Αφηρημένο

Στόχος

Προσπαθήσαμε να διερευνήσει διάφορες μοριακές υποτύπων που ορίζονται από γενωμική αστάθεια που μπορεί να σχετίζεται με πρόωρο θάνατο και την υποτροπή του καρκίνου του παχέος εντέρου.

Μέθοδοι

Σας ζητείται να ερευνήσει διάφορες μοριακές υποτύπων που ορίζονται από την αστάθεια στην μικροδορυφόρων (MSI), αλλαγές στα πρότυπα μεθυλίωσης (CpG φαινότυπο νησί methylator, CIMP) ή να αντιγράψετε παραλλαγή αριθμό (CNV) σε 8 γονίδια. καρκίνων του παχέος εντέρου σταδίου ΙΙ-ΙΙΙ (n = 64) ερευνήθηκαν με πολλαπλή συνδέθηκε ενίσχυση καθετήρα μεθυλίωσης-ειδική (MS-MLPA). Συσχέτιση της CNV, CIMP και MSI, με μεταλλάξεις σε KRAS και BRAFV600E αξιολογήθηκαν για επικάλυψη στη μοριακή υποτύπους και στις αρχές του κινδύνου υποτροπής με ομοιόμορφη και πολυμεταβλητή παλινδρόμηση.

Αποτελέσματα

Ο φαινότυπος CIMP συνέβη στην 34% (22/64) και MSI σε 27% (16/60) των όγκων, τα ξακουστά επικάλυψη CIMP /MSI. Μεταξύ των μοριακών υποτύπους, ένα υψηλό φαινότυπο CNV είχε μια σχετική αναλογία πιθανοτήτων (OR) για επανάληψη του 3,2 (95% CI 1.1 έως 9.3? P = 0,026). Απώλειες CACNA1G (OR 2,9, 95% CI 1,4 έως 6,0? P = 0,001), IGF2 (OR 4,3, 95% CI 1,1 – 15,8? P = 0,007), CDKN2A (p16) (OR 2,0, 95% CI 01.01 – 03.06? P = 0.024), και RUNX3 (OR 3,4, 95% CI 01.03 – 08.07? P = 0.002) σχετίστηκαν με πρώιμη υποτροπή, ενώ MSI, CIMP, KRAS ή BRAF V600E μεταλλάξεις δεν ήταν. Η CNV ήταν σημαντικά υψηλότερη σε ασθενείς αποθανόντος (CNV σε 6 από 8) σε σύγκριση με επιζώντες (CNV σε 3 από 8). Μόνο το στάδιο και την απώλεια του RUNX3 και CDKN2A ήταν σημαντικές στην πολυμεταβλητή κινδύνου μοντέλο για την πρώιμη υποτροπή.

Συμπεράσματα

Ένα υψηλό αντίγραφο φαινότυπο παραλλαγή αριθμός αποτελεί ισχυρό προγνωστικό παράγοντα της πρώιμης υποτροπής και θανάτου, και μπορεί να υποδηλώνει μια σχέση εξαρτώμενη από τη δόση μεταξύ γενετική αστάθεια και το αποτέλεσμα. Απώλεια καταστολείς των όγκων RUNX3 και CDKN2A σχετίζονταν με υποτροπή κινδύνου και εγγυάται περαιτέρω διερεύνηση

Παράθεση:. Berg Μ, Nordgaard O, Körner Η Oltedal S, Smaaland R, Søreide JA, et al. (2015) Μοριακή υπότυποι στο στάδιο ΙΙ-ΙΙΙ του καρκίνου του παχέος εντέρου Ορίζεται από γενωμική αστάθεια: Πρώιμη υποτροπή κινδύνου που συνδέεται με υψηλό αριθμό αντιγράφων Διακύμανση και Απώλεια

RUNX3

και

CDKN2A

. PLoS ONE 10 (4): e0122391. doi: 10.1371 /journal.pone.0122391

Ακαδημαϊκό Συντάκτης: Robert Dante, Institut national de la Santé et de la recherche médicale, Γαλλία

Ελήφθη: 13, Οκτ του 2014? Αποδεκτές: 20 Φεβρουαρίου, 2015? Δημοσιεύθηκε: 16, Απρ 2015

Copyright: © 2015 Berg et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα: Όλα τα σχετικά δεδομένα είναι εντός του Υποστηρίζοντας αρχεία πληροφοριών του χαρτιού και

Χρηματοδότηση:. η μελέτη αυτή χρηματοδοτήθηκε εν μέρει από τις επιχορηγήσεις από το Ίδρυμα Folke Hermansens Καρκίνο (επιχορήγηση # 424508 έως KS για MB ως μεταδιδακτορικός υπότροφος, http: //www.folke-fondet.org/Folke_Hermansen.html) και το Mjaaland Καρκίνου Ταμείο Έρευνας (επιχορήγηση # 424506 έως KS)

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν αντικρουόμενα συμφέροντα

Εισαγωγή

Καρκίνος του παχέος εντέρου (CRC) είναι ένα σημαντικό παγκόσμιο πρόβλημα υγείας, και αναπτύσσεται μέσα από τη συσσώρευση των γενετικών και επιγενετικών αλλαγών [1-3]. Γενετική αστάθεια οδηγεί την διαδικασία από νεοπλασματική σχηματισμός σε επεμβατικές ανάπτυξη και την ανάπτυξη της μετάστασης. Έτσι, τον εντοπισμό συγκεκριμένων μοριακών αλλαγών και τη σχέση τους με κλινικές παραμέτρους (εξέλιξη της νόσου, υποτροπής ή, θανάτου) μπορεί να δώσει καλύτερη κατανόηση της εξέλιξης της νόσου. Σε CRC, έχουν τρεις φαινοτυπικά διαφορετικές υποομάδες έχουν οριστεί μέσω αστάθεια στα χρωμοσώματα, μικροδορυφόρων ή επιγενετικές αλλοιώσεις [3-5].

Αντιγραφή παραλλαγή αριθμό (CNV) αναφέρεται σε δομικές και αριθμητικές μεταβολές στο επίπεδο χρωμοσώματος, ενώ μικροδορυφόρων αστάθεια (MSI) συμβαίνει όταν επαναλαμβανόμενες μονάδες ζευγών βάσης έχουν διαφορετικό αριθμό επαναλήψεων σε κύτταρα όγκου σε σύγκριση με τα αντίστοιχα φυσιολογικά κύτταρα, τα οποία μπορούν να παράγουν μία μετατόπιση στο πλαίσιο ανάγνωσης επί του DNA. Τελευταία είναι η CpG νησί methylator φαινότυπο (CIMP), το οποίο υποδηλώνει μια παρεκκλίνουσα μεθυλίωση του φάσματος του DNA (υπο- ή υπερμεθυλίωση) που μεταβάλλει την έκφραση του γονιδίου χωρίς την άμεση εμπλοκή γενετικών τροποποιήσεων [6-8].

Γενετικές αλλοιώσεις μπορεί συνεπάγονται μεγάλο δομικές εκτροπές στο επίπεδο χρωμοσωμικό, και /ή αριθμητικών αλλαγών σε κρίσιμες περιοχές που μπορεί να οδηγήσει στην έκφραση του γονιδίου προώθηση όγκου. Για την πλειοψηφία των καρκίνων, οι εκτεταμένες χρωμοσωμικές αστάθειες (CIN) παρατηρείται αλλαγή αριθμού είτε ως ολόκληρα αντίγραφο του χρωμοσώματος με κέρδη ή /και ζημίες των περιοχών των χρωμοσωμάτων, ή ως διαρθρωτικές αλλαγές δημιουργία γονιδίων σύντηξης [9-11]. Σε αντίθεση με χρωμοσωμικές και μικροδορυφορικών αλλαγών ή μεταλλάξεις του DNA, επιγενετική μεταβολή δεν μεταβάλλει το ίδιο το DNA αλλά περιλαμβάνει χημικές τροποποιήσεις του DNA όπως μεθυλίωση και ιστόνης τροποποιήσεις [12]. γονιδιακή έκφραση ρυθμίζεται μέσω διαφόρων μηχανισμών, συμπεριλαμβανομένων των CpG-νησί μεθυλίωσης, στην οποία η αυξημένη μεθυλίωση στις κυτοσίνες στις θέσεις CpG μειώνει την έκφραση του γονιδίου.

Ιστορικά, MSI και CNV (CIN) θεωρήθηκαν ως αλληλοαναιρούνται. Ωστόσο, πιο πρόσφατα επικάλυψη μεταξύ των αναφερθέντων φαινοτύπων έχει δειχθεί [13]. Περαιτέρω, ο φαινότυπος CIMP φαίνεται να συνδέεται με το φαινότυπο MSI, αλλά οι συνδυασμοί όλων των φαινοτύπων συμπεριλαμβανομένων των «τριπλό αρνητικά» έχουν αναφερθεί [5]. κατάσταση μετάλλαξης του MSI και BRAF παρατηρείται κυρίως στα ίδια δείγματα, και οι δύο έχουν προταθεί για να είναι κλινικά σημαντική [14,15]. Οι ασθενείς με όγκους του τύπου MSI που σχετίζονται με συγκεκριμένες κλινικές, μοριακή και ιστοπαθολογικά χαρακτηριστικά [4,16-19], και έχουν μια καλύτερη πρόγνωση σε σύγκριση με ασθενείς με όγκους CNV [20]. Επιπλέον, η συγκεκριμένη τοποθεσία του όγκου κατά μήκος του παχέος συνεχές σχετίζεται με τοπο-ειδικές διαφορές στη γενετική σύνθεση των όγκων. Για παράδειγμα, από του ορθού καρκίνοι είναι πιο επιρρεπείς σε αλλαγές τύπου CNV και καρκίνων του παχέος εντέρου (ειδικότερα εγγύς τμήμα) είναι πιο επιρρεπείς στο φαινότυπο MSI [17]. Εξέταση της τρέχουσας στάσης του CRC, η οποία βασίζεται σε μεγάλο βαθμό από την κατάσταση των λεμφαδένων [21], αναγνώρισε τις ελλείψεις και αποκλίσεις που συζητούνται [22]. Κατά συνέπεια, αρκετοί ερευνητές προτείνουν εναλλακτικές στρατηγικές μοριακή σταδιοποίηση [5,23-26], στην οποία οι ομάδες με βάση την παρουσία των CIMP, MSI, KRAS και BRAF μεταλλάξεων. Αν και αυτό δεν έχει ακόμη φθάσει κλινική πράξη, η αντίληψη ότι η υπο-περιοχές εντός του παχέος εντέρου μπορεί να φιλοξενούν μοριακές διαφορές που σχετίζονται με διακριτά χαρακτηριστικά έχει σημασία [17]. Προηγουμένως δείξαμε ότι οι αριθμοί των λεμφαδένων μπορεί να εξαρτάται από την τοποθεσία δευτερεύουσα τοποθεσία και τις σχετικές μοριακές μεταβολές τους, η οποία μπορεί να σχετίζεται με την κλινική έκβαση [19,27]. Έτσι, η περαιτέρω διερεύνηση των γονιδιακών διαφορών σε αρνητικούς λεμφαδένες και θετικούς λεμφαδένες καρκίνο του παχέος εντέρου είναι ενδιαφέρον να ενισχυθεί η κατανόηση της CRC και των συναφών συμπεριφορά της νόσου.

Αντιγραφή αριθμού παραλλαγές (CNVs) αναγνωρίζονται ως σημαντικό είδος της γενετική παραλλαγή που τροποποιεί την ανθρώπινη φαινότυποι [28,29], συμπεριλαμβανομένων των ανθρώπινων καρκίνων. Πολλαπλή ενίσχυση καθετήρα απολίνωση-εξαρτώμενη (MLPA) είναι μια ολοένα και πιο κοινή τεχνική που χρησιμοποιείται για τον προσδιορισμό της σχετικής δόσης αλληλουχία DNA (ή να αντιγράψετε παραλλαγή αριθμός) [29]. MLPA είναι μια πολλαπλή PCR δοκιμασία που χρησιμοποιεί μέχρι 40 ανιχνευτές που είναι το καθένα ειδικό για μία διαφορετική αλληλουχία DNA (κυρίως εξώνια ενός συγκεκριμένου γονιδίου ενδιαφέροντος), για την αξιολόγηση του σχετικού αριθμού αντιγράφων του κάθε αλληλουχίας DNA [29]. MLPA μπορεί επίσης να χρησιμοποιηθεί για τον προσδιορισμό κατάσταση μεθυλίωσης, αντίγραφο ανάλυση αριθμού σε αποσπασματικά διπλές περιοχές, προφίλ έκφρασης, και διαγονιδίου του γονότυπου. MLPA είναι μια οικονομικά αποδοτική εναλλακτική λύση για περισσότερο εντάσεως εργασίας και δαπανηρές μεθόδους, όπως η σειρά συγκριτική γονιδιωματική υβριδισμού (aCGH) [29,30]. Επιπλέον, MLPA επιτρέπει την ταυτόχρονη διερεύνηση της κατάστασης μεθυλίωσης και CNV σε όγκους, όπως έχει ήδη αναφερθεί στο ρετινοβλάστωμα [31].

Έτσι, ο σκοπός αυτής της μελέτης ήταν να διερευνήσει την επικράτηση της μοριακής υποτύπων στο στάδιο ΙΙ και ΙΙΙ ασθενείς με καρκίνο του παχέος εντέρου χρησιμοποιώντας MLPA για να καθορίσει το πρότυπο μεθυλίωσης και CNVs σε ένα καθορισμένο σύνολο καθετήρα, και να αξιολογήσει τη σχέση της με την επιθετική συμπεριφορά της νόσου, ορίζεται ως πρώιμη υποτροπή (& lt? 3 χρόνια) μετά τη χειρουργική επέμβαση

Υλικά και. μέθοδοι

Τα δείγματα ασθενών

Η ομάδα μελέτης προέρχεται από μια συνεχόμενη σειρά 213 σταδίου Ι-ΙΙΙ χειρουργική θεραπεία των καρκίνων του παχέος εντέρου στο Πανεπιστημιακό Νοσοκομείο Stavanger κατά τη διάρκεια μιας περιόδου τεσσάρων χρόνων, με λεπτομέρειες όπως περιγράφηκε προηγουμένως [ ,,,0],32]. Η μελέτη εγκρίθηκε από την επιτροπή δεοντολογίας της περιφερειακής (# 197,04) και όλοι οι ασθενείς έδωσαν πληροφορημένη συναίνεση πριν από την ένταξη. Όλοι οι ασθενείς υποβλήθηκαν σε χειρουργική επέμβαση με θεραπευτική πρόθεση. Ασθενείς με λεμφαδένες θετικό (PN +) νόσο σταδίου ΙΙΙ που ήταν φυσιολογικά κατάλληλα (π.χ. ECOG κατάσταση απόδοσης 0-1), προσφέρθηκαν επικουρική θεραπεία σύμφωνα με τις εθνικές κατευθυντήριες γραμμές κατά το χρόνο.

Για το τρέχον έργο, μια υπο -cohort των ασθενών με καρκίνο του παχέος εντέρου σταδίου ΙΙ και ΙΙΙ προσλήφθηκαν. Οι ασθενείς οι οποίοι είχαν είτε παρακολούθηση τουλάχιστον 36 μηνών κατά τη στιγμή της επιλογής (= 3 χρόνια, οπότε & gt? Προκύψει το 90% των υποτροπών) ή που είχαν πεθάνει από CRC κατά την έναρξη του παρόντος έργου ήταν επιλέξιμες. Ένα σύνολο των 64 ασθενών που πληρούσαν τα κριτήρια αυτά και συμπεριλήφθηκαν για ανάλυση MLPA.

Παρακολούθηση διεξήχθη χρησιμοποιώντας το 11-ψήφιο αριθμό κοινωνικής ασφάλισης και της πρόσβασης σε αρχεία ηλεκτρονικών ασθενή για οποιοδήποτε σημάδι της υποτροπιάζουσας νόσου ή ανεπανόρθωτο συμβάν σχετικό στον καρκίνο του παχέος εντέρου. Η επιλογή έγινε με βάση τις διαθέσιμες πληροφορίες στα 3 χρόνια παρακολούθησης, αποκλείοντας έτσι κάθε ασθενής με μικρότερη παρακολούθηση κατά την έναρξη της μελέτης. Υποτροπή ορίστηκε ως οποιαδήποτε τοποπεριοχική ή συστημική υποτροπή της νόσου κατά τη στιγμή της παρακολούθησης.

DNA εξόρυξη

DNA από δείγματα όγκου των 64 ασθενών εκχυλίζεται και απομονώνεται από φρέσκο ​​κατεψυγμένο ιστό χρησιμοποιώντας DNeasy Mini κιτ ή AllPrep DNA & amp?. RNA Mini Kit (Qiagen, Hilden, Germany), όπως περιγράφηκε προηγουμένως [33]

ενίσχυση multiplex απολίνωση εξαρτώμενη ανιχνευτή (MLPA)

Ο πολυπλεξίας απολίνωση εξαρτώμενη εξετάσουν διαδικασία ενίσχυσης, χρησιμοποιώντας το κιτ ME042-Β1 CIMP μείγμα ιχνηλατών SALSA MS-MLPA (για την ανίχνευση κατάστασης μεθυλίωσης στις περιοχές υποκινητή των 8 διαφορετικών γονιδίων? RUNX3, MLH1, NEUROG1, CDKN2A, IGF2, CRABP1, SOCS1 και CACNA1G), όπως αναφέρεται στα ο Πίνακας 1, διεξήχθησαν σύμφωνα με τις συστάσεις πωλητές (MRC-Holland, Amsterdam, Ολλανδία), και όπως περιγράφηκε προηγουμένως [34]. Ως ενεργοποίηση μετάλλαξη BRAF

V600E είναι στενά συνδέεται με CIMP θετικότητα [35], μια μετάλλαξη ειδικό ανιχνευτή περιλαμβάνεται στο κιτ SALSA MS-MLPA που εντοπίζει το V600E (1799T & gt? Α) σωματική μετάλλαξη αν αυτό είναι παρόν σε ο δείγμα.

η

από όλα τα δείγματα 64 DNA, 100 ng DNA υπέστη θερμική μετουσιώθηκε σε συνολικό όγκο 5 μΐ ρυθμιστικού διαλύματος Tris-EDTA, και περαιτέρω εκτελείται όπως συνιστάται από τον προμηθευτή. Εν συντομία, ένα μίγμα από ανιχνευτή-mix (ME042, MRC-Holland, Amsterdam, Ολλανδία) και ρυθμιστικό προστέθηκαν στο μετουσιωμένο DNA, και ανιχνευτές αφέθηκαν να υβριδοποιηθούν με το DNA στους 60 ° C για 16 ώρες. Κάθε δείγμα διαιρέθηκε σε δύο σωλήνες: ο ένας εκ των οποίων συνδέθηκε, ενώ ο άλλος συνδέθηκε και στη συνέχεια υπέστη πέψη χρησιμοποιώντας το ευαίσθητο στη μεθυλίωση ένζυμο περιορισμού

HhaI

. Αμφότερες οι αντιδράσεις στη συνέχεια υποβλήθηκαν σε μια αντίδραση PCR χρησιμοποιώντας έναν θερμικό ανακυκλωτή (GeneAmp 2700, Applied Biosystems, Foster City, CA, USA), και η ανάλυση πραγματοποιήθηκε σε θραύσμα ενός τριχοειδούς sequencer (ΑΒΙ 3130

XL

, Applied Biosystems, Foster City, CA, USA).

Εξαγωγή DNA από φυσιολογικό βλεννογόνο του κόλου χρησιμοποιήθηκε σαν ένα κανονικό αναφοράς (η = 12 δείγματα). Επιπροσθέτως, οι εμπορικές ορθοκολικού καρκίνου κυτταρικές γραμμές Caco-2 και ΗΤ-29 χρησιμοποιήθηκαν ως έλεγχοι καρκίνου (βλέπε πληροφορίες υποστήριξης, το αρχείο S1 Δεδομένων και S1 και S2 Σχήματα).

Τα ακατέργαστα δεδομένα από την ανάλυση ήταν αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας Coffalyser.NET (beta έκδοση, MRC-Ολλανδία, Άμστερνταμ, Κάτω Χώρες).

Ορισμοί

CIMP.

τα κριτήρια για τη βαθμολόγηση των CIMP φαινοτύπου ήταν περισσότερο από 20 % μεθυλίωσης τουλάχιστον το ένα τρίτο των ανιχνευτών εντός τουλάχιστον τρία από τα πέντε γονίδια στον πίνακα Weisenberger [35], όπως περιγράφηκε προηγουμένως [34].

CNV.

Για CNV φαινότυπο βαθμολόγησης, χρησιμοποιήθηκαν τα οκτώ γονίδια διερευνώνται. παραλλαγή αριθμό αντιγράφων (CNV) χρησιμοποιήθηκε ως υποκατάστατο για χρωμοσωμική αστάθεια (CIN) στη μελέτη. Απώλεια και το κέρδος καθορίστηκαν χρησιμοποιώντας τη σχετική αναλογία του δείγματος vs αναφοράς για έναν ανιχνευτή ήταν λιγότερο από 0,7 ή μεγαλύτερο από 1,3, αντίστοιχα. Για την ανάλυση περιοχή, εκτροπή σε ένα ή περισσότερους ανιχνευτές ορίστηκε ως CNV της περιοχής, και ένα υψηλό φαινότυπο CNV εάν πέντε ή περισσότερες από τις οκτώ περιοχές (1ρ36.11, 3p22.2, 5q31.1, 9p21.3, 11p15. 5, 15q24.2, 16p13.13 και 17q21.33) ήσαν παρεκκλίνουσα.

MSI.

Ο φαινότυπος MSI διερευνήθηκε με βάση τον πίνακα Bethesda γονιδίων χρησιμοποιώντας ανάλυση θραύσμα, όπως περιγράφηκε προηγουμένως [36]. Επιπλέον, κατάσταση μεθυλίωσης του γονιδίου MLH1 χρησιμοποιώντας MLPA χρησιμοποιήθηκε για να συσχετίσει την κατάσταση μεθυλίωσης σε σχέση με MSI. Στη συνέχεια, το καθεστώς MSI αναφέρεται στα αποτελέσματα από τον πίνακα Bethesda, ενώ MLH1 ερευνήθηκε με τη μέθοδο MLPA αναφέρεται ως MLH1 μεθυλίωση.

αναλύσεις μεταλλάξεων

KRAS μεταλλάξεων αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν όπως προηγουμένως περιγράφεται στο [37]. κατάστασης μετάλλαξης BRAF καθορίστηκε με βάση δύο διαφορετικές μεθόδους. Ένα, η μέθοδος MLPA [34], στην οποία η μετάλλαξη BRAF ειδικό ανιχνευτή που παράγεται ένα σήμα εάν η μετάλλαξη V600E ήταν παρούσα, και? Δεύτερον, με τη χρήση συμβατικών ανάλυση PCR και αλληλούχιση, όπως περιγράφηκε προηγουμένως [38].

Ηθική

Η δεοντολογική έγκριση για τη μελέτη λήφθηκε από την Περιφερειακή Επιτροπή Δεοντολογίας, καθώς και όλοι οι ασθενείς συναινέσει σε ένταξη στο η μελέτη, όπως περιγράφηκε προηγουμένως [19].

η στατιστική ανάλυση

Όλες οι στατιστικές αναλύσεις πραγματοποιήθηκαν με τη χρήση του

στατιστική Package for Social Sciences

(IBM SPSS v. 20). Τα περιγραφικά δεδομένα παρουσιάζονται ως αριθμοί και τα ποσοστά (%) ή διάμεσες τιμές με διατεταρτημοριακά εύρη (ΙΟΚ), αν δεν ορίζεται διαφορετικά. Mann-Whitney U-test χρησιμοποιήθηκε για να συγκρίνει συνεχή δεδομένα μεταξύ ομάδων όταν τα δεδομένα δεν έχουν μια κανονική κατανομή. ακριβής δοκιμασία του Fisher χρησιμοποιήθηκε για τους πίνακες 2×2 σε σύγκριση κατηγορικά δεδομένα, και η αναλογία πιθανοτήτων (OR) παρουσιάζονται με διάστημα εμπιστοσύνης 95% (95% CI) για σημαντικούς παράγοντες κινδύνου. Μια ανάλυση πολλαπλής λογιστικής παλινδρόμησης χρησιμοποιώντας τόσο εισάγετε και προς τα εμπρός μοντελοποίηση διεξήχθη για να αξιολογηθεί ανεξάρτητα κινδύνου παράγοντες για την έγκαιρη επανεμφάνιση (ναι /όχι) ως διχοτομικής μεταβλητής. Το φύλο και η ηλικία συμπεριλήφθηκαν στο μοντέλο, και τα μοντέλα ελέγχονται για CIMP, CNV και MSI, καθώς και KRAS, η κατάσταση μετάλλαξης BRAF. Σημαντικοί παράγοντες που βρέθηκαν σε μονοδιάστατες αναλύσεων κινδύνου συμπεριλήφθηκαν στο μοντέλο πρόβλεψης. Μια Hosmer-Lemeshow Καλοσύνη-of-fit test εκτελέστηκε για να δείξει τη σταθερότητα του μοντέλου [39], καθώς και τη συμβολή της μεταβολής μοντέλο αξιολογείται από τις στατιστικές Ε-τετράγωνο για την ανάλυση λογιστικής παλινδρόμησης. Όλες οι δοκιμασίες ήταν δύο όψεων και ένα P & lt? 0.050 θεωρήθηκε στατιστικά σημαντική

Αποτελέσματα

Οι κλινικές πληροφορίες σχετικά με την επανάληψη και την επιβίωση

Από τους 64 ασθενείς, 58% ήταν γυναίκες. , και διάμεση ηλικία ήταν 76 ετών κατά το χρόνο του χειρουργείου. Οι κλινικοπαθολογοανατομικών και μοριακών δεδομένων για τους περιλαμβάνονται θέματα που παρουσιάζονται στον Πίνακα 2. Πρόωρη υποτροπές παρατηρήθηκαν σε 26 ασθενείς (41%), εκ των οποίων 16 είχαν συστηματική υποτροπή, 7 είχαν τοπική-περιοχική υποτροπή, και τρεις είχαν τόσο με την τοπική και συστηματική υποτροπές . Μεταξύ των 26 ασθενών με υποτροπιάζουσα νόσο, 15 (58%) είχαν πεθάνει από τη νόσο (23% της κοόρτης μελέτης) κατά τη στιγμή της ένταξης μελέτης. Όπως ήταν αναμενόμενο, το 66% των III (κόμβος θετική) των ασθενών σταδίου παρουσίασαν υποτροπή σε σύγκριση με 23% στο στάδιο II, για μια Ή 6,9 (95% CI 2,2 – 21,3? P & lt? 0.001).

Η

μικροδορυφορικού αστάθεια και μεταλλάξεων δεδομένων

Η MLPA αναλύσεις από τα δείγματα όγκων ήταν τεχνικά επιτυχής σε όλα τα 64 περιελάμβανε ασθενείς, σε σχέση με την ανάλυση μεθυλίωσης, η χρωμοσωμική ανάλυση, και το BRAF

ανάλυση μετάλλαξης V600E. Επιπλέον, οι αναλύσεις μετάλλαξη KRAS ήταν επιτυχείς για όλους τους 64 ασθενείς και 60 (94%) είχε μια επιτυχημένη κατάσταση MSI.

Η συχνότητα των μεταλλάξεων στο γονίδιο KRAS, BRAF

V600E και η παρουσία της MSI ανά την αριθμός των μεθυλιωμένα γονίδια ή ανά αριθμό των χρωμοσωμικών ανωμαλιών παρουσιάζεται στο Σχήμα 1Α και 1Β, αντίστοιχα.

(Α) Κατανομή vs αριθμός των μεθυλιωμένων γονιδίων (καμία δεν είχε μεθυλίωση σε όλα τα γονίδια, έτσι 8 δεν εμφανίζεται). (Β) Κατανομή εναντίον του αριθμού των γονιδίων με χρωμοσωμικές εκτροπές

Η

MSI βρέθηκε σε 16 (27%) των δειγμάτων. Η μεθυλίωση του MLH1 ανιχνεύθηκε σε 17 (28%) δείγματα, και μεθυλίωση του MLH1 και MSI ήταν ταυτόχρονα παρατηρήθηκε σε 14 (23%) των ασθενών (ρ & lt? 0.001, Fishers ακριβής δοκιμή). Η MSI και CIMP φαινότυπο, καθώς και το BRAF

V600E μετάλλαξη, και MLH1 μεθυλίωση σημαντικά στατιστικά που σχετίζονται με τη θέση του όγκου δεξιάς (p & lt? 0,01, p & lt? 0,01, p & lt? 0,01 και p = 0,01 για MSI, CIMP , BRAF

V600E και MLH1 μεθ, αντίστοιχα, χρησιμοποιώντας Fishers exact test)

Ο διάμεσος αριθμός των μεθυλιωμένων γονιδίων διέφερε σημαντικά μεταξύ MSI και MSS (μικροδορυφόρων σταθερό) δείγματα, (7 και 2, αντίστοιχα?. p & lt ? 0,01), BRAF άγριου τύπου και μεταλλαγμένων δείγματα (2 και 7? ρ & lt? 0,01), μεγαλύτερο μέγεθος του όγκου και μικρότερο από 5 cm (3 και 2? p = 0.04), και αρσενικά και θηλυκά φύλο (2 και 4? ρ = 0,03)

το BRAF

μετάλλαξη V600E παρατηρήθηκε σε 15 (23%) δείγματα, 11 εντός της ομάδας MSI, υποδεικνύοντας μία σημαντική συμμεταβολή των δύο εκτροπών, (ρ & lt?. 0.01). Επιπλέον, BRAF

μεταλλάξεις V600E συσχετίστηκαν σε σημαντικό βαθμό το γυναικείο φύλο (p = 0,02), η μεθυλίωση του MLH1 (p & lt? 0.01), και CIMP φαινότυπο (ρ & lt? 0,01). αποτελέσματα BRAF επικυρώθηκαν με την επίδειξη BRAF-κβ σε όλα (n = 12) δείγματα φυσιολογικού και στην κυτταρική σειρά Caco-2, αλλά με BRAF

μετάλλαξη V600E παρόντες στην κυτταρική σειρά ΗΤ-29, όπως αναμενόταν.

οι μεταλλάξεις στο γονίδιο KRAS ανιχνεύθηκαν σε 20 δείγματα (33%), εκ των οποίων οκτώ δείγματα ήταν αρνητικά για CNV, CIMP και MSI. Μεταλλάξεις σε δύο KRAS και BRAF συνυπήρχαν σε δύο δείγματα, και σε τρεις περιπτώσεις ήταν ταυτόχρονα παρατηρήθηκε μετάλλαξη KRAS και MSI.

πολυπλοκότητα του γονιδιώματος

Τα δείγματα ταξινομήθηκαν για όλους τους φαινότυπους, και ομαδοποιούνται με βάση τους συνδυασμένο μοριακό φαινοτύπους. Αλληλεπικαλύψεις μεταξύ παρατηρήθηκαν όλα τα φαινοτυπικά υποομάδες. Τα συνδυασμένα φαινότυποι του όγκου για όλους τους ασθενείς νεκρών και ζωντανών παρουσιάζονται στον Πίνακα 3 και το Σχήμα 1Α και 1Β και Σχ 2Α-2C, αντίστοιχα.

(α) το συνολικό πληθυσμό της μελέτης, (Β) Οι ασθενείς ζωντανός με καμία επανάληψης (επιβιώνουν για & gt? 3 χρόνια), (Γ) οι ασθενείς με πρώιμη υποτροπή ή θάνατο (μέσα σε 3 χρόνια μετά την επέμβαση)

η

Συγκρίνοντας τις συχνότητες των συνδυασμένων φαινοτύπων έδειξαν στατιστικά σημαντική διαφορά για το. ομάδα επιζώντων σε σύγκριση με τον θανόντα (p = 0.037, δυαδική λογιστική παλινδρόμηση). Αξίζει να σημειωθεί ότι η τριπλή αρνητικό και το CNV μόνο φαινότυπος ήταν διαφορετική μεταξύ των ασθενών που απεβίωσαν και των επιζώντων: 13% έναντι 41% και 40% έναντι 18%, αντίστοιχα (Σχ 2Β και 2C). Απομονωμένες MSI και CNV συνυπήρχαν σε ένα μόνο δείγμα (2%), ενώ 4 επιπλέον ασθενείς είχαν επίσης CIMP (τριπλό θετικές, 6%). MSI και CIMP ήταν παρόντες στα ίδια δείγματα σε 10 (16%) περιπτώσεις, ενώ CIMP και CNV παρατηρήθηκαν για πέντε (8%) δείγματα. Οι φαινότυποι MSI και CIMP παρουσιάζονται πιο συχνά σε συνδυασμό με άλλα φαινοτύπους, και ως ενιαίο φαινότυπο για μία μόνο (2%) και δύο (3%) περιπτώσεις, αντίστοιχα. Σε αντίθεση, ο φαινότυπος CNV υπήρχε ως το μοναδικό φαινότυπο για 15 (23%) των δειγμάτων.

Μεταξύ των διαφορετικών φαινοτύπων, η τριπλή θετικός και αρνητικός ο τριπλός ήταν οι δύο ομάδες που εμφανίζουν τις λιγότερες υποτροπές, 0 /4 (0%) και 4/22 (18%), αντίστοιχα. Για τις άλλες φαινοτυπικές ομάδες, οι υποτροπές κυμαίνονταν από 40-100%. Επιπλέον, η συχνότητα της τριπλής αρνητικά στην υποομάδα των ασθενών χωρίς υποτροπές (18/35) βρέθηκε να είναι σημαντικά διαφορετική από την υποομάδα υποτροπής (4/25), p = 0,007.

παρεκκλίσεις και τον κίνδυνο πρόωρης επανάληψης

Για το φαινότυπο CIMP, μια στατιστικά σημαντική συσχέτιση παρατηρήθηκε με το γυναικείο φύλο (p = 0,001), στη δεξιά πλευρά τη θέση του όγκου (p = 0.001), και σε όγκους που παρουσιάζουν το φαινότυπο MSI (p & lt? 0,01 ).

Η υψηλή φαινότυπος CNV παρατηρήθηκε σε 25 (39%) του 64 δείγματα, και συνδέθηκε με υποτροπιάζουσα νόσο. Υψηλή φαινότυπος CNV βρέθηκε σε 14 από 25 (56%) των υποτροπών, αλλά μόνο 11 από 39 (28%) από αυτά τα ζωντανά, για μια συνδεδεμένη αναλογία πιθανοτήτων 3,2 (95% CI 1.1 έως 9.3? P = 0,026)

η στατιστική σημαντικότητα παρατηρήθηκε επίσης στον αριθμό των χρωμόσωμα ανώμαλης γονιδίων μεταξύ ασθενών που απεβίωσαν και οι επιζώντες (CNV διάμεση 6, IQR 3-7 vs CNV διάμεσο 3, IQR 1-5? P = 0,001), Σχ. 2Α

Υπήρξαν περισσότερες εκτροπές στην ομάδα νωρίς επανάληψης συνολική όταν χωριστά σύγκριση του αριθμού των μη-φυσιολογικών ανιχνευτών για κάθε γονίδιο μεταξύ των ασθενών χωρίς υποτροπή και εκείνοι με πρώιμη υποτροπή, Σχήμα 3. Η διαφορά στον αριθμό των μη-φυσιολογικών θέσεων μεταξύ τους επιζώντες και απεβίωσε για CDKN2A, IGF2 και CACNA1G ήταν στατιστικά σημαντική, Εικόνα 4Β. Όταν χρησιμοποιείτε το διαχωρίστηκαν μεταξύ τους κατάστασης (παρεκκλίνουσα /κανονική) για κάθε γονίδιο, εκτροπές στην CACNA1G (p = 0,007), CDKN2A (p = 0,003) και RUNX3 (p = 0.032) ήταν σημαντικά σχετίζονται με το θάνατο που σχετίζονται με τη νόσο.

(Α) Boxplot δείχνει τον αριθμό των μη-φυσιολογικών γονιδίων σε θανόντος ασθενείς (δεξιά) και επιζώντων (αριστερά). (Β) Boxplot δείχνει τον αριθμό των ανώμαλης θέσεις χρωμοσώματος σε κάθε ένα από τα γονίδια που μελετήθηκαν, σε επαναλαμβανόμενες (ή αποθανόντος) ασθενείς (δεξιά) και ασθενείς χωρίς πρώιμη υποτροπή (αριστερά).

Η

Κόκκινο μπάρες αντιπροσωπεύουν έχασε τις περιφέρειες και μπλε μπάρες αντιπροσωπεύουν κέρδη. Γραμμές που απεικονίζει κέρδη και ζημίες σε ασθενείς ζωντανό & gt? 3 χρόνια (μπλε και μοβ, αντίστοιχα), και οι ασθενείς απεβίωσε της νόσου (πράσινο και κόκκινο, αντίστοιχα)

Η

Πιο συγκεκριμένα, η απώλεια της CACNA1G παρείχε Ή 2,9 (95% CI 1,4 έως 6,0? Ρ = 0,001) για την επανάληψη, καθώς 18 από 30 (60%) των ασθενών με αυτή την CNV επανεμφανίστηκαν σε σύγκριση με μόνο 7 από 34 (21%) με κανονική κατάσταση. Απώλεια IGF2 συσχετιζόταν με OR 4,3 (95% CI 1,1 – 15,8? Ρ = 0,007), όπως 23, 47 (49%) υποτροπίασαν, έναντι 2 από 17 (12%) με κανονική κατάσταση. Απώλεια CDKN2A είχε OR 2,0 (95% CI 01.01 – 03.06? P = 0.024), με 61% υποτροπής για εκείνους με την απώλεια, σε σύγκριση με 30% για τα άτομα με κανονική κατάσταση. Τέλος, η απώλεια του RUNX3 συνδέθηκε με ένα OR 3,4 (95% CI 01.03 – 08.07? P = 0,002). Με υποτροπή που συμβαίνουν σε 64%, με απώλειες σε σύγκριση με το 16% εκείνων με φυσιολογική κατάσταση

Υπήρχαν καμία σημαντική διαφορά μεταξύ σταδίου II και III όσον αφορά τη συχνότητα των τριών διαφορετικών μοριακών φαινοτύπων (MSI, CNV και CIMP), και τα συνδυασμένα φαινοτύπους, καθώς και BRAF και KRAS μεταλλάξεις. Η αδρανοποίηση του CACNA1G λόγω μεθυλίωση παρατηρήθηκε πιο συχνά σε BRAF μεταλλαγμένο και όγκους MSI (p≤0.01), και πιο συχνά σε όγκους που βρίσκονται στο εγγύς κόλον.

πολυμεταβλητών μοντελοποίηση έγκαιρης επανάληψης κινδύνου

σε ένα μοντέλο λογιστικής πολλαπλής παλινδρόμησης με τις μεταβλητές CNV, CIMP, MSI, KRAS, BRAF, το στάδιο, εντοπισμός του όγκου και των δύο φύλων, η μόνη μεταβλητή που διατηρήθηκε στο μοντέλο για τον κίνδυνο υποτροπής ήταν στάδιο. Αναλύοντας τον καρκίνο θάνατο ως αποτέλεσμα χρησιμοποιώντας τις ίδιες μεταβλητές, την κατάσταση CNV συμπεριλήφθηκε μαζί με το στάδιο στο μοντέλο, αλλά με μεγάλη διαστήματα εμπιστοσύνης για τις αναπροσαρμοσμένες ΕΑΠ.

Παρουσιάζοντας τα ανεξάρτητα γονίδιο εκτροπές σημαντικά σχετίζονται με την πρόωρη κίνδυνο υποτροπής (απώλειες RUNX3, CDKNA2A, CACNA1G και IGF2) και τον έλεγχο των παραπάνω μοριακών υποτύπους και την ηλικία, το φύλο, το στάδιο και τη θέση του όγκου, αποκάλυψε ένα τελικό μοντέλο που περιλάμβανε μόνο RUNX3 και CDKN2A μαζί με το στάδιο ως προάγγελοι της πρώιμης υποτροπής (Πίνακας 4 ). Μια Hosmer-Lemeshow τεστ καλής προσαρμογής (Chi-square 3.844? P = 0,572) έδειξε ένα ισχυρό μοντέλο. Τα R-τετράγωνο στατιστικών (Cox & amp? Snell και Nagelkerke) αναφέρθηκε μεταξύ 0,316 και 0,427, υποδεικνύοντας ότι το μοντέλο εξήγησε μεταξύ 31,6% και 42,7% της μεταβολής στην εκτίμηση του κινδύνου

Η

Συζήτηση

.

στην παρούσα μελέτη, διερευνήθηκε η αλληλεπίδραση και επικαλύπτονται μεταξύ των μοριακών υποτύπων στον καρκίνο του παχέος εντέρου με την ανάπτυξη της πρώιμης υποτροπής μετά από χειρουργική επέμβαση. Όπως περιγράφεται, υπάρχει επικάλυψη μεταξύ διαφόρων μοριακά χαρακτηριστικά που περιπλέκει τη σαφή διάκριση μεταξύ των ομάδων για τη μοριακή και κλινική σημασία. Χρησιμοποιώντας MLPA για ένα πάνελ 8 γονιδίων, αποδείξαμε ότι το γονίδιο δοσολογία επίδραση της μεθυλίωσης και χρωμοσωμικών ανωμαλιών είναι εν μέρει συνδέονται με μοριακή υπογραφή και η παρουσία των μεταλλάξεων, και σχετίζεται επίσης με τον κίνδυνο πρόωρης επανάληψης. Εκτός από το στάδιο III, η πρώιμη υποτροπή συσχετίστηκε με την απώλεια του RUNX3 και CDKN2A, δύο από τα οποία είναι γνωστά γονίδια καταστολής όγκων σε CRC και προηγουμένως αναφερθεί ότι σχετίζονται με την κλινική έκβαση σε CRC [40-43]. Αυτό μπορεί δυνητικά να χρησιμοποιηθεί ως προγνωστικές πληροφορίες πέρα ​​από το σημερινό σύστημα ΤΝΜ-στάσης για την αποφυγή εσφαλμένης ταξινόμησης, η κατάσταση των λεμφαδένων (ορισμός του κόμβου αρνητική ή θετική νόσο) έχει αρκετές ελλείψεις, το οποίο έχει συζητηθεί λεπτομερώς αλλού [21,22] . Επίσης, καθορίζοντας τους ασθενείς σε κίνδυνο για πρόωρη υποτροπής μπορεί να διευκολύνει την στοχευμένη και καλύτερα προσαρμοσμένη επιτήρηση μετά την επέμβαση [44].

Για καρκίνο του παχέος εντέρου, οι τρεις μεγάλες μοριακών φαινοτύπων που περιγράφονται, συμπεριλαμβανομένων CNV, MSI και επιγενετικές αλλαγές [3,7 , 8]. Οι ερευνητές έχουν προτείνει διακριτή ταξινόμηση των 3, 4 και 5 ομάδες στο παρελθόν [14,24-26], αλλά κανένας δεν έχει φτάσει ακόμα κλινική πρακτική. Ο βαθμός επικάλυψης μεταξύ αυτών των φαινοτυπικών ομάδων έχει διερευνηθεί [5,14,16,25,45-47], αλλά οι κλινικές επιπτώσεις των μοριακών φαινοτύπων είναι μέχρι στιγμής ασαφή. Η χρήση διαφορετικής μεθοδολογίας, ορισμούς, τα κριτήρια βαθμολόγησης, και διαφορές στο είδος του υλικού ασθενών που διερευνώνται καθιστά δύσκολη τη σύγκριση, η οποία υπογραμμίζεται από την επικάλυψη που βρέθηκαν σε αυτή τη μελέτη. Επιπλέον, και όπως έχουμε τεκμηριώσει πρόσφατα, η χρήση διαφορετικών κριτηρίων για CIMP-κατάσταση μπορεί να διαφέρει ανάλογα με τη χρήση που περιλαμβάνονται γονιδίων και ανιχνευτές [34], και έτσι παράγει διαφορετικά αποτελέσματα μεταξύ των μελετών, πράγμα που δυσχεραίνει τη σύγκριση.

Συνολικά, MSI παρατηρήθηκε στο 27% των καρκίνων του παχέος εντέρου. Αυτό είναι σύμφωνη με άλλες μελέτες, στις οποίες δεν περιλαμβάνονται ορθού, ο καρκίνος του παχέος εντέρου έχουν υψηλότερη επικράτηση της MSI. Τόσο ο φαινότυπος MSI και MLH1 μεθυλίωση βρέθηκαν σε 14/60 δείγματα (23%). Δύο δείγματα έδειξαν τον φαινότυπο MSI χωρίς MLH1 μεθυλίωση, και τρία δείγματα εμφάνισαν MLH1 μεθυλίωση χωρίς MSI. Η εκτεταμένη επικάλυψη μεταξύ αυτών των χαρακτηριστικών υποστηρίζει το γεγονός ότι MLH1 αδρανοποίηση προκαλεί MSI. Ωστόσο, μια διαφορά στο MLH1 μεθυλίωση και MSI έχει επίσης παρατηρηθεί και από άλλους [48,49], και δείχνει ότι διάφορα γονίδια επιδιόρθωσης του DNA, συμπεριλαμβανομένων MLH1 αιτία MSI. Αντιθέτως, η μεθυλίωση του MLH1 δεν οδηγεί απαραίτητα σε δυσλειτουργία του μηχανισμού επιδιόρθωσης αναντιστοιχία.

Το BRAF

κατάσταση μετάλλαξης V600E είχε προβλεφθεί χρησιμοποιώντας τόσο συμβατικό προσδιορισμό της αλληλουχίας του DNA και MLPA με ειδικούς ανιχνευτές για τη μετάλλαξη σημείου. Και τα δύο αποτελέσματα ήταν στο 100% συμφωνία, και να δείξει τη μεθοδολογία MLPA για να είναι αξιόπιστη.

Οι μεταλλάξεις στο γονίδιο BRAF

V600E και KRAS είχαν αρχικά αναφερθεί ως αλληλοαποκλειόμενες [50]. Ένα διπλό ενεργοποίηση της οδού ΜΑΡΚ έχει προταθεί ότι οδηγεί σε διαφοροποίηση και κυτταρική γήρανση, παρά την προώθηση της ανάπτυξης, όπως είναι το αποτέλεσμα μιας απλή μετάλλαξη [51]. Ωστόσο, για τους δύο ασθενείς στη σειρά δείγμα μας, οι μεταλλάξεις βρέθηκαν να συνυπάρχουν, έστω και με αριθμούς πολύ χαμηλή για να επιτραπεί οποιαδήποτε κλινική ερμηνεία.

Οι ασθενείς με πρώιμη υποτροπή έδειξε αριθμητικά περισσότερες χρωμοσωμικές ανωμαλίες (Σχήματα 3 και 4) . Αυτό υποστηρίζει την πρόταση ότι CNV θα μπορούσε να προβλέψει μια χειρότερη πρόγνωση [52], όπως υποδεικνύεται από το υψηλό CNV στην παρούσα μελέτη. Για τους ασθενείς σταδίου ΙΙ, η αριθμητική διαφορά σε χρωμοσωμικές ανωμαλίες μεταξύ υποτροπής και χωρίς υποτροπή ήταν στατιστικά σημαντική (p = 0,022), όπως ήταν η αριθμητική διαφορά για τους νεκρούς ή τους επιζώντες ασθενείς (p = 0,007). Αυτή η διαφορά δεν μπορούσε να παρατηρηθεί σε ασθενείς σταδίου ΙΙΙ. Καθώς οι ασθενείς σταδίου II είναι συνήθως αντιμετωπίζεται με χειρουργική επέμβαση και μόνο, αυτό θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί ως προγνωστικός δείκτης για υποτροπή, και, ενδεχομένως, ως βοήθημα κατά την επιλογή των ασθενών σταδίου II οι οποίοι θα επωφεληθούν από την επικουρική θεραπεία. Ωστόσο, τα αποτελέσματα πρέπει να ερμηνεύονται με προσοχή με βάση το μέγεθος του δείγματος και να επικυρωθούν σε μεγαλύτερες σειρές ασθενών να επιβεβαιωθεί.

Μια ενδιαφέρουσα παρατήρηση είναι ότι χρωμοσωμικές ανωμαλίες, και όχι η ίδια η μεθυλίωση, των γονιδίων που περιλαμβάνονται στον πίνακα CIMP φαίνεται να είναι πιο σημαντική για την κλινική έκβαση της νόσου. Αυτό συνεπάγεται ότι τα γονίδια στον πίνακα CIMP έχουν δραστικότητα καταστολέα όγκων, και ότι μηχανιστική λειτουργία τους είναι σημαντική σε σχέση με τον καρκίνο του παχέος εντέρου, και όχι μόνο για μεθυλίωση. Πράγματι, τόσο RUNX3 και CDKN2A (επίσης γνωστή ως ρ16) είναι γνωστά γονίδια καταστολής όγκων. Παρεκκλίσεις στο RUNX3 έχουν αναφερθεί ως ένα πρώιμο συμβάν στον ορθοκολικό εξέλιξης του καρκίνου [40]. Η κανονική δραστικότητα του CDKN2A (επίσης γνωστή ως ρ16) γονίδιο είναι ως καταστολέας όγκου, εμποδίζοντας ανεξέλεγκτο κυτταρικό πολλαπλασιασμό κινώντας διακοπή του κυτταρικού κύκλου και της απόπτωσης. Η προγνωστική σημασία της CDKN2A αδρανοποίησης σε καρκίνο του παχέος εντέρου έχει μελετηθεί, αλλά υπάρχουν σαφείς ενώσεις έχει βρεθεί [43]. Περαιτέρω, η κανονική λειτουργία του CACNA1G επηρεάζει τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων και την απόπτωση, και να διαταραχθεί αυτή σηματοδότηση ασβεστίου μπορεί να είναι σημαντική στον καρκίνο, καθώς αυτές οι διεργασίες καθοδηγήσουν τις περαιτέρω πρόοδος στην κυτταρική ζωή. Αυτό δείχνει καθοριστική σημασία της, και ότι μη λειτουργικές CACNA1G θα στραφούν τα κύτταρα πάνω σε μια πιο επιθετική λειτουργία [53]. Επίσης, η IGF2 πρωτεΐνη ορμόνη εμπλέκεται στην ανάπτυξη και την ανάπτυξη του κυττάρου, και συμμετέχει στην καρκινογένεση [54,55].

Κατά τη διερεύνηση του αριθμού των μεθυλιωμένων θέσεων, υπήρξε σημαντικά πιο μεθυλίωση σε όγκους MSI συνέκρινε για MSS, και BRAF μεταλλαγμένα δείγματα σε σύγκριση με άγριου τύπου. Αυτό είναι πιθανότατα επειδή η μεθυλίωση του CRC-κρίσιμων γονιδίων προκαλεί MSI σε μη οικογενή καρκίνο του παχέος [56]. Ωστόσο, ο αριθμός των μεθυλιωμένων θέσεων ήταν επίσης στατιστικά σημαντική μεγαλύτερη σε μεγάλους όγκους σε σύγκριση με μικρότερα, και σε όγκους από γυναίκες σε σύγκριση με τους άνδρες.

Ασθενείς

Συμπεράσματα

σταδίου ΙΙ-ΙΙΙ καρκίνο του παχέος εντέρου που βιώνουν νωρίς υποτροπές του καρκίνου μετά τη χειρουργική επέμβαση είχαν σημαντικά περισσότερες χρωμοσωμικές ανωμαλίες (διάμεσος 6 έναντι μέση του 3 για τη ζωή των ασθενών) από τους ασθενείς χωρίς ενδείξεις της νόσου στα 3 χρόνια παρακολούθησης. Απώλεια της ογκοκατασταλτικών γονιδίων RUNX3 και CDKN2A (p16) εμφανίζονται να κατέχουν σημαντικές κλινικές πληροφορίες, εκτός από τον κόμβο-κατάσταση (στάδιο ΙΙΙ? Κόμβο θετική νόσο).