Αφηρημένο

Ιστορικό

πολλαπλασιαστή περοξυσώματος δέλτα υποδοχέα (PPARD) είναι πυρηνικών ορμονικών υποδοχέων που εμπλέκονται σε καρκίνο του παχέος εντέρου (CRC) διαφοροποίηση και εξέλιξη. Ο σκοπός αυτής της μελέτης ήταν να προσδιοριστεί ο επιπολασμός και το φάσμα των παραλλαγών στο

PPARD

γονίδιο στο CRC, και η συμβολή τους στην κλινικοπαθολογικών τελικά σημεία.

Μέθοδοι και Ευρήματα

Άμεση αλληλουχίας του

PPARD

γονίδιο διεξήχθη σε 303 πρωτογενείς όγκους, σε δείγματα αίματος από 50 ασθενείς με ≥3 πληγείσα συγγενείς πρώτου βαθμού, 50 ασθενείς με 2 επηρεάζεται συγγενείς πρώτου βαθμού, 50 σποραδικές ασθενείς, 360 υγιείς μάρτυρες, και σε 6 κυτταρικές σειρές καρκίνου του παχέος εντέρου. ανάλυση μετάλλαξης αποκάλυψε 22 διαφορετικές μεταθέσεις, 7 εκ των οποίων ήταν νέα. Τρεις από όλες τις παραλλαγές ήταν σωματικά (c.548A & gt? G, p.Y183C, c.425-9C & gt? T, και c.628-16G & gt? Α). Δύο μεταλλάξεις εσφαλμένου νοήματος (p.Y183C και p.R258Q) ήταν παθογόνα χρησιμοποιώντας το

in silico

πρόβλεψης του προγράμματος. Πέντε επαναλαμβανόμενες παραλλαγές ανιχνεύθηκαν στα /παρακείμενα εξόνια 4 (c.1-87T & gt? C, c.1-67G & gt? A, ~ 130 + 3G & gt? Α, και c.1-101-8C & gt? Τ) και το εξόνιο 7 (c.489T & gt? C). Παραλλαγή c.489C /C ανιχνεύθηκαν σε όγκους συσχετίστηκε στο χειρότερο διαφοροποίηση (

P

= 0,0397).

Συμπεράσματα

Βρήκαμε 7 νέες παραλλαγές μεταξύ 22 κληρονομική ή επίκτητη

PPARD

παραλλαγές. Σωματικά ή /και των εσφαλμένων διευθύνσεων παραλλαγές ανιχνεύθηκαν σε ασθενείς CRC είναι σπάνιες, αλλά δείχνουν την κλινική σημασία του

PPARD

γονίδιο

Παράθεση:. Ticha Ι, Gnosa S, Lindblom Α, Liu Τ, Ηλιόλουστη XF (2013) Παραλλαγές του

PPARD

Gene και κλινικοπαθολογοανατομικές τη σημασία τους για τον καρκίνο του παχέος εντέρου. PLoS ONE 8 (12): e83952. doi: 10.1371 /journal.pone.0083952

Επιμέλεια: Hiromu Suzuki, Σαπόρο Ιατρικό Πανεπιστήμιο, την Ιαπωνία

Ελήφθη: 17 Σεπτεμβρίου 2013? Αποδεκτές: 10 του Νοέμβρη του 2013? Δημοσιεύθηκε: 31 Δεκεμβρίου 2013

Copyright: © 2013 Ticha et al. . Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση: Επιχορήγηση Υποστήριξη : η εργασία αυτή χρηματοδοτήθηκε από σουηδικό Ίδρυμα Καρκίνου, σουηδικό Συμβούλιο Έρευνας, καθώς και το Συμβούλιο Ερευνών Υγείας στην Νοτιοανατολική της Σουηδίας. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

σε παγκόσμιο επίπεδο, η διάγνωση του καρκίνου του παχέος εντέρου (CRC) κατέχει τη δεύτερη θέση στις γυναίκες και την τρίτη στους άνδρες, και είναι η τέταρτη πιο κοινή αιτία θνησιμότητας από καρκίνο. Επιπλέον, η συχνότητα εμφάνισης της CRC είναι σε άνοδο [1]. Η παθογένεση της CRC είναι περίπλοκη και ακόμη δεν είναι πλήρως κατανοητοί. CRC πιστεύεται ότι είναι μία διαδικασία πολλών σταδίων που εμπλέκουν μια συσσώρευση του γονιδιακού εκτροπών, η αποτυχία της απόπτωσης, και ανωμαλίες των πολλαπλών οδών σηματοδότησης [2]. Μια πρόσφατη μελέτη της σουηδικής οικογένειες που επλήγησαν από την CRC καταδεικνύει τη σημαντική επίδραση του γενετικού υποβάθρου της οικογενούς CRC ασθενών [3]. Οι εν λόγω γονίδια που εμπλέκονται στην έναρξη και την εξέλιξη του CRC είναι περιορισμένες. Low-διεισδυτικό γονίδια μπορεί να διαδραματίσει σημαντικό ρόλο στην παχέος ογκογένεση και πρέπει να προσδιοριστεί.

Κατά τη διάρκεια της τελευταίας δεκαετίας, μεγάλη προσοχή έχει δοθεί στη διερεύνηση του ρόλου του πολλαπλασιαστή περοξυσώματος δέλτα υποδοχέα (PPARD) σε CRC [4]. Προηγουμένως, ερευνητική ομάδα της Sun εκτελούνται mRNA και πρωτεΐνης αναλύσεις στις γραμμές ιστών και των κυττάρων CRC, η οποία πρότεινε ένα ανασταλτικό ρόλο του PPARD σε ορθοκολικό ογκογένεση [5] – [8]. Harman

et al

. [9] παρέχεται επίσης ισχυρές ενδείξεις ότι PPARD εξασθενεί καρκινογένεση του παχέος εντέρου, χρησιμοποιώντας γενετικά τροποποιημένα μοντέλα ποντικών. Συγκεκριμένα, PPARD προωθεί τη διαφοροποίηση και καταστέλλει τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων, η οποία υποστηρίζεται και από άλλους [10]. Επιπλέον, η Sun και οι συνεργάτες του βρήκαν μια συσχέτιση μεταξύ της υψηλότερης έκφρασης PPARD και ευνοϊκές επιβίωσης σε ασθενείς με καρκίνο του ορθού [6].

Αυτός ο παράγοντας μεταγραφής συνδέτη-ενεργοποιείται ανήκει στην υπεροικογένεια των πυρηνικών ορμονικών υποδοχέων, και κωδικοποιείται από το γονίδιο

PPARD

(ΜΙΜ # 600409), το οποίο έχει εννέα εξόνια, πέντε από αυτά είναι κωδικοποίησης, και εκτείνεται περίπου 85 kb στο χρωμόσωμα 6p21.2 [11]. PPARD μπορεί να ενεργοποιηθεί με λιπαρά οξέα και τα παράγωγά τους, και η έκφρασή του είναι σχετικά υψηλή στην γαστρεντερική οδό σε σύγκριση με άλλους ιστούς [12]. PPARD έχει δειχθεί ότι εμπλέκεται στην ρύθμιση του μεταβολισμού λιπιδίων και γλυκόζης και σχετικών διαταραχών [13] – [15], και θεωρείται ένα υποσχόμενο στόχο φάρμακο για τη θεραπεία των μεταβολικών νόσων συνδρόμου [16]

Παρά. η αναδυόμενη συναίνεση ότι PPARD είναι ένας βασικός παράγοντας στην CRC, αποκλίνουσες ευρήματα περιπλέκουν το συγκεκριμένο ρόλο στην καρκινογένεση. Είτε PPARD έχει μια προαγωγή ή αναστολή ρόλο στην καρκινογένεση του παχέος είναι ακόμη υπό συζήτηση [17], [18]. Γενετικές παραλλαγές στο

PPARD

γονίδιο που μπορεί να ευθύνονται για αυτές τις αμφιλεγόμενες διαπιστώσεις και μέχρι σήμερα το ρόλο του

PPARD

παραλλαγές στο CRC δεν έχει διερευνηθεί. Μόνο λίγες μελέτες εξέτασαν τη σχέση μεταξύ πολυμορφισμών στο

PPARD

γονιδίου και τα χαρακτηριστικά των λιπιδίων και των υδατανθράκων μεταβολισμό [19], [20]. Κωδικοποίηση εξόνια 4 έως 9 του

PPARD

γονίδιο αλληλουχήθηκαν στη μεγάλη ανθρώπινη ανάλυση του γονιδιώματος του μαστού και του παχέος εντέρου [21], [22]. Ωστόσο,

PPARD

δεν είχε επικυρωθεί ως υποψήφιο γονίδιο του καρκίνου σε αυτές τις αναλύσεις. Παραλλαγή c.489T & gt? C (rs2076167) ήταν κλεισμένο σε μια αναζήτηση για τις υποψήφιες αλληλόμορφα ευαίσθητα για CRC, αλλά καμία συσχέτιση με τον κίνδυνο του CRC βρέθηκε [23]

PPARD έχει αποδειχθεί ότι εμπλέκεται στην ανάπτυξη CRC. από την ομάδα μας και τους άλλους. Παρ ‘όλα αυτά, η σημασία του

PPARD

γονιδιωματικής μεταβολές στην CRC δεν έχει αντιμετωπιστεί πλήρως. Οι στόχοι της παρούσας μελέτης ήταν (

i

) να καθορίζει τη συχνότητα και το φάσμα των παραλλαγών στο

PPARD

γονιδίου σε τέσσερις διαφορετικές ομάδες ασθενών CRC συμπεριλαμβανομένων 303 δείγματα ιστού από CRC, και 150 δείγματα αίματος από: 50 σποραδικές CRC ασθενείς, 50 ασθενείς με 2 επηρεάζονται οι συγγενείς πρώτου βαθμού, και 50 κληρονομική ασθενείς με ≥3 επηρεάζονται οι συγγενείς πρώτου βαθμού, και (

ii

) για να αξιολογηθούν οι πιθανές σχέσεις των παραλλαγών με κλινικοπαθολογοανατομικές μεταβλητές. Έξι ανθρώπινου καρκίνου του παχέος εντέρου κυτταρικές σειρές, που χρησιμοποιούνται συνήθως ως

in vivo

μοντέλα καρκίνου του παχέος εντέρου στο εργαστήριο της Sun και από άλλους, συμπεριλήφθηκαν στην παρούσα μελέτη.

Υλικά και Μέθοδοι

Ηθική δήλωση

Αυτή η μελέτη εγκρίθηκε από τις επιτροπές Ηθικής του Πανεπιστημίου του Linköping, Σουηδία και του Ινστιτούτου Καρολίνσκα της Σουηδίας.

οι ασθενείς και υγιείς μάρτυρες

Αυτή η μελέτη συμπεριέλαβε πρωτογενούς ιστού CRC, και, όταν είναι διαθέσιμα, μακρινό φυσιολογικό βλεννογόνο από φορείς του

PPARD

παραλλαγή από 303 ασθενείς (ομάδα Ι) διαγνώστηκαν στα πανεπιστημιακά νοσοκομεία στο Linköping και το Νοσοκομείο Vrinnevi στο Norrköping. Ιστού συλλέχθηκαν κατά τη διάρκεια της πρωτοβάθμιας εγχείρηση μεταξύ των ετών 1989 και 2004, και αποθηκεύονται στους -70 ° C. Τα δείγματα αίματος δεν ήταν διαθέσιμα για αυτό ομάδα. Περαιτέρω, τα δείγματα αίματος από μη συνδεδεμένους ασθενείς CRC: 50 CRC ασθενείς σποραδικές (ομάδα ΙΙ), 50 ασθενείς με 2 επηρεάζεται συγγενείς πρώτου βαθμού (ομάδα III), 50 κληρονομική ασθενείς με 3 ή περισσότερες πληγείσες συγγενείς πρώτου βαθμού (ομάδα IV), και 360 μάρτυρες μη καρκίνος, εξετάστηκαν. Τα δείγματα αίματος (ομάδα ΙΙ-ΙΙΙ) ελήφθησαν μεταξύ 2004 και 2009, από 14 διαφορετικά νοσοκομεία στη μέση Σουηδία. Για να εκτιμηθεί η συχνότητα του πληθυσμού των

PPARD

παραλλαγές, τον έλεγχο υποομάδα μη καρκίνου, που περιλαμβάνει αιμοδότες που προσλαμβάνονται κατά τη διάρκεια του έτους 2010, από Ουψάλα περιοχή της Σουηδίας, χρησιμοποιήθηκαν. Και οι δύο περιπτώσεις και οι έλεγχοι είχαν ευρωπαϊκή καταγωγή και από τη Σουηδία. Γραπτή συγκατάθεση από τον δότη ή τον πλησιέστερο συγγενή λήφθηκε για τη χρήση των δειγμάτων τους για ερευνητικούς σκοπούς. Τα χαρακτηριστικά των ασθενών και ελέγχων παρουσιάζονται στον Πίνακα 1. Οι όγκοι με καλύτερη διαφοροποίηση περιλαμβάνονται επίσης και μετρίως διαφοροποιημένα καρκινώματα, και χειρότερα διαφοροποίηση περιλαμβάνονται πτωχά διαφοροποιημένο, βλεννώδες ή κύτταρα σφραγιστικά δακτύλιος καρκίνωμα. στοιχεία διαφοροποίησης του όγκου δεν θα μπορούσαν να ληφθούν για τις ομάδες ΙΙ έως IV.

Η

τηλέφωνα Γραμμές

Η ανάλυση της μεταλλαγής πραγματοποιήθηκε επίσης σε 6 χρησιμοποιούνται συνήθως κυτταρικές σειρές καρκίνου του παχέος εντέρου. Οι κυτταρικές σειρές SW480 και SW620 ελήφθησαν από την American Type Culture Collection. SW480 κυτταρική γραμμή δημιουργήθηκε από ένα πρωτογενές αδενοκαρκίνωμα του παχέος εντέρου, και η SW620 από μια μετάσταση λεμφαδένα, που λαμβάνεται από τον ίδιο ασθενή ένα χρόνο αργότερα [24], [25]. Η KM12C, κυτταρικές σειρές KM12SM και KM12L4a ήταν ευγενική προσφορά από τον καθηγητή Ι.Ι. Fidler (M.D. Anderson Cancer Center, Houston, TX) [26], [27]. Η KM12C προέρχεται από έναν ασθενή με στάδιο II καρκίνο του παχέος εντέρου. Το KM12SM είναι μια αυθόρμητη μετάσταση στο ήπαρ προκύψει από την ένεση του KM12C στο τυφλό έντερο των γυμνών ποντικών. KM12L4a, μια πειραματική μετάσταση στο ήπαρ, παράγεται από επαναλαμβανόμενη ένεση ενδο-σπλήνα και συγκομιδή των ηπατικών μεταστάσεων σε γυμνούς ποντικούς. Η κυτταρική σειρά καρκίνου του παχέος εντέρου HCT-116 ήταν ένα είδος δώρο από τον καθηγητή Β Vogelstein (το κέντρο του πυρήνα των κυττάρων, Πανεπιστήμιο Johns Hopkins, Βαλτιμόρη, MD) [28], [29]. Οι κυτταρικές σειρές SW480, SW620, KM12C, KM12SM, και KM12L4a αναπτύχθηκαν σε ελάχιστο βασικό μέσο Eagle (Sigma-Aldrich, St. Louis, ΜΟ) και την κυτταρική γραμμή HCT-116 σε McCoys5A (Sigma Aldrich) συμπληρωμένο με 10% θερμοαπενεργοποιημένο εμβρυϊκό βόειο αλβουμίνη ορού (GIBCO, Invitrogen, Paisley, UK), 0,5% Ε-γλουταμίνη (GIBCO), 1% πενικιλλίνη και στρεπτομυκίνη κοκτέιλ (GIBCO) στους 37 ° C και 5% CO

2 σε υγροποιημένο επωαστή. Για τη κυττάρων KM12 λύση βιταμίνη 2% (GIBCO) προστέθηκε. Τα κύτταρα συλλέχθηκαν σε 80% συρροή.

απομόνωση νουκλεϊκών οξέων από τους ιστούς, Blood and Cell Lines

DNA απομονώθηκε από φρέσκο ​​κατεψυγμένο ιστό του όγκου, κυτταρικές σειρές και ολόκληρο το περιφερικό αίμα χρησιμοποιώντας τυποποιημένες διαδικασίες εφαρμογή Οδηγός συστήματος γενωμικού καθαρισμός DNA (Promega, Madison, WI) ή DNeasy Blood & amp? Tissue Kit (Qiagen, Hilden, Germany). Ολικό RNA από δείγματα ιστών ιδίως και καλλιεργημένα κύτταρα απομονώθηκε χρησιμοποιώντας RNeasy Mini Kit (Qiagen) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή.

Μετάλλαξη Ανάλυση

Η περιοχή κωδικοποίησης του

PPARD

γονίδιο υποβλήθηκε σε διαλογή με PCR και άμεση αλληλούχιση του DNA Sanger σε 203 όγκους, 150 δείγματα αίματος ασθενών CRC (ομάδα II-IV), και 6 κυτταρικές γραμμές. Λόγω του χρόνου και αποδοτικότητα του κόστους, επιπλέον 100 δείγματα όγκων καθώς και ο έλεγχος υποβλήθηκαν σε διαλογή σε δύο πιο συχνά μεταβάλλονται περιοχές που καλύπτει τα εξόνια 4 και 7. Η αδενίνη του κωδικονίου έναρξης της μετάφρασης είναι 102 βάση του εξονίου 4. Συνεπώς, τα εξόνια 4 έως 9 και γειτονικό ιντρονικές αλληλουχίες του

PPARD

γονίδιο ενισχύθηκαν χρησιμοποιώντας FastStart High Fidelity PCR System (Roche Applied Science, Germany) σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή. BigDye Εξολοθρευτής

ν

3.1 Ready Mix Αντίδραση (Applied Biosystems, Foster City) χρησιμοποιήθηκε για την αντίδραση αλληλουχίας και ο διαχωρισμός διεξήχθη σε ΑΒΙ 3500 γενετικό αναλυτή (Applied Biosystems). Τα συλλεχθέντα δεδομένα αναλύθηκαν με χρήση του λογισμικού αναλυτή αλληλουχίας (Applied Biosystems). Οι σχεδιασμένους εκκινητές που χρησιμοποιήθηκαν για ενίσχυση και ανάλυση αλληλουχίας φαίνονται στον Πίνακα S1. Κάθε μετάλλαξη ή ύποπτες θραύσματα επαληθεύθηκαν από άλλη ανεξάρτητη ανάλυση ενίσχυση και την ακολουθία PCR.

Η αντίστροφη ανάλυση μεταγραφάσης-PCR με τη χρήση υψηλής χωρητικότητας cDNA Reverse Transcription Kit (Applied Biosystems) πραγματοποιήθηκε σύμφωνα με τις οδηγίες του κατασκευαστή σε 3 περιπτώσεις που μεταφέρουν παραλλαγές ~ 130 + 3G & gt? Α και c.1-101-8C & gt? Τ με διαθέσιμα RNA από αντίστοιχες όγκου και φυσιολογικό ιστό. Ένα 856 bp θραύσμα cDNA που συνορεύει με εκκινητές RP_01 /02F 5′-CAGTGTTGTACAGTGTTTTG-3 ‘διασταύρωση διέλευση των εξονίων 1 και 2, και PRD_08R 5′-TCTGCCTGCCACAATGTCTC-3’ που βρίσκεται στο εξόνιο 8 ενισχύθηκε με PCR και απευθείας αλληλουχήθηκε (Εικ. 1) . Το ίδιο θραύσμα του cDNA αλληλουχία σε SW480, SW620, KM12C, KM12SM, και κυτταρικές σειρές KM12L4a

Εκπρόσωπος ανάλυση της αλληλουχίας του cDNA που απομονώθηκαν από φυσιολογικό βλεννογόνο από το φορέα των παραλλαγών ~ 130 + 3G & gt?. Α (εσώνιο 4) και c.1-101-8C & gt? T (εσώνιο 3) δείχνει λείπει από το εξόνιο 4? wt – αλληλουχία άγριου τύπου, mut – μεταλλαγμένη αλληλουχία. διασταύρωση εξόνιο υποδεικνύεται από το

διακεκομμένη γραμμή

. Το εξόνιο 3 ήταν απούσα σε αμφότερα άγριου τύπου και μεταλλαγμένου αλληλόμορφου.

Η

Ονοματολογίας των μεταλλάξεων

Οι μεταλλάξεις που περιγράφονται σύμφωνα με το σύστημα ονοματολογίας που συνιστάται από το Ανθρώπινο Γονιδίωμα Παραλλαγή Society (HGVS) [30 ]. Ορισμός των γονιδιωματικής αλλαγές στο

PPARD

γονίδιο με βάση τις αλληλουχίες αναφοράς GenBank NG_012345.1 και NM_001171818.1. Μεταλλάξεις που δεν βρέθηκαν στη βιβλιογραφία, η πολυμορφισμό μονού νουκλεοτιδίου Database (dbSNP, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/, η πρόσβαση στις 8 Αυγούστου, 2013) [31], ή στον κατάλογο των σωματικές μεταλλάξεις στον Καρκίνο (COSMIC, https://www.sanger.ac.uk/cosmic, η πρόσβαση στις 8 Αυγούστου, το 2013 [32], θεωρήθηκαν ως μυθιστόρημα. υπάρχει ασυνέπεια στην περιγραφή του παραλλαγές c.1-87C & gt ? Τ (rs2016520) σε 5′-αμετάφραστη περιοχή (UTR) του εξονίου 4, και c.489C & gt συνώνυμη υποκατάσταση? Τ (rs2076167? p.N163) στο εξόνιο 7. Σύμφωνα με την αλληλουχία αναφοράς GenBank (NCBI) ο άγριου τύπου αλλήλιο είναι C, αλλά σύμφωνα με τον προσδιορισμό του γονότυπου στην ομάδα ελέγχου (Πίνακας 2), η C-αλληλόμορφο είναι ήσσονος σημασίας για τις δύο εκδόσεις. είναι σε συμφωνία με δύο άλλες μελέτες που πραγματοποιήθηκαν γονοτυπική συμπεριλαμβανομένων αυτών των δύο πολυμορφισμούς σε μεγαλύτερες ομάδες [15], [19] . Αξίζει να σημειωθεί ότι, Skogsberg

et al

[15] που ονομάζεται παραλλαγή c.1-87T & gt?.. C ως + 294T /C Με το παρόν, έχουμε ονομάσει αυτές τις παραλλαγές c.1-87T & gt? C και c.489T & gt? Γ

η

στο silico

Εργαλεία Πρόβλεψη για να αξιολογήσει τον αντίκτυπο των Εντοπίστηκε εσφαλμένου νοήματος παραλλαγές

για την αξιολόγηση της λειτουργικής σημασίας της ανιχνεύονται παραλλαγές εσφαλμένου νοήματος που απασχολούνται αρκετές χρησιμοποιείται ευρέως

in silico

προγράμματα πρόβλεψης. Τα προγράμματα αυτά υποδηλώνουν την πιθανή παρεμβολή με την βιολογική λειτουργία και τη σταθερότητα της πρωτεΐνης: SIFT ως μέρος του εμπορικού προγράμματος Alamut 2.0 (Interactive Biosoftware, Roven, Γαλλία), PolyPhen-2 (https://genetics.bwh.harvard.edu/pph2 /), PROVEAN (https://provean.jcvi.org/index.php), Ευθυγράμμιση GVGD (https://agvgd.iarc.fr), Mutation Δοκιμαστής (https://www.mutationtaster.org), MÜPRO ( https://mupro.proteomics.ics.uci.edu).

Στατιστικές αναλύσεις

οι αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση του δΤΑΤΙδΤΙΟΑ 10 (SatSoft, Tulsa, OK). Η chi-square test εφαρμόστηκε για να καθορίσουν τη σχέση μεταξύ των επαναλαμβανόμενων

PPARD

παραλλαγές και κλινικοπαθολογοανατομικές μεταβλητές, να αξιολογήσει τις διαφορές στις μεταβολές των συχνοτήτων μεταξύ των ομάδων II-IV και τους ελέγχους, και να δοκιμάσουν τη διανομή των γονότυπων σε ελέγχους για ένα αναχώρηση από την ισορροπία Hardy-Weinberg. Μοντέλο αναλογικών κινδύνων του Cox χρησιμοποιήθηκε για να ελεγχθεί η σχέση μεταξύ παραλλαγών PPARD και την επιβίωση του ασθενούς, και η μέθοδος Kaplan-Meier χρησιμοποιήθηκε για καμπύλες επιβίωσης. Όλες οι δοκιμασίες ήταν δύο όψεων, και

P

-τιμή μικρότερη από 0.05 θεωρήθηκε ως σημαντική.

Αποτελέσματα

Παραλλαγές του

PPARD

Gene στο CRC ασθενείς, υγιείς μάρτυρες και κυτταρικές γραμμές

η άμεση ανάλυση της αλληλουχίας του DNA των

PPARD

γονίδιο δείχνει 22 διαφορετικά μόνο παραλλαγές νουκλεοτιδίων, από αυτούς 5 ήταν επαναλαμβανόμενες και 7 ήταν νέες παραλλαγές (Πίνακας 2 και 3). Η συχνότητα των πέντε επαναλαμβανόμενες

Οι PPARD

παραλλαγές σε διαφορετικές ομάδες CRC ασθενή, υγιείς μάρτυρες και κυτταρικές σειρές παρουσιάζονται στον Πίνακα 2. Η γονοτυπική κατανομές των κληρονομικών επαναλαμβανόμενες ενιαίας παραλλαγές νουκλεοτιδίου ήταν σύμφωνα με την ισορροπία Hardy-Weinberg (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται ). Όλα ανιχνεύεται παραλλαγές ήταν μεταβάσεις (4 εσφαλμένου νοήματος, 3 σιωπηλή, και 15 παραλλαγές μη κωδικοποιητική). Να αξιολογήσει τις προβλεπόμενες επιπτώσεις των παραλλαγών εσφαλμένου νοήματος στη λειτουργία της πρωτεΐνης, έξι

in silico

εργαλεία πρόβλεψης χρησιμοποιήθηκαν. Στην πραγματικότητα, σωματικά p.Y183C μετάλλαξη, και p.R258Q μετάλλαξη είχαν χαρακτηριστεί ως επιβλαβή (Πίνακας 4).

Η

Περιοδική

PPARD

Παραλλαγή σε σχέση με κλινικοπαθολογοανατομικές μεταβλητές

Σύλλογος επαναλαμβανόμενες παραλλαγές με κλινικοπαθολογοανατομικές χαρακτηριστικά, συμπεριλαμβανομένου του φύλου, της ηλικίας, τη θέση του όγκου, το στάδιο και τη διαφοροποίηση, διερευνήθηκε. Παραλλαγή c.489C /C ήταν σημαντικά σχετίζεται με χειρότερη διαφοροποίηση σε σύγκριση με Τ /Κ και Τ /Τ γονότυπους (

P

= 0,0397, Πίνακας 5). Τα κλινικοπαθολογοανατομικών δεδομένα των ασθενών με ανιχνεύονται παραλλαγή c.489C /C παρουσιάζονται στον Πίνακα S3.

Η

Δεν υπήρχε σημαντική σχέση της υποτροπιάζουσας

PPARD

παραλλαγές με άλλες μεταβλητές κλινικοπαθολογοανατομικές συμπεριλαμβανομένου του φύλου , την ηλικία, τη θέση του όγκου και το στάδιο. (

P

& gt? 0,05, τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται)

Χαρακτηρισμός Περιοδική

PPARD

Παραλλαγές

Στο σύνολο, 196 παραλλαγές σε 106 (35%) ασθενείς από την ομάδα Ι, 28 παραλλαγές σε 17 (34%) ασθενείς από την ομάδα II, 45 παραλλαγές σε 22 (44%) ασθενείς από την ομάδα III, και 22 παραλλαγές σε 11 (22% ) ασθενείς από την ομάδα IV ανιχνεύθηκαν. Πέντε βλαστική επαναλαμβανόμενες αλλαγές (Πίνακας 2), τέσσερις βρίσκονται μέσα ή δίπλα στο εξώνιο 4 (c.1-87T & gt? C, c.1-67G & gt? Α, και τις κοινές παραλλαγές ~ 130 + 3G & gt? Α και c.1-101 -8C & gt? T) και μία στο εξώνιο 7 (c.489T & gt? C) αντιπροσώπευαν συντριπτική πλειοψηφία όλων των ταυτοποιημένων παραλλαγές, και συχνά παρουσιάσθηκαν μαζί χωρίς ένα αυστηρό πρότυπο συνδυασμό παραλλαγής. Η πλειονότητα των μεταφορέων τουλάχιστον ένα δευτερεύον C-αλληλόμορφο στο c.1-87 θέση στο 5′-UTR ήταν επίσης φορείς από τουλάχιστον ένα ήσσονος σημασίας C-αλληλόμορφο στο c.489 θέση. Φορείς της παραλλαγής c.1-67G & gt? Α στην 5′-UTR της εξόνιο 4 πραγματοποιείται επίσης μια άλλη παραλλαγή, είτε c.489T /C ή c.489C /C, εκτός από μία περίπτωση (ομάδα II) με τις παραλλαγές γ. 1-101-8C & gt? T και ~ 130 + 3G & gt? Α. Η ιντρονική βλαστικής γραμμής παραλλαγές c.1-101-8C & gt? Τ και ~ 130 + 3G & gt? Α, που βρίσκεται οκτώ ζεύγη βάσεων ανοδικά και 3 ζεύγη βάσεων προς τα κάτω του εξονίου 4, αντίστοιχα, πάντα συνέβησαν μαζί. Όλοι οι ασθενείς και οι έλεγχοι με αυτές τις παραλλαγές ήταν φορείς του ετερόζυγη παραλλαγή c.489T /C, εκτός από δύο ασθενείς (ομάδα II) – αυτός που πραγματοποιούνται παραλλαγές c.489C /C και c.1-67G /Α, και ένα φορέα της παραλλαγής γ .1-67G /Α.

Μετάλλαξη αναλύσεις σε δείγματα αίματος έδειξαν ότι η ποσότητα των ασθενών που φέρουν κληρονόμησε αλλοιώσεις ήταν χαμηλότερα στην ομάδα IV σύγκριση με τις ομάδες ΙΙ και ΙΙΙ σε συνδυασμό (

P

= 0.037 ), ενώ δεν παρατηρήθηκε καμία διαφορά μεταξύ της ομάδας II και III (

P

= 0,305? Πίνακας 2). Η συχνότητα των επαναλαμβανόμενων παραλλαγές στα εξώνια 4 και 7 δεν διέφερε σημαντικά μεταξύ του πληθυσμού ελέγχου και υποομάδες II, III ή IV, με εξαίρεση κοινές παραλλαγές c.1-101-8C & gt? T και ~ 130 + 3G & gt? Α, που βρέθηκαν σε 10% των ασθενών στην ομάδα ΙΙΙ σε σύγκριση με το 2,5% σε ελέγχους (

P

= 0,003? Πίνακας 2).

κοινή παραλλαγές c.1-101-8C & gt? T και ~ 130 + 3G & gt? A είναι στην περιοχή του θέσεις ματίσματος συναίνεσης και έχουν τη δυνατότητα να μεταβάλλουν μετα-μεταγραφικό ματίσματος. Να αξιολογήσει τον αντίκτυπο αυτών των παραλλαγών, RNAs από όγκο και φυσιολογικό ιστό από 3 επηρεάζονται τα άτομα και ανεπηρέαστο τον έλεγχο εξήχθησαν και αντίστροφη μεταγραφή εκτελέστηκε. Η ανάλυση της αλληλουχίας του θραύσματος PCR, η οποία περιλαμβάνει την περιοχή από το τέλος του εξονίου 1 στο εξόνιο 8 του cDNA, αποκάλυψε παράκαμψη του εξωνίου 4 (Εικ. 1). Όλα τα δείγματα που αναλύθηκαν έλειπαν εξόνιο 3. Η αλληλούχιση του ίδιου θραύσματος cDNA σε κυτταρικές σειρές αποκάλυψαν επίσης λείπουν από το εξόνιο 3 (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Πέντε γνωστές εναλλακτικές παραλλαγές μεταγραφής του PPARD έχουν περιγραφεί (https://www.ncbi.nlm.nih.gov, Gene ID: 5467) και μόνο μία από αυτές τις παραλλαγές περιέχει εξόνιο 3 στην αλληλουχία mRNA. Εναλλακτικές αριθμός μεταγραφής 4 με απουσία των εξωνίων 3 και 4 παρουσιάζει εναλλακτικές κωδικόνιο έναρξης στο εξώνιο 2 και ρητή πρωτεΐνη ισομορφή 3, η οποία διαφέρει σε Ν-τελικό άκρο, λόγω της λείπει ένα τμήμα της 5′-κωδικοποιητική αλληλουχία. Άλλες παραλλαγές μεταγραφής έχουν κωδικόνιο έναρξης στο εξώνιο 4.

Ανάλυση με τυχαία 20 ζευγαρωμένα δείγματα (δείγματα που ήταν ετεροζυγώτες ή ομοζυγώτες από μεταλλαγμένη παραλλαγή σε τουλάχιστον μία από τις πολυμορφικές θέσεις c.1-87 ή c.489) αποκάλυψε ίσες ετεροζυγωτίας στις πολυμορφικές θέσεις c.1-87T /C και c.489T /C σε 4 φυσιολογικούς ιστούς, ενώ σε αντίστοιχα δείγματα DNA όγκου παρατηρήθηκε επανειλημμένα διαφορετικό ποσοστό των δύο αλληλόμορφα (Σχήμα 2).

Ν – κανονικό ιστό, T – καρκινικό ιστό? # 516 είναι παράδειγμα ανάλυση της αλληλουχίας με το ίδιο μοτίβο σε φυσιολογικών και καρκινικών ιστών.

Η

χαρακτηρισμό νέων ή /και σωματικά

PPARD

Παραλλαγές

Επτά νέες παραλλαγές ανιχνεύθηκαν σε ασθενείς, μάρτυρες ή /και σε κυτταρικές σειρές (Πίνακας 3). Από αυτές, τρεις παραλλαγές ήταν εσφαλμένου νοήματος και 6 βρίσκονται σε εσώνια. Μία από αυτές τις νέες παραλλαγές εσωνίων ήταν σωματικά, ένας βρέθηκε στην ομάδα ελέγχου, και μία στην κυτταρική σειρά HCT-116. Όλες αυτές οι παραλλαγές ήταν ετερόζυγοι και ανιχνεύεται μόνο μία φορά. Εκτός από νέες παραλλαγές, ένα άλλο 2 σποραδικές και 8 σπάνιες παραλλαγές εντοπίστηκαν. Τα χαρακτηριστικά των ασθενών με ανιχνεύονται σπάνια παραλλαγή που αναφέρονται στον Πίνακα S2

Είναι ενδιαφέρον ότι δύο από τις τρεις ανιχνεύεται σωματικών παραλλαγές, c.425-9C & gt?. Τ (επτά ζεύγη βάσης από τη θέση ματίσματος συναινετική 3 ‘) και γ .548A & gt? G (στο εξόνιο 7, που οδηγεί στην αλλαγή του εξαιρετικά διατηρημένων αμινοξέων τυροσίνη σε κυστεΐνη στο κωδικόνιο 183, και εμφανίστηκαν μαζί με κοινές παραλλαγές c.1-101-8C & gt? Τ και ~ 130 + 3G & gt? Α) , ανιχνεύθηκαν ούτε σε δύο άλλα δείγματα DNA από χωρικά διαφορετικά μέρη του όγκου ούτε στο αντίστοιχο φυσιολογικό βλεννογόνο

Ο παρερμηνεύσιμη μετάλλαξη c.773G & gt?. Α (p.R258Q) στο εξόνιο 8 ανιχνεύθηκε σε SW480 ( κυτταρική γραμμή που λαμβάνεται από αδενοκαρκίνωμα του παχέος εντέρου), αλλά όχι σε κύτταρα SW620 (κυτταρική γραμμή που λαμβάνεται από λέμφου μετάσταση στους λεμφαδένες). Αυτή η παραλλαγή εμφανίζεται σε ένα πεδίο σύνδεσης συνδετήρα και οδηγεί στην αλλαγή του εξαιρετικά διατηρημένων αμινοξέος αργινίνη σε γλουταμίνη

Τόσο παρερμηνεύσιμη παραλλαγές c.548A & gt?. G (p.Y183C) και c.773G & gt? Α (σ. R258Q) προτάθηκαν να είναι παθογόνα χρησιμοποιώντας το

in silico

πρόβλεψης προγράμματα (Πίνακας 4).

Συζήτηση

η παρούσα μελέτη δείχνει για πρώτη ανάλυση της αλληλουχίας χρόνο ο em

PPARD

γονιδίου σε διαφορετικές ομάδες ασθενών CRC, υγιείς μάρτυρες, και καρκίνο του παχέος εντέρου μοντέλα κυτταρικής γραμμής. Διαπιστώσαμε 5 επαναλαμβανόμενες και 17 σπάνιες εκδόσεις, εκ των οποίων 7 αναφέρθηκαν για πρώτη φορά σε αυτή τη μελέτη. Δύο ή περισσότερα

PPARD

παραλλαγές, κυρίως επαναλαμβανόμενες αλλαγές, εμφανίστηκαν μαζί σε πλειονότητα των ασθενών με ανιχνεύεται παραλλαγή. Δύο από τα τέσσερα ανιχνεύονται παραλλαγές των εσφαλμένων διευθύνσεων (p.Y183C και p.R258Q) έχουν ταξινομηθεί από

in silico

προγράμματα πρόβλεψης ως πιθανό παθογόνο.

Ακόμα πιο ενδιαφέρον, αναλύει σε μία ομάδα από 303 CRC ασθενείς (ομάδα Ι) αποκάλυψε ότι οι φορείς της υποτροπιάζουσας παραλλαγή c.489C /C είχαν χειρότερη διαφοροποιημένο όγκου σε σύγκριση με το c.489C /Τ και c.489T /T. Ωστόσο, δεν είναι σαφές εάν αυτή η εναλλακτική οδηγεί την ανάπτυξη του όγκου, ή αν είναι απλά μια μετάλλαξη επιβάτης χωρίς άμεση επίδραση στην ικανότητα των κυττάρων του όγκου.

Έχει προταθεί ότι οι καρκίνοι του εγγύς και άπω παχέος εντέρου μπορεί να είναι δύο διαφορετικοί τύποι καρκίνου με διαφορετικούς παράγοντες γενετικούς και περιβαλλοντικούς κινδύνους, και εκεί περιγράφονται γενετικές διαφορές μεταξύ των καρκίνων που προκύπτουν κατά την εγγύς και το άπω κόλον [33]. Παρ ‘όλα αυτά, εμείς δεν αποκαλύπτουν σημαντικές διαφορές στην κατανομή των μεταβολών μεταξύ του παχέος εντέρου και του ορθού καρκινώματα, ούτε μεταξύ αριστεράς και δεξιάς όγκων.

Επιπλέον, τρεις σωματικών

PPARD

παραλλαγές, c.425-9C & gt ? Τ, c.548A & gt? G (p.Y183C), και c.628-16G & gt? Α, ανιχνεύθηκαν σε τρεις σποραδικά καρκινώματα του παχέος εντέρου (ομάδα Ι). Παρατηρήσαμε μια ετερογενής σωματική παραλλαγή η οποία δεν ήταν ανιχνεύσιμη σε κάθε αλληλουχία μέρος του όγκου. Η παραλλαγή c.548A & gt? G έχει ανακοινωθεί στην κοσμική βάση δεδομένων των σωματικών μεταλλάξεων σε έναν ασθενή που επηρεάζονται από το καρκίνωμα των πλακωδών κυττάρων [32]. Μέχρι σήμερα, η κοσμική περιέχει 40 διαφορετικές

PPARD

σωματικά παραλλαγές, διάσπαρτα σε ολόκληρο το γονίδιο, ανιχνεύθηκαν σε 43 μοναδικές ασθενών. Από αυτές, 3 σιωπηλός και 7 παρερμηνεύσιμη παραλλαγές βρέθηκαν σε 10 βλεννώδες αδενοκαρκινώματα του παχέος εντέρου, και μία παραλλαγή εσφαλμένου νοήματος σε πρωκτικές δείγμα όγκου. Σωματικά

PPARD

παραλλάγματα περιγράφονται επίσης στο πνεύμονα, του μαστού, των ωοθηκών, endometria, του ήπατος, και του όγκου του προστάτη, και νευροβλάστωμα. Η παρουσία των σωματικών παραλλαγές σε όγκους CRC υποστηρίζει τη σημασία του

PPARD

στο CRC ογκογένεση.

Έλεγχος στα δείγματα αίματος του ασθενούς αποκάλυψε παρόμοια συχνότητα των επαναλαμβανόμενων παραλλαγές που βρίσκονται εντός ή πλησίον, εξώνια 4 ή 7, ανάμεσα στις ομάδες ασθενών ΙΙ, ΙΙΙ και IV σε σύγκριση με την ομάδα ελέγχου, εκτός από μια υψηλότερη επικράτηση της κοινής παραλλαγές c.1-101-8C & gt? T και ~ 130 + 3G & gt? Α στην ομάδα III. Είναι ενδιαφέρον, παρατηρήσαμε την υψηλότερη συχνότητα των παραλλαγών βλαστική στο χαμηλό πληθυσμό κινδύνου των ασθενών με δύο πληγείσα συγγενείς πρώτου βαθμού (ομάδα III), ενώ παρατηρήθηκε η χαμηλότερη συχνότητα στην ομάδα υψηλού κινδύνου των κληρονομικών ασθενείς CRC (ομάδα IV). Ωστόσο, οποιαδήποτε ουσιαστική ερμηνεία των δεδομένων περιορίζεται από μικρά σύνολα δειγμάτων και σιγά, μολονότι στατιστικά σημαντικές διαφορές. Περαιτέρω αναλύσεις των μεγαλύτερων σειρές ασθενών που επιθυμείται για ακριβή συγκριτικές αναλύσεις

Βρήκαμε νέα παρερμηνεύσιμη μετάλλαξη c.773G & gt?. Α (p.R258Q) στην κυτταρική σειρά καρκίνου του παχέος εντέρου SW480 πρωτογενείς και όχι σε λεμφαδένα μεταστατικό κύτταρο γραμμή SW620. Ένα μοναδικό χαρακτηριστικό του κυτταρικές σειρές SW480 και SW620 είναι ότι προέρχονται από πρωτογενείς και δευτερογενείς όγκους εκτομή από τον ίδιο ασθενή. Μια άλλη παραλλαγή, c.1078 + 22G & gt? Α, είναι παρούσα μόνο σε πρωτογενείς προέρχονται όγκου κυτταρικές γραμμές KM12C αλλά όχι στις πειραματικές μεταστατικές κυτταρικές γραμμές KM12SM και KM12L4a. Ξεχωριστά κατάσταση μετάλλαξης σε πρωτογενείς κυτταρικές σειρές όγκων και των μεταστατικών κυτταρικών γραμμών, καθώς και ανίχνευση σωματικών παραλλαγών μόνο σε ένα μέρος του όγκου (c.425-9C & gt? Τ και c.548A & gt? G) είναι σε συμφωνία με το μοντέλο της κλωνικής εξέλιξη του καρκίνου και γενετική ετερογένεια εντός του όγκου [34], [35]. Η χωρική κατανομή των υποκλώνων με διαφορετικές γονιδιωματικές εκτροπές εντός του όγκου και τη μετάσταση περιγράφηκε πρόσφατα [36]. Η εμφάνιση του

PPARD

μετάλλαξη σε πρωτογενείς κυτταρικές γραμμές αλλά όχι σε μεταστατική κυτταρική γραμμή μπορεί επίσης να εξηγηθεί από τη διαγραφή στο

PPARD

τόπους κατά τη διάρκεια του όγκου και του σχηματισμού μετάστασης. Επιπλέον, η ανάλυση αλληλουχίας DNA στα αντίστοιχα δείγματα (ομάδα Ι) έδειξαν σε αρκετές περιπτώσεις διαφορετικό ποσοστό των αλληλίων σε δυο πολυμορφικές θέσεις, που βρίσκεται στο εξόνιο 4 και 7, σε σύγκριση όγκου με φυσιολογικό ιστό. Λαμβάνοντας υπόψη το γεγονός ότι ο

PPARD

γονίδιο βρίσκεται στο αντιγόνο ανθρώπινων λευκοκυττάρων (HLA) σύμπλοκο επί χρωμοσωμική περιοχή 6P, η οποία επηρεάζεται συχνά από διαγραφές και αναδιατάξεις σε ανθρώπινους καρκίνους [37], [38], η παρατήρηση μας μπορεί να υποδηλώνουν την απώλεια της ετεροζυγωτίας στο

PPARD

τόπους στο καρκινικό κύτταρο υποκλώνους κατά τη διάρκεια της ανάπτυξης του όγκου.

Αξίζει να σημειωθεί, συντριπτική πλειοψηφία των ανιχνεύθηκαν αλλοιώσεις είναι μεταγραφικά σιωπηλή, είτε βρίσκεται στην 5′-ή 3 ‘ -UTRs ή σε εσώνια. Αρκετές γραμμές των αποδεικτικών στοιχείων υποδηλώνουν ότι οποιαδήποτε παραλλαγή νουκλεοτιδίων (εσονικές, ανοησίες, εσφαλμένου νοήματος, συνώνυμη) μπορούν να θεωρηθούν ως δυνητικά επιβλαβείς γιατί μπορεί να μεταβάλει φυσιολογικό μάτισμα προ-mRNA

μέσω

αλλαγές στις ακολουθίες συναίνεσης μάτισμα, δημιουργία νέων αινιγματικά ακολουθίες, στοργή της μεταφραστικής ρυθμό, ή μεταβολές του mRNA ή σταθερότητα της πρωτεΐνης [39] – [41]. Όπως στο παρελθόν παραμεληθεί παραλλαγές μπορεί να είναι ευαίσθητα για κληρονομικές ασθένειες. Δυστυχώς, στη μελέτη μας ήταν αδύνατο να ελεγχθεί όλες τις παραλλαγές στο επίπεδο του mRNA οφείλεται στην έλλειψη των συγκεκριμένων δειγμάτων ιστού ή αίματος για απομόνωση RNA. Παρ ‘όλα αυτά, η ανάλυση αλληλουχίας του cDNA σε φορείς των κληρονομικών κοινών παραλλαγών ~ 130 + 3G & gt? Α και c.1-101-8C & gt? Τ αποκάλυψε παράκαμψη του εξωνίου 4, το οποίο μπορεί να οδηγήσει σε μετάφραση της ισομορφής PPARD με άλλαξε Ν-άκρο της πρωτεΐνης σε σύγκριση με την μορφή άγριου τύπου. Η

PPARD

παραλλαγές στο 5′-UTR μπορεί να έχει ιδιαίτερο ενδιαφέρον, λόγω της υπέθεσε ρυθμιστικό ρόλο της έκφρασης του mRNA. Ωστόσο, στην ομάδα των 303 ασθενών CRC, δεν βρήκαμε μια συσχέτιση μεταξύ επαναλαμβανόμενες παραλλαγές στην 5′-UTR (c.1-87C & gt? T και c.1-67G & gt? Α). Και κλινικοπαθολογοανατομικές μεταβλητές

θα θέλαμε να ενισχύσει τη σημασία του χαρακτηρισμού του γενετικού υποβάθρου των κυτταρικών σειρών που χρησιμοποιούνται ως συστήματα μοντέλου. Για παράδειγμα, δύο εργαστήρια έδειξαν ότι η έκφραση της πρωτεΐνης PPARD εξαρτιόταν από APC /

βήτα-κατενίνης

μονοπάτι [42], [43]. Το συμπέρασμά τους βασίστηκε στην παρατήρηση ότι η σχετική έκφραση PPARD ήταν είτε παρόμοια ή χαμηλότερα σε SW480 κύτταρα που έχουν ένα μεταλλαγμένο

APC

γονίδιο και άγριου τύπου

β

κατενίνης γονίδιο. Στην παρούσα μελέτη ανιχνεύσαμε παρερμηνεύσιμη

PPARD

μετάλλαξη (p.R258Q) στα κύτταρα SW480 που μπορούν να επηρεάσουν την ερμηνεία των αποτελεσμάτων αυτών και δείχνει περιορισμένη χρήση της κυτταρικής σειράς SW480 για τις

in vivo μελέτες

. Περαιτέρω, ολοκληρωμένη ανάλυση του

PPARD

γονίδιο θα μπορούσε να είναι χρήσιμη στο σχεδιασμό φαρμάκων, δεδομένου ότι PPARD παρέχει ένα ελκυστικό στόχο για θεραπευτική παρέμβαση μέχρι στιγμής σε ασθενείς με μεταβολικό σύνδρομο [16].

Εν κατακλείδι, εντοπίσαμε 22

PPARD

παραλλαγές, αν και ενδεχομένως λειτουργικές παραλλαγές που εντοπίστηκαν στο

PPARD

γονίδιο είναι σπάνιες. Συνώνυμο παραλλαγή c.489T & gt? C (p.N163N? Rs2076167) θα μπορούσε να είναι κλινικής ενδιαφέροντος σχετικά με τη σχέση της με χειρότερα διαφοροποιημένη CRC. Τελικά, μελλοντικές μελέτες σε μια ανεξάρτητη σειρά κλινικό δείγμα θα συμβάλει στην επίλυση εάν οποιοδήποτε από τα

PPARD

παραλλαγές είναι εν δυνάμει τροποποιητές της CRC ευαισθησία ή την πρόγνωση.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Πίνακα S1. .

Εκκινητές που χρησιμοποιήθηκαν για την ενίσχυση PCR και ανάλυση ακολουθίας

doi: 10.1371 /journal.pone.0083952.s001

(DOCX)

Πίνακας S2.

Σπάνιες

PPARD

παραλλαγές σε σχέση με τα κλινικοπαθολογοανατομικών χαρακτηριστικά

doi:. 10.1371 /journal.pone.0083952.s002

(DOCX)

Πίνακα S3.

Ομοζυγωτικός παραλλαγή c.489C σε σχέση με τα κλινικοπαθολογοανατομικών χαρακτηριστικά

doi:. 10.1371 /journal.pone.0083952.s003

(DOCX)

Ευχαριστίες

Σας ευχαριστούμε στους κλινικούς ιατρούς και τους ασθενείς για τη συνεργασία τους. Οι ιδιαίτερες ευχαριστίες ανήκουν στον Dr. Gunnar Arbman (Τμήμα Χειρουργικής στο Östergötland, Norrköping, Σουηδία) για τη συλλογή δειγμάτων και δεδομένων, Αναπλ. Καθ Zdenek Kleibl MD, Ph.D (Ινστιτούτο Βιοχημείας και Πειραματικής Ογκολογίας του Πανεπιστημίου του Καρόλου στην Πράγα, Τσεχική Δημοκρατία) για τις κρίσιμες συζητήσεις, Brandon R. Macias Ph.D (UCSD Ιατρικό Κέντρο του Πανεπιστημίου της Καλιφόρνια, Σαν Ντιέγκο, Καλιφόρνια ) και Βερόνικα Patcha Brodin Ph.D (Τομέας Ογκολογίας, Τμήμα Κλινικής και Πειραματικής Ιατρικής, Σχολή Επιστημών Υγείας, το Συμβούλιο της κομητείας του Östergötland, Πανεπιστήμιο του Linköping, Linköping, Σουηδία) για την διόρθωση του χειρογράφου, και Birgitta HOLMLUND (Τμήμα Κλινικής και Πειραματικής Ιατρικής, Πανεπιστήμιο Linköping, Linköping, Σουηδία) για την άριστη τεχνική βοήθεια κατά τη διάρκεια της απομόνωσης του DNA.