλυνση του ρεύματος του αίματος από τα καρκινικά κύτταρα του προστάτη γενικά απαρατήρητα. Η CNVs ανιχνεύονται από τα παλτά αδρής στη μελέτη μας πιθανώς αντιπροσωπεύουν το γονιδίωμα CNVs από λευκοκύτταρα. Οι μελέτες μας δείχνουν ότι τα μεγέθη των CNV από λευκοκύτταρα των ασθενών με καρκίνο του προστάτη είναι εξαιρετικά συσχετίζεται με τις κλινικές εκβάσεις του καρκίνου του προστάτη. cross-validations).

doi:10.1371/journal.pone.0135982.s017

(DOCX)

Acknowledgments

We