Αφηρημένο

Λόγω του πλούτου της βιοπληροφορικής πόρων και την αυξανόμενη πολυπλοκότητα των βιολογικών πληροφοριών, είναι πολύτιμη για την ενσωμάτωση δεδομένων από διαφορετικές πηγές, προκειμένου να αποκτήσουν εικόνα για το ρόλο των γονιδίων /πρωτεϊνών στην υγεία και την ασθένεια. Έχουμε αναπτύξει ένα πλαίσιο βιοπληροφορικής που συνδυάζει την εξόρυξη λογοτεχνία με πληροφορίες από βιοϊατρική οντολογίες και επιμέλεια βάσεις για τη δημιουργία της γνώσης «χάρτες» των γονιδίων /πρωτεϊνών ενδιαφέροντος. Εφαρμόσαμε αυτήν την προσέγγιση για τη μελέτη της βήτα-κατενίνης, ένα μόριο προσκόλλησης κυττάρου και μεταγραφική ρυθμιστική ενοχοποιηθεί σε καρκίνο. Ο χάρτης γνώση περιλαμβάνει μετα-μεταφραστικές τροποποιήσεις (PTMs), αλληλεπιδράσεων πρωτεΐνης-πρωτεΐνης, οι μεταλλάξεις σχετίζονται με τη νόσο, και παράγοντες μεταγραφής συν-ενεργοποιείται από βήτα-κατενίνης και τους στόχους τους και συλλαμβάνει τις μεγάλες διεργασίες στις οποίες βήτα-κατενίνης είναι γνωστό ότι συμμετέχει. Χρησιμοποιώντας το χάρτη, δημιουργήσαμε ελέγξιμες υποθέσεις σχετικά με βήτα-κατενίνης βιολογία σε φυσιολογικά και καρκινικά κύτταρα. Με την εστίαση σε πρωτεΐνες που συμμετέχουν σε πολλαπλούς τύπους σχέση, εντοπίσαμε πρωτεΐνες που μπορούν να συμμετέχουν στην ανάδραση ρύθμιση βήτα-κατενίνης μεταγραφική δραστηριότητα. Με το συνδυασμό πολλαπλών σχέσεων δίκτυο με PTM proteoform συγκεκριμένες λειτουργικές πληροφορίες, προτείναμε έναν μηχανισμό για να εξηγήσει την παρατήρηση ότι η κυκλίνη εξαρτώμενη κινάση

CDK5

ρυθμίζει θετικά βήτα-κατενίνης δραστηριότητα συν-ενεργοποιητή. Τέλος, με υπέρθεση δεδομένα μετάλλαξη καρκίνο που σχετίζεται με τα χαρακτηριστικά αλληλουχίας, παρατηρήσαμε μοτίβα μετάλλαξης σε διάφορους τόπους PTM βήτα-κατενίνης και θέσεις πρόσδεσης ενζύμου ΡΤΜ που μεταβάλλεται με τον τύπο ιστού, γεγονός που υποδηλώνει πολλαπλούς μηχανισμούς με τους οποίους οι μεταλλάξεις β-κατενίνης μπορεί να συμβάλει στον καρκίνο. Η προσέγγιση που περιγράφεται, η οποία συλλαμβάνει πλούσια σε πληροφορίες για μοριακών ειδών από τα γονίδια και πρωτεΐνες για να PTM proteoforms, είναι επεκτάσιμο με άλλες πρωτεΐνες και η συμμετοχή τους στη νόσο

Παράθεση:. Çelen Ι, Ross ΚΕ, Arighi ΣΟ, Wu CH ( 2015) Βιοπληροφορική Γνώση Χάρτης για την ανάλυση της Beta-κατενίνης Λειτουργία στον Καρκίνο. PLoS ONE 10 (10): e0141773. doi: 10.1371 /journal.pone.0141773

Επιμέλεια: Min Zhao, Πανεπιστήμιο του Λιμενικού Sunshine, Αυστραλία

Ελήφθη: 24 Ιουνίου 2015? Αποδεκτές: 13, Οκτωβρίου του 2015? Δημοσιεύθηκε: 28 Οκτ 2015

Copyright: © 2015 Çelen et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα: Όλα τα σχετικά δεδομένα είναι εντός του Υποστηρίζοντας αρχεία πληροφοριών του χαρτιού και

χρηματοδότηση:. IC αναγνωρίζει Δημοκρατία Υπουργείο Εθνικής Παιδείας της Τουρκίας για τη χρηματοδότηση της κατά τη διάρκεια σπουδών Master. Η εργασία αυτή έχει υποστηριχθεί από το Εθνικό Ίδρυμα Επιστημών (αριθμός επιχορήγηση: ABI-1062520 για να CHW) και τα Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας (αριθμός επιχορήγησης: 5R01GM080646 και P20GM103446 να CHW). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Συντομογραφίες : COSMIC, Κατάλογος των σωματικών μεταλλάξεων? EFIP, Εξαγωγή Λειτουργική Επίπτωση της φωσφορυλίωσης? GO, Gene Ontology? ΡΡΙ, Protein-Protein αλληλεπίδραση? PRO, Οντολογία Πρωτεΐνη? PTM, μετα-μεταφραστική τροποποίηση? RLIMS-P, στηριγμένο Λογοτεχνία Mining Σύστημα για φωσφορυλίωση πρωτεΐνης? siRNA, μικρά παρεμβαλλόμενα RNA? STRING, Αναζήτηση εργαλείο για την ανάκτηση των Αλληλεπίδραση γονιδίων /Πρωτεΐνες? TCF /LEF, T-Cell Factor /Λεμφοειδής Ενίσχυση Factor? TcoF, Δράκος βάση δεδομένων της μεταγραφής Co-παραγόντων και Transcription Factor πρωτεϊνών που αλληλεπιδρούν? TRED, μεταγραφικό ρυθμιστικό στοιχείο βάσης δεδομένων

Εισαγωγή

έναν πλούτο της γνώσης σχετικά με τις βιολογικές τους μηχανισμούς των ασθενειών του ανθρώπου, συμπεριλαμβανομένων των πληροφοριών σχετικά με τις αλληλεπιδράσεις μεταξύ πρωτεϊνών (PPIs), πρωτεΐνη μετα-μεταφραστικές τροποποιήσεις (PTMs ), το γονίδιο έκφρασης /πρωτεΐνης και οι μεταλλάξεις που σχετίζονται με ασθένεια περιέχεται στην επιστημονική βιβλιογραφία και βιοπληροφορικής βάσεις δεδομένων. Ενώ είναι δύσκολο να συλλέγει πληροφορίες σχετικά με ένα γονίδιο /πρωτεΐνη ή ασθένεια που μας ενδιαφέρει που είναι διάσπαρτα σε όλη την επιστημονική βιβλιογραφία και στεγάζεται σε εξειδικευμένες βάσεις δεδομένων με ασύμβατες μορφές, ανάπτυξη συστηματικών ροών εργασίας για την ενσωμάτωση και ανάλυση πληροφοριών από διαφορετικές πηγές, έχει τη δυνατότητα να αποκαλύψει συνδέσεις που λείπουν και να οδηγήσει σε νέες γνώσεις σχετικά με την αιτιολογία και τη θεραπεία της νόσου.

Συνδυασμός των εργαλείων εξόρυξης κειμένου για να αποσπάσουν πληροφορίες από την επιστημονική βιβλιογραφία, σε επιμέλεια βάσεις δεδομένων και οντολογίες, οι οποίες επιτρέπουν δομημένη αναπαράσταση των οντοτήτων, σχέσεων, και οι έννοιες είναι μια ισχυρή στρατηγική για την ενσωμάτωση της γνώσης. Σε προηγούμενη εργασία [1], έχουμε αναπτύξει ένα πλαίσιο βιοπληροφορικής για την κατασκευή της φωσφορυλίωσης-centric δίκτυα που χρησιμοποίησε τον κανόνα που βασίζεται Λογοτεχνία Mining Σύστημα φωσφορυλίωση πρωτεΐνης (RLIMS-P) σύστημα εξόρυξης κειμένου για να εξαγάγετε τα γεγονότα φωσφορυλίωσης από την επιστημονική βιβλιογραφία και πληροφορίες από φωσφορυλίωση και ΡΡΙ βάσεις δεδομένων (π.χ., PhosphoSitePlus [2] και ανέπαφα [3]), καθώς επίσης και η πρωτεΐνη Οντολογία (PRO) να αντιπροσωπεύει φωσφορυλιωμένες μορφές πρωτεΐνης (proteoforms? [4]) και το γονίδιο Οντολογία (GO) [5] για τη λειτουργική σχολιασμό. Εδώ, μπορούμε να παρατείνει αυτό το πλαίσιο και σε άλλους τύπους πληροφοριών και να εφαρμοστεί σε βήτα-κατενίνης, μια ιδιαίτερα μελετηθεί πρωτεΐνη με ένα ρόλο στην ασθένεια, προκειμένου να επεκτείνει την εφαρμογή της προσέγγισης με τους μηχανισμούς της νόσου του οδηγού.

Beta κατενίνης (όνομα γονίδιο:

CTNNB1

) είναι ένα πολυ-λειτουργικής πρωτεΐνης που χρησιμεύει τόσο ως μόριο προσκόλλησης κυττάρου και μεταγραφική συν-ενεργοποιητή [6]. Σε μετάζωα, συντονισμένη εκτέλεση αυτών των λειτουργιών είναι κρίσιμη για την εμβρυϊκή ανάπτυξη και διατήρηση της ακεραιότητας του ιστού σε ενήλικες οργανισμούς. Κατά την κυτταρική μεμβράνη, βήτα-κατενίνη είναι ένα κρίσιμο συστατικό του ενώσεων προσφύσεως, δομές που μεσολαβούν μεταξύ κυττάρων επαφές στο πολωμένο επιθηλιακών ιστών. Στο πυρήνα, ενεργεί ως μεταγραφής συν-ενεργοποιητή του T-Cell Factor /Λεμφοειδής Συντελεστή Ενίσχυσης (TCF /LEF) παράγοντες οικογένεια μεταγραφής, μεταγραφή των γονιδίων στόχων οδήγησης. Ελεύθερη βήτα-κατενίνης στο κυτταρόπλασμα ταχέως στοχεύεται για αποικοδόμηση διαμεσολαβείται από ουβικουϊτίνη. Η υποκυτταρική εντόπιση και η σταθερότητα των β-κατενίνης ρυθμίζονται από εξωκυτταρικά ερεθίσματα, καθώς και ένα πολύπλοκο δίκτυο γεγονότων PTM. Σηματοδότηση μέσω του μονοπατιού Wnt, που προκλήθηκε με την πρόσδεση του Wnt συνδετήρα προς υποδοχείς επιφανείας κυττάρου, σταθεροποιεί βήτα-κατενίνης και προωθεί βήτα-κατενίνης μεταγραφική δραστικότητα. Αντιστρόφως, φωσφορυλίωση Ser-45 σε βήτα-κατενίνης με καζεΐνης κινάσης Ι (CKI) ακολουθούμενο από τη διαδοχική φωσφορυλίωση της Thr-41, Ser-37, και Ser-33 φωσφορυλίωση από την κινάση συνθάση γλυκογόνου,

GSK3B

, δημιουργεί μία θέση αναγνώρισης για την ubiquitin λιγάση

BTRC

, η οποία ubiquitinates βήτα-κατενίνης, στοχεύοντας το για αποικοδόμηση από το πρωτεάσωμα. Δυσλειτουργία της δραστικότητας β-κατενίνης συσχετίζεται ισχυρά με τον καρκίνο. Οι μεταλλάξεις που οδηγούν σε βήτα-κατενίνης αποσύνδεση από τον κόμβο προσφύσεων και να ξεφύγουν από ουβικιτίνη μεσολαβεί αποτέλεσμα αποδόμησης σε μετατόπιση της στον πυρήνα όπου το υπερ-ενεργοποιεί την μεταγραφή των γονιδίων στόχων του, πολλά από τα οποία έχουν ογκογόνο δραστικότητα [7].

Στην έκθεση αυτή, παρουσιάζουμε μια βήτα-κατενίνης χάρτη γνώσης κατασκευαστεί χρησιμοποιώντας την προσέγγιση ενσωμάτωσης της γνώσης μας, που περιλαμβάνει μοριακό σχέσεις, χαρακτηριστικά αλληλουχίας της πρωτεΐνης, και proteoform συγκεκριμένες λειτουργικές πληροφορίες. Με την εστίαση σε διάφορες υπο-δίκτυα και τα χαρακτηριστικά του χάρτη, που απευθύνεται επιστημονικά ερωτήματα σχετικά με τη βιολογική λειτουργία των β-κατενίνης και το ρόλο της στον καρκίνο. Συγκεκριμένα, η οποία χαρακτηρίζεται από μια ομάδα βήτα-κατενίνης πρωτεϊνών που αλληλεπιδρούν των οποίων η έκφραση ενδεχομένως ελέγχεται από βήτα-κατενίνης? προτείναμε ένα μηχανισμό για τη ρύθμιση της βήτα-κατενίνης μεταγραφική δραστικότητα από την εξαρτώμενη από κυκλίνη κινάση

CDK5

, το οποίο προσδιορίστηκε ως ρυθμιστής βήτα-κατενίνης σε μια μεγάλης κλίμακας miRNA με βάση knock-down οθόνη του kinome [ ,,,0],8]? και, τέλος, εξετάσαμε βήτα-κατενίνης του καρκίνου που σχετίζονται με μεταλλάξεις σε συνδυασμό με άλλα ακολουθία χαρακτηριστικά για να καθορίσουν τον τρόπο δράσης βήτα-κατενίνης μπορεί να μεταβληθεί σε διάφορους τύπους καρκίνου.

Αποτελέσματα

Κατασκευή και Χαρακτηρισμός η βήτα-κατενίνης γνώση Οδηγός:

η επέκταση της προηγούμενης δουλειάς μας, έχουμε αναπτύξει μια bioinformaticsframework για να συλλάβει και να ενσωματώσει σημαντικό μοριακό σχέσεις και τις ιδιότητες για τις πρωτεΐνες του ενδιαφέροντος για την κατασκευή των χαρτών γνώσης (Σχήμα 1). Η συνολική προσέγγιση περιλαμβάνει την εξόρυξη κειμένου για την ανίχνευση μοριακών σχέσεων στην επιστημονική βιβλιογραφία, την ενσωμάτωση πληροφοριών από επιμελημένες βάσεις δεδομένων, και οντολογική αναπαράσταση των πληροφοριών. Τα εργαλεία εξόρυξης λογοτεχνία και βάσεις δεδομένων που χρησιμοποιούνται μπορεί να προσαρμοστεί με τις γνωστές τους ρόλους της πρωτεΐνης υπό μελέτη? Τα διάφορα παραδείγματα των πόρων που μπορούν να ενσωματωθούν φαίνεται στο Σχήμα 1. Επειδή PTMs αποτελούν βασικούς ρυθμιστές της δραστηριότητας βήτα-κατενίνης, τονίσαμε την ενσωμάτωση των πλούσιων πληροφοριών PTM στο βήτα-κατενίνης χάρτη γνώσης. γεγονότα φωσφορυλίωσης που αφορούν την ανθρώπινη βήτα-κατενίνης εντοπίστηκαν στην επιστημονική βιβλιογραφία με RLIMS-P, ένα σύστημα εξόρυξης λογοτεχνίας που προσδιορίζει αναφέρει κινάσης, το υπόστρωμα, και θέση φωσφορυλίωσης στο κείμενο [9]. Οι proteoforms PTM βήτα-κατενίνης περιγράφονται στη βιβλιογραφία εκπροσωπήθηκαν στο PRO [10] και σχολιασμένο με λειτουργικές πληροφορίες χρησιμοποιώντας όρους GO [5]. Συνολικά, εντοπίσαμε 13 ανθρώπινη proteoforms βήτα-κατενίνης φωσφορυλιωμένη σε διάφορους συνδυασμούς 15 διαφορετικές τοποθεσίες (οκτώ σερίνες, δύο θρεονινών, και πέντε τυροσίνες). Πρόσθετες πληροφορίες σχετικά με φωσφορυλίωση β-κατενίνης, ακετυλίωση, και ουβικιτινίωση, συμπεριλαμβανομένων των ενζύμων PTM και χώρων, ελήφθη από βιοπληροφορικής βάσεις δεδομένων. Έχουμε ολοκληρωμένο μόνο πληροφορίες από το χέρι επιμέλεια βάσεις δεδομένων με πειραματική επιβεβαίωση (σε αντίθεση με τα αποτελέσματα των εργαλείων πρόβλεψης), μαζί με σαφείς δεσμούς με αποδεικτικά στοιχεία, κατά προτίμηση με τα άρθρα στην επιστημονική βιβλιογραφία. Για πληροφορίες φωσφορυλίωση, χρησιμοποιήθηκε πρόσφατα αναπτύχθηκε βάση δεδομένων μας iPTMnet (https://proteininformationresource.org/iPTMnet/), η οποία παρέχει μια ενοποιημένη παρουσίαση των πληροφοριών PTM κειμένου που εξορύσσεται από την επιστημονική βιβλιογραφία και από πολλαπλές υψηλής ποιότητας επιμέλεια βάσεις δεδομένων, συμπεριλαμβανομένων PhosphoSitePlus [2] -και Phospho.ELM [11]. Να αναπτύξει μια ολοκληρωμένη άποψη για το ρόλο της βήτα-κατενίνης στη ρύθμιση της γονιδιακής έκφρασης και την ανάπτυξη της νόσου, επεκτείναμε το χάρτη γνώση για να συμπεριλάβει βήτα-κατενίνης αλληλεπιδρούν πρωτεΐνες, συμπεριλαμβανομένων παραγόντων μεταγραφής co-ενεργοποιείται από βήτα-κατενίνης και τους στόχους τους, όπως καθώς και αλληλουχία βήτα-κατενίνης χαρακτηριστικά, όπως θέσεις σύνδεσης PTM ενζύμου και του καρκίνου που σχετίζεται μεταλλάξεις.

η

Ένα δίκτυο βήτα-κατενίνης μοριακό σχέσεις παρουσιάζεται στο Σχ 2. αποτελείται από 727 διαφορετικές πρωτεΐνες που συμμετέχουν σε 861 σχέσεις (S1 πίνακα), συμπεριλαμβανομένων παραγόντων έξι μεταγραφής co-ενεργοποιείται από βήτα-κατενίνης (διακεκομμένη μαύρες άκρες), 445 μεταγραφή σχέσεις παράγοντα-στόχο (μωβ άκρα), 381 PPIs βήτα-κατενίνης, και 29 PTM ενζύμου-β-κατενίνης σχέσεις ( 26 φωσφορυλιώσεις (μπλε άκρα), δύο ακετυλιώσεις (ροζ άκρα), και ένα ουμπικουιτίνωση (κόκκινο άκρο)). Ενσωμάτωση αυτών των γνώσεων για την πρωτεΐνη που μας ενδιαφέρει δεν παρέχει μόνο εκτενείς πληροφορίες αλλά επιτρέπει επίσης τη γεφύρωση των κενών στις γνώσεις σχετικά με την πρωτεΐνη σε επίπεδο συστημάτων. Για παράδειγμα, ένας ερευνητής μπορεί να αναγνωρίσει τα ελλείποντα τμήματα ενός πιθανού μονοπατιού σηματοδότησης, οι μηχανισμοί μεταγραφής ανάδρασης παράγοντα-στόχο, ή πολύπλοκες ρύθμιση των πολλαπλών PTMs (βλέπε παρακάτω). Εάν το δίκτυο συλλαμβάνει πλήρως βιολογικώς σχετικό βήτα-κατενίνης μοριακό σχέσεις, τότε οι βιολογικές διαδικασίες που συνδέονται με τους κόμβους του δικτύου θα πρέπει να είναι ανακλαστικό των γνωστών ρόλων της βήτα-κατενίνης. Προς επαλήθευση, εκτελέσαμε GO όρος εμπλουτισμού και λειτουργική ανάλυση ομαδοποίησης, οι οποίες ομάδες εμπλουτισμένο όροι που βασίζεται στην υπόθεση ότι όρων που συνδέονται με παρόμοια σύνολα γονιδίων είναι πιθανόν να σχετίζονται μεταξύ τους [12]. Ιδιαίτερα τα εμπλουτισμένα όρους από τις δέκα κορυφαίες συστάδες εμφανίζονται στην treemap στο σχήμα 3. Οι κανονικές βιολογικές διεργασίες στις οποίες βήτα-κατενίνης είναι γνωστό ότι συμμετέχει-μεταγραφή, την κίνηση των κυττάρων και προσκόλληση κυττάρου-εκπροσωπούνται στην πρώτη δεκάδα των clusters. Συστάδες φωσφορυλίωση και μεταγωγής σήματος όρους πιθανό να αντικατοπτρίζει την εστίαση του δικτύου σε βήτα-κατενίνης PTM, ιδιαίτερα φωσφορυλίωση. Οι υπόλοιπες συστάδες περιλαμβάνουν απόκριση σε ορμόνη, τον τραυματισμό /φλεγμονή, και την απόπτωση, τα οποία έχουν όλα έχουν συσχετισθεί με Wnt /β-κατενίνης σηματοδοτήσεως στη βιβλιογραφία [13-15]. Έτσι, οι σχέσεις με τη σύλληψη του δικτύου Οι κυριότερες μοριακές σχέσεις της β-κατενίνης.

Το δίκτυο απεικονίζει τις συνδέσεις μεταξύ των β-κατενίνης (CTNNB1) ένζυμα PTM, πρωτεΐνες που αλληλεπιδρούν, και παράγοντες μεταγραφής co-ενεργοποιημένη β-κατενίνης και τους στόχους τους.

Η

Εμπλουτισμένο όροι ομαδοποιούνται σε λειτουργικές ομάδες. Τα πιο υψηλού εμπλουτισμού όρους για τις δέκα κορυφαίες συστάδες εμφανίζονται στην treemap, εκπροσωπήθηκαν ως διαφορετικού χρώματος μπλοκ. Για κάθε όρο, το μέγεθος κουτί αντανακλά την τιμή p του όρου εμπλουτισμού.

Η

Αναγνώριση Πιθανές βήτα-κατενίνης Μεταγραφική Σχόλια Μηχανισμοί

Οι πρωτεΐνες εντός του δικτύου που συμμετέχουν σε περισσότερες από μία μοριακή σχέση έχουν ιδιαίτερο ενδιαφέρον επειδή μπορούν να παρέχουν πληροφορίες για τη ρύθμιση των β-κατενίνης και ο συντονισμός των πολλαπλών λειτουργιών της. Για να αποδειχθεί αυτή η ιδέα, χρησιμοποιήσαμε το δίκτυο βήτα-κατενίνης για την ταυτοποίηση πρωτεϊνών που θα μπορούσαν να εμπλέκονται στην μεταγραφική βρόχους ανάδρασης με βήτα-κατενίνης. μηχανισμούς ανάδρασης, στην οποία το προϊόν μιας εκφράζεται διεγείρει γονίδιο (θετική ανάδραση) ή καταστέλλει (αρνητική ανάδραση) μεταγραφικό πρόγραμμα που ελέγχει, να διαδραματίσει έναν κρίσιμο ρόλο στη ρύθμιση της κυτταρικής μεταγραφικής. Για παράδειγμα, ο παράγοντας μεταγραφής

LEF1

, έχει δειχθεί ότι συμμετάσχουν σε μια θετική μεταγραφική βρόχο ανάδρασης με βήτα-κατενίνης. Στα καρκινικά κύτταρα του παχέος εντέρου, βήτα-κατενίνης /

LEF1

σύμπλοκα οδηγούν την μεταγραφή του πλήρους μήκους

LEF1

ισομορφή που μπορούν να δεσμεύονται βήτα-κατενίνης σε βάρος ενός κυρίαρχο αρνητικό ισομορφή. Η εξέφρασε

Ι.ΕΡ1

τότε συνεργάτες με βήτα-κατενίνης να οδηγήσετε περαιτέρω έκφραση της πλήρους μήκους

Ι.ΕΡ1

[16].

Όπως περιγράφεται στο σχήμα 4Α, εμείς αιτιολογημένη ότι οι δυνητικοί μεσολαβητές της μηχανισμούς ανάδρασης θα μπορούσε να βρεθεί μεταξύ των πρωτεϊνών που είναι και οι δύο βήτα-κατενίνης μεταγραφικό στόχους και βήτα-κατενίνης πρωτεϊνών που αλληλεπιδρούν. Εντοπίσαμε μία υπο-δίκτυο 35 βήτα-κατενίνης πρωτεϊνών που αλληλεπιδρούν (συμπεριλαμβανομένων έξι κινάσες βήτα-κατενίνης και δύο παραγόντων μεταγραφής συν-ρυθμίζονται από βήτα-κατενίνης), καθώς και βήτα-κατενίνης ίδια που είναι στόχοι ενός βήτα-κατενίνης ρυθμίζεται παράγοντα μεταγραφής (Σχήμα 4Β). Έτσι, αυτές είναι πρωτεΐνες που θα μπορούσαν ενδεχομένως να ρυθμίζεται στο επίπεδο έκφρασης με βήτα-κατενίνης και επίσης ρυθμίζουν τη λειτουργία βήτα-κατενίνης. Θα αναφερθώ σε αυτές τις πρωτεΐνες ως «στόχος-αλληλεπιδρούν» να αντικατοπτρίζει αυτή την διττό ρόλο.

(Α) Workflow για τον εντοπισμό των βήτα-κατενίνης μεταγραφική στόχοι που επηρεάζουν βήτα-κατενίνης μεταγραφική δραστηριότητα, έτσι που συμμετέχουν στο θετικό ή /και αρνητική ανάδραση βρόχους. (Β) Υπο-δίκτυο των β-κατενίνης που αλληλεπιδρούν πρωτεΐνες των οποίων η έκφραση ρυθμίζεται από έναν παράγοντα μεταγραφής συν-ενεργοποιείται από βήτα-κατενίνης ( «target-αλληλεπιδρούν»). χρώμα γεμίσματος Κόμβος δείχνει την επίδραση των πρωτεϊνών που αλληλεπιδρούν για βήτα-κατενίνης μεταγραφική δραστικότητα. Κόμβοι με βαριά σύνορα αντιπροσωπεύουν γονίδια για τα οποία δεν υπάρχει πειραματική απόδειξη της μεταγραφικής ρύθμισης από βήτα-κατενίνης

Η

Πέντε διαφορετικοί παράγοντες μεταγραφής ρυθμίζουν την έκφραση των στόχων που αλληλεπιδρούν:.

Ι.ΕΡ1

, ένα μέλος από τους παράγοντες της οικογένειας μεταγραφής TCF /LEF? ο υποδοχέας των ανδρογόνων

AR

? η CCAAT /ενισχυτή δεσμευτική πρωτεΐνη C

EBPa

? ο υποδοχέας των οιστρογόνων

ESR1

? και η υπομονάδα πυρηνικού παράγοντα-κάπα-Β ρ 105 (

NFKB1

). Με την εξαίρεση του

LEF1

, αυτοί οι παράγοντες μεταγραφής δεν εξαρτάται πλήρως από την βήτα-κατενίνης για δραστηριότητα? μπορούν να συνεργαστούν με άλλους συν-ρυθμιστές ή να κινήσει τις δικές τους μεταγραφή. Έτσι, ζητήθηκε η γνώμη της βιβλιογραφίας για να καθορίσει αυτό που είναι γνωστό για τη συμβολή της β-κατενίνης με την μεταγραφή των στόχων που αλληλεπιδρούν εντοπίσαμε. Δεκαπέντε των στόχων που αλληλεπιδρούν με συν ίδια βήτα-κατενίνης είτε έχουν δείξει ότι ρυθμίζεται από βήτα-κατενίνης σε μελέτες μικρής κλίμακας (το Wnt Ιστοσελίδα (https://web.stanford.edu/group/nusselab/cgi-bin/Wnt /target_genes)?.. Herbst et al, πίνακας 1 [17] ή ρυθμίζονταν από βήτα-κατενίνης σε δύο τουλάχιστον από τρεις γραμμές κυττάρων καρκίνου κόλου που εξετάστηκαν σε μια πρόσφατη μελέτη του γονιδιώματος σε επίπεδο [17] Αυτή η ομάδα περιλαμβάνει την πλειοψηφία ( 6/8) του

Ι.ΕΡ1

-regulated στόχου που αλληλεπιδρούν, καθώς επίσης και πολλαπλούς στόχους του

ESR1

,

NFKB1

, και

CEBPA

(Εικ 4Β, οι κόμβοι με έντονα τα σύνορα). Δέκα γονίδια (

CCND1

,

Ιούνιος

,

CCND2

,

EGFR

,

Ι.ΕΡ1

,

MET

,

ΜΜΡ7

,

MYC

,

TCF3

,

TERT

, και το ίδιο βήτα-κατενίνης (

CTNNB1

)) ήταν πάνω-ρυθμίζεται από βήτα-κατενίνης και δύο (

FOS

και

Cdh1

) ήταν κάτω-ρυθμίζονται? για τα υπόλοιπα γονίδια, η κατευθυντικότητα της β-κατενίνης αποτέλεσμα δεν αναφέρθηκε.

δεν είναι όλες οι πρωτεΐνες που αλληλεπιδρούν με β-κατενίνης επηρεάζει αναγκαστικά μεταγραφική δραστηριότητα της. Ως εκ τούτου, το επόμενο βήμα προς τον εντοπισμό πιθανών μεσολαβητών μεταγραφικό ανατροφοδότηση ήταν να καθοριστεί ποια επίδραση, αν υπάρχει, ο στόχος-αλληλεπιδρούν είχε σχετικά με τη λειτουργία ρύθμισης της μεταγραφής της β-κατενίνης (Σχήμα 4Α). Ψάξαμε για πληροφορίες αντιμετώπισης της επίδρασης των στόχων που αλληλεπιδρούν σε βήτα-κατενίνης μεταγραφική δραστηριότητα χρησιμοποιώντας την επιλογή κειμένων της βάσης δεδομένων string [18] και από το χέρι την αναθεώρηση της βιβλιογραφίας που παραθέτει STRING ως αποδεικτικά στοιχεία για την αλληλεπίδραση. Για τους στόχους-αλληλεπιδρούν με τα οποία είναι κινάσες βήτα-κατενίνης, ψάξαμε και τη λειτουργική σχολιασμό των proteoforms βήτα-κατενίνης σε PRO που φωσφορυλιώνονται από αυτές τις κινάσες. Με βάση αυτές τις πληροφορίες, εντοπίσαμε 14-στόχων που αλληλεπιδρούν που αυξάνουν (Σχήμα 4Β, κόκκινο κόμβους) και τέσσερις που μειώνουν (Εικ 4Β, πράσινο κόμβων) τη μεταγραφική ρυθμιστική δραστηριότητα της β-κατενίνης.

Ο στόχος, που αλληλεπιδρούν ότι ενδεχομένως να αυξήσουν βήτα-κατενίνης μεταγραφική ρυθμιστική δραστηριότητα περιλαμβάνει την ίδια βήτα-κατενίνης και διάφορους παράγοντες μεταγραφής co-ρυθμίζεται από βήτα-κατενίνης: τρία TCF μέλη /LEF οικογένειας (

TCF3

,

TCF7L1

, και

Ι.ΕΡ1

),

AR

, και

MITF

, η οποία ελέγχει τη μεταγραφή των μελανοκυττάρων-ειδικών γονιδίων [19].

Δύο βήτα-κατενίνης kinases-

FYN

και

EGFR

-επίσης μεταγραφική δραστηριότητα αύξηση βήτα-κατενίνης.

FYN

φωσφορυλιώνει β-κατενίνης σε Tyr-142 και

EGFR

φωσφορυλιώνει β-κατενίνης σε Tyr-654. Proteoform συγκεκριμένο σχολιασμό στο PRO υποδεικνύει ότι Tyr-654-φωσφορυλιωμένη β-κατενίνης έχει βελτιωμένες λειτουργίες μεταγραφής που σχετίζονται με (PR: 000044478). Επιπλέον, η φωσφορυλίωση Tyr-142 μειώνει βήτα-κατενίνης σύνδεσης με την διασταύρωση adherens, με αναστολή σύνδεσης προς άλφα-κατενίνη (PR: 000036860), αντίστοιχα. Μείωση της σύνδεσης με την διασταύρωση adherens αυξάνει την πισίνα της βήτα-κατενίνης διαθέσιμα για μεταγραφική ρύθμιση στον πυρήνα. Ομοίως, δύο άλλες στόχου interactors-

ΚΟΑ

και

MUC

-dissociate βήτα-κατενίνης από τη διασταύρωση adherens και να προωθήσει τη μετατόπιση της στον πυρήνα [20,21].

Οι στόχοι-αλληλεπιδρούν που μειώνουν την β-κατενίνης μεταγραφική πράξη κανονιστική δραστηριότητα μέσω διαφόρων μηχανισμών: i) με την προώθηση της υποβάθμισης βήτα-κατενίνης (π.χ.,

GSK3B

φωσφορυλιώνει β-κατενίνης σε Ν-τερματικό sites (PR: 000035772) ότι η προώθηση της σύνδεσης του με την ουβικιτίνης λιγάση

BTRC

και την επακόλουθη υποβάθμιση)? ii) μέσω αλληλεπίδρασης με «αναστολείς» στον πυρήνα (π.χ.,

TFAP2A

αναστέλλει άμεσα δραστικότητα βήτα-κατενίνης συν-ενεργοποιητή με σχηματισμό ενός συμπλόκου με β-κατενίνης και την αδενωματώδη πολυποδίαση coli (

APC

) πρωτεΐνη στον πυρήνα [22])? και iii) με την αύξηση της βήτα-κατενίνης σύνδεσης με την διασταύρωση adherens, έτσι απομόνωσης μακριά από τον πυρήνα (π.χ., Ε-καδερίνης (

Cdh1

) συνδέεται με βήτα-κατενίνης στη διασταύρωση προσφύσεως [6]). Είναι σημαντικό να σημειωθεί ότι η βήτα-κατενίνης μεταγραφική δραστηριότητα περιλαμβάνει τόσο συν-ενεργοποιητή και συν-καταστολέα λειτουργίες του. Έτσι, δεδομένου ότι η βήτα-κατενίνης έχει αποδειχθεί ότι καταστέλλει

Cdh1

μεταγραφή,

Cdh1

παγίδευση των β-κατενίνης μακριά από τον πυρήνα μπορεί στην πραγματικότητα να οδηγήσει σε αύξηση των

Cdh1

έκφραση.

είναι ενδιαφέρον, καζεΐνης κινάσης II (

CSNK2A1

και

CSNK2A2

, Σχήμα 4Β, μπλε κόμβους) φαίνεται να είναι σε θέση να συμμετέχουν σε θετική ή αρνητική ανάδραση ανάλογα με το οποίο sites στο βήτα-κατενίνης που φωσφορυλιώνει. Φωσφορυλίωση της β-κατενίνης σε Thr-393 αυξάνει συν-ενεργοποιητή λειτουργία του (PR: 000044474), ενώ η φωσφορυλίωση της β-κατενίνης σε Ser-29, Thr-102, και Thr-112 (PR: 000037187) οδηγεί στην ένωση του με το adherens διασταύρωση και αποσταθεροποίηση μέσω της αυξημένης σύνδεσης με την κινάση

GSK3B

.

Ανάλυση της κινάσης Σηματοδοσίας για τη ρύθμιση των βήτα-κατενίνης μεταγραφική δραστηριότητα

Πολλαπλές kinome ολόκληρη μικρό παρεμβαλλόμενο RNA ( έχουν siRNA) knock-down οθόνες έχουν πραγματοποιηθεί για να κατανοήσουν την επίδραση των οδών κινάσης σηματοδότησης για τη δραστηριότητα βήτα-κατενίνης και υπο-κυτταρική κατανομή. Μια τέτοια μελέτη προσδιόρισε μια ομάδα κινασών που φαίνεται να ρυθμίζουν θετικά βήτα-κατενίνης δραστικότητα συν-ενεργοποιητή υπό κανονικές συνθήκες [8]. Μία από τις κινάσες ταυτοποιηθεί, αλλά όχι περαιτέρω χαρακτηρίζεται στην μελέτη, ήταν

CDK5

.

CDK5

είναι μέλος της εξαρτώμενης από κυκλίνη κινάση της οικογένειας της πρωτεϊνικών κινασών που εμπλέκονται στην ανάπτυξη του νευρικού συστήματος και την επιβίωση νευρωνικών κυττάρων [23]. Πρόσφατα,

CDK5

έχει αποδειχθεί ότι συμμετέχουν σε πολλές βιολογικές διεργασίες εκτός του νευρικού συστήματος, συμπεριλαμβανομένων ορισμένων από τις ίδιες διεργασίες μεταγραφής, τον κυτταρικό πολλαπλασιασμό, και την προσκόλληση-κυττάρου αυτού ρυθμίζονται από βήτα-κατενίνης [24] . CDK5, όπως η β-κατενίνης, έχει επίσης εμπλακεί σε ογκογένεση. Για παράδειγμα, CDK5 προάγει κυτταρική μετανάστευση και εισβολή σε παγκρεατικά καρκινικά κύτταρα, και η αναστολή της CDK5 καταστέλλει παγκρεατικού ανάπτυξη και μετάσταση όγκου [25]. Η ενεργοποίηση του ErbB2 (Her2) και CDK5 και επακόλουθη φωσφορυλίωση του ρυθμιστή STAT3 μεταγραφικό σχετίζεται με τον πολλαπλασιασμό των κυττάρων σε όγκους του θυρεοειδούς μυελώδη [26]. Τέλος, η φωσφορυλίωση του υποδοχέα ανδρογόνων με CDK5 παίζει ρόλο στην προώθηση της ανάπτυξης του καρκίνου του προστάτη [27]. Έτσι, μας ενδιαφέρει, χρησιμοποιώντας το δίκτυο της γνώσης βήτα-κατενίνης για τον εντοπισμό πιθανών δεσμών μεταξύ των

CDK5

και θετική ρύθμιση της β-κατενίνης λειτουργία συν-ενεργοποιητή που θα μπορούσαν να σχετίζονται με τον καρκίνο.

CDK5

φωσφορυλιώνει β-κατενίνης σε Ser-191 και Ser-246 (PR: 000037229)? Ωστόσο, το αποτέλεσμα αυτής της φωσφορυλίωσης επί βήτα-κατενίνης μεταγραφική δραστικότητα δεν έχει αναφερθεί. Ενώ παραμένει πιθανό ότι

CDK5

ρυθμίζει άμεσα βήτα-κατενίνης μεταγραφική δραστηριότητα, ψάξαμε για αποδείξεις ότι

CDK5

μπορεί να δρουν έμμεσα μέσω φωσφορυλίωσης της άλλης πρωτεΐνης στο βιολογικό δίκτυο βήτα-κατενίνης. Η ροή εργασίας για την ανάλυση αυτή παρουσιάζεται στο σχήμα 5Α. Πρώτον, προσδιορίζονται όλες τις πρωτεΐνες στο δίκτυο βήτα-κατενίνης που έχει αναφερθεί ότι είναι υποστρώματα CDK5 στη βάση δεδομένων μας iPTMnet. Υπήρχαν 17 τέτοιες πρωτεΐνες, συμπεριλαμβανομένων δύο κινάσες βήτα-κατενίνης (SRC και ΡΑΚ1), και ErbB3, ένα συν-υποδοχέας για δύο κινάσες επιπλέον βήτα-κατενίνης,

EGFR

και

ERBB2

. Επιπλέον, αρουραίος

ΕΚΒΒ2

φέρεται να είναι ένας

CDK5

υπόστρωμα στο PhosphoSitePlus [28]. Ανθρώπινο και αρουραίου βήτα-κατενίνης είναι & gt? 99% ταυτόσημες και όλα τα γνωστά θέσεις φωσφορυλίωσης ανθρώπινης βήτα-κατενίνης είναι συντηρημένες? ως εκ τούτου, είναι εύλογο ότι η ανθρώπινη

ΕΚΒΒ2

μπορεί επίσης να φωσφορυλιωθεί από

CDK5

. Τα ευρήματα αυτά εγείρουν την πιθανότητα ότι

CDK5

μπορεί έμμεσα ρυθμίζουν τη φωσφορυλίωση της β-κατενίνης μέσω της επιρροής της σε άλλες κινάσες βήτα-κατενίνης.

(Α) Workflow για την εξερεύνηση επιπτώσεις της CDK5 σε β- κατενίνης μεταγραφική δραστηριότητα. (Β) Υπο-δίκτυο των υποστρωμάτων CDK5 (μπλε κόμβους) στο δίκτυο βήτα-κατενίνης (Βήμα 1 του workflow) (C) Υπο-δίκτυο των υποστρωμάτων CDK5 επιλέχθηκαν για περαιτέρω μελέτη (Βήμα 2 από workflow). Μονοπάτια μέσω των οποίων δραστηριότητα CDK5 κινάσης επηρεάζει βήτα-κατενίνης (CTNNB1) κατάσταση φωσφορυλίωσης και μεταγραφική δραστηριότητα φαίνονται.

Η

επόμενο διεξαχθεί μια σε βάθος μελέτη των σχέσεων μεταξύ CDK5, erbB2, erbB3, SRC, ΡΑΚ1, και βήτα-κατενίνης με βάση τα αποτελέσματα της εξόρυξης κειμένου και PRO λειτουργική σχολιασμό. Όπως φαίνεται στο Σχήμα 5Β, φωσφορυλίωση β-κατενίνης με

CDK5

και οι κινάσες ρυθμίζει οδηγεί στην παραγωγή του πέντε φωσφορυλιωμένου proteoforms: α Tyr-654 φωσφορυλιωμένη μορφή (PR: 000044478, που παράγεται από

EGFR

,

ΕΚΒΒ2

, ή

SRC

)? μια Tyr-333 φωσφορυλιωμένη μορφή (PR: 000037192, που παράγεται από

SRC

)? μια Tyr-86 /Tyr-654 διπλά φωσφορυλιωμένη μορφή (PR: 000037194, που παράγεται από

SRC

)? ένα Ser-191 /Ser-246 διπλά φωσφορυλιωμένη μορφή (PR: 000037229, που παράγεται από

CDK5

)? και Ser-663 /Ser-675 διπλά φωσφορυλιωμένη μορφή (PR: 000030192, που παράγεται από

ΡΑΚ1

). Με την εξαίρεση της Ser-191 /Ser-246 φωσφορυλιωμένη μορφή, PRO σχολιασμό υποδεικνύει ότι όλες αυτές οι μορφές είναι μεταγραφικά ενεργή. Χρησιμοποιήσαμε RLIMS-P για να διαπιστώσετε προτάσεις στη βιβλιογραφία που περιγράφει φωσφορυλίωση του

ΕΚΒΒ2

,

SRC

, και

ΡΑΚ1 από

CDK5

και το χέρι επανεξεταστεί η ενότητες αντικείμενο που περιέχει τις προτάσεις για να διαπιστωθεί η επίδραση του

CDK5

φωσφορυλίωσης στη δραστηριότητα του υποστρώματος. Δύο από τα kinases-

ΡΑΚ1

και

SRC

-είναι αναστέλλεται από

CDK5

και το ένα

ΕΚΒΒ2

-παρασκευάζεται ενεργοποιείται [28-30]. Έτσι,

CDK5

μπορεί να έχουν την τάση να μειώνουν τη λειτουργία των β-κατενίνης συν-ενεργοποιητή μέσω της επίδρασής της στο

ΡΑΚ1

και

SRC

και την αύξηση της λειτουργίας συν-ενεργοποιητή μέσω της επίδρασής της στο

ΕΚΒΒ2

. Το καθαρό αποτέλεσμα της

CDK5

θα εξαρτηθεί από τα επίπεδα αυτών των τριών κινασών, σχετικές συγγένειες τους για βήτα-κατενίνης και της κυτταρικής πλαίσιο. Το γεγονός ότι

CDK5

προωθείται βήτα-κατενίνης μεταγραφική δραστηριότητα στην οθόνη siRNA υποδηλώνει ότι ο ρόλος της στο

ΕΚΒΒ2

ενεργοποίηση μπορεί να επικρατήσει. Είναι ενδιαφέρον ότι,

CDK5

έχει δειχθεί να αποδυναμώσει βήτα-κατενίνης σύνδεσης με την διασταύρωση adherens προωθώντας τη φωσφορυλίωση της Tyr-654 [31]. Από Tyr-654 είναι η

ΕΚΒΒ2 Ιστοσελίδα φωσφορυλίωση σε βήτα-κατενίνης, το αποτέλεσμα αυτό είναι συνεπές με την υπόθεση μας ότι

CDK5

ενεργοποιεί

ΕΚΒΒ2

, η οποία με τη σειρά της φωσφορυλιώνει β- κατενίνης επί Tyr-654, οδηγώντας σε μια μετατόπιση του βήτα-κατενίνης μακριά από τη διασταύρωση προσφύσεων και μέσα στον πυρήνα όπου μπορεί να χρησιμεύσει ως ένας μεταγραφικός συν-ενεργοποιητή. Επιπλέον, στα καρκινικά κύτταρα,

CDK5

,

ΕΚΒΒ2 /ErbB3

, και βήτα-κατενίνης έχουν συνδεθεί μέσω ενός άλλου μέλους του δικτύου-υποδοχέα ανδρογόνων βήτα-κατενίνης (

AR

). Στις

ERBB2

υπερεκφράζουν κύτταρα καρκίνου του μαστού, βήτα-κατενίνης συν-ενεργοποιεί

AR

να οδηγεί μεταγραφή αρκετών στόχων προαγωγής όγκων, συμπεριλαμβανομένων των

ErbB3 {{}}

[ ,,,0],32]. Όπως αναφέρθηκε παραπάνω,

AR

ενεργοποίηση από

CDK5

φωσφορυλίωση έχει ταυτοποιηθεί ως ένας μηχανισμός καρκίνο οδήγηση σε όγκους του προστάτη [27]. Σε συνδυασμό με τα αποτελέσματα της ανάλυσης κινάσης μας, αυτές οι παρατηρήσεις υποδεικνύουν ότι η φωσφορυλίωση CDK5 και των δύο

ΕΚΒΒ2 /ErbB3

και

AR

θα μπορούσε να οδηγήσει ένα βρόχο ανάδρασης, στην οποία

ΕΚΒΒ2 /ErbB3

προωθεί βήτα-κατενίνης μεταγραφική δραστηριότητα που στη συνέχεια συμβάλλει στην υψηλότερη έκφραση του

erbB3

. Με το συνδυασμό των πληροφοριών κινάσης και υπόστρωμα σε πολλαπλές βάσεις δεδομένων φωσφορυλίωση με φωσφορυλίωση εστιασμένη εξόρυξη της επιστημονικής βιβλιογραφίας, εντοπίσαμε ένα μονοπάτι που συνδέει βήτα-κατενίνης σε ένα ανάντη κινάση,

CDK5

, που φαίνεται να επηρεάζουν βήτα-κατενίνης συνεργασία δραστηριότητα ενεργοποιητής σε μια οθόνη siRNA kinome κλίμακα.

Ανάλυση του καρκίνου-Associated βήτα-κατενίνης μεταλλάξεις για την ταξινόμηση του καρκίνου

Εμείς συλλέγονται περίπου 4.100 καρκίνου που σχετίζονται με μεταλλάξεις απουσίας στο 137 781 υπολείμματα των β κατενίνης και να χαρτογραφηθεί πάνω στην ακολουθία β-κατενίνης σχολιασμένο με χαρακτηριστικά ακολουθία, όπως οι ιστότοποι PTM και μοτίβα πρόσδεσης του ενζύμου PTM. Πάνω από το 90% των σχετιζόμενων με τον καρκίνο μεταλλάξεις εμφανίστηκαν στην περιοχή που κωδικοποιείται από το εξόνιο 3 της βήτα-κατενίνης (κατάλοιπα 20 έως 60). Τα κορυφαία έξι πιο συχνά μεταλλαγμένες θέσεις σε όλους τους τύπους καρκίνου, αντιπροσωπεύοντας το 6-25% του συνόλου του καρκίνου που σχετίζονται με μεταλλάξεις στο β-κατενίνης (Σχήμα 6Α, κόκκινες κουκίδες) περιλαμβάνουν την ΟΚΙ και

GSK3B

θέσεις φωσφορυλίωσης (Ser -45, Thr-41, Ser-37, και Ser-33) και δύο εξαιρετικά διατηρημένα υπολείμματα στο

BTRC

ουμπικουϊτίνης μοτίβο αναγνώριση λιγάσης (Asp-32 και Gly-34). Αρκετές proteoforms φωσφορυλιώθηκε σε διαφορετικούς συνδυασμούς των τεσσάρων υψηλώς μεταλλαγμένες θέσεις φωσφορυλίωσης έχουν περιγραφεί στη βιβλιογραφία (Σχήμα 6Β). Ενώ τρεις από τις τέσσερις proteoforms (Σχήμα 6Β, σχηματίζει 1, 2, και 3) δεσμεύουν

BTRC

, καθιστώντας τα ασταθή, το τέταρτο proteoform, φωσφορυλιωμένη σε Ser-45 μόνο (Σχήμα 6Β, έντυπο 4, PR: 000035774), βρίσκεται στη διασταύρωση adherens σε συνδυασμό με E-cadherin και στον πυρήνα, γεγονός που υποδηλώνει ότι μπορεί να παίξει σε ενεργό ρόλο στην προσκόλληση και /ή μεταγραφικής ρύθμισης [33].

sites PTM, δεσμευτική PTM ένζυμο οι τοποθεσίες και τις συχνότητες του καρκίνου που σχετίζονται με μεταλλάξεις σε μεμονωμένες τοποθεσίες που αναφέρονται. (Β) proteoforms Βήτα-κατενίνη φωσφορυλιωμένη σε συνδυασμούς των τεσσάρων Ν-τερματικές θέσεις φωσφορυλίωσης Ser-33, Ser-37, Thr-41, και Ser-45 και λειτουργικά σχολιασμό τους.

Η

Για να διερευνηθεί το μοτίβο της συχνότητες μετάλλαξης μεταξύ των επιμέρους τύπων καρκίνου, εκτελέσαμε ιεραρχική ανάλυση ομαδοποίησης για 20 διαφορετικούς ιστούς με βάση την κατανομή τους σχετίζονται με τον καρκίνο μεταλλάξεις στις έξι πιο συχνά μεταλλαγμένες θέσεις στον καρκίνο συνολικά (Asp-32, Ser-33, Gly-34 , Ser-37, Thr-41, και Ser-45). Δεδομένου ότι η συνολική συχνότητα των μεταλλάξεων αυτών των χώρων είναι παρόμοια υποθέτουμε παρόμοια συχνότητα της μετάλλαξης στους ιστούς του δείγματος. Ωστόσο, βρήκαμε δύο συστάδες με ιδιαίτερα διακριτά προφίλ μετάλλαξη προέκυψε από την ανάλυση αυτή (Εικ 7Α). Ομάδα 1 αποτελείται από εννέα ιστούς με μεταλλάξεις κυρίως στην Asp-32, Ser-33, και Ser-37 και σχετικά λίγες μεταλλάξεις σε Thr-41 και Ser-45 (Σχήμα 7Α, μπλε κουτί). Σε αντίθεση, Cluster 2 αποτελείται από τέσσερα ιστούς με μεταλλάξεις σε Thr-41 και ιδιαίτερα Ser-45 με λίγες μεταλλάξεις στην περιοχή

BTRC

πρόσδεσης (Asp-32, Ser-33, Gly-34, και Ser- 37? Σχήμα 7Α, ροζ κουτί).