Αφηρημένο

Ιστορικό

Η ανώμαλη μεθυλίωση της παγκόσμιας γονιδιώματος έχει ερευνηθεί ως προγνωστικός δείκτης σε διάφορες μορφές καρκίνου, αλλά τα αποτελέσματα είναι αμφιλεγόμενα και ασαφή.

Μέθοδοι και ευρήματα

Αυτή η μετα-ανάλυση παρουσιάζει συγκεντρωτικά τις εκτιμήσεις των αποδεικτικών στοιχείων που να διευκρινιστεί αυτό το θέμα. Ψάξαμε τις ηλεκτρονικές βάσεις δεδομένων: PubMed, Embase, ISI Web of Science και η βιβλιοθήκη Cochrane (μέχρι τον Αύγουστο του 2013) για τον εντοπισμό όλων των σχετικών μελετών. Η συσχέτιση μεταξύ του επιπέδου των δεικτών υποκατάστατα »του γονιδιώματος-ευρεία υπομεθυλίωσης (LINE-1, Alu και Sat-α) εξετάστηκε και η συνολική επιβίωση (OS) των ασθενών με καρκίνο. Επιπλέον, οι συγκεντρωτικές αναλογίες κινδύνου (HR) με διάστημα εμπιστοσύνης 95% τους (95% CI) υπολογίστηκαν για την εκτίμηση των επιδράσεων μέσω σταθερών επιδράσεων και τυχαίων δράσεων μοντέλο. Τέλος, είκοσι μελέτες με συνολικό πληθυσμό 5447 πληρούσαν τα κριτήρια ένταξης. Τα αποτελέσματα δείχνουν ότι τα συνοπτικά HR για τις μελέτες που χρησιμοποιούν LINE-1, Alu, και Sat-α επαναλαμβανόμενα στοιχεία δείχνουν επίσης ότι η παγκόσμια υπομεθυλίωσης DNA έχουν σημαντικές ανεπιθύμητες συνέπειες για την προγνωστική αξία του όγκου. Τα συγκεντρωτικά HRs (και ΚΠ) της LINE-1, Alu και Sat-α ήταν 1,83 (1,38 – 2,44), 2,00 (1,16 – 3,45), και 2,92 (01.04 έως 08.25), με δείκτη μέτρο ετερογένεια I

2 (και

σ

-τιμή) δείχνει 66.6% (

σ

= 0,001), 57,1% (

σ

= 0,053) και 68,2% (

p

= 0.076) αντίστοιχα. Η ανάλυση μετα-παλινδρόμησης και υποομάδας έδειξε ότι το ποσοστό των μεθυλιωμένος δείγματος των ασθενών με καρκίνο είναι μια πηγή της ετερογένειας.

Συμπέρασμα

ευρήματα μετα-ανάλυσή μας υποστηρίζουν την υπόθεση ότι η υπομεθυλίωση παγκόσμια DNA είναι συνδέεται με μια επιζήμια πρόγνωση σε ασθενείς με όγκο

Παράθεση:. Li J, Huang Q, Zeng F, Λι W, Ο Ζ, Chen W, et al. (2014) Η προγνωστική αξία της Global DNA υπομεθυλίωσης στον Καρκίνο: μια μετα-ανάλυση. PLoS ONE 9 (9): e106290. doi: 10.1371 /journal.pone.0106290

Επιμέλεια: Surinder Κ Batra, Πανεπιστήμιο της Νεμπράσκα Ιατρικό Κέντρο, Ηνωμένες Πολιτείες της Αμερικής

Ελήφθη: 12, Μαρτίου 2014? Αποδεκτές: 29 Ιούλη 2014? Δημοσιεύθηκε: 3 Σεπτεμβρίου 2014

Copyright: © 2014 Li et al. Αυτό είναι ένα άρθρο ανοικτής πρόσβασης διανέμεται υπό τους όρους της άδειας χρήσης Creative Commons Attribution, το οποίο επιτρέπει απεριόριστη χρήση, τη διανομή και την αναπαραγωγή σε οποιοδήποτε μέσο, ​​με την προϋπόθεση το αρχικό συγγραφέα και την πηγή πιστώνονται

Δεδομένα Διαθεσιμότητα:. Η συγγραφείς επιβεβαιώνουν ότι όλα τα δεδομένα που διέπουν τα ευρήματα είναι πλήρως διαθέσιμα χωρίς περιορισμούς. Όλα τα στοιχεία που περιλαμβάνονται στο έγγραφο

Χρηματοδότηση:. Το ερευνητικό έργο χρηματοδοτήθηκε από το Εθνικό Ίδρυμα Φυσικών Επιστημών της Κίνας (81101562, 81273099), Θεμελιωδών Κονδυλίων Έρευνας για τις Κεντρικές Πανεπιστήμια (12ykpy13), Ίδρυμα Φυσικών Επιστημών του επαρχία Γκουανγκντόνγκ (S2012010009633), Επιστήμης και Τεχνολογίας Σχεδιασμού Έργου της επαρχίας Γκουανγκντόνγκ (2012B060300005), βασικό έργο της Guangzhou Ιατρική και Επιστημών Υγείας και Τεχνολογίας (20121A021018), το έργο για Key Ιατρικής Πειθαρχία Κατασκευή του Δήμου Guangzhou (2013-2015-07). Οι χρηματοδότες δεν είχε κανένα ρόλο στο σχεδιασμό της μελέτης, τη συλλογή και ανάλυση των δεδομένων, η απόφαση για τη δημοσίευση, ή την προετοιμασία του χειρογράφου

Αντικρουόμενα συμφέροντα:.. Οι συγγραφείς έχουν δηλώσει ότι δεν υπάρχουν ανταγωνιστικά συμφέροντα

Εισαγωγή

Ο καρκίνος είναι η κύρια αιτία θανάτου παγκοσμίως, αντιπροσωπεύοντας το 7,6 εκατομμύρια θανάτους (περίπου 13% του συνόλου των θανάτων) το 2008, και αυτός ο αριθμός αναμένεται να συνεχίσει να αυξάνεται σε περίπου 13,1 εκατ θανάτους το 2030 [1] . Η αξιόπιστη ταυτοποίηση των μοριακών προγνωστικών βιοδεικτών είναι σημαντική για τη διευκόλυνση της ορθολογικής επιλογής των πιθανών θεραπευτικών μεθόδων στη θεραπεία του καρκίνου και για τη βελτίωση της πρόγνωσης των ασθενών με καρκίνο [2] – [4].

Η μεθυλίωση του DNA είναι ένα επιγενετικό τροποποίηση συνεπάγεται ομοιοπολική προσθήκη μιας ομάδας μεθυλίου (CH

3) από το δότης μεθυλίου S-αδενοσυλμεθειονίνης (SAM) με τον άνθρακα 5-θέση του δακτυλίου πυριμιδίνης μιας βάσης κυτοσίνης και σχηματισμό 5-μεθυλοκυτοσίνη (5meC), τυπικά συμβαίνουν σε CpG δινουκλεοτίδιο περιβάλλοντα σε κύτταρα θηλαστικών. Αν και CpGs δυσανάλογα συμπυκνώθηκε σε εμπλουτισμένο περιοχές που αναφέρονται ως νησίδες CpG (CGIs), που τείνουν να διαφορικά βρίσκονται στις περιοχές προαγωγού των γονιδίων, 70-90% του συνόλου των CpGs στο ανθρώπινο γονιδίωμα είναι σε περιοχές μεγάλων επαναληπτικές αλληλουχίες (δηλαδή κεντρομεριδίων και στοιχεία ρετρομεταθετόνιου) και συνήθως μεθυλιώνεται υπό κανονικές συνθήκες [5]. Στη συνέχεια, το επίπεδο μεθυλίωσης των επαναληπτικών στοιχείων, συμπεριλαμβανομένων μακράς διάσπαρτες στοιχείο-1 (LINE-1), Alu στοιχείου (Alu), και Satellite-α (Sat-α), τα οποία αποτελούν το 11%, 17% και 4% του γονιδιώματος αντίστοιχα, και καλύπτουν πάνω από το 30% του συνόλου των CpG θέσεων στο γονιδίωμα, μπορεί να χρησιμεύσει ως υποκατάστατο δείκτες όπως το επίπεδο της μεθυλίωσης του DNA του γονιδιώματος σε επίπεδο [6].

με τις πρόσφατες εξελίξεις στον τομέα της υψηλής απόδοσης και υψηλής -Ανάλυση μέθοδοι για την ανάλυση μεθυλίωσης του DNA, όπως Pyrosequencing και λουμινομετρικές δοκιμασίες μεθυλίωσης (LUMAs), σε παγκόσμιο επίπεδο μεθυλίωσης του DNA ήταν πλήρως αναλυθεί σε διάφορους όγκους. Όλο και περισσότεροι ερευνητές διαπίστωσαν ότι το DNA υπομεθυλίωσης είναι αντιστρόφως συνδέονται με την πρόοδο του όγκου, μέσω της προώθησης της καρκινογένεσης με την αύξηση DNA ανασυνδυασμού ή από άμεσες και έμμεσες επιπτώσεις στην έκφραση των γονιδίων, όπως η υπερέκφραση ορισμένων αποτυπωμένα γονίδια, ενεργοποίηση γονιδίων που σχετίζονται με την εισβολή ή μετάσταση όγκου και έτσι στο [7]

Αν και πολλές μελέτες έχουν προσπαθήσει να αξιολογήσει την προγνωστική αξία του DNA υπομεθυλίωσης σε διάφορες μορφές καρκίνου, την αναγνώριση των αποτελεσμάτων παραμένει αμφιλεγόμενη και διφορούμενη ως εξής:. αρκετές μελέτες έχουν δείξει ότι η παγκόσμια υπομεθυλίωσης του DNA ήταν ένα προγνωστικό παράγοντα για την θλιβερή κατάληξη, άλλες μελέτες, ωστόσο, επέστησε την ευεργετική συμπεράσματα [8] – [10] ή δεν βρήκαν σημαντική συσχέτιση [8], [9], [11] – [14]. Για να διευκρινιστεί το ζήτημα αυτό, πραγματοποιήσαμε αυτή την μετα-ανάλυση για να εκτιμηθεί η προγνωστική αξία της παγκόσμιας γονιδιωματικής υπομεθυλίωσης σε διάφορους όγκους.

Υλικά και Μέθοδοι

κριτήρια

στρατηγική αναζήτησης και επιλογής

ακολουθήσαμε την κατευθυντήρια γραμμή της MOOSE (μετα-ανάλυση των μελετών παρατήρησης στην Επιδημιολογία) [15] και PRISMA (Preferred Πληροφόρησης Στοιχεία για συστηματικές ανασκοπήσεις και μετα-ανάλυση) [16] για τη διεξαγωγή συστηματικά και αναφέρετε αυτό το μετα-ανάλυση. Δύο κριτές (Jinhui Li και Qingyuan Huang) εκτελείται ανεξάρτητα μια συστηματική βιβλιογραφική έρευνα από τις παρακάτω ηλεκτρονικές βάσεις δεδομένων για τον εντοπισμό μελετών που αξιολόγησε την προγνωστική χρησιμότητα της παγκόσμιας DNA (συμπεριλαμβανομένων των υποκατάστατων δεικτών της: Alu, LINE-1 και Sat-α) υπομεθυλίωση σε ασθενείς με οποιοδήποτε τύπο των καρκινωμάτων χωρίς περιορισμό γλώσσας:. PubMed, Embase, ISI Web of Science και η βιβλιοθήκη Cochrane (τελευταία αναζήτηση ήταν τον Αύγουστο του 2013)

με βάση την Ιατρική θεματικές επικεφαλίδες (mesh) και των αντίστοιχων όρων αναζήτησης, στρατηγική έρευνας μας ήταν η εξής: (ολόκληρο το γονιδίωμα «DNA» Ή «LINE-1» ή «Sat-α» ή «Alu» ΚΑΙ «υπομεθυλίωση *») ΚΑΙ ( «πρόγνωση» [Mesh] Ή «ποσοστό επιβίωσης» [Mesh ] Ή «θνησιμότητα» [Mesh]) ΚΑΙ ( «όγκος» Ή «καρκίνος»). Κατά την ίδια περίοδο, έχουμε επίσης το χέρι έψαξε για αποσπάσματα από επιλεγμένα βιβλιογραφίες προσεκτικά για να εντοπίσει πρόσθετες μελέτες. Μόνο εκείνα τα έγγραφα περιορίζεται σε μελέτες σε ανθρώπους και δημοσιεύονται ως άρθρα πλήρους κειμένου στα αγγλικά ή στα κινέζικα συμπεριλήφθηκαν ως πρωταρχικό τους υποψηφίους. Επιπλέον, οι συγκεκριμένων μελετών που δεν περιορίζεται από το έτος δημοσίευσης

Το αρχικό σύνολο των κριτηρίων επιλεξιμότητας που εφαρμόστηκε ήταν η εξής:. (1) Τα άρθρα εκπροσωπούνται αρχική επιδημιολογικές μελέτες που αξιολόγησε το επίπεδο της παγκόσμιας υπομεθυλίωσης του DNA και αντίστοιχο πρότυπο cut-off της, συμπεριλαμβανομένων των υποκατάστατων δεικτών του (LINE-1, Alu, και Sat-α)? (2) Η έκβαση της συνολικής επιβίωσης (OS) που χρησιμοποιούνται στις μελέτες θα μπορούσε να γίνει αποδεκτή? (3) Οι μελέτες που αναφέρονται σε αναλογία κινδύνου (HR) και το αντίστοιχο διάστημα εμπιστοσύνης 95% (95% CI), άμεσα ή εφόσον η καμπύλη των σχετικών δεδομένων ή την επιβίωση, τα οποία μπορούμε να χρησιμοποιήσουμε για να εκτιμηθεί η ΥΕ και 95% CI? (4) Το μέγεθος του δείγματος της μελέτης ήταν υψηλότερη από τριάντα άτομα.

εξόρυξης δεδομένων και τη διαχείριση

Σχεδιάσαμε ένα τυποποιημένο έντυπο με τη βάση δεδομένων Access της σουίτας Microsoft Office που διευκόλυναν την εξαγωγή και εισαγωγή των τα δεδομένα σε ένα αντίστοιχο κενό οικόπεδο. Η βάση δεδομένων που χρησιμοποιείται για να καταγράψει την πιο σχετικά στοιχεία, τα οποία περιλαμβάνονται (1) τις γενικές πληροφορίες των μελετών (έτος δημοσίευσης, μέση ηλικία και την παρακολούθηση, τον αριθμό των ασθενών, ανιχνεύονται τα υλικά και τις μεθόδους, η θεραπεία χορηγείται, τύπους καρκίνου, και την αξιολόγηση βαθμολογία) και (2) οι ώρες και αντιστοιχεί το 95% πιστωτικών ιδρυμάτων για το λειτουργικό σύστημα των ασθενών με παγκόσμιο επίπεδο υπομεθυλίωση σε σύγκριση με τους ασθενείς χωρίς παγκόσμιο επίπεδο υπομεθυλίωση. Καθ ‘όλη τη διαδικασία, ένας συγγραφέας επανεξέταση (Jinhui Li) εξορύσσεται τα δεδομένα από τις μελέτες που περιλαμβάνονται και ενός άλλου συγγραφέα (Qingyuan Huang) ελέγχονται τα εξαγόμενα δεδομένα. Όλες οι δευτερεύουσες διαφορές επιλύθηκαν από συζητήσεις μεταξύ των συγγραφέων.

Οι μελέτες παρέχουν μονοπαραγοντική ή πολυπαραγοντική ανάλυση (ή και τα δύο) τα αποτελέσματα για την επιβίωση χρησιμοποιήθηκαν για να συγκεντρωθούν τα δεδομένα επιβίωσης. Όταν σχετικά δεδομένα δεν ήταν διαθέσιμα άμεσα από τις μελέτες, υπολογίσαμε την αντίστοιχη ΥΕ και 95% CI χρησιμοποιώντας τις έμμεσες μεθόδους που περιγράφονται από Tierney

et al

[17]. Η μέθοδος αυτή επιτρέπει τη χρήση των παραμέτρων δίνονται στις δημοσιεύσεις, όπως η στατιστική και η διακύμανση Ο.Ε., με τον αριθμό των ασθενών που παρουσίασαν ευεργετική ή επιβλαβής πρόγνωση και τη στατιστική log-rank ή του

σ

-τιμή για την εκτίμηση ο ΥΕ και η διακύμανση της, χρησιμοποιώντας τις καθιερωμένες φόρμουλες. Αν τα χειρόγραφα που προσφέρονται μόνο την καμπύλη επιβίωσης, χρησιμοποιήσαμε το λογισμικό Engauge 4.1 για να αποκτήσουν τα ατομικά στοιχεία επιβίωσης σε ορισμένες συγκεκριμένες χρονικές στιγμές, και τότε οι πίνακες Excel που παρέχονται από Tierney

et al

χρησιμοποιήθηκαν για να ληφθούν οι συνοπτικές ώρες και ΠΙ.

Βαθμολογία ποιότητας αξιολόγησης

Για να αξιολογηθεί η μεθοδολογική ποιότητα των μελετών, δύο συγγραφείς (Jinhui Li και Qingyuan Huang) σκόραρε τους, σύμφωνα με τις κατευθυντήριες γραμμές ΠΑΡΑΤΗΡΗΣΗ. Οι κατευθυντήριες γραμμές ΠΑΡΑΤΗΡΗΣΗ περιλαμβάνει τα ακόλουθα τέσσερα μέρη με πολλά επιμέρους στοιχεία: εισαγωγή, υλικά και μέθοδοι, αποτελέσματα και συζήτηση. Κάθε ένα από αυτά τα μέρη περιέχει μερικά στοιχεία, όπως δείκτες που εξετάστηκαν, βιολογικά υλικά που χρησιμοποιούνται και την τυπική προγνωστικές μεταβλητές μεταξύ άλλων. Οι δύο ερευνητές σημείωσαν την ποιότητα του κάθε δημοσίευση ανεξάρτητα, και στη συνέχεια κατέληξαν σε συναινετική τιμή για κάθε στοιχείο, χρησιμοποιώντας μια λίστα στην οποία ένα σημείο διατέθηκε σε κάθε αναφερθεί ένα. Μια υψηλότερη βαθμολογία αντιπροσώπευε μια καλύτερη μεθοδολογική ποιότητα.

Η στατιστική ανάλυση

Για να συνδυάσετε ποσοτικά τα στοιχεία επιβίωσης, εξάγαμε τις ώρες και 95% ΠΙ τους για να αξιολογήσει τον αντίκτυπο της παγκόσμιας κατάστασης υπομεθυλίωση σε όγκο πρόγνωση. I

2 υιοθετήθηκε για την αξιολόγηση της ετερογένειας μεταξύ των μελετών [18]. Ι

2 τιμές των 25%, 50%, και το 75% αντιστοιχούν στα σημεία αποκοπής για χαμηλή, μέτρια και υψηλούς βαθμούς ετερογένειας [19]. Αν η υπόθεση της ομοιογένειας υποστηρίχθηκε (Ι

2 & gt? 25%), το μοντέλο τυχαίων δράσεων υιοθετήθηκε για τον υπολογισμό του HR σύμφωνα με τη μέθοδο Dersimonian-Laird [20]. Διαφορετικά, το μοντέλο σταθερών επιδράσεων (μέθοδος Mantel-Haenszel) χρησιμοποιήθηκε κατευθείαν [21]. Επιπλέον, θα διερευνηθούν επίσης την ετερογένεια μέσω ενιαίου μεταβλητή ανάλυση μετα-παλινδρόμησης και αναλύσεις υποομάδων χρησιμοποιώντας τους παράγοντες που αναφέρθηκαν παραπάνω. οικόπεδα χωνί με παλινδρόμηση Egger που εκδόθηκαν για να εξετάσει την επίδραση της πόλωσης δημοσίευση. Για να προσδιοριστεί αν τα συμπεράσματα θα μπορούσαν να επηρεαστούν από την αφαίρεση ενός ή δύο μελέτες, πραγματοποιήσαμε αναλύσεις ευαισθησίας. Όλες οι διαφορές με

ρ

τιμή που ήταν λιγότερο από 0,05 θεωρήθηκαν σημαντικές. Όλα τα αναφέρθηκε παραπάνω διεξήχθησαν χρησιμοποιώντας το STATA 12.0 πλατφόρμα λογισμικού (Stata Corporation, College Station, TX, USA).

Αποτελέσματα

Αποτελέσματα αναζήτησης και τα χαρακτηριστικά

Ένα σύνολο από 146 σχετικές αναφορές εντοπίστηκαν για πρώτη εξέταση χρησιμοποιώντας τις στρατηγικές αναζήτησης που περιγράφονται προηγουμένως. Με βάση μια ανασκόπηση των τίτλων και των περιλήψεων, 107 από τις αρχικές μελέτες είχαν αφαιρεθεί επειδή δεν πληροί τα αρχικά κριτήρια επιλεξιμότητας. Το πλήρες κείμενο των υπόλοιπων 39 αρχικές μελέτες στη συνέχεια αναθεωρούνται, και 14 από αυτά τα άρθρα έχουν εξαλειφθεί, βάσει ανεπαρκών δεδομένων, και ένα άρθρο αποκλείστηκε επειδή ήταν μια αλληλοεπικάλυψη δημοσίευση. Έξι μελέτες δεν περιλαμβάνει επαρκή στοιχεία επιβίωσης, πέντε μελέτες δεν περιέχει λεπτομερείς πληροφορίες σχετικά με την παγκόσμια μεθυλίωση, τέσσερις μελέτες ήταν μόνο αποσπάσματα σεμινάριο με καμία μέθοδο για να αποκτήσουν τα πλήρη κείμενα, και τα υπόλοιπα πέντε μελέτες ήταν βασική επιστημονική έρευνα μελέτες. Έτσι, μετά την εφαρμογή των κριτηρίων συμπερίληψης και αποκλεισμού που δόθηκαν παραπάνω, 20 μελέτες συμπεριλήφθηκαν στην ανάλυση (Σχήμα 1) [8] – [14], [22] – [33].

Η

τα κύρια χαρακτηριστικά που εξάγονται από τις 20 μελέτες που συμπεριλήφθηκαν στη μετα-ανάλυση συνοψίζονται στον πίνακα 1. Μεταξύ αυτών των μελετών, 15 δοκιμές ήταν στη γραμμή-1, και τρεις μελέτες επικεντρώθηκαν στις LINE-1 και Alu. Μια μελέτη ήταν περίπου Alu και Sat-α, και μια άλλη μία μελέτη εξέτασε τα τρία ευρετήρια. Ο συνολικός πληθυσμός της μελέτης ήταν 5447, με μέσο όρο 183 άτομα ανά μελέτη (εύρος, 42 – 2068). Η μέση ηλικία των ατόμων ήταν 58,6 έτη με ένα εύρος 42 έως 72 ετών. Οι δοκιμές έγιναν σε έξι χώρες (Κορέα, τις ΗΠΑ, την Κίνα, την Ταϊλάνδη, την Ιαπωνία και την Ιταλία), και το έτος δημοσίευσης κυμαινόταν από το 2008 και το 2013. Το παγκόσμιο επίπεδο μεθυλίωσης του DNA ανιχνεύθηκε μέσω τεσσάρων κύριων μεθόδων (Pyrosequencing μεθυλίωση, BSP, MSP και COBRA) με δύο τύπους επίπεδο υπομεθυλίωσης διαχωριστικών. Η ανάλυση των βιολογικών υλικών αποκάλυψε ότι το 15 μελέτες που χρησιμοποιούνται δείγματα ιστού, δύο χρησιμοποιημένα δείγματα αίματος, ένα εκτελούνται κυτταρικής καλλιέργειας των δειγμάτων ιστών, και ένα άλλο που χρησιμοποιούνται δείγματα μυελού των οστών. Η μέση βαθμολογία αξιολόγησης ήταν 16,5 με ένα εύρος από 14 έως 20. Και οι όγκοι περιείχαν διάφορα είδη, όπως οι όγκοι του πεπτικού συστήματος, όγκοι αναπνευστικό σύστημα και άλλων όγκων. Επιπλέον, ήμασταν σε θέση να λάβει άμεσα τις ώρες και πιστωτικών ιδρυμάτων 16 από τις μελέτες, ενώ εμείς έπρεπε να προεκτείνουν τις ώρες και πιστωτικών ιδρυμάτων από τις άλλες τέσσερις δοκιμές από την γραφική έκφραση των κατανομών επιβίωσης.

Η

μετα-ανάλυση

Μια μετα-ανάλυση χρησιμοποιήθηκε για την ανάλυση των μελετών που ενέκρινε τα υποκατάστατα ευρετήρια (LINE-1, Alu και Sat-α) για τον προσδιορισμό του βαθμού της γονιδιωματικής μεθυλίωσης. Χρησιμοποιώντας το μοντέλο τυχαίων δράσεων λόγω της σημαντικής ετερογένειας των μελετών, μελαγχολική αποτελέσματα επιβίωση παρατηρήθηκαν σε ασθενείς όγκου με παγκόσμια υπομεθυλίωσης του DNA. Οι συνοπτικές HRs που ελήφθησαν στις μελέτες που χρησιμοποιούν LINE-1, Alu και Sat-α επαναλαμβανόμενα στοιχεία έδειξαν επίσης ότι η παγκόσμια υπομεθυλίωσης του DNA έχει σημαντικές αρνητικές επιπτώσεις για την πρόγνωση των όγκων. Τα συγκεντρωτικά ώρες και πιστωτικών ιδρυμάτων ήταν 1,83 (1,38 – 2,44), 2,00 (1,16 – 3,45), και 2,92 (01.04 – 08.25) με I

2 τιμές του 66,6%, 57,1% και 68,2% αντίστοιχα. Το Σχήμα 2 δείχνει τα αποτελέσματα του δάσους οικόπεδο εξηγήθηκε παραπάνω.

Τα τετράγωνα αντιπροσωπεύουν το μέγεθος της μελέτης και με επίκεντρο την HR και τα μουστάκια αντιπροσωπεύουν τα 95% ΠΙ. Μια τυχαία αποτελέσματα χρησιμοποιήθηκε το μοντέλο (RE).

Η

Λόγω της σχετικά υψηλή ετερογένεια εκτίθενται στις δοκιμές συγκεντρωτικά σε σχέση με τη συνολική επιβίωση, μετα-παλινδρόμησης και υποομάδα αναλύσεις διεξήχθησαν για να εξερευνήσετε την ετερογένεια των οι συμπαράγοντες συμπεριλαμβανομένης της θέσης μελέτη, ο αριθμός των ασθενών, μέση ηλικία, την παρακολούθηση, βιολογικά υλικά, ποσοστό υπομεθυλίωση και cut-off, η μέθοδος ανίχνευσης μεθυλίωσης, τύπους καρκίνου, πληροφορίες για την θεραπεία και την βαθμολογία της ποιότητας. Λόγω του περιορισμένου αριθμού μελετών που χρησιμοποίησαν Alu (n = 5) και Sat-α (n = 2) για την ανάλυση των παγκόσμιων υπομεθυλίωσης και η σχέση OS, πραγματοποιήσαμε μόνο μετα-παλινδρόμησης για τις εκδόσεις σε γραμμή-1 όπως ο υποκατάστατο της παγκόσμιας γονιδιωματικής μεθυλίωσης. Τελικά, το επίπεδο μεθυλίωσης βρέθηκε να είναι μια πηγή ετερογένειας (

σ

= 0,067), ενώ οι μεταβλητές άλλοι δεν ήταν (Πίνακας 2). Το αναλύσεις υποομάδων της συνολικής κατάστασης επιβίωση και την παγκόσμια υπομεθυλίωσης του DNA ανιχνεύθηκε λίγο σημαντική συσχέτιση στους ασθενείς με συνολικό ποσοστό μεθυλίωσης του DNA λιγότερο από 50% (HR, 2,52? 95% CI, 1,72 – 3,71? I

2, 54,2 %). Ωστόσο, μετά από στρωματοποίηση κατά μέση ηλικία, το έτος δημοσίευσης, μέση παρακολούθηση, βιολογικά δείγματα που χρησιμοποιούνται, υπομεθυλίωση cut-off, και μέθοδος δοκιμής, δεν υπάρχουν σημαντικές αποτελέσματα.

η

προκατάληψη δημοσίευση και ανάλυση ευαισθησίας

Εμείς επιλέξαμε δοκιμή Egger να αξιολογήσουν την προκατάληψη δημοσίευση. Τα οικόπεδα χωνί αποκάλυψε ότι όλες οι μελέτες που περιλαμβάνονται δεν αποκάλυψαν ενδείξεις προφανή ασυμμετρία (

σ

= 0,142? Σχήμα 3). Επιπλέον, η ανάλυση ευαισθησίας έδειξε ότι η παράλειψη οποιουδήποτε ατόμου μελέτης δεν θα επηρεάσουν τα συνολικά αποτελέσματα.

Το γράφημα χοάνη οικόπεδα το αρχείο καταγραφής του δείκτη κινδύνου (HR) κατά το πρότυπο σφάλμα του ημερολογίου του HR ( μια ένδειξη για το μέγεθος του δείγματος). Οι ανοικτοί κύκλοι δείχνουν τις μεμονωμένες μελέτες. Η γραμμή στο κέντρο αντιπροσωπεύει την ομαδοποιημένη ΥΕ. δοκιμή Egger για μεροληψία δημοσίευσης δεν έχει καμία σημασία (p = 0,322).

Η

Συζήτηση

Για το καλύτερο της γνώσης μας, αυτή η μετα-ανάλυση είναι η πρώτη μελέτη για να αξιολογήσει συστηματικά τη σύνδεση μεταξύ παγκόσμιο επίπεδο μεθυλίωσης του DNA και την πρόγνωση των όγκων. Η μελέτη μας συγκεντρωτικά τα αποτελέσματα των 5447 δειγμάτων από 20 μεμονωμένες μελέτες. Εν ολίγοις, και τα τρία υποκατάστατα ευρετήρια, LINE-1, Alu και Sat-α είχε ενδεικτικό επίδραση στην πρόγνωση των όγκων, και είναι ενδεχομένως ανεξάρτητοι προγνωστικοί βιοδείκτες [22], [25].

Ο μηχανισμός έναρξη της παγκόσμιας DNA υπομεθυλίωση παραμένει ελάχιστα κατανοητή και έχουν διάφορους παράγοντες έχουν αναφερθεί ότι εμπλέκονται σε τέτοιες διεργασίες [28]. Περιβαλλοντικούς παράγοντες [34], [35], χημικές τοξικές ουσίες [36] – [38], τη διατροφή και τη διατροφή [39] μπορεί να διαταράξει τον υποκείμενο μηχανισμό της γονιδιώματος μεθυλίωσης και μπορεί να αλλάξει το επίπεδο της παγκόσμιας μεθυλίωσης του DNA [40]. Ένζυμα που σχετίζονται με DNA μεθυλίωση, όπως DNMT1, Dnmt3a, DNMT3b [41], και TET1-3 [42], [43] μπορεί να είναι οι στόχοι των εξωγενών ή ενδογενών ενώσεων και η διαταραχή των οποίων μπορεί να οδηγήσει σε DNA υπομεθυλίωση.

Ο μηχανισμός με τον οποίο παγκόσμιο υπομεθυλίωσης του DNA παρέχει μια φτωχή πρόγνωση όγκων μένει να διερευνηθεί πλήρως. Γονιδίωμα-ευρύ υπομεθυλίωσης DNA έχει έδειξε να συνδέεται με γενωμική αστάθεια. Η παγκόσμια απώλεια μεθυλκυτοσίνη έχει προταθεί να συμβιβαστεί γονίδιο καταστολής σε περιοχές του γονιδιώματος που είναι συνήθως σιωπηλός σε φυσιολογικά κύτταρα, και αυτό το αποτέλεσμα μπορεί να οδηγήσει στην εκ νέου έκφραση των πρωτο-ογκογονιδίων ή αποτυπωμένα γονίδια, καθώς και την ενεργοποίηση των ιικών και παρασιτικών τρανσποζόνια, τα οποία θα συμβάλουν στην γενωμική αστάθεια [29]. Εκτός αυτού, το DNA υπομεθυλίωση έχει αποδειχθεί με συνέπεια να αυξηθεί η ανοσογονικότητα και ανοσολογική αναγνώριση των καρκινικών κυττάρων μέσω του πάνω ρύθμιση διαφορετικών μορίων που εμπλέκονται στην προ-αντιγόνου παραχώρηση και την παρουσίαση, συμπεριλαμβανομένων αντιγόνων HLA τάξης Ι και συν-διεγερτικά μόρια [44]. Μια άλλη εξήγηση είναι ότι η παγκόσμια υπομεθυλίωση μπορεί να επηρεάσει μεταγραφική απορύθμιση, τότε πρωτο-ογκογονίδια ενδογενείς ρετροϊούς, και είναι επίσης πιθανό ότι μεταθετά στοιχεία μπορούν να actived, και αυτά μπορεί να επηρεάσει την επιθετικότητα του όγκου [25].

Σε αυτή την ανάλυση , ετερογένεια επέμεινε στην υποομάδα του δείκτη LINE-1 με ένα I

2 του 66,6%. Η πηγή της ετερογένειας μεταξύ των σπουδών που υπάρχουν στο λειτουργικό σύστημα που βρέθηκαν σε αυτή την ανάλυση αξιολογήθηκε μέσω της μετα-παλινδρόμησης και ανάλυση των υποομάδων. Τα αποτελέσματα δείχνουν ότι το ποσοστό των υπο-μεθυλιωμένα δείγμα των ασθενών με καρκίνο μπορεί να ευθύνεται για ένα μέρος της ετερογένειας μεταξύ μελέτης (

σ

= 0,067). Επιπλέον, η ανάλυση υποομάδας δείχνει ότι το ποσοστό των υπο-μεθυλιωμένα δείγμα των ασθενών με καρκίνο είχαν μία προφανή σχέση με την πρόγνωση των ασθενών στην ομάδα με ένα επίπεδο υπομεθυλίωση λιγότερο από 50% (HR, 2,52? 95% CI, 1,72 έως 3,71) και όχι στην ομάδα με ένα επίπεδο υπομεθυλίωση μεγαλύτερο από 50%. Ως εκ τούτου, εγκρίθηκαν τυχαία μοντέλα. Αυτή διαφορετικά μπορεί να αποδοθεί σε διάφορους λόγους, μεταξύ των οποίων είναι η έλλειψη πληροφοριών λεπτομέρειας του φαρμάκου που χρησιμοποιείται αυτούς τους ασθενείς. Όπως μεθυλίωση είναι αναστρέψιμη, εάν οι ασθενείς είχαν χρησιμοποιήσει φάρμακα που επηρεάζουν μεθυλίωσης του DNA, η επιγενετική βιοδεικτών θα επηρεαστεί από τη θεραπεία. Επιπλέον, τα βιολογικά δείγματα που χρησιμοποιούνται μπορεί να επηρεάσει το ρυθμό μεθυλίωσης. Εκτός αυτού, η απομεθυλίωση μπορεί επίσης να είναι ειδική για τον καρκίνο, δηλαδή, κάποιες αλληλουχίες γονιδιώματος μπορεί να εμφανίζουν απόκλιση ευαισθησία σε DNA υπομεθυλίωση. Επιπλέον, ο βαθμός της παγκόσμιας υπομεθυλίωσης μπορεί σημαντικά να εξαρτάται από την ιστολογική καρκίνο υπότυπο [29]. Εντελώς, η συγκεντρωτική ανάλυση όλων των μελετών σε διαφορετικούς τύπους καρκίνων που χρησιμοποιούνται σε αυτό το μετα-ανάλυση καταδεικνύει την προγνωστική αξία της παγκόσμιας υπομεθυλίωσης του DNA για την επιζήμια επιβίωσης σε ασθενείς με καρκίνο. Ωστόσο, ακόμη και αν ορισμένοι παράγοντες δεν είχε σημαντική επίδραση, δεν μπορούμε να αποκλείσουμε εντελώς την πιθανότητα ότι μερικές από αυτές συμεταβλητές μπορεί ενδεχομένως να ευθύνονται για μέρος της ετερογένειας, όπως η δύναμη της ανάλυσης μετα-παλινδρόμησης ήταν γνωστό ότι είναι χαμηλή. Επιπλέον, λόγω του περιορισμένου αριθμού μελετών για Alu και Sat-α περιλαμβάνονται, μετα-παλινδρόμησης και υποομάδες ανάλυσης δεν θα μπορούσε να διεξαχθεί για αυτά τα ευρετήρια που βασίζεται στη σταθερότητα του αποτελέσματος. Επιπλέον, η ανάλυση υποομάδων των μεθόδων που χρησιμοποιούνται για την εκτίμηση κατάσταση μεθυλίωσης του DNA αποκάλυψε ότι η μέθοδος Pyrosequencing ήταν σημαντικά καλύτερα (HR, 0,54? 95% CI, 0,15 έως 0,93) για την εξέταση της κατάστασης μεθυλίωσης biosamples σε σύγκριση με άλλες μεθόδους. Όσο για την τιμή αποκοπής του υπομεθυλίωσης, η διάμεση χρησιμοποιήθηκε στην συντριπτική πλειοψηφία των μελετών που περιλαμβάνονται, και η ανάλυση υποομάδας «διχοτόμηση» έδειξε επίσης σημαντική προγνωστική σημασία της κακής πρόγνωσης (HR: 2,15? 95% CI: 1,25 – 3,71 ). Έτσι, Pyrosequencing με διάμεση ως κριτήριο αποκοπής του υπομεθυλίωσης θα μπορούσε να είναι η βέλτιστη επιλογή για τους κλινικούς ιατρούς που πρέπει να προβλέψουμε προγνώσεις ασθενή με βάση την γονιδίωμα καταστάσεις μεθυλίωση τους. Το εύρημα αυτό είναι σε συμφωνία με προηγούμενες εκθέσεις αυτές που έδειξε ότι Pyrosequencing είναι ένα ιδανικό εργαλείο για την διάκριση της κατάστασης μεθυλίωσης των ασθενών με διαφορετικά κλινικά χαρακτηριστικά [45], [46].

Όπως όλα τα τρεις δείκτες παρουσίασαν η αντίστοιχη προγνωστική αξία, καθώς και σε διάφορες κλινικές μελέτες κοόρτης και περίπτωση ελέγχου, ο LINE-1 έχει υιοθετηθεί ως προγνωστικό βιοδείκτη για την επιβίωση των ασθενών όγκου [45], [47], θα μπορούσαμε να συναχθεί το συμπέρασμα ότι LINE-1 μόνο του ή συνοδεύεται από άλλα δύο βιοδείκτες θα πρέπει να είναι εκτίμηση των χειρουργών. Οι δείκτες αυτοί είναι κοινά στους περισσότερους τύπους καρκίνου [48], και ορισμένα δημοσιεύματα αναφέρουν ότι η πρόβλεψη του αποτελέσματος θα είναι καλύτερα από το συνδυασμό ανίχνευση δύο ή τρεις δείκτες [11], [22], [49], αν και αυτές εξακολουθούν να χρειάζονται περαιτέρω σπουδές. Εκτός αυτού, μερικές κλινικές δοκιμές για τη μεθυλίωση είναι υπό έρευνες, όπως επιγενετική φάρμακα (π.χ., DHA, IHD ή άλλες κλινικές δοκιμές κ.ά.), σε συνδυασμό με αυτές τις προβλεπτική βιοδείκτες, θα ρίξει φως σε αυτούς τους ασθενείς κακοήθης όγκος και κλινικών ιατρών [50], [51].

Η ανάλυση ευαισθησίας που παρουσιάζεται στην παρούσα μελέτη αποκάλυψε ότι συγκεντρωτικές εκτιμήσεις μας για την επίδραση ήταν ισχυρή και δεν αλλάζει σημαντικά στα διάφορα σενάρια που εξετάστηκαν. Επιπλέον, η μετα-ανάλυση περιλάμβανε δεδομένα από ένα ευρύ φάσμα χωρών, γεγονός που δείχνει ότι τα ευρήματα είναι πιο αντιπροσωπευτικά. Αυτό μπορεί να αποδοθεί στο γεγονός ότι ακολουθήσαμε τις δύο αυτές κατευθύνσεις με αυστηρότητα και να χρησιμοποιηθεί ένα αυστηρά κριτήρια στρατηγική αναζήτησης και επιλογής. Επιπλέον, το πιο σημαντικό βήμα της στρατηγικής της αναζήτησης ήταν ότι δεν είχαμε περιορίσει την γλώσσα στα αγγλικά. Αυτό είχε ως αποτέλεσμα τις βαθμολογίες αξιολόγησης είναι σχετικά υψηλότερο, δηλαδή, οι ποιότητες των μελετών που επιλέχθηκαν ήταν μεγαλύτερη. Ωστόσο, η συμπερίληψη των αδημοσίευτων μελετών και περιλήψεις συνέδριο στην ανάλυσή μας, αν υποτεθεί ότι μπορεί να γίνει η αντίστοιχη εκτίμηση μεθοδολογία και μετα-ανάλυση, θα βελτιώσει τα αποτελέσματα.

Αναγνωρίζουμε ότι μας μετα-ανάλυση υποφέρει από αρκετούς περιορισμούς παρά τις προσπάθειες μας για να εκτελέσει μια ολοκληρωμένη ανάλυση. Ένας από τους βασικούς περιορισμούς είναι η ετερογένεια των τριών ομάδων δείκτη. Το LINE-1, Sat-α, και Alu επαναλαμβανόμενα στοιχεία εμφάνισαν διάμεση ετερογένεια (Ι

2 τιμές του 66,6%, 57,1% και 68,2%, αντίστοιχα). Αυτό μπορεί να οφείλεται στο γεγονός ότι η μετα-ανάλυση ήταν ανάλυση μελέτη και όχι ένα άτομο ανάλυση. Εκτός αυτού, το μέγεθος του δείγματος των δεικτών του Sat-α, και Alu είναι λίγο μικρό (5 και 2 αντίστοιχα) να είναι ιδιαίτερα ισχυρό για να διερευνήσει τις πηγές των ετερογενειών τους μπορεί να υπήρχε ακόμα και αν η ποιότητα των εν λόγω εγγράφων είναι μεγάλη. Ωστόσο, ολοκληρωμένη ανάλυση μας αποκάλυψε ότι ο ρυθμός υπομεθυλίωσης είναι μια πηγή της ετερογένειας και παρέχονται γενικές εξηγήσεις για αυτήν την ανακάλυψη. Επιπλέον, μόνο μία από τις μελέτες που περιλαμβάνονται σε μετα-αναλύσεις που χρησιμοποιείται η μέθοδος μας της Q-MSP, και την απομάκρυνση του δεν επηρέασε τα αποτελέσματα, όπως προσδιορίζεται μέσω της ανάλυσης ευαισθησίας ήταν ανεπηρέαστη από την αφαίρεση του. Τέλος, αν και δοκιμή Egger πρότεινε ένα

ρ

αξία = 0,142, η πλοκή χοάνη παρέχει κάποια μικρή απόδειξη της ασυμμετρίας μεταξύ των περιλαμβάνονται μελέτες, γεγονός που δείχνει ότι υπάρχει κάποια επιδημιολογική έρευνα προκατάληψη. Μερικά από τα περιορισμένα μεγέθη δείγματος μπορεί αναπόφευκτα να αυξήσει τον κίνδυνο μεροληψίας ή ο κίνδυνος τυχαίων σφαλμάτων, διότι μόνο 20 μελέτες (19 δημοσιεύσεις) συμπεριλήφθηκαν στη μετα-ανάλυση. Ωστόσο, επειδή πραγματοποιήσαμε μια εκτενή εξέταση της λογοτεχνίας με αυστηρά κριτήρια αξιολόγησης, τα αποτελέσματα αυτών των μελετών ήταν σχετικά υψηλότερες. Η μέση βαθμολογία ήταν 16,5 (εύρος από 14 έως 20), σύμφωνα με τις κατευθυντήριες γραμμές ΠΑΡΑΤΗΡΗΣΗ. Ως εκ τούτου, όλες τις μελέτες ήταν καλής ποιότητας.

Με βάση τα αποτελέσματα αυτής της μετα-ανάλυσης, θα υποστηρίζουν την υπόθεση ότι οι ασθενείς του όγκου με την παγκόσμια υπομεθυλίωση σε όλους τους πληθυσμούς θεωρούνται έχουν μελαγχολική προγνώσεις. Από την άποψη των γιατρών, η χρήση των «μέση», όπως υπομεθυλίωση σημείο αναφοράς, και χρησιμοποιώντας Pyrosequencing για την ανίχνευση της LINE-1 μόνο του ή σε συνδυασμό με άλλα δύο βιοδείκτες επίπεδο μεθυλίωσης των βιολογικών δειγμάτων από έναν ασθενή μπορεί να είναι ένας χρήσιμος τρόπος για να προβλέψεις τους έκβαση των ασθενών, και αν χαμηλή μεθυλίωσης ανιχνεύεται, μια θεραπεία ενδυνάμωσης, όπως η χρήση της μετεγχειρητικής ακτινοθεραπείας και χημειοθεραπείας [52], [53], ή κάποιος τύπος θεραπείας παρέμβασης και ανοσο-θεραπεία [7], [54] πρέπει θεωρείται. Ωστόσο, απαιτείται περαιτέρω επικύρωση απαιτείται για να εκτιμήσει αν αυτό επιγενετική βιοδείκτη θα πρέπει να χρησιμοποιείται σε καθημερινή κλινική εφαρμογή ως προγνωστικός εργαλείο για ασθενείς με διάφορους όγκους. Μελλοντικές μελέτες θα πρέπει να έχουν ένα αυστηρότερο σχεδιασμό, μεγαλύτερα μεγέθη δειγμάτων (για να αυξηθεί η στατιστική ισχύς των αποτελεσμάτων), ένα ομοιόμορφο τρόπο ανάλυσης των αποτελεσμάτων επιβίωσης και το επίπεδο της υπομεθυλίωσης και συγκλίνουσες βιο-δείγματα. Επιπλέον, οι μελλοντικές μελέτες απαιτούν τη χρήση μιας μακράς και συγκεκριμένο χρονικό διάστημα παρακολούθησης για να επιβεβαιώσει αυτά τα αποτελέσματα.

Υποστήριξη Πληροφορίες

Λίστα ελέγχου S1.

PRISMA Λίστα ελέγχου

doi:. 10.1371 /journal.pone.0106290.s001

(DOCX)