Αφηρημένο

Ιστορικό

Μη μικροκυτταρικός καρκίνος του πνεύμονα (NSCLC) παρουσιάζει ως μια προοδευτική ασθένεια που εκτείνονται σε προκαρκινικές, preinvasive, τοπικά επεμβατικές, και μεταστατικές βλάβες. Προσδιορισμός των βιολογικών οδών αντανακλαστική αυτών των προοδευτικών σταδίων, και εκφράζονται ανώμαλα γονίδια που συνδέονται με αυτές τις πορείες, θα ενισχύσει θεωρητικά θεραπευτικές προσεγγίσεις σε αυτήν την καταστροφική ασθένεια.

Μεθοδολογία /Κύρια Ευρήματα

Μέσα από την κατασκευή και ανάλυση των βιβλιοθηκών SAGE, έχουμε διαπιστώσει προφίλ μεταγραφικό για preinvasive καρκίνωμα-in-situ (CIS) και διηθητικό καρκίνωμα πλακωδών κυττάρων (SCC) του πνεύμονα και σύγκριση αυτών με τα προφίλ έκφρασης που δημιουργούνται τόσο από το βρογχικό επιθήλιο και προκαρκινικών μεταπλαστικού και δυσπλαστικών βλαβών χρησιμοποιώντας το

Ingenuity Διαδρομή Ανάλυση

. Η έκφραση των γονιδίων που σχετίζονται με επιδερμικό ανάπτυξη, και η απώλεια της έκφρασης γονιδίων που σχετίζονται με τη βιολογία βλεννοκροσσωτή, κυριαρχούν χαρακτηριστικά του CIS, σε μεγάλο βαθμό από κοινού με προκαρκινικές αλλοιώσεις. Επιπλέον, η έκφραση των γονιδίων που σχετίζονται με τον μεταβολισμό ξενοβιοτικών /αποτοξίνωση είναι ένα αξιοσημείωτο χαρακτηριστικό της ΚΑΚ, και διατηρείται σε μεγάλο βαθμό σε διηθητικό καρκίνο. Γονίδια που σχετίζονται με ίνωση ιστού και οξείας φάσης ανοσολογική απόκριση είναι χαρακτηριστικές της επεμβατικής φαινοτύπου SCC. Επιπλέον, τα δεδομένα που παρουσιάζονται εδώ δείχνουν ότι ο ιστός αναδιαμόρφωση /ίνωση ξεκινά στα πρώτα στάδια της ΚΑΚ. Επιπλέον, η μελέτη αυτή δείχνει ότι μεταβολή στην κατάσταση του αριθμού αντιγράφων αντιπροσωπεύει ένα εύλογο μηχανισμό για διαφορική έκφραση γονιδίων σε ΚΑΚ και επεμβατική SCC.

Συμπεράσματα /Σημασία

Αυτή η μελέτη είναι η πρώτη έκθεση της μεγάλης κλίμακα προφίλ έκφρασης του CIS του πνεύμονα. Αμερόληπτη προφίλ έκφρασης αυτών των preinvasive και επεμβατικές βλάβες παρέχει μια πλατφόρμα για περαιτέρω έρευνες σχετικά με τις μοριακές γενετικές γεγονότα που σχετίζονται με πρώιμα στάδια της πλακώδους ανάπτυξης NSCLC. Επιπλέον, up-ρυθμιζόμενα γονίδια ανιχνεύθηκαν σε ακραίες διαφορές μεταξύ CIS και διηθητικό καρκίνο μπορεί να έχουν τη δυνατότητα να χρησιμεύσει ως βιοδείκτες για την έγκαιρη ανίχνευση

Παράθεση:. Lonergan KM, Chari R, Coe BP, Wilson IM, Τσάο MS, Ng RT, et al. (2010) μεταγραφικό προφίλ των Καρκίνωμα-in-situ και Επεμβατική μη-μικροκυτταρικό καρκίνο του πνεύμονα όπως αποκαλύφθηκε από SAGE. PLoS ONE 5 (2): e9162. doi: 10.1371 /journal.pone.0009162

Συντάκτης: Eric J. Bernhard, Εθνικό Ινστιτούτο Καρκίνου, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 4 Οκτωβρίου 2009? Δεκτές: 7 του Ιανουαρίου, 2010? Δημοσιεύθηκε: 11 Φεβρουαρίου 2010

Copyright: © 2010 Lonergan et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Χρηματοδότηση:. Αυτό το έργο υποστηρίχθηκε από τη χρηματοδότηση από Genome Canada /Γονιδιώματος βρετανική Κολομβία, καναδική Εταιρεία Καρκίνου Ινστιτούτο Έρευνας (CCS # 20485) και τις καναδικές Ινστιτούτο Υγείας του Καναδά (MOP200113 και MOP 86.731). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

ο καρκίνος του πνεύμονα εκτιμάται ότι θα προκαλέσουν το υψηλότερο ποσοστό θνησιμότητας από καρκίνο στις Ηνωμένες Πολιτείες το 2009 [1]. Μοριακή-στοχευμένες θεραπείες κατευθύνονται προς οδούς μεταγωγής σήματος που δραστηριοποιούνται στον κυτταρικό πολλαπλασιασμό, διαφοροποίηση, την απόπτωση και την αγγειογένεση, έχουν χρησιμοποιηθεί στη θεραπεία του μη μικροκυτταρικού καρκίνου του πνεύμονα (NSCLC), αλλά με ποικίλες και συχνά απογοητευτικά αποτελέσματα [2], [ ,,,0],3], [4], [5], [6]. Καθώς η ταυτόχρονη στόχευση πολλαπλών οδών σηματοδότησης έχει δείξει βελτιώσεις στην κλινική ανταπόκριση [6], περαιτέρω γνώση των βιολογικών οδών που εμπλέκονται στην ανάπτυξη του καρκίνου του πνεύμονα, σε συνδυασμό με την αναγνώριση των παρεκκλίνοντα εκφρασμένων γονιδίων εντός αυτών των οδών, θα αναμενόταν να διευκολύνει την ανάπτυξη νέων θεραπευτικών παρεμβάσεων [7], [8].

Καρκίνωμα-in-situ (CIS) του πνεύμονα, είναι preinvasive αλλοιώσεις του πλακώδους NSCLC, συχνά συνδέονται με την ιστολογική, κυτταρολογικές, και γενετικών ανωμαλιών, και την εξέλιξη σε διηθητικό καρκίνο τυπικά ακολουθεί [9], [10], [11], [12]. Δεδομένου ότι αυτές οι αλλοιώσεις λεπτό είναι άριστα ορατές στους κεντρικούς αεραγωγούς με φθορίζουσα βρογχοσκόπηση ή LIFE (πνεύμονα-απεικόνισης φθορισμού ενδοσκόπηση) [13], [14], πειραματικές και κλινικές μελέτες είναι σπάνιες (Σχήμα 1). Παρά το γεγονός ότι έχουν πολλές έκφρασης προφίλ μελέτες που έχουν αναφερθεί για προχωρημένους όγκους σταδίου του πνεύμονα [15], [16], τα πρώτα στάδια (CIS και τοπικά επεμβατική) βλάβες παραμένουν σε μεγάλο βαθμό ανεξερεύνητες. Μοριακή γενετική ανάλυση των preinvasive βλάβες, απαλλαγμένη από το θόρυβο του περιβάλλοντος που συνδέονται με κοινά μελετηθεί προχωρημένους όγκους, είναι απαραίτητη για τον προσδιορισμό των βασικών γονιδίων και των αντίστοιχων μοριακών οδών που στηρίζεται στις αρχές γεγονότα στο νεοπλασματικό μετασχηματισμό και την ανάπτυξη του καρκίνου. Η κατανόηση αυτών των πρώτων εκτροπές είναι απαραίτητη για την έγκαιρη θεραπευτική παρέμβαση αυτή την καταστροφική ασθένεια.

Η βρογχοσκόπηση με τη χρήση Α λευκού φωτός για την ανίχνευση της ΚΑΚ βλαβών (υποδεικνύεται από το βέλος), ή Β LIFE (πνεύμονα-φανταστείτε φθορισμού ενδοσκόπηση ) για την ανίχνευση του CIS αλλοιώσεων (υποδεικνύεται από το βέλος). ενότητα Γ ιστολογική ταυτοποίηση ενός CIS βλάβη εντός του βρογχικού επιθηλίου, που χαρακτηρίζεται από εκτεταμένη πλακώδη διαστρωμάτωσης.

Η

μελέτες γονιδιακής έκφρασης μεγάλης κλίμακας απασχολούν συχνά τεχνολογίες μικροσυστοιχιών. Πρόσφατες μελέτες τονίζουν την αξία της tailor-made συστοιχίες, με την επιλογή στόχων με βάση την προηγούμενη γνώση της γονιδιακής έκφρασης, ώστε να αντικατοπτρίζει με μεγαλύτερη ακρίβεια το μεταγραφικό του ιστού του ενδιαφέροντος? ειδικώς εφαρμόζεται στην μελέτη των NSCLC [17]. SAGE (σειριακή ανάλυση της γονιδιακής έκφρασης) προσφέρει μια σειρά που βασίζεται, μη προκατειλημμένη προσέγγιση για την ολοκληρωμένη ανάλυση μεταγραφικό, χωρίς προηγούμενη γνώση της έκφρασης απαιτείται [18]. Επιπλέον, πληροφορίες που προκύπτουν από την ανάλυση SAGE πιθανώς συμβάλλει στο σχεδιασμό της πιο κατάλληλης μικροσυστοιχίες για εστιασμένη έρευνα και διαγνωστικούς σκοπούς.

Σε προηγούμενη μελέτη, περιέγραψε τις transcriptomes του βρογχικού επιθηλίου καπνό καταστραφεί και πνευμονικό παρέγχυμα μέσω της SAGE [19]. Εδώ επεκτείνουμε την ανάλυσή μας στην ανεξερεύνητη preinvasive στάδιο στην ανάπτυξη του καρκίνου του πνεύμονα, και να παρουσιάσει την πρώτη έκθεση της μεγάλης κλίμακας προφίλ έκφρασης του καρκινώματος-in-situ του πνεύμονα. Επιπλέον, περιγράφουμε transcriptomes για διηθητικό καρκίνωμα πλακωδών κυττάρων (SCC), και προκαρκινικών μεταπλαστικού και των δυσπλαστικών (PC) βλάβες, που προέρχονται από την κατασκευή και ανάλυση των πολλαπλών βιβλιοθηκών SAGE, με αποκορύφωμα μεγαλύτερη από 22 μεγαβάσεων των πληροφοριών ακολουθίας. Μέσω της χρησιμοποίησης του

Ingenuity Pathway Analysis

, έχουμε εντοπίσει γονίδια που σχετίζονται με επιδερμικό ανάπτυξη και ξενοβιοτικών μεταβολισμός /αποτοξίνωση ως συστατικά του CIS αλλοιώσεων, και τα γονίδια που σχετίζονται με ανοσολογική αντίδραση και ιστού αναδιαμόρφωση /ίνωση ως συστατικά του διηθητικού SCC. Επιπλέον, βρήκαμε τα γονίδια που συνδέονται με την βλεννοκροσσωτή διαφοροποίηση πρέπει να ρυθμίζεται προς τα κάτω και στις δύο ΚΑΚ και PC βλάβες. Συζητάμε την πιθανή σημασία αυτών των μεταγραφικών ανωμαλίες στα πρώτα στάδια της ανάπτυξης του καρκίνου του πνεύμονα, και να παρουσιάσει μια άποψη της ΚΑΚ μεταγραφικό προηγουμένως άγνωστη.

Υλικά και Μέθοδοι

Δήλωση Ηθικής

η μελέτη εγκρίθηκε από το Πανεπιστήμιο της βρετανικής Κολομβίας-British Columbia Cancer Agency του Διοικητικού συμβουλίου Δεοντολογίας Έρευνας (UBC-BCCA REB). Γραπτή συγκατάθεση λήφθηκε από όλα τα μαθήματα.

Δείγματα

βρογχικά επιθηλιακά (BE) βούρτσισμα δείγματα που περιγράφηκε προηγουμένως [19]. Βιοψία δείγματα περιλαμβάνονται προκαρκινικές (PC) αλλοιώσεις (μεταπλασία, δυσπλασία), καρκίνωμα-in-situ (CIS) αλλοιώσεις, και διηθητικό καρκίνωμα πλακωδών κυττάρων (SCC) ιστό του όγκου. PC και δείγματα CIS ελήφθησαν με αυτοφθορίζοντα βρογχοσκόπηση (Εικόνα 1). Όλες οι βιοψίες (εκτός από εκείνες που χρησιμοποιούνται στην κατασκευή βιβλιοθηκών CIS-3, SCC-5, και SCC-6) συλλέχθηκαν σε RNA

αργότερα

® [Applied Biosystems (Ambion Inc., Canada)] και αποθηκεύεται στους – 85 ° C. Η βιοψία που χρησιμοποιείται στην κατασκευή της βιβλιοθήκης CIS-3 ήταν ενσωματωμένο σε μέσα ΥΧΕ, και αποθηκεύτηκαν στους -85 ° C. Για την κατασκευή των βιβλιοθηκών SCC-5 και SCC-6, RNA απομονώθηκε από ιστό όγκου από οκτώ άτομα με γουανίδιο ισοθειοκυανική και εκχύλιση με φαινόλη /χλωροφόρμιο. Όλα τα θέματα που συμβάλλουν σε αυτή τη μελέτη ήταν είτε πρώην ή νυν καπνιστές (Πίνακας 1).

Η

SAGE βιβλιοθήκη κατασκευών και της μεταποίησης ακολουθία

Με την εξαίρεση της κατασκευής των βιβλιοθηκών SCC-5 και SCC -6, κάθε δείγμα (βιοψία ή βρογχικό βούρτσισμα όπως περιγράφηκε προηγουμένως [19]) ανακτήθηκε από RNA

αργότερα

® (ή την ΥΧΕ για τη βιβλιοθήκη CIS-3), και ομογενοποιείται σε λύσεως /διάλυμα πρόσδεσης. Για βιβλιοθήκες SCC-5 και SCC-6, το RNA συνενώθηκαν από τέσσερα δείγματα σε ίση ποσότητα, και ~ 19 μg ολικού RNA βυθίστηκαν σε λύσεως /διάλυμα πρόσδεσης και χρησιμοποιήθηκε για την κατασκευή της κάθε βιβλιοθήκης. Τα προκύπτοντα προϊόντα λύσης χρησιμοποιήθηκαν άμεσα για την κατασκευή της βιβλιοθήκης SAGE σύμφωνα με το πρωτόκολλο MicroSAGE, χρησιμοποιώντας το

NLA

III ως ένζυμο αγκίστρωσης και

Bsm

FI ως το ένζυμο tagging (www.ncbi.gov/SAGE ). Αυτή η προσέγγιση αποδείχθηκε να αποδώσει πολύ επαναλήψιμα βιβλιοθήκες SAGE [19]. Κατά μέσο όρο, 10

5 ετικέτες SAGE, εκτός συνδετήρα και εις διπλούν διπλές ετικέτες, αναλύθηκαν κατά την αλληλουχία ανά βιβλιοθήκη? όλα τα δεδομένα των πρώτων SAGE έχει κατατεθεί GEO (Πίνακας 1). Για εξομάλυνση, μετράει ετικέτα κλιμακώθηκαν σε 10

6 tags για κάθε βιβλιοθήκη, δηλαδή ως ετικέτες ανά εκατομμύριο (TPM).

Cluster ανάλυση

Για την αξιολόγηση του βαθμού ομοιότητας μεταξύ του πνεύμονα SAGE βιβλιοθήκες που δημιουργούνται σε αυτή τη μελέτη (δύο βιβλιοθήκες PC, πέντε βιβλιοθήκες της ΚΑΚ και έξι επεμβατική SCC βιβλιοθήκες) και εκείνων που παράγονται σε μια προηγούμενη μελέτη (14 BE βιβλιοθήκες, καθώς και δύο βιβλιοθήκες πνευμονικού παρεγχύματος), χρησιμοποιήθηκε η ανάλυση διασποράς. Για την ανάλυση αυτή, οι 300 πιο άφθονες ετικέτες κρατήθηκαν από κάθε βιβλιοθήκη, δίνοντας μια νέα λίστα των 1128 μοναδικές ετικέτες. Τα δεδομένα στη συνέχεια συνδεθείτε

10 μεταμορφωθεί και συγκεντρωμένα χρησιμοποιώντας το

Genesis

, χρησιμοποιώντας έναν αλγόριθμο μέση-σύνδεση και Ευκλείδεια μετρική απόστασης [20]. Για ετικέτες με μετρήσεις του μηδέν, τα δεδομένα δεν μετασχηματίστηκε, και διατηρήθηκε ως μηδέν.

Η διαφορική έκφραση ανάλυση

Εκτός αν ορίζεται διαφορετικά, διαφορική γονιδιακή έκφραση ορίστηκε από μια ελάχιστη τρεις φορές διαφορά (με στρογγυλοποίηση σε ένα δεκαδικό ψηφίο) σε μέσο κανονικό μετράει ετικέτα (TPM) μεταξύ δύο συνόλων δεδομένων που συγκρίνονται. Επιπλέον, ένα ελάχιστο μέσο κανονικό καταμέτρηση ετικέτα των 40 TPM όφειλε στην υπερεκφράζουν σύνολο δεδομένων. Tag-προς-γονίδιο χαρτογράφηση ήταν σύμφωνα με τη βάση δεδομένων SAGE Genie, 17 του Σεπτεμβρίου του 2009 έκδοση [21] (cgap.nci.nih.gov/SAGE). Δεδομένου ότι η πιο πρόσφατη έκδοση του SAGE Genie δεν ευθυγραμμίζεται αυτόματα στο μιτοχονδριακό μεταγραφές, χρησιμοποιήσαμε ένα εγχειρίδιο προσέγγιση χαρτογράφηση να εντοπίσει αυτές τις μεταγραφές.

Η ανάλυση των δεδομένων

Σύνολα Δεδομένων των διαφορικά εκφρασμένων γονιδίων αναλύθηκαν κυρίως μέσω της χρήση του

Ingenuity Ανάλυση Διαδρομή

(IPA), έκδοση 8.0 (Ingenuity® Systems, www.ingenuity.com).

Λειτουργική ανάλυση του συνόλου των συνόλων δεδομένων

προσδιορίσει τις βιολογικές λειτουργίες ή /και ασθένειες που ήταν πιο σημαντικό στο σύνολο δεδομένων. Γονίδια από το σύνολο δεδομένων που σχετίζονται με τις βιολογικές λειτουργίες ή /και ασθενειών στην Ingenuity Μονοπάτια της Γνωσιακής Βάσης της ελήφθησαν υπόψη για την ανάλυση (IPA επιλέξιμες χαρτογραφηθεί IDs).

Η Canonical ανάλυση μονοπάτι ολόκληρων συνόλων δεδομένων

προσδιορίζονται τα μονοπάτια από τη βιβλιοθήκη του ΜΠΒ των κανονικών μονοπατιών που ήταν πιο σημαντικό στο σύνολο δεδομένων, με βάση τα γονίδια εντός του συνόλου δεδομένων που σχετίζονται με ένα κανονικό μονοπάτι στο Ingenuity Pathways Γνωσιακής Βάσης.

ανάλυση λίστα τοξικότητα ολόκληρων συνόλων δεδομένων

προσδιόρισε τις λίστες Τοξ από τη βιβλιοθήκη του ΜΠΒ των καταλόγων Tox που ήταν πιο σημαντικό στο σύνολο δεδομένων. Γονίδια από το σύνολο δεδομένων που σχετίζονται με μια Λίστα θεωρήθηκαν για την ανάλυση. Για κάθε μία από αυτές τις αναλύσεις, η σημασία της σύνδεσης μεταξύ των γονιδίων στο σύνολο δεδομένων και της ανάθεσης βιολογική λειτουργία και /ή ασθένειας /κανονικό μονοπάτι κατάλογο /τοξικότητα, μετρήθηκε με το Fischer exact test για να υπολογίσει μια τιμή p για να καθορίσει την πιθανότητα ότι ο Σύνδεσμος εξηγήθηκε από τύχη και μόνο. ​​

μου Pathways

είναι μια γραφική αναπαράσταση των βιολογικών σχέσεων μεταξύ των γονιδιακών προϊόντων, τα οποία υποστηρίζονται από τουλάχιστον μία αναφορά από τη βιβλιογραφία, από ένα βιβλίο, ή από την κανονική πληροφορίες που είναι αποθηκευμένες στο Ingenuity Pathways Γνωσιακής Βάσης. Τα γονίδια εμφανίζονται με διάφορα σχήματα που αντιπροσωπεύουν την λειτουργική κατηγορία του γονιδιακού προϊόντος, όπως αναφέρεται στο θρύλο μέσα στα συγκεκριμένα στοιχεία.

απομόνωση RNA από κλινικά δείγματα

Για την ποσοτική ανάλυση RT-PCR, RNA από συμφωνημένα όγκου και φυσιολογικών πνευμονικού παρεγχύματος συλλέχθηκαν από εκτομή ιστούς. Εν συντομία, πολλαπλά τμήματα του κάθε όγκου κόπηκαν, με την πρώτη και την τελευταία σε μια σειρά χρωματίστηκαν με Η &? Ε για επιθεώρηση από έναν παθολόγο πνεύμονα. Μετά την επιβεβαίωση της διάγνωσης και αξιολόγησης ετερογένεια των όγκων με κριτική παθολογία, εμείς δεν σταματούν εκείνα τα τμήματα του όγκου που έχει τουλάχιστον 70% των καρκινικών κυττάρων. RNA εκχυλίστηκε από τα δύο μικροδιατομή ιστό όγκου και από τα συνδεδεμένα με φυσιολογικό ιστό του

RNeasy

κιτ (Qiagen, Mississauga, ΟΝ, Canada). Συνολικά, το RNA από δείγματα παρέγχυμα εννέα ζεύγη όγκου και φυσιολογικών χρησιμοποιήθηκε για ανάλυση RT-PCR. Επιπλέον, RNA εκχυλίστηκε όπως περιγράφηκε προηγουμένως [19], από έξι βρογχικό αποξέσματα αντιπροσωπεύουν τρία ρεύμα και τρεις πρώην καπνιστές, για ποσοτική ανάλυση RT-PCR.

RT-PCR ανάλυση

Για την ποσοτική RT-PCR (qPCR), περίπου 1 μg ολικού RNA μετατράπηκε σε cDNA χρησιμοποιώντας το υψηλής χωρητικότητας cDNA Archive kit (cat # 4322171, Applied Biosystems), και το γονίδιο-ειδική ποσοτική PCR εκτελέστηκε χρησιμοποιώντας TaqMan καθολική PCR Master Mix και εκκινητές TaqMan (cat # 4326708? Applied Biosystems), σύμφωνα με τις συστάσεις του κατασκευαστή. Βήτα-ακτίνη χρησιμοποιήθηκε ως ενδογενής έλεγχος (κωδικός εκκινητής προϊόν 4352935E). κωδικοί Primer προϊόν για τα γονίδια δοκιμή ήταν ως ακολούθως: ECE2 (Hs00981189_g1), MAGEA9 (Hs00245619_s1), MAGEA11 (Hs00377815_m1), CLDN1 (Hs00221623_m1), CKS1B (Hs01029137_g1), POSTN (Hs00170815_m1), ARTN (Hs00754699_s1), SFRP2 (Hs00293258_m1), UBE2S (Hs00819350_m1), C19orf48 (Hs00364147_m1), FBXO27 (Hs00381091_m1), MCM2 (Hs00170472_m1), NTS (Hs00175048_m1), SLC6A8 (Hs00373917_g1), και SLC2A1 (Hs00197884_m1, Hs00892681_m1). Οι αντιδράσεις έτρεξαν σε ένα iCycler iQ Real-Time PCR Detection System (Bio-Rad Laboratories (Καναδάς) Ltd., Mississauga, ON, Καναδάς). Η διαφορική έκφραση προσδιορίστηκε χρησιμοποιώντας τη μέθοδο CT δέλτα-δέλτα. Για τους όγκου κανονικές ζεύγη /παρέγχυμα, πολλαπλές μεταβολές υπολογίστηκαν για κάθε ζεύγος. Κατά τη σύγκριση των όγκων στα βουρτσίσματα, φορές μεταβολών υπολογίστηκαν συγκρίνοντας κάθε όγκου με τη μέση έκφραση των ΒΕ δειγμάτων έξι. Ο μέσος όγκος πάνω από την κανονική αλλαγή του παρεγχύματος φορές και το μέσο όρο του όγκου να είναι πάνω φορές αλλαγή αναφέρονται για κάθε γονίδιο.

δοσολογία Gene αποφασιστικότητα

Καρκίνωμα-in-situ δείγματα που χρησιμοποιούνται για αντιγραφή αριθμού προφίλ ήταν συλλέγονται σε 10% ρυθμισμένη φορμαλίνη. Μικροανατομίας διεξήχθη επί τομών παραφίνης για να ληφθούν τα καρκινικά κύτταρα. Τυπικά μεγαλύτερη από 20 σειριακές τομές ήταν απαραίτητες για να αποδώσει επαρκές υλικό. DNA απομονώθηκε από συλλεχθέντα κύτταρα με πρωτεϊνάση Κ εκχύλιση με φαινόλη /χλωροφόρμιο όπως περιγράφηκε προηγουμένως [22]. Ολόκληρο το γονιδίωμα πλακάκια array CGH μονοπάτι ανάλυση πραγματοποιήθηκε με τη χρήση του SMRT σειρά έκδοση 2 όπως περιγράφηκε προηγουμένως [23], [24]. Αυτή η πλατφόρμα είναι κατάλληλη για προφίλ σταθεροποιημένων με φορμαλίνη ενσωματωμένα σε παραφίνη υλικό [22], [23], [25], [26], [27], [28], [29], [30]. Γονιδίωμα του κατακερματισμού και την κατάσταση του αριθμού αντιγράφων πραγματοποιήθηκε με τη χρήση aCGH-Ομαλή σε δεδομένα συστοιχία εικόνα και οπτικοποιούνται χρησιμοποιώντας το λογισμικό SIGMA [31], [32], [33], [34]. στοιχεία πίνακα απώλεια είχαν ανατεθεί μια τιμή -1, διατήρησε στοιχεία την τιμή 0, και κέρδισε τα στοιχεία την τιμή 1. Είκοσι δείγματα ΚΑΚ είχαν προφίλ στο σύνολο, και ένα κατώτατο όριο για την ειδική γονιδιακή αριθμού αντιγράφων κέρδος /ζημία ορίστηκε σε 20 %. Το όριο του 20% επιβλήθηκε σε μια προσπάθεια να μειώσει την ανίχνευση ψευδή ή τυχαία γεγονότα λόγω φόντο γενωμική αστάθεια εγγενείς στα δείγματα, και με αυτόν τον τρόπο την επιλογή για εκείνα τα γεγονότα που συμβαίνουν με κάποιο βαθμό κανονικότητας.

Δημόσια μικροσυστοιχιών συγκρίσεις των δεδομένων

δεδομένα έκφρασης μικροσυστοιχιών για 53 πρωτογενών όγκων πλακωδών ανακτήθηκε από τον καρκίνο του πνεύμονα συνόλου δεδομένων σε NCBI, GEO αριθμό ένταξης GSE3141 [35]. δεδομένα έκφρασης μικροσυστοιχιών για 67 βρογχικό βουρτσίσματα ανακτώνται από ένα μικτό πληθυσμό των νυν και πρώην καπνιστές, είχε προφίλ εσωτερικά. Όλα τα δεδομένα μικροσυστοιχιών ήταν RMA ομαλοποιημένη [36].

Αποτελέσματα και Συζήτηση

SAGE προσφέρει μια αμερόληπτη και περιεκτική προσέγγιση για την έκφραση προφίλ, περιορίζεται μόνο από το βάθος της αλληλουχίας που επιλέγεται από τον ερευνητή, και προσφορές μια άνευ προηγουμένου ευκαιρία για την μεταγραφή ανακάλυψη. Αυτό έρχεται σε έντονη αντίθεση με ανάλυση μικροσυστοιχιών, όπου προφίλ έκφρασης και το πεδίο της ανάλυσης είναι προκαθορισμένη από το σχεδιασμό στόχος τυπικά χρησιμοποιεί έναν περιορισμένο αριθμό από τους συνηθέστερα χαρακτηρίζεται από γονίδια [17]. Σε προηγούμενη μελέτη, περιέγραψε τις transcriptomes του βρογχικού επιθηλίου καπνό καταστραφεί και πνευμονικό παρέγχυμα μέσω της SAGE [19]. Εδώ επεκτείνουμε την ανάλυσή μας με την σε μεγάλο βαθμό ανεξερεύνητη περιοχή της ανάπτυξης πρώιμου σταδίου καρκίνου του πνεύμονα, και να παρουσιάσει την πρώτη έκθεση της μεγάλης κλίμακας προφίλ γονιδιακής έκφρασης του καρκινώματος-in-situ (CIS) του πνεύμονα. Η κατανόηση της μοριακής γενετικής που διέπουν τα preinvasive στάδια είναι κρίσιμη για τη διευκόλυνση της έγκαιρης ανίχνευσης και άμεση θεραπευτική παρέμβαση πριν εξέλιξης σε διηθητικό καρκίνο ακολουθεί. Στην παρούσα μελέτη, παρουσιάζουμε μια συγκριτικές αναλύσεις, με έμφαση στα γονίδια υπερ-εκφράζονται σε CIS και επεμβατική transcriptomes καρκίνο, σε σχέση με μη καρκινικές transcriptomes του πνεύμονα, συμπεριλαμβανομένου του βρογχικού επιθηλίου (BE), και προκαρκινικές αλλοιώσεις (PC: πλακώδη μεταπλασία και δυσπλασία).

Είκοσι επτά βιβλιοθήκες πνεύμονα SAGE αποτελείται από 3.997.729 σύνολο ετικετών αλληλουχίας (~ 40 μεγαβάσεων αλληλουχίας DNA υψηλής ποιότητας) αναλύθηκαν σε αυτή τη μελέτη. Η κανονική πνευμονική εκπροσωπείται από 14 βρογχικών επιθηλιακών βιβλιοθήκες (ΒΕ-1 έως ΒΕ-14) [19], [37]. στάδιο προκαρκινικών εκπροσωπείται από δύο βιβλιοθήκες που προέρχονται από πλακώδη μεταπλασία (Met) και πλακώδους δυσπλασία (Dys). Πλακώδες καρκίνωμα του πνεύμονα αντιπροσωπεύεται από πέντε καρκίνωμα in-situ βιβλιοθήκες (CIS-1 έως CIS-5), και έξι βιβλιοθήκες διηθητικό καρκίνωμα (SCC-1 έως SCC-6) (περιγράφεται λεπτομερώς στον πίνακα 1 και Πίνακας 2). (Σημειώνεται ότι τα δείγματα που περιλαμβάνουν το ΒΕ, PC, CIS, και SCC σύνολα δεδομένων ήταν από ένα μικτό πληθυσμό των νυν και πρώην καπνιστές.) Αυτά τα δεδομένα εντόπισε μεγαλύτερη από 129.000 μοναδικές ετικέτες σειρά /εν δυνάμει μεταγραφές στην ΚΑΚ βλάβες, και σχεδόν 140.000 μοναδικές ετικέτες σειρά /εν δυνάμει μεταγραφές στην επεμβατική πλακώδες NSCLC.

Η

ανάλυση από τις κορυφαίες 300 πιο άφθονα ετικέτες στην ΒΕ, ΚΑΚ και SCC SAGE σύνολα δεδομένων

Cluster ανάλυση.

Cluster ανάλυση απέδωσε την αναμενόμενη ομαδοποίηση των βιβλιοθηκών SAGE, που βεβαιώνουν να δοκιμάσετε την ποιότητα. Για την ανάλυση αυτή, οι 300 πιο άφθονες ετικέτες κρατήθηκαν από κάθε βιβλιοθήκη, δίνοντας μια νέα λίστα των 1128 μοναδικές ετικέτες. ανάλυση Μέσο σύνδεσης ομαδοποίηση με βάση τα 1128 πιο άφθονο ετικέτες SAGE, αποκαλύπτει ότι όλες οι βιβλιοθήκες καρκίνου (τόσο CIS και επεμβατικές SCC) σύμπλεγμα μαζί, και ξεχωριστά από την ΒΕ βιβλιοθήκες (Σχήμα 2Α). Σημειώνουμε κάποια ομαδοποίηση των χωροκατακτητικών SCC βιβλιοθήκες (τέσσερις εκ των έξι). Παρόμοια ομαδοποίηση παρατηρείται κατά τη χρήση του top 500 ή πάνω από 1000 μοναδικές ετικέτες ανά βιβλιοθήκη (τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

Α. Cluster ανάλυση των βιβλιοθηκών του πνεύμονα SAGE. Όλες οι βιβλιοθήκες SAGE από αυτή τη μελέτη, συμπεριλαμβανομένων πέντε καρκίνωμα in-situ βιβλιοθήκες (CIS-1 έως CIS-5), έξι επεμβατική βιβλιοθήκες πλακώδες καρκίνωμα (SCC-1 έως SCC-6), ένα πλακώδους βιβλιοθήκη μεταπλασία (Met), και ένα πλακωδών βιβλιοθήκη δυσπλασία (Dys), καθώς και 14 βρογχικών επιθηλιακών βιβλιοθήκες (ΒΕ-1 έως ΒΕ-14), και δύο φυσιολογικά βιβλιοθήκες πνευμονικό παρέγχυμα SAGE (LP-1, LP-2? ένταξη GSE3708) που παράγεται σε μία προηγούμενη μελέτη [19 ], [37], αναλύθηκαν με ανάλυση διασποράς, χρησιμοποιώντας έναν αλγόριθμο μέσος-δεσμού. Οι top 300 πιο άφθονα ετικέτες κρατήθηκαν από κάθε βιβλιοθήκη, και η ανάλυση βασίστηκε σε 1128 μοναδικές ετικέτες στο σύνολο. Στο δενδρόγραμμα, μήκους υποκατάστημα αντιπροσωπεύει απόσταση. B-D. IPA λειτουργική ανάλυση από τα πιο άφθονα γονίδια των BE, ΚΑΚ, και επεμβατική σύνολα δεδομένων του καρκίνου. Tag-προς-γονίδιο αντιστοιχίσεις για τα κορυφαία 300 πιο άφθονο ετικέτες από τις BE, ΚΑΚ, και SCC σύνολα δεδομένων, χρησιμοποιήθηκαν για τα βασικά IPA ανάλυση, που αποτελείται από 220, 231, και 233 ΜΠΒ επιλέξιμες χαρτογραφηθεί ταυτότητες, αντίστοιχα. Τα τρία σύνολα δεδομένων εμφανίστηκαν μαζί χρησιμοποιώντας ΙΡΑ πυρήνα συγκρίσεις, και οι πέντε πιο σημαντικές λειτουργίες μέσα

φυσιολογικό σύστημα ανάπτυξης και λειτουργίας

φαίνονται για καθένα από τα τρία σύνολα δεδομένων. Τα δεδομένα στον Β ταξινομούνται σύμφωνα με την υψηλότερη σημασία στη ΒΕ, τα δεδομένα σε C ταξινομούνται σύμφωνα με την υψηλότερη σημασία της ΚΑΚ, και τα δεδομένα στην Α ταξινομούνται ανάλογα με υψηλότερη σημασία στην επεμβατική SCC. Η πορτοκαλί γραμμή δείχνει την οριακή τιμή της σημαντικότητας, προκαθοριστεί σε μια π-τιμή των 0,05. Για μια πλήρη λίστα των ετικετών /χαρτογραφηθεί αναγνωριστικά που χρησιμοποιούνται για την ανάλυση βλέπε πίνακα S1.

Η

Ingenuity ανάλυση μονοπατιού.

Για να χαρακτηρίσουμε και να συγκρίνουν τα βρογχικά επιθηλιακά και τον καρκίνο transcriptomes, εμείς υπολογιστικά μέσο κανονικό μετράει ετικέτα για BE (14 βιβλιοθήκες), το ΤΣΠ (5 βιβλιοθήκες), και επεμβατική SCC (6 βιβλιοθήκες) σύνολα δεδομένων, και στη συνέχεια να επιλεγεί η πιο άφθονη 300 μοναδικές ετικέτες από κάθε σύνολο δεδομένων για ανάλυση (Πίνακας S1). Ετικέτες χαρτογράφηση για τα γονίδια του μιτοχονδριακού κωδικοποιημένα και ριβοσωμικών γονιδίων πρωτεΐνης, βρέθηκαν σε παρόμοιες συχνότητες εντός των top 300 πιο άφθονο ετικέτες, σε όλες τις τρεις σύνολα δεδομένων της ΒΕ, CIS, και SCC, σε περίπου 8% και -18%, αντίστοιχα. Χρησιμοποιήσαμε το συστατικό πυρήνα ανάλυσης των

Ingenuity Ανάλυση Διαδρομή

(IPA) για την κατηγοριοποίηση αυτών των γονιδίων, σύμφωνα με βιολογικές λειτουργίες. Μόνο αυτά τα μόρια που έχουν τουλάχιστον μία λειτουργική σχολιασμό στο IPA Knowledge Base πληρούν τις προϋποθέσεις για την ανάλυση, και περιελάμβανε 220 (BE), 231 (CIS) και 233 (SCC) ΙΡΑ επιλέξιμα γονίδια. Αυτές οι αναλύσεις αποκαλύπτουν ότι τα γονίδια στην κατηγορία των

Μαλλιά και Ανάπτυξης του δέρματος και Λειτουργία

είναι ιδιαίτερα εκφράζονται στην ΚΑΚ μεταγραφικό σε σχέση με τα δύο να είναι και SCC, και τα γονίδια εντός των κατηγοριών των

Αιματολογικές Σύστημα Ανάπτυξη και Λειτουργία

και

ανοσοποιητικών κυττάρων Εμπορίας

είναι ιδιαίτερα εκφράζονται στο SCC μεταγραφικό σε σχέση με τα δύο να είναι και ΚΑΚ. Ως εκ τούτου, η υψηλή έκφραση των γονιδίων που σχετίζονται με την επιδερμική ανάπτυξη ταυτίζεται εδώ ως χαρακτηριστικό γνώρισμα της μεταγραφικό ΚΑΚ, και υψηλή έκφραση των γονιδίων που σχετίζονται με την κυτταρική κίνηση ως χαρακτηριστικό γνώρισμα της μεταγραφικό SCC. Δείτε το Σχήμα 2Β-D για μια σύνοψη αυτών των αναλύσεων.

Ένα αξιοσημείωτο χαρακτηριστικό των δύο ΚΑΚ και σύνολα δεδομένων SCC είναι η αφθονία των ετικετών χαρτογράφησης στην σταθερή περιοχή της βαριάς αλυσίδας της ανοσοσφαιρίνης. Στην πραγματικότητα, η ετικέτα SAGE για IGHG1 είναι το πιο άφθονο ετικέτα, τόσο της ΚΑΚ και τις επεμβατικές σύνολα δεδομένων του καρκίνου (Πίνακας S1). Αν και είναι πιθανό ότι η έκφραση αυτών των αλυσίδων ανοσοσφαιρίνης προέρχεται από τη διείσδυση λεμφικό ιστό και γύρω στρώμα, προηγούμενες μελέτες έχουν δείξει έκφραση της σταθερής βαριάς αλυσίδας και μεταβλητές περιοχές ανοσοσφαιρινών στα επιθηλιακά κύτταρα του καρκίνου του μαστού [38], [39], [40], και η έκφραση της IgG βαριών και ελαφριών αλυσίδων σε διάφορα επιθηλιακά καρκινικά κύτταρα του πνεύμονα συμπεριλαμβανομένων SCC [41]. Αυτές οι αλυσίδες ανοσοσφαιρίνης μπορεί να αντιπροσωπεύουν αυτοαντισώματα καρκινικών κυττάρων, και την τόνωση της ανάπτυξης στην αυτοκρινή /παρακρινή τρόπο [40]. Περιέργως, η αφθονία των ετικετών χαρτογράφησης για να ανοσοσφαιρίνης μεταγραφές βαρείας αλύσου σε CIS preinvasive βλάβες του πνεύμονα, σε αντίθεση με τη σχετικά χαμηλή ανίχνευση τόσο ΒΕ και προκαρκινικών μεταπλαστικών και δυσπλαστικών αλλοιώσεων (περιγράφεται λεπτομερώς στο επόμενοι πίνακες), δείχνει ότι πάνω ρύθμιση αυτών μεταγραφές μπορεί να έχουν σημασία για την έναρξη των NSCLC.

η γονιδιακή έκφραση αλλάζει κοινό σε καρκίνωμα-in-situ και προκαρκινικές αλλοιώσεις

η μετάβαση από ένα υγιές βρογχικό επιθήλιο σε διηθητικό καρκίνο είναι πιθανά να προχωρήσει μέσω της εξέλιξης της ιστολογικές και γενετικές ανωμαλίες: BE στον υπολογιστή για να ΚΑΚ να SCC, όπου Υ αντιπροσωπεύει προκαρκινικές αλλοιώσεις (πλακώδη μεταπλασία και δυσπλασία). Πλακώδη μεταπλασία είναι μια παροδική συστατικό της κανονικής επούλωση των πληγών του βρογχικού επιθηλίου, και συνήθως υποχωρεί σε νέα διαφοροποιημένα επιθήλιο αποτελείται από pseudostratified κροσσωτό και εκκριτικά κύτταρα, αποκαθιστώντας το βρογχικό λειτουργία [42]. (Η χρήση του όρου PC εδώ δεν συνεπάγεται υποχρεωτική εξέλιξης σε καρκίνο, αλλά μάλλον αναφέρεται σε βλάβες /ανωμαλίες που παρά σπάνια εξέλιξη σε καρκίνο, θεωρούνται ως πρόδρομοι για τον καρκίνο.) Αντίθετα, CIS βλάβες καταδεικνύουν μια χαμηλή συχνότητα παλινδρόμησης με υψηλή επίπτωση της εξέλιξης σε διηθητικό καρκίνο [43], [44] και χαρακτηρίζονται από μια εκτενέστερη διαστρωμάτωση των πλακωδών τύπων κυττάρων σε σύγκριση με το PC [9], [11], [12]. Με τον προσδιορισμό της γονιδιακής έκφρασης αλλάζει κοινά σε δύο PC και ΚΑΚ σε σχέση με την ΒΕ, έχουμε επικεντρωθεί σε αυτά τα γενετικά γεγονότα που συμβαίνουν νωρίς και παραμένουν μέσα σε CIS. Σύμφωνα με τα κριτήρια επιλογής μας (ελάχιστη τρεις φορές διαφορά στο μέσο κανονικό αφθονία ετικέτα? Ελάχιστο μέσο κανονικό αφθονία ετικέτα των 40 TPM στην υπερεκφράζουν σύνολο δεδομένων), 868 ετικέτες SAGE βρέθηκαν να είναι παρόμοια εκφράζονται διαφορικά σε PC και της ΚΑΚ σε σχέση με BE, που αποτελείται από 190 επάνω ρυθμισμένη ετικέτες, και 678 ρυθμισμένα προς τα κάτω ετικέτες (Σχήμα 3Α).

Κριτήρια για διαφορική έκφραση γονιδίου ορίστηκε ως ελάχιστος τρεις φορές διαφορά σε κανονικοποιημένη μέσες μετρήσεις ετικέτα, και με μια ελάχιστη μέση αφθονία ετικέτα των 40 TPM στα σύνολα δεδομένων που υπερεκφράζουν. Up-βέλη δείχνουν τις αλλαγές της γονιδιακής έκφρασης ρυθμίζεται προς τα πάνω? κάτω βέλη δείχνουν προς τα κάτω-ρυθμίζονται οι αλλαγές της γονιδιακής έκφρασης? αριθμητικές τιμές αναφέρονται στον αριθμό των διαφορικά εκφρασμένων ετικετών. Τομείς υποκλοπή αντανακλούν τις αλλαγές της γονιδιακής έκφρασης στα κοινά μεταξύ των δύο συνόλων δεδομένων. Α Έκφραση αλλαγές στο καρκίνωμα-in-situ και προκαρκινικές αλλοιώσεις σε σχέση με ΝΑ. Β αλλαγές έκφραση στον καρκίνο σύνολα δεδομένων σε σχέση με τα δύο βρογχικό επιθήλιο και προκαρκινικές σύνολα δεδομένων. BE: βρογχικά επιθηλιακά? PC: προκαρκινικά στάδια? ΚΑΚ: καρκίνωμα-in-situ? SCC:.. Διηθητικό καρκίνωμα των πλακωδών κυττάρων

Η

Up-ρυθμίζεται αλλαγές έκφρασης

Περίπου το 35% των ετικετών πάνω ρυθμισμένα σε CIS σε σχέση με BE (190 από 529 ετικέτες) ήταν βρέθηκε να είναι συνήθως πάνω ρυθμισμένα σε βλάβες PC, και περίπου το 25% των ετικετών πάνω ρυθμισμένα σε βλάβες PC σε σχέση με BE (190 από 754 ετικέτες) βρέθηκαν να είναι παρομοίως πάνω ρυθμισμένα σε CIS (Σχήμα 3Α). Βλέπε Πίνακα S2 για μια περιγραφή αυτών των ετικετών πάνω ρυθμισμένα σε PC και της ΚΑΚ. IPA λειτουργική ανάλυση (με βάση 143 επιλέξιμες χαρτογραφηθεί IDs) δείχνει ότι περίπου το 35% αυτών συνήθως πάνω ρυθμισμένα γονίδια που συνδέονται με την επιδερμική ανάπτυξη και συναφών διαταραχών, όπως περιγράφεται στον Πίνακα 3. Εκτός από αυτά τα γονίδια που περιγράφονται στον Πίνακα 3, μία ανασκόπηση της βιβλιογραφίας εντοπίστηκαν άλλων γονιδίων εντός του PC /CIS πάνω ρυθμισμένα σύνολο δεδομένων να συνδέεται με επιδερμική ανάπτυξη, συμπεριλαμβανομένης SBSN, CNFN, CRCT1, πρόσθετα μέλη της μικρής πλούσια σε προλίνη οικογένεια πρωτεϊνών (SPRR2E και SPRR3), και πρόσθετα μέλη του η οικογένεια S100A πρωτεϊνών δέσμευσης ασβεστίου. Πολλά από αυτά τα γονίδια είναι κωδικοποιημένα είτε εντός του συγκροτήματος επιδερμική διαφοροποίηση (EDC) τόπο επί 1q21 [45], [46] ή εντός ενός διατηρημένου locus σε 19q13 [47], και προσδιορίζει τα συστατικά του φακέλου κερατινοποιημένου κύτταρο, μια δομή που παρέχει φράγμα προστασίας για την επιδερμίδα και την εσωτερική επιθηλίου σε απάντηση σε προσβολή ή τραυματισμό [48], [49].

η

οδός IPA γραφική αναπαράσταση των γονιδίων κοινώς up-ρυθμίζονται στο ΤΣΠ και PC σε σχέση με νΑ, παρουσιάζεται στο Σχήμα 4. Λαμβάνοντας υπόψη τις μοριακές αλληλεπιδράσεις που προσδιορίζονται από το IPA, λειτουργικές ενώσεις μεταξύ των δεσμοσωμάτων καντερίνες και κατενίνες είναι εμφανή μέσα στο PC /CIS up-ρύθμιση του συνόλου δεδομένων. Δεσμοσώματα είναι διακυτταρικές συνδέσεις συγκόλλησης που παρέχει μηχανική ακεραιότητα στο επιθήλιο, και μελέτες δείχνουν ότι δεσμοσωμάτων καντερίνες ρυθμίζουν τη διαφοροποίηση των κερατινοκυττάρων και επιδερμικά μορφογένεση [50]. Η ανάλυση αυτή δείχνει επίσης ότι ένα καταρράκτη σηματοδότησης που προκαλούνται από τα μέλη της 14-3-3 οικογένειας πρωτεϊνών, μπορεί να είναι ενεργός εδώ. 14-3-3 σίγμα (SFN) μεσολαβεί διαφοροποίηση των κερατινοκυττάρων και διαστρωμάτωση της επιδερμίδας [51]. Το διάγραμμα μονοπάτι δείχνει επίσης ότι συγκεκριμένες πτυχές της κερατινοκυττάρων διαφοροποίησης τερματικό μπορεί να προκαλείται από τον παράγοντα μεταγραφής ΑΡ-1 FOSL2, που μπορεί να έχει ένα πρόσθετο ρόλο στην εξωκυττάρια μήτρα αναδιαμόρφωση. Πράγματι, FOSL2 έχει ταυτοποιηθεί ως διαμεσολαβητής της πνευμονικής ίνωσης [52]. Μια εξέταση των γονιδίων που σχετίζονται με την HIF1A μεταγραφικού παράγοντα στα PC /βλάβες ΚΑΚ, είναι ενδεικτικό μιας αναδιαμόρφωσης /ινωτικές απάντηση σε συνθήκες υποξίας ανάπτυξης [53], [54], [55]. Πράγματι, η λειτουργική διασύνδεση μεταξύ υποξία και ίνωση τεκμηριώνεται στην βιβλιογραφία [56], [57], [58]. Η έκφραση των άλλων γονιδίων που ταυτοποιούνται εδώ, όπως NCF1 (η ρυθμιστική υπομονάδα του ΝΑϋΡΗ οξειδάσης), και το αίμης καταβολικές ένζυμο HMOX1, είναι επίσης ενδεικτική μιας οξυγόνου που σχετίζονται με αντίδραση στο στρες και ιστού αναδιαμόρφωση /ίνωση [59], [60], [ ,,,0],61], [62]. Σημειώνεται ότι η επιπλέον ανάλυση ΙΡΑ προσδιορίζονται

Ηπατική Ίνωση /ηπατικών αστεροειδών κυττάρων Ενεργοποίηση

και

14-3-3 με τη μεσολάβηση σηματοδότησης

σημαντικές κατηγορίες στο

Canonical Pathways

, και προσδιορίζονται

Ηπατική Ίνωση

ως η σημαντικότερη κατηγορία στην

Τοξικότητα Λίστες

(τα δεδομένα δεν παρουσιάζονται).

155 γονίδια (IPA χαρτογραφηθεί IDs) αντιπροσωπεύονται από 190 SAGE ετικέτες επάνω -regulated στις δύο ΚΑΚ και τον υπολογιστή σε σχέση με την ΒΕ. (Βλέπε Πίνακα S2 για τα δεδομένα της ετικέτας.) Τα προϊόντα Gene τοποθετούνται σύμφωνα με υποκυτταρικό εντοπισμό. Μόνο απευθείας συνδέσεις (δηλαδή, άμεση φυσική επαφή μεταξύ δύο μορίων) μεταξύ των μεμονωμένων προϊόντων γονιδίων δείχνονται για λόγους σαφήνειας της παρουσίασης? γραμμές υποδεικνύουν αλληλεπιδράσεις δέσμευσης πρωτεΐνης-πρωτεΐνης, και τα βέλη αναφέρονται σε «πράξεις στο» αλληλεπιδράσεις όπως πρωτεόλυση, έκφραση, και η πρωτεΐνη-DNA /αλληλεπιδράσεις RNA. Τα γονίδια που σχετίζονται με την επιδερμική ανάπτυξη (βλέπε πίνακα 3) τόνισε.

Η

Πρόσθετες ανάλυση με Gene Ontology χρησιμοποιώντας το

ΣΥΓΚΕΝΤΡΩΣΗ

εργαλείο σχολιασμού [63], ομοίως αναγνωρισθεί επιδερμική ανάπτυξη ως σημαντική συνιστώσα της μεταγραφικό κοινώς up-ρυθμιζόμενων γονιδίων στο ΤΣΠ και PC βλάβες, σε σχέση με BE (Σχήμα S1 Α, Πίνακας S3).

αλλαγές έκφρασης Down-ρυθμίζεται.

η πλειοψηφία των ετικετών κατάντη ρυθμίζεται στο ΤΣΠ σε σχέση με νΑ, βρέθηκαν να είναι συνήθως κάτω-ρυθμίζονται σε βλάβες του υπολογιστή (678 ετικέτες από 904 ετικέτες), και το αντίστροφο (678 ετικέτες από 912 ετικέτες κάτω-ρυθμίζονται στο PC σε σχέση με το BE) (Εικόνα 3Α) .