Αφηρημένο

Η πιθανή κλινική χρησιμότητα των γενετικών δεικτών που συνδέονται με την απόκριση σε fluoropyrimidine θεραπεία σε ασθενείς με καρκίνο του παχέος εντέρου παραμένει αμφιλεγόμενη, παρά εκτενή μελέτη. Στόχος μας ήταν να δοκιμαστεί η κλινική εγκυρότητα των δύο νέες και προηγουμένως ταυτοποιημένοι δείκτες των ανεπιθύμητων ενεργειών σε ένα ευρύ κλινικό περιβάλλον. Έχουμε διεξάγει μια παρατηρητική φαρμακογενετική μελέτη της πρώιμης ανεπιθύμητων ενεργειών σε μια μελέτη κοόρτης 254 ασθενών με καρκίνο παχέος εντέρου που έλαβαν θεραπεία με 5-φθοριοουρακίλη ή καπεσιταβίνη. Δεκαέξι παραλλαγές των εννέα βασικών φυλλικού οξέος (φαρμακοδυναμική) και μεταβολισμού ναρκωτικών (φαρμακοκινητικές) ένζυμα αναλύονται ως μεμονωμένες δείκτες ή /και τις υπογραφές των δεικτών. Βρήκαμε μια σημαντική συσχέτιση μεταξύ

TYMP

S471L (rs11479) και στις αρχές της δόσης τροποποιήσεις ή /και σοβαρές ανεπιθύμητες ενέργειες (προσαρμογή OR = 2,02 [1,03? 4,00], p = 0,042, προσαρμογή OR = 2,70 [1,23? 5,92 ], ρ = 0,01 αντίστοιχα). Υπήρξε επίσης μια σημαντική συσχέτιση μεταξύ αυτών των φαινοτύπων και την υπογραφή του

DPYD

μεταλλάξεις (Adjusted OR = 3,96 [1,17? 13,33], p = 0.03, προσαρμοσμένο OR = 6,76 [1,99? 22,96], p = 0,002, αντίστοιχα ). Εμείς δεν εντοπίσει τυχόν σημαντικές συσχετίσεις μεταξύ των υποψήφιων φαρμακοδυναμικές δείκτες και την τοξικότητα. Αν μια προγνωστική εξέταση για την έγκαιρη ανεπιθύμητες ενέργειες ανέλυσε το

TYMP

και

DPYD

παραλλαγές ως υπογραφή, η ευαισθησία θα είναι 45,5%, με θετική προγνωστική αξία μόλις 33,9% και ως εκ τούτου φτωχή κλινική εγκυρότητα. Οι περισσότερες μελέτες μέχρι σήμερα έχουν υπό-powered να εξετάσει πολλαπλές φαρμακοκινητικές και φαρμακοδυναμικές παραλλαγές ταυτόχρονα, αλλά αυτό και παρόμοια εξατομικευμένα σύνολα δεδομένων θα μπορούσαν να συγκεντρωθούν σε μετα-αναλύσεις για την επίλυση των αβεβαιοτήτων σχετικά με την πιθανή κλινική χρησιμότητα αυτών των δεικτών.

Παράθεση : Jennings BA, Loke YK, Skinner J, Keane Μ, Chu GS, Turner R, et al. (2013) Αξιολόγηση πρόβλεψης Φαρμακογενετική υπογραφές των ανεπιθύμητων ενεργειών σε καρκίνο του παχέος εντέρου ασθενείς που έλαβαν φθοριοπυριμιδινών. PLoS ONE 8 (10): e78053. doi: 10.1371 /journal.pone.0078053

Επιμέλεια: Ανδρέας-Κλαύδιος Hoffmann, της Δυτικής Γερμανίας Κέντρο Καρκίνου, Γερμανία

Ελήφθη: 15 Ιουνίου 2013? Αποδεκτές: 9 Σεπτέμβρη του 2013? Δημοσιεύθηκε: 22 Οκτώβρη του 2013

Copyright: © 2013 Jennings et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Η Η.Α. Andrews Ταμείο Memorial (Oddfellows) που χρηματοδοτείται συλλογής δειγμάτων μας και του γονότυπου. Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Φυλλικό οξύ μεταβολισμού του εξαρτώμενου ενός άνθρακα είναι ένας στόχος για τις ομάδες φαρμάκων που χρησιμοποιούνται ευρέως για τη θεραπεία του καρκίνου και φλεγμονωδών νόσων. Δύο από τα φάρμακα, 5-φθοριοουρακίλη (5-FU) και capecitabine, είναι κεντρικής σημασίας για την ιατρική αντιμετώπιση του καρκίνου του παχέος εντέρου και στα δύο προηγμένη και ανοσοενισχυτικό ρυθμίσεις? που χρησιμοποιούνται ως μονοθεραπείες ή σε συνδυασμό με άλλους χημειοθεραπευτικούς και βιολογικούς παράγοντες. Τόσο φολικού μεταβολισμό και τον καταβολισμό των 5-FU και capecitabine εξαρτώνται από έναν αριθμό ενζύμων τα οποία είναι λειτουργικώς πολυμορφικές [1]. 5-FU είναι μια φθοροπυριμιδίνη που έχει χρησιμοποιηθεί ως χημειοθεραπευτικός παράγοντας για περισσότερο από πέντε δεκαετίες. Αναστολή της θυμιδυλικής συνθάσης (Tyms) είναι ένας σημαντικός μηχανισμός της δράσης της 5-FU, η οποία οδηγεί σε αναστολή της σύνθεσης του DNA και την επιδιόρθωση του DNA. Αυτό κυτταροτοξικότητα εξαρτάται εν μέρει από τον σχηματισμό ενός τριμερούς συμπλόκου μεταξύ Tyms, το δεοξυριβονουκλεοζίτες προέρχονται από 5-FU και 5-μεθυλο-τετραϋδροφολικού (THF). Αυτό μπορεί να ενισχυθεί με την επέκταση των μειωμένων πισίνες φυλλικό οξύ, το οποίο μπορεί να επιτευχθεί φαρμακολογικά επειδή καθεστώτα 5-FU περιλαμβάνουν φολινικό οξύ (λευκοβορίνη), ένα παράγωγο 5-φορμυλο ΤΗΡ [2].

Η φθοριοπυριμιδίνη, καπεσιταβίνη (ένα προ-φάρμακο που κατά προτίμηση μετατρέπεται σε 5-FU σε κύτταρα όγκου), έχει σχεδιαστεί για χορήγηση από το στόμα και να είναι πιο ειδική από 5-FU, οδηγώντας έτσι σε πιθανές διαφορές στην το προφίλ ασφάλειας [2-5].

η χρήση του 5-FU /λευκοβορίνης σε τυχαιοποιημένες ελεγχόμενες δοκιμές επικουρική χημειοθεραπεία για καρκίνο του παχέος εντέρου έχει αποδειχθεί ότι βελτιώνει τόσο ελεύθερη νόσου και συνολική επιβίωση σε σύγκριση με μόνη την επέμβαση [6,7]. Στη συνέχεια, οι συμμετέχοντες δίκη που λάμβαναν 5-FU /λευκοβορίνης σε συνδυασμό με οξαλιπλατίνη βρέθηκαν να έχουν σημαντικά βελτιωμένη επιβίωση χωρίς εξέλιξη της 9,0 μήνες έναντι 6,2 μηνών για εκείνους που λάμβαναν 5-FU /λευκοβορίνη μόνη (p & lt? 0.001) [8]. Ωστόσο, ουδετεροπενία και διάρροια ήταν σημαντικές δυσμενείς επιπτώσεις σημειωθεί σε αυτή τη δοκιμασία. Η ανάγκη για τη διαχείριση τοξικότητα είναι σημαντική γιατί ακούσιες συνέπειες μπορεί να οδηγήσει σε ασθενή που έχει να λάβει μια χαμηλότερη δόση ή μικρότερη διάρκεια της χημειοθεραπείας, με αρνητικές συνέπειες για τη σχέση οφέλους /βλάβη. Ως εκ τούτου, υπάρχουν πιθανά κλινικά πλεονεκτήματα από την ανάπτυξη της πρόβλεψης δείκτες για να καθοδηγήσει τους κλινικούς ιατρούς στην επιλογή των ατόμων που είναι πιο πιθανό να ωφεληθούν (ή τουλάχιστον ενδέχεται να ζημιωθούν) από μια συγκεκριμένη φαρμακευτική αγωγή. Εάν τα άτομα με υψηλή ευαισθησία για τις δυσμενείς επιπτώσεις μπορεί να προσδιοριστεί πριν από τη θεραπεία, τις στρατηγικές για τη μείωση του κινδύνου, όπως η χρήση εναλλακτικών σχημάτων χημειοθεραπείας (με βάση διαφορετικούς παράγοντες ή τροποποίηση της δόσης) και τη στενότερη παρακολούθηση με μεγαλύτερη χρήση των υποστηρικτικών θεραπευτικών, θα μπορούσε να εφαρμοστεί. Πολλές μελέτες έχουν διερευνήσει την προγνωστική αξία του προσδιορισμού του γονότυπου για τις ευεργετικές ανταπόκριση στη χημειοθεραπεία και την πιθανότητα που σχετίζονται με τη χημειοθεραπεία ανεπιθύμητων ενεργειών [9-20] και ετερογενή συμπεράσματα προέκυψαν σχετικά με τη σύνδεση των επιμέρους δεικτών με τα αποτελέσματα της θεραπείας. Μια πρόσφατη μελέτη σύνδεσης του γονιδιώματος σε επίπεδο εντοπίστηκαν μία παραλλαγή που δεν είχαν προηγουμένως εμπλακεί σε 5-FU φαρμακοκινητικές ή φαρμακοδυναμικές μονοπάτια και απέτυχε να εντοπίσει σήματα συνδέσμου στο παρελθόν εντοπιστεί δείκτες ή τεκμαρτά proxys τους [21].

Έχουμε έχουν αναφερθεί στο παρελθόν μια μετα-ανάλυση για την κλινική επίδραση του

Tyms

και μεθυλεντετραϋδροφυλλικής αναγωγάσης (

MTHFR

) [22]. Δεδομένα συντέθηκαν από περισσότερους από 2000 ασθενείς, για τα συνηθέστερα μελετηθεί δείκτες

Tyms

5 ‘UTR επανάληψη πολυμορφισμός (rs45445694) και

MTHFR

677 C & gt? T (rs1801133). Βρήκαμε μια στατιστικά σημαντική συσχέτιση μεταξύ της κλινικής απόκρισης και το

Tyms

γονότυπος σχετίζεται με χαμηλή έκφραση της πρωτεΐνης μόνο? Ωστόσο, το μέγεθος της επίδρασης είναι μικρή (RR = 1,36 [1,11, 1,65] και RR = 2,04 [1,42, 2,95] προς όφελος και των ανεπιθύμητων ενεργειών, αντίστοιχα) και ως εκ τούτου προτείνει περιορισμένη κλινική χρησιμότητα για αυτό το δείκτη. Μερικά SNPs από το

DPYD

γονιδίου έχουν έντονα σχετίζεται με σοβαρή τοξικότητα? ένα εξόνιο-παρακάμπτοντας μετάλλαξη στο ιντρόνιο 14 (rs3918290) έχει αποδειχθεί ότι έχει θετική προγνωστική τιμή που κυμαίνεται από 46% [23] και το 100% [17,24]. Η αναλογία οφέλους /βλάβη είναι πιθανό να εξαρτάται από μια σύνθετη πολυγονιδιακή μοντέλο όπου οι ατομικές γονότυπους έχουν μόνο ένα μικρό ρόλο. Ανάλυση πολλαπλών πολυμορφισμών ταυτόχρονα θα μας επιτρέψει να εξετάσουμε πρόσθετο, συνεργιστικό και αντισταθμίζοντας τις παραλλαγές του μεταβολισμού του φολικού οξέος και αντι-φολικού οξέος καταβολισμό που μπορεί να έχουν κλινική χρησιμότητα ως προσυμπτωματικός υπογραφές? αλλά θα χρειαστούν δεδομένα από μεγάλες ομάδες του πληθυσμού. Στην παρούσα μελέτη παρουσιάζουμε εξατομικευμένη φαρμακογενετική δεδομένων των ασθενών που θα μπορούσαν ενδεχομένως να συγκεντρωθούν σε μετα-αναλύσεις των αλληλεπιδράσεων γονιδίων. Οι στόχοι μας ήταν να δοκιμαστεί η κλινική εγκυρότητα έχουν εντοπιστεί στο παρελθόν δείκτες των ανεπιθύμητων ενεργειών σε ένα ευρύ κλινικό περιβάλλον? και να εντοπίσει τυχόν νέες συσχετίσεις μεταξύ ανεπιθύμητων ενεργειών και των υποψήφιων παραλλαγές του εγγύς ενζύμων στις φαρμακοδυναμικές και φαρμακοκινητικές μονοπάτια.

Υλικά και Μέθοδοι

Μελέτη

Αυτό είναι μια παρατηρητική φαρμακογενετική μελέτη ομάδα ασθενών καρκίνου του παχέος εντέρου που έλαβαν θεραπεία με 5-FU ή καπεσιταβίνη.

Οι συμμετέχοντες, Ρύθμιση και Θεραπευτικά σχήματα

Περιφερειακά δείγματα αίματος συλλέχθηκαν 250-4 CRC ασθενείς που έλαβαν θεραπεία εντός του Ογκολογικού Τμήματος του Νοσοκομείου Norfolk και Norwich Πανεπιστήμιο στο Norfolk της Αγγλίας μεταξύ 2008 και το 2011. Η Κεντρική Υπηρεσία επιτροπές Ερευνητικής Δεοντολογίας ενέκρινε το πρωτόκολλο της μελέτης (REC αναφορά 07 /H0310 /134) και γραπτή συγκατάθεση λήφθηκε από όλους τους συμμετέχοντες.

Οι ασθενείς, οι οποίοι είχαν κατάσταση απόδοσης του Παγκόσμιου Οργανισμού Υγείας μεταξύ 0 και 2, υποβλήθηκαν σε θεραπεία σε νεο-ανοσοενισχυτικό, έκδοχο και ανακουφιστική ρυθμίσεις είτε με ενδοφλέβια 5-FU ή καπεσιταβίνη ως μονοθεραπεία ή σε συνδυασμό με άλλους παράγοντες, όπως διπλή θεραπεία. Το δεύτερο χημειοθεραπευτικούς παράγοντες ήταν συνήθως ιρινοτεκάνη (FOLFIRI, CAPIRI σχήματα) ή η οξαλιπλατίνη αλάτι λευκόχρυσου (FOLFOX, σχήματα CAPOX) [25]. Τοξικότητες που συναντώνται με όλους τους παράγοντες που χρησιμοποιούνται αξιολογήθηκαν σύμφωνα με τα Κριτήρια Κοινής Ορολογίας για Ανεπιθύμητες Ενέργειες (CTCAE) έκδοση 4.0. Το πρότυπο νομαρχιακό πρωτόκολλο που ακολουθείται για την τροποποίηση της δόσης και διακοπή της θεραπείας.

Baseline Χαρακτηριστικά

Η ηλικία, το φύλο, εργαστηριακά δεδομένα για το μυελό των οστών και ηπατική λειτουργία, τα επίπεδα καρκινοεμβρυονικού αντιγόνου (CEA) στο πλάσμα και στάδιο της νόσου καταγράφηκαν για κάθε συμμετέχοντα κατά την έναρξη της θεραπευτικής αγωγής. Η ιστολογική ταξινόμηση και την ποιότητα του πρωτογενούς όγκου καταγράφηκαν επίσης.

φαινότυποι

Σχετική κλινικά δεδομένα σχετικά με ανεπιθύμητες ενέργειες συλλέχθηκαν από τους φακέλους των ασθενών και εργαστηριακά charts για 12 εβδομάδες από την έναρξη της θεραπευτικής αγωγής . Οι ανεπιθύμητες ενέργειες βαθμολογήθηκαν σύμφωνα με το CTCAE έκδοση 4.0 για συμπτώματα από το γαστρεντερικό, βλεννογονίτιδα /στοματίτιδα, σύνδρομο παλαμο-πελματιαίας, παραισθησία και καρδιακή τοξικότητα, ουδετεροπενία, αναιμία, θρομβοκυτταροπενία και μη φυσιολογικές δοκιμασίες ηπατικής λειτουργίας.

1. Τυχόν καθυστερήσεις ή μειώσεις στη διοίκηση της φθοριοπυριμιδινών λόγω ανεπιθύμητων ενεργειών καταγράφηκαν ως κύρια αποτελέσματα για τις επόμενες αναλύσεις.

2. Βαθμού 3, 4 ή 5 ανεπιθύμητες ενέργειες αναλύθηκαν ως δευτερεύοντα αποτελέσματα. Τοξικότητας ταξινομούνται ως παραισθησία δεν περιλαμβάνονται στη στατιστική ανάλυση των ασθενών που έλαβαν θεραπεία με συνδυασμό χημειοθεραπείες, επειδή το σύμπτωμα οφείλεται σε θεραπεία με οξαλιπλατίνη σε μεγάλο βαθμό. δοκιμές μη φυσιολογική ηπατική λειτουργία δεν συμπεριλήφθηκαν στις αναλύσεις για τους συμμετέχοντες με ηπατικές μεταστάσεις.

Η

Γονίδια, γενετικές παραλλαγές και τον γονότυπο, Ανάλυσης και Αναλυτικής Ισχύς

Εμείς που χρησιμοποιούνται ή αναπτύσσονται δοκιμασίες αλληλομόρφων διακρίσεις για το πολυμορφικές μορφές του

MTHFR

,

Tyms

,

DHFR

,

MTHFD

,

SHMT, DPYD, UMPS, CDA και TYMP

περιγράφονται στον πίνακα 1. Έχουμε εντοπίσει τις γενετικές παραλλαγές που παρουσιάζουν ενδιαφέρον μέσω της συστηματικής εξόρυξης δεδομένων για πολυμορφισμών των γονιδίων που περιγράφονται στο

NCBI

και

SNP 500

βάσεις δεδομένων ή σε δημοσιεύσεις και διαστρωμάτωση τους ήταν με βάση δημοσιευμένα στοιχεία ή προβλέψεις σειρά που βασίζεται για λειτουργικές επιπτώσεις τους [17,18,26-34].

1 (α)

σύμβολο Gene, τόπος

NCBI SNP σημείο Δ? πολυμορφισμός? κατηγορία μετάλλαξη

ζεύγος εκκινητών PCR? και Taqman ανιχνευτές

ένζυμο που χρησιμοποιείται για την ανάλυση RFLP

1 (β) ομοζυγώτες γονότυπου Συχνότητα για μεγάλες αλληλόμορφο /ετεροζυγώτες /ομοζυγώτες για ήσσονος σημασίας αλληλόμορφο

Δείκτες Φαρμακοδυναμική

Tyms

, 18p11.32rs45445694? 5’UTR? Διαδοχική επανάληψη πολυμορφισμός (2R /3R) AAAAGGCGCGCGGAAG και GCCGGCCACAGGCATNot ισχύει, analysis84 γέλη /116 /53G & gt? C σε 3R αλληλόμορφα του rs45445694? SNPAAAAGGCGCGCGGAAG και GCCGGCCACAGGCATHae III147 /89 /17rs16430? 3’ΙΙΤΡ 1494 -6bp /+ 6BP? Στην /delGCAGAACACTTCTTTATTATAGCAACATATAA και CGATCATGATGTAGAGTGTGGTTATGNot περίπτωση, ανάλυση τζελ 124/103/26

MTHFR

, 1p36.3rs1801133? 677C & gt? Τ? A222V, MissenseGGGTCAGAAGCATATCAGTCATG και CACAAAGCGGAAGAATGTGTCHinfI110 /111 /32rs1801131? 1298A & gt? C? E429A, MissenseCTACCTGG * AGAGCAAGTCCCCCAA και GGATGAACCAGGGTCCCCMboII117 /119/17

DHFR

, 5q14.1IVS1 + 59_60insACCTGGGCGGGACGCGCCA? 19 bp ιντρόνιο 1 /del ATGGGACCCAAACGGGC και CACCCTTCCTGCCAGCGNot ισχύει, analysis62 γέλη /135/56

MTHFD1

, 14q24rs2236225? 1958G & gt? Α? R653Q, MissenseTTCCAATGTCTGCTCCAAATCC και CCTTCCGATTCCAAATCAATTCMsp181 /123/49

SHMT1

, 17p11.2rs1979277? 1420C & gt? Τ? L474F, εσφαλμένου νοήματος

GCCCGCTCCTTTAGAAGTCA και CTCCGGGAGGAGGTTGAGA?

Η Δεν ισχύει, Taqman probes125 /107 /21Markers της Φαρμακοκινητική

DPYD

, 1p22rs3918290? IVS14 + 1 G & gt? Α? Εξόνιο-παρακάμπτοντας SNP στο ιντρόνιο 14CCTCTGGCCCCATGTATG και AGCAACTGGCAGATTCTTTAATAAAHpyCH4IV250 /3 /01236G & gt? Α? E412E, Συνώνυμο SNPCTATGCAGTTTGTTCGGACT * GA και GATGACCACATCGGCTTTCA DdeI243 /10 /0rs67376798? 2846A & gt? Τ? D949V, MissenseTAGAGCAAGTTGTGGCTATGATC * G και GTCTCATAGCATTCTAATTCCAGCA TaqαI251 /2 /0c1129-5923C & gt? G? ιντρονική SNP δημιουργεί siteTTTTATTTCACTCG συναρμογής * GCATCAGCC και CATTTGACAAATCAGGTTGTCACTTDdeI243 /10/0

UMPS

, 3q13rs1801019? 638G & gt? C? G213A, MissenseTGTGGCAGCGAATCATAC * TG και GGATCCTGGGCAGCTCTBsrI174 /73/6

CDA

, 1p36rs2072671? 258Α & gt? C? K27Q, MissenseGCTCCCA GGAGGT * CAAG και TTACCTTTGAAGATTCTCCCCTHpy188III113 /110/30

TYMP

, 22q13 rs11479? 1412C & gt? Τ? S471L, MissenseGCAGGAGGCGCTCGT και CTGACAAGGTTTCGCGGCMnlI207 /44 /2rs112723255? 1393G & gt? Α? A465T, MissenseGCAGGAGGCGCTCGT και CTGACAAGGTTTCGCGGCHinP1I234 /17 /2Table 1. Οι γενετικοί δείκτες αναλύονται ως προγνωστική δείκτες των ανεπιθύμητων συμβάντων και βιοχημική ανταπόκριση στη 5FU και Capecitabine θεραπεία.

1 (α) Ο πίνακας περιγράφει τη λειτουργική επίδραση της κάθε πολυμορφισμό και τα ολιγονουκλεοτίδια και ένζυμα περιορισμού που χρησιμοποιούνται στις δοκιμασίες. 1 (β) Η κατανομή των γονότυπων για κάθε δείκτη παρουσιάζεται για την ομάδα 253 ασθενών με καρκίνο παχέος περιλαμβάνονται στην φαρμακογενετική ανάλυση (* – δείχνει μια αναντιστοιχία με την αλληλουχία άγριου τύπου? Εισήγαγε την εξάλειψη /δημιουργήσει θέσεις ενζύμου για τη δοκιμασία). CSV Λήψη CSV

DNA εκχυλίστηκε από πλήρες αίμα χρησιμοποιώντας τυποποιημένες μεθόδους και υπο-κλασματοποιήθηκαν πάνω σε πλάκες 96 φρεατίων σε συγκέντρωση περίπου 100 ng μl

-1. Όλες οι επακόλουθες αντιδράσεις πραγματοποιήθηκαν επίσης σε πλάκες 96 φρεατίων και 8 καναλιών αυτόματα σιφώνια χρησιμοποιήθηκαν για όλα τα υγρά μεταβιβάσεων. Δεκαπέντε των αντιδράσεων PCR περιελάμβανε 100 ng DNA, 200 nmol L

-1 του κάθε εκκινητή και 1 χ PCR Θέρμο Έναρξη βασικού μείγματος (AbGene UK, Epsom, Αγγλία) σε όγκο 25 μλ. Οι συνθήκες της PCR για κάθε δοκιμασία ποικίλει ανάλογα με τον αριθμό και ανόπτηση θερμοκρασία κύκλου, αλλά σε κάθε περίπτωση, μια αρχική μετουσίωση πραγματοποιήθηκε στους 95 ° C για 5 λεπτά και η αντίδραση PCR συνδέθηκε με ένα τελικό στάδιο επέκτασης 10 λεπτών στους 70 ° C.

πολυμορφισμού μήκους περιοριστικού θραύσματος (RFLP) ανάλυση χρησιμοποιήθηκε για 12 από τους προσδιορισμούς. Σε κάθε περίπτωση, 10 μΙ του προϊόντος PCR υποβλήθηκε σε πέψη όλη τη νύχτα στους 37 ° C σε όγκο αντίδρασης 20 μΙ. Τα ένζυμα χρησιμοποιούνται (New England Biolabs, Hitchin, UK) για κάθε αντίδραση που περιγράφεται στον Πίνακα 1 (α). Τα προϊόντα της PCR υποβλήθηκαν σε ηλεκτροφόρηση σε 1 χ Tris /βορικού /ΕϋΤΑ, 3% αγαρόζη Μεταφοράς (FMC Bioproducts, Lichfield, UK) πηκτή σε ένα τέντωμα ολόκληρη συσκευή (AbGene, Epsom, UK) στους 80 V για 50 λεπτά.

Για την

SHMT1

δοκιμασία ‘ένα Δοκιμασία by Design «σετ εκκινητών και ανιχνευτών Taqman χρησιμοποιήθηκαν με Taqman βασικού μείγματος (Applied Biosystems, Warrington, Ηνωμένο Βασίλειο) και 100 ng DNA σε έναν όγκο 25μλ . Χρησιμοποιήθηκαν η Applied Biosystems πρότυπο ανήλικος δεσμευτικές συνθήκες αντίδρασης PCR αυλάκι? 50 ° C για 2 λεπτά? 95 ° C για 10 λεπτό και μετά από 40 κύκλους 60 ° C για 1 λεπτό και 92 ° C για 15 δευτερόλεπτα.

Μια σειρά από βήματα ελέγχου περιλήφθηκαν σε τυποποιημένες διαδικασίες λειτουργίας μας.

1. χρησιμοποιήθηκαν γονότυπο-ειδικό και όχι ελέγχους DNA.

2. Τουλάχιστον το 10% των δειγμάτων από κάθε παρτίδα ο γονότυπος για δεύτερη φορά.

3. Το 677C & gt? T και 1298A & gt? C αλληλόμορφα του

Οι MTHFR

τόποι έχουν αποδειχθεί ότι είναι σε ανισορροπία σύνδεσης, επειδή αυτές οι παραλλαγές είναι πολύ σπάνια σε

cis

[33,35,36]. Η c1129-5923C & gt? G εσονικές SNP του

DPYD

είναι στενά συνδεδεμένη με 1236G & gt? Α, και ως εκ τούτου αυτά τα SNPs αναμένεται να βρεθεί ως diplotype.

4. Χρησιμοποιήσαμε το ακριβές τεστ του Hardy-Weinberg αναλογίες για να αναλύσει τις συχνότητες των γονοτύπων ανιχνεύονται για κάθε θέση για την απόκλιση από την ισορροπία Hardy-Weinberg (HWE).

Η

Στατιστική Ανάλυση

Η κύριος στόχος της μελέτης ήταν να αξιολογηθεί η συσχέτιση μεταξύ μεμονωμένων υποψήφιων SNPs και την τοξικότητα. Η προσαρμοσμένη δοκιμασία για τάση προκαθορισμένο ως μέθοδος μας για τη στατιστική ανάλυση, αλλά για λόγους πληρότητας, και να διαθέσει τα στοιχεία μας για την μετα-ανάλυση από τους άλλους, θα υπολογίζεται επίσης ενώσεις με τη χρήση κυρίαρχο και υποτελούς μοντέλα.

Για αδιόρθωτη αποτελέσματα, υπολογίσαμε αναλογίες πιθανοτήτων (OR) και 95% διαστήματα εμπιστοσύνης (ΠΙ) απευθείας μεταξύ του κινδύνου τόσο για τροποποίηση της δόσης 5-FU και του κινδύνου βαθμού 3, 4 ή 5 εκδηλώσεις τοξικότητας και κάθε SNP. Πήραμε ομοζυγώτες για το μείζον αλληλόμορφο ως κατηγορία αναφοράς. Χρησιμοποιήσαμε το τεστ βαθμολογία για την τάση των αποδόσεων. Για ρυθμιστεί αποτελέσματα, θα χρησιμοποιηθούν για την άνευ όρων λογιστικής παλινδρόμησης για την εκτίμηση των ΕΑΠ και 95% ΠΙ μεταξύ του κινδύνου των δύο αποτελεσμάτων και κάθε SNP, προσαρμοσμένο για την ηλικία, το φύλο, την προηγούμενη χημειοθεραπεία και θεραπευτική αγωγή.

Για τον υπολογισμό της αναπροσαρμοσμένης δοκιμής για την τάση, θα τοποθετηθεί το αποτέλεσμα SNP (0, 1 ή 2) ως συνεχής αποτέλεσμα. Για λόγους πληρότητας, θα υπολογίζεται επίσης αν αλληλόμορφα αυξημένο κίνδυνο νόσου υπό κυρίαρχη (1 + 2 έναντι 0) και υπολειπόμενη (2 έναντι 0 + 1) μοντέλα. Όπου υπήρχαν μικρά αριθμού των κυττάρων (αναμενόμενη τιμή & lt? 5) χρησιμοποιήσαμε την ακριβή εκτίμηση του Fisher για τη μη διορθωμένη αποτελέσματα και δεν είχαμε υπολογίσει τα αποτελέσματα για το προσαρμοσμένο μοντέλο. Αναλύσαμε τα δεδομένα με τη χρήση Stata έκδοση 12 (StataCorp, 2011). Πολλές δοκιμές έγιναν έτσι, ενώ δεν είναι επίσημα προσαρμογή για πολλαπλές συγκρίσεις, έχουμε προκαθορισμένο ότι τα αποτελέσματα της αναπροσαρμοσμένης δοκιμής για τάση θα πρέπει να λαμβάνονται ως τα κύρια αποτελέσματα.

Αποτελέσματα

Οι συμμετέχοντες και οι θεραπευτικές αγωγές

254 συμμετέχοντες είχαν προσληφθεί για τη μελέτη. Ένας συμμετέχων είχε αποκλειστεί στη συνέχεια ο οποίος βρισκόταν σε συνδυασμό χημειο-ακτινοθεραπεία για ένα πλακώδες καρκίνωμα του πρωκτού. Οι

Τα χαρακτηριστικά των ασθενών συνοψίζονται στον Πίνακα 2. Η μέση ηλικία των συμμετεχόντων ήταν 67 έτη και η αναλογία ανδρών-γυναικών ήταν 1,34: 1. Οι περισσότεροι συμμετέχοντες (209, 82,60%) υποβάλλονταν σε χημειοθεραπεία πρώτης γραμμής.

Χαρακτηριστικό

Αριθμός (%)

Males145 (57.31) Females108 (42.68) Διάμεση age67Age range23 – 88HistologyAdenocarcinoma221 (87.01) βλεννώδες adenocarcinoma25 (9,84) Άλλα /Unknown7 (2,76) Τροποποιημένο Dukes Ταξινόμηση κατά τη διάγνωση

* Α6 (2.36) Β56 (22.05) C1121 (47.64) C226 (10.24) Πρώτη γραμμή ChemotherapyYes209 (82.60) No44 (17.39) Θεραπεία regime5-FU monotherapy63 (24.90) Συνδυασμός χημειοθεραπεία με 5-FU31 (12,25) καπεσιταβίνη monotherapy58 (22.92) Συνδυασμός χημειοθεραπείας με capecitabine101 (39.92) Πίνακας 2. Δημογραφικά, κλινικά και παθολογικά πληροφορίες για 253 ασθενείς με καρκίνο του παχέος εντέρου.

* Dukes σκοράρει από μετεγχειρητική εκθέσεις ιστοπαθολογία όπου αυτά είναι διαθέσιμα. CSV Λήψη CSV

Φαινότυπος

109 του 253 (43,08%) των συμμετεχόντων περιλαμβάνονται στην φαρμακογενετική ανάλυση είχε μια καθυστέρηση της δόσης ή τροποποίηση, και 44 (17,39%) είχαν βαθμού 3 ή 4 ανεπιθύμητο συμβάν? ή πέθαναν από αιτίες (συμπτώματα από το γαστρεντερικό, ηπατική ανεπάρκεια, καρδιακά συμπτώματα και θρομβοεμβολική νόσο) που θεωρήθηκαν άσχετα με την εξέλιξη της νόσου εντός 12 εβδομάδων από την έναρξη της χημειοθεραπείας καθεστώτος τους. Σοβαρές ανεπιθύμητες ενέργειες παρατηρήθηκαν πιο συχνά σε ασθενείς που λαμβάνουν χημειοθεραπεία συνδυασμού σε σύγκριση με εκείνους που έλαβαν fluoropyrimidine μονοθεραπεία (22% έναντι 12%, αντίστοιχα? Βλέπε πίνακα S1).

Γονότυπος Ανάλυσης και Αναλυτικής Ισχύς

Η βαθμολόγηση γονότυπων ήταν 99,5% επιτυχής στον πρώτο γύρο των δοκιμασιών και 100% επιτυχής μετά από οποιαδήποτε απέτυχε δείγματα και επαναλαμβάνει είχε εκ νέου αναλύθηκαν.

Οι συχνότητες γονοτύπου που περιγράφονται στον πίνακα 1 (β). Η πιο κοινή έλασσον αλληλόμορφο (

DHFR

) είχε μια συχνότητα 49% και το σπανιότερο έλασσον αλληλόμορφο (

DPYD

, rs67376798) είχαν συχνότητα 0,4%. Αυτές οι συχνότητες συμφώνησε με εκείνα που βρέθηκαν σε βάσεις δεδομένων για άλλες βόρειες ευρωπαϊκούς πληθυσμούς που είναι σύμφωνη με την προηγούμενη παρατήρηση μας ότι το 94% του πληθυσμού που εξυπηρετείται από το νοσοκομείο πρόσληψη είναι λευκά και γεννήθηκε στην Αγγλία [37].

Υπήρχαν Δεν αντιφάσεις στην ανάλυση δεδομένων των δεικτών ελέγχου που περιλαμβάνονται σε κάθε παρτίδα, ή αναλύσεις με διπλές, ή με τις παρατηρήσεις σχετικά με ανισορροπία σύνδεσης. Δεν παρατηρήθηκαν σημαντικές αποκλίσεις από HWE.

Στατιστική Ανάλυση

Οι σχέσεις μεταξύ κάθε SNP και τροποποιήσεις της δόσης ή σοβαρή τοξικότητα παρουσιάζονται στον Πίνακα S2. Οι αναλογίες πιθανοτήτων (OR) προσαρμοσμένο για την ηλικία, το φύλο, την προηγούμενη χημειοθεραπεία και θεραπευτική αγωγή παρουσιάζονται. Για

MTHFR

και

DPYD

SNPs, έχουμε συμπεριλάβει μια ανάλυση των παραλλαγών με τα ίδια λειτουργικά αποτελέσματα με υπογραφές των εναλλακτικών πολυμορφισμών.

Τα αποτελέσματα της προσαρμοσμένης τεστ για την τάση προ-ορίζεται ως κύρια στοιχεία την υπόθεση-δοκιμή μας. Αλλά για τέσσερις γενετικούς τόπους υπήρχαν μηδέν παρατηρήσεις ομοζυγώτες για το έλασσον αλλήλιο, στην οποία περίπτωση χρησιμοποιήθηκε το ρυθμίστηκε κυρίαρχο μοντέλο.

Βρήκαμε μια σημαντική συσχέτιση μεταξύ τροποποιήσεις στις αρχές της δόσης και σοβαρές ανεπιθύμητες ενέργειες (προσαρμογή OR = 2,02 [1,03? 4,00], p = 0,042, προσαρμογή OR = 2,70 [1,23? 5,92], p = 0,013 αντίστοιχα από το κυρίαρχο μοντέλο) και

TYMP

(rs11479). Υπήρξε επίσης μια σημαντική συσχέτιση μεταξύ αυτών των φαινοτύπων και την υπογραφή του

DPYD

μεταλλάξεις (Adjusted OR = 3,96 [1,17? 13,33], p = 0.03, προσαρμοσμένο OR = 6,76 [1,99? 22,96], p = 0,002, αντίστοιχα ). Βρήκαμε επίσης μια σημαντική τάση για

TYMP

(rs11479) βασίζεται σε δύο παρατηρούμενη ομοζυγώτες για το ελάχιστο αλληλόμορφο.

Προσαρμοσμένα αποτελέσματα που δεν τονίζουν (για να αποφευχθούν οι πολλαπλές συγκρίσεις και επειδή μια σημαντική δοκιμασία για την τάση είναι το καλύτερο σήμα ενός αποτελέσματος) ήταν (1) μια ένωση για την τροποποίηση της δόσης και

DHFR

στο /της ντε ετεροζυγώτες? ρυθμιστεί ή 2,19 [1,12? 4,28], p = 0,023, και OR 2,15 [1,13? 4,08], p = 0,020 στο κυρίαρχο μοντέλο (2). Μια ένωση για σοβαρή τοξικότητα ή

SHMT1

(rs1979277) ετεροζυγώτες? μια προσαρμογή OR 0,40 [0,18? 0,88], p = 0,023 σε σύγκριση με ομοζυγώτες CC, και OR 0,47 [0,23 – 0,97], p = 0,041 στο κυρίαρχο μοντέλο. Κανένα άλλο προσαρμοσμένο αποτελέσματα ήταν σημαντικά.

Κλινική Ισχύς και των επιπτώσεων

Πίνακας S1 εμφανίζει εξατομικευμένων στοιχείων για τους δείκτες που σχετίζονται με σοβαρές ανεπιθύμητες ενέργειες (

DPYD

και

TYMP

γονότυπους) και τα δεδομένα κλινικό φαινότυπο για τους 44 συμμετέχοντες, οι οποίοι είχαν σοβαρές ανεπιθύμητες ενέργειες. Δεκαεννέα από τους 44 συμμετέχοντες με σοβαρές ανεπιθύμητες ενέργειες πραγματοποιούνται τουλάχιστον μία από τις υποψήφιες πρόβλεψης δείκτες.

Αν η ανίχνευση της συνδυασμένης υπογραφή SNP χρησιμοποιήθηκε ως διαγνωστική διαδικασία για τον εντοπισμό εκείνων που στη συνέχεια θα υποστούν σοβαρές ανεπιθύμητες ενέργειες, η ευαισθησία θα είναι 45,5%, με θετική προγνωστική αξία 33,9%. Ο πιθανός αντίκτυπος των δοκιμών για τη συνδυασμένη υπογραφή SNP και στη συνέχεια αλλάζει σε ένα διαφορετικό σχήμα χημειοθεραπείας σε προσβεβλημένα άτομα μπορεί να εκτιμηθεί σε ένα υποθετικό κλινικό πληθυσμό 1000 ασθενών. Αν αυτοί οι ασθενείς είχαν παρόμοια χαρακτηριστικά με εκείνες που εμπίπτουν ομάδα μας, 233 από αυτούς θα πρέπει να συνδυαστεί SNP υπογραφή θετική. Οι επιπτώσεις της αλλαγής του σχήματος σε αυτούς τους 233 ασθενείς ήταν 79 λιγότερες σοβαρές ανεπιθύμητες ενέργειες. Εδώ, 95 ασθενείς θα εξακολουθούν να έχουν σοβαρές ανεπιθύμητες ενέργειες (κάτω από το αρχικό 174 με εκτελείται καμία δοκιμή). Ωστόσο, 156 ασθενείς με συνδυασμένη υπογραφή SNP θα είχε σχήμα τους αλλάξει για κανένα συγκεκριμένο όφελος, επειδή δεν θα έχουν πάει για να αναπτύξουν σοβαρές ανεπιθύμητες ενέργειες.

Συζήτηση

Σας παρουσιάζουμε μια ανάλυση της λειτουργικά σημαντικές γενετικές παραλλαγές στις φαρμακοκινητικές και φαρμακοδυναμικές οδούς που επηρεάζουν απάντηση φθοριοπυριμιδινών. Οι φαινότυποι που εξετάστηκαν ήταν οι ανεπιθύμητες ενέργειες που ταυτοποιήθηκαν από την καθυστέρηση της δόσης ή τροποποίηση της δόσης εντός 12 εβδομάδες λόγω τοξικότητας, καθώς και από CTCAE βαθμού 3, 4 ή 5 βαθμολογίες.

Φαρμακοκινητική

Κάθε μία από τις φαρμακοκινητικές παραλλαγές που θεωρούμε είναι συναρπαστικό υποψήφιοι ως προγνωστική δείκτες επειδή έχουν μια γνωστή ή υποτιθέμενη λειτουργική επίδραση στα ένζυμα που απαιτούνται για τον καταβολισμό των ναρκωτικών ή του μεταβολισμού τους σε μια δραστική μορφή .

Το

DPYD

παραλλαγές αναλύονται οδηγήσει σε ενζυμική ανεπάρκεια ή την απουσία και λειτουργικές επιδράσεις τους μπορεί να παρατηρηθεί σε ετερόζυγη φορείς. Ωστόσο, κάθε

DPYD

SNP είναι σπάνιο, το οποίο μειώνει την πιθανή κλινική χρησιμότητα τους ως προγνωστική δείκτες. Σε αυτή τη μελέτη, επομένως, έχουμε, επίσης, θεωρούνται αυτά

DPYD

παραλλαγές ως την υπογραφή της εναλλακτικής πολυμορφισμών, και βρήκε ισχυρή συσχέτιση με την πρώιμη ανεπιθύμητες ενέργειες (βλέπε πίνακες S1 και S2).

TYMP

κωδικοποιεί θυμιδίνης φωσφορυλάσης? η δραστηριότητα και η έκφραση των οποίων έχει μία αναφερόμενη ρόλο στην ογκογένεση, καθώς και την ενεργοποίηση του 5-FU και capecitabine [38]. Σας παρουσιάζουμε ένα νέο εύρημα σχετικά με μια παραλλαγή που θα πρέπει τώρα να δοκιμαστεί σε μια ανεξάρτητη ομάδα. Υπάρχει μια σημαντική συσχέτιση μεταξύ της πρόωρης ανεπιθύμητα συμβάντα και τις

TYMP

SNP rs11479 (βλέπε πίνακες S1 και S2), τα έλασσον αλληλόμορφο έχει ως αποτέλεσμα την υποκατάσταση αμινοξέος (π.χ. NP_001107227.1: p.Ser471Leu, αν και αναπληρωματικών ματίσματος οι μορφές έχουν περιγραφεί). Η σημασία αυτής της συγκεκριμένης παραλλαγής είναι ασαφής? η υποκατάσταση αμινοξέος συμβαίνει ακριβώς έξω από το νουκλεοσιδίου πυριμιδίνης φωσφορυλάσης C τερματικό πεδίο στα περισσότερα μοντέλα και το Ser στη θέση αυτή δεν διατηρείται ευρέως στα θηλαστικά. Ωστόσο, η παραλλαγή θα μπορούσε επίσης να είναι σε ανισορροπία σύνδεσης με ένα άλλο πολυμορφισμό που είναι λειτουργικά σημαντικό. Μια προηγούμενη φαρμακογενετική μελέτη του

TYMP

SNPs, συμπεριλαμβανομένων rs11479, απέτυχε να βρει μια σύνδεση με το σύνδρομο ανεπιθύμητο συμβάν παλαμιαία-πελματιαία σε μια μικρή (n = 130) αναμιγνύονται ομάδα του μαστού και ασθενείς με καρκίνο του παχέος θεραπεία με καπεσιταβίνη [ ,,,0],39]. Σε μια άλλη μικρή μελέτη των ασθενών με καρκίνο του παχέος εντέρου (n = 60), καμία συσχέτιση με την επιβίωση βρέθηκε για ένα συνώνυμο

TYMP

SNP, rs470119 [40].

Εμείς δεν βρήκε σημαντικές ενώσεις ή τάσεις για τροποποιήσεις νωρίς δόση ή σοβαρές ανεπιθύμητες ενέργειες με τις υποψήφιες παραλλαγές του

UMPS

(rs1801019) και

CDA

(rs2072671). Γενετικές παραλλαγές για αυτούς τους τόπους έχουν προηγουμένως συσχετιστεί με σοβαρή ουδετεροπενία και διάρροια σε ασθενείς που έλαβαν θεραπεία με 5-FU [41], και με το σύνδρομο παλαμο-πελματιαίας σε ασθενείς που έλαβαν θεραπεία με καπεσιταβίνη [39].

Φαρμακοδυναμική

η αναστολή της συνθάσης thimydylate είναι ένας σημαντικός μηχανισμός για φαρμακοδυναμικές φθοροπυριμιδίνες αλλά η ισορροπία των ειδών εντός του φολικού βιοχημικού μονοπατιού μπορεί να εξαρτάται από το ένζυμο των παραλλαγών σε καίρια σημεία διακλάδωσης [1]. Ως εκ τούτου, έχουμε εξετάσει υποψήφιος πολυμορφισμούς για

MTHFR

,

DHFR

,

MTHFD1

, και

SHMT

εκτός από

Tyms

. Πρόκειται για μη συνώνυμες SNPs ή παραλλαγές που επηρεάζουν αμετάφραστες περιοχές ελέγχου? κάθε πολυμορφισμός έχει αποδειχθεί ή υποτιθέμενη επιρροή στη γονιδιακή έκφραση ή λειτουργία.

Δεν υπάρχουν σημαντικές συσχετίσεις ή τάσεις αποτελέσματα για μεμονωμένες πολυμορφισμοί που έχουν ταξινομηθεί ως χαμηλή δραστηριότητα παραλλαγές θυμιδυλικής συνθάσης και την τοξικότητα εντός 12 εβδομάδων (Πίνακας S2). Στην ανάλυση του

Tyms

γονότυπους, έχει προταθεί ότι απλότυπος αντί ανάλυση γονότυπου μπορεί να βελτιώσει την ευαισθησία και την εξειδίκευση του φαρμακογενετικές δοκιμών. Η G & gt? C πολυμορφισμός νουκλεοτιδίου 12 από τις 28 Tyms επαναληπτικών στοιχείων bp VNTR έχει προταθεί να επηρεάζουν τόσο την έκφραση του Tyms

in vitro

και τα επίπεδα της 2′-δεοξυουριδίνη

in vivo

. Ωστόσο, τα δημοσιευμένα στοιχεία είναι ασαφή, η πλειοψηφία των πιθανών γονότυπους δεν έχουν εξεταστεί σε σχέση με ευαισθησία 5-FU? Οι διαφορετικές μέθοδοι έχουν χρησιμοποιηθεί για τον έλεγχο της έκφρασης του γονιδίου? και τα συμπεράσματα σχετικά με τα πιθανά λειτουργικά αποτελέσματα δεν έχουν σύμφωνες [28,42-45]. Ένα άλλο απλότυπος του κλινικού ενδιαφέροντος [46] περιλαμβάνει την 5 ‘και 3’

Tyms

παραλλαγές, rs45445694 και rs16430 (που αναφέρεται επίσης ως rs34489327) για τις οποίες υπάρχει ανισορροπία σύνδεσης [9,12,32]? αλλά και πάλι υπήρξαν αντικρουόμενες διαπιστώσεις σχετικά με τη λειτουργική επίδραση του 3 ‘πολυμορφισμό [19,32,47].

Στην προηγούμενη συστηματική ανασκόπηση μας και η πρόσφατη βιβλιογραφική έρευνα για φαρμακογενετικές μελέτες σε ασθενείς με καρκίνο του παχέος εντέρου που έλαβαν θεραπεία με φθοριοπυριμιδίνες, δεν υπάρχουν άλλα μελέτες εντοπίστηκαν οποία περιλάμβανε ανάλυση των

DHFR

,

SHMT

ή

MTHFD1

γονότυπους. Ενώσεις με αυξημένο κίνδυνο τροποποίηση δόσης προσδιορίστηκαν για το συγκεκριμένο

DHFR

γονότυπους και μειωμένο κίνδυνο σοβαρών ανεπιθύμητων ενεργειών με ιδιαίτερη

SHMT

γονότυπων σε αυτή τη μελέτη. Αλλά εμείς δεν τονίζουν τα αποτελέσματα αυτά, επειδή προέρχονται μόνο από την προσαρμοσμένη κυρίαρχο μοντέλο και δεν υπήρχε αντιστοιχία μεταξύ των 2 φαινοτύπους θεωρείται (Πίνακας S2).

Εν ολίγοις, δεν εντοπίζονται τυχόν σημαντικές και αναγκάζοντας τις ενώσεις μεταξύ των μεμονωμένων υποψήφιων φαρμακοδυναμικές δείκτες και την τοξικότητα. Αυτό μπορεί να αντανακλά την πολυπλοκότητα των εγγενών και εξωγενών παραγόντων που επηρεάζουν fluoropyrimidine ανταπόκριση συμπεριλαμβανομένων των διαιτητικών φυλλικό οξύ? λευκοβορίνη παρέχονται ως μέρος της θεραπευτικής αγωγής? και μεταβλητότητα σε φυλλικό οξύ πρόσληψη.

Περιορισμοί των μελετών παρατήρησης

Η παρατηρητική φύση της μελέτης αυτής σημαίνει ότι πιθανή προκατάληψη δεν μπορεί να αποκλειστεί. Υπάρχει ένας αριθμός από παράγοντες που θα μπορούσαν προκατάληψη προς τη μηδενική. Αυτό μπορεί να προέλθει από ατελή καταγραφή των ανεπιθύμητων ενεργειών, δεδομένα που λείπουν, ή ασθενείς που έχουν τροποποιήσεις νωρίς δόση και /ή προφυλακτική παρεμβάσεις πριν από την εμφάνιση υψηλότερης γεγονότα βαθμού. Μικρά μεγέθη αποτέλεσμα, σε συνδυασμό με χαμηλή συχνότητα αλληλόμορφου σε ορισμένες περιπτώσεις θα έχουν μειώσει τη δύναμη της μελέτης για τον εντοπισμό τυχόν σημαντική συσχέτιση. Αντίθετα, το σφάλμα τύπου Ι μπορεί επίσης να εμφανιστεί σε λανθασμένα αναφέρουν ένα σημαντικό εύρημα, όταν στην πραγματικότητα δεν υπάρχει πραγματική συσχέτιση. Αυτό μπορεί να οφείλεται σε πολλαπλές δοκιμές της ένα ευρύ φάσμα των γενετικών δεικτών (ιδιαίτερα με post-hoc ή «τράτες δεδομένων» αναλύσεις) και είναι ένα πρόβλημα που μπορεί να βελτιωθεί μέσα από μια διόρθωση Bonferroni. Ωστόσο, Perneger επισημαίνει μια σειρά μεθοδολογικών αδυναμιών με Bonferroni διορθώσεις (όπως αυξημένο κίνδυνο σφαλμάτων τύπου II ή ψευδώς αρνητικά), και συνιστά διόρθωση Bonferroni «δεν πρέπει να χρησιμοποιείται κατά την αξιολόγηση των αποδεικτικών στοιχείων σχετικά με συγκεκριμένες υποθέσεις» [48]. Το σημείο αυτό είναι ιδιαίτερα σημαντικό για την μελέτη μας, γιατί έχουμε επικεντρωθεί στην αξιολόγηση των προκαθορισμένων παραλλαγές επιλέγονται μέσω αυστηρής ανασκόπηση της βιβλιογραφίας, και έχουμε επισημάνει μόνο ενώσεις που προσδιορίζονται μέσω προσαρμοστεί τεστ για την τάση και

a priori

υποθέσεις .