Αφηρημένο

Η κατανόηση του βασικού μηχανισμού της χωροχρονικής αυτο-έλεγχο της γονιδιακής έκφρασης του γονιδιώματος σε επίπεδο που ασχολούνται με το συγκρότημα επιγενετικές μοριακή συναρμολόγηση είναι μία από τις μεγαλύτερες προκλήσεις στην σημερινή βιολογική επιστήμη. Σε αυτή τη μελέτη, το γονιδίωμα-ευρεία δυναμική προφίλ της γονιδιακής έκφρασης αναλύθηκε για τον καρκίνο MCF-7 κυττάρων του μαστού που επάγονται από δύο διακριτές συνδετήρες υποδοχέα ErbB: επιδερμικού αυξητικού παράγοντα (EGF) και ερεγουλίνη (HRG), η οποία οδηγεί τον πολλαπλασιασμό και την διαφοροποίηση των κυττάρων, αντίστοιχα . Εστιάσαμε την προσοχή μας για να διευκρινίσει πώς η παγκόσμια αναδύονται γενετική απαντήσεις και να αποκρυπτογραφήσει τι είναι μια βασική αρχή για τη δυναμική αυτο-έλεγχο της γονιδιακής έκφρασης του γονιδιώματος-ευρεία. Το σύνολο έκφραση του mRNA ταξινομήθηκε σε περίπου εκατό ομάδες ανάλογα με την μέση τετραγωνική ρίζα της διακύμανσης (

rmsf

). Αυτές οι ομάδες έκφραση έδειξε χαρακτηριστικές χρονικά εξαρτώμενη συσχετίσεις, υποδεικνύοντας την ύπαρξη συλλογικών συμπεριφορών στο σύνολο των γονιδίων σε σχέση με την έκφραση mRNA και επίσης να χρονικές μεταβολές στην έκφραση. Όλα-ή-κανένα αποκρίσεις παρατηρήθηκαν για HRG και EGF (διφασική στατιστικά στοιχεία) σε περίπου 10-20 λεπτά. Η εμφάνιση του χρόνου που εξαρτώνται από τις συλλογικές συμπεριφορές έκφρασης συνέβη μέσω διακλάδωσης ενός κράτους συνεκτική έκφραση (CES). Στο σύνολο της έκφρασης του mRNA, η αυτο-οργανωμένη διεργασίας αποκαλύπτει ιδιαίτερο χαρακτηριστικό τομείς έκφρασης για διφασική στατιστικά στοιχεία, τα οποία παρουσιάζει κυρίως την παρουσία της κρισιμότητας στο προφίλ έκφρασης ως οδός για τη γονιδιωματική μετάβασης. Σε χρονοεξαρτώμενες μεταβολές στα πεδία έκφρασης, η δυναμική της CES αποκαλύπτει ότι η χρονική εξέλιξη των χαρακτηριστικών περιοχών χαρακτηρίζεται ως αυτόνομη δισταθής διακόπτης, το οποίο παρουσιάζει δυναμική κρισιμότητας (η χρονική εξέλιξη της κρισιμότητας) στο συνεκτικό δυναμική έκφραση γονιδιώματος κλίμακα. Αναμένεται ότι διαλεύκανση της βιοφυσικών προέλευσης για μια τέτοια κρίσιμη συμπεριφορά ρίχνει φως στον υποκείμενο μηχανισμό για τον έλεγχο ολόκληρου του γονιδιώματος

Παράθεση:. Tsuchiya Μ, Hashimoto Μ, Takenaka Υ, Motoike IN, Yoshikawa K (2014 ) Παγκόσμια Γενετική απόκρισης σε ένα καρκινικό κύτταρο: αυτο-οργανωμένη Dynamics συνεκτική έκφραση. PLoS ONE 9 (5): e97411. doi: 10.1371 /journal.pone.0097411

Επιμέλεια: Dante R. Chialvo, Εθνικό Επιστημονικό και Τεχνικό Συμβούλιο Έρευνας (CONICET), Αργεντινή

Ελήφθη: 27η Ιανουαρίου του 2014? Αποδεκτές: 18 του Απρίλη του 2014? Δημοσιεύθηκε: May 15, 2014

Copyright: © 2014 Tsuchiya et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η μελέτη χρηματοδοτήθηκε από Tsuruoka Πόλη, την νομαρχιακή Αυτοδιοίκηση Yamagata, και το πρόγραμμα GCOE του Πανεπιστημίου Keio, και υποστηρίζεται εν μέρει από επιχορηγήσεις-in-Aid, KAKENHI (αρ. 23240044 και 25103012). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, η συλλογή και ανάλυση δεδομένων, την απόφαση να δημοσιεύσει

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Masa Tsuchiya είναι μια Συντακτική μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου PLoS ONE. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων να PLoS ONE Editorial πολιτικές και κριτήρια.

Εισαγωγή

Μία από τις θεμελιώδεις προκλήσεις στον τομέα της επιστήμης της ζωής είναι να παρουσιάσει το βασικό μηχανισμό που κρύβεται πίσω από το πώς το γονιδίωμα ρυθμίζει το δραστηριότητα των δεκάδων χιλιάδων γονιδίων κατά τρόπο αυτόνομο. Η πρόσφατη αξιοσημείωτη επιτυχία με τα κύτταρα iPS από την έκτοπη έκφραση των βασικών μεταγραφικών παραγόντων [1] έχει ανοίξει την πόρτα, όχι μόνο για πιθανή χειραγώγηση της κυτταρικής τύχης σε οποιοδήποτε κράτος κύτταρο μέσω σωματικών γονιδίωμα επαναπρογραμματισμού, αλλά και για την κατανόηση της γενετικής μηχανισμό της ανάπτυξης και της νόσος in vitro. Το ευκαρυωτικό γονιδίωμα (επιγονιδιώματος) ορίζει μια κατάσταση κελί με τον καθορισμό δυναμικά ποια γονίδια ενεργοποιούνται ή συνελήφθησαν? η κυτταρική διαδικασία οργανώνει τη εξαιρετικά πολύπλοκη μοριακή δομή σε γιγαντιαία μόρια DNA με τη συνεργασία των πυρηνικών πρωτεϊνών συνοδεύεται από δυναμικές επιγενετικές τροποποιήσεις [2]. Ωστόσο, το παρόν κατανόησή μας θεμελιώδη ερωτήματα, όπως το πώς να το γονιδίωμα, το οποίο είναι ένα εξαιρετικά πολύπλοκο μοριακό σύστημα, αυτο-ρύθμιση του γονιδιώματος-ευρεία γενετική δραστηριότητα και ποια είναι η κατευθυντήρια αρχή με την οποία το γονιδίωμα οδηγεί διαφοροποίηση των κυττάρων και επαναπρογραμματισμό, εξακολουθεί να είναι στα σπάργανα.

Όσον αφορά τον έλεγχο της γονιδιακής ρύθμισης, έχει αναφερθεί ότι πολλές εκατοντάδες ή χιλιάδες γονίδια σε μια κυτταρική καλλιέργεια ζύμης είναι πάνω ρυθμισμένα μέσα σε λίγα λεπτά σε ένα ταχύ και γονιδιώματος σε επίπεδο μεταγραφική απόκριση [3], [4]? σε εμβρυϊκά βλαστικά κύτταρα θηλαστικών, ορισμένοι βασικοί παράγοντες μεταγραφής (Oct4, Sox2, και Nanog) συντονίζει την έκφραση χιλιάδων γονιδίων με επιγενετικές τροποποιήσεις συνοδεύονται από επιγενετικές μόρια όπως ρυθμιστές της χρωματίνης [5].

Όταν θα ελέγχει η δυναμική των βιοχημικών αντιδράσεων που σχετίζονται με την έκφραση του γονιδίου, την έκφραση κάθε γονιδίου σε ένα πληθυσμό κυττάρων (π.χ., MCF-7 ανθρώπινα καρκινικά κύτταρα σε αυτή την έκθεση) φέρει στοχαστικών θόρυβος που απορρέουν από ενδο- (εσωτερικό) και δια-κυτταρικά (εξωγενής) διεργασίες [6] – [12]. Αυτή η στοχαστικότητα έχει εποικοδομητική (συσχετίζονται) και καταστροφικές συνέπειες (ασυσχέτιστες) στις βιολογικές διεργασίες, συμπεριλαμβανομένης της ρύθμισης της γονιδιακής έκφρασης. Υπάρχουν δύο βασικές δυσκολίες να κατανοήσει την ισχυρή on /off έλεγχο της γονιδιακής έκφρασης σε ένα κύτταρο: θόρυβος σε στοχαστική έκφραση και θορύβου λόγω της ετερογένειας των κυτταρικών τύπων (κυττάρου-προς-κύτταρο μεταβλητότητα) στον πληθυσμό

η παρουσία του θορύβου στοχαστικών (λόγω της εγγενούς επίδραση ενός χαμηλού αριθμού αντιγράφων των mRNA ενός γονιδίου ανά κύτταρο) υποδηλώνει επιφέρει αστάθεια σε αφθονία του γενετικού προϊόντος, εάν το σύστημα βασίζεται αποκλειστικά σε έναν πολύ μεγάλο αριθμό ειδικών κλειδιού-κλειδαριάς αλληλεπιδράσεις (δηλαδή, αν δεν περιλαμβάνεται το μοριακό περιβάλλον) [13]. Εκτός από την θορυβώδη χαμηλή επίδραση αριθμού αντιγράφων, μπορεί να μην υπάρχει αρκετός στατιστική αριθμός των μορίων εντός του μικρού χώρου του πυρήνα του κυττάρου: την κατανομή του θεώρημα κεντρικού ορίου κατά τη δέσμευση ισορροπία μεταξύ κλειδιού και κλειδαριάς μορίων [14] μπορεί να αυξήσει τη στοχαστική (καταστρεπτική) αποτέλεσμα που οφείλεται στην τυχαία σύγκρουση μεταξύ αντιδρώντων (π.χ., πολυμεράση RNA και DNA) για τη δυναμική της γονιδιακής έκφρασης. Αυτές οι εγγενείς επιδράσεις θα πρέπει να προκαλέσει την κατάρρευση της συλλογικής σύνολο συμπεριφορά της γονιδιακής έκφρασης.

Η εξωγενής επίδραση της αλληλεπίδρασης κυττάρου-προς-κύτταρο μπορεί να δημιουργήσει μη-γενετική ετερογένεια (κυττάρου-προς-κύτταρο μεταβλητότητα που παράγεται από το ίδιο σύνολο γονιδίων) [15], [16]. Διαφορετικές διαδικασίες σε διαφορετικούς τύπους κυττάρων στον πληθυσμό θα μπορούσε να προκαλέσει περαιτέρω αστάθεια στην εύρωστη έλεγχο της έκφρασης ενός μεγάλου αριθμού γονιδίων στο κύτταρο. Σε αντίθεση, μια άλλη έκθεση προτείνει ότι από κύτταρο σε κύτταρο μεταβλητότητα είναι σε μεγάλο βαθμό το αποτέλεσμα των ντετερμινιστική ρυθμιστικές διαδικασίες, αντί στοχαστικότητα στο επίπεδο ενός κυττάρου [17]. Μια πρόσφατη θεωρητική μελέτη έδειξε ότι εξωγενή θόρυβο παίζει σημαντικό ρόλο στην ετερογένεια μέσα σε έναν πληθυσμό κυττάρων μέσω μεταγωγής φαινότυπο στη ρύθμιση της γονιδιακής έκφρασης [12]. Θα χρειαστεί περαιτέρω έρευνα για τη διαλεύκανση της βασικής αιτίας της ετερογένειας σε έναν κυτταρικό πληθυσμό.

Μέχρι πρόσφατα, η πιο ευρέως αποδεκτή μηχανισμός για την αυτο-ρύθμιση της γονιδιακής έκφρασης έχει μια γενετική δίκτυο αποτελείται από ένα μεγάλο αριθμό των ειδικών αλληλεπιδράσεων, δηλαδή, το κλειδί-κλειδαριά πολύπλοκες μοριακές αλληλεπιδράσεις? γονιδιακή έκφραση είναι μια δυναμική διαδικασία ξετύλιγμα του DNA από τα μόρια ιστόνης και εκθέτοντας μια συγκεκριμένη περιοχή του DNA διπλής έλικας για να παράγει mRNA από πληροφορία αλληλουχίας DNA για ένα ορισμένο γονίδιο να πραγματοποιήσει μια συγκεκριμένη κυτταρική διαδικασία. Η απίστευτα πολύπλοκο κυψελοειδές σύστημα που προκύπτει από τη δυναμική κλειδί-κλειδαριά μοριακές αλληλεπιδράσεις με ενδογενείς και εξωγενείς περιβάλλοντα στοχαστική θέτει ένα θεμελιώδες ερώτημα, παρά την υποκείμενη στοχαστική φύση και ετερογενές περιβάλλον: Πώς μπορεί ένα κελί με ένα μικρό, συμπαγές πυρήνα παρέχουν ισχυρή έλεγχο των συντονισμένων γονιδιώματος σε επίπεδο γονιδιακής έκφρασης [13];

για να αντιμετωπίσουμε αυτό το θεμελιώδες ερώτημα, που μπορεί να επιθυμούν να δώσουν προσοχή στην «θόρυβο» της γονιδιακής έκφρασης στα δεδομένα του γονιδιώματος σε επίπεδο μέσα από την ποσοτική αξιολόγηση της στοχαστικής διακύμανσης να ρίξει φως σχετικά με το κρυφό μηχανισμό του γονιδιώματος σε επίπεδο παγκόσμιας αυτορρύθμισης. Ερευνήσαμε το σύνολο δραστηριότητα μεταγραφικό λαμβάνοντας υπόψη το σύνολο των γονιδίων, δηλαδή, η έκφραση όλων των γονιδίων που λαμβάνονται από τα δεδομένα μικροσυστοιχιών, και ταξινομούνται όλα mRNA έκφραση (συνήθως της τάξης των δεκάδων χιλιάδων) ανάλογα με το βαθμό της αλλαγής στην χρονική έκφραση από μια βασική γραμμή, και σχηματίζονται ομάδες της έκφρασης mRNA (βλέπε Μέθοδοι). Μέσω αυτής της ομάδας της γονιδιακής έκφρασης σε διαφορετικές βιολογικές διαδικασίες, έχουμε ακάλυπτο αναδυόμενη μη γραμμικής συσχετίσεις (π.χ., Σχήμα 1) [18] – [20]: δηλαδή, η παγκόσμια μη γραμμική συσχέτιση μεταξύ σύνολο (ομάδα) οι μέσοι όροι των χρονικών μεταβολών στην έκφραση και την έκφραση του mRNA με την αύξηση του

n

(βλέπε λεπτομέρειες στο S1 αρχείου). Αυτές οι παγκόσμιες συσχετίσεις δείχνουν την παρουσία του μέσου όρου (μέσος όρος πεδίου) συμπεριφορά σε μεγάλες και στοχαστική γενετική δραστηριότητα ως συλλογική συμπεριφορά κρύβεται γονιδίωμα-κλίμακας. Είναι γνωστό ότι η ύπαρξη του μέσου συμπεριφορά πεδίο υποδηλώνει την παρουσία ενός διέπουν αρχής σε φυσική πολλών σωμάτων (π.χ., μοριακή) συστήματα? ως εκ τούτου, η γενετική μέση συμπεριφορές πεδίου υποδηλώνουν την ύπαρξη των βασικών αρχών που είναι «ανιχνεύονται» από το γονιδίωμα στο σύνολό της με την επακόλουθη εμφάνιση των συλλογικών τρόπων που περιλαμβάνουν τη συντονισμένη δραστηριότητα χιλιάδων γονιδίων [Tsuchiya Μ, Hashimoto Μ, Tomita Μ, Yoshikawa Κ, Giuliani Α, «Συλλογική Genome-Wide λειτουργίες έκφραση: Σημαντικές ρόλο των γονιδίων Low-Διακύμανση»., αδημοσίευτα]

Η μετάβαση από διάσπαρτα έκφρασης (πρώτη σειρά?

Ν

= 22035) σε χρόνο-εξαρτώμενη συσχέτιση (δεύτερη σειρά) εμφανίζεται ως τη συλλογική συμπεριφορά των ομάδων σύνολο: ϋΕΑΒ Α) την έκφραση (συμβολικά εκπροσωπείται από

ln

(

ε

(

t

))? ονομάζεται απλά «η έκφραση») και β) η αλλαγή της έκφρασης (

ln

(

ε

(

t

i

) /

ε

(

t

i

-1))). Η εικόνα δείχνει διφασική γονιδιωματικής απαντήσεις (διφασική στατιστικές) για HRG και EGF? οικόπεδα του ενιαίου mRNA (

n

= 1? πρώτη σειρά) και μια ομάδα γονιδίων (

n

= 200? δεύτερη σειρά) για Α) η έκφραση σε

t

= 10 λεπτά (μαύρη κουκκίδα), 15 λεπτά (μπλε), και 20 λεπτά (κόκκινο), και Β) η αλλαγή έκφρασης από

t

i

-1 = 10 λεπτά για να

t

i

= 15 λεπτά (μπλε κύκλος) και από το

t

i

-1 = 15 λεπτά για να

t

i

= 20 λεπτά (κόκκινο), αντανακλά OFF-ON μετάβαση κατάντη προς τα πάνω ρύθμιση). Αγκύλες γύρω από

x,

, αντανακλούν το απλό αριθμητικό μέσο όρο των

x

σε μια ομάδα (

n

= 200).

Η

Η αναδυόμενη εικόνα της γονιδιακής ρύθμισης έκφρασης μπορεί να εξηγηθεί με όρους ενός πολύ ολοκληρωμένο σύστημα δυναμικών σε ένα χώρο πολυδιάστατη φάση εκτείνεται από τα επίπεδα έκφρασης της το σύνολο των γονιδίων. Αξίζει να σημειωθεί ότι, ακόμη και είδη mRNA με πολύ χαμηλές εντάσεις σήματος επιτρέπει την παγκόσμια ανοικοδόμηση της δυναμικής κυτταρικού πληθυσμού, όπως στην περίπτωση των αιμοποιητικών διαφοροποίηση των βλαστικών κυττάρων [21], η οποία είναι συνεπής με την εικόνα που προκύπτει από την ανάλυση του συνόλου μεταγραφικό, η οποία έντονα υποδηλώνει την παρουσία του ένα σύνολο περιορισμών που επιτρέπουν το γονιδίωμα να δρα ως ένα ιδιαίτερα συνεκτικό /σύστημα συνεργατική ( «γονιδίωμα πεδίο» [22]). Ένα παρόμοιο προφίλ που μοιάζει με το συσχετισμό αναδυόμενη μη γραμμική συνοδεύεται από διακύμανση μπορεί να συμβεί για την κατανομή της έκφρασης και μόνο γονίδιο για κύτταρα σε καλλιέργεια όταν η εσωτερική (ασυσχέτιστες) θόρυβος γίνεται χαμηλή [6].

Στην έκθεση αυτή, θα ανέλυσε τη δυναμική ολόκληρο το γονιδίωμα έκφρασης (22.035 ανιχνευτών και 18 χρονικά σημεία? Μέθοδοι) που συνοδεύεται MCF-7 (ανθρώπινο καρκίνο του μαστού) πολλαπλασιασμό και την διαφοροποίηση των κυττάρων μέσω της ενεργοποίησης του υποδοχέα ErbB με επιδερμικού αυξητικού παράγοντα (EGF) και ερεγουλίνη (HRG), αντίστοιχα . HRG επάγει κυτταρική διαφοροποίηση με διατήρηση εξωκυτταρικό σήμα ρυθμίζεται κινάσης (ERK) δραστηριότητα οδηγεί σε σημαντική φωσφορυλιωμένο παράγοντα μεταγραφής, η ενεργοποίηση c-Fos, ενώ EGF διεγείρει τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων μέσω επαγωγής παροδική δραστικότητα ERK με αμελητέα επαγωγή c-Fos [23]. Μια διφασική απόκριση σηματοδότησης σε σχέση με Erb δυναμική σηματοδότηση υποδοχέα με διαφορές στο επίπεδο c-Fos διαλευκάνθηκε [23] – [25]

Για να καταλάβουμε αν υπάρχουν διακριτές γενωμική αποκρίσεις σε σχέση με τη διφασική απόκριση σηματοδότησης. , πραγματοποιήσαμε μια ολοκληρωμένη ανάλυση του συνόλου γονιδιωματικής απόκρισης για την ενεργοποίηση συνδέτη τόσο HRG και EGF στον υποδοχέα ErbB των MCF-7 κύτταρα καρκίνου του μαστού με την ομαδοποίηση γονιδίων με βάση το χρόνο που εξαρτώνται από αλλαγές στην έκφραση. Να διευκρινίσει πώς η παγκόσμια γενετική απαντήσεις αναδύονται και περαιτέρω να αποκρυπτογραφήσει τι είναι μια βασική αρχή για τη δυναμική αυτο-έλεγχο της γονιδιακής έκφρασης του γονιδιώματος-ευρεία, εστιάσαμε στην εξαρτώμενη από τον χρόνο της παγκόσμιας γενετικής απαντήσεις για τα πρώτα 30 λεπτά μετά την ενεργοποίηση συνδέτη, το οποίο δείχνει τη διφασική γονιδιωματική απαντήσεις (διφασική στατιστικές) EGF και HRG.

στις ενότητες που ακολουθούν, έχουμε αποδείξει ότι το βασικό σενάριο για τη δυναμική έκφραση αυτο-οργανώνονται μέσω διακλάδωσης του συνόλου των συνεκτική έκφραση αποκαλύπτει πώς η έκφραση του γονιδιώματος-ευρεία συντονίζεται με διαφορετικό τρόπο (όλα-ή-κανένα) στον πολλαπλασιασμό των κυττάρων (EGF) και διαφοροποίησης (HRG). Το πιο σημαντικό, έχουμε αντιμετωπίσει την παρουσία της κρισιμότητας ως οδός για τη γονιδιωματική μετάβασης και δυναμικά την αλλαγή του (δυναμική κρισιμότητα) σε συλλογικές συμπεριφορές της έκφρασης του mRNA, που μας δίνουν μια σκέψη-προκαλώντας διορατικότητα να καταλάβουν πώς ένα κύτταρο του πληθυσμού μπορεί να διεξάγει την ισχυρή δυναμική έλεγχος της έκφρασης γονιδίου συντονισμένη γονιδίωμα κλίμακα για ένα μικρό χρονικό διάστημα, ακόμη και μέσα στο μικρό, συσκευασμένο πυρηνική χώρο. Τέλος, θα συζητήσουμε μια πιθανή βιοφυσική προέλευση της κρισιμότητας από τη μετάβαση σύμμορφων του γονιδιακού DNA που ελέγχει μεταγραφική δραστηριότητα μέσω μιας διαρθρωτικής μετάβασης [26], [27].

Αποτελέσματα

Παγκόσμια Γενετική Response Led από την Ομάδα Δυναμική γονίδια: Δυναμική Αναδυόμενες μέσου όρου συμπεριφορές (DEABs)

Ερευνήσαμε δραστηριότητα ολόκληρο το μεταγραφικό στο MCF-7 καρκινικά κύτταρα διεγείρεται από HRG-beta και του ΕΤΠ σε 18 χρονικά σημεία (

t =

0, 10, 15, 20, 30, 45, 60, 90 [min], 2, 3, 4, 6, 8, 12, 24, 36, 48,

t

t = 72

[h]), και θεωρείται η έκφραση όλων των ανιχνευτών (

Ν

= 22035? Gene Expression Omnibus ID βάση δεδομένων: GSE13009? βλέπε Μέθοδοι) που αποδίδεται σε κάθε γονίδιο ή ανοιχτό πλαίσιο ανάγνωσης (ORF) σε δεδομένα μικροσυστοιχιών? που ονομάζουμε «mRNA έκφραση» τέτοιων ανιχνευτών, η οποία περιλαμβάνει την έκφραση των γονιδίων, καθώς και την έκφραση των παραλλαγών του mRNA. Δύο συνδετήρες, EGF και HRG, ενεργοποιούν ErbB οικογένεια υποδοχέων για να παράγει διακριτά τύχες κυττάρου (διαφοροποίηση των κυττάρων και τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων, αντίστοιχα) προκαλώντας διαφορετικές διάρκειες σήματος η οποία οδηγεί στο συνδετήρα-ειδικό διφασική παραγωγή πρωτεϊνών c-Fos μετά από 20 λεπτά. EGF προκαλεί παροδική ενεργοποίηση της ERK, ενώ η HRG προκαλεί παρατεταμένη ενεργοποίηση της ERK, προκαλώντας όλα-ή-κανένα (δηλαδή, όλα για HRG και καμία για το ΕΤΠ) απαντήσεις του φωσφορυλιωμένου μεταγραφικού παράγοντα c-Fos [23], [25].

για να διευκρινιστεί κατά πόσον αυτές οι δύο υποκαταστάτες μπορεί να προκαλέσει διακριτή γονιδιωματική δραστηριότητες με την καλύτερη κατανόηση της δυναμικής έκφρασης μεταγραφικό, θα ομαδοποιούνται έκφραση του mRNA σύμφωνα με την τυπική απόκλιση του χρόνου που εξαρτάται από διακυμάνσεις στην έκφραση (

μέση τετραγωνική ρίζα της διακύμανσης

:

rmsf

) για όλους τους ανιχνευτές, χωρίς φιλτράρισμα των αρχικών δεδομένων (βλέπε Μέθοδοι). Καθώς το μέγεθος της ομάδας (

n

= 1, 100, 200, 300) αυξήθηκε, ένα μη γραμμικό συσχέτιση προέκυψε από σκεδαζόμενο σημεία στο χρόνο

t

, όπου η διακύμανση των ομάδων από αυτές τις συσχετίσεις ασυμπτωτική μειώνεται όπως το μέγεθος του ομίλου

ν

αυξηθεί [19]. Δυναμική αναδυόμενη μέσου όρου (συλλογικό) συμπεριφορές (DEABs) έχουν παρατηρήσει στο προφίλ του

rmsf

κατά λογάριθμο της έκφρασης mRNA, , χαρακτηρίζει το μέσο σύνολο /ομάδα, και

ε

(

t

i

) αντικατοπτρίζει την έκφραση του mRNA σε χρόνο

t

i

(

i =

0,1,., 17). Στο εξής, αναφερόμαστε προς το λογάριθμο της έκφρασης του mRNA και τη χρονική μεταβολή του λογαρίθμου της έκφρασης mRNA ως

η

έκφρασης και

η αλλαγή έκφραση

, αντίστοιχα.

ϋΕΑΒ της έκφρασης

στο χρόνο

t

(Σχήμα 1Α) απεκάλυψε μία μη γραμμική συσχέτιση μεταξύ των ομάδων βασίζονται στις μέσες τιμές της έκφρασης και

rmsf

σε ένα σταθερό χρονικό σημείο. Όταν συγκρίνουμε ϋΕΑΒ της έκφρασης μεταξύ διαφορετικών χρονικών σημείων, συντονισμένη κίνηση του συνόλου της έκφρασης του mRNA αναδύεται ανάλογα με το βαθμό (δηλαδή, τυπική απόκλιση) της χρονικής διακύμανσης της έκφρασης του mRNA (δηλαδή,

rmsf

). Στο Σχήμα 1Α, DEABs της έκφρασης σε τρία χρονικά σημεία (10, 15, και 20 λεπτά), δείχνουν μια σαφή διαφορά μεταξύ EGF και HRG: για την επαγωγή EGF, επικαλύπτονται, χωρίς εμφανή αλλαγή, ενώ για την επαγωγή HRG, σε ορισμένες ομάδες (& lt?

rmsf

& gt? & gt? 0,42) ξεχωριστές πίστες παρατηρήθηκαν σε τρία χρονικά σημεία, και μια ιδιαίτερα απότομη αλλαγή από αρνητική σε θετική κλίση παρατηρήθηκε μεταξύ 15 λεπτά και 20 λεπτά, ενώ δεν υπήρξαν αλλαγές στις άλλες ομάδες (& lt?

rmsf

& gt? & lt? 0,42). Έτσι, στην ϋΕΑΒ της έκφρασης, φαίνεται να είναι δυναμική και στατική σύνολα της έκφρασης mRNA εκεί? ένας πιο αυστηρός ορισμός σύνολα έκφρασης δίνεται στην επόμενη ενότητα.

Από την άλλη πλευρά,

ϋΕΑΒ της αλλαγής έκφρασης

παρουσιάζει μια σημαντική αλλαγή με το χρόνο μεταξύ των διαφόρων χρονικών σημείων (Σχήμα 1Β) , αναφέροντας ποιες ομάδες είναι πάνω ή προς τα κάτω-ρυθμίζονται με συντονισμένο τρόπο. Όπως φαίνεται στο Σχήμα 1Β, μια απόκριση όλα-ή-κανένα παρατηρείται επίσης στην ρύθμιση της έκφρασης του mRNA? στην απάντηση του ΕΤΠ, DEABs είναι σχεδόν ισορροπημένη (δηλαδή, σχεδόν μηδενική μέση μεταβολή στην έκφραση), ενώ στην απάντηση HRG, για & lt?

rmsf

& gt? & Gt? 0,42, η αντίστοιχη ϋΕΑΒ παρουσιάζει μια σημαντική αλλαγή από την ρύθμιση προς τα κάτω (10-15 λεπτά) για την ρύθμιση προς τα πάνω (15-20 λεπτά). Αντίθετα, ϋΕΑΒ για & lt?

rmsf

& gt? & Lt? 0,42 αλλάξει από σχεδόν ισορροπημένη ή ρύθμιση προς τα πάνω προς τα κάτω ρύθμιση. Έτσι, στην απόκριση HRG, οι δυναμικές αλλαγές σε DEABs τόσο της έκφρασης (Σχήμα 1Α) και η αλλαγή έκφρασης (Σχήμα 1Β) ήταν συνεπείς για & lt?

rmsf

& gt? & Gt? 0,42, ενώ οι αλλαγές σε αντίθετες κατευθύνσεις παρατηρήθηκαν για & lt?

rmsf

& gt? & Lt? 0,42. Αυτές οι χρονικές μεταβολές στις ϋΕΑΒ της έκφρασης και την αλλαγή της έκφρασης θα πρέπει να αντιμετωπιστούν ως αυτόνομες συνεκτική δυναμική έκφραση.

Στη συνέχεια, ερευνήσαμε οι κατανομές συχνότητας της έκφρασης mRNA σύμφωνα με ϋΕΑΒ να κατανοήσουν τις βιοφυσικές φαινόμενα που διέπουν τη δυναμική έκφραση του γονιδίου . Προφίλ που περιλαμβάνουν χιλιάδες mRNAs μπορούν να παρέχουν πληροφορίες σχετικά με τις βιοφυσικές νόμους που διέπουν τη δυναμική έκφραση του mRNA, όπως είναι η κατανομή Gauss για Μπράουν δυναμική και τη συμπεριφορά δύναμη-νόμου για την αλληλεπίδραση χωρίς κλίμακα. Επιπλέον, οι αλλαγές στο προφίλ, π.χ., μια αλλαγή από μονοτροπικές να δικόρυφη, θα μπορούσε να αποκαλύψει ορισμένα κρίσιμα φαινόμενα [28] – [30].

Στο Σχήμα 2, τα ιστογράμματα συχνότητας της έκφρασης (15-20 λεπτά) αλλαγή από μια μονότροπη (

rmsf

& gt? 0,42) με κατανομή κατά δύο τρόπους (

rmsf

& lt? 0,42), τόσο για τις ομάδες σύνολο EGF και HRG. Είναι ενδιαφέρον ότι, στην απάντηση HRG, οι κατανομές συχνότητας για

rmsf

& gt? 0,42 μεταξύ 15 min και 20 min δεν αλληλεπικαλύπτονται? το προφίλ παραμορφώνεται με μια μετατόπιση στην κορυφή από

ln

(

ε

(15 λεπτά)) = 1,8 έως

ln

(

ε

( 20 min)) = 2, το οποίο ονομάζεται

μονότροπη

βάρδια. Σε αντίθετη περίπτωση, οι κατανομές συχνότητας σε 15 λεπτά και 20 λεπτά σχεδόν επικαλύπτουν το ένα το άλλο.

Τα προφίλ της κατανομής συχνότητας της έκφρασης (

ln

(

ε

(

t

))) από 15 λεπτά έως 20 λεπτά την αλλαγή από μονότροπη να δικόρυφη για Α) έκφραση υψηλής διακύμανσης (η μέση τετραγωνική ρίζα διακύμανση,

rmsf

& gt? 0,42) και Β) με χαμηλή διακύμανση έκφρασης (

rmsf

& lt? 0,42). Πρώτη σειρά: η απάντηση HRG για

rmsf

& gt? 0.42 παρουσιάζει μια κορυφή μετατόπιση των μονότροπη προφίλ από

t =

15 λεπτά (μπλε ιστόγραμμα) στο

t

= 20 min (κόκκινο) με μια αλλαγή στη χαμηλότερη σε υψηλότερη τιμή της έκφρασης, ενώ η διωνυμική κατανομή συχνοτήτων μεταξύ 15 λεπτών (μπλε πολυγωνική γραμμή) και 20 λεπτά (κόκκινο ιστόγραμμα) σχεδόν τέλεια επικαλύπτουν το ένα το άλλο για

rmsf

& lt ? 0,42. Δεύτερη σειρά: η απάντηση ΕΤΠ παρουσιάζει σχεδόν την τέλεια επικάλυψη του προφίλ τόσο για μονότροπη (

rmsf

& gt? 0,42) και δικόρυφη (

rmsf

& lt? 0,42) διανομές, γεγονός που υποδηλώνει ότι δεν υπάρχει χρονική απόκριση του μέσου όρου, συνεπής με ϋΕΑΒ της έκφρασης για την ανταπόκριση EGF (Σχήμα 1Α). Για όλα τα ιστογράμματα σε αυτήν την έκθεση, το μέγεθος του κάδου έχει οριστεί σε 0,05.

Η

DEABs έδειξε γονιδίωμα-ευρεία δυναμική συσχετίσεις τόσο για την έκφραση και την αλλαγή της έκφρασης. Τα αποτελέσματα της ανάλυσης ολόκληρης της μεταγραφικό υποδηλώνουν την παρουσία του ένα σύνολο περιορισμών που επιτρέπουν το γονιδίωμα να δρα ως ένα συνεκτικό /συντονισμένο σύστημα. Θα εξετάσουμε τώρα την βιοφυσικές σημασία της δυναμικής κίνησης του DEABs της έκφρασης, που συνοδεύεται από μια αλλαγή από μια μονότροπη σε μια δικόρυφη κατανομή συχνότητας

Διχοτόμηση του συνεκτική έκφραση μελών στον ϋΕΑΒ της Εκδήλωσης:. Χαρακτηριστική έκφραση domains αποκάλυψε

για να καταλάβουμε πώς αναδύεται μια παγκόσμια αντίδραση και στη συνέχεια να αποσαφηνιστεί η βασική του αρχή, πρέπει να κατανοήσουμε πώς η έκφραση του γονιδίου είναι αυτο-οργανώνονται σε κλίμακα γονιδιώματος-ευρεία. Χρησιμοποιήσαμε ανάλυση πυκνότητα για να απεικονίσει τη δυναμική της επέκτασης ή υποβιβασμού ρύθμιση μεταξύ των διαφορετικών χρονικών σημείων. Μια ανάλυση πυκνότητα της ομαδοποίησης των θορυβωδών προφίλ γονιδιακής έκφρασης έχει δειχθεί ότι είναι ισχυρή [31]. Εφαρμόσαμε μια Gaussian πυρήνα ως ανάλυση πυκνότητας με τον χώρο που καλύπτεται από την έκφραση έναντι της μεταβολής της έκφρασης ( «ρυθμιστικό χώρο»). Επειδή παρατηρήθηκε η πιο δραματική ανταπόκριση μεταξύ 15 λεπτά και 20 λεπτά, σε αυτή την ενότητα θα επικεντρωθεί στην ανάλυση της δυναμικής της έκφρασης mRNA σε DEABs της έκφρασης 15-20 λεπτά.

Με δεδομένη μια τιμή έκφραση σε χρόνο

t

(

t

= 15 λεπτά ή 20 λεπτά), το ρυθμιστικό χώρο δείχνει αν η έκφραση του mRNA σε χρόνο

t

ρυθμίζεται προς τα πάνω, προς τα κάτω-ρυθμίζονται, ή ισορροπημένα κατά τη διάρκεια της αυτήν τη περίοδο. Είναι ενδιαφέρον ότι, αν αξιολογηθεί η συνάρτηση πυκνότητας πιθανότητας (PDF) για την κανονιστική χώρο και να λάβει την πυκνότητα πιθανότητας για το z-άξονα, η ψευδο-3-διαστάσεων-διάγραμμα δείχνει λόφο που μοιάζει με λειτουργίες για να αποκαλύψει το τοπίο πυκνότητας ( «γενετική τοπίου» ) της δυναμικής έκφρασης (Σχήμα 3). Στην απάντηση HRG, υπάρχουν δύο λόφο που μοιάζει με λειτουργίες σε κάθε χρονικό σημείο? αν υπερέχουν των γενετικών τοπία μεταξύ 15 λεπτά και 20 λεπτά, βλέπουμε τρεις ανεξάρτητες λειτουργίες λόφο-όπως για

rmsf

& gt? 0,42 (

n

= 3269 mRNAs): δύο διαφορετικές λόφο που μοιάζει με λειτουργίες για κάθε χρονικό σημείο και ένα που προκύπτει από την επικάλυψη των δύο λειτουργιών χρονικά (σχεδόν) αναλλοίωτη λόφο-όπως. Αντίθετα, στην απάντηση του ΕΤΠ (

rmsf

& gt? 0,42?

n

= 1482), μια ενιαία λειτουργία λόφο-όπως δεν παρουσιάζουν εμφανή χρονική μεταβολή. Έτσι, πάνω ή προς τα κάτω-ρυθμίζονται εκφράσεις mRNA σχηματίζουν πάνω ή προς τα κάτω-ρυθμίζονται λόφους στο τοπίο και οι δυναμικές αλλαγές τους αντανακλούν τη συνεπή συμπεριφορά της έκφρασης χιλιάδων mRNAs? μια λειτουργία λόφο που μοιάζει με τη γενετική του τοπίου θεωρείται ως ένα συνεκτικό κράτος έκφρασης (CES). Για την περαιτέρω επιβεβαίωση της ύπαρξης της CES, αναλύσαμε τη δυναμική κίνηση της διεργασίας (η επόμενη ενότητα)

Οικόπεδα της έκφρασης μόνο mRNA για

rmsf

& gt? 0,42 (μπλε κουκίδα:. 15 λεπτά και red dot: 20 λεπτά) είναι επάνω στον αριστερό πίνακα (πρώτη σειρά: 3269 εκφράσεις για HRG? δεύτερη σειρά: 1482 για το ΕΤΠ). Στο δεξιό πίνακα, η συνάρτηση πυκνότητας πιθανότητας (PDF) χρησιμοποιώντας ένα Gaussian kernel από το Mathematica 9 (προεπιλεγμένη ρύθμιση) για κάθε σημείο (αριστερό πάνελ) αποκαλύπτει λόφο που μοιάζει με λειτουργίες σε ψευδο-3-διάστατο χώρο (γενετική τοπίου? Z-άξονα: πυκνότητας πιθανότητας). Υπέρθεση των γενετικών τοπίων μεταξύ

t

i-

1 = 15 λεπτά και

t

i

= 20 λεπτά – πρώτη σειρά: η απάντηση HRG έχει τρεις διεργασίας ? δύο ανεξάρτητους CESS συν ένα CES που προκύπτει από την επικάλυψη του CESS μεταξύ 15 λεπτών (πιο σκούρο χρώμα) και 20 λεπτά (ανοιχτό χρώμα) γύρω από ένα μηδενικό μεταβολή στην έκφραση κατά τον άξονα γ? δεύτερη σειρά: η απάντηση EGF έχει ένα ενιαίο CES ως επικάλυψη των δύο διεργασίας γύρω από μια μηδενική μεταβολή στην έκφραση. Ο μύθος δείχνει έναν αναπτήρα (πιο σκούρο) μπαρ χρώμα σε 20 λεπτά (σε 15 λεπτά) για το PDF.

Η

Ερευνήσαμε το σχηματισμό ενός CES στο ϋΕΑΒ της έκφρασης όσον αφορά την σταδιακή αλλαγή σε ένα τμήμα με ένα συγκεκριμένο εύρος

rmsf

(

ν

& lt?

rmsf

& lt?

ν

+

r

), όπου το εύρος

r

έχει οριστεί σε 0,4 έτσι ώστε να περιλαμβάνει την έκφραση χιλιάδων mRNA, και

ν

είναι μια μεταβλητή

rmsf

. Στο Σχήμα 4, οι τρεις τομείς του

rmsf

για την απόκριση HRG περιγράφουν την έναρξη της διακλάδωσης του CES κατά την περίοδο 15-20 λεπτά, όπου μια νέα CES διχαλωτό στο τμήμα γύρω 0,21 & lt?

rmsf

& lt? 0,61. Μια παρόμοια εκδήλωση της διακλάδωσης της CES στο τμήμα περίπου 0,16 & lt?

rmsf

& lt? 0,56 παρατηρήθηκε στην απόκριση EGF (δεν παρουσιάζονται τα δεδομένα). διαγράμματα διακλάδωσης της διεργασίας ως συνάρτηση του

ν

κατά την έκφραση του mRNA (

διάγραμμα διακλάδωσης στην έκφραση

) ή την αλλαγή στην έκφραση (

διάγραμμα διακλάδωσης στην αλλαγή έκφρασης

) ελήφθησαν από τον εντοπισμό των θέσεων των λόφων της διεργασίας (Σχήμα 5). Διεργασίας είναι λειτουργίες του επιπέδου έκφρασης και της δραστηριότητας της έκφρασης. Σημειώστε ότι η θέση του στην κορυφή ενός λόφου μπορεί να εξαρτάται από την επιλογή της πυκνότητας του πυρήνα, αλλά η ιδιοκτησία διχασμού δεν αλλάζει σε ϋΕΑΒ.

Η έναρξη της διακλάδωσης ενός νέου CES όπως η ανάπτυξη μιας λειτουργίας λόφο που μοιάζει με φαίνεται. Στην πρώτη σειρά, το προφίλ της κατανομής συχνότητας της έκφρασης αλλάζει από μονότροπη (0,26 & lt?

rmsf

& lt? 0,66? Αριστερά) με δικόρυφη (0,17 & lt?

rmsf

& lt? 0,57? δεξιά) μέσω ενός πεπλατυσμένου μονότροπη προφίλ (0,22 & lt?

rmsf

& lt? 0,62? κέντρο). Η γενετική τοπίο (δεύτερη σειρά) για 15-20 λεπτά για κάθε περιοχή του

rmsf

δείχνει ότι η έναρξη της διακλάδωσης της CES μεταμορφώνεται από μια μονότροπη να δικόρυφη προφίλ? το κόκκινο βέλος (δεύτερη σειρά) δείχνει το σχηματισμό της CES και μπλε βέλος στο σχηματισμό μιας κοιλάδας, η οποία οδηγεί σε μια κατάσταση χαμηλής έκφρασης (LES). Οι κορυφές των δύο τρόπων κατανομή συχνότητας συμπίπτει με την υψηλότερη πυκνότητα της διεργασίας σε περίπου

ln

(

ε

)

=

1.7 και 2.2 (γραμμές μαύρη παύλα).

Οι διακλαδώσεις της διεργασίας σε ϋΕΑΒ της έκφρασης για 15-20 λεπτά εξετάζονται με μια σταδιακή μεταβολή σε ένα τμήμα,

ν

& lt?

rmsf

& lt?

ν

+

r,

ως προέκταση του Σχήματος 4, όπου το εύρος

r

έχει ρυθμιστεί σε 0,4 και

ν

είναι μία μεταβλητή του

rmsf

. Τα διαγράμματα διακλάδωση της έκφρασης (

ν

κατά την έκφραση? Πρώτη σειρά) σε

t

= 20 min, και η αλλαγή έκφρασης (

ν

κατά τη μεταβολή του έκφραση για 15-20 λεπτά? δεύτερη σειρά) σχεδιάζονται για HRG (αριστερό πάνελ) και EGF (δεξιά). Το διάγραμμα διακλάδωσης της έκφρασης καθορίζει το επίπεδο έκφρασης σε

ln

(

ε

) = 2.075 (κάτω: χαμηλής και άνω: υψηλή έκφραση) λόγω της ύπαρξης μιας κοιλάδας, η οποία χωρίζει την χαμηλή και υψηλή διεργασίας (Σχήμα 6), ενώ το διάγραμμα διακλάδωσης της αλλαγής έκφρασης δείχνει τρία επίπεδα δραστηριότητας της CES: ON (θετική αλλαγή στην έκφραση), EQ (κοντά στο μηδέν) και OFF (αρνητική μεταβολή στην έκφραση). Τα διαγράμματα διακλάδωσης δείχνουν σαφώς διακριτές περιοχές χαρακτηριστική έκφραση μεταξύ HRG και EGF: στατική, διέλευσης και δυναμικούς τομείς για το

rmsf

& lt? 0,21, 0,21 & lt?

rmsf

& lt? 0,42, και 0,42 & lt?

rmsf

για HRG, και στατική και διέλευσης τομείς για

rmsf

& lt? 0,16 και 0,16 & lt?

rmsf

για EGF (βλέπε λεπτομέρειες στο κυρίως κείμενο).

Η

Όσον αφορά το επίπεδο έκφρασης, η ύπαρξη μιας κοιλάδας στο τοπίο ανάμεσα σε δύο λόφους της CES χωρίζει την έκφραση επίπεδα σε υψηλές και χαμηλές σε

ln

(

ε

) = 2.075 και για τις δύο HRG και EGF (σχήματα 5 και 6). Επιπλέον, ένα διχασμό στο ρυθμιστικό χώρο αποκάλυψε ότι CES έχει τρεις δραστηριότητες έκφρασης μεταξύ 15 min και 20 min: ρυθμίζεται προς τα πάνω, προς τα κάτω-ρυθμίζονται και εξισορροπούνται. Οι πάνω και κάτω κανονισμούς μπορεί να θεωρηθεί ότι τα επίπεδα δραστηριότητας ON και OFF σε σύγκριση με εξισορροπηθεί (EQ) του κανονισμού, όπου τα ποσοστά της παραγωγής mRNA και αποσύνθεση είναι σχεδόν ισορροπημένο. Είναι ενδιαφέρον, στην EGF γενωμική απάντηση, όλες του CESS βρίσκονται στο επίπεδο EQ (Σχήμα 5)

Κάθε σειρά (Α: HRG και Β: EGF). Αντιστοιχεί σε κατανομές συχνότητας της έκφρασης mRNA (πρώτη) και γενετική τοπία (δεύτερο: πλάγια όψη). Στο γενετικό τοπίο, ένα στατικό πεδίο με μια κοιλάδα χαρακτηρίζεται από δύο διεργασίας: Α) HES1 (EQ) και LES1 (OFF) για

rmsf

& lt? 0,21? και Β) HES (EQ) και LES (EQ) για

rmsf

& lt? 0,16, μια περιοχή διέλευσης χαρακτηρίζεται από Α) HES1 (EQ) για 0,21 & lt?

rmsf

& lt? 0,42? και Β) HES (EQ) για

rmsf

& gt? 0,16, και μια δυναμική περιοχή χαρακτηρίζεται από τρεις διεργασίας: Α) LES2 (ON), HES2 (ON) και HES1 (EQ) για

rmsf

& gt? 0,42, η οποία είναι το αποτέλεσμα της υπέρθεση των γενετικών τοπίων μεταξύ 15 min και 20 min (δεξί πάνελ στη δεύτερη σειρά)? μια κατάσταση μετατόπιση συμβαίνει από LES2 (ON) σε 15 λεπτά για να HES2 (ON) σε 20 λεπτά, σύμφωνα με τη μονότροπη μετατόπιση της κατανομής συχνότητας (Α: πρώτη σειρά). Τα κόκκινα βέλος δείχνει προς την κοιλάδα για να διαχωρίσει την χαμηλή και υψηλή διεργασίας. Το επίπεδο δραστηριότητας ενός συνεκτικού κράτους έκφρασης (ON, EQ και OFF) αναφέρεται στην Εικόνα 5.

Η

Το πιο σημαντικό, τα διαγράμματα διακλάδωσης (Σχήμα 5) κατά τη διάρκεια της περιόδου 15-20 λεπτών δείχνουν σαφώς διαφορές μεταξύ των οι HRG και EGF γονιδιωματικής απαντήσεις? οι τρεις χαρακτηριστικές περιοχές στην απόκριση HRG μπορεί να χαρακτηριστεί ως θ)

στατική τομέα

(

n

= 9059):

rmsf

& lt? 0.21 με δύο κράτη υψηλής έκφρασης (HES1 (EQ) και HES2 (ON), ii)

τομέα διέλευσης

(

n

= 9707): 0.21 & lt?

rmsf

& lt? 0.42 με μια κατάσταση υψηλής έκφρασης (HES1 (EQ)), και iii)

δυναμική

τομέα (

n

= 3269):

rmsf

& lt? 0.42 με υψηλής και χαμηλής έκφρασης κράτη (HES1 (EQ) και LES1 (OFF)). Σε αντίθεση, η απάντηση EG δεν δείχνουν μια δυναμική περιοχή και μόνο δύο περιοχές βρίσκονται: i)

στατική τομέα

(

n

= 7091):

rmsf

& lt? 0.16 με HES (EQ) και LES (EQ), και ii)

τομέα διέλευσης

(

n

= 14944): 0.16 & lt?