Αφηρημένο

Ιστορικό

Τα λιπίδια έχουν κρίσιμες λειτουργίες στην κυτταρική αποθήκευσης ενέργειας, τη δομή και τη σηματοδότηση. Πολλά μεμονωμένα μόρια λιπιδίων έχουν συσχετιστεί με την εξέλιξη του καρκίνου του προστάτη? Ωστόσο, κανένας από αυτούς δεν έχει εγκριθεί για να χρησιμοποιηθεί ως βιολογικός δείκτης. Ο σκοπός αυτής της μελέτης είναι να προσδιορίσει τα μόρια λιπιδίων από εκατοντάδες πλάσμα είδη εμφανής λιπιδίων ως βιοδείκτες για τη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη.

Μεθοδολογία /Κύρια Ευρήματα

Χρησιμοποιώντας lipidomics, λιπιδίων προφίλ των 390 ατομικών εμφανής λιπιδίων είδος διεξήχθη σε 141 δείγματα πλάσματος από 105 ασθενείς με καρκίνο του προστάτη και 36 αρσενικά μάρτυρες. δεδομένων υψηλής απόδοσης που παράγεται από lipidomics αναλύθηκαν χρησιμοποιώντας βιοπληροφορική και στατιστικών μεθόδων. Από 390 φαινομενική είδος λιπιδίου, 35 είδη αποδειχθεί ότι έχουν δυναμικό στη διαφοροποίηση του καρκίνου του προστάτη. Εντός των 35 ειδών, 12 ταυτοποιήθηκαν ως επιμέρους βιοσημειωτές λιπιδίων στο πλάσμα για τη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη με μια ευαισθησία πάνω από 80%, η ειδικότητα πάνω από 50% και η ακρίβεια πάνω από 80%. Χρησιμοποιώντας top 15 των 35 πιθανών βιοδεικτών μαζί αυξημένη προβλεπτική ικανότητα δραματικά στη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη με ευαισθησία 93,6%, η ειδικότητα του 90,1% και ακρίβεια 97,3%. Ανάλυση κύριο συστατικό (PCA) και ιεραρχική ανάλυση ομαδοποίησης (HCA) έδειξαν ότι οι πληθυσμοί των ασθενών και ελέγχου οπτικά διαχωρίζονται από προσδιορίζονται βιοδείκτες των λιπιδίων. αναλύσεις RandomForest και 10 φορές σταυρό επικύρωσης έδειξε ότι οι εντοπίστηκαν βιοδείκτες των λιπιδίων ήταν σε θέση να προβλέψει άγνωστες πληθυσμούς με ακρίβεια, και αυτό δεν επηρεάστηκε από την ηλικία και τη φυλή του ασθενούς. Τρία από τα 13 λιπιδίων κατηγορίες, φωσφατιδυλαιθανολαμίνη (ΡΕ), αιθέρας-συνδεδεμένη φωσφατιδυλαιθανολαμίνη (ΕΡΕ) και φωσφατιδυλοχολίνη αιθέρα-συνδεδεμένη (EPC) θα μπορούσε να θεωρηθεί ως βιοδείκτες στην διάγνωση του καρκίνου του προστάτη.

Συμπεράσματα /Σημασία

Χρησιμοποιώντας lipidomics και βιοπληροφορικής και στατιστικών μεθόδων, έχουμε εντοπίσει μερικά από τα εκατοντάδες πλάσμα εμφανές λιπιδίων μοριακά είδη όπως βιοδεικτών για τη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη με υψηλή ευαισθησία, ειδικότητα και ακρίβεια

Παράθεση:. Zhou Χ , ο Μάο J, αϊ J, Ντενγκ Υ, Roth MR, Λίρα C, et al. (2012) Προσδιορισμός των λιπιδίων στο πλάσμα βιοδείκτες του καρκίνου του προστάτη από Lipidomics και Βιοπληροφορικής. PLoS ONE 7 (11): e48889. doi: 10.1371 /journal.pone.0048889

Επιμέλεια: Χριστίνα Lynn Addison, Οτάβα Νοσοκομείο Ίδρυμα Ερευνών, Καναδάς

Ελήφθη: 2 Ιούν 2012? Αποδεκτές: 2η Οκτωβρίου του 2012? Δημοσιεύθηκε: 12 Νοέμβρη, 2012

Copyright: © 2012 Zhou et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτή η μελέτη υποστηρίχθηκε από την εντός των τειχών επιχορήγηση από το Πανεπιστήμιο του Μισισιπή Ιατρικό Κέντρο (68599370412), και εν μέρει από ένα Εθνικά Ινστιτούτα Υγείας επιχορήγησης /MSINBRE (P20RR016476). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Οι βιοδείκτες να διαδραματίσει καίριο ρόλο στη φροντίδα των ασθενών με καρκίνους. Ωστόσο, χρησιμοποιούνται σήμερα βιοδείκτες για τον καρκίνο του προστάτη είναι υπο-βέλτιστη. Για παράδειγμα, το ειδικό προστατικό αντιγόνο (PSA), το πιο ευρέως χρησιμοποιούμενο βιοδείκτη, είναι αμφιλεγόμενη όσον αφορά την εξειδίκευση και την ευαισθησία του σε διάφορους πληθυσμούς [1]. Υπάρχουν επίσης ανησυχίες σχετικά με το ενδεχόμενο υπερ-διάγνωση του καρκίνου του προστάτη με PSA σε ασθενείς με περιορισμένες δυνατότητες για την εξέλιξη της νόσου [2] – [4]. Αρκετά νέα βιοδείκτες μελετάται [5] – [7]? Ωστόσο, κανένα από αυτά έχει αποδειχθεί ότι είναι χρήσιμο για την κλινική δοκιμή.

λιπίδια περιλαμβάνουν ποικίλες κατηγορίες μορίων με σημαντικές λειτουργίες στην κυτταρική αποθήκευσης ενέργειας, τη δομή, και σηματοδότηση. Προηγούμενες μελέτες έχουν δείξει ότι ο κίνδυνος του καρκίνου του προστάτη αυξάνεται με αυξήσεις ιδίως λιπαρά οξέα του πλάσματος, όπως μυριστικό οξύ, α-λινολενικό οξύ, και το εικοσιπεντανοϊκό οξύ [8] – [9]. Πολλοί μεμονωμένοι πολικό λιπίδιο [10] – [17] και της χοληστερόλης [18] – [21] είδη έχουν συσχετιστεί με την εξέλιξη του καρκίνου του προστάτη. Ωστόσο, λόγω των περιορισμών της τεχνολογίας, μόνο μερικά προφανή είδος λιπιδίου ή κατηγορίες λιπιδίων αναλύθηκαν σε κάθε μία από αυτές τις μελέτες, και δεν έχει γίνει προσπάθεια να ανακαλύψουν τα μόρια των λιπιδίων ως βιοδείκτες για τον καρκίνο του προστάτη με μεγάλης κλίμακας λιπιδίων προφίλ. Μεγάλης κλίμακας λιπιδίων προφίλ δεν έγινε μέχρι την εισαγωγή της φασματομετρίας μάζας με βάση τις στρατηγικές lipidomics πριν από μια δεκαετία [22]. Πρόσφατα, τιμές αναφοράς για 500 είδη λιπιδίων του πλάσματος ελήφθησαν από ανάλυση lipidomics του ομαδοποιήθηκαν και αναμίχθηκαν πλάσμα από 100 υγιείς ανθρώπους [23]. Lipidomics έχει αποδειχθεί ότι είναι ένα χρήσιμο εργαλείο για την μελέτη των μηχανισμών και βιοδεικτών σε πολλές ασθένειες όπως η παχυσαρκία [24] – [25], η αρτηριοσκλήρωση [26] – [28], η υπέρταση [29], ο διαβήτης [30], η κυστική ίνωση [31] και άλλων καρκίνων [32] – [34]. Όπως επίσης, με τη χρήση lipidomics κυνηγετικό όπλο, λίγα λιπιδίων ειδών από 70 είδη φωσφολιπίδια στα ούρα ταυτοποιήθηκαν ως πιθανοί δείκτες για τον καρκίνο του προστάτη [35]. Ωστόσο, μεγάλη κλίμακα λιπιδίων πλάσματος προφίλ δεν έχει πραγματοποιηθεί σχετικά με το αίμα και του προστάτη δείγματα από ασθενείς με καρκίνο του προστάτη.

Όπως περιγράφεται εδώ, πραγματοποιήσαμε μια παγκόσμια προφίλ λιπιδίων, η οποία περιελάμβανε μέτρηση της 340 φωσφολιπιδίου και 50 χοληστερυλεστέρα ( CE) φαινομενική λιπιδίων μοριακά είδη, σε 141 δείγματα πλάσματος από 105 ασθενείς με καρκίνο του προστάτη και 36 αρσενικά μάρτυρες. Με ανάλυση με βιοπληροφορικής και στατιστικές μεθόδους, έχουν μερικά είδη λιπιδίων του πλάσματος έχουν επιλεγεί ως βιοδείκτες. Η αρχική μελέτη δείχνει ότι αυτοί οι βιοδείκτες έχουν υψηλή ευαισθησία, ειδικότητα και ακρίβεια στη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη.

Ασθενείς και Μέθοδοι

Στόχοι

Υποθέτουμε ότι οι ιστοί του καρκίνου του προστάτη έχουν διακριτά προφίλ των λιπιδίων για την κάλυψη ειδικών αναγκών για την επιβίωση και την εξέλιξη του όγκου. Διακριτικό προφίλ των λιπιδίων θα επηρεάσει συστημική ομοιόσταση των λιπιδίων και να αντικατοπτρίζεται στα υγρά του σώματος συμπεριλαμβανομένου του πλάσματος. Ως εκ τούτου, η ανίχνευση του πλάσματος προφανές λιπιδίων μοριακό είδος θα αντανακλά την ύπαρξη και εξέλιξη του καρκίνου του προστάτη. Συγκρίνοντας τις συγκεντρώσεις των εκατοντάδων εμφανής ειδών λιπιδίων στο πλάσμα μεταξύ των πληθυσμών με και χωρίς καρκίνο του προστάτη, μερικά προφανή είδος λιπιδίου που είναι το πιο αντιπροσωπευτικό της κατάστασης του καρκίνου θα προσδιοριστούν ως λιπίδιο του πλάσματος βιοδείκτες στην διάγνωση του καρκίνου του προστάτη.

οι ασθενείς και δείγματα πλάσματος Δείγμα Collection

εκατόν πέντε (105) από 105 ασθενείς με καρκίνο του προστάτη ελήφθησαν από το Δίκτυο Tissue Cooperative Human (CHTN), όπου τα δείγματα πλάσματος ήταν προ-συλλέχθηκαν από διάφορες κλινικές κατά τη διάρκεια της περιόδου 2004 – 2007. Πριν από τη συλλογή των δειγμάτων πλάσματος, οι ασθενείς είχαν δώσει τη συγκατάθεσή και δεν είχαν υποβληθεί σε θεραπευτικές παρεμβάσεις. Η διάγνωση του καρκίνου του προστάτη για κάθε ασθενή επιβεβαιώθηκε με μεταγενέστερη βιοψία του προστάτη ή προστατεκτομή. Περιορισμένες πληροφορίες για κάθε ασθενή, όπως η ηλικία του ασθενούς, τη φυλή και παθολογική διάγνωση, είχε προβλεφθεί. Τριάντα έξι (36) δείγματα πλάσματος από αρσενικό ελέγχους ελήφθησαν από ένα συγγραφέα συνεργαζόμενα, ο οποίος προ-συνέλεξε το πλάσμα από 36 άνδρες ασθενείς σε αγροτικό ιατρείο, όπου οι ασθενείς είχαν ελέγχους ευεξίας τους ή αναζήτησε ιατρική βοήθεια για άλλες ασθένειες κατά τη διάρκεια της περιόδου 2006 -2008. Κριτήρια για την επιλογή των ελέγχων δεν ήταν ιστορικό καρκίνου του προστάτη, η άρνηση κλινικές εκδηλώσεις του καρκίνου του προστάτη, και ένα χαμηλό επίπεδο του PSA στον ορό. Το ίδιο πρωτόκολλο για τη συλλογή του πλάσματος που χρησιμοποιείται στην συλλογή δειγμάτων πλάσματος από ασθενείς και μάρτυρες: από κάθε υποκείμενο, 10 ml πλήρους αίματος συλλέχθηκε σε ένα σωλήνα κενού που περιέχουν κάλιο-EDTA ως αντιπηκτικό. Το πλάσμα αμέσως διαχωρίσθηκε (όχι περισσότερο από 4 ώρες μετά την συλλογή του ολικού αίματος) και αποθηκεύτηκαν στους -80 ° C αμέσως. Όλα τα δείγματα πλάσματος μεταφέρθηκαν σε ξηρό πάγο στο Κάνσας Lipidomics Research Center (KLRC) για την ανάλυση των λιπιδίων.

ESI-MS /MS Lipid χαρακτηρισμού

Ένα αυτοματοποιημένο ηλεκτροψεκασμού ιονισμού-διαδοχικού προσέγγιση φασματομετρία μάζας ήταν μεταχειρισμένος. Σε αυτή την προσέγγιση, τα είδη των λιπιδίων του πλάσματος που εντοπίζονται σε επίπεδο ομίλου το κεφάλι συν το σύνολο ακυλο άνθρακες: συνολική διπλούς δεσμούς. Οι εντάσεις ανιχνευθεί, κάθε ορίζεται από ένα ανέπαφο μάζα ιόντος /φορτίου (m /z) και ένα χαρακτηριστικό θραύσμα m /z, περιγράφονται εδώ ως «εμφανές λιπίδιο μοριακών ειδών». Η απόκτηση δεδομένων και η ανάλυση πραγματοποιήθηκαν όπως περιγράφηκε προηγουμένως [36] – [37] με τροποποιήσεις. Εν συντομία, χρησιμοποιήθηκε ένα κλάσμα των 3 μΐ πλάσματος. Οι ακριβείς ποσότητες των εσωτερικών προτύπων, που λαμβάνεται και ποσοτικοί όπως περιγράφηκε προηγουμένως [38], προστέθηκαν στις ακόλουθες ποσότητες (με κάποια μικρή παραλλαγή σε ποσότητες σε διαφορετικές παρτίδες των εσωτερικών προτύπων): 0,60 nmol PC (δώδεκα η ώρα /δώδεκα η ώρα), 0.60 nmol PC (24:1 /24:1), 0.60 nmol LPC (13:00), 0.60 nmol LPC (19:00), 0.30 nmol ΡΕ (12:00 /12:00), 0.30 nmol ΡΕ (23: 0 /23:00), 0.30 nmol LPE (14:00), 0.30 nmol LPE (18:00), 0.30 nmol LPG (14:00), 0.30 nmol LPG (18:00), 0.30 nmol ΡΑ (14:00 /14:00), 0.30 nmol ΡΑ (phytanoyl /phytanoyl), δηλαδή PA (20:00 /20:00), 0,20 nmol PS (14:00 /14:00), 0,20 nmol PS (phytanoyl /phytanoyl), δηλαδή PS (20:00 /20:00), 0,23 nmol PI (16:00 /18:00), 2,5 nmol CE (13:00) και 2,5 nmol CE (23:00). Το δείγμα και του εσωτερικού προτύπου μείγμα συνδυάσθηκαν με διαλύτες, έτσι ώστε η αναλογία χλωροφορμίου /μεθανόλης /300 mM οξικό αμμώνιο σε νερό ήταν 300/665/35, και ο τελικός όγκος ήταν 1,2 ml. Αυτό το μίγμα, σε φιαλίδια αυτόματου δειγματολήπτη, φυγοκεντρήθηκε για 15 λεπτά για να σφαιροποιηθούν τα σωματίδια πριν από την υποβολή του μίγματος λιπιδίου /διαλύτη προς τον αυτόματο δειγματολήπτη. Αυτές οι μη κλασματικού τύπου εκχυλίσματα λιπιδίων εισήχθησαν με συνεχή έγχυση στην πηγή ESI σε ένα τριπλό τετράπολο MS /MS (API 4000, Applied Biosystems, Foster City, CA), χρησιμοποιώντας ένα αυτόματο δειγματολήπτη (LC Mini PAL, η CTC Analytics AG, Zwingen, Ελβετία) τοποθετούνται με την απαιτούμενη βρόχο έγχυσης για το χρόνο κτήσης και παρουσιάζονται στη βελόνα ESI σε 30 μl /min.

Διαδοχική πρόδρομος και ουδέτερη απώλεια σαρώσεις των εκχυλισμάτων που παράγονται μια σειρά φασμάτων με κάθε φάσματος αποκαλύπτοντας μια σειρά από είδη λιπιδίων που περιέχουν ένα κοινό θραύσμα ομάδα κεφαλής. είδη λιπιδίου ανιχνεύθηκαν με τις ακόλουθες σαρώσεις: PC, SM, και lysoPC, [Μ + Η]

+ ιόντα σε τρόπο θετικού ιόντος με Προδρόμου του 184.1 (Pre 184,1)? ΡΕ και lysoPE, [Μ + Η]

+ ιόντα σε τρόπο θετικού ιόντος με Neutral Απώλεια 141,0 (NL 141,0)? PI, [Μ + ΝΗ

4]

+ σε κατάσταση θετικού ιόντος με NL 277.0? PS, [Μ + Η]

+ σε τρόπο θετικού ιόντος με NL 185,0? PA, [Μ + ΝΗ

4]

+ σε κατάσταση θετικού ιόντος με NL 115,0? CE, [Μ + ΝΗ

4]

+ σε κατάσταση θετικού ιόντος με Pre 369,3. SM προσδιορίσθηκε από το ίδιο φάσμα μάζας ως PC (πρόδρομοι m /z 184 σε θετική λειτουργία) [39] – [40] και σε σύγκριση με τα εσωτερικά πρότυπα PC χρησιμοποιώντας μια μοριακή συντελεστής απόκρισης για SM (σε σύγκριση με το PC) προσδιορίζεται πειραματικά να είναι 0,39. Ακυλο, αλκ (εν) υλο ( «αιθέρας-συνδεδεμένη») ΠΕΑ και EPES προσδιορίστηκαν σε σχέση με τα ίδια πρότυπα διακυλ και άλλα είδη PC και PE, και εφαρμόστηκαν χωρίς συντελεστές απόκρισης. Η πίεση του αερίου σύγκρουση ορίστηκε σε 2 (αυθαίρετες μονάδες). Οι ενέργειες σύγκρουσης, με άζωτο στο κελί σύγκρουσης, ήταν 28 V για PE, +40 V για PC (και SM), 25 V για τα PI, PS και PA, και +30 V για τη σήμανση. Declustering δυναμικά ήταν 100 V για όλα τα λιπίδια εκτός CE, για τις οποίες το δυναμικό declustering ήταν 225 δυνατότητες V. Η είσοδος ήταν 15 V για PE, +14 V για PC (και SM), PI, PA, και PS και + 10 V για τη σήμανση. δυνατότητες εξόδου ήταν 11 V για PE, +14 V για PC (και SM), PI, ΡΑ, PS και +10 V για τη σήμανση. Οι αναλυτές μάζας προσαρμόστηκαν σε ένα ψήφισμα του 0,7 u πλήρες πλάτος στο μισό ύψος. Για κάθε φάσμα, 9-150 σαρώσεις συνεχές κατά μέσο όρο σε αναλυτή πολλαπλών καναλιών λειτουργία (MCA). Η θερμοκρασία της πηγής (θερμαινόμενη εκνεφωτή) ήταν 100 ° C, η θερμάστρα interface ήταν, 5,5 kV ή -4,5 kV εφαρμόστηκαν στο ηλεκτροψεκασμός τριχοειδή, το αέριο κουρτίνα ορίστηκε σε 20 (αυθαίρετες μονάδες), και τα δύο αέρια ιόν πηγή ορίστηκαν σε 45 (αυθαίρετες μονάδες).

Το υπόβαθρο του κάθε φάσματος αφαιρέθηκε, ήταν εξομαλύνεται τα δεδομένα, καθώς και οι περιοχές των κορυφών ενσωματωθούν χρησιμοποιώντας μια προσαρμοσμένη δέσμη ενεργειών και Applied Biosystems λογισμικού Analyst. Τα δεδομένα ισοτοπικά αποσυσπειρωμένο, και τα λιπίδια σε κάθε τάξη ποσοτικοποιήθηκαν σε σύγκριση με τα εσωτερικά πρότυπα της κατηγορίας αυτής, επειδή διαφόρων μοριακών ειδών εντός της ίδιας κατηγορίας ιονίζουν παρομοίως [22]. Το πρώτο και συνήθως κάθε 11

ου σετ φάσματα μάζας αποκτήθηκαν στο εσωτερικό πρότυπο μόνο μείγμα. ταυτοποιήθηκαν κορυφές που αντιστοιχούν στα λιπίδια στόχου σε αυτά τα φάσματα και μοριακές ποσότητες υπολογίζονται σε σύγκριση με τα εσωτερικά πρότυπα στο ίδιο λιπιδίων τάξη. Για να διορθωθεί για χημική ή ενόργανες θορύβου στα δείγματα, η μοριακή ποσότητα κάθε λιπιδίου μεταβολίτης που ανιχνεύθηκε στα φάσματα αφαιρέθηκε «εσωτερικά πρότυπα μόνο» από την μοριακή ποσότητα κάθε μεταβολίτη που υπολογίζεται σε κάθε σύνολο των φασμάτων του δείγματος. Τα δεδομένα από κάθε «εσωτερικά πρότυπα μόνο» σύνολο των φασμάτων χρησιμοποιήθηκε για να διορθώσει τα δεδομένα από τις ακόλουθες 10 δείγματα. Τέλος, τα δεδομένα διορθώθηκαν για το κλάσμα του δείγματος αναλύθηκε και ομαλοποιήθηκε ως προς τον όγκο του δείγματος για να παράγει δεδομένα στη μονάδα του nmol /μl.

στρατηγικές που χρησιμοποιούνται στην επιλογή των λιπιδίων Biomarkers

Δύο στρατηγικές που χρησιμοποιούνται για την επιλογή των επιμέρους εμφανή λιπιδίων βιοδείκτες ειδών από εκατοντάδες ανιχνεύονται είδη. Η πρώτη στρατηγική ήταν διήθηση. Για να μειωθεί ο αριθμός των πιθανών υποψηφίων από 390 φαινομενική λιπιδίων είδη, τα είδη τα οποία δεν μπορούν να χρησιμοποιηθούν κλινικά στη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη διηθούνται, λόγω πολύ χαμηλή συγκέντρωση για να ανιχνεύσει, ασήμαντη διαφορά μεταξύ των ομάδων των ασθενών και του ελέγχου, ή πολύ κλειστά επίπεδα στο πλάσμα οι συγκεντρώσεις σε δύο ομάδες (αν και η διαφορά μπορεί να είναι στατιστικά σημαντική) να ερμηνεύσει. Κριτήρια για κατακράτηση ήταν: 1) διαφορά στη μέση συγκέντρωση λιπιδίων στο πλάσμα είναι εξαιρετικά σημαντική (ρ & lt? 0,01) μεταξύ των ομάδων των ασθενών και του ελέγχου? 2) μεταβολές στη μέση συγκέντρωση λιπιδίων στο πλάσμα είναι & gt? 2-φορές (πάνω ή κάτω)? και 3) η μέση συγκέντρωση των λιπιδίων του πλάσματος είναι & gt? 10 nmol /μl. Προφανή είδη λιπιδίων που πληρούσαν τα τρία κριτήρια που επιλέχθηκαν ως πιθανοί υποψήφιοι των λιπιδίων του πλάσματος βιοδεικτών. Η δεύτερη στρατηγική που προβλέπεται συμπληρωματική διαφοροποίηση του καρκίνου και ελέγχου των δειγμάτων, για να αποδείξει ότι οι επιλεγέντες υποψήφιοι είναι όχι μόνο κλινικά χρήσιμες και ισχύει, αλλά επίσης είναι ιδιαίτερα ευαίσθητη, ειδική και ακριβή στη διαφοροποίηση του καρκίνου του προστάτη από τους ελέγχους. Μετά την ανάλυση με μεθόδους βιοπληροφορικής, τυχόν εμφανή είδη λιπιδίων επιλεγμένων δυνητικών υποψηφίων θα επιλεγεί ως μεμονωμένα λιπιδίων του πλάσματος βιοδεικτών για τη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη, αν πληρούνται τα κριτήρια αυτά: 1) ευαισθησία πάνω από 80%? 2) ειδικότητα άνω του 50%? 3) το σύνολο της ακριβείας, Ανάκληση, F-μέτρηση και η περιοχή κάτω (ROC) καμπύλη πάνω από 80%.

Λογισμικό και Προγράμματα που χρησιμοποιούνται στις στατιστικές και Βιοπληροφορική ανάλυση

Η T-Test στο λογισμικό SPSS18 χρησιμοποιήθηκε για τη σύγκριση μέσες συγκεντρώσεις των 390 προφανή είδη λιπιδίων μεταξύ ελέγχου και ομάδες ασθενών πλάσμα. Η σημαντική σ αξία ορίστηκε σε 0,01 σε διαδικασίες διήθησης. Το t-test χρησιμοποιήθηκε επίσης σε σύγκριση της μέσης ηλικίας μεταξύ ελέγχου και ομάδες ασθενών. Η σημαντική σ αξία ορίστηκε σε 0,05.

GenSpring11, Gim2 και Windows λογισμικού και προγραμμάτων Paint χρησιμοποιήθηκαν για την εκτέλεση και τα διαγράμματα γράφημα Ανάλυση Κύριων Συνιστωσών (PCA) και Ιεραρχική Ανάλυση Ομαδοποίηση (HCA).

Weka λογισμικού 3.73 έκδοση χρησιμοποιήθηκε στην ανάλυση βιοπληροφορικής: Απλή logistics αλγόριθμο ταξινόμησης και Infogain, μια μέθοδος κατάταξης εποπτευόμενο χαρακτηριστικό χρησιμοποιήθηκαν για την κατάταξη επιμέρους εμφανή είδη λιπιδίων και της κατηγορίας των λιπιδίων σύμφωνα με την προγνωστική δυνάμεις τους στη διαφοροποίηση των ασθενών με καρκίνο του προστάτη από τους ελέγχους ? RandomForest αλγόριθμος ταξινόμησης και 10-φορές εγκάρσια επικύρωσης χρησιμοποιήθηκαν για να εκτιμηθεί η απόδοση ενός μοντέλου πρόβλεψης. Για την «άγνωστη πρόβλεψη», μοντέλα που είναι εγκατεστημένοι σε σύνολο εκπαίδευσης, το οποίο περιείχε πληθυσμούς με «γνωστά χαρακτηριστικά», όπως το λευκό ασθενή. Όλα τα υποκείμενα μέσα στο ίδιο «γνωστό χαρακτηριστικό», όπως λευκό ασθενή, ομαδοποιήθηκαν τυχαίως (10 επαναλήψεις σε αυτή τη μελέτη). Τα προγνωστικά εξουσίες κατ ‘επανάληψη διασχίζουν επικυρωθεί μεταξύ των 10 επαναλήψεων. Το πρόγραμμα καθορίζεται μέση προβλεπτική ικανότητα, η οποία αναφέρεται εάν ένα ικανοποιητικό μοντέλο ιδρύθηκε στο σύνολο εκπαίδευσης. Στη συνέχεια, η ικανοποιητική μοντέλο με κάθε «γνωστό χαρακτηριστικό» χρησιμοποιήθηκε για την πρόβλεψη (για την επικύρωση) προβλεπτική ικανότητα σε άτομα με κάθε καθρέφτη «άγνωστο χαρακτηριστικό», όπως το μαύρο του ασθενούς, στο σύνολο της δοκιμής. Υψηλότερη προβλεπτική ικανότητα στο σετ εκπαίδευσης δείχνει μικρότερες αποκλίσεις μεταξύ των 10 τυχαία ομαδοποιούνται επαναλήψεις με το «γνωστό χαρακτηριστικό». Υψηλότερη προγνωστική αρμοδιότητες στο σύνολο τεστ δείχνουν μικρότερη διακύμανση μεταξύ των ζεύγη «γνωστά» και «άγνωστο» πληθυσμών.

Chi-Square test στο SPSS 18 λογισμικό χρησιμοποιήθηκε για τη σύγκριση της κατανομής των ελέγχων και των ασθενών μεταξύ του πρώτου ήμισυ (άνω τμήμα) και το δεύτερο μισό (κάτω τμήμα) με υψηλότερες συγκεντρώσεις λιπιδίων στο πλάσμα στο Σχήμα S1. Chi-square test χρησιμοποιήθηκε επίσης για σύγκριση των αναλογιών των Μαύρο να White, βιοψία να προστατεκτομή, υψηλής και χαμηλής ποιότητας του καρκίνου του προστάτη μεταξύ του πρώτου και του δεύτερου μισά. Η σημαντική σ αξία ορίστηκε σε 0,05 για όλα τα αποτελέσματα από την Chi-Square δοκιμές.

Ηθική

Αυτή η μελέτη εγκρίθηκε από το Διοικητικό Συμβούλιο Institutional Review στο Πανεπιστήμιο του Μισισιπή Ιατρικό Κέντρο ως απαλλασσόμενη έρευνα , στην οποία λήψη συγκατάθεσης από τους συμμετέχοντες δεν ήταν απαραίτητη, επειδή όλα λαμβάνονται δείγματα που χρησιμοποιούνται σε αυτή τη μελέτη προ-συλλέχθηκαν από άλλους οργανισμούς. Τα πρωτόκολλα για τη συλλογή του δείγματος είχε εγκριθεί από Institutional Review Boards τους. Οι ασθενείς που είχαν δώσει τη γραπτή συγκατάθεσή τους πριν από τη δωρεά των δειγμάτων πλάσματος. Σε αυτή τη μελέτη, χωρίς αναγνωρίσιμες πληροφορίες, όπως ασθενούς όνομα, την ημερομηνία γέννησης ή πληροφορίες επικοινωνήστε ήταν γνωστό ή χρησιμοποιούνται.

Αποτελέσματα

Δημογραφικά στοιχεία των θεμάτων

Η όλη μελέτη περιέλαβε 141 υποκείμενα συμπεριλαμβανομένων 105 ασθενείς με καρκίνο του προστάτη και 36 αρσενικά μάρτυρες. Μεταξύ των ασθενών, 61 (58,1%) ήταν Καυκάσιοι ( «λευκά»), 42 (40%) ήταν Αφρικανικός Αμερικανός ( «μαύρη»)? και 2 ήταν άγνωστης εθνοτικής καταγωγής. Μεταξύ των 36 μάρτυρες, 24 (66,7%) ήταν Καυκάσιοι και 12 (33,3%) ήταν Αφρικανικός Αμερικανός. Δεν υπήρχε διαφορά στην φυλετική αναλογία μεταξύ των ασθενών και των ομάδων ελέγχου (p = 0,55), αν και υπήρχαν πολύ περισσότερα από ό, τι Καυκάσιους Αφροαμερικανών σε ολόκληρη την μελέτη (85 Καυκάσιους και 54 Αφροαμερικανοί, p = 0,0022). Η μέση ηλικία κατά τη στιγμή της συλλογής του δείγματος ήταν 63,6 ± 8,5 για τους ασθενείς και 57,5 ​​± 15,3 για τους ελέγχους (p = 0,0032). Πληροφορίες σχετικά με βαθμό Gleason ήταν διαθέσιμες για 100 από 105 ασθενείς: 2 ασθενείς είχαν σκορ Gleason 5, 55 είχαν σκορ Gleason 6, 35 είχαν σκορ Gleason 7 και 8 είχε σκοράρει Gleason παραπάνω 7. Έτσι, το 90% των ασθενών είχαν σκορ Gleason 6 ή 7. Οι πληροφορίες σχετικά με άλλες κλινικές καταστάσεις που θα μπορούσαν να επηρεάσουν το μεταβολισμό των λιπιδίων όπως η υπερλιπιδαιμία, διαβήτης, άλλες κακοήθειες και τα φάρμακα δεν ήταν διαθέσιμα για τους ασθενείς. Κλινικές πληροφορίες για 36 αρσενικά μάρτυρες ήταν ως εξής: 10 ασθενείς είχαν επιταγή ευεξίας τους και αρνήθηκαν σημαντικά τις κλινικές εκδηλώσεις? 14 είχαν υπέρταση? 6 είχε οστεοαρθρίτιδα? και 1 έως 2 ασθενείς είχαν ιστορικό ενός ή περισσοτέρων από τα ακόλουθα: υπερλιπιδαιμία, οσφυαλγία, η παχυσαρκία, ο διαβήτης, ουρική αρθρίτιδα, διπολική διαταραχή, σπασμούς ή γαστροοισοφαγική παλινδρόμηση. Κανένας δεν είχε ιστορικό καρκίνου, συμπεριλαμβανομένου του καρκίνου του προστάτη. Το μέσο επίπεδο PSA στον ορό για τους ελέγχους ήταν 0,85 ng /ml.

λιπιδίων προφίλ των 390 Φαινομενική λιπιδίων Είδος

προφίλ των λιπιδίων του πλάσματος, συμπεριλαμβανομένων 390 ατομικές προφανή είδη λιπιδίων από 13 κατηγορίες των φωσφολιπιδίων και χοληστερύλ-εστέρες (CE) προσδιορίστηκαν με lipidomics για 141 δείγματα πλάσματος (105 από ασθενείς και 36 από τους ελέγχους). Η πιο σημαντική διαφορά στη μέση συγκέντρωση πλάσματος μεταξύ των ομάδων των ασθενών και του ελέγχου βρέθηκε σε λυσοφωσφατιδυλοχολίνη (LPC) με το λιπαρό ακυλ αλυσίδα 22:06 [LPC (22:06)] (ρ = 1,75 × 10

-20). Η υψηλότερη μέση συγκέντρωση ενός είδους χοληστερυλ-εστέρα πλάσματος ήταν CE (18:02) (11,5 ± 4,36 nmol /μl σε ασθενείς, 10.99 ± 4.8 nmol /μl σε ελέγχους, p = 0,144). Η υψηλότερη μέση συγκέντρωση ενός πολικού είδους λιπιδίων στο πλάσμα ήταν PC (34:2) (0,94 ± 0,41 nmol /μl σε ασθενείς, 0,58 ± 0,17 nmol /μl σε ελέγχους, ρ = 0,00115). Η σημαντική αλλαγή φορές στη μέση συγκέντρωση αυτών προφανή είδη λιπιδίων μεταξύ των ομάδων ασθενών και τον έλεγχο πλάσμα κυμαίνονταν από θετική 22,7 φορές για dihydrosphingomyelin (DSM) με 16:00 [(DSM (16:00)] (p = 3,85 × 10

-19) έως αρνητική 20,8 φορές για PC (30:1) (p = 9,58 × 10

-04). Η πλήρης λίστα των μέσες συγκεντρώσεις στο πλάσμα σε ομάδες ασθενών και τον έλεγχο, σ αξίες και διπλώστε αλλαγές μεταξύ των ασθενών και ομάδες ελέγχου για κάθε ένα από 390 ειδών παρέχεται στον πίνακα S1.

Αναγνώριση των Ατομικών Φαινομενική λιπιδίων είδος ως βιοδεικτών

Σύμφωνα με τα κριτήρια που περιγράφονται στην ενότητα ασθενείς και Μέθοδοι, 335 από 390 είδη απομακρύνθηκαν από την πρώτη στρατηγική, διήθηση. επιλέγονται μόνο 35 προφανή είδη λιπιδίων ως πιθανοί υποψήφιοι των λιπιδίων βιοδεικτών για τη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη (Πίνακας 1). για αυτά τα 35 επιλεγμένα προφανή είδη λιπιδίων, η διαφορά στη μέση συγκέντρωση πλάσματος μεταξύ των ασθενών και τον έλεγχο ομάδες ήταν ιδιαίτερα σημαντική (ρ & lt? 0,01), η αλλαγή στη μέση συγκέντρωση στο πλάσμα (αύξηση ή μείωση) μεταξύ των ομάδων ασθενών και μαρτύρων ήταν ≥2 φορές, και η μέση συγκέντρωση πλάσματος ήταν ≥10 pmol /μl (15 φορές η ανίχνευση cut-off αξία είτε σε ασθενείς, οι έλεγχοι, ή και τα δύο). Η δεύτερη στρατηγική που προβλέπεται συμπληρωματική διαφοροποίηση του καρκίνου και ελέγχου δείγματα αποδεικνύοντας εάν έκαστη των 35 υποψηφίων είχε αρκετή προβλεπτική ικανότητα στη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη. Χρησιμοποιώντας βιοπληροφορικής μεθόδους, οι 35 υποψήφιοι κατατάσσονται ως κορυφαίο 1 έως top 35 σύμφωνα με τις αξίες τους Infogain. Μόνο 12 από τις 35 πιθανές υποψήφιες αναγνωρίστηκαν ως μεμονωμένες βιοδείκτες των λιπιδίων του πλάσματος, διότι κάθε μία από αυτές τις 12 εντοπίστηκαν εμφανή είδη λιπιδίων πληρούσε όλα τα κριτήρια: ευαισθησίας (αληθώς θετικά) πάνω από 80%, η ειδικότητα (1-αλήθεια ψευδώς θετικά) πάνω από 50% και όλα ακριβείας, Ανάκληση, F-μέτρηση και η περιοχή κάτω (ROC) καμπύλη πάνω από 80% στη διαφοροποίηση των ασθενών με καρκίνο του προστάτη από τους ελέγχους (όπως έντονα γράμματα και πλάγια στον πίνακα 1).

η

Αναγνώριση των λιπιδίων μαθήματα ως βιοδείκτες

Οι ανιχνεύθηκαν 390 ατομικές πλάσμα εμφανές είδη λιπιδίων ανήκαν σε 12 κατηγορίες φωσφολιπιδίων και μια ομάδα εστέρων της χοληστερόλης. Η συγκέντρωση για κάθε κατηγορία λιπιδίων υπολογίστηκε με την πρόσθεση όλων των μετρούμενων μεμονωμένων ειδών σε αυτόν τον κλάδο. Όπως φαίνεται στον Πίνακα 2, όλες οι τάξεις λιπιδίων είχαν αυξημένες συγκεντρώσεις στο πλάσμα σε ασθενείς, σε σύγκριση με τους μάρτυρες εκτός φωσφατιδικό οξύ (ΡΑ), το οποίο είχε μια σημαντικά μειωμένη συγκέντρωση στο πλάσμα σε ασθενείς. LPC ήταν το μόνο λιπίδιο τάξη, μέσα στην οποία κάθε άτομο ανιχνευθεί εμφανής είδος λιπιδίου είχαν σημαντικά αυξημένη συγκέντρωση στο πλάσμα στην ομάδα των ασθενών, σε σύγκριση με την ομάδα ελέγχου (οι λεπτομέρειες δεν φαίνονται). Στο υπόλοιπο των κατηγοριών λιπιδίων, μερικά προφανή είδη λιπιδίων ήταν επάνω, ενώ άλλοι ήταν κάτω στη συγκέντρωση τους στο πλάσμα σε ασθενείς έναντι των ελέγχων. Οι διαφορές στις συγκεντρώσεις λιπιδίων στο πλάσμα μεταξύ ασθενών και μαρτύρων ήταν στατιστικά σημαντικές στην πλειονότητα των κατηγοριών λιπιδίων εκτός λυσοφωσφατιδυλαιθανολαμίνη (LPE) και φωσφατιδυλοσερίνη (PS). Ωστόσο, όταν τα ίδια κριτήρια που χρησιμοποιούνται στην επιλογή των βιοσημειωτών από μεμονωμένες προφανή είδη λιπιδίων εφαρμόστηκαν στις τάξεις των λιπιδίων, μόνο ο κατηγορίες λιπιδίων ΡΕ, το ΕΡΕ και EPC θα μπορούσε να θεωρηθεί βιοδεικτών στη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη. Χρησιμοποιώντας τις κατηγορίες λιπιδίων ως βιοδείκτες για τη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη δεν είναι μια ιδανική επιλογή, γιατί δυνητικά χρήσιμες πληροφορίες χάνονται από αυθαίρετα συνδυάζοντας μετρούμενες τιμές (με βάση την εκχώρηση των λιπιδίων τάξη) για μεμονωμένα προφανή είδη λιπιδίων.

Η

Εφέ του Ομαδοποίηση πολλαπλών βιοδείκτες στην διάγνωση του καρκίνου του προστάτη

για να αποδειχθεί αν χρησιμοποιείτε περισσότερο βιοδείκτες λιπιδίων μαζί μέσα σε 35 υποψήφιοι είναι σε θέση να αυξήσει την προβλεπτική ικανότητα για τη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη, επτά ομάδες της φαινομενικής είδη λιπιδίων με διαφορετικούς αριθμούς των υποψηφίων έγιναν με το χέρι ομαδοποιούνται: top 5 (top 1 έως 5, 5 υποψήφιοι μαζί), 10 (top 1 έως 10, 10 υποψήφιοι από κοινού, κλπ), 15, 20, 25, 30 και 35 (όλα 35 υποψηφίων μαζί). Τα αποτελέσματα δείχνουν ότι, σε κάθε αυτόματο τρόπο συναρμολογημένη ομάδα με περισσότερους δείκτες λιπιδίων μαζί είχαν υψηλότερη ευαισθησία, ειδικότητα και ακρίβεια στη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη σε σύγκριση με οποιαδήποτε από τις επιμέρους βιοσημειωτών λιπιδίων. Μεταξύ αυτών το χέρι συναρμολογούνται ομάδες, η ομάδα των 15 (top 1 έως ΑΡΧΟΝΤΙΚΟ ΠΛΟΥΣΙΟΥ15, 15 βιοδείκτες μαζί) ήταν το καλύτερο συνδυασμό με τις ισχυρότερες πρόβλεψης δυνάμεις στη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη: είχε την υψηλότερη ευαισθησία (93,6%), την υψηλότερη εξειδίκευση (90,1 %), υψηλότερη ακρίβεια (97,3%), όπως φαίνεται στο σχήμα 1, και τη μεγαλύτερη δυνατή ακρίβεια, ανάκληση και F-Μέτρο (93,7%, 93,6% και 93,6%, αντίστοιχα, τα δεδομένα δεν φαίνονται στο σχήμα 1).

τα σημεία που υποδεικνύονται από τους δύο επικεφαλής βέλη είναι τα προγνωστικά αρμοδιότητες των κορυφαίων 15 πλάσματος είδη εμφανής λιπιδίων, όταν χρησιμοποιούνται σε συνδυασμό με τη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη. Χρησιμοποιώντας κορυφή 15 στο πλάσμα εμφανές είδος λιπίδιο έχει την υψηλότερη ευαισθησία (93,6%), την υψηλότερη ειδικότητα (90,1%), και μεγαλύτερη ακρίβεια (ROC Area, 97,3%) στη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη σε σύγκριση με τη χρήση οποιουδήποτε άλλου συνδυασμού διαφορετικών αριθμών .

η

για να δυνητικά να μειώσει τον αριθμό των βιοδεικτών να διευκολυνθεί η πρακτική ενσωμάτωση στην ροή εργασίας των κλινικών εργαστηρίων και να καταστήσουν τα αποτελέσματα πιο δεκτική ερμηνείας από τους κλινικούς γιατρούς, αναλύσεις βιοπληροφορική διεξήχθησαν επί διαφόρων συνδυασμών από δύο λιπιδίων βιοδείκτες μαζί (κορυφή 2) μέσω 15 λιπιδίων βιοδείκτες μαζί (top 15), όπως φαίνεται στον πίνακα 3. Για παράδειγμα, αν τρία κορυφαία βιοδείκτες λιπιδίων, LPC (18:01), LPC (20:04) και PC (40:7 ) (Top 3) χρησιμοποιήθηκαν μαζί, ο συνδυασμός θα παρέχει ευαισθησία 91,5%, η ειδικότητα του 84,3% και ακρίβεια (ROC Area) του 95,9% στη διαφοροποίηση των ασθενών με καρκίνο του προστάτη από αρσενικούς ελέγχους. Ομαδοποίηση τάξεις λιπιδίων, σε αντίθεση με τα μεμονωμένα είδη, αυξήθηκε επίσης ευαισθησία, ειδικότητα, και την ακρίβεια στη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη σε σύγκριση με οποιαδήποτε μεμονωμένη τάξη λιπιδίων. Για παράδειγμα, οι κορυφαίες 2 κατηγορίες λιπιδίων (τάξη LPC και ΡΕ) μαζί είχε ευαισθησία 88.7%, ειδικότητα 81,5% και ακρίβεια 94,4% (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται). Ωστόσο, οι πρόβλεψης εξουσιών από την ομαδοποίηση περισσότερες κατηγορίες λιπιδίων ήταν χαμηλότερα από ό, τι από την ομαδοποίηση πολλών εμφανής είδη λιπιδίων επιμέρους πλάσμα.

Η

Χαρακτηριστικά των Προσδιοριζόμενων Plasma λιπιδίων Biomarkers

Επειδή χρησιμοποιώντας κορυφαία 15 βιοδεικτών λιπιδίων μαζί είχε την καλύτερη προβλεπτική ικανότητα στη διάγνωση του καρκίνου του προστάτη, τα χαρακτηριστικά σε αυτή την ομάδα φαινομενική ειδών λιπιδίου αναλύθηκαν περαιτέρω.

Principal συστατικά ανάλυση (PCA) διεξήχθη για να εξεταστεί η ικανότητα να διαχωρίσει ασθενή και την ομάδα ελέγχου με λιπίδιο προφίλ όλων των 390 και τα επιλεγμένα 15 προφανή είδη λιπιδίων. Performing PCA με τα προφίλ των λιπιδίων από 390 προφανή είδη λιπιδίων, τα θέματα των ασθενών και έλεγχο οπτικά διαχωρίζεται κατά μήκος του πρώτου συστατικού στο PCA, η οποία αντιπροσώπευε το 28,3% της συνολικής διακύμανσης (Εικόνα 2, A). Ωστόσο, όταν PCA διεξήχθη με τα προφίλ των λιπιδίων από τα επιλεγμένα 15 προφανή είδη λιπιδίων, του πρώτου συστατικού, κατά μήκος της οποίας διαχωρίστηκαν δείγματα ασθενών και ελέγχου, αντιπροσώπευαν το 86,9% της συνολικής διακύμανσης στα δεδομένα (Εικόνα 2, Β). Αυτό δείχνει ότι είναι πολύ περισσότερες παραλλαγές σε αυτές τις top 15 προφανή είδη λιπιδίων που σχετίζονται με την ταξινόμηση του ασθενούς ή τον έλεγχο. Επιπλέον, οι θέσεις των ατόμων της ομάδας ελέγχου ήταν χωροταξικά πλησιέστερα από εκείνα των υποκειμένων ασθενή όταν είτε το σύνολο των δεδομένων απεικονίστηκε γραφικά, υποδηλώνοντας ότι οι διαφορές στη συγκέντρωση των λιπιδίων μέση πλάσματος (εδώ μετασχηματίζεται σε ασυσχέτιστες αξίες των αποστάσεων χώρου) στην ομάδα ελέγχου ήταν πολύ μικρότερες από εκείνες στην ομάδα των ασθενών

Α:. Η πρώτη συνιστώσα στο PCA διασχίζουν όλα τα 390 ανιχνεύθηκε στο πλάσμα εμφανές είδη λιπιδίων λογαριασμούς για το 28,3% της συνολικής διακύμανσης? Β: Το πρώτο συστατικό στη PCA περάσουν 15 επιλεγμένα εμφανής βιοδείκτες των λιπιδίων του πλάσματος αντιπροσωπεύει το 86,9% της συνολικής διακύμανσης

Η

Ιεραρχική ανάλυση συστάδων (HCA) είναι μια στατιστική μέθοδος για την εύρεση σχετικά ομοιογενείς ομάδες των υποθέσεων που βασίζονται. σε μετρούμενα χαρακτηριστικά. Εφαρμόσαμε HCA συνδυάζοντας δενδρογράμματα και heatmap να συγκεντρώνονται τόσο οντότητα (15 προφανή είδη λιπιδίων) και την κατάσταση (141 άτομα) με πάνελ των χαρακτηριστικών στην αριστερή πλευρά στο σχήμα S1. Η ανάλυση έδειξε ότι το HCA 15 προφανή είδη λιπιδίων διαμορφωμένο σε 4 συστάδες: DSM (16:00), φωσφατιδυλχολίνες αιθέρα-συνδεδεμένο (ΚΠΑ), σφιγγομυελίνες (SMS) και LPCs. Τα 15 κορυφαία κατάταξη προφανή είδη λιπιδίων είχε μια τάση αυξάνεται σταδιακά μέση συγκέντρωση των λιπιδίων του πλάσματος από την κορυφή (χαμηλότερη συγκέντρωση, σε μπλε χρώμα) προς τα κάτω (υψηλότερη συγκέντρωση, με κόκκινο χρώμα). Για περαιτέρω ανάλυση των δεδομένων, τα υποκείμενα στην heatmap χωρίστηκαν σε δύο μισά: το πρώτο ήμισυ περιέχει 70 υποκείμενα με χαμηλότερη συγκέντρωση λιπιδίων στο πλάσμα, και το δεύτερο ήμισυ περιέχει 71 υποκείμενα με υψηλότερη συγκέντρωση λιπιδίων στο πλάσμα. Τα αναλύονται τα αποτελέσματα, όπως φαίνεται στον Πίνακα 4, έδειξαν ότι υπάρχει μια δραματικά υψηλή αναλογία Αποδόσεις παρουσία ελέγχου και των θεμάτων ασθενή μεταξύ του πρώτου και του δεύτερου ημίσεως (ρ & lt? 0,0001, OR = 70,0). Είναι ενδιαφέρον ότι, τα υποκείμενα ασθενής διαγνωστεί από βιοψίες σημαντικά εμπλουτισμένο στο δεύτερο ήμισυ σε σύγκριση με εκείνες διαγνωστεί από προστατεκτομές. Όταν τα άτομα ταξινομήθηκαν ανάλογα με την ηλικία, τη φυλή και το Gleason βαθμού των ασθενών με καρκίνο του προστάτη, έδειξε ότι το δεύτερο εξάμηνο (υψηλότερες συγκεντρώσεις των μεμονωμένων προφανή είδη λιπιδίων) είχαν πιο μαύρους ασθενείς, ιδιαίτερα μαύρους ασθενείς με προχωρημένη ηλικία, σε σύγκριση με το πρώτο ήμισυ. Βαθμός του καρκίνου και η συνολική ηλικία δεν ήταν σημαντικά διαφορετική μεταξύ των δύο ημίχρονα.

Η

Δεν είναι σαφές κατά πόσο ισορροπημένη συνθέσεις της φυλής και ηλικίας σε αυτή την ομάδα μελέτης επηρεάσει την προβλεπτική ικανότητα των επιλεγμένων 15 προφανή είδη λιπιδίων στη διάγνωση της καρκίνος του προστάτη. Για να διευκρινιστεί το θέμα αυτό, εφαρμόστηκε η μέθοδος «άγνωστο πρόβλεψη».