Αφηρημένο

Οι μεταλλάξεις στο γονίδιο TP53 είναι πολύ κοινά σε καρκίνους του ανθρώπου, και σχετίζονται με την κακή κλινική έκβαση. Διαγονιδιακά μοντέλα ποντικών που στερούνται το γονίδιο Trp53 ή που εκφράζουν μεταλλαγμένα διαγονιδίων Trp53 παράγουν όγκους με κακοήθη χαρακτηριστικά σε πολλά όργανα. Εμείς προηγουμένως αποκάλυψε ότι το μεταγραφικό ενός μοντέλου καρκινώματος δέρματος ποντικού p53-ανεπαρκή να είναι παρόμοιες με εκείνες των ανθρώπινων καρκίνων με μεταλλάξεις ΤΡ53 και σχετίζονται με την κακή κλινική έκβαση. Αυτή η αναφορά δείχνει ότι μεγάλο μέρος της 682-γονίδιο υπογραφής της παρούσας ποντικού μεταγραφικό καρκίνωμα του δέρματος είναι επίσης παρούσα σε καρκίνο του μαστού και του πνεύμονα μοντέλα ποντικού στα οποία αναστέλλεται ρ53. Περαιτέρω, αναφέρουμε επικυρωμένες δοκιμές γονιδιακής έκφρασης με βάση για την πρόβλεψη της κλινικής έκβασης του ανθρώπινου μαστού και αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα. Διαπιστώθηκε ότι ασθενείς ανθρώπους με καρκίνο θα μπορούσε να στρωματοποιημένη με βάση την ομοιότητα των μεταγραφικό τους με το καρκίνωμα δέρματος ποντικού 682-γονίδιο υπογραφή. Τα αποτελέσματα παρέχουν επίσης νέους στόχους για την αντιμετώπιση της p53-ελαττωματικό όγκους

Παράθεση:. Dueñas Μ, Σάντος Μ, Aranda JF, Bielza C, Martínez-Cruz AB, Lorz C, et al. (2012) Ποντίκι p53-Ελλιπή Μοντέλα Καρκίνος ως πλατφόρμες για την απόκτηση Γονιδιωματική προγνωστικοί παράγοντες της Human Cancer κλινικά αποτελέσματα. PLoS ONE 7 (8): e42494. doi: 10.1371 /journal.pone.0042494

Επιμέλεια: Λουκία R. Languino, Πανεπιστήμιο Τόμας Τζέφερσον, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: May 29, 2012? Αποδεκτές: 6, Ιουλίου, 2012? Δημοσιεύθηκε: 7 Αυγούστου 2012

Copyright: © Dueñas et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Oncocycle S2006 /ΒΙΟ-0232 (CAM), ISCIII-RETIC RD06 /0020 (MICINN), και SAF2008-00121 (MICINN). J.M.P. ήταν ο αποδέκτης της επιχορήγησης από το Fundación Sandra Ibarra. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:. Οι συγγραφείς έχουν διαβάσει την πολιτική του περιοδικού και έχουν τα ακόλουθα συγκρούσεις: RG-E. , J.-MP, ABM-C., MS, PL και C.B. κατέχουν δύο διπλώματα ευρεσιτεχνίας για τις γονιδιωματικές δοκιμές που περιγράφονται σε αυτή τη μελέτη. Δίπλωμα ευρεσιτεχνίας 1: Εφευρέτες: R. García Escudero, Α.Β. Martínez Cruz, Μ Santos Lafuente και Ι.Μ. Paramio, Τίτλος: Γονιδιωματική των δακτυλικών αποτυπωμάτων του καρκίνου του μαστού, Αίτηση Ν °: PCT /ES2009 /07028, Προτεραιότητα χώρες: Ισπανία, την ημερομηνία Προτεραιότητα: 01 /Ιουλ /2009, Οργανισμός: CIEMAT. 2. Εφευρέτες: R. García Escudero, JM Paramio, Pedro Larrañaga και Concepción Bielza, Τίτλος: Predictor δοκιμή της παγκόσμιας επιβίωσης σε αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα, Αίτηση Ν °: P201031626, Προτεραιότητα χώρες: Ισπανία, την ημερομηνία Προτεραιότητα: 05 /Νοεμ /2010, οργανισμός: CIEMAT και UPM. Σε σχέση με την απασχόληση, την παροχή συμβουλών, ή τα προϊόντα σε εξέλιξη οι συγγραφείς δηλώνουν δεν υπάρχει σύγκρουση συμφερόντων. Η σύγκρουση συμφερόντων που οι συγγραφείς δηλώνοντας δεν μεταβάλλει την προσκόλλησή τους σε όλες τις PLoS ONE πολιτικές για την ανταλλαγή δεδομένων και υλικών.

Εισαγωγή

Οι μεταλλάξεις στο ογκοκατασταλτικό γονίδιο TP53 είναι πολύ κοινά σε τα ανθρώπινων καρκίνων, και στις περισσότερες περιπτώσεις σχετίζεται με κακή κλινική έκβαση. Παρά το γεγονός ότι μεγάλες προσπάθειες έχουν γίνει για να βρείτε συγκεκριμένες θεραπείες για TP53-μεταλλαγμένο καρκίνους [1], κανένα από αυτά που χρησιμοποιούνται σήμερα στην κλινική. Η έλλειψη τέτοιων θεραπειών μπορεί να εξηγηθεί από τη μεγάλη ποικιλία των γονιδιωματικών μεταβολών ρ53 που σχετίζονται με (σημείο ή περικοπή μεταλλάξεις, ογκογόνο ή κυρίαρχο-αρνητικό μεταλλάξεις, απώλεια ετεροζυγωτίας, κ.λπ.) και από την παρουσία επιπλέον αλλοιώσεων σε οδούς ογκογόνο σηματοδότηση [ ,,,0],2]. Εκτός αυτού, τέτοιες μεταλλάξεις είναι προγνωστικοί δείκτες της αντίστασης στην νουτλίνη-3a [3], ένας αναστολέας της MDM2 Ε3 λιγάση που ρυθμίζει αρνητικά τα επίπεδα πρωτεΐνης ρ53. Ωστόσο, η ευαισθησία των ανθρώπινων καρκινικών κυτταρικών γραμμών σε χημειοθεραπευτικά φάρμακα δεν συνδέεται προς ρ53 μεταλλάξεων [3]. Η αναζήτηση αποτελεσματικών θεραπειών για ασθενείς μεταλλαγμένο εκ τούτου, είναι πρωταρχικής σημασίας. Ένας τρόπος για να φθάνουν σε θεραπεία μπορεί να είναι για τον εντοπισμό και την επικύρωση μοριακών βιοδεικτών του ΤΡ53 με βάση την καρκινογένεση, μερικές από τις οποίες μπορεί να είναι κατάλληλες ως στόχοι για θεραπεία. Προστιθέμενη αξία των βιολογικών δεικτών p53-βάση θα ήταν πιθανή χρήση τους στην πρόβλεψη της ανταπόκρισης σε θεραπείες του καρκίνου, επιτρέποντας έτσι την εξατομικευμένη θεραπεία των ασθενών.

Υπάρχουν διάφοροι τρόποι για να αναζητήσετε συσχετισμοί μεταξύ της έκφρασης του γονιδίου του όγκου (GE ) πρότυπα και η κλινική συμπεριφορά των όγκων [4]. Στο μοντέλο με γνώμονα την προσέγγιση, η μεταγραφικό των κυττάρων που εκτέθηκαν σε συγκεκριμένα ερεθίσματα (όπως ένα τραύμα) είτε μετά την ενεργοποίηση ειδικών ογκογόνο οδών, χρησιμοποιείται για να καθορίσει μια πρόγνωση [5], [6]. Αυτή η προσέγγιση έχει το μειονέκτημα ότι το πειραματικό μοντέλο που χρησιμοποιήθηκε μπορεί να μην αντανακλούν επακριβώς τις διαδικασίες που συμβαίνουν σε όγκους. Το πλεονέκτημα, ωστόσο, είναι ότι το μοντέλο σύστημα λειτουργεί ως «φίλτρο» των γονιδίων που είναι σημαντικά σε ογκογόνο σηματοδότηση. Η χρήση γενετικά μοντέλα ποντικών (GEMMs) σχεδιαστεί για να μιμηθεί τις γενετικές αλλοιώσεις βρέθηκαν σε ανθρώπινους καρκίνους αντιπροσωπεύει μια μεγάλη πρόοδο στον τομέα αυτόν. Η στοχευμένη υπερ-έκφραση ενός συγκεκριμένου ογκογονιδίου ή knockout ενός συγκεκριμένου γονιδίου καταστολής όγκου σε ένα καλά καθορισμένο γενετικό υπόβαθρο προσφέρει πολλά πλεονεκτήματα για τη μελέτη της προόδου των όγκων ξεκίνησε με γενετικών ανωμαλιών [7]. Ένα σημαντικό πλεονέκτημα της GEMMs επί κυτταρικών συστημάτων είναι ότι καρκινώματα ποντικού περιέχουν κύτταρα όγκου όπως επίσης και στρωματικά και τα ενδοθηλιακά κύτταρα, τα οποία όλα συμβάλλουν στην βιολογία ενός όγκου [8]. Έτσι, το γονιδίωμα-ευρεία προφίλ GE πρωτογενών καρκινωμάτων από GEMMs του καρκίνου [9], [10], καθώς και οι συγκρίσεις μεταξύ των δειγμάτων μεταστατικό και πρωτογενή καρκίνωμα του ποντικιού, έχουν χρησιμοποιηθεί για να προσπαθήσει να αναπτύξει δείκτες πρόβλεψης της έκβασης του καρκίνου του ανθρώπου [11 ].

Έχουμε αναφερθεί στο παρελθόν ότι ένα 682-γονίδιο υπογραφή της έκφρασης που είναι κοινές στα δύο μοντέλα καρκίνωμα του δέρματος λείπει p53 (μόνο του ή σε συνδυασμό με την έλλειψη pRb, στο εξής θα αναφέρεται ως p53

ΔEC και p53

ΔEC? pRb

ΔEC αντίστοιχα) σε στρωματοποιημένο επιθήλιο [12], [13] έδειξε σημαντικές ομοιότητες με τις υπογραφές των ανθρώπινων πρωτογενών καρκινωμάτων που αφορούν TP53 μεταλλάξεις (τόσο περικοπή και το σημείο) που προκύπτουν σε διαφορετικές ανατομικές θέσεις. Εργαλείων βιοπληροφορικής χρησιμοποιείται για την εξέταση του γονιδίου υπογραφή και transcriptomes διαφορετικών τύπων καρκίνου ανθρώπινου καρκινώματος δέρμα ποντικού έδειξαν ένα ανθρώπινο υπογραφή 20 υπερεκφράζεται γονιδίων που σχετίζονται με ΤΡ53 μετάλλαξη και κακή πρόγνωση. Σημαντικά, όταν οι ασθενείς με καρκίνο κατανεμήθηκαν ανάλογα με την έκφραση αυτών των γονιδίων, παρατηρήθηκαν διαφορετικές κλινικές εκβάσεις: Όσο ισχυρότερη είναι η έκφραση, τόσο μικρότερη είναι η πιθανότητα της επιβίωσης καρκίνων όπως το καρκίνωμα του μαστού (BC) ή πολλαπλό μυέλωμα [12]

Αυτή η έκθεση δείχνει ότι η παραπάνω 682-γονιδιακή υπογραφή να είναι παρούσα σε διαφορετικές GEMMs αδενοκαρκινώματος π.Χ. και των πνευμόνων (LAD). Είναι σημαντικό, οι ομοιότητες ήταν ισχυρότερη σε αυτά τα μοντέλα που αφορούν την αναστολή p53, και στα μεταστατικά δείγματα που προκύπτουν από κάποια από αυτά. Χρησιμοποιώντας αυτό το 682-γονιδίου υπογραφή, λάβαμε και επικυρώνονται GE δοκιμές σε θέση να διαστρωμάτωση των ασθενών με αυτές τις μορφές καρκίνου σε ομάδες με σημαντικές διαφορές στην αναμενόμενη κλινική έκβαση, και η οποία έδειξε μεγάλη ευαισθησία όσον αφορά την ταυτοποίηση των ασθενών με δυνητικά καλό αποτέλεσμα.

Αποτελέσματα

Το 682-γονίδιο Υπογραφή είναι παρούσα σε GEMMs της BC και παλικάρι με p53 Αναστολή

Γονιδίωμα-ευρύ μικροσυστοιχιών έδειξαν ανθρώπινη επιθετική ή /και TP53-όγκους μεταλλαγμένου να κατέχουν transcriptomes μοιάζει με την υπογραφή καρκίνωμα του δέρματος ποντικού 682-γονιδίου [12]. Οι ομοιότητες αυτές είναι ιδιαίτερα αισθητή για ανθρώπινη π.Χ. και παλικάρι [12]. Περαιτέρω, η μεταγραφικό των καρκινωμάτων δέρματος ποντικού δείχνει σημαντικές ομοιότητες με εκείνη των εμβρυϊκών βλαστικών κυττάρων (ESC), γεγονός που υποδηλώνει ότι η ανεπάρκεια ρ53 επάγει μία ισχυρή διαδικασία απο-διαφοροποίηση στα επιθηλιακά κύτταρα [12]. p53-μεταλλαγμένο ανθρώπινο ΣΔ παρουσιάζουν αυτές οι υπογραφές ΟΚΕ πάρα πολύ [14]. Αυτό είναι σε συμφωνία με τα τοπικά επεμβατικές ιδιότητες αυτών των όγκων του ποντικιού, και η τάση τους να μεταστάσεις σε απομακρυσμένα όργανα [15].

Λαμβάνοντας υπόψη τις σημαντικές ομοιότητες της GE μεταξύ αυτών των όγκων του δέρματος ποντικού και ανθρώπου π.Χ. και παλικάρι με p53 μετάλλαξη, στην παρούσα εργασία το 682-γονίδιο υπογραφή ζητήθηκε GEMMs της BC και παλικάρι που δείχνει την αναστολή p53. Δεδομένα πρωτογενών GE είχαν κατεβάσει από τη βάση δεδομένων GEO (Πίνακας S1) [10], [11], [16] – [22] και οι ομοιότητες με την 682-γονιδίου υπογραφή του όγκου ζήτησε από τον υπολογισμό Pearson συσχετίσεις (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι). Μεταγονιδιωματική συγκρίσεις έδειξαν καρκινώματα από συγκεκριμένες BC (Εικ. 1Α) και LAD (Εικ. 1Β) GEMMs να έχουν προφίλ GE πολύ παρόμοιες με εκείνες του καρκινώματος δέρματος ποντικού. Όσον αφορά την BC, τα μοντέλα της απενεργοποίησης του ρ53 μέσω της έκφρασης του SV40 μεγάλου Τ-αντιγόνου (C3 (1) Tag και WAP-TNP8 μοντέλα) [20], [23], και το ρ53

fl /fl? ΜΜΤν μοντέλο -cre μεταμόσχευση [23], ήταν μεταξύ των πιο παρόμοια (επισημαίνεται με κόκκινο χρώμα, σχήμα. 1Α). Σημαντικές ομοιότητες παρατηρήθηκαν με το 682-γονίδιο υπογραφή για ένα μοντέλο παλικάρι στα οποία η έκφραση p53 καταστέλλεται με την παρουσία ενός ογκογόνο Kras

αλληλόμορφο G12D (Kras

LA2 /+? Trp53

LSL /LSL? Rosa26Cre

μοντέλο ΕΡΤ2) [18] (επισημαίνεται με κόκκινο χρώμα, Σχ. 1Β). Είναι σημαντικό, οι p53-ανεπαρκή καρκινώματα του δέρματος από κοινού σχέδια της GE με μεταστατικό δείγματα που προκύπτουν σε ένα Kras /p53

R172H και Kras /LKB1

L /L παλικάρι GEMM [10], [11], επιβεβαιώνοντας επιθετική μοριακές ιδιότητες τους (επισημαίνεται με ροζ, Εικ. 1Β). Είναι σημαντικό, οι περισσότεροι Kras /p53

R172H μεταστατικό δείγματα χάνουν την αγρίου τύπου (WT) Trp53 αλληλόμορφο κατά τη διάρκεια του κακοήθους μετασχηματισμού [10]. Αυτές οι συγκρίσεις μεταξύ GEMMs δείχνουν ότι το 682-γονίδιο υπογραφή του δέρματος είναι σημαντικά στην p53 ανεπάρκεια των πνευμόνων του ποντικιού και καρκινωμάτων του μαστού, και θα μπορούσε να θεωρηθεί μια κοινή υπογραφή του GEMMs καρκινώματος p53-ανεπαρκή.

Heatmaps των 682- οι μεταγραφές γονιδίων υπογραφή από το (Α) καρκινώματα πρωτογενή μαστού και κανονικό μαστικών αδένων από διαφορετικά διαγονιδιακά GEMMs (άνω πάνελ), και από το (Β) πρωτογενή και μεταστατικά αδενοκαρκινώματα πνεύμονα και κανονικό πνεύμονες από διαφορετικά διαγονιδιακά GEMMs (άνω πάνελ) (Πίνακας S1) δείχνεται . Τα Τ-τιμές που επιστρέφονται από τις συγκρίσεις έλεγχος τ μεταξύ φυσιολογικού δέρματος και δείγματα καρκινώματος στο οποίο προσδιορίστηκε η 682-γονίδιο υπογραφής (GSE11990) χρησιμοποιήθηκαν για την κατασκευή ενός κεντροειδούς πρότυπο. Ο συντελεστής συσχέτισης Pearson (και η αντίστοιχη τιμή ρ) σε σχέση με το κέντρο βάρους υπολογίστηκε για κάθε δείγμα ποντικού. Δείγματα διατάχθηκαν από αριστερά προς τα δεξιά με βάση την αύξηση της συσχέτισης. Οι Probesets παραγγελθούν από πάνω προς τα κάτω με βάση Τ-τιμές (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι). Δείγματα μέσα σε μπλε ορθογώνια είναι φυσιολογικά δείγματα από το δέρμα και τα δείγματα όγκων του δέρματος. Ο αριθμός των δειγμάτων σε κάθε ομάδα παρουσιάζεται κάτω από το θερμικούς χάρτες. Οι τιμές Pearson φαίνονται στη μέση του πίνακα. Οι τιμές κυμαίνονται από -1 (αρνητική συσχέτιση, μπλε φόντο) με ένα (θετική συσχέτιση, κοκκινωπό φόντο). Η τιμή σημασία για τη συσχέτιση δείχνεται στο κάτω πάνελ ως -log

10 (ρ-val). Η κόκκινη γραμμή υποδεικνύει π-val = 0.01. Γονότυπους επισημαίνονται με κόκκινο χρώμα είναι μοντέλα με αλλοιώσεις p53 συσχετίστηκε σημαντικά με την 682-υπογραφή. Τα δείγματα επισημαίνονται σε ροζ είναι μεταστάσεις. Στο (Β), η Kras (1) και Kras /LKB1

L /L (1) δείγματα από το σύνολο δεδομένων GSE6135? Το γονίδιο KRAS (2) και Kras /LKB1

L /L (2) δείγματα από το σύνολο δεδομένων GSE21581.

Η

Δεδομένου ότι οι p53-ανεπαρκή δείγματα πρωτογενούς δέρματος προφίλ ήταν εμφανείς καρκινώματα, δεν μπορεί να είναι αποκλειστεί ότι και άλλα ογκογόνο γεγονότα μπορεί να ενεργεί ως σημαντικούς παράγοντες στο μεταγραφικό απορρύθμιση τους, και ως εκ τούτου, τις ομοιότητες που παρατηρούνται με τα ανθρώπινα πρωτοπαθείς όγκους με κακή έκβαση. Για την ανίχνευση τυχόν άμεσες επιπτώσεις της δραστηριότητας της πρωτεΐνης p53 στα μοτίβο, του μαστού και του πνεύμονα GEMMs GE στην οποία θα μπορούσε να διαμορφώνεται επίπεδα έκφρασης p53 εξετάστηκαν. Στο μοντέλο WAP-TNP8, η χρονική πορεία αναλύσεις αναστολής ρ53 μέσω SV40 μεγάλου Τ-αντιγόνου έκφρασης (1, 2, 3, 4 και 5 μήνες) έδειξε μια προοδευτική αύξηση στην υπερέκφραση του ήδη υπερεκφράζεται (συν τη μείωση του η έκφραση του ήδη υποεκφράζονται) γονίδια 682-υπογραφή σε μαστικά καρκινώματα (Εικ. 2Α). Επιπλέον, η αποκατάσταση της έκφρασης Trp53 με ταμοξιφαίνη σε Kras

LA2 /+? Trp53

LSL /LSL? Rosa26Cre

αδενώματα των πνευμόνων ΕΡΤ2 του ποντικιού και αδενοκαρκινώματα μείωσε την υπερέκφραση (και προκάλεσε την υποέκφραση) των 682 υπογραφών mRNAs (Σχ. 2Β). Όπως αναφέρθηκε προηγουμένως [18], η ταμοξιφένη εξαρτώμενη επαγωγή ρ53 σε αυτές τις κακοήθεις αδενοκαρκινώματα του πνεύμονα οδηγεί σε σημαντική απώλεια των κυττάρων του όγκου. Τα αποτελέσματα αυτά συνδέουν άμεσα τη μείωση του όγκου (κατά την έκφραση p53) με την εξαφάνιση του 682-γονιδίου υπογραφή, υποδεικνύοντας ότι η ρύθμιση της μεταγραφής του εξαρτάται από την p53. Αυτό επιβεβαιώνει ότι η υπογραφή αυτή είναι κοινή και για τις δύο ρ53 μεταβάλλεται ανθρώπου και ποντικού καρκινωμάτων.

Α) SV40 μεγάλου Τ αντιγόνου έκφραση σε μαστικό αδένα αναλύθηκε σε διάφορα χρονικά σημεία κατά την διάρκεια του σχηματισμού του καρκινώματος σε διαγονιδιακά ποντίκια WAP-TNP8 . Οι Heatmaps 682-γονιδίου μεταγραφές υπογραφή από φυσιολογικούς μαστικούς αδένες (πράσινο), πρωτογενή καρκινώματα του μαστού (κόκκινο) και του μαστού δείγματα με έκφραση διαγονιδίου σε 1, 2, 3, 4 και 5 μήνες (μπλε) εμφανίζονται (άνω πάνελ). έκφραση Β) p53 προκλήθηκε στα αδενώματα των πνευμόνων και αδενοκαρκινώματα στο Kras

LA2 /+? Trp53

LSL /LSL? Rosa26Cre

μοντέλο ποντικού ΕΡΤ2. Οι θερμικούς χάρτες των μεταγραφών υπογραφή 682-γονιδίου από την κανονική τους πνεύμονες (πράσινο), τα αδενώματα των πνευμόνων (πορτοκαλί) και αδενοκαρκινώματα (κόκκινο) (επεξεργασμένα και μη επεξεργασμένα) εμφανίζονται (άνω πάνελ). Σε Α και Β, οι ομάδες δείγμα παραγγελθεί από αριστερά προς τα δεξιά με βάση την αύξηση της Pearson συσχέτιση με το κεντροειδές πρότυπο με βάση το 682-γονίδιο υπογραφή. Οι Probesets παραγγελθούν από πάνω προς τα κάτω με βάση Τ-τιμές (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι). Ο αριθμός των δειγμάτων σε κάθε ομάδα παρουσιάζεται κάτω από το Heatmap. Οι τιμές συσχέτισης για μεμονωμένα δείγματα με το κέντρο βάρους φαίνεται στο μεσαίο πλαίσιο. Οι τιμές κυμαίνονται από -1 (αρνητική συσχέτιση, μπλε φόντο) με ένα (θετική συσχέτιση, κοκκινωπό φόντο). Η σημασία του συσχετισμού για κάθε δείγμα φαίνεται στο κατώτερο πάνελ ως -log

10 (ρ-val). Η κόκκινη γραμμή υποδεικνύει μια ρ-Val 0,01.

Η

Ανάπτυξη και επικύρωση μιας δοκιμής Προγνωστικοί Γονιδιωματική για τα Ανθρώπινα π.Χ. Κλινική Αποτέλεσμα

Λαμβάνοντας υπόψη τις ομοιότητες μεταξύ της υπογραφής δέρμα ποντικού και των ποντίκι πνεύμονα και BC (βλέπε παραπάνω) και ανθρώπινων όγκων που προκύπτουν σε αυτά τα όργανα [12], τέθηκε το ζήτημα για το εάν η 682-γονίδιο υπογραφή θα μπορούσαν να χρησιμοποιηθούν για την ανάπτυξη προγνωστικών δοκιμών για αυτές ανθρώπινων καρκίνων. Για την ανάπτυξη αυτών των γονιδιωματικής προγνωστικούς παράγοντες, η υπογραφή τρωκτικό συνδυάστηκε με τα στοιχεία της GE για την πρωτοβάθμια π.Χ. ή παλικάρι ανθρώπινα δείγματα με γνωστά δεδομένα επιβίωσης.

Για την ανθρώπινη π.Χ., μια υποομάδα 40 probesets, που αντιστοιχούν σε 32 γονίδια (40-γονιδίου test), επιλέχθηκε με βάση την βέλτιστη μακρινό ακρίβεια πρόβλεψης μετάσταση και μικρού μεγέθους σετ γονιδίων (Υλικά και Μέθοδοι, Εικ. S1 και S2A-C, πίνακες S2 και S3). Τα τεστ 40-γονιδίου ασθενείς στρωματοποιημένη π.Χ. σε τρεις ομάδες κινδύνου: υψηλό, μέσο ή χαμηλό. Η ακρίβεια πρόβλεψης του τεστ ελέγχθηκε σε 12 επιπλέον σύνολα δεδομένων, που περιλαμβάνουν συνολικά 2993 δείγματα όγκων, 4 διαφορετικές παραμέτρους, και 2 πλατφόρμες μικροσυστοιχιών (Affymetrix και Agilent) (Εικ. 3Α, Σχ. S3 και S4, Πίνακας S2). ανάλυση παλινδρόμησης πολυμεταβλητή Cox συμπεριλαμβανομένων τόσο γονιδιωματικής και κλινικές μεταβλητές έδειξε το τεστ των 40 γονιδίων σε διακρίσεις ομάδων υψηλού κινδύνου ασθενών ανεξάρτητα από την κλινική προγνωστικούς παράγοντες (Πίνακας 1).

Α) Kaplan-Meier καμπύλες μακρινό μετάσταση επιβίωση χωρίς ( ΒΔΜ) για ένα πληθυσμό αναφοράς του 12 GE σύνολα δεδομένων των ασθενών με BC. Οι ασθενείς κατανεμήθηκαν με βάση την δοκιμή 40-γονίδιο ως χαμηλής (πράσινο), το ενδιάμεσο (μπλε) ή υψηλή (κόκκινο) κινδύνου (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι). Β) Kaplan-Meier καμπύλες της ΒΔΜ από ER +, ταμοξιφαίνη που έλαβαν οι γυναίκες με BC. Οι ασθενείς κατανεμήθηκαν με βάση την δοκιμή 40-γονίδιο ως χαμηλής (πράσινο), το ενδιάμεσο (μπλε) ή υψηλή (κόκκινο) κινδύνου. Γ) Kaplan-Meier για ER +, ταμοξιφαίνη αγωγή ασθενών με καρκίνο του μαστού στο σύνολο δεδομένων Miller. Οι ασθενείς κατανεμήθηκαν ανάλογα με την παρουσία (κόκκινο) ή απουσία (πράσινο) μεταλλάξεων ρ53. p-val:. σημαντικότητα των διαφορών επιβίωσης (δοκιμασία log-rank)

Η

Οι περισσότεροι καρκίνοι του μαστού οιστρογονικούς υποδοχείς θετικό (ER +) και αντιμετωπίζονται με επικουρική ορμονοθεραπεία, όπως η ταμοξιφαίνη. Είναι ενδιαφέρον ότι, αν και αναπτύχθηκε η δοκιμή 40-γονίδιο χρησιμοποιώντας δεδομένα από ασθενείς που δεν έλαβαν τέτοια θεραπεία, προέβλεψε την έκβαση αυτών των ασθενών που έλαβαν ορμονικά, καθώς και (Σχ. 3Β). Μια πιθανή εξήγηση για αυτό είναι ότι αυτή η δοκιμή προσδιορίζει όγκων με εγγενή κακοήθη συμπεριφορά, και που επομένως είναι λιγότερο επιρρεπείς να ανταποκριθεί στην επικουρική θεραπεία. Εναλλακτικά, μπορεί να είναι ότι οι ασθενείς υψηλού κινδύνου με BC υποφέρουν αναστολή της ρ53-εξαρτώμενη οδό που συνδέεται με μονοπάτια σηματοδότησης ER [24] – [27]. Σε συμφωνία με αυτή την υπόθεση θα πρέπει να σημειωθεί ότι η μειωμένη ανταπόκριση στη ταμοξιφαίνη έχει αναφερθεί σε ασθενείς με BC φέρουν μεταλλάξεις TP53 [28], [29] (Σχ. 3C).

Ανάπτυξη και επικύρωση της Πρόγνωσης γενωμική-κλινική δοκιμή για τα Ανθρώπινα παλικάρι κλινική Αποτέλεσμα

Χρησιμοποιώντας την ίδια προσέγγιση που χρησιμοποιείται με την BC, μια βέλτιστη ομάδα 36 probesets αντιστοιχούν σε 30 γονίδια (δοκιμή 36-γονιδίου) λήφθηκε για να προβλέψει τη συνολική επιβίωση (Υλικά και Μέθοδοι, Σχ. S1, Σχ. S2 [πίνακες Α, D και Ε], πίνακες S4 και S5). Shedden et al. [30] ανέφεραν ότι η ακρίβεια των γονιδιωματικών πρόβλεψης της LAD αποτέλεσμα θα μπορούσε να βελτιωθεί με την ενσωμάτωση ορισμένων κλινικών μεταβλητών. Έτσι, μια δοκιμασία κλινική προγνωστικός δείκτης αναπτύχθηκε συμπεριλαμβανομένων στάδιο του όγκου, το φύλο του ασθενούς και την ηλικία (Εικ. S5A). Ο συνδυασμός των δύο γονιδιωματικής και κλινικές πληροφορίες (36-γονίδιο γονιδιωματικής-κλινική δοκιμή) αύξησε την ακρίβεια πρόβλεψης, της συνολικής επιβίωσης, επιτρέποντας στους ασθενείς να κατηγοριοποιήθηκαν σε τρεις ομάδες κινδύνου (χαμηλής, μέσης και υψηλής) χρησιμοποιώντας την ίδια προσέγγιση όπως και για την BC. Επικύρωση σε 3 εξωτερικές μικροσυστοιχία GE συνόλων δεδομένων έδειξε την ακρίβεια της συνδυασμένης δοκιμής με τις συγκεντρωτικές ασθενείς (n = 313) (Σχ. 4Α), ή σε μεμονωμένες σύνολα δεδομένων (Σχ. S6). Ακόμη πιο σημαντικό, επίσης προβλεφθεί με ακρίβεια την κλινική έκβαση των ασθενών πρώιμο στάδιο (Εικ. 4Β, Σχ. S6). Καθώς ο αριθμός των αναφερόμενων δειγμάτων ανθρώπινης παλικάρι που έχουμε χρησιμοποιήσει για την επικύρωση είναι χαμηλότερη σε σύγκριση με την ανθρώπινη π.Χ., αποφασίσαμε να προσθέσουμε νέα δείγματα παλικάρι από την εκτέλεση της GE από το μπλοκ του όγκου FFPE. Η ανάλυση αυτή θα βοηθήσει επίσης να αποδειχθεί η σκοπιμότητα της 36-γονίδιο γονιδιωματικής-κλινικές προγνωστικό παράγοντα χρησιμοποιώντας FFPE ιστούς. Η επαλήθευση εκτελέστηκε χρησιμοποιώντας ποσοτική PCR πραγματικού χρόνου (qRT-PCR) (Υλικά και Μέθοδοι, Σχ. S5B). Τα αποτελέσματα επιβεβαίωσαν ότι η γονιδιωματική κλινική δοκιμή στρωματοποιημένη ασθενείς με διαφορετικές πιθανότητες επιβίωσης (Εικ. 4C) με παρόμοια ακρίβεια με αυτή που παρατηρείται για το «φρέσκο» (δηλαδή, μη-FFPE) δείγματα προφίλ χρησιμοποιώντας GE μικροσυστοιχίες (περιοχή κάτω από την καμπύλη [AUC] = 0.72, ρ-val = 1.4 × 10

-9 για μικροσυστοιχίες? AUC = 0.70, ρ-Val = 0,05 για qRT-PCR). ανάλυση παλινδρόμησης μονοπαραγοντική Cox συμπεριλαμβανομένων όλων των ασθενών στα σύνολα δεδομένων επικύρωσης (n = 362) έδειξαν σημαντικές διαφορές κινδύνου μεταξύ στρωμάτων ασθενή. Η αναλογία κινδύνου (HR) για το OS σε 5 χρόνια ήταν 14.14 φορές υψηλότερη (95% CI = 3,46 – 57,83, p-val = 0.0002) σε σχέση με το υψηλό από ό, τι τα χαμηλά ομάδες κινδύνου. Επιπλέον, η αναλογία κινδύνου (HR) για το OS σε 5 χρόνια ήταν 7,60 φορές υψηλότερο (95% CI 1,82 έως 31,78, p-val = 0,005) για την ομάδα υψηλού κινδύνου σε σχέση με την ενδιάμεση ομάδα κινδύνου.

) καμπύλες κατά Kaplan-Meier για ολική επιβίωση (OS) για τις συγκεντρωτικές πληθυσμό των ασθενών με καρκίνο του πνεύμονα σε τρία σύνολα δεδομένων, συμπεριλαμβανομένων ασθενών με όλα τα στάδια της νόσου. Οι ασθενείς κατανεμήθηκαν με βάση την δοκιμή 36-γονίδιο ως χαμηλής (πράσινο), το ενδιάμεσο (μπλε) ή υψηλή (κόκκινο) κινδύνου (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι). καμπύλες Β) κατά Kaplan-Meier για τους ασθενείς πρώιμο στάδιο (στάδια ΙΑ και ΙΒ). Οι ασθενείς κατανεμήθηκαν με βάση την δοκιμή 36-γονίδιο ως χαμηλής (πράσινο), το ενδιάμεσο (μπλε) ή υψηλή (κόκκινο) κινδύνου. Γ) Kaplan-Meier για τους ασθενείς προφίλ χρησιμοποιώντας δείγματα qRT-PCR και FFPE. Οι ασθενείς κατανεμήθηκαν με βάση την δοκιμή 36-γονίδιο ως χαμηλής (πράσινο), ή υψηλής ενδιάμεσο (κόκκινο) κινδύνους (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι). Λόγω του μικρού μεγέθους του δείγματος, οι ενδιάμεσες και ομάδες υψηλού κινδύνου συνενώθηκαν. p-val:. σημαντικότητα των διαφορών επιβίωσης (δοκιμασία log-rank)

Η

Η συσχέτιση μεταξύ των 40 γονιδίων δοκιμής και TP53 μεταλλάξεις

Χρησιμοποιώντας μεταγονιδιωματική συγκρίσεις των GEMMs (Εικ. 2), η αναστολή χρονική πορεία της ρ53 παρατηρήθηκε να περιλαμβάνουν την προοδευτική εμφάνιση του 682-γονίδιο υπογραφή με σχηματισμό BC. Επιπλέον, ρ53 αποκατάσταση στα αδενώματα πνεύμονα ποντικού και αδενοκαρκινώματα οδήγησε στην εξαφάνιση της υπογραφής? Άλλοι συγγραφείς ανέφεραν την απώλεια των κυττάρων του όγκου να συμβεί καθώς [18]. Ένα παρόμοιο αποτέλεσμα λήφθηκε για την 40-γονίδιο υπογραφή στο μοντέλο π.Χ., και για το 36-γονίδιο υπογραφή στο μοντέλο LAD (Εικ. S7). Τα ευρήματα αυτά υποστηρίζουν την ιδέα ενός σημαντικό ρόλο για την ρ53 στον έλεγχο των γονιδίων και στα δύο υπογραφές. Δίκτυο αναλύσεις των πρωτεϊνών των 40 γονιδίων και 36-γονίδιο σε σχέση με ρ53 και pRb (δεδομένου ότι η 682-υπογραφή ελήφθη από τις κοινές transcriptomes της ρ53

ΔEC και ρ53

ΔEC? PRb

μοντέλα ΔEC [12]) έδειξαν και οι δύο ρ53 και pRb να είναι άμεση ρυθμιστές των περισσότερων από αυτές τις πρωτεΐνες (σχ. S8A και C). Περαιτέρω, τα γονίδια αυτά υπογραφή φαίνεται να είναι σημαντικοί ρυθμιστές των διεργασιών που εμπλέκονται στην καρκινογένεση, όπως η απόπτωση, η διαφοροποίηση και τον πολλαπλασιασμό (Εικ. S8B και D).

Ο υπολογισμός της βαθμολογίας κινδύνου για τους ασθενείς π.Χ. και παλικάρι βασίστηκε τα προφίλ GE των ρ53 ανεπάρκεια όγκων, όχι από την παρουσία /απουσία μεταλλάξεων ρ53 σε ασθενείς δείγμα όπως αναφέρθηκε προηγουμένως για προγνωστικούς BC [28], [31]. Δεδομένης της σημασίας της p53 αλλαγές στην εμφάνιση του καρκίνου στον άνθρωπο, μεγάλη προσπάθεια έχει κατευθυνθεί προς την ανάπτυξη θεραπειών που αποκαταστήσει τη λειτουργία p53 [1]. Εντούτοις, δεν θεραπείες είναι ακόμη διαθέσιμα στο κλινικό περιβάλλον. Μια άλλη δυνατότητα είναι να προσδιορίσει μοριακά βιοδείκτες που σχετίζονται με μεταβολές p53 που προσφέρουν οι ίδιοι ως θεραπευτικοί στόχοι. Για να εξεταστεί αυτό, έχουμε επιλέξει γονίδια που υπερεκφράζεται σε ανθρώπινους όγκους π.Χ. p53-μεταλλαγμένο (Miller σύνολο δεδομένων, Πίνακας S2) [28], και για τις οποίες οι αναστολείς είναι σε προκλινικές δοκιμές: AURKA, AURKB και PLK1 (Εικ. 5Α). Αυτοί οι αναστολείς, εάν επικυρωθεί κλινικά, μπορεί να είναι χρησιμοποιήσιμα για τη θεραπεία ασθενών με μεταλλάξεις ρ53. Σημαντικά, η υπερέκφραση των γονιδίων AURKA, AURKB και PLK1 παρατηρήθηκε επίσης σε όγκους μεταλλαγμένο μη-p53 κατά την ομάδα υψηλού κινδύνου, όπως αξιολογείται από την δοκιμή 40-γονιδίου (σχ. 5Α), δείχνοντας ότι ορισμένοι ασθενείς με κακή έκβαση που πάσχουν ρ53- WT όγκοι μπορούν επίσης να επωφεληθούν από αυτές τις θεραπείες. Για την αναζήτηση οποιαδήποτε πιθανή καταπολέμησης των όγκων αυτών των αναστολέων σε δείγματα όγκων με ανεπάρκεια ρ53, τα προφίλ GE ανθρώπινων καρκινικών κυτταρικών σειρών και ξενομοσχεύματα ευαίσθητα σε θεραπείες που στοχεύουν συγκρίθηκαν με την 682-γονίδιο υπογραφή. Οι ομοιότητες που παρατηρούνται υποδεικνύουν δυναμικό ευαισθησία τους σε αυτούς τους παράγοντες. Τα ανθρώπινα ξενομοσχεύματα καρκίνου που ανταποκρίθηκαν σε αναστολείς AURKA βρέθηκαν να είναι πιο παρόμοιο με τους όγκους ποντικού p53-ανεπαρκή από εκείνους που δεν ανταποκρίνονται (Εικ. S9A) [32]. Περαιτέρω, οι εν λόγω κυτταρικές σειρές ευαίσθητα σε στοχευμένες θεραπείες κατά AURKB και PLK έδειξε σημαντικές ομοιότητες με τα p53-ανεπαρκή καρκινώματα ποντικού (Σχ. S9B) [33]. Σημαντικά, αυτές οι ευαίσθητες κυτταρικές σειρές περιλαμβάνονται όχι μόνο BC και κυτταρικές σειρές LAD, αλλά τα κύτταρα άλλων οργάνων, γεγονός που υποδηλώνει μια επίδραση αυτών των αναστολέων σε διάφορους τύπους καρκίνου. Μια άλλη προσέγγιση στην αναζήτηση για στοχευμένες θεραπείες που μπορεί να είναι χρήσιμο σε ρ53-ελλειπή όγκους εκτελέστηκε χρησιμοποιώντας τον πόρο Συνδεσιμότητα Χάρτης [34] (Υλικά και Μέθοδοι). Εν συντομία, ψάχνουμε για μικρό μόριο βιοδραστικών ενώσεων (που ονομάστηκε perturbagens) ικανά να επάγουν προφίλ GE με την αντίστροφη πρότυπο που παρατηρήθηκε στο 682-υπογραφής, έτσι ώστε να μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τη θεραπεία p53-ανεπαρκή όγκους. Τα αποτελέσματα δείχνουν ότι οι αναστολείς αποακετυλασών ιστόνης (όπως τριχοστατίνη Α ή vorinostat) είναι μεταξύ των πλέον σημαντικών perturbagens που μπορεί να καταστείλει το πρότυπο 682-υπογραφής (Πίνακας 2). Είναι ενδιαφέρον ότι η αντιψυχωσικά θειοριδαζίνης φάρμακο καταστέλλει επίσης τα p53-ανεπαρκή καρκίνωμα προφίλ GE, σύμφωνα με τις πρόσφατες μαρτυρίες που αποδεικνύουν ότι το φάρμακο ανταγωνίζεται υποδοχείς ντοπαμίνης που εκφράζονται σε καρκινικά βλαστικά κύτταρα και σε κύτταρα καρκίνου του μαστού [35].

Α) Τα γονίδια AURKA, AURKB και PLK1 εντός της δοκιμής 40-γονίδιο υπερεκφράζεται σε ανθρώπινο π.Χ. με μεταλλάξεις ρ53. δείγματα όγκου διατάχθηκαν από το Δείκτη p53 κινδύνου, όπως καθορίζεται από τη δοκιμή 40-γονιδίου? Οι ομάδες υψηλού κινδύνου που φαίνεται τόσο χαμηλά (πράσινο), ενδιάμεσο (μπλε) ή υψηλή (κόκκινο) του κινδύνου. Σημειώστε την ύπαρξη όγκων υψηλού κινδύνου χωρίς μεταλλάξεις p53. Β) Σύγκριση της διαστρωμάτωσης των ασθενών προσδιορίζεται με τη δοκιμή και p53 κατάσταση μετάλλαξης 40-γονιδίου στο σύνολο δεδομένων Miller π.Χ.. Οι καμπύλες επιβίωσης των δύο μεθόδων διαστρωμάτωσης παρουσιάζεται ταυτόχρονα για τον ίδιο σύνολο δεδομένων ασθενούς. p-val: σημασία των διαφορών επιβίωσης (δοκιμασία log-rank). Γ) Συνδυασμός της δοκιμής και μετάλλαξης ρ53 κατάσταση 40-γονίδιο στρωματώσεως ασθενείς με BC. Οι ασθενείς που ομαδοποιούνται ως p53-WT (L, I και ομάδες υψηλού κινδύνου) ή p53-MUT (ομάδες χαμηλού, ενδιάμεσου και υψηλού κινδύνου). Μόνο ένα δείγμα από 251 ταξινομήθηκε ως χαμηλού κινδύνου και p53-MUT? αυτό δεν περιελήφθη στο γράφημα. p-val: σημασία των διαφορών επιβίωση (log-rank test)

Η

Μια σύγκριση μεταξύ κλινική έκβαση, όπως προβλέπεται από τη δοκιμή και μετάλλαξη p53 κατάσταση 40-γονιδίου έγινε χρησιμοποιώντας το σύνολο δεδομένων Miller. . Η γενωμική δοκιμή έδειξε μεγαλύτερη ευαισθησία από την κατάσταση μετάλλαξης του p53 σε σχέση με την πρόβλεψη ασθενείς με καλή πρόγνωση (βλ συγκρίσεις του χαμηλού κινδύνου [L, πράσινη γραμμή] και p53-WT [ροζ γραμμή] ομάδες? Σχ. 5Β). Είναι ενδιαφέρον ότι, οι ασθενείς χωρίς μεταλλάξεις TP53, αλλά αναμένεται να είναι σε υψηλό κίνδυνο από τη δοκιμή 40-γονιδίου έδειξε κακή επιβίωση δυναμικό (υψηλού κινδύνου και WT στην Εικ. 5C, κόκκινη γραμμή). Είναι σημαντικό ότι, οι ασθενείς αυτοί παρουσίασαν παρόμοια WT πιθανότητες επιβίωσης στους ασθενείς ΤΡ53-μεταλλαγμένο υψηλού κινδύνου (υψηλού κινδύνου και MUT στην Εικ. 5C, διακεκομμένη κόκκινη γραμμή). Ένα παρόμοιο αποτέλεσμα ελήφθη όταν συγκρίνεται η δοκιμή 40-γονίδιο με τον Miller GE-based προγνωστικός δείκτης της κατάστασης μετάλλαξης ρ53 [28] (Εικ. S10). Η πολυπαραγοντική Cox παλινδρόμησης συμπεριλαμβανομένων τόσο των προγνωστικών έδειξαν τα αποτελέσματα της δοκιμής 40-γονίδιο να είναι καλύτερα συσχετίζονται με την επιβίωση από τη μετάλλαξη ρ53 γενωμική προγνωστικός (Πίνακας S6). Αυτά τα αποτελέσματα δείχνουν ότι η πρόβλεψη του κλινικού αποτελέσματος με βάση την δοκιμή 40-γονίδιο να είναι πιο ακριβή από την κατάσταση μετάλλαξης ΤΡ53, η συνέπεια της ικανότητάς της να ανιχνεύει ασθενείς κακή έκβαση χωρίς μετάλλαξη και να διακρίνουν τους ασθενείς χαμηλού κινδύνου με μεγαλύτερη ευαισθησία.

p53 δυσλειτουργία στη μοριακή υποτύπων των Ανθρωπίνων π.Χ. και παλικάρι

επί του παρόντος, υπάρχουν ογκογονίδιο βιοδείκτες καθορισμό μοριακού υποτύπων με διαφορετική κλινική έκβαση ή /και στοχευμένες θεραπείες π.Χ. και παλικάρι, όπως έχουμε ήδη αναφέρει για υποδοχέα οιστρογόνου και καρκίνου του μαστού (βλέπε Εικ. 3). Η δυσλειτουργία ρ53 αναλύθηκε σε αυτά τα μοριακά υποτύπους συγκρίνοντας τις τιμές p53RS προερχόμενο χρησιμοποιώντας τη δοκιμή 40-γονίδιο και 36-γονίδιο γενωμικού-κλινική δοκιμή. Για όγκους του μαστού, ER ή τον υποδοχέα προγεστερόνης (PR) αρνητικά δείγματα εμφανίζονται υψηλότερες τιμές βαθμολόγηση κινδύνου από τις θετικές, σύμφωνα με τα υψηλότερα επιθετική συμπεριφορά τους (Σχ. 6Α) (Πίνακας S9). HER2-θετικό καρκινώματα εμφάνισαν υψηλότερες τιμές βαθμολογίας (Σχ. 6Α), επίσης σε συμφωνία με χειρότερη κλινική έκβαση. Για παλικάρι, EGFR-μεταλλαγμένο όγκων έδειξαν χαμηλότερες τιμές βαθμολόγηση κινδύνου (Εικ. 6Β) (Πίνακας S10), όπως ήταν αναμενόμενο λόγω της καλύτερη κλινική συμπεριφορά τους. Ωστόσο, δεν βρέθηκαν σημαντικές διαφορές μεταξύ των δειγμάτων με ή χωρίς μεταλλάξεις KRAS. Παρά τις μέσες διαφορές στις τιμές p53RS, τόσο δοκιμή 40-γονιδίου (Σχ. 7) και 36-γονίδιο δοκιμή γενωμικό κλινικές (Εικ. 8) στρωματοποιημένη ασθενείς με σημαντικές διαφορές επιβίωση ανεξάρτητη από ογκογονίδιο βιοδείκτης υποομάδα.

Ασθενής οι βαθμολογίες κινδύνου (p53RS) που παριστάνεται ανάλογα με ER, PR και HER2 κατάσταση χρησιμοποιώντας τη δοκιμή 40-γονίδιο για ασθενείς με καρκίνο του μαστού (Α) και ανάλογα με την κατάσταση μετάλλαξης EGFR και KRAS όπως υπολογίζεται από την δοκιμή γενωμική-clinic 36-γονίδιο για αδενοκαρκίνωμα του πνεύμονα ασθενείς (Β). Κάθε τελεία αντιπροσωπεύει μια μεμονωμένη τιμή του δείγματος. Οριζόντιες πράσινες γραμμές αντιπροσωπεύουν μέσες τιμές σε κάθε ομάδα δείγματος. ανάλυση TTEST μαθητή έγινε για να βρείτε σημαντικές διαφορές στις τιμές βαθμολογίας μεταξύ των υποομάδων βιοδεικτών ασθενή (όριο p-Val & lt? 0,05). Οι ασθενείς ήταν κατηγοριοποιημένα με βάση τις ομάδες υψηλού κινδύνου, όπως της χαμηλής (πράσινο), ή υψηλής ενδιάμεσο (κόκκινο) κινδύνους (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι).

Η

Kaplan-Meier καμπύλες μακρινό μετάσταση επιβίωση χωρίς ( ΒΔΜ) για ασθενείς με BC ανάλογα με ER, PR και την κατάσταση HER2. Οι ασθενείς κατανεμήθηκαν με βάση την δοκιμή 40-γονίδιο ως χαμηλής (πράσινο), το ενδιάμεσο (μπλε) ή υψηλή (κόκκινο) κινδύνου (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι). p-val:. σημαντικότητα των διαφορών επιβίωσης (δοκιμασία log-rank)

Η

Kaplan-Meier καμπύλες συνολική επιβίωση για ασθενείς με παλικάρι ανάλογα με την κατάσταση μετάλλαξης του EGFR και KRAS. Οι ασθενείς κατανεμήθηκαν με βάση την δοκιμή 36-γονίδιο γενωμικού-clinic ως χαμηλής (πράσινο), το ενδιάμεσο (μπλε) ή υψηλή (κόκκινο) κινδύνου (βλέπε Υλικά και Μέθοδοι). p-val:. σημαντικότητα των διαφορών επιβίωση (log-rank test)

Η

Συζήτηση

Το μονοπάτι p53 είναι ένας από τους πιο σημαντικούς μηχανισμούς καταστολής του όγκου? Οι μεταλλάξεις που επηρεάζουν το που βρίσκονται συνήθως στην πλειοψηφία των τύπων καρκίνου. Η συσχέτιση μεταξύ αυτών των μεταλλάξεων και κακοήθεια του όγκου, υποδεικνύει την ανάγκη για πιο λεπτομερή χαρακτηρισμό αυτής της οδού. Υψηλές τεχνολογίες απόδοσης, όπως γονιδίωμα-ευρεία ανάλυση της GE ή αλληλουχίας επόμενης γενιάς (NGS) μπορεί να βοηθήσει να καθορίσει τις αλλαγές σε επιμέρους όγκους, η οποία θα επιτρέψει εξατομικευμένες θεραπείες και τελικά θα βελτιώσει τη φροντίδα που θα μπορούσε να προσφερθεί στους ασθενείς. Ωστόσο, φθάνουν σε αποτελεσματική εξατομικευμένη ιατρική εξαρτάται από τη διαθεσιμότητα των κατάλληλων συστημάτων μοντέλο ανάλυσης και επαρκή κλινική αξιολόγηση /επικύρωσης. Η παρούσα εργασία ασχολείται με την p53-ανεπαρκή σύστημα μοντέλο ποντικού όγκου με μοριακά χαρακτηριστικά που οδηγούν στην επιθετικότητα του όγκου, καθώς και την ανάπτυξη και την επικύρωση της GE υπογραφές που μπορεί να προβλέψει τις κλινικές εκβάσεις σε ανθρώπινο π.Χ. και παλικάρι. Τα αποτελέσματα δείχνουν τα γονίδια που απαρτίζουν αυτές τις υπογραφές για να είναι υποκατάστατων δεικτών της ρ53-εξαρτώμενη οδό τροποποιήσεις, και πιθανών υποψηφίων για θεραπείες στόχευσης.

Έχουμε αναφερθεί προηγουμένως μια υπογραφή 682-γονίδιο ποντικού παρατηρήθηκε σε ρ53-ελλειπή δέρμα όγκους να παρουσιάζουν σημαντική μοριακή ομοιότητες με την ανθρώπινη transcriptomes καρκίνου (όπως αυτές της BC και LAD) που περιλαμβάνουν μεταλλάξεις TP53 και /ή κακή έκβαση. Τα παρόντα αποτελέσματα δείχνουν ότι αυτές οι ομοιότητες είναι επίσης παρούσα σε GEMMs της BC και καρκινώματος LAD στα οποία η έκφραση της ρ53 ή λειτουργία αναστέλλεται, επιβεβαιώνοντας προηγούμενα ευρήματα μας.