Αφηρημένο

Ιστορικό

Οι όγκοι συχνά εμφανίζουν απώλεια των ογκοκατασταλτικών γονιδίων ή αλληλόμορφων κέρδη ενεργοποιημένων ογκογονιδίων. Ένα σημαντικό ποσοστό της ευαισθησίας του καρκίνου τόπων στο ποντίκι δείχνουν σωματικά ζημίες ή τα κέρδη συνεπής με την παρουσία μιας επιδεκτικότητα όγκου ή αλληλόμορφο αντίσταση. Έτσι, αλληλόμορφο-ειδικών σωματικών κέρδη ή ζημιές κατά τόπους μπορεί να οριοθετήσει την παρουσία της αντίστασης ή της ευαισθησίας αλληλόμορφα. Ο στόχος αυτής της μελέτης ήταν να καθοριστεί εάν αντιστοιχίζεται στο παρελθόν τόπους ευαισθησία για καρκίνο του παχέος εντέρου δείχνουν στοιχεία για συγκεκριμένα αλληλόμορφα σωματικές εκδηλώσεις σε όγκους του παχέος εντέρου.

Μέθοδοι

Πραγματοποιήσαμε ποσοτική προσδιορισμό του γονότυπου των 16 πολυμορφισμών μονού νουκλεοτιδίου (SNPs) που δείχνουν στατιστικά σημαντική συσχέτιση με καρκίνο του παχέος εντέρου σε δημοσιευμένες μελέτες συσχέτισης γονιδιώματος επίπεδο (GWAS). Εμείς γονότυπος 194 ζεύγη φυσιολογικό και του παχέος δείγματα DNA των όγκων και 296 ζεύγη δειγμάτων επικύρωσης για τη διερεύνηση αυτών των SNPs για αλληλόμορφο-ειδικών σωματικών κερδών και ζημιών. Συνδυάσαμε ανάλυση των δεδομένων μας με τα δημοσιευμένα δεδομένα για επτά από αυτά τα SNPs.

Αποτελέσματα

Δεν παρατηρήθηκε στατιστικά σημαντική απόδειξη για αλληλόμορφο-ειδική σωματικών επιλογή παρατηρήθηκε για τις δοκιμαζόμενες πολυμορφισμών στο σετ ανακάλυψη. Η

rs6983267

παραλλαγή, η οποία έχει δείξει επιλεκτική απώλεια του αλληλόμορφου μη κινδύνου T και η σχετική αύξηση του αλληλόμορφου G κινδύνου σε προηγούμενες μελέτες, που ευνοείται σε σχέση με το κέρδος του αλληλόμορφου G στα δείγματα συνδυασμό ανακάλυψη και την επικύρωση (διορθωμένο p-value = 0,03). Όταν συνδυασμένα δεδομένα μας με τα δημοσιευμένα δεδομένα ανισορροπία αλληλόμορφο-ειδικό για αυτό το SNP, η G αλληλόμορφο του

rs6983267

έδειξαν στατιστικά σημαντικές ενδείξεις σχετική κατακράτηση (p-value = 2.06 × 10

-4).

Συμπεράσματα

τα αποτελέσματά μας δείχνουν ότι η πλειοψηφία των παραλλαγών προσδιορίζονται ως αλληλόμορφα ευαισθησίας καρκίνος του παχέος εντέρου μέσω GWAS δεν εμφανίζουν σωματικά αλληλόμορφο-ειδική ανισορροπία σε όγκους του παχέος εντέρου. Τα στοιχεία μας επιβεβαιώνουν προηγούμενα δημοσιευμένα αποτελέσματα δείχνουν αλληλόμορφο-ειδική ανισορροπία για

rs6983267

. Αυτά τα αποτελέσματα δείχνουν ότι το αλληλόμορφο-ειδική ανισορροπία των αλληλομόρφων ευαισθησίας του καρκίνου μπορεί να μην είναι ένα κοινό φαινόμενο σε καρκίνο του παχέος εντέρου

Παράθεση:. Gerber MM, Hampel Η Schulz NP, Fernandez S, Wei L, Zhou XP, κ.ά. . (2012) Αξιολόγηση των συγκεκριμένων αλληλόμορφων σωματικά Μεταβολές του γονιδιώματος σε επίπεδο σύνδεσης Μελέτη Ευαισθησία αλληλόμορφα ανθρώπινου ορθοκολικού καρκίνου. PLoS ONE 7 (5): e37672. doi: 10.1371 /journal.pone.0037672

Επιμέλεια: Ludmila Prokunina-Olsson, Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου, Εθνικό Ινστιτούτο Υγείας, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 17 Ιαν 2012? Αποδεκτές: 26 του Απρίλη 2012? Δημοσιεύθηκε: May 21, 2012 |

Copyright: © 2012 Gerber et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η μελέτη χρηματοδοτήθηκε εν μέρει από το ΝΙΗ /NCI (CA134461 να ΑΕΤ και CA67941 να ADLC) και τη χορήγηση Ohio State University Comprehensive Cancer Center πυρήνα (CA16058). MMG χρηματοδοτήθηκε από OSU College of Medicine Συστημάτων και Ολοκληρωμένη επιχορήγηση της κατάρτισης Βιολογίας. NPS χρηματοδοτήθηκε από OSU College of Medicine Φοιτήτρια Ιατρικής Έρευνας Υποτροφιών. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Amanda Toland είναι μια Συντακτική μέλος του Διοικητικού Συμβουλίου PLoS ONE. Αυτό δεν αλλάζει την τήρηση των συγγραφέων σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

Τα ογκοκατασταλτικά γονίδια και ογκογονίδια έχουν από καιρό αναγνωριστεί για να δείξει τις απώλειες αριθμό αντιγράφων και τη βελτίωση της όγκων, αντίστοιχα [1], [2]. Κλασικά, το αλληλόμορφο αγρίου τύπου των ογκοκατασταλτικών γονιδίων χάνεται σε όγκους ενώ η μεταλλαγμένη ή μη λειτουργικό αλληλόμορφο εμφανίζει επιλεκτική κατακράτηση. Παρομοίως, ένα ενεργοποιημένο μετάλλαξη ή ενεργοποιημένο αντίγραφο ενός ογκογονιδίου συχνά επιλέγεται για το κέρδος ή ενίσχυση σε όγκους. Προηγούμενες μελέτες χρησιμοποιώντας μοντέλα ποντικών αποδεικνύουν ότι ένα υποσύνολο των τόπων ευαισθησία για το δέρμα και τον καρκίνο του παχέος εντέρου επιδεικνύουν στέλεχος-ειδικά κέρδη ή ζημίες που συνάδουν με αυτούς τους τόπους κατοικίας του όγκου προώθηση αλληλόμορφα ή αλληλόμορφα καταστολής όγκων [3], [4]. Για παράδειγμα,

PTPRJ

, ένα γονίδιο που ταυτοποιήθηκε αρχικά ως χαρτογράφηση καταστολέας υποψήφιος όγκων στο ποντίκι

SCC1

τόπο, δείχθηκε να χάνει κατά προτίμηση ένα αλληλόμορφο αντίσταση ύποπτο σε ένα υποσύνολο ετερόζυγο ανθρώπινου ορθοκολικού αδενοκαρκινώματα που δείχνει την απώλεια της ετεροζυγωτίας σε

PTPRJ

[3]. Αλληλόμορφων ειδικών κέρδη ενός μόνο νουκλεοτιδίου πολυμορφισμός (SNP) σε

AURKA

,

rs2273535

, έχουν παρατηρηθεί σε πολλές μελέτες των όγκων παχέος εντέρου [5], [6]. έχουν προνομιακή κέρδη αλληλόμορφες ή ζημίες σε πολλαπλές περιοχές του γονιδιώματος έχουν ταυτοποιηθεί σε οθόνες γονιδιώματος σε επίπεδο κοιτάζοντας τα άτομα με πολλαπλά ανεξάρτητα πρωτογενείς όγκους [7] και σε γονιδιωματικές μελέτες δειγμάτων γλοιοβλαστώματος μέσω της σύγκρισης της βλαστικής σειράς και τα σωματικά στοιχεία γονότυπο [8].

Αρκετές μελέτες συσχέτισης γονιδιώματος-ευρεία αποκάλυψαν αλληλόμορφα που σχετίζονται με καρκίνο του παχέος εντέρου (CRC) τον κίνδυνο [9] – [16]. Το SNP

rs6983267

στο

8q24

έχει συνδεθεί τόσο με ορθοκολικό και κίνδυνο καρκίνου του προστάτη σε επίπεδο σημαντικότητας γονιδιώματος σε επίπεδο [9], [17], [18]. Οι αναλύσεις αριθμός αντιγράφου αλληλόμορφων ειδικών έδειξε ότι το αλληλόμορφο G (ο πιθανολογούμενα αλληλόμορφα κινδύνου) αυτής της παραλλαγής δείχνει προτιμησιακή κέρδη σε όγκους του παχέος εντέρου και μυελοειδούς λευχαιμίας [19] – [21]. Απ ‘όσο γνωρίζουμε, δεν υπάρχουν άλλα SNPs από τη δημοσιευμένη βιβλιογραφία GWAS έχουν οριστικά και επαναλήψιμα φαίνεται αλληλόμορφο-ειδική ανισορροπία σε όγκους παχέος εντέρου, αν και μεμονωμένες μελέτες έχουν περιγράψει αλληλικές ανισορροπία στο CRC για άλλες θέσεις [7], [22]. Στην παρούσα μελέτη, πραγματοποιήθηκε ποσοτική προσδιορισμό του γονότυπου της 16ης στατιστικά σημαντικές παραλλαγές από δημοσιευθεί GWAS (συμπεριλαμβανομένων των

rs6983267

) σε ζεύγη φυσιολογικό και του παχέος DNA των όγκων. Ο στόχος αυτής της μελέτης ήταν να διερευνήσει αυτά τα SNPs για σωματική αύξηση του αλληλόμορφου ευαισθησία ή την απώλεια του αλληλόμορφου αντίστασης χρησιμοποιώντας αλληλομόρφων ανισορροπία αναλύσεις.

Μέθοδοι

Ανθρώπινα δείγματα

Ηθική δήλωση.

Αυτή η μελέτη εγκρίθηκε από το Ohio State University (OSU) Institutional Review Board. Όλοι οι συμμετέχοντες στη μελέτη με την προϋπόθεση γραπτή συγκατάθεση για τη χρήση των ιστών τους στην έρευνα.

Discovery Set.

Αξιόπιστες κανονικό και (FFPE) τμήματα ιστού του όγκου παραφίνη-ενσωματωμένες φορμόλη σταθερό ελήφθησαν μέσω του OSU Ανθρωπίνων ιστών Ερευνών το Δίκτυο ιστών Midwest Συνεταιρισμός Ανθρώπινο Δίκτυο και. Όγκους που παρουσίασαν μικροδορυφορικού σταθερότητα και /ή χρωματισμένο θετικά για τις πρωτεΐνες του συνδρόμου Lynch MSH2, MLH1, PMS2 και MSH6 με ανοσοϊστοχημεία (IHC) έχουν προτεραιότητα για να συμπεριληφθούν στη μελέτη. Όταν μικροδορυφορικών ή δεδομένων IHC δεν ήταν διαθέσιμα, οι όγκοι που έδειξε χαρακτηριστικά που υποδηλώνουν σύνδρομο Lynch όπως δεξιάς τοποθεσία, κακή διαφοροποίηση, και ένα υψηλό ποσοστό των βλεννίνης αποκλείστηκαν [23]. Μετά την επιλογή, η επιβεβαίωση της εξόρυξης διάγνωση και DNA, 194 ιστολογικά κανονική /ζεύγη DNA των όγκων ήταν διαθέσιμα για μελέτη.

Validation Set.

Ένα σύνολο επικύρωσης των 296 ζεύγη μη καρκινικά δείγματα /DNA των όγκων ελήφθησαν από δύο υπάρχουσες συλλογές μελέτη. Τα δείγματα από 196 άτομα αποκτήθηκαν από έναν πληθυσμό με βάση κοόρτης μελέτη του καρκίνου του παχέος εντέρου διαγιγνώσκονται περιστατικό στη μητροπολιτική περιοχή Columbus [24], [25]. DNA του αίματος ήταν διαθέσιμο για όλες τις περιπτώσεις. Ένα επιπλέον 100 κατεψυγμένα ζεύγη δειγμάτων νωπών φυσιολογικών και καρκινικών ιστών ελήφθησαν μέσω του Δικτύου Cooperative Human Tissue στο Ιατρικό Κέντρο του Πανεπιστημίου του Οχάιο. Τα δείγματα καταψύχθηκαν ακαριαία λίγο μετά τη χειρουργική επέμβαση και έλαβε ανώνυμα μαζί με μια πλήρη έκθεση παθολογίας. Οι 296 CRC περιπτώσεις ήταν όλοι χαρακτηριστεί ως πιθανό να είναι μικροδορυφορικού σταθερό, το σύνολο των 196 δειγμάτων ήταν σταθερή από τις δοκιμές μικροδορυφόρων αστάθεια, και οι 100 κατεψυγμένα όγκων έδειξαν όλα άθικτες πρωτεΐνες επισκευή ασυμφωνία με χρώση ανοσοϊστοχημείας.

DNA Extraction

Test Set.

αιματοξυλίνη και ηωσίνη λεκέδες από την κανονική και όγκου τμήματα FFPE αξιολογήθηκαν από έναν παθολόγο για να επιβεβαιωθεί η διάγνωση και να σηματοδοτήσει ιστούς για πυρηνοληψία. πυρήνες ιστών διαμέτρου 1,6 πιπί παρασκευάζονται από τις περιοχές που αποτελούνται από περισσότερα καρκινικά κύτταρα του 70% ή για τη συλλογή του DNA του όγκου, ή από περιοχές με φυσιολογική ιστολογία για την απομόνωση των κανονικών (μη-όγκου) DNA. Γενωμικό DNA εκχυλίστηκε από πυρήνες ιστού όπως περιγράφηκε προηγουμένως [26] και ποσοτικοποιούνται με Nanodrop-1000 φασματοφωτόμετρο. Η πλειοψηφία των DNA ήταν καλής ποιότητας όπως υποδεικνύεται από αναλογίες Α260 /Α280 μεγαλύτερο από 1,8.

Validation Set.

ΟΝΑ όγκων από τη μελέτη Columbus-μητροπολιτική περιοχή απομονώθηκαν όπως περιγράφεται [26] . Κανονική DNA από τα άτομα αυτά απομονώθηκαν από δείγματα αίματος στην Τράπεζα Δείγμα OSU Γενετική του Ανθρώπου από τυποποιημένα πρωτόκολλα. DNAs από τα 100 ζεύγη κανονικές /όγκου δειγμάτων DNA από το Cooperative Human Tissue Network απομονώθηκαν από φρέσκο ​​κατεψυγμένο ιστό με το ίδιο πρωτόκολλο εκχύλισης που χρησιμοποιούνται για τα σετ δοκιμής δείγματα. Κανονική DNA από τις τρεις πηγές (FFPE, το αίμα, και φρέσκο ​​κατεψυγμένο ιστό) παρουσίασαν παρόμοιες συχνότητες της ετεροζυγωτίας και παρόμοιες αναλογίες Α260 /Α280, υποδεικνύοντας συγκρίσιμη ποιότητα του DNA σε όλη πηγές του δείγματος.

Ένταξη των SNPs για τη μελέτη

για να ελέγξετε την υπόθεσή μας ότι CRC ευαισθησία τόπους θα δείξει αλληλόμορφο-ειδικές σωματικές εκδηλώσεις σε όγκους, ψάξαμε την πρόσφατη βιβλιογραφία ώστε να εντοπίσει τις παραλλαγές που εμφανίζουν ενδείξεις CRC κινδύνου από μελέτες GWA [9], [10], [13] – [ ,,,0],15], [27] – [32]. Δεκαεπτά SNPs (

rs10411210

,

rs10936599

,

rs11169552

,

rs16892766

,

rs3802842

,

rs4444235

,

rs4779584

,

rs4925386

,

rs4939827

,

rs6687758

,

rs6691170

,

rs6983267

,

rs7014346

,

rs7136702

,

rs719725

,

rs961253

,

rs9929218

) συνάντηση ή πλησιάζει γονιδιώματος σε επίπεδο σημαντικότητας (p-value & lt ? 10

-7) για CRC κινδύνου σε δημοσιευμένες μελέτες GWA επιλέχθηκαν για ανάλυση συγκεκριμένων αλληλόμορφων ανισορροπία στο αρχικό σετ ανακάλυψη του όγκου κανονικής ζεύγη /DNA (Πίνακας 1). Άλλα κριτήρια ένταξης για τη μελέτη περιλαμβάνονται αναγνώρισης σε Καυκάσιους πληθυσμούς και ένα αρκετά υψηλό τεκμηριωμένη ανήλικος συχνότητας αλληλόμορφου (MAF & gt? 20%) για την αναγνώριση του αρκετά ετεροζυγώτες για τη στατιστική ισχύ. Το SNP

rs16892766

ήταν η μόνη εξαίρεση σε αυτό το κριτήριο, δεδομένου ότι έχει μια τεκμηριωμένη MAF του 7%.

rs4925386

αποβλήθηκε μετά προσδιορισμό του γονότυπου του αρχικού δείγματος που οφείλεται σε ένα ποσοστό αποτυχίας μεγαλύτερο από 15%.

Η

Ποσοτική Γονοτυπικές

Πολυπλεκτικά εκκινητών για ενίσχυση PCR και αντιδράσεις επέκτασης ενιαία βάση για συγκεκριμένο αλληλόμορφο σχεδιάστηκαν χρησιμοποιώντας το λογισμικό Sequenom® MassARRAY Δοκιμασία 3.1 και είναι διαθέσιμα κατόπιν αιτήματος. Φασματομετρία μάζας με βάση προσδιορισμού του γονότυπου των 20 ng ζεύγη όγκου και φυσιολογικών DNA πραγματοποιήθηκε χρησιμοποιώντας Sequenom® MassARRAY iPlex Gold (Sequenom Inc., San Diego, CA, USA) σύμφωνα με το πρωτόκολλο του κατασκευαστή. Κάθε 384-καλά Sequenom® πλάκα περιλάμβανε τέσσερις αρνητικοί μάρτυρες πρότυπο (dH

2O), δύο δείγματα που ελέγχθηκαν εις διπλούν, και τεσσάρων θετικών ΟΝΑ ελέγχου.

Επαλήθευση της Γονοτυπικές Τεχνική

Για να επικυρώσετε η χρήση των Sequenom® ποσοτικών του γονότυπου για την ευαισθησία της για την αναγνώριση των αλληλομόρφων ανισορροπίας, θα παράγεται φυσικό log-μετασχηματιστεί Ν-δείκτες (Ν-αναλογία = φυσιολογικό αλληλόμορφο 1 εμβαδόν κορυφής /φυσιολογικό αλληλόμορφο 2 εμβαδόν κορυφής) για μείγματα DNA των δειγμάτων DNA γνωστών ομοζυγώτες αντιπροσωπεύει 0, 20, 40, οι συνεισφορές 50, 60, 80, και 100% αλληλόμορφων. Εμείς δεν έχουμε τα κατάλληλα ομόζυγο ΟΝΑ για τρία SNPs έτσι αυτά δεν αξιολογήθηκαν. Η πλειοψηφία των πλαγιών και R-τιμές για αυτά ήταν πολύ κοντά σε πρότυπες καμπύλες για «τέλειο στοιχείων» υποδηλώνει έναν υψηλό βαθμό ευαισθησίας για τη μέθοδο μας ανίχνευσης αλληλόμορφων αποκλίσεων από 50% (Σχήμα S1).

Ανάλυση ανισορροπία

το λογισμικό Sequenom® MassARRAY iPlex ποσοτικοποιεί την περιοχή κάτω από κάθε μία από τις κορυφές αλληλόμορφο και εκχωρεί είτε ετερόζυγη ή ομόζυγη κλήση προς το SNP με υπολογισμό του λόγου των εμβαδών των κορυφών για τα δύο αλληλόμορφα. Όπως περιγράφηκε προηγουμένως [7], για όλα τα SNPs δοκιμαστεί εμείς δέχεται προτιμησιακή αλληλικές ανισορροπία με υπολογισμό του R-αναλογία για κάθε ζεύγος DNA. Ορίσαμε το R-αναλογία ως ο λόγος των δύο περιοχών κορυφής αλληλόμορφο στην κανονική DNA διαιρείται με τον λόγο των δύο περιοχών κορυφής αλληλόμορφο στο ζεύγη DNA όγκου (R-αναλογία = Κανονικό

(αλληλόμορφο 1 /αλληλόμορφο 2) /όγκου

(αλληλόμορφο 1 /αλληλόμορφο 2)). Τα δείγματα βαθμολογήθηκαν ως έχοντα ανισορροπία, που ορίζεται ως η απώλεια είτε της πρώτης ή της δεύτερης αλληλόμορφο στο δείγμα του όγκου, εάν η R-αναλογία ήταν μεγαλύτερη από 1,5 ή μικρότερο από 0,67, αντίστοιχα. Τα κατώτατα όρια R-αναλογία χρησιμοποιείται για τον προσδιορισμό ανισορροπία έχουν περιγραφεί προηγουμένως [33], [34]. Μια δοκιμασία chi-τετράγωνο (df = 1) χρησιμοποιήθηκε για την αξιολόγηση των παρατηρούμενων ανισορροπίες για στατιστικώς σημαντική απόκλιση από την αναμενόμενη 50:50 διανομή των ανισορροπιών αλληλόμορφο. Σε περιπτώσεις στις οποίες ένας όγκος ήταν ετερόζυγο για ένα SNP με γονοτύπου αλλά η αντιστοιχισμένη φυσιολογικό δείγμα απέτυχε να γονότυπο ένας μέσος όρος των δύο κανονικά αλληλόμορφα για ετερόζυγα φυσιολογικά δείγματα εκείνη SNP χρησιμοποιήθηκε στη θέση της αποτυχημένης δείγμα φυσιολογικού να υπολογίσει R- αναλογία. SNPs με τιμή p & lt? 0.10 θεωρήθηκαν ενδεικτικά της προτιμησιακής αλληλομόρφων ανισορροπίας και ως εκ τούτου υπόκειται σε έλεγχο στο σύνολο του δείγματος επικύρωσης για να αποκλείσει false positives. Bonferroni διόρθωση χρησιμοποιείται προς ρύθμιση για τον αριθμό των στατιστικών αναλύσεων. Εκτός από τον ποιοτικό προσδιορισμό του ανισορροπία, θα δημιουργούνται οικόπεδα κουτί της κατανομής του R-αναλογίες για κάθε SNP για τα δείγματα που δείχνουν σχετική απώλεια του αλληλομόρφου 1, σχετική απώλεια αλληλόμορφο 2, και χωρίς ανισορροπία (Εικόνα S2). Τα δείγματα εξαιρέθηκαν από τις γραφικές παραστάσεις, αν είχαν ένα R-αναλογία μεγαλύτερη από 10 ή εάν ένα R-αναλογία δεν θα μπορούσε να υπολογιστεί επειδή ένα από τα δύο αλληλόμορφα στο δείγμα του όγκου είχε τιμή αλληλόμορφο περιοχή κορυφής 0.

Επικύρωση Σπουδών

Μετά από στατιστική ανάλυση των συγκεκριμένων αλληλόμορφων ανισορροπία στο σύνολο του δείγματος ανακάλυψη, τρεις παραλλαγές με τιμές p & lt? 0.1 (

rs16892766

,

rs6983267

και

rs7136702

) γονότυπος από Sequenom® MassARRAY iPlex χρυσό σε ένα σύνολο δείγμα αντιγραφή των 296 ζεύγη DNA που φυσιολογικά /όγκου. Η ίδια ποσοτικά πρωτόκολλο του γονότυπου και στατιστικές αναλύσεις που χρησιμοποιούνται για το σύνολο του δείγματος ανακάλυψη απασχολούνταν με το σύνολο του δείγματος επικύρωσης. Bonferroni διόρθωση χρησιμοποιείται προς ρύθμιση για τον αριθμό των στατιστικών δοκιμών (n = 3).

Συγκέντρωση των συγκεκριμένων αλληλόμορφων Ανισορροπία δεδομένα από πολλαπλές μελέτες

αλληλόμορφων ειδικών ανισορροπία αναλύσεις έχουν προηγουμένως πραγματοποιήθηκαν σε επτά από τα SNPs GWAS δοκιμάστηκαν στην παρούσα μελέτη [19], [35]. Οι μελέτες αυτές χρησιμοποιούνται χειροκίνητη μέτρηση των κορυφών χρωματογραφήματος αλληλούχισης για όγκου και φυσιολογικών DNAs για τον υπολογισμό R-αναλογίες. Και οι δύο δημοσιευμένες μελέτες χρησιμοποιούνται τιμές αποκοπής R-αναλογία & lt? 0.60 και & gt? 1,67 για ανάλυση ανισορροπίας αλληλόμορφο-ειδική. Και για τις δύο προηγουμένως δημοσιευθείσες μελέτες, το DNA του όγκου απομονώθηκε από φρέσκο ​​κατεψυγμένο όγκων του παχέος εντέρου, και το αίμα χρησιμοποιήθηκε ως πηγή του φυσιολογικού DNA [19], [35]. Για να ελέγξετε τα επτά παραλλαγές που επικαλύπτονται με τη μελέτη μας, συνδυάσαμε τα δεδομένα από τις δημοσιευμένες μελέτες με αλληλόμορφο-συγκεκριμένα αποτελέσματα ανισορροπία μας για

rs6983267

,

rs961253

,

rs3802842

,

rs10411210

,

rs4444235

,

rs4779584

, και

rs9929218

. Συνδυάσαμε αριθμοί μας της σχετικής αλληλικές απωλειών με τους αριθμούς από τις δημοσιευμένες μελέτες και εκτελείται ένα τεστ χι-τετραγώνου με διόρθωση Bonferroni (n = 7) για τον προσδιορισμό της στατιστικής σημαντικότητας των συνδυασμένων ανισορροπιών.

Ανάλυση Συσχέτιση αλληλόμορφη ανισορροπίες και ηλικία, το φύλο και όγκων στάδιο

για κάθε SNP αξιολογηθεί επιτυχώς για αλληλομόρφων ανισορροπία, διερευνήσαμε τη συσχέτιση μεταξύ της παρουσίας των αλληλομόρφων ανισορροπίας και ηλικία κατά τη διάγνωση, το φύλο και το στάδιο του όγκου του ασθενούς. Chi-τετράγωνο στατιστική δοκιμή χρησιμοποιήθηκε για την ανίχνευση σύνδεσης μεταξύ αλληλόμορφων ανισορροπία και φύλο. Fisher ακριβής στατιστική δοκιμή χρησιμοποιήθηκε για την ανίχνευση σύνδεσης μεταξύ αλληλόμορφων ανισορροπία και το στάδιο του όγκου. Για το στάδιο του όγκου, θα ταξινομούνται οι όγκοι όπως ΤΝΜ στάδιο I-IV σύμφωνα με τα διαθέσιμα του μεγέθους του όγκου, κομβικό εξάπλωση, καθώς και πληροφορίες μετάσταση. Το t-test δείγμα χρησιμοποιήθηκε για να συγκριθεί η μέση ηλικία των ασθενών των οποίων οι όγκοι εμφάνισαν αλληλικές ανισορροπία με εκείνη των ασθενών των οποίων οι όγκοι διατηρούνται ετεροζυγωτία. Συσχετίσεις με διορθωμένες τιμές p & lt? 0,05 θεωρήθηκαν στατιστικά σημαντικές

Αποτελέσματα

Discovery Set Γονοτυπικές

Για να προσδιορίσετε εάν κάποιο από τα 17 CRC που σχετίζονται με SNPs παρουσιάζουν ενδείξεις αλληλόμορφο. -εξειδικευμένης ανισορροπία, εμείς τους γονότυπος σε 194 ζεύγη DNA κανονική /όγκου. Όλα εκτός από ένα SNP,

rs4925386

, με επιτυχία ο γονότυπος σε ποσοστό μεγαλύτερο από το 85% των δειγμάτων στο σύνολο ανακάλυψη. Λόγω του υψηλού ποσοστού των αποτυχιών του γονότυπου (24%),

rs4925386

εξαιρέθηκε από περαιτέρω ανάλυση. Ο αριθμός των ετερόζυγων κανονικής DNAs που προσδιορίζονται για κάθε SNP (για την οποία επίσης ο γονότυπος επιτυχώς η αντιστοιχισμένη DNA όγκου) κυμάνθηκε από 27 έως 84 του 194 δείγματα (14-43%? Πίνακας 2). Η συχνότητα των συνολική σχετική απώλεια αλληλόμορφο (και για τις δύο κινδύνου και μη κινδύνου αλληλίων σε συνδυασμό) κυμαινόταν από 2% έως 44%. Ενώ κανένα από τα SNPs που επιτεύχθηκε στατιστική σημαντικότητα για αλληλόμορφο-ειδική ανισορροπία στο α = 0.05, τρεις SNPs (

rs16892766, rs6983267, rs7136702

) έδειξαν μια τάση για το (ρ-τιμές & lt? 0,10) αλληλόμορφο-ειδική ανισορροπία πριν από την Bonferroni διόρθωση για πολλαπλές συγκρίσεις (n = 16). Το SNP

rs6983267

έδειξαν υψηλότερες συχνότητες της σχετικής απώλειας του αλληλόμορφου Τ μη κινδύνου σε σύγκριση με το αλληλόμορφο G κινδύνου. Είναι ενδιαφέρον,

rs16892766

και

rs7136702

τόσο αποδειχθεί υψηλότερες συχνότητες της σχετικής απώλειας του αλληλόμορφου κινδύνου σε σύγκριση με το αλληλόμορφο μη κινδύνου στο σύνολο των ανακάλυψη όγκων. Οι παραλλαγές

rs16892766

,

rs6983267

και

rs7136702

είχαν προτεραιότητα για την επικύρωση σε ένα δεύτερο σύνολο δειγμάτων. Εκτός από την ποιοτική σκοράρει το SNPs ως δείχνει ανισορροπία ή χωρίς ανισορροπία, η κατανομή των R-αναλογίες για τη σχετική απώλεια του αλληλόμορφου κινδύνου, σχετική απώλεια του αλληλόμορφου μη κινδύνου και όχι ανισορροπία απεικονίστηκαν γραφικά ως Boxplots για κάθε SNP (σχήμα S2) . Τα δείγματα για τα οποία η R-αναλογία ήταν μεγαλύτερη από 10 ή για τα οποία το R-αναλογία αυτή δεν θα μπορούσε να υπολογιστεί αποκλείστηκαν από τα οικόπεδα.

Η

επικύρωσης που Γονοτυπικές

Το SNPs

rs16892766

,

rs6983267

και

rs7136702

, τα οποία όλα έδειξαν στοιχεία για συγκεκριμένα αλληλόμορφα ανισορροπία στην αρχική σειρά ανακάλυψη, εξετάστηκαν περαιτέρω στο σύνολο του δείγματος επικύρωση των 296 κανονικής /όγκου ζεύγη DNA. Όπως και με το σύνολο ελέγχου, αυτές οι τρεις SNPs γονότυπος επιτυχώς σε μεγαλύτερη από 85% των δειγμάτων επικύρωσης. Με 22% της επικύρωσης που ετεροζυγώτες δείχνει σχετική απώλεια ενός αλληλόμορφου,

rs6983267

έδειξε μια συχνότητα συνολική σχετική απώλεια αλληλόμορφο χαμηλότερη από εκείνη που παρατηρήθηκε στην αρχική σειρά δοκιμών (30%? Πίνακας 3). Μια χαμηλότερη συχνότητα ετερόζυγα δείγματα στο σετ επικύρωσης έδειξε σχετική απώλεια ενός αλληλόμορφου του

rs7136702

(11%) σε σύγκριση με το σύνολο ελέγχου (23%? Πίνακας 3). Ομοίως, μια χαμηλότερη συχνότητα της απώλειας αλληλομόρφων του

rs16892766

παρατηρήθηκε στο σύνολο του δείγματος επαλήθευσης (16%) σε σύγκριση με το αρχικό σύνολο δοκιμής (26%? Πίνακας 3).

rs6983267

έδειξε και πάλι μια τάση στατιστικά σημαντική προνομιακή αλληλομόρφων ανισορροπία (p-value = 0,06), ευνοώντας σχετική απώλεια του αλληλόμορφου Τ μη κινδύνου και η σχετική συγκράτηση του αλληλόμορφου G κινδύνου στο σύνολο του δείγματος επικύρωσης. Ωστόσο, ούτε

rs7136702

ούτε

rs16892766

έδειξε μια στατιστικά σημαντική τάση προς την προτιμησιακή αλληλομόρφων ανισορροπία στο σύνολο του δείγματος επικύρωσης (τιμές p = 0,59 και 1,00, αντίστοιχα).

Η

συνδυασμένη Γονοτυπικές Αποτελέσματα από το Discovery και επικύρωση Δείγμα σετ

Όταν συνδυάζονται τα τεστ και σετ επικύρωση γονότυπους, 48 192 ετερόζυγα δείγματα (25%) παρουσίασαν σχετική απώλεια ενός αλληλόμορφου του

rs6983267

(Πίνακας 3). Για το SNP

rs7136702

, 31 από 208 σε συνδυασμό ετεροζυγωτών έδειξε σχετική απώλεια είτε αλληλόμορφου (15%). Όταν γονότυπους από το σύνολο δοκιμών που και επικύρωση συνδυάστηκαν για

rs16892766

, 13, 65 ετεροζυγώτες (20%) παρουσίασαν αλληλικής απώλειας. Με συγκεντρωτική ανάλυση

rs6983267

έδειξαν ισχυρή στατιστικά στοιχεία των προτιμησιακών αλληλομόρφων ανισορροπία (p-value = 0,01). Μετά τη διόρθωση Bonferroni για πολλαπλές δοκιμές συγκρίσεις (n = 3),

rs6983267

διατήρησε μια στατιστικά σημαντική προσαρμοσμένη τιμή ρ 0,03. Σε αντίθεση, τόσο

rs16892766

και

rs7136702

απέτυχε να δείξει οποιαδήποτε τάση προς σημαντική αλληλόμορφο-ειδική ανισορροπία από συνδυασμένη ανάλυση (μη προσαρμοσμένες τιμές p = 0,17 και 0,37, αντίστοιχα).

Σύνταξη τα αλληλόμορφα ανισορροπία δεδομένα από πολλαπλές μελέτες

Επειδή άλλοι έχουν δημοσιευθεί δεδομένα ανισορροπία αλληλόμορφο-ειδικών σε επτά παραλλαγές από τη μελέτη μας [19], [35], αποφασίσαμε να εκτελέσει συνδυασμένη ανάλυση της παρούσας μελέτης και οι προηγουμένως δημοσιευμένες μελέτες για να αυξηθεί η ισχύς του προσδιορισμού SNPs αποδεικνύοντας αλληλόμορφο-ειδική ανισορροπία. Όταν οι ανισορροπίες που παρατηρούνται σε δείγματα μας στο SNPs

rs6983267

,

rs961253

,

rs3802842

,

rs10411210

,

rs4444235

,

rs4779584

, και

rs9929218

συνδυάστηκαν με εκείνες που έχουν δημοσιευθεί στο παρελθόν [19], [35], παρατηρήσαμε μια πολύ σημαντική σχετική απώλεια του Τ αλληλόμορφου μη κινδύνου

rs6983267

(p-value = 2,94 × 10

-5). Μετά τη διόρθωση Bonferroni (n = 7), το προτιμησιακό σχετική απώλεια του Τ αλληλόμορφου του

rs6983267

διατήρησε μια εξαιρετικά σημαντική p-τιμή του 2,06 × 10

-4. Καμία από τις άλλες παραλλαγές έδειξαν στατιστικά σημαντική απόδειξη της προτιμησιακής αλληλομόρφων ανισορροπίας (Πίνακας 4).

Η

Συσχέτιση Ανάλυση Αποκλίσεων Τα αλληλόμορφα και ηλικία, το φύλο και Όγκων Στάδιο

Για να ελέγξετε αν τα δείγματα δείχνει αλληλομόρφων ανισορροπία για την GWAS SNPs είχαν διαφορετικά κλινικά χαρακτηριστικά σε σύγκριση με τα δείγματα που δεν εμφανίζουν ανισορροπία, πραγματοποιήσαμε μια ανάλυση συσχέτισης της ανισορροπίας με την ηλικία, το φύλο και το στάδιο του όγκου, χρησιμοποιώντας δεδομένα από το σύνολο δείγματος ανακάλυψή μας. Η παρουσία των αλληλομόρφων ανισορροπία ήταν σημαντικά σχετίζεται με το στάδιο του όγκου για

rs719725

(μη διορθωμένη τιμή p = 0,0098), και σχετίζεται σημαντικά με την μικρότερη ηλικία για

rs7014346

(μη διορθωμένη p-value = 0,033) . Ωστόσο, μετά την προσαρμογή για πολλαπλές συγκρίσεις (n = 16), δεν υπήρχε σημαντική συσχέτιση μεταξύ της παρουσίας των αλληλόμορφων ανισορροπία και την ηλικία, το φύλο, και το στάδιο του όγκου (προσαρμοσμένη ρ-τιμές & gt? 0,05). Για οποιαδήποτε από τις δοκιμαζόμενες SNPs

Συζήτηση

Στην παρούσα μελέτη, ερευνήσαμε 16 SNPs στο παρελθόν σχετίζεται με CRC κινδύνου για αλληλόμορφο-ειδική ανισορροπία χρησιμοποιώντας την πλατφόρμα του γονότυπου Sequenom® MassARRAY IPLEX Gold. Ενώ 15 από τα 16 δοκιμάστηκε SNPs δεν έδειξε στατιστικά σημαντικές ενδείξεις (τιμή p & lt? 0,05) των προτιμησιακών αλληλομόρφων ανισορροπία στο σύνολο του δείγματος ανακάλυψή μας, η SNP

rs6983267

έδειξαν μια τάση προς στατιστικώς σημαντική σωματική απώλεια των μη -Κίνδυνος Τ αλληλόμορφο και τη διατήρηση του αλληλόμορφου G κίνδυνο τόσο την αρχική σειρά ανακάλυψη και το σύνολο του δείγματος επικύρωσης (τιμές p = 0,07 και 0,06, αντίστοιχα? πίνακες 2 και 3). Αυτό είναι συνεπές με προηγουμένως δημοσιευμένες αναφορές [19], [20]. Είναι ενδιαφέρον ότι, παρά το γεγονός ότι σε υψηλές ανισορροπία σύνδεσης με το

rs6983267

στο 8q24 (D ‘= 0,99) [9], [13],

rs7014346

δεν παρουσιάζουν ενδείξεις των προτιμησιακών αλληλομόρφων ανισορροπία (ρ value = 0,53) στο σύνολο του δείγματος ανακάλυψη. Στη μεγαλύτερη προηγούμενη μελέτη για την αξιολόγηση αλληλικές ανισορροπία για

rs6983267

, 466 ετερόζυγη όγκους από CRC ασθενείς Φινλανδική αξιολογήθηκαν επιτυχώς και 101 από αυτά τα ετερόζυγα δείγματα (22%) έδειξαν αλληλικές ανισορροπία [19]. Μεταξύ αυτών των 101 δείγματα, υπήρχαν σημαντικά (p-value = 0,0007) επιπλέον όγκους δείχνοντας σχετική απώλεια του αλληλίου Τ (66% των όγκων) έναντι σχετική απώλεια του αλληλόμορφου G (34% των όγκων). Από την ανακάλυψη και την επικύρωση συνόλων μας σε συνδυασμό, θα αξιολογηθούν οι όγκοι από άτομα ετερόζυγα για το

rs6983267

παραλλαγή, και 48 (25%) από αυτούς τους ετεροζυγώτες έδειξε αλληλομόρφων ανισορροπία. Παρατηρήσαμε μια σχεδόν πανομοιότυπη ποσοστό των όγκων που δείχνουν σχετική απώλεια του αλληλίου Τ (33, 48? 69%) έναντι του αλληλόμορφου G (15, 48? 31%). Αυτό ήταν σημαντική, ακόμη και μετά την προσαρμογή για πολλαπλές δοκιμές συγκρίσεις (τιμή-ρ = 0,03? Πίνακας 3). Έτσι, τα δεδομένα μας υποστηρίζουν την παρατήρηση των προτιμησιακών αλληλομόρφων ανισορροπίας για

rs6983267

και να επικυρώσει πειραματική μέθοδος μας. Επιπλέον, όταν συνδυάσαμε δεδομένα μας με εκείνη της Tuupanen et al. [19], παρατηρήσαμε μια πολύ σημαντική σχετική απώλεια του αλληλίου Τ και σχετικό κέρδος του αλληλόμορφου G που άντεξε πολλαπλές δοκιμές συγκρίσεις (p-value = 2.06 × 10

-4? Πίνακας 4). Είναι σημαντικό, η διαπίστωση ότι το αλληλόμορφο G κίνδυνος μπορεί να διατηρηθεί επιλεκτικά ή να αποκτηθεί σε όγκους παχέος εντέρου είναι συνεπής με μια μελέτη που δείχνει ότι το αλληλόμορφο G του

rs6983267

επιδεικνύει αυξημένη δέσμευση του Wnt-ρυθμίζεται μεταγραφικού παράγοντα TCF4, ίσως οδηγώντας με αυξημένη απόκριση στον σηματοδότηση Wnt σε άτομα που φέρουν το αλληλόμορφο G κίνδυνο [20]. Επιπλέον, τα στοιχεία αυτά επιβεβαιώνουν ότι το αλληλόμορφο-ειδική ανισορροπία συμβεί για CRC ευαισθησία τόπους, αν και σε χαμηλή συχνότητα.

Σε μια άλλη πρόσφατη μελέτη, σωματικά αλληλομόρφων ανισορροπία διερευνήθηκε σε επτά χαμηλής διεισδυτικότητας ευαισθησία τόπους CRC [35] . Τα SNPs τόποι ετικέτες

rs4779584

,

rs3802842

,

rs4444235

,

rs9929218

,

rs10411210

, και

rs961253

που ο γονότυπος στη μελέτη μας ήταν μεταξύ των επτά παραλλαγές ελέγχονται για αλληλόμορφο συγκεκριμένη ανισορροπία στη μελέτη των Niittymäki et al. [35]. Ενώ κανένα από αυτά τα SNPs παρουσίασαν στοιχεία των προτιμησιακών αλληλομόρφων ανισορροπία στην συνδυασμένη ανάλυση με τα στοιχεία μας, ένα από αυτά τα SNPs (

rs961253

) έδειξε παρόμοιες τάσεις αλληλομόρφων ανισορροπία, όπως αυτές που παρατηρούνται στο σύνολο του δείγματος ανακάλυψή μας, με το

rs961253

δείχνει συχνότερη σχετική απώλεια του αλληλόμορφου Α και στις δύο μελέτες (Πίνακας 4). Ποσοστά ετεροζυγωτίας και η ανισορροπία ήταν πολύ παρόμοια μεταξύ των δύο μελετών, με εξαίρεση της μελέτης μας δείχνουν υψηλότερο βαθμό αλληλομόρφων ανισορροπίας για

rs4779584

.A συνδυασμένη ανάλυση των δεδομένων μας και τα δεδομένα από Niittymäki et al. [35] για τις έξι παραλλαγές στο κοινό δεν αποκάλυψε SNPs με ενδείξεις για συγκεκριμένο αλληλόμορφο ανισορροπία. Μια προειδοποίηση για το συνδυασμό στοιχείων από την παρούσα μελέτη με ότι από δημοσιευμένα σύνολα δεδομένων είναι ότι το ποσοστό των καρκινικών κυττάρων στα δείγματα, καθώς και τις μεθόδους προσδιορισμού του γονότυπου και αποκοπές R-value για τον καθορισμό αλληλομόρφων ανισορροπία διαφέρουν μεταξύ των μελετών. Παρ ‘όλα αυτά, η μελέτη μας αναπαράγει τη διαπίστωση ότι αυτά τα έξι SNPs loci-tagging δεν παρουσιάζουν κανένα στοιχείο για τις προτιμησιακές αλληλομόρφων ανισορροπία σε πληθυσμούς κυρίως Καυκάσιοι μελέτη.

Παρά το γεγονός ότι μόνο ένα από τα SNPs δοκιμάζονται στην παρούσα μελέτη έδειξε ισχυρή απόδειξη της προτιμησιακής αλληλομόρφων ανισορροπία, η άλλη SNPs μπορεί να παίζει ένα ρόλο στην βλαστική σειρά προδιάθεση για CRC ανεξάρτητη σωματικών γεγονότα στον όγκο. Έχει προταθεί ότι αυτά τα SNPs επηρεάζουν την ανάπτυξη των νεοπλασμάτων αλλά δεν επηρεάζουν μετέπειτα σωματικών νεοπλασματικής προόδου [35]. Τα λειτουργικά SNPs στο GWAS ταυτότητα τόπους μπορεί να επηρεάσει νεοπλασματική ανάπτυξη τροποποιώντας την έκφραση του γονιδίου, μεθυλίωση, ή μοτίβα ματίσματος κατά τέτοιο τρόπο ώστε η επιλογή στο επίπεδο του DNA δεν είναι απαραίτητη κατά τη διάρκεια της ογκογένεσης. Αυτές οι SNPs μπορούσε επίσης να επηρεάσει μη καρκινικά κύτταρα, όπως στρωματικά ή κύτταρα του ανοσοποιητικού συστήματος να τροποποιήσει τον κίνδυνο εμφάνισης καρκίνου, αλλά είναι ανεξάρτητη από τα ίδια τα καρκινικά κύτταρα. Μόλις ο μηχανισμός με τον οποίο αυτές οι παραλλαγές δρουν στην απονομή του κινδύνου γίνεται καλύτερα κατανοητή, μπορεί να είμαστε σε θέση να συμπεράνουμε ποια παραλλαγές είναι πιο πιθανό να παρουσιάσουν ποικιλία σε όγκους.

εγγενείς περιορισμούς στο σχεδιασμό της μελέτης μας θα μπορούσε επιπλέον να καλύψει ισχύοντος προτιμησιακού αλληλομόρφων επιλογή. Πρώτον, είναι πιθανό ότι τα φυσιολογικά κύτταρα απομονώθηκαν με κύτταρα όγκου στους πυρήνες ιστού όγκου από το οποίο εκχυλίζεται το DNA για ανάλυση. Παρά την αρχική επιλογή των περιοχών του όγκου που περιέχει περισσότερο καρκινικά κύτταρα του 70% ή, κάποια φυσιολογική μόλυνση DNA του δείγματος DNA του όγκου θα μπορούσε να στρεβλώσει το δείγμα προς δείχνει καμία ανισορροπία. Ωστόσο, η ιστολογική εξέταση μας των δειγμάτων ιστού θα πρέπει να ελαχιστοποιηθεί η πιθανότητα μόλυνσης του φυσιολογικού DNA. Ομοίως, ιστολογικά δείγματα φυσιολογικού μας από FFPE ιστούς του παχέος εντέρου μπορεί να μην είναι φυσιολογικό και μπορεί να περιέχουν παρόμοιες σωματικές μεταλλάξεις ως του όγκου, η οποία θα μπορούσε να οδηγήσει σε μια γενική «undercalling» των όγκων με ανισορροπία. Όποτε είναι δυνατό το φυσιολογικό ιστό κόλου συλλέχθηκε από θέσεις μακριά από τον όγκο. Δεύτερον, έχουμε απασχολούνται συντηρητικές πρακτικές ενσωμάτωσης των δεδομένων με την προεξόφληση επιθετική κλήσεις γονότυπο από το λογισμικό Sequenom® MassARRAY iPlex και από την ενστάλαξη R-αναλογία αποκοπές των & gt? 1.5 και & lt? 0,67 για τον προσδιορισμό των αλληλομόρφων ανισορροπίας. αυστηρές απαιτήσεις μας για την συμπερίληψη των δεδομένων μπορεί να περιορίσει την ανίχνευση οριακά σημαντική ανισορροπία αλληλόμορφων, ιδιαίτερα σε δείγματα όγκων που περιέχουν μη νεοπλασματικά κύτταρα. Επιπλέον, αν οι όγκοι είναι ετερογενείς για την απώλεια αλληλομόρφων μπορεί να μην εντοπίσει ανισορροπίες στο εν λόγω δείγμα. Τρίτον, σετ δείγμα ανακάλυψή μας περιορίστηκε σε 194 ζεύγη DNA κανονική /όγκου και μπορεί να έλειπε στατιστική ισχύ για την ανίχνευση της προνομιακής επιλογής αλληλομόρφων σε τόπους που δείχνουν χαμηλότερα επίπεδα ετεροζυγωτίας ή λιγότερο συχνή γονιδιωματικής εκτροπή. Με βάση τα δεδομένα του ποντικιού δείχνουν ότι περίπου το 40% των θέσεων ευαισθησίας καταδεικνύουν προνομιακή αλληλομόρφων ανισορροπίας [4], δεν περιμέναμε όλα τα SNPs που προσδιορίζονται μέσω μελετών GWA να δείξει προνομιακή επιλογή αλληλομόρφων σε όγκους. Ωστόσο, τα αποτελέσματά μας είναι έκπληξη το ότι μόνο ένα SNP,

rs6983267

, έδειξε μια τάση σωματικών επιλογής στους όγκους του παχέος εντέρου. Τα αποτελέσματα αυτά μπορεί να δείχνουν διαφορές μεταξύ των ειδών, οι διαφορές μεταξύ του παχέος εντέρου και του δέρματος όγκων, ή μπορεί να είναι το αποτέλεσμα των περιορισμών που συζητήθηκαν μελέτη.

Συμπερασματικά, τα αποτελέσματά μας δείχνουν ότι η πλειοψηφία των παραλλαγών προσδιορίζονται ως αλληλόμορφα ευαισθησίας καρκίνο του παχέος εντέρου μέσω της GWAS δεν εμφανίζουν σωματικά αλληλόμορφο-ειδική ανισορροπία σε όγκους του παχέος εντέρου. Ωστόσο, τα στοιχεία μας επιβεβαιώνουν προηγούμενα δημοσιευμένα αποτελέσματα δείχνουν αλληλόμορφο-ειδική ανισορροπία για

rs6983267

. Αυτά τα αποτελέσματα δείχνουν ότι τα σωματικά αλληλόμορφο-ειδική ανισορροπία των αλληλομόρφων ευαισθησίας στον καρκίνο μπορεί να μην είναι ένα κοινό φαινόμενο σε καρκίνο του παχέος εντέρου, αλλά ότι για ένα μικρό ποσοστό των γενετικών τόπων (1 από 16, ή 6%, που παρατηρήθηκε στην παρούσα μελέτη), σωματικές επιλογή συγκεκριμένα αλληλόμορφα μπορεί να οδηγεί την ογκογένεση.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Εικόνα S1.

τυπικές καμπύλες για SNPs.