Αφηρημένο

Για προχωρημένους καρκίνο των ωοθηκών (AOC) είναι ένας από τους κορυφαίους θανατηφόρα γυναικολογικούς καρκίνους στις αναπτυγμένες χώρες. Με βάση το σημαντικό ρόλο της αγγειογένεσης στην ογκογένεση του καρκίνου των ωοθηκών και επέκτασης, υποθέσαμε ότι η ανάπτυξη μιας «αγγειογόνος υπογραφή» μπορεί να είναι χρήσιμη σε πρόβλεψη της πρόγνωσης και της αποτελεσματικότητας των αντι-αγγειογόνων θεραπειών σε αυτή τη νόσο. Εξήντα εννέα δείγματα του ασκιτικού αδιαπέρατο από υγρό 35 από πλατίνα ευαίσθητο και 34 από πλατίνα ανθεκτικά ασθενείς αντιμετωπίστηκαν με κυτταρομειωτική χειρουργική επέμβαση και 1

ου-line καρβοπλατίνη χημειοθεραπεία αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας το Proteome Profiler

TM Ανθρωπίνων αγγειογένεση Kit Array, έλεγχο για την παρουσία του 55 διαλυτών παραγόντων που σχετίζονται με την αγγειογένεση. Ένα προφίλ πρωτεΐνη με βάση την έκφραση ενός υποσυνόλου 25 παράγοντες που θα μπορούσαν με ακρίβεια διαχωρίσει ανθεκτικά από ευαίσθητους ασθενείς με ποσοστό επιτυχίας 90% περίπου. Το προφίλ πρωτεΐνης που αντιστοιχεί στο «ευαίσθητο» υποσύνολο συσχετίστηκε με σημαντικά μεγαλύτερο PFS (8 [95% Διάστημα Εμπιστοσύνης {CI}: 8-9] έναντι 20 μήνες [95% CI: 15-28]? Αναλογία κινδύνου {HR} : 8,3, p & lt? 0.001) και OS (20,5 μήνες [95% CI: 13,5 – 30] έναντι 74 μήνες [95% CI: 36-δεν έφθασε]? HR: 5,6 [95% CI: 02.08 έως 11.02]? p & lt ? 0.001). Αυτή η προγνωστική απόδοση ήταν ανώτερη από εκείνη του σταδίου, ιστολογία και υπολειμματική νόσος μετά από κυτταρομειωτική χειρουργική επέμβαση και τα επίπεδα του αγγειακού ενδοθηλιακού αυξητικού παράγοντα (VEGF) σε ασκίτη. Συμπερασματικά, έχουμε αναπτύξει ένα «αγγειογόνος υπογραφή» για τους ασθενείς με ΠΑ, η οποία μπορεί να χρησιμοποιηθεί, μετά από κατάλληλη επικύρωση, ως προγνωστικός δείκτης και ένα εργαλείο για την επιλογή για αντι-αγγειογενετική θεραπείες

Παράθεση:. Τραχανά SP, Πιλάλη Ε, Γαβαλάς NG, Τζαννής K, Παπαδόδημα Ο, Λιόντος Μ, et al. (2016) Η ανάπτυξη ενός Αγγειογονικοί Πρωτεΐνη «Υπογραφή» σε καρκίνο των ωοθηκών ασκίτη ως Εργαλείο για την Βιολογική και προγνωστική προφίλ. PLoS ONE 11 (6): e0156403. doi: 10.1371 /journal.pone.0156403

Επιμέλεια: Ruby John Άντο, Rajiv Gandhi Κέντρο Βιοτεχνολογίας, ΙΝΔΙΑ

Ελήφθη: 26, Οκτ 2015? Αποδεκτές: 13, Μαΐου του 2016? Δημοσιεύθηκε: 3, Ιουνίου 2016

Copyright: © 2016 Τραχανά et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα:. Όλη η δεδομένα είναι εντός του Υποστηρίζοντας αρχεία πληροφοριών του χαρτιού και

Χρηματοδότηση:. η εργασία αυτή υποστηρίχθηκε από ένα εκπαιδευτικό επιχορήγησης της Ελληνικής Εταιρείας Ιατρικής Ογκολογίας (HeSMO). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

ο καρκίνος των ωοθηκών είναι η πιο θανατηφόρα γυναικολογική τύπος καρκίνου στις ανεπτυγμένες χώρες. Σύμφωνα με τα στοιχεία SEER, περίπου 23000 γυναίκες θα διαγνωστεί με καρκίνο των ωοθηκών κατά τα προσεχή έτη και περίπου 15.000 από αυτούς θα πεθάνουν από τη νόσο [1]. Η θνησιμότητα της ασθένειας αυτής οφείλεται κυρίως στο γεγονός ότι περισσότερο από το 75% των ωοθηκικών καρκινοπαθών παρόν με προχωρημένη νόσο [2]. Θεραπεία της νόσου σε προχωρημένο στάδιο περιλαμβάνει την κυτταρομειωτική χειρουργική επέμβαση σε συνδυασμό με καρβοπλατίνη /πακλιταξέλη χημειοθεραπεία. Παρά την αρχική αποτελεσματικότητα αυτής της θεραπευτικής προσέγγισης, η πλειοψηφία των γυναικών θα υποτροπιάσουν, με διάμεση PFS των περίπου 18 μήνες, και τελικά πεθαίνουν από καρκίνο [3] των ωοθηκών. Το ένα μέγεθος ταιριάζει σε όλους προσέγγιση δεν λαμβάνει υπόψη για την ευρεία γονιδιωματική και πρωτεομική ποικιλομορφία των όγκων των ωοθηκών. Η ακριβής μέτρηση των δεικτών πρωτεΐνης θα είναι κρίσιμης σημασίας για τη διάκριση σε ισχύ από την αναποτελεσματική θεραπείες. Μια επέκταση του αγωγού στοχευμένων θεραπειών και αυξημένη εκτίμηση για τις μοριακές οδηγών στο καρκίνων των ωοθηκών έχουν γεννήσει μια σειρά από καινοτόμες προσεγγίσεις για την ανίχνευση και την παρακολούθηση της θεραπείας? Αυτές οι προσεγγίσεις περιλαμβάνουν κυρίως εξετάσεις αίματος για κυκλοφορούντων καρκινικών κυττάρων, εξωσώματα που προέρχονται από όγκους, στελέχους /προγονικών κυττάρων, διαλυτό καρκινικών δεικτών, καθώς και τη χρήση των γονιδιωματικών ή πρωτεομικής πληροφορίες [4-8]. Παρ ‘όλα αυτά, εξακολουθούν να μην υπάρχουν αξιόπιστα βιοδείκτες ικανή να ανιχνεύσει τις αποτυχίες της θεραπείας του καρκίνου των ωοθηκών πριν από την ακτινολογική ή βιοχημική απόδειξη της προόδου.

Η αγγειογένεση, είναι μια διαδικασία παραγωγής νέων αιμοφόρων αγγείων και είναι ένα χαρακτηριστικό γνώρισμα του καρκίνου που σχετίζονται με την επιβίωση του όγκου και επαγωγή της μετάστασης του όγκου [9]. Αποτελεί μια δυναμική διαδικασία κατά την οποία και οι δύο προ-αγγειογενετική και αντι-αγγειογενετική πρωτεΐνες που εμπλέκονται στη ρύθμιση της αγγειογένεσης. Η αγγειογένεση παίζει ένα σημαντικό ρόλο στην ογκογένεση, επέκταση του όγκου και ο σχηματισμός ασκίτη σε καρκίνο των ωοθηκών. Η μεταγενέστερη αντιπροσωπεύει μια εύκολα προσβάσιμη βιολογικού υγρού σε σύγκριση με τα δείγματα των όγκων, ενώ μπορεί να είναι περισσότερο αντιπροσωπευτική της βιολογικής συμπεριφοράς του καρκίνου των ωοθηκών σε σχέση με το αίμα [10]. Έχουμε προηγουμένως δείξει ότι τα επίπεδα του VEGF είναι σημαντικά υψηλότερες στον ασκίτη των γυναικών με προχωρημένο καρκίνο των ωοθηκών σε σύγκριση με εκείνες στον ορό των ίδιων των ασθενών [11], υποδηλώνοντας ότι η αγγειογενετική δραστηριότητα είναι πιο έντονη στην περιτοναϊκή κοιλότητα, η ανατομική περιοχή του η υψηλότερη επιβάρυνση της νόσου. Επιπλέον, έχουν υψηλά επίπεδα VEGF έχουν δειχθεί να είναι δυσμενή ανεξάρτητο προγνωστικό παράγοντα σε ασθενείς με προχωρημένο καρκίνο των ωοθηκών που επίσης σχετίζονται με την αντίσταση στη θεραπεία με [11]. Ως εκ τούτου, η αναστολή της αγγειογένεσης αντιπροσωπεύει ένα σημαντικό στόχο για την καταπολέμηση του καρκίνου των ωοθηκών. Επί του παρόντος, η bevacizumab μονοκλωνικό αντίσωμα αντι-VEGF έχει εγκριθεί για την πρωτογενή θεραπεία καθώς επίσης και θεραπεία της υποτροπής του καρκίνου των ωοθηκών, ενώ άλλοι αναστολείς αντι-VEGF υποδοχέα τυροσίνης κινάσης και αντι-αγγειοποιητίνη παράγοντες έχουν δείξει αποτελεσματικότητα σε αυτή την ασθένεια [12]. Παρ ‘όλα αυτά, δεν είναι όλοι οι ασθενείς επωφελούνται από αυτές τις θεραπείες, οι οποίες έχουν επίσης σημαντικές τοξικότητες.

Για τους παραπάνω λόγους, υποθέσαμε ότι μια «αγγειογόνος υπογραφή», που αποτελείται από ένα πάνελ αγγειογόνων παραγόντων που μπορεί να υπάρχουν στους ασθενείς «ασκιτικό υγρό, θα μπορούσε να είναι μια ακριβής προγνωστικός εργαλείο καθώς και ένα μέσο επιλογής των ασθενών με καρκίνο των ωοθηκών πιθανότερο να ωφεληθούν από αντι-αγγειογόνες θεραπείες. Με την παρούσα έκθεση για την ανάπτυξη αυτών των «υπογραφή» με βάση την έκφραση του 55 υποτιθέμενο δείκτες καρκίνου των ωοθηκών της αγγειογένεσης σε ασκίτη. Προκειμένου να αναπτυχθεί το μοντέλο μας, χρησιμοποιήσαμε την αντίσταση στη χημειοθεραπεία ως παράγοντα διακρίσεων για τον εντοπισμό ενός ευνοϊκού εναντίον μιας δυσμενούς προφίλ αγγειογενετική πρωτεΐνη. Η συσχέτιση της αυξημένης αγγειογένεσης με χημειοαντίσταση υποστηρίζεται από ένα σημαντικό σώμα της στοιχεία από την προ-κλινικές μελέτες. Ενδεικτικά, προ-θεραπεία των καρκινικών κυττάρων σε συνδυασμό με σισπλατίνη προκαλεί μία προ-αγγειογενετική μετατόπιση έκφρασης και οδηγεί σε αυξημένη αγγειογονική δραστικότητα όταν τα κύτταρα υποβλήθηκαν σε επεξεργασία με διαφορετικές χημειοθεραπευτικά συμπεριλαμβανομένης της σισπλατίνης [13]. Επιπλέον, cross-talk μεταξύ VEGF και την αντι-αποπτωτική πρωτεΐνη Bcl-2 έχει περιγραφεί [14], ενώ ρύθμιση προς τα κάτω του bcl-2 οδηγεί τόσο σε μειωμένη αγγειογένεση και ευαισθησία σε χημειοθεραπεία και ακτινοθεραπεία [15,16].

Βρήκαμε ότι ένα μειωμένο σύνολο δείκτης μπορεί να αποτελέσει ένα πολλά υποσχόμενο εργαλείο, το οποίο συνδέεται στενά με την πρόγνωση μετά από κυτταρομειωτική χειρουργική επέμβαση και τυπική κυτταροτοξική χημειοθεραπεία. Μετά από κατάλληλη επικύρωση, η προσέγγιση αυτή θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί για την μοριακή-κατευθυνόμενη αντι-αγγειογενετική θεραπεία για τον καρκίνο των ωοθηκών.

Ασθενείς και Μέθοδοι

Ασθενείς

Εξήντα-εννέα ασθενείς που πάσχουν από ωοθηκών καρκίνο και πληρούν τα ακόλουθα κριτήρια συμμετείχαν σε αυτή παρατήρησης, μελέτη ενός ιδρύματος: Στάδιο III έως IV (σύμφωνα με τις οδηγίες ΦΥΓΩ)? οι ασθενείς θα πρέπει να προγραμματιστεί για να λάβετε καρβοπλατίνη 1

ου-line χημειοθεραπεία? ασθενείς είχαν ασκίτη σε παρουσίαση? Δεν αντικαρκινική θεραπεία είχε δοθεί πριν από τη συλλογή του ασκίτη. Ασκίτη προοπτικά συλλέγονται αλλά αναδρομική ανάλυση. Όλοι οι ασθενείς υποβλήθηκαν σε θεραπεία στο 1

ου Τμήμα Μαιευτικής και Γυναικολογίας (Πανεπιστήμιο Αθηνών, Γενικό Νοσοκομείο Αλεξάνδρα, Αθήνα, Ελλάδα) και το Τμήμα Θεραπευτικής Κλινικής (Πανεπιστήμιο Αθηνών, Γενικό Νοσοκομείο Αλεξάνδρα, Αθήνα, Ελλάδα). Το πρωτόκολλο της μελέτης είχε κατάλληλη έγκριση Institutional Review Board (Αλεξάνδρα Γενικό Νοσοκομείο, Αθήνα, Ελλάδα) και γραπτή συγκατάθεση δόθηκε από όλα τα μαθήματα για τη συλλογή και μελέτη του ασκητικού υγρού. Η μελέτη διεξήχθη σύμφωνα με τις αρχές που εκφράζονται στη δήλωση του Ελσίνκι.

ασκητικό υγρό συλλέγεται πριν από τη χορήγηση της συστημικής θεραπείας (είτε κατά τη διάρκεια της πρωτοβάθμιας κυτταρομειωτική χειρουργική επέμβαση ή παρακέντηση αν λαπαροτομία δεν πραγματοποιήθηκε). Αναμίχθηκε σε στείρες συνθήκες με ηπαρίνη (2U /ml) (LEO Pharmaceuticals, Δανία), φυγοκεντρήθηκε στους 4 ° C στις 1600 rpm, σφαιρίδιο απορρίφθηκε και το υπερκείμενο αποθηκεύτηκε και ψύχεται διαδοχικά στους -20 ° C για 1-2 ώρες και στη συνέχεια μεταφέρθηκε σε -80 ° C όπου και παρέμεινε μέχρι να χρησιμοποιηθεί.

Μετά τη θεραπεία, όλοι οι ασθενείς έλαβαν την παρακολούθηση των ελέγχων με αξονική τομογραφία κάθε 6 μήνες και CA-125 της μέτρησης κάθε 3 μήνες σύμφωνα με το πρωτόκολλο. Οι ασθενείς που υποτροπίασαν κατά τη διάρκεια ή εντός έξι μηνών μετά την ολοκλήρωση της πρώτης γραμμής χημειοθεραπεία είχαν ταξινομηθεί ως ανθεκτικό πλατίνα, ενώ οι ασθενείς άνω των 6 μηνών χωρίς υποτροπή είχαν χαρακτηριστεί ως η πλατίνα ευαίσθητες σύμφωνα με GCIG ταξινόμησης [17]. Υποτροπή προσδιορίστηκε χρησιμοποιώντας ραδιολογικών ή CA-125 εξέλιξης (όποιο ήταν το πρώτο) [17].

Array με βάση την ανίχνευση των αγγειογενετικών παραγόντων

ανίχνευσης Array πραγματοποιήθηκε σε 69 δείγματα ασκιτικού υγρού. Προκειμένου να αναπτυχθεί μια προγνωστική «υπογραφή», με αντίσταση από λευκόχρυσο χρησιμοποιήθηκε ως υποκατάστατο της πρόγνωση:. 35 δείγματα από ασθενείς με ευαίσθητο πλατίνα και 34 δείγματα από ασθενείς ανθεκτικοί πλατίνα αναλύθηκαν

Η Proteome Profiler

TM Ανθρώπου η αγγειογένεση Kit Array, (R &? D Systems, USA, Αριθμός Καταλόγου: Arry 007) [18] χρησιμοποιήθηκε για τη διαλογή για την παρουσία 55 διαλυτών παραγόντων που σχετίζονται με αγγειογένεση (Πίνακας 1) σε ασκιτικό υγρό των ασθενών σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή . Εν συντομία, 1 ml του υπερκειμένου από ασκιτικό υγρό επωάζεται με 500 μΙ ενός ρυθμιστικού σχετικών και 15 μΙ ενός μίγματος βιοτινυλιωμένων αντισωμάτων (ειδικό για κάθε ένα από τα 55 παράγοντες) για 1 ώρα. Το μίγμα των ασκητικού υγρού υπερκειμένου-αντισώματα-ρυθμιστικό επωάζεται για 16 ώρες στους 4 ° C με μία μεμβράνη κυτταρίνης επικαλύπτονται με τα ίδια αντισώματα. Η μη-ειδική πρόσδεση των αντισωμάτων σε πρωτεΐνες του ενδιαφέροντος αποφεύγεται με προ-επώαση της μεμβράνης με ένα ρυθμιστικό διάλυμα αποκλεισμού για 1 ώρα. Η μεμβράνη ακολούθως επωάζεται με στρεπταβιδίνη-ΗΚΡ για 30 λεπτά. Φως ανάπτυξη επιτυγχάνεται μέσω επώασης με ένα χημικό αντιδραστήριο ECL (R &? D Systems) για 5 λεπτά. Η εκπομπή του φωτός ανιχνεύεται με τη χρήση ενός ειδικού φωτογραφικό φιλμ το οποίο απεικονίζει την πρωτεΐνη ίχνος. Έτσι, οι αγγειογόνες πρωτεΐνες που υπάρχουν στο ασκιτικό υγρό ανιχνεύεται (Σχήμα 1). Ο ποσοτικός προσδιορισμός των ανιχνευόμενων κηλίδων διεξήχθη μέσω πρότυπων πυκνομετρία χρησιμοποιώντας την ποσότητα One Software 4.4.1 (Bio Rad Laboratories Inc, CA, USA).

Επίδειξη της αγγειογόνου προφίλ καθορίζεται στον ασκίτη ενός ασθενούς με καρκίνο των ωοθηκών χρησιμοποιώντας το κιτ Array Proteome Profiler αγγειογένεση. Κάθε σημείο αντιστοιχεί σε ένα αγγειογόνο παράγοντα φαίνονται στον Πίνακα 1.

Η

Για την επιβεβαίωση των ευρημάτων συστοιχία μας, μελετήσαμε 6 από τους παράγοντες που περιλαμβάνονται στη συστοιχία σε 20 δείγματα χρησιμοποιώντας ενζυμικό ανοσοπροσροφητικό δοκιμασία (ELISA) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή (R &? D Systems, Minneapolis, ΜΝ). Εμείς επιλέξαμε παράγοντες που δείχνει σημαντικές διαφορές στα αποτελέσματα συστοιχία τους μεταξύ των δύο ομάδων. Προκειμένου να διατηρηθεί μια ισορροπία μεταξύ των δύο ομάδων, 3 παράγοντες που δείχνει αυξημένη έκφραση των ευαίσθητων και 3 με αυξημένη χρησιμοποιήθηκαν έκφραση μεταξύ των ανθεκτικών ασθενών.

Βέλτιστη παράγοντας επιλογή υποσυνόλου

Τα επίπεδα έκφρασης του 55 αγγειογενετικών παραγόντων χρησιμοποιήθηκαν για την επιλογή χαρακτηριστικών και ταξινόμησης μεταξύ πλατίνα θετικούς ασθενείς /ανθεκτικά. Οι τιμές έκφρασης κανονικοποιήθηκαν σύμφωνα με τις προδιαγραφές του πίνακα. Η επιλογή του υποσυνόλου των παραγόντων που μπορεί να διαχωρίσει τον πιο αποτελεσματικό τρόπο τις δύο κατηγορίες έγινε με αναδρομική κατάργηση χαρακτηριστικό με ενσωματωμένο διασταυρωμένης επικύρωσης (RFECV) και χρησιμοποιώντας (SVM) Support Vector Machines. Προκειμένου να εκτιμηθούν οι βέλτιστες παράμετροι για την ταξινομητή SVM, χρησιμοποιήθηκε ένα πλέγμα προσέγγιση σάρωσης, η οποία συνίστατο στην αυτόματη δοκιμή διαφορετικούς συνδυασμούς παραμέτρων, με σκοπό να μεγιστοποιήσει την περιοχή κάτω από την καμπύλη (AUC) κριτήριο. Τέλος, οι καλύτερες επιδόσεις αναφέρθηκε για ταξινομητή SVM με τις ακόλουθες παραμέτρους: γραμμικό πυρήνα, C 0,001, γάμμα 0.001. Πρόσθετο φιλτράρισμα εφαρμόστηκε στον τελικό υποσύνολο χρησιμοποιώντας την εντροπία που βασίζεται σε μεθοδολογία φιλτράρισμα των πληροφοριών Gain (IG), η οποία μετρά την αναμενόμενη μείωση της εντροπίας που προκαλείται από τη στεγανοποίηση των δειγμάτων, σύμφωνα με μια συγκεκριμένη ιδιότητα [19,20]. Παράγοντες με IG & gt? 0 διατηρήθηκαν. Η εφαρμογή της επιλογής χαρακτηριστικών στο αρχικό σύνολο δεδομένων οδήγησε σε ένα υποσύνολο των 25 παραγόντων τα επίπεδα έκφρασης των οποίων θα μπορούσε να διαχωρίσει τον καλύτερο τρόπο τις δύο κατηγορίες των ασθενών (βλέπε αποτελέσματα).

Αξιολόγηση της πρόβλεψης παραστάσεις ταξινομητές »μέσω της πολλαπλής επικύρωσης

για την επιλογή του καλύτερου ταξινομητή για να εκπαιδεύσει με το μειωμένο σύνολο δεδομένων των 25 παραγόντων (βλέπε αποτελέσματα), η σάρωση του δικτύου στο χώρο των παραμέτρων των διαφορετικών αλγορίθμων ταξινόμησης (Support Vector Machines, Τυχαία δάση, Naive Bayes και Γραμμική Διαχωριστική Ανάλυση) σε συνδυασμό με 4-πλάσια εγκάρσια επικύρωσης πραγματοποιήθηκε (βλέπε ενότητα Αποτελέσματα), με σκοπό την βελτιστοποίηση των παραμέτρων ταξινόμησης, χρησιμοποιώντας ως κριτήριο την περιοχή κάτω από την καμπύλη (AUC) της μεγιστοποίησης. Αυτό το βήμα επιβεβαίωσε ότι ο καλύτερος αλγόριθμος ταξινόμησης για αυτό το σύνολο δεδομένων ήταν το ταξινομητή SVM (γραμμικό πυρήνα, C 0.001, γάμμα 0,001). Προκειμένου να αξιολογηθεί περαιτέρω η απόδοση όλων των ταξινομητών στην πρόβλεψη της σωστής κατηγορίας (θετικό /ανθεκτικό) ενός «αόρατου» του ασθενούς (που δεν έχει συμπεριληφθεί στην εκπαίδευση), όταν εκπαιδευτεί σε όλες τις διαθέσιμες σημασμένα δείγματα, χρησιμοποιήσαμε ένα Αφήστε-One -out Cross Validation (LOOCV) προσέγγιση. Στο σύστημα ταξινόμησης LOOCV, ένας ταξινομητής εκπαιδεύεται με όλα τα δείγματα των ασθενών, εκτός από ένα, το οποίο διαδοχικά υποβάλλεται στην πρόβλεψη τάξη χρησιμοποιώντας το εκπαιδευμένο ταξινομητή (εκπαιδευμένο μοντέλο). Η διαδικασία αυτή επαναλαμβάνεται για κάθε δείγμα ασθενούς και δίνει μια εκτίμηση της απόδοσης της ταξινόμησης σε σχέση με άγνωστα δείγματα ασθενών.

Όλοι οι παραπάνω διαδικασίες επιλογής χαρακτηριστικών και ταξινόμησης υλοποιήθηκαν στην Python scikit-μάθουν πακέτο.

Heatmap εκπροσώπηση

για την εκπροσώπηση Heatmap τα κανονικοποιημένα επίπεδα έκφρασης των 25 αγγειογενετικών παραγόντων για πρώτη φορά log2 μεταμορφώνεται και τις σχετικές εκφράσεις υπολογίστηκαν σύμφωνα με τη διάμεση τιμή έκφρασης του κάθε παράγοντα. Ένας τρόπος (μόνο τιμές έκφραση) ιεραρχική ομαδοποίηση έγινε σε GeneARMADA (μέθοδος σύνδεσης: Μέση, απόσταση: συνημιτόνου)

επίπεδα VEGF ασκίτη

VEGF σε ασκίτη μετρήθηκε με ELISA σύμφωνα με τον κατασκευαστή. οδηγίες (R &? D Systems, Minneapolis, MN), όπως έχει ήδη αναφερθεί [11]

PFS και OS ανάλυση

Το λογισμικό STATA /SE 11.2 SE χρησιμοποιήθηκε για τη στατιστική ανάλυση.. OS και PFS ήταν ορίζεται ως το χρονικό διάστημα μεταξύ της έναρξης της 1

ου-line χημειοθεραπεία και η ημερομηνία θανάτου από οποιαδήποτε αιτία και η υποτροπή της νόσου? Δεν ασθενείς νεκρό ή χωρίς υποτροπή είχαν λογοκριθεί από την ημερομηνία της τελευταίας επαφής. διανομές επιβίωσης υπολογίστηκαν χρησιμοποιώντας τη μέθοδο Kaplan-Meier? Χρησιμοποιήθηκαν τεστ log-rank για την ισότητα των λειτουργιών επιζώντος μεταξύ των ομάδων θεραπείας. Αναλογικών κινδύνων κατά Cox ανάλυση παλινδρόμησης (μονοπαραγοντική και πολυπαραγοντική) διεξήχθη για να εκτιμηθεί η επίδραση στην OS και PFS του προφίλ πρωτεΐνης ( «ευαίσθητα» εναντίον «ανθεκτικά»), VEGF (& gt? Μεσαίο εναντίον ≤ διάμεσος), ιστολογία (ορώδες vs . μη ορώδες), την ηλικία (& gt? 60 έναντι ≤60) και υπολειμματικής νόσου μετά την πρωτογενή cytoreduction (≤ 1 εκατοστό έναντι & gt? 1cm). Μεταβλητές με p & lt? 0.1 στην μονοπαραγοντική ανάλυση εισήχθησαν στα πολυπαραγοντικά μοντέλα

Αποτελέσματα

Ασθενείς

Από Μάρτιος 2009 – Ιανουάριος 2013 δείγματα του ασκίτη από 69 ασθενείς (35 πλατίνα. ευαίσθητη και 34 πλατίνα ανθεκτικά) με καρκίνο των ωοθηκών ελήφθησαν. Τα βασικά χαρακτηριστικά τους φαίνονται στον Πίνακα 2. Σε όλες τις περιπτώσεις, ασκίτη λήφθηκε κατά την αρχική διάγνωση. Σε τέσσερις περιπτώσεις, ιστολογία δεν προσδιορίστηκε, επειδή δεν βιοψίας όγκου ελήφθησαν κατά τη διάρκεια της λαπαροσκόπησης και η διάγνωση του αδενοκαρκινώματος βασίστηκε στην κυτταρολογική εξέταση του περιτοναϊκού υγρού. Όλοι οι ασθενείς υποβλήθηκαν σε πρωτογενή κυτταρομειωτική χειρουργική επέμβαση. Όλοι οι ασθενείς έλαβαν χημειοθεραπεία πρώτης γραμμής μετά από κυτταρομειωτική χειρουργική επέμβαση. Εξήντα πέντε ασθενείς έλαβαν χημειοθεραπεία συνδυασμού με καρβοπλατίνη /πακλιταξέλη, ενώ 4 έλαβαν μονοθεραπεία με καρβοπλατίνη.

Η

Επιβεβαίωση των ευρημάτων πίνακα με ELISA

Όλα τα δεδομένα δέσμης πρωτεΐνης για τους 55 παράγοντες που περιλαμβάνονται στην S1 πίνακα. Τα επίπεδα ασκίτη, της 6ης παραγόντων (αγγειοποιητίνη-1, ΤΙΜΡ-4, IL-1b, ενδοθηλίνη-1, IGFBP-2 και ΜΙΡ-1α) με σημαντικές διαφορές στην έκφραση συστοιχία μεταξύ ευαίσθητων και ανθεκτικών ασθενών μετρήθηκαν σε 20 περιπτώσεις (10 ευαίσθητα και ανθεκτικά 10) με ELISA (ανεπεξέργαστα δεδομένα στο S2 πίνακα). Μια παρόμοια τάση μεταξύ του πίνακα και τα αποτελέσματα ELISA παρατηρήθηκε σε όλους τους παράγοντες που μελετήθηκαν (Πίνακας 3).

Η

Αποτελέσματα επιλογής χαρακτηριστικών και ταξινόμησης

Παρά τη χαμηλή διάσταση του αρχικού συνόλου δεδομένων (69 δείγματα), ένα βέλτιστο συνδυασμό παραγόντων βρέθηκε, η διακριτική δυναμικό των οποίων αξιολογήθηκε με τη χρησιμοποίηση τεσσάρων διαφορετικών αλγορίθμων ταξινόμησης. επιλογής χαρακτηριστικών διεξήχθη για να βρούμε τη βέλτιστη παράγοντα υποσύνολο για τη σωστή ταξινόμηση, και οδήγησε σε ένα υποσύνολο των 25 παραγόντων (Πίνακας 4), που μαζί μεγιστοποιείται το σκορ 4 φορές την επικύρωση σταυρό (Σχήμα 2).

επιλογή χαρακτηριστικών σταυρό αποτελέσματα επικύρωσης, συναρτήσει του αριθμού των επιλεγμένων παραγόντων. Το βέλτιστο υποσύνολο, μεγιστοποιώντας το σταυρό σκορ επικύρωσης, περιελάμβανε 25 αγγειογενετικών παραγόντων (Πίνακας 3).

Η

Οι αποδόσεις των διαφορετικών ταξινομητών, εκπαιδεύονται με το υποσύνολο, παρουσιάζονται στο (Σχήμα 3) . Ο ταξινομητής SVM είχε τη μέγιστη μέση AUC (0,85). Οι άλλοι ταξινομητές έδωσαν χαμηλότερες βαθμολογίες, αλλά επιβεβαίωσε την διακριτική δυναμικό των παραγόντων υποσύνολο, ειδικά LDA με 0,84 μέση τιμή της AUC

καμπύλες ROC, που δείχνει τις επιδόσεις των τεσσάρων διαφορετικών αλγορίθμων ταξινόμησης, εφαρμόζεται στην μειωμένη υποσύνολο των τεσσάρων παραγόντων.: α) Support Vector Machines β) LDA γ) Naïve Bayes δ) Τυχαία δάση. Ο ταξινομητής SVM βέλτιστο διαχωρίζονται τα θετικά και αρνητικά δείγματα, με μέση AUC του 0,85. Οι άλλοι αλγόριθμοι εμφάνισαν χαμηλότερες επιδόσεις αλλά ακόμα ήταν σε θέση να κατατάξει τα δείγματα πάνω από την τυχαιότητα αποκοπής 0,50 AUC, και έτσι επιβεβαιώθηκε περαιτέρω τη διακριτική δυναμικό των 25 παραγόντων.

Η

Οι διαφορές στην έκφραση τα επίπεδα αυτών των 25 παραγόντων μεταξύ των ασθενών που απεικονίζονται στο Heatmap του (Εικ 4Α). Για κάθε ασθενή, το επίπεδο έκφρασης του κάθε παράγοντα συγκρίθηκε προς το μέσο έκφρασης μεταξύ όλων των 69 ασθενών. Δεδομένου ότι η απεικόνιση του διαχωρισμού των δύο ομάδων δεν ήταν ιδανική, έχουμε περαιτέρω διηθείται και κατατάσσονται τα 25 στοιχεία με την εφαρμογή πρόσθετης, εντροπία μέθοδος που βασίζεται φιλτραρίσματος (κέρδος πληροφοριών), η οποία μετρά τη σημασία των παραγόντων σε σχέση με τις κατηγορίες των ασθενών με τη χρήση ένα εντροπία με βάση κριτήρια. Για τη νέα παράσταση heatmap διατηρήσαμε τα 5 παράγοντες (FGF όξινο, FGF βασικό, HB-EGF, PDGF-AB /PDGF-BB, θρομβοσπονδίνη-2), τα οποία προσδιορίζονται από δύο μεθοδολογίες Δυνατότητα επιλογής και ήταν κατατάσσεται ψηλότερα από τους άλλους στο συμβολή τους στην τελική υπογραφή. Ως εκ τούτου, η νέα heatmap με 5 παράγοντες απεικονίζει ένα υπόχωρο του τελικού υπογραφής η οποία δείχνει μια τάση του υπερ-έκφραση αυτών των παραγόντων στην ευαίσθητη τάξη και ήταν πιο επιρρεπείς στην οπτικοποίηση (Σχήμα 4Β).

επίπεδα σχετική έκφραση οι 25 αγγειογόνοι παράγοντες, που είχε ως αποτέλεσμα τη μέγιστη 4-πλάσια σκορ διασταυρωμένης επικύρωσης (Α) και το υποσύνολο των 5 παραγόντων με την υψηλότερη συνεισφορά στην υπογραφή (Β). Οι τιμές έκφρασης εμφανίζονται ανάλογα με την χρωματική κλίμακα, στην οποία το κόκκινο αντιπροσωπεύει πάνω μεσαίο έκφρασης και πράσινο αντιπροσωπεύει κάτω μεσαίο έκφρασης. Δεδομένης της πολυπλοκότητας των προφίλ έκφρασης, οι δύο κατηγορίες ασθενών δεν διαχωρίζονται εύκολα από ομαδοποίηση ανάλυση, η οποία δικαιολογεί την αξιοποίηση των πιο ευαίσθητων μεθόδων ταξινόμησης, όπως το SVM.

Η

Η μέθοδος LOOCV χρησιμοποιήθηκε για περαιτέρω αξιολόγηση η προβλεπτική ικανότητα των ταξινομητών εκπαιδευτεί με βέλτιστο υποσύνολο των 25 αγγειογενετικών παραγόντων », καθώς και το υποσύνολο των 5 παράγοντες με την πιο ικανοποιητική heatmap visulaization, όσον αφορά την αποτελεσματική ταξινόμηση των αγνώστων δειγμάτων ασθενούς (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι). Με την προσέγγιση αυτή η κλινική αξία του κιτ συστοιχίας ως διαγνωστικό εργαλείο για ευαίσθητα /ανθεκτικά ταξινόμηση ασθενής αξιολογείται ακριβέστερα, επειδή LOOVC μετριάζει πιο αποτελεσματικά το φαινόμενο της «υπερ-τοποθέτηση» [21], στο οποίο υπόδειγμα ο ταξινομητής είναι υπερβολικά τοποθετηθεί με τα δεδομένα εκπαίδευσης και ως εκ τούτου αδυνατεί να ταξινομήσει σωστά εντελώς αόρατο δείγματα.

οι επιδόσεις των ταξινομητές »παρουσιάζονται στον πίνακα 5. με τον ταξινομητή SVM, 62 από τους 69 ασθενείς ταξινομήθηκαν σωστά χρησιμοποιώντας το υποσύνολο των 25 παραγόντων . Αυτό το ποσοστό επιτυχίας (~ 90%), επιβεβαιώνει ότι η αγγειογόνος κιτ συστοιχία παράγοντας μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την πρόβλεψη της ευαισθησίας ακριβής πλατίνα σε συνδυασμό με τον αλγόριθμο SVM. Αντίθετα, το υποσύνολο των 5 παραγόντων που οδήγησαν σε χαμηλό παραστάσεις πρόβλεψη.

Η

Συσχέτιση των αγγειογενετικών «υπογραφή» με PFS και OS

Για τις αναλύσεις αυτές μόνο η βέλτιστη «υπογραφή» που προκύπτουν από την υποομάδα των 25 παραγόντων χρησιμοποιήθηκε. Η μέση παρακολούθηση ήταν 71 μήνες (95% CI 48-99). Κατά τη διάρκεια της παρακολούθησης, 59 ασθενείς υποτροπίασαν και 46 πέθαναν από καρκίνο των ωοθηκών. Διάμεση OS ήταν 35 (95% CI: 24-41), ενώ η διάμεση PFS ήταν 12 μήνες (95% CI: 9,5 έως 15). Ιστολογία, βαθμός και υπολειμματικής νόσου μετά από χειρουργική επέμβαση debulking δεν συσχετίστηκαν με PFS ή OS. Υπήρχε μία τάση προς μικρότερη PFS και OS για τις γυναίκες άνω των 60 ετών (p = 0,0832 και p = 0,0834, αντίστοιχα).

επίπεδο ασκίτη διάμεση VEGF ήταν 1777 pg /ml. Δεν υπήρχε καμία συσχέτιση του επιπέδου VEGF (κάτω ή πάνω από τη μέση) με PFS (p = 0.836) ή OS (p = 0,977). Αυτό το αποτέλεσμα δεν αλλάζει όταν άλλα κόψει τα επίπεδα μεταξύ 1000 και 2500 pg /ml μελετήθηκαν. Δεν υπήρχε σημαντική διαφορά του διάμεσου επιπέδου VEGF ανάμεσα στο «ανθεκτικά» και το «ευαίσθητα» προφίλ πρωτεΐνης (1680 vs 1779 pg /ml, ρ = 0.831). Αντίθετα, η «ανθεκτική υπογραφή» συσχετίστηκε με σημαντικά κατώτερη διάμεση PFS (8 μήνες [95% CI: 8-9] έναντι 20 μήνες [95% CI: 15-28]? HR: 8,3, p & lt? 0.001) και OS (20,5 μήνες [95% CI: 13,5 – 30] έναντι 74 μήνες [95% CI: 36-NR]? HR: 5,6 [95% CI: 02.08 – 11.02]? p & lt? 0.001) (Σχήμα 5). Πολυπαραγοντικές αναλύσεις όπως η ηλικία και το προφίλ της πρωτεΐνης έδειξε ότι μόνο το προφίλ της πρωτεΐνης διατήρησε προγνωστική σημασία της τόσο για PFS (HR 7,9 [95% CI: 4 – 15,8], p & lt? 0.001) και OS (HR: 5,2 [95% CI: 02.06 έως 10.05 ]? p & lt?. 0.001)

χωρίς εξέλιξη (Α) και συνολικά (Β) επιβίωση. Χωρίς εξέλιξη (Α) και συνολικά (Β) επιβίωση των 69 ασθενών με προχωρημένο καρκίνο των ωοθηκών, σύμφωνα με ασκίτη σχετίζονται με την αγγειογένεση προφίλ πρωτεΐνης.

Η

Συζήτηση

Στην παρούσα μελέτη, ανέπτυξε και δοκίμασε ένα κομοδίνο-συμβατό «αγγειογενετική υπογραφή», η οποία σχετίζεται στενά με την PFS και OS σε γυναίκες που πάσχουν από προχωρημένο καρκίνο των ωοθηκών. Η μεθοδολογία που χρησιμοποιήσαμε έχει παράγει πολλά υποσχόμενη προγνωστικά εργαλεία σε άλλους τύπους καρκίνου [22-23], αν και αξιοποιήθηκαν διαφορετικές βιολογικές λειτουργίες. Σύμφωνα με προηγούμενες μελέτες μας, χρησιμοποιήσαμε ασκίτη αντί του ορού. Ασκίτης είναι μία βολική πηγή του βιολογικού υλικού, το οποίο μπορεί να μελετηθεί για διαγνωστική [23] και θεραπευτικούς σκοπούς. Επιπλέον, ορισμένες πρωτεΐνες στο ασκιτικό υγρό αντικατοπτρίζουν ακριβέστερα την βιολογία του όγκου από εκείνα στον ορό. Η συμπερίληψη της προ- και αντι-αγγειογόνους παράγοντες είναι σε συνεννόηση με τους μηχανισμούς in vivo της αγγειογενετική δραστηριότητα, η οποία είναι το αποτέλεσμα της ισορροπίας μεταξύ αυτών των δύο ομάδων στο μικροπεριβάλλον του όγκου. Η αγγειογένεση είναι ένα έγκυρο υποκατάστατο για τη συμπεριφορά του όγκου και τα πάνελ των αγγειογενετικών παραγόντων που υπάρχουν στο ιστό του όγκου έχουν επιλεγεί πρόσφατα για την πρωτεΐνη των χαρακτηριστικών των καρκίνων των ωοθηκών [24]. Προκειμένου να καθοριστεί μια «καλή» εναντίον ενός «κακό» αγγειογενετική προφίλ δεν είχαμε χρησιμοποιήσει μια αυθαίρετη χρόνος υποτροπής ή θανάτου, αλλά πλατίνα αντίσταση αντ ‘αυτού. Αυτό έχει αποδειχθεί υποκατάστατου προγνωστική και προβλεπτική αξία [25] και παρέχει ένα ειδικό και επικυρωμένων χρονικό σημείο για την κατηγοριοποίηση των ασθενών με καρκίνο των ωοθηκών.

Αγγειογονικοί profiling βασίστηκε στην έκφραση του 25 αγγειογενετικών παραγόντων (Πίνακας 4). Παρά το γεγονός ότι το VEGF παίζει σημαντικό ρόλο στην αγγειογενετική διαδικασία, δεν ήταν ανάμεσά τους και τα επίπεδα VEGF στο ασκίτης δεν προβλέπουν για το PFS ή το OS Το τελευταίο θα μπορούσε να αποδοθεί στο σχετικά μικρό μέγεθος του δείγματος, αλλά θα πρέπει επίσης να τονιστεί ότι η προγνωστική και προβλεπτική αξία αυτού του παράγοντα στον καρκίνο των ωοθηκών ήταν αμφιλεγόμενη. Εμείς και άλλοι έχουν δείξει την προγνωστική σημασία του VEGF στον ορό ή ασκίτη σε προχωρημένο καρκίνο των ωοθηκών [11,26-28], αλλά αυτός ο παράγοντας δεν έχει επικυρωθεί, ενώ υπάρχουν αντιφατικά αποτελέσματα [29,30]. Ανεξάρτητα από τη διαμάχη γύρω από την προβλεπτική και προγνωστική αξία του VEGF στον καρκίνο των ωοθηκών, η μελέτη μας έδειξε ότι η προγνωστική αξία του πίνακα των 25 παραγόντων ήταν ανώτερη από εκείνη του VEGF και μόνο, υποστηρίζοντας το δυναμικό της μεθόδου μας. Παρά την έλλειψη προγνωστική αξία της VEGF, πολλά μέλη της οικογένειας VEGF ή παράγοντες αλληλεπιδρούν με VEGF είχαν συμπεριληφθεί στον πίνακα. Αποτελούν σημαντικές πρωτεΐνες σηματοδότησης που εμπλέκονται τόσο αγγειακού συστήματος και την αγγειογένεση, όπως PIGF (πλακούντα αυξητικό παράγοντα), PD-ECGF (προερχόμενο από αιμοπετάλια ανάπτυξης ενδοθηλιακών κυττάρων παράγοντας, επίσης γνωστή ως φωσφορυλάση θυμιδίνης [ΤΡ]) και ΡϋΟΡ-ΑΒ /ΡϋΟΡ-ΒΒ. Οι πρόσφατες εξελίξεις στις γνώσεις μας για neoangiogenic λειτουργίας έχουν δείξει ότι αυτοί οι παράγοντες διεγείρουν την πλήρη αλληλουχία των γεγονότων που απαιτείται για την αγγειογένεση και την προώθηση αρκετών δυνητικά ανεξάρτητες δράσεις στο αγγειακό ενδοθήλιο, όπως η ενδοθηλιακή μιτογένεση, διαπερατότητα, αγγειακό τόνο, την παραγωγή αγγειοδραστικών μορίων και την τόνωση της χημειόταξη μονοκυττάρου [31]. Είναι σημαντικό ότι, οι παράγοντες αυτοί έχουν επίσης συσχετιστεί με αντοχή στη χημειοθεραπεία, υψηλότερο στάδιο της νόσου, καθώς και πρόγνωση στον καρκίνο των ωοθηκών [32-34]. Αγγειοποιητίνη-1 (Ang-1) και αγγειοποιητίνη-2 (Ang-2), επίσης, φαίνεται να αλληλεπιδρούν με VEGF για την προώθηση της αγγειογένεσης. Δρουν μέσω της οδού του υποδοχέα Tie-2 και τα δύο έχουν σημαντικούς ρόλους στις μοριακούς μηχανισμούς σχηματισμού αιμοφόρων αγγείων. Ang-1 και Ang-2 φαίνεται να στοχεύονται από χημειοθεραπεία με πακλιταξέλη [35]. Πρόσφατα, η στόχευση αυτών των παραγόντων έχει δείξει σημαντική βελτίωση της επιβίωσης σε υποτροπιάζοντα καρκίνο των ωοθηκών [36].

Πολλοί από τους παράγοντες που περιλαμβάνονται σε μας «υπογραφή» έχουν συσχετιστεί με την απάντηση στην τρέχουσα χημειοθεραπεία για τον καρκίνο των ωοθηκών. Η ενδοθηλίνη-1 (ΕΤ-1), είναι ένα ισχυρό μιτογόνο πεπτίδιο που παράγεται από διαφορετικούς όγκους, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου των ωοθηκών. ΕΤ-1 βρέθηκε να είναι πάνω από εκφράζεται σε ασθενείς οι οποίοι δεν ανταποκρίνονται στη χημειοθεραπεία. Αυτό πιθανώς σχετίζεται με την παρέμβαση της ΕΤ-1 στις κυτταρικές λειτουργίες όπως πολλαπλασιασμό, επαγόμενη από φάρμακα απόπτωση, διεισδυτικότητα και επιθηλιακά-μεσεγχυματικά μετάβαση [37-38]. Παρόμοια αποτελέσματα που σχετίζονται με την χημειοαντίσταση στην πακλιταξέλη έχουν περιγραφεί για την αγγειογόνο παράγοντα ΗΒ-EGF (δέσμευσης ηπαρίνης επιδερμικό αυξητικό παράγοντα) [39]. Δύο άλλοι παράγοντες που συσχετίζονται με την αντίσταση στην πακλιταξέλη μέσω αναστολής του paclitaxel απόπτωση είναι όξινες και βασικές αυξητικό παράγοντα ινοβλαστών (FGF-α και FGF-b) [40]. Και οι δύο παίζουν σημαντικό ρόλο στην ανάπτυξη και καρκινογένεση εισβολή του επιθηλιακού καρκίνου των ωοθηκών.

Τέλος, δύο παράγοντες του παράγοντα της οικογένειας του επιδερμικού αυξητικού (EGF) επίσης περιλαμβάνονται μεταξύ των 25 σημαντικούς παράγοντες. Tanaka et al [41] έχουν δείξει ότι τα μέλη της οικογένειας EGF παίζουν κεντρικό ρόλο στην επιθετική συμπεριφορά του όγκου στον καρκίνο των ωοθηκών. Αμφιρεγουλίνη, είναι ένα καλά μελετημένο πρωτεΐνη, η οποία έχει βρεθεί ότι σχετίζεται με την λειτουργία των ωοθηκών και την απόπτωση των επιθηλιακών κυττάρων στον καρκίνο των ωοθηκών. Πρόσφατες μελέτες υποστηρίζουν ότι αυτός ο παράγοντας έχει μία πολύ σημαντική συσχέτιση με την αντοχή σισπλατίνη [42]. Από την άλλη πλευρά, η κυτοκίνη ΜΙΡ-1α, ενεργεί μέσω της οδού ΜΑΡΚ. Αλληλεπιδρά με VEGF μέσω της προς τα πάνω ρύθμιση της οδού ΜΑΡΚ, ειδικά ERK. Tran et al [43] έδειξαν ότι η ΜΙΡ-1α προκάλεσε μία απόκριση Τ-κυττάρων σε ασθενείς με καρκίνο των ωοθηκών που συνδέεται με ένα ευνοϊκό αποτέλεσμα. Είναι, ως εκ τούτου, είναι δυνατόν ότι, παρά την ένωσή τους με την αγγειογένεση, ορισμένες από τις 25 παράγοντες μπορούν να ασκήσουν προγνωστική δράση τους μέσω άλλων μηχανισμών, όπως ενίσχυση της ανοσοαπόκρισης έναντι του όγκου.

τεχνικά θέματα, όπως καθώς η προσθήκη ηπαρίνης σε συλλεχθέντων ασκίτη, είναι απίθανο να έχει επηρεάσει τα αποτελέσματα μας. Αν και θεωρητικά η παρουσία ηπαρίνης θα μπορούσε να επηρεάσει τα επίπεδα ΗΒ-EGF ή VEGF, η ποσότητα της ηπαρίνης που χρησιμοποιείται είναι πολύ μικρότερη από αυτή που χρησιμοποιείται από πρότυπο κατασκευαστές για την αποτελεσματική πήξη, ενώ οι ισομορφές του παρόντος δεν μπορεί να δεσμεύει την πρόσδεμα με υψηλή συγγένεια, όπως φαίνεται σε άλλες μελέτες [44]. Αποτελέσματα συστοιχία μας έδειξαν διακριτές διαφορές της έκφρασης αυτού του παράγοντα μεταξύ των δειγμάτων που μελετήθηκαν (Σχήμα 3), ακόμη και από την ίδια κατηγορία δηλαδή στη χημειοθεραπεία ή νόσο ευαίσθητη, ως εκ τούτου δεν καθιστά τη συστοιχία προς το ένα ή το άλλο κατηγορία ειδικά. Αυτό το εύρημα, σε συνδυασμό με το γεγονός ότι η ανάπτυξη του μοντέλου μας έγινε με βάση τις διαφορές της έκφρασης μεταξύ ανθεκτικών και ευαίσθητων όγκων και όχι στην απόλυτη τιμή του κάθε παράγοντα κάνουν την επίδραση της ηπαρίνης στο μοντέλο μας αμελητέα. Επιπλέον, βρήκαμε ότι η εκπροσώπηση heatmap, σε συνδυασμό με την ιεραρχική ομαδοποίηση, μπορεί να μην είναι κατάλληλη για την απεικόνιση ενός τόσο σύνθετου υπογραφή. Με το φιλτράρισμα και την κατάταξη τους 25 παράγοντες, μειώσαμε το υποσύνολο με τα 5 πιο σημαντικούς παράγοντες, δημιουργώντας έτσι μια πιο ικανοποιητική απεικόνιση. Παρ ‘όλα αυτά, αυτή η υποομάδα συνδέθηκε με κατώτερη προγνωστική απόδοση. Το αποτέλεσμα αυτό υποστηρίζει την αναγκαιότητα της χρήσης των μεθόδων μηχανικής μάθησης για την κατασκευή μοντέλων πρόβλεψης, όπως SVMs, τα οποία είναι πιο ευαίσθητα και είναι σε θέση να συλλάβει συγκρότημα διακριτική μοτίβα που διαμένουν σε μη-γραμμική συνδυαστική διαφορές στα επίπεδα έκφρασης μεταξύ των δύο κατηγοριών.