Αφηρημένο

Ιστορικό

Μετά τη διάγνωση του καρκίνου, η θεραπεία για τον ασθενή εξαρτάται από την προέλευση του όγκου σε μεγάλο βαθμό, ιδίως όταν ένας μεταστατικός όγκος είναι υπό θεραπεία. Ωστόσο, οι περιπτώσεις όπως άτυπου μετάσταση, χαμηλής διαφοροποίησης όγκους ή ακόμη και σε περιορισμένο αριθμό κυττάρων όγκου μπορεί να οδηγήσει σε προβλήματα στον εντοπισμό της προέλευσης. Επιπλέον, περίπου 3% έως 5% των συνολικών ασθενών με συμπαγείς όγκους δεν θα πρέπει να έχει προέλευση του όγκου τους που προσδιορίζονται στη διάρκεια της ζωής τους. Το ΘΕΡΟΣ CancerTYPE ID® έχει σχεδιαστεί για τον εντοπισμό της προέλευσης όγκου με τρόπο αντικειμενικό, ταχεία και τυποποιημένη διαδικασία.

Μεθοδολογία και ΚΥΡΙΟΤΕΡΑ ΑΠΟΤΕΛΕΣΜΑΤΑ

Αυτή είναι μια τύφλωσε αναδρομική μελέτη για την αξιολόγηση των επιδόσεων της ΘΕΡΟΣ CancerTYPE ID® σε ένα κινεζικό πληθυσμό. Συνολικά, 184 φορμόλη σταθερό εμπεδωθεί με παραφίνη (FFPE) δείγματα των 23 προέλευση του όγκου συλλέχθηκαν από την τράπεζα ιστών του Fudan Πανεπιστήμιο της Σαγκάης Cancer Center (FDUSCC). Μια τυπική διαδικασία εμπλουτισμού των καρκινικών κυττάρων χρησιμοποιήθηκαν, και τα αποτελέσματα πρόβλεψης συγκρίθηκαν με τη διάγνωση αναφοράς, η οποία επιβεβαιώθηκε από δύο έμπειρους παθολόγους σε FDUSCC. Όλα τα 184 δείγματα που αναλύθηκαν με επιτυχία, και όχι δείγματα όγκων αποκλείστηκαν λόγω των ζητημάτων της ποιότητας του δείγματος. Συνολικά, 151 δείγματα προβλέψει σωστά. Το ποσοστό συμφωνίας ήταν 82,1%. Μια Pearson Chi-square test δείχνει ότι δεν υπάρχει διαφορά μεταξύ αυτής της μελέτης και την προηγούμενη δοκιμή αξιολόγηση που πραγματοποιείται από bioTheranostics Inc. Δεν παρατηρήθηκε στατιστικά σημαντική μείωση παρατηρήθηκε είτε στην ομάδα μετάσταση ή όγκους με υψηλή βαθμολογία.

Συμπεράσματα

Ένα συγκρίσιμο αποτέλεσμα με το προηγούμενο έργο αποκτήθηκε. Συγκεκριμένα, τα δείγματα με σκορ υψηλή πιθανότητα (& gt? 0,85) έχουν μια υψηλή πιθανότητα (ποσοστό συμφωνίας = 95%) της ύπαρξης προβλέψει σωστά. Καμία διαφορά δεν παρατηρήθηκε απόδοση μεταξύ πρωτογενών και μεταστατικών δείγματα, και δεν παρατηρήθηκε διαφορά μεταξύ των τριών τάξεων του όγκου. Η χρήση της σύλληψης λέιζερ μικρο-ανατομή (LCM) καθιστά το ΘΕΡΟΣ CancerTYPE ID® προσιτή σε σχεδόν όλες τις ασθενείς με καρκίνο με διαφορετικές καταστάσεις όγκου

Παράθεση:. Wu F, Huang D, Wang L, Xu Q, Liu F, Ye Χ, et al. (2012) 92-Gene Μοριακής Profiling στην αναγνώριση του καρκίνου Προέλευση: Μια αναδρομική μελέτη στην κινεζική Πληθυσμός και απόδοσης μέσα σε διαφορετικές υποομάδες. PLoS ONE 7 (6): e39320. doi: 10.1371 /journal.pone.0039320

Επιμέλεια: Masaru Katoh, Εθνικό Κέντρο Καρκίνου, Ιαπωνία

Ελήφθη: 17 Ιανουαρίου, 2012? Αποδεκτές: 23η Μαΐου του 2012? Δημοσιεύθηκε: 22 Ιουνίου του 2012

Copyright: © 2012 Wu et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Οι συγγραφείς δεν έχουν καμία υποστήριξη ή χρηματοδότηση για να αναφέρετε

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. οι συγγραφείς έχουν την εξής ενδιαφέρον: FW, QX, FL, XY και XM είναι οι εργαζόμενοι της bioMérieux εταιρείας. ΘΕΡΟΣ CancerTYPE ID διατίθεται στην αγορά από bioMérieux. Δεν υπάρχουν διπλώματα ευρεσιτεχνίας ή άλλα προϊόντα στην ανάπτυξη για να κηρύξει. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών, όπως περιγράφεται λεπτομερώς σε απευθείας σύνδεση στον οδηγό για τους συγγραφείς.

Εισαγωγή

Περίπου το 10% έως 15% του καρκίνου οι ασθενείς που ορίζονται ως ασθενείς με μεταστατικό καρκίνο όταν διαγνώσθηκε για πρώτη φορά [1]. Πληροφορίες για την προέλευση του όγκου είναι πολύτιμη στις αποφάσεις της θεραπείας. Η ακριβής διάγνωση της πρωτογενούς site επιτρέπει στους κλινικούς ιατρούς να καθορίσουν το στάδιο του καρκίνου? χειρουργική επέμβαση θα μπορούσε να εφαρμοστεί σε ορισμένες περιπτώσεις, και την περαιτέρω ακτινοθεραπεία και χημειοθεραπεία ή site-specific θεραπεία θα μπορούσε επίσης να είναι επωφελής για τους ασθενείς. Μια αναδρομική μελέτη με 879 ασθενείς έδειξε μια αύξηση του χρόνου επιβίωσης σε ασθενείς για τους οποίους η κύρια θέση ταυτίστηκε [2]. Ωστόσο, άτυπου μετάσταση ή κακώς διαφοροποιημένο όγκοι μπορεί να παρουσιάσει προβλήματα στον εντοπισμό της προέλευσης των όγκων.

Αυξημένες προσπάθειες έχουν γίνει για τον εντοπισμό της προέλευσης ενός όγκου χρησιμοποιώντας διαφορετικές δεξιότητες και τεχνολογίες. Σε ορισμένες περιπτώσεις, ένας έμπειρος παθολόγος θα γνωρίζετε την απάντηση εξετάζοντας αιματοξυλίνη και ηωσίνη-βάφονται (H & amp? Ε) διαφάνειες. Ανοσοϊστοχημεία (IHC) είναι μια εξέταση ρουτίνας στο τμήμα παθολογίας και μερικές φορές θα παρέχουν χρήσιμες πληροφορίες στο επίπεδο της πρωτεΐνης.

Ωστόσο, ακόμη και με την επέκταση του πίνακα των αντισωμάτων, δεν είναι ακόμη δυνατό να επιτευχθεί μια πειστική συμπέρασμα με IHC ανεξάρτητα, και η διάγνωση αυτή θα μπορούσε να είναι πιο δύσκολο σε όγκους υψηλής ποιότητας. Μια μετα-ανάλυση τεσσάρων μελέτες έδειξαν ότι η IHC προσδιοριστεί σωστά την προέλευση του όγκου του 66% των δειγμάτων [3]. Ορισμένα τεστ DNA, συμπεριλαμβανομένης της απώλειας της ετεροζυγωτίας ανάλυση (LOH), ανάλυση μικροδορυφορική ανάλυση και ογκογονιδίου μετάλλαξη, θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί για να δείξει την κλωνική προέλευση μιας κακοήθειας. Με την εξέλιξη των διαγνωστικών κριτηρίων, τα εργαλεία και την τεχνολογία, τα περισσότερα από τα κύρια βλαβών καρκίνου θα μπορούσε τελικά να ταυτοποιηθούν μετά από μια σειρά χρονοβόρων διαδικασιών. Ωστόσο, περίπου 3% έως 5% του συνόλου των ασθενών με συμπαγείς όγκους δεν θα είναι σε θέση να έχουν την προέλευσή του όγκου τους με ακρίβεια διαγνωστεί πριν την έναρξη της θεραπείας ή ακόμα και στη διάρκεια της ζωής τους [4], [5].

Πρόσφατα, διαφορετικές μοριακές αναλύσεις για την δημιουργία προφίλ έκφρασης του mRNA ή miRNA αναπτύχθηκαν για να προσδιορίσει την αρχική τοποθεσία [6], [7], [8], [9] χρησιμοποιώντας μικροσυστοιχίες ή σε πραγματικό χρόνο τεχνολογία PCR. Αρκετές κρίσιμες mRNAs ή miRNAs έχουν περίγραμμα στην μεταστατική θέση των όγκων, και τα αποτελέσματα έδειξαν την πιθανή πρωτογενή θέση. αποτελέσματα επικύρωσης για αυτές τις μοριακές αναλύσεις έχουν δημοσιευθεί, και τα ποσοστά επιτυχίας ήταν περίπου 75,6% έως 89%.

Το ΘΕΡΟΣ CancerTYPE ID® είναι ένα πραγματικό χρόνο δοκιμής βάσει PCR που μπορεί να χρησιμοποιηθεί για τον εντοπισμό της προέλευσης των μεταστατικό καρκίνο και να καθορίσει την παθολογική τύπος ενός στερεού όγκου. Ένα σύνολο των 92 γονιδίων, συμπεριλαμβανομένης της αναφοράς 5 και 87 γονίδια όγκου-ειδικά, ανιχνεύθηκαν σε δείγματα FFPE από διαφάνειες.

Το 1

ου έκδοση του ΘΕΡΟΣ CancerTYPE ID® σχεδιάστηκε και δοκιμάστηκε το 2006 [6 ]. Επελέγησαν συνολικά 578 δείγματα όγκων να αναπτύξει μια ολοκληρωμένη βάση δεδομένων. Η βαθμολογία δυνατότητα αυτή δόθηκε μετά τη δοκιμή ως μέτρηση του πόσο παρόμοια το δείγμα που εξετάστηκε ήταν 32 προέλευση του όγκου και ιστολογική υπότυπους στη βάση δεδομένων αναφοράς. αποτελέσματα επικύρωσης έδειξε ένα ποσοστό επιτυχίας 87% στην κατάταξη των 32 τύπων όγκων και σε 119 δείγματα FFPE. Περαιτέρω επικύρωση καταδείχθηκε στην ταυτοποίηση των δειγμάτων από 20 ασθενείς πραγματική CUP τουλάχιστον 2 μήνες νωρίτερα από λανθάνουσα πρωτοταγή αναγνώριση τους, και τα περισσότερα από τα δείγματα αυτά ήταν από χαμηλή διαφοροποίηση όγκων. Αυτή η μελέτη έδειξε ότι 15 από τα 20 δείγματα ήταν ακριβή ταξινομούνται και αντιστοιχούσαν στις λανθάνουσες πρωτογενείς sites αργότερα εντοπίστηκαν [10].

ΘΕΡΟΣ CancerTYPE ID® (Έκδοση 2) ​​Στη συνέχεια αναπτύχθηκε. Η βάση δεδομένων του όγκου αναφοράς επεκτάθηκε σε 2.206 δείγματα, και η σχετική αλγόριθμος τροποποιήθηκε για να καταστεί δυνατή η πρόβλεψη της 30 βασικά είδη όγκων και 54 ιστολογική υποτύπους. Το πιο σημαντικό, μια μέθοδος εμπλουτισμού όγκου, σύλληψη λέιζερ μικρο-ανατομή (LCM), χρησιμοποιήθηκε. Η προσθήκη αυτή καθιστά την τεχνολογία που εφαρμόζεται, όταν περιορίζεται καρκινικά κύτταρα είναι διαθέσιμα. Σε ένα ξεχωριστό σύνολο ελέγχου των 187 δείγματα όγκων FFPE που εκπροσωπούν 28 από τα 30 βασικά είδη καρκίνου, ΘΕΡΟΣ CancerTYPE ID® (Έκδοση 2) ​​έδειξε μια συνολική ευαισθησία 83% [11].

Στη μελέτη αυτή, στοχεύουμε για την αξιολόγηση της απόδοσης του ΘΕΡΟΣ CancerType ID® (Έκδοση 2) ​​μέσα κινεζικού πληθυσμού. Πραγματοποιήσαμε μια τυφλωμένοι αναδρομική μελέτη στην οποία επιλέχθηκαν 184 δείγματα FFPE από FDUSCC, real-time PCR πραγματοποιήθηκε στη Σαγκάη, και τα παραγόμενα πρωτογενή δεδομένα αναλύθηκαν από bioTheranostics στο Σαν Ντιέγκο. Τα αποτελέσματα πρόβλεψη παρήχθησαν με bioTheranostics. Η απόδοση της ανάλυσης μέσα σε μερικές υποομάδες, συμπεριλαμβανομένων των διαφόρων τεχνολογιών και των χαρακτηριστικών του όγκου, συγκρίθηκε.

Υλικά και Μέθοδοι

Μελέτη

Αυτή είναι μια τύφλωσε αναδρομική μελέτη για την αξιολόγηση της απόδοσης της ΘΕΡΟΣ CancerTYPE ID® στην κινεζική πληθυσμό. δείγματα FFPE της 23ης προέλευση του όγκου επιλέχθηκαν από FDUSCC. Κλινικό ιστορικό και H & amp? Ε διαφάνειες επιβεβαιώθηκαν κατά τουλάχιστον 2 έμπειρους παθολόγους. καρκινικά κύτταρα αποκόπηκαν από διαφάνειες FFPE με απόξεση ή LCM. Μετά από ολονύκτια πέψη με πρωτεϊνάση Κ, ένα τυπικό πρωτόκολλο εφαρμόστηκε για την απομόνωση και την αντίστροφη αντιγραφή του RNA. Μια 92-γονίδιο Taqman πραγματικού χρόνου PCR πάνελ χρησιμοποιήθηκε στη συνέχεια για κάθε δείγμα. δεδομένα PCR παρήχθησαν και αποστέλλονται στο εργαστήριο CLIA σε bioTheranostics Inc. για ανάλυση. Τα δεδομένα που παράγονται χρησιμοποιώντας μια μέθοδο που περιγράφηκε προηγουμένως χωρίς να γνωρίζουν κάποια από τις κλινικές πληροφορίες, εκτός από το φύλο και τη θέση του οργάνου στο οποίο ελήφθησαν οι ιστοί [6], [11].

Ένα σύνολο 184 δειγμάτων 23 επελέγησαν κύριους τύπους όγκου για αυτή τη μελέτη, και αυτά τα δείγματα που περιγράφονται στον πίνακα 1. Αυτά τα δείγματα διαχωρίστηκαν σε 2 ομάδες για ανάλυση σύμφωνα με την δυσκολία της κλινικής αξιολόγησης και της πρακτικής: 139 δείγματα 17 τύπους όγκου ταξινομήθηκαν σε ομάδες στις οποίες η πρωτογενή θέση (n = 102, 73,4%) και η περιοχή μετάσταση (n = 37, 26,6%) ταυτοποιήθηκαν. Τα υπόλοιπα 45 δείγματα 6 τύπους όγκων, συμπεριλαμβανομένου του σαρκώματος, νευροενδοκρινική, μεσοθηλίωμα, του δέρματος, του μελανώματος και του καρκίνου του λεμφώματος, θα μπορούσαν να προκύψουν σε πολλά μέρη του σώματος ή σε πολλαπλά όργανα? Ως εκ τούτου, δεν είναι εύκολο να προσδιοριστεί με ακρίβεια το πρωτογενή θέση ή την προέλευση του όγκου. Για παράδειγμα, το λέμφωμα θα μπορούσε να βρεθεί και στις δύο πλευρές του διαφράγματος όταν διαγνωστεί και η ακριβής προέλευση δεν μπορούσε να προσδιοριστεί. Επιπλέον, αυτοί οι 6 τύποι όγκων δεν βρίσκονται στην έκθεση της THEROS CancerTYPE ID®. Αποφασίσαμε να συγκρίνουμε αυτά τα 45 δείγματα ξεχωριστά για την πρωτοβάθμια και μεταστατικούς όγκους τους. Τα ασθενή κλινικά χαρακτηριστικά που απεικονίζονται στον Πίνακα 2.

Η

Ασθενείς και όγκου δείγματα

Ένα σύνολο από 184 δείγματα όγκων ελήφθησαν από την τράπεζα ιστών του FDUSCC. δεν συμπεριλήφθηκαν τύπους όγκων που δεν ήταν στο διαγνωστικό κατάλογο ΘΕΡΟΣ CancerType ID®, και FFPE μπλοκ πριν από το 2008, δεν περιλαμβάνονταν επίσης σε αυτή τη μελέτη. Διαγνώσεις έγιναν με βάση την απαραίτητη αναθεώρηση ιατρικό ιστορικό, σωματική αξιολόγησης, των διαδικασιών απεικόνισης και πλήρη παθολογική επεξεργασία, συμπεριλαμβανομένης της H & amp? Ε χρώση. Όλες τις περιπτώσεις που εξετάστηκαν και διαγνωστεί με τουλάχιστον δύο παθολόγους.

Για κάθε δείγμα, τουλάχιστον 300 καρκινικών κυττάρων θα πρέπει να λαμβάνεται μετά τον τεμαχισμό. Κανένα άλλο ειδικά κριτήρια ένταξης, όπως το βάρος, την εκπροσώπηση του όγκου και ελάχιστο ποσοστό νέκρωσης, όφειλαν λόγω της τεχνολογίας που χρησιμοποιείται ανατομή.

FFPE Διαφάνειες και καρκινικά κύτταρα Εμπλουτισμός

Τα δείγματα ενσωματωμένα σε παραφίνη με ένα τυπικό πρωτόκολλο FFPE και αποθηκεύονται στην τράπεζα ιστών του FDUSCC. Η Η &? Ε διαφάνειες για κάθε μπλοκ του όγκου εξετάστηκαν για να επιβεβαιωθεί η ύπαρξη των κυττάρων του όγκου. Τα δείγματα με μεγάλη περιοχή του όγκου και υψηλή περιεκτικότητα σε καρκινικά κύτταρα χωρίς νέκρωση παρασκευάζονται για χειροκίνητη ανατομή. Άλλα δείγματα με μεγάλες περιοχές παρεμβολής, όπως τα φυσιολογικά κύτταρα, νεκρωτικές περιοχές, ινοκύτταρα, και διηθήσεις λεμφοκυττάρων, ή με χαμηλή εκπροσώπηση του όγκου και πολλαπλές διακριτές καρκινικά κύτταρα κάτω από το μικροσκόπιο σημάνθηκαν για LCM [12]. μπλοκ FFPE προετοιμάστηκαν για κάθε επεξεργασία και τρεις μη-χρωματισμένα πλακίδια 10-μm γυαλί (για απόξεσης) ή διαφάνειες μεμβράνη (για LCM) και μία Η &? Ε-χρώση slide. Περαιτέρω θεραπεία περιλαμβάνονται αποπαραφινώσεως, που περιβάλλει την περιοχή του όγκου (μόνο για ξύστε) ή χρώση (μόνο για LCM) και πρωτεϊνάση Κ πέψη διάρκεια της νύχτας.

Συνολικά, τα καρκινικά κύτταρα 127 δείγματα αποκόπηκαν από LCM, και τα υπόλοιπα 57 δείγματα αποξέστηκαν.

RNA εκχύλιση και προ-ενίσχυση

Μετά την πρωτεϊνάση Κ (Life Technologies, Inc.) κατεργασία όλη τη νύκτα (16-20 ώρες), η εκχύλιση RNA έγινε με ένα Zymo RNA Extraction Kit (έρευνα ZYMO) σύμφωνα με το προτεινόμενο πρωτόκολλο. Στη συνέχεια, 10 μΐ καθαρισμένου RNA υποβλήθηκε σε επεξεργασία με DNAse (Life Technologies, Inc.) για την εξάλειψη της μόλυνσης DNA γονιδιώματος στη διαδικασία PCR. Μετά την ανάστροφη μεταγραφή με πολυ-Τ και τυχαία εξαμερή εκκινητήρια μόρια, ένα βήμα προ-ενίσχυσης εκτελέστηκε με ένα κιτ ΑΒΙ προ-ΑΜΡ (Life Technologies, Inc.).

TaqMan PCR Προσδιορισμός

THEROS CancerTYPE ID® (Έκδοση 2) ​​είναι ένα πραγματικού χρόνου PCR δοκιμασία Taqman που βασίζεται που ανιχνεύει το επίπεδο έκφρασης των γονιδίων 92 και διακρίνει 30 τύπους όγκων. Μέσα σε αυτά τα 92 γονίδια, τα 5 γονίδια αναφοράς με σταθερή έκφραση σε όλο το ευρύ φάσμα των ιστών που χρησιμοποιούνται για την κλιμάκωση και QC. Τα υπόλοιπα 87 γονίδια εκφράστηκαν σε πολλαπλούς όγκους. Περίπου το 80% από αυτά τα γονίδια έχουν λειτουργικές σχολιασμό, συμπεριλαμβανομένων των παραγόντων μεταγραφής που δεσμεύονται με DNA, πρωτεΐνες κυτταρικής μεμβράνης και αρκετά καλά χαρακτηρισμένη δείκτες όγκου [6].

Η δοκιμασία έγινε επεξεργασία με προκατασκευασμένα ΑΒΙ 384 πλακών. Τέσσερα δείγματα εφαρμόσθηκαν σε κάθε 384 πλάκα. Για τον έλεγχο της ποιότητας των πειραμάτων, ένα αρνητικό έλεγχο και θετικό έλεγχο χρησιμοποιούνται με κάθε σύνολο πειραμάτων. Ο αρνητικός μάρτυρας αντικαθιστά το πραγματικό δείγμα με H

2O, και ο θετικός μάρτυρας είναι ένα οικουμενικό ανθρώπινο RNA αγοράστηκε από Stratagene, Inc. ζεύγη εκκινητών και ανιχνευτών MGB Taqman έχουν σχεδιαστεί για να παράγει ένα προϊόν ενίσχυσης των λιγότερο από 80 bps και συντίθεται από Sangon Biotech (Σαγκάη). Η καταμερισμού των προ-ενισχυμένα δείγματα πραγματοποιήθηκε σε έναν όγκο 10 μΐ σε μια προκατασκευασμένη πλάκα 384. Εκτελέστηκαν ενισχύσεις με ένα σύστημα ΑΒΙ 7900HT RT-PCR με τους ακόλουθους όρους: 50 ° C για 2 λεπτά, 95 ° C για 10 λεπτά, και 45 κύκλοι των 95 ° C για 15 δευτερόλεπτα και 60 ° C για 1 λεπτό. Τα ανεπεξέργαστα δεδομένα παρήχθησαν με τις προεπιλεγμένες ρυθμίσεις.

Ανάλυση Δεδομένων

Πρώτες δεδομένα προσδιορίστηκαν με το site βιοψία και το φύλο και την έστειλε σε bioTheranostics, Inc. χωρίς άλλες κλινικές πληροφορίες. Με τον αλγόριθμο KNN (K πλησιέστερου γείτονα), τα προφίλ έκφρασης των δειγμάτων συγκρίθηκαν με μία προκαθορισμένη βάση δεδομένων. Ένα πρότυπο για την έκθεση δημιουργήθηκε για κάθε δείγμα και έστειλε πίσω. Η έκθεση περιελάμβανε ένα αποτέλεσμα πρόβλεψη με σκορ πιθανότητα δείχνει την ομοιότητα των δειγμάτων που ελέγχθηκαν στα προφίλ των δεδομένων στη βάση δεδομένων. Οι τυποποιημένες αναφορές και η κλινική διάγνωση ήταν σε σύγκριση με τον υπολογισμό του ποσοστού συμφωνίας. Στατιστικά μεταξύ διαφόρων υποομάδων, όπως η υψηλή και η χαμηλή ποιότητα του RNA, LCM και απόξεση, πρωταρχική θέση και το site της μετάστασης, καθώς και την κακή διαφοροποίηση, περιγράφονται επίσης να αποδεικνύουν την απόδοση του THERO CancerType ID®. Η απόδοση των THERO CancerType ID® έκδοσης 1 και 2 συγκρίθηκε επίσης και περιγράφονται.

Αποτελέσματα

Επιδόσεις Δοκιμασία

Τα 184 δείγματα αποτελούνταν από 23 τύπους καρκίνου εντός του ΘΕΡΟΣ CancerTYPE ID® κατάλογο εργασίας. Υπολογίσαμε το ποσοστό της συμφωνίας μεταξύ της διάγνωσης αναφοράς και ΘΕΡΟΣ CancerTYPE ID® αποτελέσματα πρόβλεψης (Πίνακας 3). Ένα ποσοστό συμφωνίας του 82,1% (151/184) είχε επιτευχθεί για όλα τα δείγματα. Επιπλέον, τα δείγματα από επινεφριδίων, του μαστού, των γεννητικών κυττάρων, GIST, εντερική, του ήπατος, του λεμφώματος, του προστάτη και του καρκίνου του θυρεοειδούς ήταν 100% ταξινομηθεί σωστά. Τα δείγματα από νευροενδοκρινείς, νεφρό, πνεύμονα, δέρμα, τη χοληδόχο κύστη, μελάνωμα και καρκίνο της ουροδόχου κύστεως έδειξαν ποσοστό συμφωνία υψηλότερη από 80%. Για κάθε τύπο καρκίνου, υπολογίσαμε την ευαισθησία, ειδικότητα, θετική προγνωστική αξία (PPV) και αρνητική προγνωστική αξία (NPV) με τους ακόλουθους τύπους:

Η

Ευαισθησία: η ικανότητα να προβλέψουμε αληθώς θετικά = true θετικών /συνολική παρατηρούμενη θετικά

Ειδικότητα:.. η ικανότητα να προβλέψουμε αλήθεια αρνητικά = true αρνητικά /συνολική παρατηρούμενη αρνητικά

PPV: κλάσμα της πραγματικής θετικά μεταξύ των προγνωστικά θετικά = αληθώς θετικά /συνολικός αριθμός των προβλεπόμενων θετικών

NPV:.. κλάσμα της πραγματικής αρνητικά μεταξύ των πρόβλεψης αρνητικά = true αρνητικά /συνολικός αριθμός των προβλεπόμενων αρνητικών

Μέση Αναφορά Gene Ct (ARG Ct) Αξία και Πιθανότητες Score

Σε αυτή τη μελέτη, το RNA εξάγεται από FFPE διαφάνειες είτε με απόξεση ή LCM. Αυτές οι μέθοδοι συνήθως οδηγούν σε δυσμενή ποσότητα και την ακεραιότητα του RNA. Λόγω της σπανιότητας αυτών των δειγμάτων, δεν ελέγχουν την ποιότητα του RNA μετά εκχυλίζεται. Μετά εκτελείται σε πραγματικό χρόνο PCR, η μέση τιμή Ct 5 γονιδίων αναφοράς χρησιμοποιείται ως ένδειξη της ποιότητας RNA. Χαμηλή ποσότητα ή η ακεραιότητα του RNA θα οδηγήσει σε υψηλότερη Ct, υποδεικνύοντας μια μη-βέλτιστη κατάσταση του RNA υλικών.

Αυτά τα 184 δειγμάτων που ελέγχθηκαν έχουν ένα ευρύ φάσμα των μέσων γονιδίου αναφοράς τιμές Ct από 21,7 έως 36,3 (Εικόνα 1). Η δοκιμασία Kolmogorov-Smirnov έδειξε ότι αυτές οι τιμές ARG Ct ήταν κανονικά κατανεμημένες (

P

= 0.2). Η μέση και διάμεση τιμή ήταν 27,34 και 27,36, αντίστοιχα. Ένα σύνολο 29 δειγμάτων έδειξαν τιμές ARG Ct εντός της περιοχής 21,7 έως 25, και 26 από αυτούς είχαν προβλέψει σωστά (89,7%). Για την περιοχή από 25 έως 30, 107, 132 (81,1%) δείγματα προβλέψει σωστά. Για τα δείγματα που έχει υψηλότερη ARG Ct (& gt? 30), 18 από 23 δείγματα (78,3%) έχουν προβλέψει σωστά. Μια Pearson Chi-square test δεν έδειξε σημαντική διαφορά μεταξύ αυτών των 3 ομάδων (

P

= 0,484).

Ένα ιστόγραμμα του αριθμού των δειγμάτων έναντι μέσου όρου γονίδια αναφοράς τιμή Ct δείχνει μια κανονική κατανομή. Είναι πιθανόν λόγω της φύσης του δείγματος ποιότητας (τόσο ποσότητα και ακεραιότητα) από LCM. Επίσης, αυτή η κανονική κατανομή υποστηρίζει την άποψη ότι η αξία ARG Ct είναι ένας καλός δείκτης για την ποιότητα του δείγματος.

Η

Η βαθμολογία της πιθανότητας είναι ένας δείκτης της βεβαιότητας κατάταξης. Στη δοκιμή μας, η βαθμολογία κυμαινόταν από 0,28 να 0.96 (Σχήμα 2). Συνολικά, 121 από τα 184 δείγματα (65,8%) παρουσίασαν μια πιθανότητα υψηλότερη βαθμολογία από 0,85, μεταξύ των οποίων είχαν ταξινομηθεί εσφαλμένα μόνο η προέλευση του όγκου των 6 δειγμάτων. Το ποσοστό συμφωνίας ήταν 95% (115/121). Τα υπόλοιπα 63 δείγματα είχαν μια πιθανότητα να σκοράρει λιγότερο από 0,85, μεταξύ των οποίων είχαν ταξινομηθεί εσφαλμένα 27 δείγματα. Το ποσοστό συμφωνίας είναι πολύ χαμηλότερο (57,1%, 36/63).

Ένα ιστόγραμμα του αριθμού των δειγμάτων έναντι βαθμολογία της πιθανότητας δείχνει μια εξαιρετικά προκατειλημμένη διανομής. Τα περισσότερα από τα δείγματα που ελέγχθηκαν έχουν μια πιθανότητα να σκοράρει υψηλότερα από 0,85 και πήρε ένα πολύ υψηλό ποσοστό συμφωνίας (95%).

Η

Η βαθμολογία της πιθανότητας για όλα τα δείγματα έχουν μια συσχέτιση κοντά στο 0 (-0.003 ) με την αξία ARG Ct. Ένα t-test έδειξε καμία διαφορά στην αξία ARG Ct μεταξύ ταξινομείται ορθώς και ταξινομείται εσφαλμένα ομάδα (

P

= 0.953). Ωστόσο, η βαθμολογία της πιθανότητας δείχνει μια σημαντική διαφορά μεταξύ σωστές και λανθασμένες ομάδες (

P

= 1.794E-7).

Σύγκριση Αποδόσεων Απόδοση του Δημοτικού και Μετάσταση ιστοσελίδας

Όπως έχει ήδη περιγράφονται, εκτός από τους τύπους 6 όγκου (δέρμα, σάρκωμα, μελάνωμα, μεσοθηλίωμα, νευροενδοκρινική και λέμφωμα), 139 δείγματα που αντιπροσωπεύεται από 17 τύπους όγκων. Από αυτούς, 102 (73,4%) ήταν το πρωτεύον όγκου, και 37 είχαν μεταστάσεις (26,6%). Η ακρίβεια ταξινόμησης για την πρωτογενή θέση και μετάσταση ιστοσελίδα ήταν 86,3% (n = 102) και 73,0% (n = 37), αντίστοιχα.

Για την ομάδα μετάσταση, αξιολογήσαμε την τοποθεσία βιοψία και το αποτέλεσμα πρόβλεψη. Δύο δείγματα μοιράζονται την ίδια ετικέτα τύπο όγκου. Και οι δύο από τα δείγματα ήταν γαστρο οισοφαγικής όγκους μετάσταση στις ωοθήκες και προβλέφθηκαν ως καρκίνο των ωοθηκών. Επιπλέον, τα καρκινικά κύτταρα και για τα δύο δείγματα απομονώθηκαν με LCM. Αυτή η εσφαλμένη κατάταξη θα μπορούσε ενδεχομένως να προκληθεί από την τεχνική λάθη στην LCM. Μετά την αφαίρεση αυτών των 2 δειγμάτων, το ποσοστό συμφωνίας της ομάδας μετάστασης ήταν 77,1%.

Στην κλινική πράξη, πολλές άγνωστες πρωτογενείς καρκίνους εντοπίστηκαν για πρώτη φορά στους λεμφαδένες. Στις περισσότερες από αυτές τις περιπτώσεις, υπήρξαν περιορισμένες καρκινικά κύτταρα και υψηλή μόλυνση από λεμφοκύτταρα. Στο σύνολο δεδομένων μας, 19 δείγματα όγκου λήφθηκαν από λεμφαδένες. Η συνολική ακρίβεια ήταν 68,4% (n = 19).

Σύμφωνα με το ακριβές τεστ του Fisher, η απόδοση για την αρχική τοποθεσία, τοποθεσία μετάσταση και τα δείγματα μετάσταση στους λεμφαδένες δεν ήταν σημαντικά διαφορετική (86,3%, 73,0% και 68,4% ?

P

= 0,060)

μια μονόδρομη ANOVA test κατά μέσο όρο γονίδιο αναφοράς τιμές Ct και βαθμολογίες πιθανότητα δεν έδειξε σημαντική διαφορά μεταξύ αρχική τοποθεσία, μετάσταση και ομάδες μετάσταση στους λεμφαδένες (ARG Ct.

P

= 0.726?. βαθμολογία της πιθανότητας

P

= 0,996)

Σύγκριση Αποδόσεων Απόδοση του LCM και ξύσιμο

Συνολικά, 127 από τα 184 δείγματα αποκόπηκαν με LCM να εμπλουτίσει τα κύτταρα του όγκου στα τμήματα, και τα υπόλοιπα 57 δείγματα αποξέστηκαν. Το ποσοστό συμφωνίας είναι 91,2% (52/57) για την ομάδα ξύσιμο και το 78,0% (99/127) για την ομάδα LCM, και αυτή η μείωση στην ομάδα LCM είναι στατιστικά σημαντική (

P

= 0,03).

Επιπλέον, η αξία ARG Ct της ομάδας LCM μειώθηκε σημαντικά από 2.48 (t-test

P

= 3.75E-11) σε σύγκριση με την ομάδα απόξεση (μέση διαφορά). Σε γενικές γραμμές, τα δείγματα LCM έχουν βαθμολογία 0,05 μικρότερη πιθανότητα από τα δείγματα απόξεσης, και αυτή η διαφορά είναι επίσης στατιστικά σημαντική (t-test

P

= 0,045).

Tumor βαθμού και Δοκιμασία απόδοσης

στο πλαίσιο των 184 δειγμάτων, 90 έχουν πληροφορίες βαθμού όγκου (48,9%, 90/184) σε παθολογικές εκθέσεις τους. Συνολικά, 12 ήταν καλά διαφοροποιημένα (χαμηλού βαθμού ή βαθμού Ι), 28 ήταν μετρίως διαφοροποιημένων (ενδιάμεσο βαθμό ή βαθμού ΙΙ) και 50 ήταν φτωχά διαφοροποιημένα ή αδιαφοροποίητα (υψηλού βαθμού ή βαθμού ΙΙΙ).

Το ποσοστό συμφωνίας είναι 83,3% (10/12) στην ομάδα κατηγορίας Ι, και 75% (21/28) για το βαθμό II και 76% (38/50) για το βαθμό III (Πίνακας 4). Ωστόσο, οι διαφορές απόδοσης δεν είναι στατιστικά σημαντική (ακριβής δοκιμασία του Fisher

P

= 0.884). Το τεστ ANOVA έδειξε επίσης ότι τόσο η βαθμολογία της πιθανότητας και η τιμή ARG Ct δεν ήταν σημαντικά διαφορετική μεταξύ των τριών ομάδων (

P

= 0,298 για ARG Ct?

P

= 0,096 για την βαθμολογία της πιθανότητας) .

η

Σύγκριση της απόδοσης με την προηγούμενη μελέτη

σε μια προηγούμενη μελέτη από Ma et al., ο προσδιορισμός ΘΕΡΟΣ CancerTYPE ID® (Έκδοση 1) αξιολογήθηκε με τη δοκιμή 119 δείγματα όγκων FFPE. Η συνολική ακρίβεια ήταν 82% μέσα σε 32 τύπους όγκων από 26 προέλευση του όγκου.

Σε σύγκριση με THERO CancerType ID® (Έκδοση 1), THERO CancerType ID® (Έκδοση 2) ​​αναπτύχθηκε αργότερα. Η βάση δεδομένων του όγκου αναφοράς επεκτάθηκε σε 2.206 δείγματα, και η σχετική αλγόριθμος ρυθμίστηκε να καταστεί δυνατή η πρόβλεψη ενός τροποποιημένου κατάλογο 30 κύριων τύπων όγκου και 54 ιστολογική υποτύπους. Στο σύνολο ελέγχου των 187 δείγματα όγκων FFPE που εκπροσωπούν 28 από τους 30 κύριους τύπους καρκίνου, η THERO CancerType ID® (Έκδοση 2) ​​έδειξε μια συνολική ευαισθησία 83% στην προηγούμενη επικύρωση σε ένα αμερικανικό πληθυσμό [11].

για να συγκρίνετε την απόδοση της προηγούμενης σειράς δοκιμών της Ma et al., με τα δεδομένα μας δημιουργούνται από ΘΕΡΟΣ CancerTYPE ID® δοκιμασία (Έκδοση 2), προηγούμενους τύπους όγκων της ταυτότητας CancerType (Έκδοση 1) προσαρμόστηκαν για να ληφθεί ένα συγκρίσιμο όγκο λίστα τύπος. Μερικοί υποτύποι όγκου από το ίδιο προέλευσης, όπως πνευμονικό καρκίνωμα μικρών κυττάρων, των πνευμόνων πλακώδους, του πνεύμονα μεγάλου κυττάρου και αδενοκαρκίνωμα, συνενώθηκαν μαζί. Ενώ κάποια άλλα είδη όγκων που δεν είχαν ελεγχθεί, όπως ο εγκέφαλος του όγκου και μηνιγγίωμα, απομακρύνθηκαν. Τέλος, λάβαμε ένα κατάλογο με 18 κύριους τύπους όγκων εξετάστηκαν για τις δύο μελέτες. Επίσης, η απόδοση της δοκιμασίας έχει σχέση, όπως φαίνεται στον Πίνακα 5.

Η

Για να συγκριθεί η συνολική απόδοση της THERO CancerType ID® (Έκδοση 2) ​​πραγματοποιήθηκε σε αμερικανικό πληθυσμό με τη μελέτη μας στην κινεζικού πληθυσμού, 5 κύριους τύπους όγκων που δεν εξετάστηκαν σε αυτή τη μελέτη είχαν αφαιρεθεί για να αποκτήσετε ένα συγκρίσιμο 23 τύπους όγκων σε 171 δείγματα.

το συνολικό ποσοστό συμφωνίας είναι 84,8% (89/105) για την πρώτη σειρά δοκιμών του THERO CancerType ID ® (έκδοση 1) και 84,6% (121/143) στη μελέτη μας. Μια Pearson Chi-square test δεν δείχνει σημαντική διαφορά (

P

= 0,975). (Πίνακας 5).

Η σύγκριση μεταξύ του συνόλου δοκιμής των 187 δειγμάτων και αυτής της μελέτης έδειξαν ένα ποσοστό συμφωνίας των 83,6% (143/171) έναντι 82,1% (151/184). Δεν βρέθηκε σημαντική διαφορά (

P

= 0.697). (Πίνακας 6).

Η

Συζήτηση

Για τον προσδιορισμό της προέλευσης ενός όγκου, οι κλινικοί γιατροί θα πρέπει να επανεξετάσει το ιατρικό ιστορικό, εκτελέστε προσεκτική φυσική εξέταση, εκτελούν διαφορετικούς τύπους ενδοσκοπήσεις και να χρησιμοποιήσετε πολλές απεικόνισης συσκευές, όπως η μαστογραφία, τομογραφία, μαγνητική τομογραφία ή PET. IHC είναι επίσης ένα τρέχον πρότυπο περίθαλψης στη διάγνωση των όγκων. Ωστόσο, ακόμη και με μια αυξανόμενη ομάδα αντισωμάτων, το ποσοστό επιτυχίας του προσδιορισμού προέλευσης όγκων δεν είναι εντελώς ικανοποιητική. Μια μετα-ανάλυση έδειξε ότι ένα εκτεταμένο IHC κατεργασία προσδιοριστεί σωστά την κύρια περιοχή για το 66% του συνόλου των μεταστατικών δειγμάτων [3]. προφίλ γονιδιακής έκφρασης έχει χρησιμοποιηθεί για την ταξινόμηση του όγκου σε πολλές μελέτες [6] – [9], [13]. Ωστόσο, στην κλινική πράξη, οι γιατροί θα συναντήσει όλους τους τύπους των δειγμάτων όγκου, από μετάσταση λεμφαδένα σε πρωτογενή καρκίνο, από βιοψία με λεπτή βελόνα να χειρουργική εκτομή, από καλά διαφοροποιημένο να πτωχά διαφοροποιημένο όγκους και με μια ποικιλία από την ποσότητα και την ακεραιότητα του RNA. Μία δοκιμασία μοριακής χαρακτηριστικών που μπορεί να εφαρμοστεί σε όλους τους τύπους των δειγμάτων είναι απαραίτητη. Επιπλέον, λόγω της πολυπλοκότητας και της ποσοτικής της φύσης αυτής της τεχνολογίας, ένα πρότυπο διαδικασία βήμα ενσωμάτωσης δείγματος και κατεργασία του δείγματος θα πρέπει να εφαρμόζεται για να ληφθεί ένα συγκρίσιμο και αναπαραγώγιμο αποτέλεσμα την απόδοση.

Στην παρούσα μελέτη, έχουμε αξιολογήσει την απόδοση των η ΘΕΡΟΣ CancerTYPE ID®, ένα πραγματικό χρόνο που βασίζεται στην PCR mRNA έκφραση 92 γονιδίων προφίλ πάνελ, με 184 FFPE δείγματα ιστού από Κινέζους ασθενείς. Η μελέτη αυτή γίνεται τυφλά και ανεξάρτητα σε ένα εξωτερικό εργαστήριο, bioTheranostics Inc., χρησιμοποιώντας αποθηκευμένα δείγματα στην τράπεζα ιστών του FDUSCC. Αυτή η μελέτη έδειξε ότι η δοκιμασία CTID μπορούσε να πραγματοποιηθεί προσεκτικά έξω από το εργαστήριο CLIA στις Ηνωμένες Πολιτείες με διαφορετικά δείγματα που λαμβάνονται από κινεζικού πληθυσμού και δείχνουν συγκρίσιμη απόδοση. Επιπλέον, πρέπει επίσης να προσπαθήσει να διερευνήσει την επίδραση των διαφόρων υποομάδων του δείγματος.

Δημοσιεύθηκε γονιδιακή έκφραση που βασίζεται σε αναλύσεις CUP συχνά έχουν κάποια κριτήρια ένταξης του δείγματος σχετικά με την εκπροσώπηση των όγκων, ελάχιστη νέκρωση και την ολική ποιότητα του RNA. . Για παράδειγμα, στο έργο του Rosenfeld κ.ά., τα περισσότερα δείγματα περιλαμβάνονται (& gt? 90%) είχαν τουλάχιστον το 50% του όγκου στην περιοχή του τμήματος, και 5 μg συνολικού RNA ήταν αναγκαία [9]. . Στο έργο του Monzon et al, ήταν απαραίτητη μια οπτική εξέταση από παθολόγους, και τουλάχιστον το 60% εκπροσώπηση του όγκου και & lt? 20% νέκρωση περιλήφθηκαν [7], [8]. Στην προηγούμενη μελέτη αξιολόγησης της ΘΕΡΟΣ CancerTYPE ID® από Ma et al., Η μέση περιεκτικότητα του όγκου όλων των δειγμάτων ήταν περίπου 65% [6].

Με την εφαρμογή των LCM, ΘΕΡΟΣ CancerTYPE ID® (Έκδοση 2) είναι σε θέση να αντιμετωπίζουν δείγματα με διαδίδονται καρκινικά κύτταρα, όπως μετάσταση λεμφαδένων. Στα δεδομένα μας, αν και μια μείωση των επιδόσεων παρατηρείται στην ομάδα LCM, εξακολουθεί να έδειξε ένα ποσοστό συμφωνίας 78%.

Ωστόσο, υπάρχουν τεχνικές δυσκολίες κατά τη χρήση LCM. Λόγω της εξαιρετικά διάσπαρτα κύτταρα του όγκου και χαμηλή αντιπροσώπευση όγκου σε ορισμένα δείγματα, το χαμηλό ποσότητα του RNA, η μόλυνση με περιβάλλοντα κύτταρα, όπως ινοκύτταρα, λεμφοκύτταρα ή νεκρωτικές περιοχές, και η υποβάθμιση του RNA κατά τη διάρκεια χρώση και ανατομή, τα αποτελέσματα qRT-PCR μπορεί να αλλάξει .

Σε δεδομένα μας, το χαμηλό ακεραιότητα και την ποσότητα του RNA δεν επηρέασε σημαντικά τα αποτελέσματα της κατάταξης. Παρατηρήσαμε μια μείωση στην ευαισθησία με μία αύξηση στην τιμή Ct ARG, αλλά αυτή η διαφορά δεν ήταν στατιστικά σημαντική. Επιπλέον, υπάρχουν διαφορές στο ARG Ct βρέθηκαν μεταξύ του ταξινομείται ορθώς και ταξινομείται εσφαλμένα ομάδα.

Η μόλυνση βρέθηκε επίσης σε τουλάχιστον 2 δείγματα. Και τα δύο αυτά δείγματα είναι γαστρο οισοφαγικής μεταστάσεων όγκων στην ωοθήκη. Τα δείγματα ελήφθησαν από το μεταστατικό θέση, και οι δύο είχαν προβλεφθεί όπως ο καρκίνος των ωοθηκών. Λαμβάνοντας υπόψη αυτές τις τεχνικές δυσκολίες, μια μείωση στην απόδοση ταξινόμησης από 91% σε ξύνεται δείγματα σε 78% σε δείγματα LCM φαίνεται αναπόφευκτη.

Στην κλινική πράξη, οι μεταστάσεις συχνά αυξάνουν τη ζήτηση για την πρωτογενή προέλευση του όγκου να εντοπιστούν γρήγορα και με ακρίβεια. Ωστόσο, πολλές προηγούμενες μελέτες είχαν ήδη περιγράψει την αλλαγή στη μορφολογία, IHC και mRNA προφίλ. Αυτή η αλλαγή θα έχει ως αποτέλεσμα μια μείωση στην ακρίβεια ταξινόμησης από παθολόγους ή μοριακών δοκιμές που βασίζονται σε προφίλ γονιδιακής έκφρασης. Στα δεδομένα μας, οι πρωτογενείς όγκοι εμφάνισαν την υψηλότερη ευαισθησία, με ποσοστό συμφωνίας του 86,3%. Όλα τα 37 μεταστατικών όγκων έδειξαν ένα ποσοστό συμφωνίας 73%. Για ορισμένους ασθενείς, η μόνη θέση μετάσταση προσδιορίζονται είναι ο λεμφαδένας. Υπολογίσαμε επίσης το ποσοστό συμφωνίας των δειγμάτων 19 λεμφαδένα μετάσταση και έλαβε 68,4% ευαισθησία. Ωστόσο, η μείωση αυτή δεν είναι σημαντική (

P

= 0,06).

Η ομάδα μετάσταση είχε περισσότερα δείγματα LCM. Είναι δύσκολο να καθοριστεί αν η μείωση των επιδόσεων προκαλείται κυρίως από μετάσταση που σχετίζονται με το προφίλ έκφρασης αλλαγές ή μόλυνση κατά τη διάρκεια της LCM. Επιπλέον, το περιορισμένο μέγεθος του δείγματος εντός του ομίλου μετάσταση έκανε το αποτέλεσμα λιγότερο πειστική.

Βαθμός όγκου μπορεί επίσης να αλλάξει το προφίλ της μορφολογίας και της έκφρασης. Χαμηλής διαφοροποίησης όγκους είναι μερικές φορές δύσκολο να εντοπιστούν και θα προκαλέσει λανθασμένη διάγνωση. Ωστόσο, τα στοιχεία μας, τα δείγματα όγκων 50 βαθμού ΙΙΙ είχε ένα ποσοστό συμφωνίας 76%, και οι διαφορές απόδοσης μεταξύ των τριών βαθμών δεν ήταν στατιστικά σημαντική (P = 0.884).

Προηγουμένως, δύο επικυρώσεις είχε πραγματοποιηθεί με τη χρήση δειγμάτων των οποίων η προέλευση του όγκου είχε ήδη επισημανθεί στην αμερικανική πληθυσμού. Η μελέτη μας έδειξε ότι η συνολική απόδοση των ΘΕΡΟΣ CancerTYPE ID® (Έκδοση 2) ​​κινεζικός πληθυσμός είναι συγκρίσιμα με την προηγούμενη δοκιμή από ΘΕΡΟΣ CancerTYPE ID® (Έκδοση 1) [6] και η δοκιμή δυσανασχετούν από ΘΕΡΟΣ CancerTYPE ID® (Έκδοση 2) αμερικανικού πληθυσμού [11]. Ωστόσο, η απόδοση για ορισμένους τύπους καρκίνου, όπως του ενδομητρίου και ο καρκίνος των ωοθηκών, μειώθηκε στην κινεζική πληθυσμό. Οι όγκοι όπως ο καρκίνος του πνεύμονα και ο καρκίνος του εντέρου έδειξαν αύξηση στην απόδοση σε αυτές τις δοκιμές επικύρωσης. Ωστόσο, λόγω των περιορισμένων δείγματα κάθε τύπου του όγκου και του τύπου ιστολογία, είναι δύσκολο να επιβεβαιωθεί κατά πόσο αυτή η διαφορά απόδοσης προκλήθηκε από μια διαφορά προφίλ έκφρασης μεταξύ διαφορετικών πληθυσμών ή τον τύπο ιστολογία δοκιμάστηκαν.

Αν και συνολικά 184 δείγματα που περιλαμβάνονται στη μελέτη, για ορισμένους τύπους όγκων με μικρά δείγματα, η ανάλυση δεν ήταν σε θέση να επιτύχουν επαρκή στατιστική ισχύ. Όπως ο καρκίνος των επινεφριδίων, μόνο 2 δείγματα ελέγχθηκαν. Συμπληρωματική μελέτη με διευρυμένο μέγεθος του δείγματος για ορισμένους τύπους όγκων μάλιστα αναγκαία στο μέλλον.

Συμπέρασμα

Αξιολογήσαμε την απόδοση του ΘΕΡΟΣ CancerTYPE ID® σε 184 κινεζικές δείγματα όγκου των 23 τύπων. Η δοκιμασία διεξήχθη στα τυφλά και ανεξάρτητα.